Przestrzegano wszystkich obowiązujących międzynarodowych, krajowych i instytucjonalnych wytycznych dotyczących opieki nad zwierzętami i ich wykorzystania. Podczas stereotaktycznego wstrzykiwania wektora wirusowego zastosowano aseptyczne techniki chirurgiczne.
1. Stereotaktyczne wstrzykiwanie wektora wirusowego
UWAGA: Wirus niosący materiał genetyczny do ekspresji GCaMP6s (AAV9.CAG.GCaMP6s.WPRE.SV40) jest wstrzykiwany stereotaktycznie zgodnie z wcześniejszym opisem7,8, z następującymi modyfikacjami.
- Do wykonania pipety z długim i sztywnym zwężeniem do iniekcji do IO należy użyć szkła kwarcowego (średnica zewnętrzna: 1,14 mm, średnica wewnętrzna: 0,53 mm) zamiast szkła borokrzemianowego, wykorzystując laserową wyciągarkę kapilar z parametrami dostosowanymi zgodnie z instrukcją produktu. Po wyciągnięciu należy odciąć skalpelem 1-2 mm z końcówki pipety, aby uzyskać zwężenie o długości 8-10 mm z wewnętrzną średnicą końcówki 15-20 µm (Rycina 1a). Pipetę wykańczamy, nadając końcówce kształt igły pod kątem 30° za pomocą obrotowego skosowania mikro-pipet, co ułatwia penetrację mózgu i zmniejsza odgięcie pipety (Rycina 1a).
UWAGA: Powszechnie stosowane pipety ze szkła borokrzemianowego będą zbyt elastyczne, aby prawidłowo celować w głębokie obszary przy wyciągnięciu do tej długości. W niniejszym badaniu do podania wirusa za pomocą szklanej pipety użyto injektora nanolitrowego. Alternatywnie można zastosować precyzyjną strzykawkę szklaną lub injektor ciśnieniowy.
- Należy upewnić się, że klatka piersiowa myszy spoczywa na podkładce termicznej w taki sposób, aby szyja nie była naciągnięta i ciało miało odpowiednie podparcie; należy zachować szczególną ostrożność podczas poziomowania czaszki przy mocowaniu myszy w ramie stereotaksycznej (Rycina 1b).
UWAGA: Różnica między bregmą a lambdą w wymiarze pionowym powinna być mniejsza niż 0,05 mm.
- Jako współrzędne do celowania w główny jądro IO należy przyjąć 6,2 mm kuzaudalnie, ±0,5 mm lateralnie i 6,6 mm brzusznie względem bregmy (Rycina 1c).
UWAGA: Idealne wypoziomowanie mózgu znacznie zwiększy skuteczność wstrzykiwania wirusa do IO. Współrzędne muszą zostać potwierdzone przez eksperymentatora, ponieważ przewiduje się istotne różnice między laboratoriami, szczepami myszy i poszczególnymi badaczami. Do przygotowania materiału wideo do niniejszej publikacji wykorzystano jednego samca myszy C57Bl/6J.
- Należy postępować zgodnie z odpowiednimi wytycznymi instytucjonalnymi dotyczącymi opieki pooperacyjnej i procedur utrzymywania zwierząt z transfekcją wirusową przez okres 3-4 tygodni.

Rysunek 1: Stereotaktyczne wstrzyknięcie wektora wirusowego. (a) Kwarcowa pipeta szklana wyciągnięta laserowo posiada prosty stożek o długości 10-12 mm. Po wyciągnięciu należy odciąć 1-2 mm z końcówki. Pipetę wykańcza się poprzez ścięcie końcówki pod kątem 30°, nadając jej kształt igły. (b) Prawidłowe wstrzyknięcie zależy od właściwego ułożenia ciała myszy w aparacie stereotaktycznym. Należy podeprzeć klatkę piersiową myszy, aby zapobiec rozciągnięciu szyi. Głowę myszy należy wypoziomować poprzez wyrównanie bregmy i lambdy w płaszczyźnie poziomej. (c) Koordynaty IO względem bregmy przedstawiono w widoku grzbietowym (lewo) czaszki myszy oraz w przekroju czołowym (prawo góra) mózgu. Wstrzyknięcie dociera do części bocznej podjądra głównego (IOPr) oraz podjądra grzbietowego (IOD) kompleksu IO (prawo dół). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
2. Przygotowanie narzędzi i materiałów eksploatacyjnych do operacji z dostępu brzusznego
- Przygotuj rurkę do intubacji, wycinając w końcówce cewnika 20G nacięcie o długości 5–6 mm i szerokości 0,8 mm, aby intubowane zwierzę mogło wydychać powietrze (Ryc. 2a).
