Artykuł metodologiczny

Wpływ izotopowy porficenu w procesie podwójnego transferu protonów badany metodą Enhanced QM/MM

DOI:

10.3791/60040

⸱

19 lipca 2019

 ,  , 
1State Key Laboratory of Structural Chemistry, Fujian Institute of Research on the Structure of Matter, Chinese Academy of Sciences, 2University of Chinese Academy of Sciences, 3XtalPi Inc. (Shenzhen Jingtai Technology Co., Ltd.), 4Institute of Bioinformatics and Medical Engineering, School of Electrical and Information Engineering, Jiangsu University of Technology

W tym artykule

Podsumowanie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Protokół wykorzystujący ulepszoną metodę QM/MM do zbadania wpływu izotopowego na proces podwójnego transferu protonów w porficenie jest przedstawiony tutaj.

Streszczenie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Pojedyncze podstawienie deuteru w porficenie prowadzi do asymetrycznej geometrii molekularnej, co może wpływać na proces podwójnej transferu protonów w cząsteczce porficenu. W tym badaniu zastosowaliśmy ulepszoną metodę QM/MM o nazwie SITS-QM/MM w celu zbadania wpływu izotopów wodoru/deuteru (H/D) na transfer podwójnych protonów w porficenie. Zmiany odległości w symulacjach dynamiki molekularnej SITS-QM/MM sugerowały, że porficen podstawiony deuterem przyjął stopniowy mechanizm podwójnego transferu protonów. Analiza strukturalna i przesunięcia energii swobodnej procesu transferu podwójnych protonów wykazały, że asymetryczna substytucja izotopowa subtelnie ściska kowalencyjne wiązania wodorowe i może zmienić pierwotne położenie stanu przejściowego.

Wprowadzenie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Proces transferu protonów w porficenach ma potencjalne zastosowania w rozwoju przełączników molekularnych, tranzystorów i urządzeń do przechowywania informacji1,2. W szczególności tautomeryzacja w porficenach poprzez proces podwójnej wymiany protonów wzbudziła szerokie zainteresowanie w dziedzinach spektroskopii i fotofizyki2. Wewnętrzne atomy wodoru porficenu, mogą migrować z jednego izomeru trans do drugiego równoważnego izomeru trans w procesie podwójnego transferu protonów, jak pokazano na rysunku 1. Zaproponowano dwa mechanizmy dla procesu podwójnego transferu protonów: mechanizm uzgodniony i mechanizm krokowy3,4. W skoordynowanym procesie podwójnego transferu protonów oba atomy protonu przechodzą do stanu przejściowego synchronicznie w symetryczny sposób, podczas gdy jeden proton kończy transfer przed drugim protonem w procesie krokowym. Dwa atomy wodoru mogą przenosić się jednocześnie lub skokowo, w zależności od siły korelacji między dwoma atomami wodoru5.

Substytucja izotopowa została użyta do wykrywania właściwości strukturalnych cząsteczek i stałych szybkości kinetyki reakcji6. Pojedyncze podstawienie deuteru w wewnętrznym wodorze porfirenu prowadzi do asymetrycznego kształtu cząsteczki. Wiązanie wodorowe może rozszerzać się lub kurczyć z powodu różnicy mas między atomami wodoru i deuteru. Substytucja izotopowa wprowadza zaburzenie w rusztowaniu porficenu. Pojawia się pytanie, czy asymetryczna budowa wpłynęłaby na proces transferu protonów. Limbach i współpracownicy stwierdzili, że zastąpienie wodoru deuterem spowoduje kompresję obu wiązań wodorowych, a kooperacyjne sprzężenie dwóch wiązań wodorowych w porficenie może sprzyjać uzgodnionemu mechanizmowi7, podczas gdy Yoshikawa stwierdził, że deuteracja sprawi, że mechanizm krokowy przyczyni się bardziej niż mechanizm uzgodniony8. Techniki eksperymentalne, takie jak spektroskopia sił, zostały opracowane w celu uchwycenia szczegółów tautomeryzacji w jednym porphycene9. Jednak nadal trudno jest eksperymentalnie określić atomowe szczegóły transferu protonów ze względu na jego przejściową naturę.

