Zdalne zarządzanie laboratorium: diagnostyka wirusów układu oddechowego

Elena  V. Petrova; Vasanthi Avadhanula; Sarah Michel; Karen  E. Gincoo; Pedro  A. Piedra; Sharmila Anandasabapathy

doi:10.3791/59188

Artykuł metodologiczny

Zdalne zarządzanie laboratorium: diagnostyka wirusów układu oddechowego

DOI:

10.3791/59188

⸱

6 kwietnia 2019

Elena V. Petrova¹^,² , Vasanthi Avadhanula³ , Sarah Michel¹ , Karen E. Gincoo³ , Pedro A. Piedra³ , Sharmila Anandasabapathy¹^,²

¹Baylor Global Health, Baylor College of Medicine, ²Department of Medicine, Baylor College of Medicine, ³Department of Molecular Virology and Microbiology, Baylor College of Medicine

W tym artykule

Podsumowanie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Szybko wdrażalne, niezależne od sieci laboratorium zostało zaprojektowane i zbudowane dla odległych, ograniczonych zasobami globalnych ustawień. Badane są cechy i krytyczne aspekty ulepszonych logistycznie, rozszerzalnych, wielofunkcyjnych modułów laboratoryjnych. Opracowywana i prezentowana jest lista kontrolna dotycząca podstawowego przebiegu pracy w laboratorium oraz protokół testu diagnostycznego na obecność wirusa układu oddechowego.

Streszczenie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Wzrost liczby ostatnich pandemii (Ebola, Zika, MERS, grypa, itp.) podkreśla potrzebę bardziej "zwinnej", skoordynowanej reakcji, która rozwiązuje wiele problemów, począwszy od transportu, dostępu, obiektów, sprzętu i komunikacji, a skończywszy na szkoleniu dostawców. Aby sprostać tej potrzebie, opracowaliśmy innowacyjny, skalowalny, wspomagany logistyką, mobilny obiekt laboratoryjny na wypadek sytuacji kryzysowych i epidemii w warunkach ograniczonych zasobami globalnymi. Wykorzystując doświadczenie w operacjach klinicznych jako akademickie centrum medyczne, zaprojektowaliśmy szybko wdrażalny, modułowy obiekt BSL-2 i BSL-3 z przyjaznym dla użytkownika oprogramowaniem do śledzenia i zarządzania lekami i zapasami w odległych regionach podczas epidemii i epidemii. Prezentujemy tu nasze intermodalne, mobilne, rozbudowywalne jednostki laboratoryjne kontenerowo-spedycyjne. Konstrukcja laboratorium ułatwia korzystanie z urządzeń poza siecią, minimalizując zużycie energii i umożliwiając alternatywne źródła wody. Platforma technologii informacyjno-komunikacyjnych (ICT) jednostki zapewnia (i) przyjazną dla użytkownika dokumentację opartą na tabletach, (ii) ulepszone śledzenie pacjentów i materiałów eksploatacyjnych oraz (iii) zintegrowaną komunikację na miejscu z wbudowanymi funkcjami telezdrowia. Aby zapewnić jakość w środowiskach zdalnych, opracowaliśmy listę kontrolną dla podstawowego przepływu pracy w laboratorium oraz protokół diagnostyki wirusów układu oddechowego z wykorzystaniem reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkrypcją (RT-PCR). Zgodnie z opisem, to innowacyjne i kompleksowe podejście pozwala na zapewnienie zdolności laboratoryjnych w środowiskach globalnych o ograniczonych zasobach.

Wprowadzenie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Szybka diagnostyka jest kluczowym narzędziem do szybkiej kontroli infekcji wirusowych, zwłaszcza jeśli wczesna symptomatologia jest nie do odróżnienia od różnych chorób infekcyjnych. Niedawny wybuch epidemii wirusa Ebola (2014-2015) w Afryce Zachodniej¹^,², epidemie wirusa Zika (2015-2016) w Azji i Ameryce Łacińskiej3^,⁴, pojawienie się infekcji koronawirusem zespołu oddechowego na Bliskim Wschodzie (MERS)⁵^,⁶, oraz niezwykle śmiertelna epidemia grypy (grypy) (2017-2018) w USA. ⁷^,⁸ odkrył potrzebę szybko wdrażalnych urządzeń laboratoryjnych, które rozwiązują wiele problemów związanych z transportem, dostępem, obiektami, sprzętem i komunikacją.

Możliwość korzystania z sieci (autonomiczne zasilanie i zaopatrzenie w wodę, itp.) jest kluczowa w obszarach wiejskich, o ograniczonych zasobach ustawieniach globalnych^9,¹⁰^,¹¹. Nasze doświadczenie w operacjach klinicznych i programach globalnych w Baylor College of Medicine zostało wykorzystane do zaprojektowania i zbudowania mobilnego laboratorium opartego na kontenerach z możliwością łatwego wdrożenia, konfiguracji i wielofunkcyjnego zastosowania (BSL-2 i BSL-3). Zdjęcia tego wszechstronnego, ulepszonego logistycznie obiektu laboratoryjnego pokazano na rysunku 1.

Ten szybko wdrażalny, laboratoryjny obiekt ma konstrukcję z możliwością rozbudowy, podobną do poprzednio opisanej kliniki kontenerowej ('Awaryjna inteligentna kapsuła')¹²^,¹³^,¹⁴, opracowany przez Baylor College of Medicine i sponsorowany przez USAID. Pojedynczo zapakowana jednostka (w trybie transportowym) ma wymiary 9 stóp 9 cali x 8 stóp x 8 stóp (rysunek 1A, B) i rozszerza się do powierzchni 170 stóp kwadratowych (15,75 m²) (rysunek 1C, D). Jednostka może być rozmieszczona przez dwie do czterech osób w czasie krótszym niż dziesięć minut.

Zdalne laboratorium jest zbudowane dla obiektu laboratoryjnego BSL-2 (Rysunek 2A) z oddzielnym, modułowym, dołączanym urządzeniem BSL-3 (Rysunek 2B) przeznaczonym do pracy z czynnikami zakaźnymi, które mogą spowodować poważną lub potencjalnie śmiertelną chorobę poprzez inhalację¹⁵. Połączenie dwóch modułów laboratoryjnych umożliwia optymalizację procesów eksperymentalnych, współdzielenie zasobów i oszczędność kosztów (rysunek 2C-E).

Moduły są szczelne i wodoszczelne, tworząc komfortowe, energooszczędne mobilne schronienie. System ogrzewania, wentylacji i klimatyzacji (HVAC) jest stosowany w jednostkach scentralizowanych i z kontrolowaną temperaturą. Ogólnie rzecz biorąc, konstrukcja jednostek laboratoryjnych minimalizuje zużycie energii poprzez wykorzystanie własnych alternatywnych źródeł zasilania, takich jak panele słoneczne i/lub niezależny generator elektryczny. Każda jednostka zawiera zlew i stację do przemywania oczu, złącza elektryczne i wodne (Rysunek 3A-C). Platforma ICT zapewnia opcjonalną, działającą na tabletach (telefon z systemem Android/tablet lub iPhone/iPad) aplikację do dokumentowania materiałów eksploatacyjnych i dokumentacji wyników laboratoryjnych (rysunek 3D) opracowaną we współpracy z grupą badawczą ds. technologii informatycznych (IT) firmy Baylor, która ma duże doświadczenie w pracy w środowiskach zdalnych z ograniczoną łącznością. System może działać przy użyciu sygnałów komórkowych lub bezprzewodowych i umożliwia dokumentację bez łączności, z natychmiastową kopią zapasową lub transmisją na bezpieczny serwer w chmurze po przywróceniu łączności.

Laboratorium posiada kilka kluczowych funkcji kontroli zakażeń, w tym: (a) przepływ powietrza pod ujemnym ciśnieniem, (b) komorę rękawicową lub komorę bezpieczeństwa biologicznego, (c) system zarządzania ryzykiem zdrowotnym: bakteriobójczy system oświetlenia ultrafioletowego (UV-C) wykorzystujący 4 hierarchie obrony, które udowodniono, że eliminują 99,7% patogenów powodujących infekcje związane z opieką zdrowotną. Obiekt można łatwo zdezynfekować za pomocą systemów z nadtlenkiem wodoru lub podchlorynem sodu (wybielaczem) w celu wydajnej i skutecznej dekontaminacji. ¹⁶

Zapewnienie jakości wyników laboratoryjnych zależy od zobowiązania do oceny wszystkich aspektów całego procesu badań diagnostycznych. W tym miejscu przedstawiamy listę kontrolną przepływu pracy w laboratorium BSL-2 i BSL-3 oraz protokół szybkiego testu diagnostycznego wirusa układu oddechowego. Proponowana diagnoza chorób wirusowych opiera się na wykrywaniu wirusowego RNA lub DNA w próbce (płyn do płukania nosa, krew, kalec, mocz itp.) poprzez reakcję łańcuchową polimerazy z odwrotną transkrypcją w czasie rzeczywistym (RT-PCR). Możliwość szybkiego oszacowania miana wirusa w próbce sprawia, że PCR jest skutecznym narzędziem do badań przesiewowych w kierunku chorób wirusowych¹⁷^,¹⁸. Wdrożenie nowatorskich, molekularnych testów diagnostycznych pozwala na rozszerzenie możliwości diagnostycznych dla wirusów, takich jak Ebola¹⁹^,²⁰^,²¹, influenza⁸^,²² i gruźlica (TB)²³.

Celem tej pracy jest walidacja nowatorskiego modułowego i szybko wdrażalnego obiektu laboratoryjnego oraz dostarczenie przewodnika szkoleniowego dla personelu laboratoryjnego pracującego w odległych, ubogich środowiskach podczas epidemii, klęski żywiołowej lub innej sytuacji kryzysowej. Poniżej przedstawiamy protokół diagnostyki grypy układu oddechowego w tym innowacyjnym, przenośnym laboratorium.