UWAGA: Nacięcie jest niezbędne do wydechu zwierzęcia w przypadku stosowania standardowego waporyzatora izofluranu ze stałym przepływem powietrza. Jeśli oprócz waporyzatora używany jest respirator, cewnik można pozostawić nienaruszony.
- Przygotuj tępą igłę do podtrzymywania tchawicy podczas tracheotomii. Odetnij ostry czubek igły 25G za pomocą szczypiec. Wygładź powierzchnię przełomu papierem ściernym. Zegnij tępą igłę w połowie pod kątem około 15° za pomocą szczypiec.
UWAGA: Zakrzywiona igła delikatnie unosi tchawicę, co może zmniejszyć jej deformację.
- Rozcieńcz ketaminę o stężeniu 50 mg/mL solą fizjologiczną do poziomu 15%. Stężenie końcowe wynosi 7,5 mg/mL.
- Przygotuj czyste narzędzia chirurgiczne oraz materiały eksploatacyjne, w tym żel z lidokainą, sól fizjologiczną, gąbki żelatynowe, chłonne tampony, wazelinę oraz chusteczki do czyszczenia.
- Włącz waporyzator izofluranu. Ustaw podgrzewaną matę dla zwierząt na 38 °C.
- Obróć stożek nosowy aparatu stereotaktycznego o 180° w poziomie, tak aby mysz mogła zostać unieruchomiona w aparacie stroną brzuszną do góry. Dostosuj wysokość stożka nosowego tak, aby znajdował się na poziomie prętów usznych.
3. Podanie znieczulenia i przygotowanie myszy do operacji
- Zważ zwierzę za pomocą wagi i oblicz ilość rozcieńczonej ketaminy do wstrzyknięcia.
UWAGA: Całkowita wymagana ilość ketaminy wynosi 56,25 mg na kg masy ciała. Zatem objętość rozcieńczonej ketaminy wynosi 7,5 mL na kg masy ciała. Do wad stosowania samej ketaminy należą słaba relaksacja mięśni, tachykardia i zwiększony napięcie mięśniowe9. W niniejszym protokole ketamina jest jednak stosowana jedynie w celu zabezpieczenia okresu 10–20 s, podczas którego podawanie izofluranu zostaje przerwane z powodu tracheotomii. Dzięki maksymalnemu skróceniu tego etapu, efekt znieczulający izofluranu nie ulega znacznemu osłabieniu, a wady stosowania ketaminy są zminimalizowane.
- Umieść mysz w komorze indukcyjnej do znieczulenia wypełnionej wcześniej 5% izofluranem. Gdy zwierzę zostanie w pełni znieczulone, co objawia się utratą odruchu prostowania oraz głębszym i wolniejszym rytmem oddechowym, przełącz przepływ izofluranu na lejek nosowy aparatu stereotaksycznego i zmniejsz stężenie izofluranu do 2,5%.
- Uszyj zwierzę w aparacie stereotaksycznym stroną brzuszną do góry (Rycina 2b). Dostosuj wysokość i nachylenie lejka nosowego, aby upewnić się, że zwierzę może swobodnie oddychać. Utrzymuj zwierzę w cieple, używając uprzednio podgrzanej maty grzewczej.
UWAGA: Przykrycie dolnej części ciała zwierzęcia kawałkiem ręcznika papierowego lub folii aluminiowej może pomóc w utrzymaniu temperatury zwierzęcia.
- Usuń owłosienie z okolic gardła i ud za pomocą golarki i kremu do depilacji (Rycina 2b). Na skórę w okolicy gardła nanieś miejscowo żel z lidokainą.
UWAGA: Czujnik nasycenia tlenem (SpO2) mocowany do uda, który zostanie użyty w procedurze 6, działa najlepiej na skórze pozbawionej włosów.
- Monitoruj temperaturę zwierzęcia za pomocą termometru rektalnego (Rycina 2b).