Teoretyczne obliczenia i symulacje mogą służyć jako narzędzia uzupełniające w wyjaśnianiu mechanizmów reakcji transferu protonów. Wśród różnych metod teoretycznych, symulacje dynamiki molekularnej (MD) mogą monitorować dynamiczne ruchy każdego atomu i są szeroko stosowane do ujawniania złożonych mechanizmów w reakcjach chemicznych i enzymatycznych. Jednak regularne symulacje MD mają tendencję do problemów z niewystarczającym próbkowaniem, zwłaszcza gdy w procesie zainteresowania istnieje bariera o wysokiej energii. W związku z tym opracowano ulepszone metody próbkowania, które obejmują próbkowanie ścieżki przejścia10,11, próbkowanie parasolowe (US)12,13 oraz zintegrowane próbkowanie odpuszczania (ITS)14,15. Połączenie różnych ulepszonych metod próbkowania może jeszcze bardziej zwiększyć wydajność próbkowania16,17,18. Aby wykorzystać ulepszone algorytmy próbkowania do symulacji reakcji chemicznych, wdrożyliśmy metodę selektywnego zintegrowanego próbkowania odpuszczania (SITS) z potencjałami mechaniki kwantowej i mechaniki molekularnej (QM/MM) niedawno19. Proponowana metoda SITS-QM/MM łączy w sobie zalety obu metod: metoda SITS przyspiesza pobieranie próbek i może badać wszystkie możliwe kanały reakcji bez wcześniejszej wiedzy na temat mechanizmu reakcji, a QM/MM zapewnia dokładniejszy opis procesu tworzenia i zrywania wiązań, którego nie można symulować wyłącznie za pomocą metod MM. Wdrożone podejście SITS-QM/MM z powodzeniem odkryło skoordynowany podwójny transfer protonów, nieskorelowany i skorelowany mechanizm krokowego transferu podwójnych protonów w różnych systemach, bez wstępnego definiowania współrzędnych reakcji19. W przypadku porficetu podano stopniowy, ale skorelowany charakter transferu protonów19. Do zbadania efektu izotopowego w porficenie w naszym badaniu wykorzystano hybrydową metodę SITS-QM/MM, a poniżej znajdują się szczegółowe opisy algorytmu i protokołu naszej metody.

Wdrożyliśmy metodę SITS z hybrydowymi potencjałami QM/MM. Efektywny potencjał SITS został zdefiniowany tak, aby obejmował energię potencjalną w różnych temperaturach ze współczynnikami wagowymi nk w celu pokrycia szerszych zakresów temperatur,

figure-introduction-1

gdzie, N to liczba wyrazów kanonicznych, βk to odwrotna temperatura, a nk to odpowiedni współczynnik wagowy dla każdego składnika kanonicznego. UE(R) i UN(R) reprezentują rozszerzone i nieulepszone terminy w SITS i są zdefiniowane jako:

figure-introduction-2

Us, Use i Ue to energia potencjalna podsystemu, interakcja między podsystemem a środowiskiem oraz potencjalna energia środowiska. Potencjał QM/MM jest wyrażony jako hybrydowe sumowanie trzech składników,

figure-introduction-3

gdzie Uqm, Uqm/mm i Umm to odpowiednio wewnętrzny termin energetyczny podsystemu QM, energia oddziaływania między obszarami QM i MM oraz energia oddziaływania w podsystemie MM. Termin Uqm/mm można dalej podzielić na trzy składniki, które obejmują warunki energii oddziaływań elektrostatycznych, van der Waalsa i kowalencyjnych między atomami QM i MM,

figure-introduction-4

Przypisujemy figure-introduction-5, oraz figure-introduction-6 do jednego terminu U s w SITS,

figure-introduction-7

Pełny potencjał systemu został następnie rozłożony na energię podsystemu Us, energię interakcji między podsystemem a środowiskiem Use oraz energię środowiska Ue. Na przykład w systemie, którego dotyczy niniejsza praca, podsystemem jest porfirencja, a środowiskiem woda.