Protokół

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Instalacja

UWAGA: Tylko 2-4 osoby są potrzebne do uruchomienia jednostki laboratoryjnej "podobnej do klocków Lego". Optymalnie do rozmieszczenia użyto 4 osób, ale jest to możliwe przy tylko 2.

Do obsługi kontenera użyj wózka widłowego (Rysunek 1A,B) lub innego odpowiedniego urządzenia podnoszącego. Użyj wózka widłowego o udźwigu co najmniej siedmiu ton do obsługi dwóch typów kontenerów²⁴.
Aby skonfigurować jednostkę laboratoryjną, wybierz obszar o wymiarach około 90 x 60 stóp kwadratowych (27,4 x 18,3 m²) na płaskim terenie, aby upewnić się, że żadne przeszkody nie utrudniają prawidłowego układu. Upewnij się, że teren ma dobrze przepuszczalną glebę, aby zapewnić drenaż terenu, ponieważ może to powodować potencjalne problemy z odprowadzaniem wody po opadach deszczu. Grunty, które zostały wcześniej wyrównane i są twardym zagęszczonym gruntem o minimalnej wytrzymałości na ściskanie 10 kN/^{dm 2}. Otoczenie powinno umożliwiać dostęp do sprzętu potrzebnego do rozładunku jednostki z jej urządzenia transportowego oraz pomieścić sprzęt pomocniczy niezbędny do wykonania zadania.
Umieść jednostkę lub jednostki w "Trybie transportowym" na środku wybranego miejsca i dostosuj poziom. Każda jednostka jest wyposażona w cztery podnośniki poziomujące, które umożliwiają rozmieszczenie w miejscu o maksymalnym nachyleniu 6,5% (~4 stopnie). Minimalna wysokość pojemników wynosi ~ 6 cali, aby zapewnić prawidłowe działanie odpływów podłogowych i rur odprowadzających. Nie wysuwaj podnośników na więcej niż 12 cali. Przymocuj wspornik do ramienia podnośnika. Upewnij się, że pojemnik jest wypoziomowany, umieszczając niwelator bąbelkowy na środku każdej dolnej szyny. Nie rozszerzaj urządzenia, dopóki nie zostanie prawidłowo ustawione!
Rozbuduj urządzenie, otwierając panele, aby uzyskać pełną funkcjonalność. Najpierw zlokalizuj dwuczęściowy słup wsporczy. Podłącz słup nośny tak, aby jego wysokość była prawie tak wysoka, jak jednostka kontenerowa. Słupek umożliwia użytkownikowi otwarcie panelu i podtrzymanie ciężaru panelu dachowego podczas otwierania drzwi bocznych. Jest klips zabezpieczający, który działa jak kołek, aby utrzymać panele zablokowane. Najpierw zdejmij klips zabezpieczający, a następnie podnieś i wyciągnij kołek blokady krzywkowej z otworu. Umieść kołek za dźwignią i z dala od dźwigni blokady krzywkowej znajdującej się po dolnych (rozsuwalnych) bokach pojemnika.
Podnieś panel dachowy 1, biorąc pod uwagę, że ten panel ma rozpórki gazowe, a po odblokowaniu drzwi panelu rozpórki zwolnią się. Umożliwi to użytkownikowi podniesienie dachu (Panel 1) za pomocą dwuczęściowego słupa nośnego. Przesuń końcówkę słupa nośnego pod panel dachowy, aby tymczasowo go podeprzeć (Rysunek 4A).
1. Przytrzymując panel dachowy za pomocą podpieracza, znajdź łańcuch zabezpieczający, znajdujący się w lewym górnym rogu kontenera. Z pomocą 2-3 osób ostrożnie przeciągnij w dół panel 2, aż łańcuch bezpieczeństwa będzie prosty, przytrzymując ciężar panelu 2 i zazębi się.
2. Podłącz ręcznie pasek paska wciągarki do mocowania ucha, owijając go wokół zewnętrznej części amortyzatora gazowego. Uwaga: jeśli nie ma narzędzia do wyciągarki, poprzedni krok można wykonać ręcznie, ręcznie przytrzymując i opuszczając co najmniej dwie osoby po każdej stronie panelu.
  UWAGA: Waga panelu to 260 funtów!
Upewnij się, że na drodze Panelu 2 nie znajdują się żadne osoby ani przedmioty, a następnie za pomocą wciągarki i wiertarki przejdź do opuszczania panelu (Rysunek 4B). Gdy panel 2 zostanie całkowicie opuszczony, odłącz pasek wciągarki i zwiń go z powrotem do wciągarki. Wyjmij wciągarkę i umieść ją po przeciwnej stronie pojemnika, przygotowując się do użycia. Obie strony urządzenia są identyczne i wykonaj te same kroki powyżej dla drugiej strony urządzenia.
Aby zakończyć rozkładanie pierwszej strony, sięgnij w dół do panelu (który obecnie jest podłogą) i mając co najmniej dwie osoby po każdej stronie, ręcznie podnieś panel 3 w górę na miejsce jako drzwi i przednią ścianę z boku (Rysunek 4C). Dwie osoby pozostaną, aby utrzymać Panel 3, podczas gdy trzecia osoba usunie słup podtrzymujący.
UWAGA: Nikt nie powinien znajdować się w urządzeniu ani pod dachem, dopóki ściana Panelu 3 nie zostanie na swoim miejscu!
Od wewnętrznej strony Panelu 3 zlokalizuj dwa zatrzaski i zablokuj je na miejscu za pomocą paska bezpieczeństwa. Upewnij się, że czarne gumowe uszczelki panelu dachowego są wyciągnięte tak, aby były skierowane do wnętrza jednostek. Należy to zrobić, aby zapobiec przedostawaniu się deszczu i innej wody do urządzenia.
1. Z wnętrza kontenera odblokuj Panel 4. Po odblokowaniu wypchnij Panel 4 (Rysunek 4D) tak, aby otworzył się jak drzwi. Zablokuj dwa zatrzaski bezpieczeństwa na wewnętrznej ścianie. Odblokuj Panel 5 i powtórz te same kroki dla Panelu 4. Zabezpiecz ten panel za pomocą tych samych wewnętrznych zatrzasków bezpieczeństwa. Po zablokowaniu całego wnętrza urządzenia ponownie dokręć rzymską, aż podłoga i ściany końcowe zostaną uszczelnione.
Gdy obie strony kontenera zostaną bezpiecznie rozszerzone, sprawdź podnośniki i dokonaj wszelkich niezbędnych regulacji w stosunku do przesunięcia, które mogło nastąpić. Co tydzień sprawdzaj, czy schron jest wypoziomowany. Po ekstremalnych warunkach pogodowych (deszcz lub wiatr) sprawdź podnośniki na pojemnikach i odpowiednio wyreguluj.
Rozwiń drugi kontener, jeśli planowane jest użycie modułów laboratoryjnych z możliwością podłączenia (Rysunek 5).
Podłącz urządzenia do źródła zasilania i źródła wody. Szczegółową instrukcję montażu generatora diesla podłączonego do urządzeń za pomocą skrzynki bezpiecznikowej można znaleźć w odpowiedniej instrukcji²⁴.
UWAGA: Zdalna jednostka laboratoryjna jest teraz rozmieszczona. Wewnętrzna nieskładana objętość aparatu pozwala na przechowywanie minimalnej ilości sprzętu i zapasów laboratoryjnych niezbędnych do wykonania poszczególnych badań diagnostycznych. Instalacja systemu hermetyzacji dla modułu BSL-3 jest szczegółowo opisana²⁴ i wymaga dodatkowej kontroli jakości. ²⁴

2. Lista kontrolna dla ochrony osobistej i podstawowej pracy w laboratorium

UWAGA: Błąd w którejkolwiek z faz wymagań dotyczących ogólnego bezpieczeństwa i badań laboratoryjnych może unieważnić wyniki całego procesu testowania.

Przed przygotowaniem się do wejścia do zainstalowanej jednostki laboratoryjnej upewnij się, że spełnione są wszystkie wymagania bezpieczeństwa BSL-2 lub BSL-3: ubieranie się w odpowiedni sprzęt ochronny dla personelu (PPE), mycie rąk, noszenie rękawic i odkażanie wszelkich miejsc pracy, które mają być używane.
Postępuj zgodnie z listą kontrolną w tabeli 1, która zawiera wymagania bezpieczeństwa dotyczące ochrony osobistej podczas testów przeprowadzanych w laboratorium BSL-2 i modułu BSL-3 (zmontowane pomieszczenie schowka - podciśnienie i pomieszczenie PCR - nadciśnienie).
Odkaż całą przestrzeń roboczą i materiały eksploatacyjne w laboratorium. Jeśli planujesz użyć roztworu podchlorynu sodu (0,5%), znanego również jako wybielacz w płynie, do odkażania miejsca pracy i materiałów eksploatacyjnych, użyj również 70% etanolu do czyszczenia wszystkich obszarów narażonych na działanie wybielacza, ponieważ wybielacz może mieszać się z innymi chemikaliami w miejscu pracy, tworząc toksyczne opary. Wszystkie wybielacze należy wyrzucić do wyznaczonego pojemnika na odpady.
Przed przystąpieniem do pracy w jednostce laboratoryjnej należy zapoznać się z jej układem i układem. Obowiązują ścisłe zasady dotyczące przetwarzania próbek w pomieszczeniu z schowkiem na rękawiczki (GB). W pomieszczeniu GB panuje podciśnienie! Aby obsługiwać schowek podręczny, należy zapoznać się z instrukcją producenta. Wiele źródeł zawiera szczegółowe instrukcje dotyczące obsługi schowka²⁵.
UWAGA: Celem tego testu jest ekstrakcja i oczyszczenie kwasu rybonukleinowego (RNA) lub kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA), jeśli jest obecny, z próbek. Wyekstrahowane RNA/DNA zostanie przetestowane metodą RT-PCR w czasie rzeczywistym w celu wykrycia obecności lub braku docelowych patogenów wirusowych - grypy (INF).