- Wstrzyknij 1 mL ciepłej (37 °C) soli fizjologicznej do jamy otrzewnej, aby zrekompensować utratę płynów podczas operacji.
- Oceń głębokość znieczulenia poprzez silne uszczypnięcie palców kończyny tylnej. Nie powinna wystąpić żadna wykrywalna reakcja.

Rysunek 2: Przygotowanie do operacji z dostępu brzusznym. (a) Przygotowanie rurki do intubacji poprzez wykonanie nacięcia o długości 5-6 mm i szerokości 0,8 mm w końcówce cewnika 20G. (b) Umieszczenie zwierzęcia stroną brzuszną do góry w aparacie stereotaktycznym i regulacja kąta stożka nosowego w celu zapewnienia swobodnego oddychania zwierzęcia. Wygolenie skóry w okolicy gardła i ud. Przymocowanie czujnika SpO2 do uda w celu monitorowania parametrów życiowych myszy. Wprowadzenie rektalnej sondy temperatury do monitorowania temperatury ciała myszy. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
4. Tracheotomia i intubacja (20-25 min)
- Odsłanianie tchawicy.
- Wykonaj pionowe nacięcie skóry szyi wzdłuż linii środkowej. Oddziel skórę szyi od znajdujących się pod nią organów wewnętrznych, stosując metodę tępej dyssekcji, i usuń skórę, aby odsłonić gruczoły ślinowe (Rycina 3a-b, 4a).
- Uwolnij gruczoły ślinowe z tkanki łącznej i odsuń je bocznie za pomocą pęsety, aby odsłonić tchawicę pokrytą mięśniem mostkowo-tarczowym (Rycina 3b-c).
UWAGA: Na odsłonięte tkanki można nałożyć wazelinę, aby utrzymać ich wilgotność. Unikaj nakładania jej w okolicy tchawicy, aby zachować czystość w kolejnych krokach.
- Tracheotomia
- Wstrzyknij pierwszą dawkę rozcieńczonej ketaminy (7,5 mg/mL) dopasowaną do masy ciała w dawce 5 mL/kg (37,5 mg/kg) drogą dostępu dootrzewnowego.
UWAGA: Ketamina zaczyna działać po 3–5 min, dlatego pierwszą dawkę należy wstrzyknąć przed oddzieleniem tchawicy od otaczających ją mięśni i naczyń krwionośnych. Ketaminę podaje się w dwóch zastrzykach ze względu na zwiększone ryzyko efektów przedawkowania przy połączeniu z anestezją izofluranem.
- Ostrożnie rozdziel mięsień mostkowo-tarczowy wzdłuż linii środkowej końcówką cienkiej pęsety, aby odsłonić tchawicę (Rycina 3c). Oddziel tchawicę od naczyń krwionośnych i przełyku za pomocą pęsety, stosując metodę tępej dyssekcji.
- Wstrzyknij dopasowaną do masy ciała drugą dawkę rozcieńczonej ketaminy (7,5 mg/mL) w ilości 2,5 mL/kg (18,75 mg/kg) drogą dostępu dootrzewnowego.
- Wsuń tępy igłę poprzecznie pod tchawicę, aby ją podeprzeć (Rycina 3d). Przytrzymaj igłę palcami, aby stabilizować tchawicę. Przeciągnij nić chirurgiczną wokół trzeciego pierścienia tchawicy, położonego ogonowo względem tarczycy, używając igły półkolistej (Rycina 3d). Wykonaj na tym pierścieniu tchawicy cztery węzły instrumentalne.
UWAGA: Nić przywiązana do pierścienia tchawicy służy do przymocowania tchawicy do klatki piersiowej zwierzęcia. Na tym etapie nie odcinaj nici od igły półkolistej. Pierścienie tchawicy zbudowane są z chrząstki, która jest elastyczna, lecz mniej wytrzymała niż kości. Nie zaciskaj nici zbyt mocno, aby nie doprowadzić do złamania pierścienia.
- Chwyć skórę klatki piersiowej pęsetą. Przebij skórę klatki piersiowej tą samą igłą półkolistą, której użyto w poprzednim kroku, i przeciągnij nić przez skórę w celu przygotowania do przymocowania tchawicy do klatki piersiowej w następnym kroku (Rycina 3d).