Profil PMF wzdłuż zmiennej zbiorczej τ(R) jest wyprowadzany jako,

figure-introduction-8

Powszechnie używane współrzędne reakcji dla każdej wymiany wodoru N1−H1··· N2 to q1 = (r1−r2)/2 i q2 = r1 + r2, gdzie1 to odległość N1-H1, a r2 to odległość H1-N2.

Metoda została zaimplementowana w pakiecie symulacyjnym QM/MM MDQM 4D20. Pełny kod źródłowy i dokumentację można znaleźć tutaj: http://www.qm4d.info/.

Generalnie, symulacje SITS-QM/MM MD obejmują cztery etapy: wstępne równowaga (pre-sits); optymalizacja nk (opt-sits); symulacja produkcji i analiza danych.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Protokół

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Model budynku

  1. Zbuduj strukturę porficonu: Otwórz oprogramowanie GaussView, klikając dwukrotnie myszą. Następnie kliknij przycisk Fragment elementu w menu GaussView, aby wybrać potrzebne elementy. Skonstruuj porficen. Następnie kliknij przycisk Plik, aby zapisać jako plik pdb.
  2. Solvate model: Solvate porphycen in a cubic TIP3P21 water box o długości krawędzi 38 A, wydając polecenie w systemie operacyjnym Linux: genbox_d -cp prp-vac.pdb -cs spc216.gro -o solv.pdb -maxsol 1484 -box 3.8.
  3. Zbuduj porficon deuterowy: Wydaj następujące polecenie, aby wygenerować plik topologii: cns < ppi_solv.inp. Następnie otwórz prp-wat.psf za pomocą polecenia vi i zmień masę H1 z 1.00800 na 2.01600, aby zastąpić jeden wewnątrzcząsteczkowy atom wodoru porficenu deuterem, aby zbudować pojedynczy porficen podstawiony deuterem.
  4. Ustaw normalne parametry symulacji MD: Metoda wprowadzania scctb, całka 0,5 fs i odcięcie 12 w pliku wejściowym MD, otwierając go za pomocą polecenia vi.
    UWAGA: Przyjmij odległość odcięcia 12 A do obliczania zarówno vdW, jak i oddziaływań elektrostatycznych. Symulacja cząsteczki porficenu za pomocą metody DFTB/MIO22. Ustaw krok czasu integracji na 0,5 fs dla symulacji MD. Utrzymuj temperaturę systemu symulacji na poziomie 300 K za pomocą termostatu Langevin. Następnie wykonaj symulacje za pomocą oprogramowania QM4D, postępując zgodnie z poniższymi krokami.

2. Wstępne siedzenia

  1. Ustaw parametry temperatury: Wprowadź templow 260, temphigh 1100 i ntemp 160 w pliku wejściowym.
    UWAGA: Zakres temperatur od 260K do 1100K został rozłożony przez oprogramowanie QM4D do 160 punktów temperatury podczas symulacji MD. Pliki wejściowe szablonów są zawarte w plikach uzupełniających.
  2. Zainicjuj ustawienia wstępne: Ustaw typ działania 100 i krok 120 000 w pliku wejściowym. Następnie wydaj następujące polecenie: $PATH/qm4d $INPUTFILE > $OUTPUTFILE.
    UWAGA: Całkowity krok wynosi 120 000, ale można go dostosować w zależności od konkretnych potrzeb>. Sugerowane parametry symulacji MD zapisywane są w $INPUTFILE. To samo polecenie jest również używane w następujących krokach symulacji opcji i produkcji, z odpowiednio zmodyfikowanym plikiem wejściowym.
  3. Obliczanie rozłożonych energii
    1. Wyodrębnij zmiany energii: Podczas etapu wstępnego monitorowania energii każdego członu, aby obliczyć wartości średnie, jak pokazano na Rysunek 1. Użyj polecenia grep Linux, aby wydobyć energię w następujący sposób:
      grep 'SITS-ener0' $INPUTFILE | awk '{a+=$3; b+=4 dolary; c+=$5}END{print a/NR,b/NR,c/NR}.
    2. Zmodyfikuj średnie energie w pliku wejściowym MD: Oblicz średnie energie na podstawie danych wyjściowych wiersza poleceń powyżej i zmodyfikuj linię vshift0 -30801.95; vshift1 -26.88; vshift2 -13888.28 w pliku wejściowym z nowo wygenerowanymi średnimi.
      UWAGA: Liczby -30801.85, -26.88 i -13888.28 są średnimi energiami w obecnym systemie modelowym. Zmodyfikuj wartości w oparciu o konkretne systemy.