3. Szybka diagnostyka wirusa grypy metodą RT-PCR w laboratorium BSL-2

Odbierz i zarejestruj się
1. Zastosuj listę kontrolną dla ŚOI (patrz rozdział 2). INF jest środkiem klasy 2 wymagającym praktyki BSL-2. Wymagane są środki ochrony osobistej odpowiednie do praktyki BSL-2. Dodatkowo noś okulary ochronne i fartuchy laboratoryjne z mankietami, aby zminimalizować potencjalne narażenie skóry.
2. Zgodnie z zaleceniami Światowej Organizacji Zdrowia (WHO)²⁶, do pobierania próbek z dróg oddechowych należy używać sterylnych wacików z dakronu lub sztucznego jedwabiu z plastikowymi trzonkami.
  UWAGA: Waciki z bawełny lub alginianu wapnia lub waciki z drewnianymi patyczkami mogą zawierać związki, które dezaktywują niektóre wirusy i hamują testy PCR²⁶^,²⁷.
3. Gdy od pacjentów pobierane są wymazy, należy je przetransportować do placówki laboratoryjnej z terenu lub kliniki. Przenoszenie próbek przez okno przejściowe; Tego okna nie można otworzyć z obu stron.
4. W oknie przelotowym należy spryskać probówki zawierające próbki wybielaczem przez 1 minutę, a następnie 70% etanolem i wytrzeć do sucha, aby zapewnić odpowiednią dekontaminację przed wejściem do jednostki laboratoryjnej. Po zanurzeniu technik laboratoryjny wewnątrz urządzenia otworzy okno przelotowe i pobierze próbki z pojemnika na wybielacz, który ma zostać zarejestrowany. Zazwyczaj osoba przekazująca próbkę i osoba pobierająca próbkę to nie to samo.
5. Otwórz okno przejściowe i zbierz próbki, które mają zostać zarejestrowane. Wytrzyj wszystkie próbki, które zostały zdezynfekowane wybielaczem i etanolem. Przetrzyj wnętrze okienka przepustowego wybielaczem, a następnie 70% roztworem etanolu. Zarejestruj próbkę w interaktywnym systemie opartym na tablecie lub laptopie. Zidentyfikuj próbkę za pomocą następujących informacji:
  - Data odbioru
  - Data początka
  - Wiek i płeć pacjenta
  - Rodzaj próbki (np. wymaz z nosa)
  - Niepowtarzalne identyfikatory
  - Inne istotne informacje
6. Używaj kodów kreskowych do etykietowania probówek. Dodać kod kreskowy do każdej probówki z próbką i czterech pustych probówek przeznaczonych do podwielokrotności. Przenieś próbki do okapu wentylacyjnego. Zeskanuj kod kreskowy na każdej probówce i upewnij się, że na ekranie tabletu lub laptopa pojawiają się właściwe informacje identyfikujące próbkę. Jeśli kody kreskowe nie są dostępne, użyj markera odpornego na działanie alkoholu. Zawsze należy oznaczyć samą fiolkę, nigdy nakrętkę, ponieważ może ona zostać zmieniona podczas obchodzenia się z nią! Zakończ proces rejestracji.
Przykładowa podwielokrotność
1. Po oznakowaniu probówek użyj certyfikowanej komory bezpieczeństwa biologicznego klasy 2 do obsługi próbek i pobierania porcji próbek. Jedna podwielokrotność może być użyta do natychmiastowego testu, a pozostałe mogą być zachowane do celów referencyjnych lub ponownego testowania.
2. Gdy próbki dotrą z końcówką wymazu z nosa w pożywce transportowej wirusa, mieszaj końcówkę wacika w pożywce przez 30 sekund i ściśnij ją o bok fiolki. Następnie wyjmij go z podłoża i zutylizuj zgodnie z protokołem odpadów niebezpiecznych biologicznie (odpowiednio wyrzuć, autoklaw lub powiesić w roztworze chloru w proporcji 1:100).
  UWAGA: Najmniejsza objętość podłoża, która powinna być przechowywana, to 0,5 ml. W ten sposób próbkę o objętości 3 ml można podzielić na sześć podwielokrotności (podpróbek). Użyj 1 ml probówki do przechowywania kriogenicznego na każdą próbkę o pojemności 0,5 ml, aby zapewnić dodatkową objętość zamrożonego podłoża.
3. Pobierając podwielokrotności, do każdej próbki należy używać świeżych, sterylnych lub jednorazowych pipet i wyrzucać je do pojemników na odpady niebezpieczne biologicznie, aby uniknąć zanieczyszczenia krzyżowego. Upewnij się, że każda tuba jest szczelnie zamknięta i zamknięta.
4. Wykorzystać jedną podwielokrotność na próbkę do natychmiastowej ekstrakcji i przechowywać wszelkie inne podwielokrotności w zamrażarce (w temperaturze -80 °C, ponieważ jest to próbka do oddychania) do wykorzystania w przyszłości.
5. Przed przejściem do stanowiska pracy wyczyść wszystkie powierzchnie i sprzęt w miejscu pracy wybielaczem, a następnie 70% roztworem etanolu.
Ekstrakcja i oczyszczanie
1. Aby zapewnić jakość testów, należy przenieść porcje próbek PCR z kodem kreskowym z obszaru obsługi próbek do stanowiska roboczego (szafa bezpieczeństwa BSL-2) przeznaczonego do ekstrakcji. Ta szafa bezpieczeństwa jest wyposażona w oddzielny zestaw pipet do obsługi próbki.
2. Użyj mini zestawu wirusowego RNA do ekstrakcji próbek RNA. Postępuj zgodnie z instrukcjami producenta dotyczącymi oczyszczania wirusowego RNA za pomocą protokołu spinowego. Przygotować mieszankę wzorcową w zależności od liczby próbek, które mają zostać wyekstrahowane. Główną mieszaninę próbki i buforu do lizy należy przechowywać w temperaturze pokojowej.
3. Przygotuj liczbę próbek, które należy wyekstrahować. Oznacz probówki do mikrowirówek o pojemności 1,5 ml numerami kodów kreskowych lub unikalnym identyfikatorem.
4. Ustaw pipetę na 560 μl. Nałóż czystą końcówkę pipety. Dodać 560 μl buforu do lizy do każdej oznakowanej probówki. Wyrzuć napiwek. Nałóż czystą końcówkę do pipety. Dodać 140 μl próbki. Wyrzuć stare i nałóż czystą końcówkę pipety. Powtórzyć te czynności z drugą próbką. Nałóż czystą końcówkę do pipety. Dodać 140 μl buforu do probówki kontroli ujemnej. Dokładnie zamknij każdą rurkę.
5. Próbkę o podwielokrotności 1 należy badać pulsacyjnie wirowo z buforem do lizy przez 15 s. Powtórzyć czynności z próbką o podwielokrotności 2 i probówką kontrolną. Mikrowirować każdą próbkę przez 5 sekund. Próbki należy inkubować przez 10 minut w temperaturze pokojowej.
6. Po 10 minutach inkubacji ponownie odwirować probówki, aby usunąć wszelkie krople z wnętrza każdej pokrywki probówki. Do próbki dodać 560 μl roztworu etanolu. Wymień końcówkę pipety. Powtórzyć czynności z pozostałymi lub dodatkowymi próbkami. Zamknij dokładnie każdą probówkę z próbką i wiruj pulsacyjnie każdą próbkę przez 15 sekund. Mikrowirować próbki przez 5 sekund.
7. Nałóż mieszaninę na kolumnę wirową. Zaopatrzyć się w czyste probówki zbiorcze o pojemności 2 ml. Dodaj kolumny wirowania i oznacz je etykietami, aby pasowały do próbek. Przenieść odpowiednio 630 μl próbki do odpowiedniej kolumny.
8. Zabezpiecz nakrętki i przejdź do wirówki. Równomiernie rozprowadzić próbki w wirówce. Odwirować przy 6 000 × g przez 1 minutę w celu usunięcia buforu do lizy. Wróć do stanowiska pracy. Wymień probówki zbiorcze. Dodać pozostały bufor do lizy i powtórzyć etap wirowania. Wyrzucić oryginalne probówki z podwielokrotnymi próbkami.
9. Usunąć eluat i przemyć kolumnę wirową dwoma. Zastosować 500 μl buforu AW1. Powtórz tę czynność z każdą próbką. Zabezpiecz nakrętki każdej próbki i odwiruj w temperaturze 6 000 × g przez 1 minutę. Powtórzyć z drugim buforem AW2 i odwirować przy 20 000 × g przez 3 minuty.
10. Na koniec eluuj RNA, dodając bufor elucyjny. Umieścić kolumnę w czystej probówce o pojemności 1,5 ml, otworzyć kolumnę i dodać 60 μl buforu AVE. Inkubować w temperaturze pokojowej przez 1 minutę i odwirowywać przy 6 000 x g przez 1 minutę. Próbki są teraz gotowe do analizy PCR.
Amplifikacja i detekcja PCR
1. Wykonaj amplifikację PCR w oddzielnym obszarze przeznaczonym do PCR. Przeprowadzić amplifikację PCR celu wirusowego przy użyciu protokołu PCR dla procedury jednoetapowej zgodnie z instrukcjami producenta. Należy pamiętać, że mieszanka wzorcowa jest tworzona przy użyciu starterów specyficznych dla wirusów, sond, 2x buforu RT-PCR i enzymu RT-PCR. Dodać mieszankę wzorcową do płytek lub probówek, a następnie dodać i wymieszać poszczególne próbki (patrz sekcja 4.4).
2. Przenieś płytkę do maszyny do PCR i uruchom zgodnie z warunkami amplifikacji celu wirusa. Po załadowaniu próbek do urządzenia do PCR zakończenie cyklu zajmuje około 90 minut.
Konserwacja po użyciu sprzętu
1. Po zakończeniu użytkowania sprzętu należy wykonywać regularną i okresową konserwację zgodnie z tabelą 2.