- Delikatnie unieś tchawicę, pociągając za nić przywiązaną do pierścienia tchawicy, i przetnij tchawicę rostralnie względem zawiązanego pierścienia oraz ogonowo względem tarczycy. Przesuń ogonową część tchawicy w stronę klatki piersiowej. Unieś otwór tchawicy, wsuwając pod niego niewielki kawałek gąbki chirurgicznej.
UWAGA: Przed przecięciem tchawicy upewnij się, że po drugim zastrzyku ketaminy minęło ponad 5 min, aby zapewnić odpowiedni poziom znieczulenia.
- Usuń pozostałą жидкоść z wnętrza otworu tchawicy za pomocą cienkiego paska chłonnej tkaniny czyszczącej. Przełącz przepływ izofluranu z maski stereotaktycznej na rurkę intubacyjną. Wprowadź rurkę intubacyjną do tchawicy na głębokość ok. 2 mm, upewniając się, że część nacięcia w rurce pozostaje poza tchawicą, aby umożliwić oddychanie (Rycina 3e, 4b).
UWAGA: Ostrożnie dostosuj kąt wprowadzenia rurki intubacyjnej oraz głębokość jej wsunięcia, aby mysz oddychała swobodnie i aby uniknąć uszkodzenia tchawicy. Na zewnętrzną stronę tchawicy można nałożyć wazelinę, aby zapobiec jej wysychaniu i zminimalizować ryzyko przerwania tkanki.
- Przymocuj tchawicę do skóry klatki piersiowej, wykonując 3–4 węzły instrumentalne. Powiąż tchawicę nicią chirurgiczną, aby zabezpieczyć rurkę intubacyjną (Rycina 3e, 4b).

Rycina 3: Tracheotomia i intubacja myszy. (a-c) panele pokazują proces odsłaniania tchawicy. (a) Usuń skórę gardła, przecinając ją wzdłuż przerywanych linii. (b) Odchyl gruczoły ślinowe (SG) bocznie, aby odsłonić tchawicę przykrytą mięśniem mostkowo-tarczowym (SM). (c) Rozetnij SM wzdłuż przerywanej linii, aby odsłonić tchawicę. (d-e) panele pokazują tracheotomię. (d) Podtrzymaj tchawicę za pomocą tępej i zakrzywionej igły. Powiąż trzeci pierścień tchawicy gudałowo względem tarczycy, aby przymocować tchawicę do skóry klatki piersiowej. (e) Podawaj izofluran za pomocą rurki intubacyjnej z nacięciem na końcówce. Przymocuj tchawicę do skóry klatki piersiowej nicią chirurgiczną. Zabezpiecz rurkę intubacyjną, wiążąc ją z tchawicą. Pasek skali na panelu a=5 mm, dotyczy wszystkich paneli. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 4: Schematyczna ilustracja zabiegu chirurgicznego z dostępu brzusznego w widoku bocznym. (a) Rysunek schematyczny z zaznaczonymi istotnymi częściami anatomicznymi w ich względnym położeniu, gdy mysz jest ułożona stroną brzuszną do góry. Skróty: mięsień pokrywający atlas (AM), mięsień podłużny (LM), gruczoły ślinowe (SG), mięsień mostkowo-tarczowy (SM), tarczyca (TG). (b) Schemat rozmieszczenia rurki intubacyjnej w stosunku do tchawicy po zakończeniu tracheotomii. Tchawica jest zabezpieczona wiązaniami na skórze klatki piersiowej (T-trachea). Rurka intubacyjna (IT) jest zabezpieczona wiązaniami wokół końca tchawicy (T-tube). (c) Usunięcie guzka przedniego atlasu (AAT) w celu udrożnienia linii widzenia do IO. (d) Schemat opisujący rozmieszczenie miniaturowego mikroskopu (MM) i soczewki GRIN nad IO na potrzeby eksperymentu obrazowania. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
5. Odsłanianie pnia mózgu (40-45 min)
- Naciąć mięsień tarczyco-gnykowy wzdłuż włókien mięśniowych za pomocą precyzyjnej pęsety. Odciąć wyizolowaną część nożyczkami sprężystymi (Rycina 3e).