3. Opcja

  1. Inicjowanie opt-sits: Ustawia typ działania 0 w pliku wejściowym. Następnie zainicjuj program QM4D, wpisując polecenie, jak pokazano w kroku 2.2, aby rozpocząć krok optymalizacji.
  2. Monitorowanie zmian energii i wartości nk.
    1. Wykreśl propagację energii z programem "grace" i upewnij się, że fluktuacja energii może pokryć najniższy i najwyższy koniec zakresu temperatur.
    2. Po optymalizacji zapisz końcowe wartości nk kroku opt-sits do nowego pliku, który jest nazwany jako nk.dat w tym protokole.

4. Przeprowadzanie symulacji produkcyjnych

  1. Przygotuj plik wejściowy MD: Ustaw typ działania 1 w nowym pliku wejściowym, aby rozpocząć krok symulacji produkcji. Określa nazwę przechowywanego pliku nk jako nkfile nk.dat w pliku wejściowym. Liczba kroków czasowych została ustalona na 6 400 000 w obecnych systemach.
  2. Inicjowanie produkcyjnej symulacji MD: Wydaj następujące polecenie, aby uruchomić symulacje MD: $PATH/qm4d $INPUTFILE > $OUTPUTFILE.
    UWAGA: Upewnij się, że wartości >nk mogą być odczytane przez oprogramowanie QM4D. Czas symulacji jest zależny od systemu, więc zmień krok symulacji w zależności od konkretnych wymagań. Wybierz odpowiednią liczbę kroków czasowych, aby zapewnić wystarczającą ilość czasu na symulację dla własnego systemu. Ten krok jest prawdopodobnie czasochłonny, więc zapisz pliki ponownego uruchomienia, aby uniknąć ponownego uruchamiania produkcji od samego początku po zakłóceniu.

5 Analiza danych

  1. Monitorowanie zmian odległości
    1. Monitoruj proces tworzenia i zrywania wiązań w fazie produkcji, użyj polecenia grep, aby sprawdzić zmiany odległości H1-N1 i H1-N2 w czasie symulacji. Tę samą operację można przeprowadzić dla H2-N3 i H2-N4. Następnie należy wykreślić propagację odległości, korzystając ze skumulowanej wartości odległości podczas symulacji produkcyjnych.
  2. Wyodrębnianie współrzędnych reakcji
    1. Wyodrębnij współrzędne reakcji i warunki energetyczne z pliku wyjściowego produkcji wygenerowanego przez QM4D za pomocą polecenia grep:
      grep 'Dyc 1' $OUTPUTFILE | awk '{print $5}' > odległość1;
      grep 'ener0' $OUTPUTFILE > ener0.
    2. Uporządkuj dane w czterech kolumnach: q1, q2, U0 i U' (U0 i U' to normalna energia wyjściowa i energia ważona) i zapisz je w pliku danych w każdym przedziale czasowym.
  3. Obliczanie darmowej energii
    1. Oblicz energię swobodną, wydając następujące polecenie:
      sits-pmf 300 $INPUTFILE PMF2 [hist_minx hist_maxx num_binsx] [hist_miny hist_maxy num_binsy] > $OUTPUTFILE.
      UWAGA: sits-pmf to metoda analizy oparta na histogramie. [hist_minx hist_maxx num_binsx] określa zakres i liczbę przedziałów dla pierwszej współrzędnej reakcji. Drugie współrzędne reakcji można ustawić za pomocą [hist_miny hist_maxy num_binsy].
    2. Aby rzutować energię swobodną na dwuwymiarowy krajobraz, wpisz następujące polecenie:
      sits-pmf 300 h1-2d.dat PMF2 -0,6 0,6 24 2,45 4,25 36 > sits-pmf.out.
      UWAGA: Użyj łącznie 24 przedziałów i 36 pojemników, aby pokryć zmiany odległości w dwóch wybranych współrzędnych reakcji, odpowiednio q>1 i q2. Zapisz dane PMF 2D dla każdego wodoru/deuteru w pliku sits-pmf.out.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Efekt pojedynczej substytucji deuteru w procesie podwójnej transferu protonów w porficenie został zbadany w obecnym protokole (Rysunek 1). Sprawdzono energię potencjalną podsystemu QM i wody podczas etapu równowagi wstępnej i optymalizacji, aby upewnić się, że energia została poszerzona do szerszego zakresu energii (Rysunek 2). Reprezentatywne zmiany odległości i kąta (Rysunek 3 i Rysunek 4) oraz prognozowane zmiany energii swobodnej (