4. Szybka diagnostyka wirusa grypy metodą RT-PCR w laboratorium BSL-3

UWAGA: W warunkach BSL-3 protokół eksperymentalny pozostanie taki sam, ale środki bezpieczeństwa będą miały pierwszeństwo przed czymkolwiek innym. Przed wejściem do laboratorium BSL-3 wyjrzyj przez przezroczyste okienko, aby upewnić się, że w schowku rękawicowym powstało podciśnienie. Oczywiste będzie, że podciśnienie zostało ustalone, gdy widoczna jest różowa kula w ścianie.

Odbierz i zarejestruj się
1. Po ustaleniu podciśnienia otwórz drzwi i wejdź do urządzenia. Natychmiast umyj ręce, a następnie przystąp do stosowania środków ochrony osobistej. Zastosuj listę kontrolną dla ŚOI i przepływu pracy BSL-3 (patrz rozdział 2).
2. Przystąp do zakładania środków ochrony osobistej w następującej kolejności: pod rękawiczkami, fartuch, ochraniacze na buty, maska, osłona twarzy, druga para rękawiczek. Zaleca się noszenie pełnego fartuchu, który chroni całe ciało.
3. Włącz maszynę i poczekaj, aż ciśnienie w schowku na rękawiczki ustabilizuje się. Użyj roztworu wybielacza w sprayu, aby odkazić wszystkie obszary i materiały, które mają być używane wewnątrz i na zewnątrz schowka. Odpady wybielacza należy wyrzucać do pojemnika zawierającego tylko wybielacz. Użyj 70% roztworu etanolu, aby oczyścić wszelkie obszary, w których użyto wybielacza.
4. Przenieść próbkę przez okno przepustowe.
  UWAGA: Przed upuszczeniem w oknie przepustowym należy zdezynfekować probówki zawierające próbki, zanurzając je w kąpieli podchlorynowej na 1-2 minuty. W szczególności spryskaj próbki roztworem wybielacza i pozostaw w spokoju na co najmniej 1 minutę i przepuść przed otrzymaniem ich do jednostki BSL-3. Osoba przekazująca próbkę z zewnątrz i osoba odbierająca, pobierająca próbkę wewnątrz laboratorium BSL-3 nie powinny być takie same.
5. Odbierz próbki wewnątrz jednostki BSL-3 i wyczyść je przed przejściem do etapów rejestracji i etykietowania.
6. Zarejestruj próbkę za pomocą interaktywnego systemu opartego na tablecie lub laptopie. Zidentyfikuj próbkę, podając następujące informacje (zob. sekcja 3.1.5).
7. Używaj kodów kreskowych do etykietowania probówek. Jeśli kody kreskowe nie są dostępne, użyj markera odpornego na działanie alkoholu.
  UWAGA: Zawsze należy oznaczyć samą fiolkę, nigdy nakrętkę, ponieważ może ona zostać zmieniona podczas obsługi!
Przykładowa podwielokrotność
1. Po zarejestrowaniu próbek i oznaczeniu probówek należy umieścić je w certyfikowanym schowku na rękawiczki za pomocą tacki z blokadą powietrzną, aby pobrać próbki z wnętrza schowka na rękawiczki. Zamknij drzwi. Następnie otwórz drugie drzwiczki przez schowek na rękawiczki, aby pobrać próbki. Nie otwieraj obu drzwi jednocześnie. Otwieraj i zamykaj każde drzwi w dwóch różnych krokach dla środków ostrożności. Włącz oświetlenie UV-C.
2. Po bezpiecznym przeniesieniu próbek do wnętrza schowka na rękawiczki należy postępować zgodnie z opisanymi wcześniej krokami dotyczącymi tworzenia porcji próbek w schowku na rękawiczki. Jedna podwielokrotność próbki może być wykorzystana do natychmiastowego badania, a pozostałe mogą być zachowane do celów referencyjnych lub ponownego badania. Próbki są dostarczane z końcówką wymazu z nosa w pożywce transportowej wirusa. Pobrać próbki i umieścić po jednej w każdej fiolce. Mieszaj końcówkę wacika w pożywce przez 30 sekund i ściśnij ją o bok fiolki przed wyjęciem jej z pożywki i wyrzuceniem z wykorzystaniem protokołu odpadów niebezpiecznych biologicznie (odpowiednio wyrzucić, autoklawować lub zawiesić w roztworze chloru w proporcji 1:100).
  UWAGA: Najmniejsza objętość podłoża, która powinna być przechowywana, to 0,5 ml, w tym celu należy użyć fiolek o pojemności 1 ml. W ten sposób próbkę o objętości 3 ml można podzielić na sześć podwielokrotności (podpróbek).
3. Do każdej próbki należy używać świeżych, sterylnych lub jednorazowych pipet i wyrzucać je jako odpady niebezpieczne biologicznie. Po podzieleniu próbek na porcje przenieść je do hermetycznego pojemnika. Zamknąć fiolki zabezpieczonymi i wyjąć je ze schowka na rękawiczki.
4. W schowku na rękawiczki zamknij worek na odpady stanowiące zagrożenie biologiczne i przygotuj nowy worek na odpady, aby uniknąć zanieczyszczenia krzyżowego. Odkaż miejsce pracy schowka, stosując wybielacz przez 5 minut, a następnie 70% roztwór etanolu.
5. Wykorzystać jedną porcję na próbkę do natychmiastowej analizy, a pozostałe przechowywać w zamrażarce w temperaturze -80 °C, ponieważ jest to próbka układu oddechowego. Po odkażeniu należy zachować jedną podwielokrotność do badań, wyjąć wszystkie próbki ze schowka na rękawiczki i przechowywać je w zamrażarce o temperaturze -80 °C.
Ekstrakcja i oczyszczanie
1. Po odkażeniu należy przenieść podwielokrotności próbek oznaczone kodem kreskowym potrzebne do analizy PCR z obszaru obsługi próbki z powrotem do schowka na rękawiczki.
2. W schowku rękawicowym wykonaj wszystkie etapy lizy procedury ekstrakcji. Użyj mini zestawu wirusowego RNA do ekstrakcji próbek RNA zgodnie z instrukcjami producenta. Postępuj zgodnie z instrukcjami krok po kroku dotyczącymi oczyszczania wirusowego RNA za pomocą protokołu wirowania zawartymi w instrukcjach producenta.
3. Przygotuj liczbę próbek, które należy wyekstrahować. Oznacz mikroprobówki wirówkowe o pojemności 1,5 ml numerami kodów kreskowych lub unikalnym identyfikatorem.
4. Dodać 560 μl buforu do lizy do 140 μl próbki i wprowadzić wir impulsowy. Inkubować przez 10 minut w temperaturze pokojowej.
  UWAGA: Procedura inaktywacji może się różnić w zależności od rodzaju patogenu BSL-3, który jest ekstrahowany, aw niektórych przypadkach może być konieczna dalsza inaktywacja.
5. Po etapie lizy szczelnie zamknij nakrętki na każdej próbce i umieść je w zamkniętym przelocie pod ciśnieniem (jeśli wirówka jest umieszczona na zewnątrz komory rękawicowej). Przenieść zlizowane próbki do komory bezpieczeństwa biologicznego na pozostałą część procedury.
  UWAGA: Procedurę ekstrakcji i oczyszczania RNA można przeprowadzić w komorze rękawicowej lub w komorze rękawicowej, a następnie w komorze bezpieczeństwa biologicznego, w zależności od patogenu BSL-3 i wymaganych protokołów.
6. Upewnij się, że ponownie odkażyłeś miejsce pracy i materiały eksploatacyjne w schowku na rękawiczki za pomocą wybielacza i 70% roztworu etanolu, aby wyczyścić wszystkie obszary narażone wcześniej na działanie wybielacza.
7. Postępuj zgodnie z krokami opisanymi w sekcjach 3.3.6 - 3.3.10 w celu przemycia i oczyszczenia RNA.
8. Po ekstrakcji przenieść próbki do okienka przejściowego w celu analizy PCR.
9. Po wyjęciu i przeniesieniu próbek należy odkazić przestrzeń roboczą laboratorium poza schowkiem na rękawiczki, zgodnie z sekcją 2.
10. Przed zdjęciem środków ochrony indywidualnej poczekaj, aż cyrkulacja powietrza w urządzeniu bezpiecznie osiągnie odpowiednią liczbę cykli filtrowania, zanim zaczniesz zdejmować środki ochrony indywidualnej. Natychmiast po wyjęciu i wyrzuceniu wszystkich środków ochrony indywidualnej do pojemnika na odpady środków ochrony indywidualnej, przed wyjściem z urządzenia należy przystąpić do mycia rąk w laboratorium wodą z mydłem, zgodnie z sekcją 2.
Amplifikacja i detekcja PCR
UWAGA: Amplifikacja PCR jest wykonywana w oddzielnym obszarze przeznaczonym do PCR i połączonym z obszarem komory rękawicowej za pomocą okienka przelotowego. Miejsce pracy i materiały eksploatacyjne muszą zostać odkażone przed testem.
1. Usunąć wyekstrahowane próbki RNA z okienka przepustowego.
2. Wykonaj amplifikację PCR celu wirusowego przy użyciu jednoetapowego protokołu PCR. Przygotuj mieszankę wzorcową, używając starterów specyficznych dla wirusa, sond, 2x buforu RT-PCR i enzymu RT-PCR. Do każdego testu celowanego należy użyć probówki o pojemności 1,5 ml z następującym składnikiem: woda, startery i sondy, 2x bufor i enzym RT-PCR. Wiruj i zakręć główną mieszanką.
3. Porcję mieszanki wzorcowej podzielić na każdą z probówek paskowych. Po przygotowaniu mieszanki wzorcowej należy umieścić zestaw do PCR w zalecanej temperaturze do przechowywania.
4. Dodaj poszczególne próbki do każdej z probówek paskowych, używając oddzielnej końcówki między każdą probówką paskową. Obracać płytkę lub probówki z prędkością 1 500 obr./min przez 1 min. Próbki są gotowe do załadowania do jednostki PCR w czasie rzeczywistym.
5. Przenieś płytkę z próbkami do przyrządu do PCR i uruchom maszynę zgodnie z warunkami amplifikacji celu wirusowego. Wykonanie jednego biegu zajmuje około 90 minut.
6. Przed pobraniem wyników i opuszczeniem laboratorium należy zdjąć środki ochrony indywidualnej i odpowiednio odkazić każde stanowisko pracy oraz przygotować się do następnego badania diagnostycznego, zgodnie z sekcją 2.
Konserwacja po użyciu sprzętu
1. Po użyciu sprzętu należy wykonywać regularną i okresową konserwację zgodnie z tabelą 2.
  UWAGA: Całkowity czas realizacji diagnostyki wynosi około 4 godzin. Czas ekstrakcji i czas przygotowania PCR mogą się różnić w zależności od liczby próbek, a test diagnostyczny może trwać odpowiednio 4-5 godzin lub dłużej.