- Ostrożnie uwolnić pozostałą część tchawicy i krtani z mięśni, aby zminimalizować uszkodzenia naczyń krwionośnych w mięśniach. Usunąć pozostałą część tchawicy i krtani. Uwolnić przełyk z przyległej tkanki za pomocą pęsety i odciąć go nożyczkami sprężystymi (Rycina 5a).
- Usunąć mięśnie pokrywające łuk brzuszny i guzek przedni atlasu za pomocą precyzyjnej pęsety i nożyczek sprężystych (Rycina 5b).
UWAGA: Podczas usuwania mięśnia należy rozdzielić jego część końcówką precyzyjnej pęsety. Odciąć oddzieloną część nożyczkami sprężystymi. Powtarzać tę czynność wielokrotnie, aż do odsłonięcia łuku brzusznego atlasu, aby zminimalizować ryzyko przerwania naczyń krwionośnych.
- Przeciąć łuki brzuszne atlasu kleszczykami kostnymi (Rycina 4c, 5c). Usunąć guzkiem przednim atlasu. Usunąć krew i płyny za pomocą gąbki chirurgicznej, aby odsłonić otwór wielki i pień mózgu (Rycina 4c, 5d).
- Poszerzyć otwór wielki poprzez usunięcie kości potylicznej kleszczykami kostnymi (Rycina 5d-e).
- Usunąć cienką chrząstkę powyżej otworu wielkiego za pomocą precyzyjnej pęsety i nożyczek sprężystych. Ostrożnie oddzielić warstwę okostną opony twardej precyzyjną pęsetą, aby uzyskać wyraźny widok na brzuszną stronę pnia mózgu (Rycina 5f). Należy uważać, aby nie przerwać opony twardej.

Rysunek 5: Odsłonięcie pnia mózgu myszy do obrazowania wapnia. (a-f) panele przedstawiają proces odsłaniania pnia mózgu. (a) Usunięcie mięśnia mostkowo-tarczowego (SM) opisanego na Rysunku 3e. Odcięcie krtani i przełyku. (b) Usunięcie mięśnia podłużnego (LM) oraz mięśnia pokrywającego atlas (AM). (c) Przecięcie łuków brzusznych atlasu (AVA) kleszczykami kostnymi i usunięcie guzka przedniego atlasu (AAT). (d) Odcięcie kości potylicznej (OB) w celu poszerzenia otworu wielkiego (FM). (e) Poszerzony FM. (f) Usunięcie cienkiej chrząstki nad otworem wielkim. Odwarstwienie warstwy okostnej opony twardej. Kwadrat wskazuje obszar zawierający powierzchowne neurony IO. (g) Obrazowanie IO za pomocą soczewki GRIN. Pasek skali w a=5 mm, dotyczy a-c. Pasek skali w d=2 mm, dotyczy d-e. Pasek skali w f=2 mm. Pasek skali w g=2 mm. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
6. Obrazowanie wapnia
- Zaciśnij czujnik SpO2 na udzie myszy, aby monitorować parametry życiowe, takie jak częstość akcji serca, saturacja tlenem i częstość oddechów (Rycina 2b).
UWAGA: Częstość akcji serca powinna wynosić od 500 bpm do 600 bpm, saturacja tlenem powinna być wyższa niż 90%, a częstość oddechów powinna wynosić 50-70 oddechów na minutę10,11.
- Zamocuj sondę z soczewką GRIN (długość 9 mm, średnica 1 mm) na pręcie implantacyjnym.
UWAGA: Przed obrazowaniem oczyść soczewkę GRIN za pomocą chusteczki czyszczącej nasączonej 70% etanolem, aby zapewnić dobrą jakość obrazu.
- Ustabilizuj pręt implantacyjny na ramie stereotaktycznej i zamontuj miniaturowy mikroskop na pręcie implantacyjnym.
UWAGA: Przygotowanie miniaturowego mikroskopu do obrazowania powinno zostać wykonane zgodnie z odpowiednimi wytycznymi użytkownika produktu.
- Dodaj kilka kropel ciepłej soli fizjologicznej w obszarze pnia mózgu, aby zanurzyć soczewkę GRIN.