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Dyskusja

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Strukturę porficenu przedstawiono na rysunku 1. Do opisu reakcji chemicznych zachodzących w wodzie wykorzystano elektrostatyczny potencjał hybrydowy QM/MM metodą SITS 23,24. Transfer protonów zachodzi w obrębie porfirynu3, a zatem porficen jest ustawiony jako region QM, a woda przypominająca jest ustawiona jako obszar MM. W tym przypadku przyjęliśmy DFTB/MIO jako naszą metodę zarządzania jakością do obróbki po...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Oświadczenia

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

Podziękowania

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Te badania są wspierane przez Narodowy Kluczowy Program Badawczo-Rozwojowy Chin (2017YFA0206801, 2018YFA0208600), Fundację Nauk Przyrodniczych prowincji Jiangsu oraz Narodową Fundację Nauk Przyrodniczych Chin (91645116). L.X jest specjalnie mianowanym profesorem Zhong-Wu na Uniwersytecie Technologicznym Jiangsu. Autorzy przyjmują do wiadomości sugestie dr Hao Hu i dr Mingjun Yanga.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
system operacyjnyCentOS Linux release 6.0
Oprogramowanie QM4Dhttp://www.qm4d.info/program własny
Komputer stacjonarnyHP

Bibliografia

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Waluk, J. Ground- and excited-state tautomerism in porphycenes. Accounts of Chemical Research. 39 (12), 945-952 (2006).
  2. Waluk, J. Spectroscopy and tautomerization studies of porphycenes. Chemical Reviews. 117 (4), 2447-2480 (2017).
  3. Kozlowski, P. M., Zgierski, M. Z., Baker, J. The inner-hydrogen migration and ground-state structure of porphycene. The Journal of Chemical Physics. 109 (14), 5905-5913 (1998).
  4. Yoshikawa, T., Sugawara, S., Takayanagi, T., Shiga, M., Tachikawa, M. Theoretical study on the mechanism of double proton transfer in porphycene by path-integral molecular dynamics simulations. Chemical Physics Letters. 496 (1-3), 14-19 (2010).
  5. Smedarchina, Z., Shibl, M. F., Kühn, O., Fernández-Ramos, A. The tautomerization dynamics of porphycene and its isotopomers - concerted versus stepwise mechanisms. Chemical Physics Letters. 436 (4-6), 314-321 (2007).
  6. Wolfsberg, M., Hook, W. A., Paneth, P., Rebelo, L. P. N. Isotope effects. The Chemical, Geological, and Bio Sciences. , Springer. Dordrecht. (2009).
  7. Pietrzak, M., Shibl, M. F., Bröring, M., Kühn, O., Limbach, H. H. 1H/2H NMR studies of geometric H/D isotope effects on the coupled hydrogen bonds in porphycene derivatives. Journal of the American Chemical Society. 129 (2), 296-304 (2007).
  8. Yoshikawa, T., Sugawara, S., Takayanagi, T., Shiga, M., Tachikawa, M. Quantum tautomerization in porphycene and its isotopomers: Path-integral molecular dynamics simulations. Chemical Physics. 394 (1), 46-51 (2012).
  9. Ladenthin, J. N., et al. Force-induced tautomerization in a single molecule. Nature Chemistry. 8 (10), 935-940 (2016).
  10. Dellago, C., Bolhuis, P. G., Csajka, F. S., Chandler, D. Transition path sampling and the calculation of rate constants. The Journal of Chemical Physics. 108 (5), 1964-1977 (1998).
  11. Bolhuis, P. G., Chandler, D., Dellago, C., Geissler, P. L. Transition path sampling: Throwing ropes over rough mountain passes, in the dark. Annual Review of Physical Chemistry. 53 (1), 291-318 (2002).
