$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Opisany protokół umożliwia uzyskanie szeregu typów rozmieszczenia komórek bakterii na podłożu, w zależności od początkowego stężenia próbki i ilości dodanej wody. Rysunek 1 ilustruje przykłady obrazów AFM (wysokość i ugięcie) zarejestrowanych z monowarstw i próbek jednokomórkowych przygotowanych przy użyciu opisanego protokołu z bakterii Gram-dodatnich (S. aureus) i Gram-ujemnych (Escherichia coli).
Opisany tutaj protokół może być wykorzystany do obrazowania AFM-IR wewnątrz- i zewnątrzkomórkowych struktur pojedynczych bakterii. Przykład takiego zastosowania jest pokazany na Rysunek 2, który demonstruje wyniki monitorowania przestrzennie zlokalizowanych zmian chemicznych zachodzących podczas podziału komórki S. aureus. Chociaż suszenie powietrzem jest powszechnie uważane za metodę utrwalania preparatu bakteryjnego, bakterie z natury wykazują bardzo wysoką odporność na czynniki zewnętrzne, takie jak temperatura, i doniesiono, że przeżywają odwodnienie32. Przedstawione tutaj wyniki uzyskano z próbki wysuszonej na powietrzu. Tworzenie się przegrody międzywarstwowej, zachodzące przed podziałem komórki, obserwowano i monitorowano za pomocą obrazowania AFM (Ryc. 2A–D) poprzez zebranie 12 obrazów tego samego obszaru kolejno (zbieranie pojedynczego obrazu ≈ 20 minut). Rysunek 2A–D pokazuje 4 wybrane obrazy AFM, z czasem między zebraniem każdego obrazu wynoszącym około 40 minut. Utworzona struktura (przegroda) ma wysokość 45 nm. Utworzona przegroda jest wyraźnie widoczna na zdjęciach wysokości i ugięcia AFM (Rysunek 2E–F). Widma AFM-IR zarejestrowane z obszaru komórki i przegrody ( Rysunek 2G, punkty początkowe oznaczone w Rysunek 2F) zostały znormalizowane do pasma amidu I przed porównaniem, aby zminimalizować wpływ różnic w grubości próbki między punktami zbierania danych. Widmo AFM-IR przegrody charakteryzuje się większą względną intensywnością pasm na wysokości 1240 i 1090 cm-1 w porównaniu z widmem AFM-IR pobranym z obszaru komórki. Są one przypisywane grupom węglowodanów i fosfodiestrów składników ściany komórkowej (w tym np. peptydoglikanu i kwasu tejchojowego)22.
Opisany protokół może być również używany do porównywania pojedynczych widm między wieloma różnymi próbkami. Przykład tej aplikacji wraz z wynikami jest pokazany w Rysunek 3 i Rysunek 4. Celem pracy jest określenie zmian chemicznych zachodzących w wyniku rozwoju in vivo przerywanej oporności na wankomycynę u S. aureus (VISA). W tym celu pobrano od pacjentów pary kliniczne próbek, przy czym szczep macierzysty wyizolowano przy przyjęciu do szpitala i przed antybiotykoterapią (wrażliwy na wankomycynę S. aureus, VSSA), a szczep potomny wyizolowano od tego samego pacjenta po przyjęciu antybiotyków i niepowodzeniu klinicznym. Próbki były dalej hodowane na podłożu agarowym i przygotowywane zgodnie z protokołem (Rysunek 3A–B). Widma AFM-IR zostały zebrane z wielu pojedynczych bakterii (i wielu próbek) dla VSSA i VISA, a następnie przeanalizowane przy użyciu kilku podejść chemometrycznych (Rysunek 3C).
Nie zaobserwowano różnic morfologicznych między komórkami VSSA i VISA (Rysunek 4A–C). Jednak widma AFM-IR (Rysunek 4D,F) i ich drugie pochodne (Rysunek 4E,G) wykazały wyraźną różnicę w składzie chemicznym między szczepami odpornymi i podatnymi. Względna intensywność prążków związanych z grupami węglowodanowymi i fosfodiestrowymi ze składników ściany komórkowej (w szczególności pasma na wysokości 1088 cm-1) wyraźnie wzrosła w opornym szczepie w porównaniu z podatnym odpowiednikiem. Na uwagę zasługuje fakt, że wszystkie przekodowane widma (VISA: 81, VSSA: 88) wykazują niewielkie odchylenie standardowe. Świadczy to o dobrej odtwarzalności danych zarejestrowanych z różnych próbek przygotowanych z tego samego szczepu, ponieważ nie było możliwe rozróżnienie między widmami zarejestrowanymi z różnych próbek tego samego szczepu. Zaobserwowane różnice wskazywały na zwiększoną grubość ściany komórkowej u szczepów opornych w porównaniu z podatnym odpowiednikiem, co pozostaje zgodne z innymi doniesieniami literaturowymi33,34.