Wyniki

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Celem tego badania jest wykazanie, że proponowane mobilne laboratoria BSL-2 i BSL-3 zapewniają odpowiednie środowisko pozwalające na przeprowadzanie testów diagnostycznych wirusów układu oddechowego z reprezentatywnymi wynikami identycznymi z testami wykonywanymi w wysokiej jakości laboratoriach stacjonarnych. Wyposażenie laboratoriów jest zaprojektowane tak, aby spełniało wymagania badań podane w zaleceniach BHP. Gdy tylko zdalny obiekt laboratoryjny zostanie wdrożony (Rysunek 4) i wszystkie urządzenia i materiały eksploatacyjne zostaną zainstalowane (Rysunek 5), można przeprowadzić testy laboratoryjne.

Zgodnie ze standardowymi procedurami operacyjnymi laboratorium, wymagane są środki ochrony osobistej (fartuchy laboratoryjne, obuwie ochronne, rękawice, zaawansowana maska, okulary ochronne itp.) odpowiednie do praktyki BSL-2. Do praktyki BSL-3 moduł laboratoryjny podciśnienia PCR jest wyposażony w certyfikowaną komorę rękawicową. Jednostki laboratoryjne są wyposażone w zewnętrzne okna przepustowe w celu ochrony personelu na etapie przyjmowania próbek. Proces rejestracji można uprościć dzięki wcześniej opracowanej aplikacji na tablety (Rysunek 3D). Można również używać innych akceptowalnych aplikacji, które działają na laptopie.

Ten konkretny test diagnostyczny wirusa układu oddechowego może być wykonany w połączonych modułach laboratoryjnych w celu oddzielenia etapów procedury diagnostycznej celowo, aby uniknąć zanieczyszczenia lub potencjalnej interferencji między odczynnikami biochemicznymi, które mogą mieć wpływ na wyniki testów. Aby zmaksymalizować jakość diagnozy, praktyka szybkich testów diagnostycznych wykorzystuje (i) zarówno podstawowe laboratorium BSL-2, jak i pomieszczenie PCR połączone trawersem (sekcja 3) lub (ii) pomieszczenia GB i PCR połączone oknem przejściowym (sekcja 4). Schemat proponowanego przepływu pracy w laboratorium jest przedstawiony na stronie Rysunek 6 i kładzie nacisk na ochronę osobistą. Na diagramie przedstawiono znaczenie każdego wskazanego kroku dla ochrony personelu, zwłaszcza jeśli personel laboratoryjny w odległych obszarach jest minimalnie przeszkolony.

Szybki test diagnostyczny na grypę jest przeprowadzany za pomocą techniki RT-PCR. Procedura składa się z czterech głównych kroków. Należy pamiętać, że poszczególne obszary robocze są przypisywane do każdego etapu protokołu.

Pierwszym krokiem jest pobranie próbki i podzielenie jej na kilka porcji. Podwielokrotności mogą być następnie oznaczone kodami kreskowymi w celu poprawy skuteczności kontroli danych i przechowywane w zamrażarce do dalszych badań. Drugim krokiem jest dezaktywacja próbki w buforze do lizy poprzez odwirowanie i ogrzewanie. Pierwszy i drugi etap należy wykonać w komorach bezpieczeństwa biologicznego. Korzystaj z indywidualnych zestawów pipet i sprzętu. Proponuje się wykonanie testu PCR w pomieszczeniu PCR, jeśli jest dostępny. Trzecim krokiem jest dokumentacja wyników. Krok czwarty to konserwacja po użyciu sprzętu i przypomnienie o ochronie personelu na koniec eksperymentu.

Jeśli próbka ma być sklasyfikowana jako BSL-3+ (np. Ebola, Zika, MERS, TB), należy użyć komory rękawicowej. W zdalnym laboratorium pomieszczenie GB ma własne okno przelotowe do przyjmowania próbek oraz laptop lub tablet do rejestracji próbek. Podwielokrotność próbki i inaktywacja wirusa muszą być przeprowadzone w komorze rękawicowej. Zaleca się oświetlenie UV-C, aby uniknąć zanieczyszczenia podczas zabiegu. Po inaktywacji próbki, dalsze kroki do protokołu są podobne do podstawowego laboratoryjnego testu BSL-2 i BSL-3 i są zgodne z Listą kontrolną Część III (Tabela 1, Rysunek 6).

figure-results-1
Rysunek 1. Prototyp obiektu laboratoryjnego. (A, B) Tryb transportu; (C) Tryb rozłożenia: na zewnątrz; (D) Tryb rozłożenia: wnętrze. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

figure-results-2
Rysunek 2.Schematy. A) laboratorium podstawowe BSL-2; (B) Moduł BSL-3 obejmuje komorę rękawicową i laboratoria PCR, które mają wspólne okno przejściowe do przenoszenia chronionych próbek; (C) Połączone obiekty laboratoryjne (A) i (B) ze wspólnymi mediami. (D,E) Fotografie połączonych jednostek z przeciwnych stron. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

figure-results-3
Rysunek 3. (A) Wnętrze obiektu BSL-3 posiada (1) okno przelotowe, zlew oraz (2) stację do przemywania oczu na wlocie; (B) Złącza elektryczne, (C) Złącza wodne; (D) Oprogramowanie na tablety do śledzenia dostaw i dokumentacji wyników laboratoryjnych. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

figure-results-4
Rysunek 4.Rozmieszczenie obiektu laboratoryjnego. Instrukcja rozkładania paneli po jednej stronie urządzenia, jak pokazano na ilustracji (A-D). Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

figure-results-5
Rysunek 5.Schematy połączonego laboratorium: (A) BSL-2 moduł 1; (B) Schowek rękawicowy i moduł PCR 2. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

figure-results-6
Rysunek 6. Schemat blokowy testu RT-PCR do diagnostyki wirusów układu oddechowego w zdalnej placówce laboratoryjnej. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Zdalne laboratorium BSL-2	Zdalne laboratorium BSL-3
Część I	Część I
i. Technik laboratoryjny, aby wejść przez drzwi oznaczone wejściem i założyć fartuch laboratoryjny, który wisi na wieszaku obok drzwi wejściowych. Zabronione jest otwieranie butów, zaleca się stosowanie zaawansowanych masek i okularów ochronnych.	i. Technik laboratoryjny zagląda do okna schowka na rękawiczki z zewnątrz urządzenia, aby upewnić się, że aktywowane jest podciśnienie. (Różowa kulka powinna być widoczna w urządzeniu, aby pokazać, że podciśnienie działa).
ii. Technik laboratoryjny do umycia rąk w zlewie, załóż jednorazowe rękawiczki i zacznij od pobrania próbek.	ii. Jeśli działa podciśnienie, technik laboratoryjny powinien wejść tylko przez drzwi i założyć fartuch laboratoryjny, który wisi na wieszaku obok drzwi wejściowych. Otwarte buty są zabronione, pożądana jest zaawansowana maska i okulary ochronne.
iii. Próbki, które zostały zanurzone w kąpieli z podchlorynem przed upuszczeniem w oknie przelotowym, znajdują się w przejściu dla technika laboratoryjnego.	iii. Technik laboratoryjny do mycia rąk w zlewie, zakładania jednorazowych rękawiczek, środków ochrony osobistej i rozpoczęcia pobierania próbek.
iv. Otrzymane w odbiorze próbki.	iv. Próbki, które zostały wcześniej zanurzone w kąpieli z podchlorynem przed upuszczeniem w oknie przejściowym, znajdują się w przejściu dla techników laboratoryjnych.
Część II	v. Otrzymane w odbiorze próbki.
v. W zależności od procedury diagnostycznej, próbki przenoszone są do komory bezpieczeństwa biologicznego i inaktywowane.	Część II
vi. Próbki przygotowane do mikroskopii, wirówki lub ROT.	vi. Próbki inaktywowane w schowku rękawicowym.
vii. Przeprowadzane są odpowiednie testy diagnostyczne.	vii. Próbki wykonane do izolacji kwasów nukleinowych.
viii. Przechowuj próbki w lodówce o temperaturze 4°C lub odpowiedniej zamrażarce.	viii. Po ekstrakcji próbki przesunięto do okna przejściowego.
Część III	ix. Technika laboratoryjna wchodzi przez wejście po stronie PCR urządzenia (nadciśnienie).
ix. Używaj zlewu do barwienia i prania rzeczy.	x. Technik laboratoryjny, aby założyć fartuch laboratoryjny z wieszaka obok wejścia, umyć ręce w zlewie, założyć rękawiczki.
x. Korzystaj z laptopa i licznika do wykonywania analiz i dokumentacji.	xi. Odbierz próbki z pomieszczenia Glovebox w oknie przelotowym.
xi. Sterylizuj sprzęt, uruchamiając autoklaw.	xii. W razie potrzeby próbki należy przygotować w komorze laminarnej.
xii. Wyrzuć wszelkie odpady niebezpieczne biologicznie do pojemnika na odpady stanowiące zagrożenie biologiczne.	xiii. Przeprowadzane są odpowiednie testy diagnostyczne.
xiii. Umyj ręce w zlewie.	xiv. Przechowuj próbki w lodówce o temperaturze 4°C lub odpowiedniej zamrażarce.
xiv. Zawieś fartuch laboratoryjny z powrotem na wieszaku.	Część III
xv. Wyjdź tymi samymi drzwiami.	xv. Używaj zlewu do barwienia i prania rzeczy.
	xvi. Korzystaj z laptopa i licznika do wykonywania analiz i dokumentacji.
	xvii. Przenieś fiolki do okienka przejściowego do pomieszczenia PCR i wysterylizuj sprzęt, uruchamiając autoklaw.
	xviii. Wszelkie odpady niebezpieczne biologicznie należy wyrzucać do pojemnika na odpady stanowiące zagrożenie biologiczne.
	xix. Umyj ręce w zlewie.
	xx. Wyjdź tymi samymi drzwiami wejściowymi.

