Izolacja spermatocytów mejotycznych jest niezbędna do zbadania molekularnych mechanizmów leżących u podstaw mejozy i spermatogenezy. Chociaż istnieją ustalone protokoły izolacji komórek wykorzystujące barwienie Hoechst 33342 w połączeniu z sortowaniem komórek aktywowanym fluorescencją, wymaga to sortowników komórek wyposażonych w laser ultrafioletowy. Tutaj opisujemy protokół izolacji komórek przy użyciu barwienia DyeCycle Violet (DCV), barwnika wiążącego DNA o niskiej cytotoksyczności, strukturalnie podobnego do Hoechst 33342. DCV może być wzbudzany zarówno przez lasery ultrafioletowe, jak i fioletowe, co zwiększa elastyczność wyboru sprzętu, w tym sortera komórek niewyposażonego w laser ultrafioletowy. Korzystając z tego protokołu, można wyizolować trzy subpopulacje żywych komórek w profazie mejotycznej I, w tym spermatocyty leptotenowo-zygotenowe, pachytenowe i diplotenowe, a także pomejotyczne okrągłe spermatydy. Opisujemy również protokół przygotowania zawiesiny jednokomórkowej z jąder myszy. Ogólnie rzecz biorąc, procedura wymaga krótkiego czasu (4-5 godzin w zależności od liczby potrzebnych komórek), co ułatwia wiele dalszych zastosowań.