$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
CLARITY (Clear Lipid-exchanged Acrylamide-hybridized Rigid Imaging compatible Tissue hYdrogel) rozwinęła się ostatnio jako cenna technika polegająca na osadzaniu akrylamidu w celu delipidacji tkanki (bez sekcji) i zachowania struktury tkanki 3D do barwienia immunologicznego. Technika ta jest bardzo przydatna w obrazowaniu dynamicznego środowiska jelitowego, w którym różne typy komórek oddziałują na siebie podczas homeostazy i stanów chorobowych. Ta metoda zoptymalizowana pod kątem jelit myszy jest opisana tutaj, która pomaga śledzić typy komórek, takie jak nabłonek, enteroendokrynny, neurony, glej i projekcje neuronalne w nabłonku lub komórkach enteroendokrynnych, które pośredniczą odpowiednio w wykrywaniu mikrobiologicznym lub chemicznym składnikach odżywczych. Tkanka jelitowa (1-1,5 cm) jest utrwalana w 4% paraformaldehydzie (PFA) w roztworze soli fizjologicznej buforowanej fosforanami (PBS) w temperaturze 4 °C przez noc pierwszego dnia. W dniu 2 PFA jest odrzucany, a tkanka jest trzykrotnie przemywana PBS. Tkanka jest zatopiona w hydrożelu w celu zachowania jej integralności przez inkubację w 4% roztworze hydrożelu (akrylamidu) w PBS (rozcieńczonym z 30% ProtoGel) przez noc w temperaturze 4 °C. W dniu 3 roztwór tkankowo-hydrożelowy inkubuje się w temperaturze 37 °C przez 1 godzinę, aby umożliwić polimeryzację hydrożelu. Tkanka jest następnie delikatnie przemywana trzykrotnie PBS w celu usunięcia nadmiaru hydrożelu. Kolejny etap delipidacji (oczyszczania) obejmuje inkubację tkanek w dodecylosiarczanie sodu (8% SDS w PBS) w temperaturze 37 °C przez 2 dni (dni 4 i 5) na wytrząsarce w temperaturze pokojowej (RT). W 6 dniu oczyszczona tkanka jest dokładnie myta PBS w celu usunięcia SDS. Tkanka może być wybarwiona immunologicznie przez inkubację w przeciwciałach pierwszorzędowych (rozcieńczonych w 0,5% normalnej surowicy osła w PBS zawierającej 0,3% Triton X-100), przez noc w temperaturze 4°C, a następnie inkubację w odpowiednich drugorzędowych przeciwciałach Alexa Fluor przez 1,5 godziny w temperaturze pokojowej oraz barwienie jądrowe DAPI (1: 10000). Tkanka jest przenoszona na czyste szkiełko podstawowe i montowana za pomocą VectaShield do obrazowania konfokalnego.