Tabela 1. Lista kontrolna przepływu pracy diagnostyki PCR.

Konserwacja i kalibracje
Systemy PCR w czasie rzeczywistym	miesięczny	Wykonuj kalibracje w tle co miesiąc
Systemy PCR w czasie rzeczywistym	18 miesięcy	Wykonuj kalibracje tła, przestrzenne i barwnika co 18^miesięcy
wirówka	1 rok	Kalibracja dla obrotów na minutę i temperatury za pomocą zewnętrznych lub wewnętrznych usług kalibracji
Schowek na rękawiczki	codzienny	Sprawdź wzrokowo elementy, w szczególności pod kątem uszkodzeń odsłoniętych powierzchni filtrów HEPA, rękawic, o-ringów i węży. Upewnij się, że zaciski kanałów są szczelne i na swoim miejscu. Wykonaj próbę ciśnienia nieszczelności. Przetestuj alarm ciśnienia.
	6 miesięcy	Wymień filtr HEPA
	1 rok	Kalibracja systemu
Autoklaw	tygodniowy	Wyczyść zbiornik na wodę i stojaki za pomocą łagodnego, nieściernego detergentu
	3 miesiące	Kalibracja timera i wskaźników
	1 rok lub co 50 cykli	Kontrola, dokładne czyszczenie, testowanie i kalibracja
Lodówka i zamrażarka	6 miesięcy	Sprawdź silnik wentylatora, wężownice parownika, wężownice skraplające odkurzające i filtry skraplacza i wymień baterie w razie potrzeby
Lodówka i zamrażarka	1 rok	Kalibracja zamrażarki za pomocą wewnętrznych lub zewnętrznych usług kalibracji

Tabela 2. Konserwacja sprzętu do PCR w czasie rzeczywistym.

obowiązkowy	Zalecane
Fartuch laboratoryjny, obuwie ochronne, rękawice	Fartuch laboratoryjny, obuwie ochronne, rękawice, maski, okulary
Lodówka 4 °C, zamrażarka -20 °C	Lodówka 4 °C, zamrażarka -20 °C, zamrażarka -80 °C
Jeden zestaw pipet automatycznych	Trzy zestawy pipet automatycznych
Wirówka, wytrząsarka, termocykler	System robotyczny
Maszyna RT-PCR, łaźnia lodowa	RT-PCR z regulacją temperatury, chłodnica bezoblodzeniowa
Worki na odpady stanowiące zagrożenie biologiczne	Autoklaw do usuwania odpadów stanowiących zagrożenie biologiczne

Tabela 3. Minimalne wymagania dotyczące testu diagnostycznego RT-PCR na obecność wirusa układu oddechowego BSL-2.

Dyskusja

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Opisany powyżej zdalny obiekt laboratoryjny jest zorientowany logistycznie, można go rozbudowywać, szybko wdrażać, jest wielofunkcyjny i opiera się na koncepcjach projektowych skoncentrowanych na człowieku, które zostały ukierunkowane na ochronę personelu laboratoryjnego i wydajności miejsca pracy. Opracowano i przedstawiono szczegółowy protokół szybkiego zakładania laboratoriów oraz bezpiecznej izolacji i diagnozowania wirusów układu oddechowego.

Dla optymalnego funkcjonowania sprzętu w jednostkach laboratoryjnych muszą być zachowane następujące warunki: temperatura otoczenia 21 ± 2 °C, dopuszczalna temperatura od 5 do 40 °C, wilgotność od 14 ± 5% wilgotności względnej, dopuszczalna maksymalna wilgotność względna 80% RH (bez kondensacji) oraz wysokość nad poziomem morza od 0 do 2 000 m n.p.m.

Zużycie energii jest jednym z najważniejszych parametrów zarządzania laboratorium poza siecią. W przypadku podstawowego sprzętu laboratoryjnego sprawność energetyczna może różnić się o 15-40%; Jednak średnie zużycie energii jest tutaj szacowane, aby zapewnić odpowiednią usługę. Najwyższa moc (1 500-2 000 W) dotyczy klimatyzatora, systemu schowka podręcznego, maszyny do PCR i sterylizatora w autoklawie. Biorąc pod uwagę 8 godzin intensywnej pracy przy realizacji protokołu oraz 16 godzin kontroli środowiska laboratoryjnego, dzienne zużycie energii przez jednostki laboratoryjne wynosi około 36 kWh/dobę dla BSL-2, około 43 kWh/dobę dla BSL-3 i 73 kWh/dobę dla przyłączonych obiektów BSL-2/BSL-3+. W przypadku pojedynczego urządzenia zalecamy zapewnienie źródła energii elektrycznej o mocy bieżącej/ciągłej ≥8 kW, mocy udarowej/rozruchowej ≥10 kW; dla podłączonego obiektu moc robocza/ciągła ≥12 kW, a moc udarowa/rozruchowa ≥14 kW. Należy pamiętać, że w laboratorium BSL-3 zdecydowanie zaleca się awaryjne źródło energii, aby uniknąć przypadkowej przerwy w dostawie prądu i zagwarantować stabilną pracę komory rękawicowej i systemu podciśnienia podczas testu diagnostycznego.

Generator elektryczny zasilany benzyną to ekonomiczne rozwiązanie do awaryjnego zaopatrzenia w energię. Załóżmy, że efektywność paliwowa generatora benzyny wynosi około 1.5 galona na godzinę przy 100% obciążeniu. Następnie, jeśli średnie dzienne zużycie energii wynosi 8 godzin przy 40% obciążeniu i 16 godzin przy 10% obciążeniu, jednostka laboratoryjna BSL-2 lub BSL-3 potrzebuje odpowiednio 7-9 galonów paliwa dziennie, a podłączony obiekt potrzebuje ~15 galonów / dzień.

Zdalne jednostki laboratoryjne są zaprojektowane tak, aby pasowały do możliwości systemów paneli słonecznych poza siecią. Panele słoneczne nie wymagają dodatkowego paliwa i mogą być eksploatowane z wysoką wydajnością w tropikalnych i subtropikalnych regionach Afryki, Azji i Ameryki Łacińskiej ze względu na wysokie nasłonecznienie. Obecnie jedna jednostka dostępnego na rynku systemu paneli słonecznych pozwala na dzienne zużycie energii do 44 kWh/dzień.

Niezależnie od wybranego rodzaju alternatywnego źródła energii elektrycznej, filtry brudnej energii elektrycznej są zdecydowanie zalecane i wstępnie zainstalowane w obiektach laboratoryjnych w celu poprawy jakości energii i ochrony sprzętu laboratoryjnego. System PCR należy trzymać z dala od źródeł silnego i nieekranowanego promieniowania elektromagnetycznego, ponieważ silne promieniowanie elektromagnetyczne może zakłócać prawidłowe działanie urządzenia. Ważne jest również, aby nie używać systemu PCR w pobliżu źródeł silnych wibracji, takich jak wirówka lub pompa, ponieważ nadmierne wibracje wpłyną na działanie urządzenia. Sprzęt laboratoryjny może być instalowany wyłącznie w środowisku, w którym występują zanieczyszczenia nieprzewodzące, takie jak cząsteczki kurzu lub wióry drzewne. Upewnij się, że pomieszczenie jest z dala od wszelkich otworów wentylacyjnych, które mogłyby wyrzucać cząstki stałe na elementy instrumentu.

Zużycie wody w laboratorium zależy od liczby przeprowadzanych dziennie badań diagnostycznych oraz liczby techników laboratoryjnych pracujących w obiekcie. Woda wolna od nukleaz jest wymagana do przygotowania mieszalników podczas procedury diagnostycznej, w tym ekstrakcji i testu PCR, i musi być dostarczona z wyprzedzeniem, podobnie jak inne materiały eksploatacyjne i chemikalia. Do przeprowadzenia jednego testu diagnostycznego potrzeba co najmniej 50 ml wody wolnej od nukleaz; Wymagana objętość wody wolnej od nukleaz zależy od obciążenia pracą (tj. od liczby próbek). Do uruchomienia sterylizatora autoklawu potrzebna jest woda destylowana. Zużycie wody w autoklawie w jednym cyklu wynosi 160-180 ml; Autoklaw polecany jest do codziennego użytku. Większość tworzyw sztucznych (tubki, końcówki do pipet itp.) jest jednorazowa, ale niektóre nadają się do wielokrotnego użytku i wymagają umycia (duże pojemniki, stojaki itp.). Do mycia rąk między zabiegami używa się zwykłej bieżącej wody, a jej minimalną objętość szacuje się na 15-20 L dziennie. Woda musi być pompowana pod ciśnieniem; System filtracji wstępnej osadów jest zalecany w celu ochrony urządzeń wodnych przed szkodliwym działaniem osadów oraz poprawy jakości wody bieżącej.

