$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Wraz z pojawieniem się cytometrów przepływowych zdolnych do pomiaru coraz większej liczby parametrów, naukowcy kontynuują prace nad większymi panelami do fenotypowego badania cech swoich próbek komórkowych. Jednak ten postęp technologiczny daje wielowymiarowe zestawy danych, które stają się coraz trudniejsze do obiektywnej analizy w tradycyjnych programach bramkowania opartych na ręcznych. Aby lepiej analizować i prezentować dane, naukowcy współpracują z bioinformatykami posiadającymi doświadczenie w analizie danych wielowymiarowych w celu przeanalizowania danych cytometrii przepływowej. Chociaż wykazano, że metody te są bardzo cenne w badaniu cytometrii przepływowej, nie zostały one jeszcze włączone do prostego i łatwego w użyciu pakietu dla naukowców, którzy nie mają doświadczenia w obliczeniach lub programowaniu. Aby zaspokoić tę potrzebę, opracowaliśmy ExCYT, graficzny interfejs użytkownika (GUI) oparty na MATLAB, który usprawnia analizę danych z wysokowymiarowej cytometrii przepływowej, wdrażając powszechnie stosowane techniki analityczne dla danych wysokowymiarowych, w tym redukcję wymiarowości za pomocą t-SNE, różne zautomatyzowane i ręczne metody grupowania, mapy cieplne i nowatorskie wysokowymiarowe wykresy przepływu. Dodatkowo, ExCYT zapewnia tradycyjne opcje bramkowania wybranych populacji będących przedmiotem zainteresowania do dalszej analizy t-SNE i grupowania, a także możliwość stosowania bramek bezpośrednio na powierzchniach t-SNE. Dodatkową zaletą oprogramowania jest praca z plikami FCS z kompensacją lub bez niej. W przypadku, gdy wymagana jest kompensacja po nabyciu, użytkownik może zdecydować się na udostępnienie programowi katalogu pojedynczych plam i próbki niebarwionej. Program wykrywa pozytywne zdarzenia we wszystkich kanałach i wykorzystuje te wybrane dane do bardziej obiektywnego obliczenia macierzy wynagrodzeń. Podsumowując, ExCYT zapewnia kompleksowy potok analityczny, który umożliwia pobieranie danych cytometrii przepływowej w postaci plików FCS i umożliwia każdej osobie, niezależnie od szkolenia obliczeniowego, korzystanie z najnowszych podejść algorytmicznych w zrozumieniu swoich danych.