  12. Torrie, G. M., Valleau, J. P. Nonphysical sampling distributions in monte carlo free-energy estimation: Umbrella sampling. Journal of Computational Physics. 23 (2), 187-199 (1977).
  13. Kästner, J. Umbrella sampling. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science. 1 (6), 932-942 (2011).
  14. Gao, Y. Q. An integrate-over-temperature approach for enhanced sampling. Journal of Chemical Physics. 128 (6), 064105(2008).
  15. Yang, L., Gao, Y. Q. A selective integrated tempering method. Journal of Chemical Physics. 131 (21), 214109(2009).
  16. Yang, M., Yang, L., Gao, Y., Hu, H. Combine umbrella sampling with integrated tempering method for efficient and accurate calculation of free energy changes of complex energy surface. The Journal of Chemical Physics. 141 (4), 044108(2014).
  17. Yang, Y. I., Zhang, J., Che, X., Yang, L., Gao, Y. Q. Efficient sampling over rough energy landscapes with high barriers: A combination of metadynamics with integrated tempering sampling. The Journal of Chemical Physics. 144 (9), 094105(2016).
  18. Xie, L., Shen, L., Chen, Z. N., Yang, M. Efficient free energy calculations by combining two complementary tempering sampling methods. The Journal of Chemical Physics. 146 (2), 024103(2017).
  19. Xie, L., Cheng, H., Fang, D., Chen, Z. N., Yang, M. Enhanced QM/MM sampling for free energy calculation of chemical reactions: A case study of double proton transfer. The Journal of Chemical Physics. 150 (4), 044111(2019).
  20. Hu, X., Hu, H., Yang, W. QM4D: an integrated and versatile quantum mechanical/molecular mechanical simulation package (http://www.qm4d.info/). , (2016).
  21. Jorgensen, W. L., Chandrasekhar, J., Madura, J. D., Impey, R. W., Klein, M. L. Comparison of simple potential functions for simulating liquid water. The Journal of Chemical Physics. 79 (2), 926-935 (1983).
  22. Walewski, L., et al. Scc-dftb energy barriers for single and double proton transfer processes in the model molecular systems malonaldehyde and porphycene. International Journal of Quantum Chemistry. 106 (3), 636-640 (2006).
  23. Bakowies, D., Thiel, W. Hybrid models for combined quantum mechanical and molecular mechanical approaches. The Journal of Physical Chemistry. 100 (25), 10580-10594 (1996).
  24. Hu, H., Yang, W. Development and application of ab initio QM/MM methods for mechanistic simulation of reactions in solution and in enzymes. Journal of Molecular Structure: THEOCHEM. 898 (1-3), 17-30 (2009).
  25. Xie, L., Yang, M., Chen, Z. N. Understanding the entropic effect in chorismate mutase reaction catalyzed by isochorismate-pyruvate lyase from pseudomonas aeruginosa (PchB). Catalysis Science, Technology. 9 (4), 957-965 (2019).
  26. Shibl, M. F., Pietrzak, M., Limbach, H. H., Kühn, O. Geometric H/D isotope effects and cooperativity of the hydrogen bonds in porphycene. ChemPhysChem. 8 (2), 315-321 (2007).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Przedruki i uprawnienia

Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE

Poproś o pozwolenie

Tagi

Deuterium SubstitutionPorphycene MoleculeIsotope EffectReaction CoordinateFree EnergyMolecular DynamicsHydrogen BondChemical Reaction

Powiązane artykuły