W przypadku przechowywania w chłodni w każdej jednostce laboratoryjnej wymagana jest co najmniej jedna lodówka o pojemności 5,1 stopy sześciennej (+4 °C) i jedna zamrażarka o pojemności 4,9 stopy sześciennej (-20 °C do -30 °C) w każdej jednostce laboratoryjnej do przechowywania próbek/RNA.

Dekontaminacja laboratoryjna obejmuje kilka poziomów: czyszczenie > antyseptykę > dezynfekcję > sterylizację. Proste czyszczenie można wykonać za pomocą mydła i wody podczas szorowania ręką lub szczotką w rękawiczce. Antyseptyka obejmuje mycie płynnym środkiem przeciwdrobnoustrojowym w celu zahamowania wzrostu i namnażania się zarazków. Roztwory alkoholu (70%) mogą być stosowane jako płyn antyseptyczny. Dezynfekcja to zastosowanie płynnej substancji chemicznej w celu wyeliminowania prawie wszystkich chorobotwórczych mikroorganizmów (z wyjątkiem zarodników bakterii) na powierzchniach roboczych i sprzęcie. Ważny jest czas ekspozycji chemicznej, temperatura i stężenie środka dezynfekującego. Roztwór podchlorynu sodu (0,5%), czyli wybielacz, jest skutecznym środkiem dezynfekującym na dużą skalę do oczyszczania powierzchni i oczyszczania wody. Inną metodą dezynfekcji jest naświetlanie bakteriobójcze promieniowaniem ultrafioletowym. Lampa bakteriobójcza wytwarza światło UV-C i prowadzi do inaktywacji bakterii i wirusów. Sterylizacja wykorzystuje fizyczną lub chemiczną procedurę w celu zniszczenia całego życia mikrobiologicznego - w tym wysoce odpornych zarodników bakterii. Sterylizację można przeprowadzić za pomocą sterylizatora w autoklawie.

Wszystkie odpady laboratoryjne muszą być segregowane w miejscu ich wytwarzania. Stałe, nieostre, zakaźne odpady należy umieszczać w szczelnych workach na odpady oznaczonych jako zagrożenie biologiczne. Jeśli wytworzone odpady są ostre, należy je umieścić w pojemnikach odpornych na przebicie. Zbieraj potencjalnie zakaźne odpady płynne w odpowiednio oznakowanych pojemnikach na płyny. Pojemniki i worki nie powinny być wypełnione więcej niż 2/3 objętości. Utylizacja wszystkich produktów wybielających musi być posortowana do wyznaczonego pojemnika na odpady. Z odpadami laboratoryjnymi należy obchodzić się delikatnie, aby uniknąć powstawania aerozoli i pękania worków/pojemników. Worki/pojemniki zbiorcze z odpadami stanowiącymi zagrożenie biologiczne muszą być szczelnie zamknięte, a powierzchnie zewnętrzne odkażone po użyciu 0,5% roztworem podchlorynu sodu. Wysterylizuj wszystkie odpady laboratoryjne w autoklawie w temperaturze 121 °C przez 30 minut przed spaleniem. Zapoznaj się z instrukcją obsługi, aby uzyskać informacje na temat prawidłowego użytkowania autoklawu. Jeśli to możliwe, dodaj wskaźnik chemiczny lub biologiczny do autoklawu, aby zapewnić prawidłową sterylizację. Wszystkie autoklawowane odpady stałe i płynne muszą być wyraźnie oznaczone jako wysterylizowane z ustawieniem, datą, godziną i operatorem. Oznaczone odpady muszą być następnie umieszczone w bezpiecznym, oddzielnym miejscu przed spaleniem.

Zgodnie z oczekiwaniami, przebieg testu diagnostycznego zależy od choroby i próbki. Jeżeli do identyfikacji wirusa zaleca się pobranie próbek krwi (np. Ebola¹⁹), porcje próbek można przechowywać w temperaturze -20 °C zamiast -80 °C (konieczne w przypadku wirusów układu oddechowego). Zawsze lepiej jest pobrać więcej niż jedną próbkę podczas pobierania próbki od pacjenta, niż później dzielić próbki. Jeśli to możliwe, dla każdego rodzaju próbki należy pobrać co najmniej dwie próbki w oddzielnych probówkach z próbkami. Próbki muszą zostać podzielone na części, jeżeli dodatkowe pobieranie próbek nie jest możliwe.

Jeśli alternatywne próbki nie mogą być przechowywane w odpowiednich temperaturach (np. nie są dostępne zamrażarki), wymazówki należy przechowywać w czystym (100%) etanolu lub 99% spirytusie metylowym (tylko dodatki metanolu). W takim przypadku końcówkę wacika należy umieścić w fiolce z 1-2 ml etanolu. Należy pamiętać, że takie próbki nadają się tylko do PCR. Należy również pamiętać, że dla każdej konkretnej diagnozy wirusa konieczne jest dobrze ugruntowane badanie ^8,23, a nieznane próbki wirusa muszą zostać wysłane do przydzielonych laboratoriów w celu przeprowadzenia dalszych badań 19,20,21.

Należy uznać obowiązkowe i zalecane wymagania dotyczące wykazu sprzętu laboratoryjnego do diagnostycznych testów PCR w kierunku wirusów układu oddechowego. W tabeli 3 przedstawiono podstawowy i minimalnie zaawansowany (zalecany) sprzęt oraz wymagania dotyczące testu diagnostycznego RT-PCR. W praktyce BSL-3 dodatkowa ochrona przed podciśnieniem (np. schowek w desce rozdzielczej) personelu jest kluczowa i konieczna.

Połączone moduły laboratoryjne są preferowane w celu zwiększenia liczby personelu zaangażowanego w badania laboratoryjne i przyspieszenia czasu wymaganego na pojedynczy test. Zastąpienie czasochłonnej ręcznej ekstrakcji RNA jest możliwe dzięki automatycznemu qPCR (np. QiaCube). Chociaż przyrząd ten jest nieporęczny (szerokość 65 cm, długość 62 cm, wysokość 86 cm), może zmieścić się w mobilnej przestrzeni laboratoryjnej po przestawianiu mebli w jednostkach BSL-2 lub BSL-3.

Przyszłe prace będą koncentrować się na rozwoju szkoleń z zakresu rzeczywistości rozszerzonej (AR) i rzeczywistości wirtualnej (VR). Okulary AR/VR zostaną wykorzystane jako interaktywna platforma do nauczania wymaganych umiejętności potrzebnych do zostania dobrze wyszkolonym pracownikiem laboratorium. Pomocne wskazówki dotyczące wykonywania niektórych trudnych, wieloetapowych procedur w laboratoryjnych testach diagnostycznych zostaną zawarte w przewodniku po oprogramowaniu. Takie podejście do szkolenia personelu powinno poprawić jakość wykonywania testów diagnostycznych i zarządzania nimi w odległych obiektach laboratoryjnych, zwłaszcza w odległych obszarach o ograniczonych zasobach.

Oświadczenia

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Baylor College of Medicine posiada w USA tymczasowe zgłoszenie patentowe dla klinik mobilnych (U.S. Patent Application No. 15/523,126, # 620078924). Autorzy oświadczają, że nie mają konkurencyjnego interesu finansowego.

