Pierwszym krokiem do zidentyfikowania skutecznych metod leczenia raka jest wybór solidnego, bezstronnego testu cytotoksyczności, który może być użyty do zbadania efektu leczenia. Częstym wyborem w eksperymentach o niskiej przepustowości jest wykluczenie barwnika błękitu trypanowego z żywych komórek. Ta metoda jest preferowana, ponieważ pozwala na stosunkowo bezstronną metodę ilościowego określania przeżycia komórek. Błękit trypanowy biernie dyfunduje do komórek, których błony są uszkodzone, ale jest skutecznie blokowany przed wejściem do zdrowych komórek1. Iloraz żywych komórek i wszystkich komórek reprezentuje procent żywotności, który wskazuje na skuteczność leczenia. Najważniejszą wadą testu błękitu trypanowego jest to, że słabo nadaje się on do metodologii o wysokiej przepustowości. Ma stosunkowo niski stosunek sygnału do szumu, a długotrwałe barwienie może powodować artefakty z powodu barwienia żywych komórek. W związku z tym wykluczenie błękitu trypanowego jest zazwyczaj, choć nie zawsze2, zdegradowane do ręcznego liczenia. To sprawia, że jest zbyt wolny i wprowadza duże prawdopodobieństwo stronniczości wynikającej z subiektywnej oceny badacza (chyba że stosuje się zaślepienie lub niezależne liczenia, które dodatkowo zmniejszają przepustowość laboratorium). Ogólnie rzecz biorąc, przepustowość tego testu jest niewystarczająca do nowoczesnego odkrywania leków.
Testy żywotności, które zazwyczaj mają znacznie większą przepustowość, pozwalają badaczom obejść to ograniczenie, ale wiążą się ze znaczącymi zastrzeżeniami (patrz Tabela 1). Metody te generalnie dzielą się na dwie grupy. Jedna grupa składa się z testów kolorymetrycznych, które opierają się na funkcji komórkowych enzymów redoks. Bezbarwne lub niefluorescencyjne podłoża są przekształcane w żywe produkty, które można określić ilościowo za pomocą spektrofotometru. Klasycznymi przykładami są sole tetrazolowe (MTT, WST-1, XTT itp.) i rezazuryna. Ta kategoria obejmuje również testy luminescencyjne, które wykorzystują lucyferynę do oceny poziomu ATP. Testy tego typu mają podstawowe ograniczenie polegające na tym, że mierzą metabolizm komórkowy, który nie jest żywotnością komórek jako taką. Dość często zdarza się, że komórki stają się spokojne w niesprzyjających warunkach, ale nadal zachowują zdolność do podziału3,4,5. Na przykład nowotworowe komórki macierzyste są często metabolicznie spokojne6,7,8,9 i prawdopodobnie będą trudne do zbadania przy użyciu tych technik. Skuteczność zabiegów, które uszkadzają funkcję mitochondriów, takich jak większość mitokanów, jest również prawdopodobnie znacznie przeszacowana.
Alternatywna metodologia wykorzystuje właściwości chemiczne różnych substancji, które pozwalają im przenikać lub nie przenikać przez błony biologiczne. Jednym z przykładów są plamy jądrowe, takie jak SYTOX lub jodek propidyny (PI). Ta kategoria obejmuje również testy, które są podobne pod względem koncepcji, ale różnią się funkcją, takie jak test dehydrogenazy mleczanowej (LDH), który mierzy uwalnianie LDH do środowiska zewnątrzkomórkowego jako wskaźnik martwicy komórkowej (Rysunek 1, Tabela 1). Testy te są bardziej zdolne do rozróżniania komórek metabolicznie nieaktywnych i martwych.
| Oznaczenie/barwnik | Rodzaj wykrytej śmierci komórki | Niezbędny sprzęt | Kluczowe cechy |
| MTT, CKK-8, Alamar Blue (resazurin) | Apoptoza/Martwica | Spektrofotometr | Niedrogi, szybki, oznaczający punkt końcowy, zależny od aktywności enzymów (wyłącznie mitochondrialnych w przypadku MTT) i nie rozróżniający między trybami śmierci komórki1,10 |
| Wydanie LDH | martwica | Spektrofotometr | Szybki, niezależny od aktywności enzymów mitochondrialnych; drogi w testach wysokoprzepustowych; wykrywa komórki martwicze z uziarnioną błoną plazmatyczną11,12 |
| Błękit trypanowy (TB) | Apoptoza/Martwica | mikroskop | Nieprzepuszczalność komórkowa; nie rozróżnia sposobów śmierci komórki; pracochłonna i nieodpowiednia do wysokoprzepustowych badań przesiewowych; trudniejsza w użyciu z komórkami przylegającymi; podatna na subiektywną ocenę użytkownika, ale jest uważana za standardową metodę pomiaru żywotności komórek13 |
| Pomarańczowy akrydynowy (AO) | Apoptoza/Martwica/ | Mikroskop fluorescencyjny | Barwnik kwasu nukleinowego o unikalnych właściwościach spektralnych, potrafi odróżnić apoptozę od nekrozy/nekroptozy14 |
| Nekroptoza |
| Hoechst 33342, DAPI | apoptoza | Mikroskop fluorescencyjny lub cytometr przepływowy | Przepuszczalny dla komórek; nieodpowiedni sam w sobie do monitorowania śmierci komórki; przydatny do współbarwienia; może być stosowany do oceny kondensacji chromatyny i fragmentacji jąder we wczesnej apoptozie; może być łączony z jodkiem propidyny w celu odróżnienia apoptozy od nekrozy15,16 |
| Jodek propydu (PI) | Późna apoptoza/martwica | Mikroskop fluorescencyjny lub cytometr przepływowy | Interkalator nieprzepuszczalny komórkowy; wykrywa zarówno późną apoptozę, jak i nekrozę śmierci komórki17. Toksyczny i przepuszczalny po długim czasie inkubacji18 |
Tabela 1. Lista testów cytotoksyczności. Testy cytotoksyczności, z których niektóre zostały wykorzystane w tym badaniu, wymienione wraz z krótkim opisem ich kluczowych cech.