- Zbliż soczewkę GRIN do pnia mózgu (Rycina 4d, 5g). Włącz niebieską diodę LED wzbudzenia (455 ± 8) w miniaturowym mikroskopie. Zlokalizuj neurony IO przetransfekowane GCaMP6s, monitorując obraz fluorescencyjny z miniaturowego mikroskopu. Szukaj neuronów IO w obszarze o kształcie prostokąta, ok. 0,5-1,7 mm rostralnie w stosunku do pozostałego atlasu i ok. 0,6-1,1 mm bocznie od linii środkowej w powierzchownym obszarze brzusznej części pnia mózgu (Rycina 5f).
UWAGA: Podczas poszukiwania odpowiedniego pola widzenia do obrazowania IO, szukaj miejsca, w którym średnia średnica somat odpowiada średnicy somat neuronów IO (około 15 µm12). Sąsiednie obszary w formacji siateczkowatej rdzenia przedłużonego składają się ze znacznie większych komórek13,14. Zachowaj ostrożność podczas pionowego przesuwania soczewki GRIN, ponieważ zbyt silny nacisk na pień mózgu może doprowadzić do śmierci zwierzęcia.
7. Eutanazja zwierzęcia po zakończeniu procedury
- Po zakończeniu eksperymentu uśmierć zwierzę poprzez zwichnięcie szyi lub inną metodę zatwierdzoną przez lokalne przepisy dotyczące opieki nad zwierzętami laboratoryjnymi.
- W przypadku dalszych badań histologicznych, najpierw zpodaj zwierzęciu znieczulenie za pomocą leku wstrzykiwanego, takiego jak kombinacja ketaminy i ksylazyny (odpowiednio 100 mg/kg i 10 mg/kg)15, przed perfuzją serca roztworem Ringera, a następnie roztworem utrwalającym w celu utrwalenia mózgu.
8. Przetwarzanie danych
- Przeprowadź wstępne przetwarzanie nagranego filmu z obrazowania wapniowego przed analizą danych.
UWAGA: Na tym etapie wykorzystano komercyjne oprogramowanie do przetwarzania danych dołączone do miniaturowego mikroskopu; kolejne kroki protokołu odnoszą się do tego programu. Alternatywnie do wstępnego przetwarzania i analizy można wykorzystać bezpłatne oprogramowanie o otwartym kodzie źródłowym, takie jak CaImAn16, MINIPIPE17 oraz MiniscoPy18.
- Wczytaj nagrany film z obrazowania wapniowego do oprogramowania do przetwarzania danych.
- Kliknij przycisk Preprocess. Zdefiniuj obszar przycinania, wykluczając regiony pozbawione fluorescencyjnych neuronów, i przytnij film, aby zmniejszyć rozmiar pliku i przyspieszyć przetwarzanie.
- Kliknij przycisk Spatial Filter. Ustaw dolną i górną granicę odcięcia filtru przestrzennego odpowiednio na 0.005 pixel-1 oraz 0.5 pixel-1. Zastosuj filtr przestrzenny do każdej klatki filmu, aby zwiększyć kontrast i wygładzić obraz.
UWAGA: Filtr przestrzenny jest pasmowym filtrem Gaussa. Składniki o niskiej częstotliwości przestrzennej, pochodzące z komórek poza ogniskiem, mogą zakłócać korekcję ruchu w następnym kroku. Składniki o wysokiej częstotliwości przestrzennej mogą sprawić, że film będzie wydawał się mniej gładki.
- Kliknij przycisk Motion Correction. Zastosuj korekcję ruchu do filmu, używając pierwszej klatki jako klatki referencyjnej, aby zredukować artefakty związane z ruchem wywołane przepływem krwi w pniu mózgu.
UWAGA: Korekcja ruchu wykorzystuje metodę rejestracji obrazu opracowaną przez Thevenaz et al19.
- Wyeksportuj skorygowany pod względem ruchu film w formacie TIFF.
- Zastosuj algorytm CNMF-E20 do skorygowanego pod względem ruchu filmu w programie MATLAB w celu identyfikacji pojedynczych neuronów, postępując zgodnie z instrukcjami dla kodu CNMF-E MATLAB w repozytorium online21.
UWAGA: CNMF-E to podejście oparte na ograniczonej nieujemnej faktoryzacji macierzy, dostosowane do obrazowania jednofotonowego. Skrypty demonstracyjne w repozytorium mogą zostać zmodyfikowane i użyte do przetwarzania danych.