Podziękowania

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Treść tego artykułu niekoniecznie odzwierciedla poglądy lub politykę Departamentu Zdrowia i Opieki Społecznej USA lub instytucji powiązanych z autorami. Badania te były wspierane przez Paul G. Allen Family Foundation "Enhanced Zero-Impact, Emergency Smart Pod". Głęboko doceniamy wszystkie owocne dyskusje i współpracę z kolegami z Baylor College of Medicine, GSS Health, NASA Johnson Space Center. Jesteśmy serdecznie wdzięczni firmie Thermo Fisher Scientifics i jej przedstawicielom za wypożyczenie maszyny RT-PCR, wirówki i automatycznych pipet w celu przeprowadzenia testu diagnostycznego na obecność wirusa układu oddechowego w odległym laboratorium. Autorzy są wdzięczni Marcie Storl-Desmond i Sidneyowi Stephenowi Sorrellowi za pomoc w przygotowaniu manuskryptu i filmowaniu.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
Nazwa	Firma	Numer katalogowy	Komentarze
Sterylizator autoklawu 'BioClave'Benchmark	Scientific, Edison, NJ, USA	B4000-16	16 litrów, stołowy, Wymiary: 22x17.5x15.7 in, W pełni automatyczny, niezwykle kompaktowy
skaner kodów kreskowych	Zebra Technologies ZIH Corp., Lincolnshire, IL, USA	Symbol LS2208	Ręczna, lekka
skrzynka bezpiecznikowa Obudowa tablicy rozdzielczej	Square D (Schneider Electric), Francja	MH62WP	NEMA 3R/5/12, Wymiary nominalne: 20 szer. x 62 wys. x 6-1/2 cala. D, Wirówka do elektrycznej tablicy rozdzielczej
- Mikrowirówka 17 000 x g	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	75002440	Mieści 24 probówki x1,5 lub 2 ml, Wymiary: 8,9x9,6x13,8 w
komorze bezpieczeństwa biologicznego klasy II	NuAire, Inc., Plymouth, MN, USA	NU-602-400	4-stopowa klatka klasy II typu A2 Wymienna szafa bezpieczeństwa biologicznego, 12-calowy otwór dostępowy, kanał ciśnieniowy HEPEX
Szafa bezpieczeństwa biologicznego klasy III (schowek rękawicowy)	Laboratoria wolne od zarazków, Ormond Beach, FL, USA	Model #PGB-36, numer seryjny #C-2937	Schowek na rękawiczki, przenośny, 36", klasa III BSC. Wymiary: 36x20x23,75 cala, Zawiera 2 wyloty wewnętrzne
Chłodnice kriogeniczne	VWR, Radnor, PA, USA	414004-286	Chłodziarki stołowe z rurką 0,5 lub 1,5 ml
Zamrażarka (30° Zamrażarka C)	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	Model ULT430A	Aby zająć 4,9 stopy sześciennej
Szafka z przepływem laminarnym	NuAire, Inc., Plymouth, MN, USA	NU-126-300 3-stopowa	pionowa szafa z laminarnym przepływem powietrza, 8-calowy otwór dostępowy, zasilanie filtra HEPA, 99,99%
Mini wirówka	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	75004061	Wymiary: 4,1x5,0x6,0 cala
Pipety zautomatyzowane	VWR, Radnor, PA, USA	05-403-151	Pipet 4-pak (2,5,10, 100 i 1,000μ L objętość)
Pipety automatyczne 'Finnpipette'Thermo	Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4700880	Pipet 4-pak (2, 20, 200 i 1 000 funtów; L objętość), Zaawansowana przekładnia objętościowa (AVG), Ultra trwały
generator mocy	Cummins Power Generation, Minneapolis, MN, USA	C60 D6	60 kW, 60 Hz, 1 faza, 120/240 V, Lodówka na olej napędowy
	BioMedical Solutions, Inc., Stafford, TX, USA	BSI-HC-UCFS-0504W	Standardowe lodówki podblatowe i Zamrażarki
	Lodówka Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	05LRAETSA	Zająć 5,1 stopy sześciennej
Maszyna RT-PCR 'Step-one plus'Thermo	Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4376598	Mieści 96 próbek, Wymiary: 9,7x16,8x20,2 cala
Vortex Mix	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	88880017TS	Wymiary nominalne: 6,1x8,3x3,3
Chemikalia
AgPath-ID Jednoetapowe odczynniki RT-PCR	Applied Biosystems, Foster City, CA, USA	4387391
Etanol Koptec Pure 200 Proof	Decon Labs, Inc., Król Prus, PA, USA	V1001
Nuclease-free Water	Ambion, Inc., Carlsbad, CA, USA	AM9906
QIAamp Viral RNA Mini Kit	Qiagen, Hilden, Niemcy	52906
SuperScript III Platinum One-Step qRT-PCR Kit	Invitrogen, Carlsbad, CA, USA	11732-088
Jednorazowe
1 mL probówki kriogeniczne	Thermo Fisher Scientific, Karlowe Wary, CA, Stany Zjednoczone	03-337-7X
Probówki 1,5 ml	VWR, Radnor, PA, USA	10025-726
10 µ L Końcówki filtrów	Neptun, VWR, Radnor, PA, USA	Neptun, BT10XLS3
20 i mikro; L Końcówki filtrów	Multimax, BioExpress, VWR, Radnor, PA, USA	MultiMax, P-3243-30X
200 i mikro; L Końcówki filtracyjne	ART, Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	ART, 2770
1000 µ L Końcówki filtrów	Produkty badawcze Phenix, Candler, NC, USA	TS-059BR
AB niestandardowe sondy	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	Nie dotyczy	Niestandardowe
sondy Combitips Combitips	Eppendorf, Hauppauge, NY, USA	89232-972
Zintegrowane sondy niestandardowe i starter z technologią DNA (IDT) Sondy	IDT	N/A	MicroAmp
Szybka optyczna 96-dołkowa reakcja Płyta	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	490003-978 Lampy
MicroAmp (8 probówek/pasek)	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4358293
MicroAmp Optical 8-Cap Strip	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4323032
Optyczna folia samoprzylepna MicroAmp	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4311971
Supplies
Worki na odpady biologiczne	VWR, Radnor, PA, USA	14220-046	Worki na zagrożenia biologiczne 20,3 x 30,5 cm
Rękawice	Denville Scientific, Holliston, MA, USA	G4162-250	Rękawice małe, średnie lub duże Rękawice nitrylowe lub lateksowe
Fartuch laboratoryjny	N/A	/A	Maski personalizowane
	VWR, Radnor, PA, Stany Zjednoczone	414004-663	Zaawansowana maska ochronna
Obuwie ochronne	NIE DOTYCZY		Nie dotyczy Możliwość dostosowania

niestandardowe szybkiego reagowania CS N

Bibliografia

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

World Health Organization (WHO) Ebola Response Team. Ebola virus disease in West Africa - the first 9 months of the epidemic and forward projections. New England Journal of Medicine. 371 (2), 1481-1495 (2014).
World Health Organization (WHO). Media Center: Ebola Virus Disease Fact Sheet No. 103. , http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs103/en/ (2014).
Fauci, A. S., Morens, D. M. Zika Virus in the Americas - yet another arbovirus threat. New England Journal of Medicine. 374 (7), 601-604 (2016).
Campos, G. S., Bandeira, A. C., Sardi, S. I. Zika virus outbreak, Bahia, Brazil. Emerging Infectious Diseases. 21 (10), 1885-1886 (2015).
Aly, M., Elrobh, M., Alzayer, M., Aljuhani, S., Balkhy, H. Occurrence of the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) across the Gulf Corporation Council countries: Four years update. PLoS ONE. 12 (10), e0183850(2017).
World Health Organization (WHO). Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) - Oman. Media Center: Disease outbreak news. Mar 18. , http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs103/en (2018).
Ducharme, J., Johnson, D. This flu map shows how the biggest influenza outbreak in years spread across the U.S. Time, Time Health: Public Health. , http://time.com/5108077/2018/ (2018).
Gaglani, M., et al. Influenza vaccine effectiveness against 2009 pandemic influenza A(H1N1) virus differed by vaccine type during 2013-2014 in the United States. Journal of Infectious Diseases. 213 (10), 1546-1556 (2016).
Gates, B. The next epidemic - lessons from Ebola. New England Journal of Medicine. 372 (15), 1381-1384 (2015).
Mills, A. Health care systems in low- and middle-income countries. New England Journal of Medicine. 370 (15), 552-557 (2014).
Wölfel, R., et al. Mobile diagnostics in outbreak response, not only for Ebola: a blueprint for a modular and robust field laboratory. Euro Surveillance. 20 (44), 30055(2015).
Connelly, S. Through innovation, education and collaboration, Baylor Global Initiatives seeks to transform health and patient care worldwide. TMC Pulse, Global Perspective. , http://www.tmcnews.org/2015/03/global-perspective/ (2015).
Hersh, D. USAID funds Ebola 'smart pod' project. Federal Times. , https://www.federaltimes.com/govcon/2015/02/20/usaid-funds-ebola-smart-pod-project/ (2015).
Waite, A. Emergency Smart Pods - Transforming Containers into Modern Medical Clinics. DipNote, U.S. Department of State Official Blog. , https://blogs.state.gov/stories/2018/04/02/en/emergency-smart-pods-transforming-containers-modern-medical-clinics (2018).
Guide to US Department of Health and Human Services Regulations. , https://www.hhs.gov/ (2015).
Center for Disease Control and Prevention (CDC). Website: Clean up after a Disaster. , https://www.cdc.gov/disasters/cleanup/index.html (2017).
Flannery, B., et al. Enhanced genetic characterization of influenza A(H3N2) viruses and vaccine effectiveness by genetic group, 2014-2015. Journal of Infectious Diseases. 214 (7), 1010-1019 (2016).
Spencer, S., et al. Factors associated with real-time RT-PCR cycle threshold values among medically attended influenza episodes. Journal of Medical Virology. 88 (4), 719-723 (2016).
Cherpillod, P., et al. Ebola virus disease diagnosis by real-time RT-PCR: A comparative study of 11 different procedures. Journal of Clinical Virology. 77, 9-14 (2016).
Dedkov, V. G., et al. Development and evaluation of a real-time RT-PCR assay for the detection of Ebola virus (Zaire) during an Ebola outbreak in Guinea in 2014-2015. Journal of Virological Methods. 228, 26-30 (2016).
Cnops, L., et al. Developement, integration of a quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction diagnostic test for Ebola virus on a molecular diagnostics platform. Journal of Infectious Diseases. 214 (3), S192(2016).
Keitel, W. A., et al. Rapid research response to the 2009 A(H1N1)pdm09 influenza pandemic (Revised). BMC Research Notes. 6, 177(2013).
Parsons, L. M., et al. Laboratory diagnosis of tuberculosis in resource-poor countries: challenges and opportunities. Clinical Microbiology Reviews. 24 (6), 314-350 (2011).
Expandable Bicon Shelter. Commercial Manual. Sea Box. , Lab EPN-0019618, Glove EPN-0018924 (2019).
Lab Safety. Operating the Glovebox. JoVE Science Education Database. , Cambridge, MA. (2018).
World Health Organization (WHO). Collecting, preserving and shipping specimens for the diagnosis of avian influenza A(H5N1) virus infection. , http://www.who.int/ihr/publications/CDS_EPR_ARO_2006_1.pdf. (2006).
Lorenz, T. C. Polymerase Chain Reaction: Basic Protocol Plus Troubleshooting and Optimization Strategies. Journal of Visualized Experiments. (63), e3998(2012).

Przedruki i uprawnienia

Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE

Poproś o pozwolenie

Tagi

Analiza RT PCR laboratorium BSL 2 BSL 3 mobilny kontener transportowy procedura alikwotowania pr bek u ytkowanie komory z laminarnym przep ywem powietrza protok luzy prze adunkowej detekcja PCR w czasie rzeczywistym lista kontrolna przep ywu pracy w laboratorium

Zdalne zarządzanie laboratorium: diagnostyka wirusów układu oddechowego

W tym artykule

Podsumowanie

Streszczenie

Wprowadzenie

Protokół

Wyniki

Dyskusja

Oświadczenia

Podziękowania

Materiały

Bibliografia

Przedruki i uprawnienia

Tagi

Powiązane artykuły