Rysunek 1: Reprezentatywne obrazy AFM różnych próbek bakterii do pomiarów AFM-IR. W zależności od rozcieńczenia na podłożu, protokół pozwala na uzyskanie wielowarstwowych i monowarstwowych próbek bakterii oraz jednokomórkowych. Reprezentatywne obrazy AFM: (A–D) próbki jednowarstwowej i (E–H) jednokomórkowej dla (A,B,E,F) Gram-dodatnich (S. aureus) i (C,D,G,H) Gram-ujemnych (E. coli). (A,C,E,G) pokazują obrazy wysokości, a (B,D,F,H) pokazują odpowiadające im obrazy ugięcia. Wielkość obrazowanych obszarów: (A-D,G,H) 20 x 20 μm, (E,F) 50 x 50 μm. (I-K) sekwencyjny wybór obszaru do mapowania AFM-IR. Osiąga się to za pomocą obrazowania AFM z rosnącą rozdzielczością przestrzenną na przykładzie pojedynczej komórki S. aureus. Każdy obraz zbierany jest poprzez próbkowanie 200 x 200 punktów, ze wzrostem rozdzielczości przestrzennej ze względu na zmniejszenie rozmiaru obrazowanego obszaru. Wielkość obrazowanych obszarów: (I) 40 x 40 μm, (J) 20 x 20 μm i (K) 2,24 x 2,24 μm. kwadrat w (I) oznacza obszar sobrazowany w (J). kwadrat w (J) oznacza obszar sobrazowany w (K). Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rycina 2: Monitorowanie podziału komórek S. aureus za pomocą AFM-IR. (A-D) Obrazy AFM komórki S. aureus pokazujące tworzenie się przegrody przed podziałem komórki. Rozmiar obrazowanego obszaru: 2 x 2 μm. Obrazy zostały wybrane z większej serii (12 obrazów rejestrowanych co 20 minut) i reprezentują dane rejestrowane co 40 minut. (E–F) obraz wysokości i odchylenia AFM zarejestrowany pod koniec tworzenia się przegrody komórkowej z zaznaczonymi punktami zbierania widm AFM-IR. Wielkość obrazowanego obszaru 1,17 x 1,15 μm. Wysokość nowo powstałej konstrukcji wynosi 45 nm. (G) Widma AFM-IR rejestrowane z obszaru komórki () i obszaru przegrody (czerwony) (oznaczony w (F)), w zakresie 1400–900 cm-1. Oba widma zostały znormalizowane do pasma amidu I i wykazują wzrost względnej intensywności składników ściany komórkowej z przegrody. Ten rysunek został zmodyfikowany z K. Kochan et al.22. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rycina 3: Przegląd projektu eksperymentalnego dla badania oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe AFM-IR. (A) Pochodzenie próbki i wstępne przygotowanie: podatny szczep macierzysty pobrano od pacjenta przed antybiotykoterapią, a szczep pochodny oporny pochodził od tego samego pacjenta po antybiotykoterapii i niepowodzeniu klinicznym (rozwój oporności in vivo). Bakterie wyizolowano i hodowano na agarze do infuzji serca (HI) przez 16 godzin w temperaturze 37 °C. (B) Późniejsze przygotowanie próbki do AFM-IR, w tym pobranie próbki, a następnie mycie palety bakteryjnej (3×) i osadzanie próbki. (C) Gromadzenie i analiza danych AFM-IR: wysokość AFM i widmo AFM-IR (1800–900 cm-1). Rozmiar obszaru obrazowania AFM: 1,7 x 1,4 μm. Widmo AFM-IR pobrano ze środka komórki. Dane zostały następnie przeanalizowane przy użyciu podejść chemometrycznych, w tym hierarchicznej analizy skupień. Ten rysunek został zmodyfikowany z K. Kochan et al.19. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rycina 4: Wyniki AFM i AFM-IR badania zmian chemicznych w pośrednim S. aureus wankomycyny (VISA) w porównaniu z wrażliwym na wankomycynę S. aureus (VSSA) w parach klinicznych. Obrazy AFM próbek jednokomórkowych (A–B) VISA i (C) VSSA. Wielkość obrazowanych obszarów: (A,C) 40 x 40 μm, (B) 2,56 x 2,45 μm. (D–E) Średnie widma AFM-IR i ich (F-G) drugie pochodne dla: (D,F) komórek VISA i (E,G) VSSA, w zakresie spektralnym 1800–900 cm-1. Przedstawione widma są średnimi z 81 (VISA) i 88 (VSSA) indywidualnych widm i są prezentowane razem z odchyleniem standardowym (SD). Uśrednianie przeprowadzono po normalizacji wszystkich indywidualnych widm razem. Główne pasma są oznaczone w (F–G). Ten rysunek został zmodyfikowany z K. Kochan et al.19. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 5: Dryft obrazu w wyniku kolejnej rejestracji map AFM-IR przy wybranych wartościach liczby falowej dla komórki S. aureus. (Górny rząd): Obrazy AFM zostały zarejestrowane jednocześnie z odpowiadającymi im (w dolnym rzędzie) mapami AFM-IR w oparciu o intensywność sygnału IR przy wybranych wartościach liczby falowej. Wartości liczb falowych (966, 1055, 1079, 1106, 1234, 1398, 1454, 1540, 1656, 1740 cm-1) są oznaczone adnotacjami nad dolnym wierszem. Każdy zestaw (obraz AFM i mapa AFM-IR) był rejestrowany bezpośrednio po poprzednim obrazie (około 40 minut na zestaw). Rozmiar obrazowanego/mapowanego obszaru: 1,54 x 1,57 μm. Między obrazami widoczny jest wyraźny dryf. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.