Ostatnie badania wykazały, że metabolizm mitochondriów jest zmieniony w niektórych nowotworach19,20,21,22,23,24,25. Na przykład wykazano, że ostre białaczki szpikowe (AML) zwiększają masę mitochondrialną, zawartość mtDNA i oddychanie mitochondrialne, aby zaspokoić swoje zapotrzebowanie na energię19,26,27. Z drugiej strony, niektóre guzy lite charakteryzują się dysfunkcją mitochondriów, a raczej "przeprogramowaniem metabolicznym", takim jak regulacja w dół białek mitochondrialnych zaangażowanych w OXPHOS lub zmniejszona zawartość mtDNA, co jest związane z inwazyjnością guza, potencjałem przerzutowym i opornością na leki indukujące apoptozę28,29. Co więcej, w ostatnim czasie wzrosło zainteresowanie stosowaniem zróżnicowanych mechanicznie związków, które wpływają na funkcję mitochondriów (ogólnie nazywanych mitokanami30), jako potencjalnych terapii poszczególnych nowotworów. Leki te są ukierunkowane na syntezę ATP, mitochondrialne DNA, OXPHOS i produkcję ROS, a także białka proapoptotyczne i antyapoptotyczne związane z mitochondriami30,31. Kilka badań wykazało, że takie podejście jest bardzo obiecujące19,32,33,34. Jednak te odchylenia metaboliczne w biologii komórek nowotworowych lub terapie ukierunkowane na mitochondria mogą znacząco wpłynąć na konwencjonalne testy żywotności, które opierają się na funkcjonalności mitochondriów.
Tutaj opisany jest zoptymalizowany protokół różnicowego testu barwienia jądrowego. Protokół pozwala na szybkie i dokładne określenie cytotoksyczności mitokanów lub ich połączeń z innymi związkami. Hoechst 33342 to barwnik jądrowy przenikający komórkę, który łatwo przenika przez błony komórkowe w celu barwienia DNA, umożliwiając uzyskanie całkowitej liczby komórek. Poprzez współbarwienie z PI, który dostaje się tylko do jąder martwych komórek, można dokładnie określić proporcję żywych (tylko Hoechst) i martwych (barwionych obydwoma) komórek. Protokół ten udoskonala opublikowany test35, dodając etap optymalizacji stężenia barwnika (poprzez porównanie wyników z ortogonalną metodą błękitu trypanowego) i odwirowanie płytki przed obrazowaniem. Ponieważ wiele linii komórkowych jest częściowo przylegających lub zawieszonych, wirowanie zwiększa odsetek komórek, które są obrazowane, i znacznie poprawia dokładność. Test ma kilka zalet, w tym to, że barwienie nie wymaga usuwania pożywki ani mycia. Mieszanina barwników jest również niedroga, łatwa w przygotowaniu i kompatybilna z wielokanałowymi/zrobotyzowanymi systemami pipetowania.
Po zabarwieniu komórek, są one obrazowane za pomocą automatycznego mikroskopu. Ma to tę dodatkową zaletę, że tworzy trwały zapis obrazów, który można później ponownie przeanalizować, a efekty działania poszczególnych związków można ponownie ocenić poprzez wizualną inspekcję zarejestrowanych obrazów. Po uzyskaniu obrazów komórki można zliczać ręcznie lub za pomocą jednego z kilku pakietów oprogramowania, w tym zarówno bezpłatnego (np. ImageJ, CellProfiler itp.), jak i komercyjnego (np. Metamorph, Gen5 itp.). Automatyczne zliczanie komórek jest generalnie preferowane, ponieważ prawidłowo opracowane zautomatyzowane potoki zliczania komórek są dokładniejsze i mniej stronnicze niż zliczanie ręczne. Skuteczniej również ignorują resztki komórek lub nierozpuszczalne kompleksy. Opracowanie tych rurociągów jest na ogół proste i jest uproszczone dzięki wydajności stosowanych bejc. Dane wyjściowe są ilościowe, ponieważ rzeczywista liczba martwych komórek jest automatycznie obliczana w odniesieniu do całkowitej liczby komórek, a różne progi mogą być stosowane w celu zwiększenia lub zmniejszenia rygorystyczności wykrywania35. Dla wygody dołączono zoptymalizowane parametry do zliczania komórek za pomocą kompatybilnego z oprogramowaniem Gen5 v. 3.00 czytnika Cytation 5 Cell Imaging Multi-Mode Reader.