Wszystkie eksperymenty na zwierzętach były zgodne z krajowymi i instytucjonalnymi wytycznymi, w tym z dyrektywą 2010/63/UE Parlamentu Europejskiego, oraz posiadały pełną zgodę etyczną Home Office (Biuro Dobrostanu Zwierząt Uniwersytetu w Heidelbergu oraz Regierungspraesidium Karlsruhe, licencje T14/21 i T13/21). Pierwotne neurony hipokampa i kory przygotowano z nowonarodzonych myszy lub szczurów zgodnie ze standardowymi procedurami i utrzymywano przez 12-14 dni, jak opisano wcześniej13.
1. Przygotowanie roztworów
- Roztworyy stokowe buforu do obrazowania
- Przygotować każdy roztwór stokowy zgodnie z Tabelą 1 i przechowywać w temperaturze 4 °C. W przypadku długoterminowego przechowywania (>3 miesiące), przechowywać alikwoty w temperaturze -20 °C.
| Komponent | masa cząsteczkowa | Stężenie (M) | Ilość (g) | Objętość (mL) |
| NaCl | 58.44 | 5 | 14.61 | 50 |
| KCl | 74.55 | 3 | 1.12 | 5 |
| MgCl22·6 h2O | 203.3 | 1.9 | 2 | 5 |
| CaCl₂2·2H2O | 147.01 | 1 | 1.47 | 10 |
| Glicyna | 75.07 | 0.1 | 0.375 | 50 |
| Sacharoza | 342.3 | 1.5 | 25.67 | 50 |
| Pirowinian sodu | 110.04 | 0.1 | 0.55 | 50 |
| HEPES | 238.3 | 1 | 11.9 | 50 |
| Glukoza | 180.15 | 2.5 | 45 | 100 |
Tabela 1: Roztwory zapasowe do buforu obrazującego.
- Roztwory zapasowe leków i barwników
- Rozpuścić diamid (DA; stosowany do kalibracji maksymalnego stosunku 405:488) w wodzie w celu otrzymania 0,5 M roztworu zapasowego (np. 1 g w 11,615 mL wody). Rozdzielić na aliquoty i przechowywać w temperaturze -20 °C.
- Rozpuścić ditiotreitol (DTT; stosowany do kalibracji minimalnego stosunku 405:488) w wodzie w celu otrzymania 1 M roztworu zapasowego (np. 5 g w 32,425 mL wody). Rozdzielić na aliquoty i przechowywać w temperaturze -20 °C maksymalnie przez 3 miesiące.
- Rozpuścić N-metylo-D-asparaginian (NMDA; stosowany do indukowania ekscytotoksyczności i utleniania mitochondriów) w wodzie w celu otrzymania 10 mM roztworu zapasowego (np. 25 mg w 16,991 mL wody). Przechowywać aliquoty w temperaturze -20 °C. Do długotrwałego przechowywania (>6 miesięcy) zachowywać aliquoty w temperaturze -80 °C.
- Perchloran etylowego estru tetrametylorodaminy (TMRE; małocząsteczkowy wskaźnik potencjału błony mitochondrialnej)
- Rozpuścić proszek TMRE w metanolu w celu otrzymania 20 mM roztworu zapasowego (np. 25 mg w 2,427 mL metanolu).
- Rozcieńczyć 20 mM roztwór zapasowy w stosunku 1:1 000 w metanolu, aby otrzymać roztwór zapasowy o stężeniu 20 µM.
- Rozdzielić roztwory zapasowe 20 mM i 20 µM na aliquoty, uszczelnić parafilmem i przechowywać w ciemności w temperaturze -20 °C.
UWAGA: Oba roztwory zapasowe są stabilne przez kilka lat. Do eksperymentów należy używać 1 000x roztworu zapasowego (20 µM).
- Bufor do obrazowania
- Przygotować 100 mL buforu do obrazowania, dodając wszystkie składniki z Tabeli 2 do 80 mL sterylnej wody w cylindrze miarowym. Uzupełnić objętość do 100 mL sterylną wodą. Wymieszać, ostrożnie wstrząsając cylindrem, aż roztwór stanie się jednorodny.
UWAGA: Zaleca się użycie osmometru do sprawdzenia osmolarności buforu. Powinna ona być jak najbliższa osmolarności pożywki wzrostowej komórek. W tym przypadku wynosi ona 315 mOsmol/L. W razie potrzeby zwiększyć lub zmniejszyć stężenie sacharozy, aby dopasować osmolarność buforu do obrazowania i pożywki wzrostowej.
- Dostosować pH do wartości 7,4. Przygotować aliquoty i przechowywać w temperaturze 4 °C do dwóch tygodni. Do długotrwałego przechowywania zachowywać aliquoty w temperaturze -20 °C. Przed użyciem doprowadzić bufor do obrazowania do temperatury pokojowej.
| Komponent | Roztwór zapasowy (M) | Stężenie końcowe (mM) | Objętość (ml) |
| NaCl | 5 | 114 | 2.3 |
| KCl | 3 | 5.29 | 0.176 |
| MgCl₂2 | 1.9 | 1 | 0.053 |
| CaCl₂2 | 1 | 2 | 0.2 |
| Glicyna | 0.1 | 0.005 | 0.005 |
| Sacharoza | 1.5 | 52 | 3.5 |
| Pirogronian sodu | 0.1 | 0.5 | 0.5 |
| HEPES | 1 | 10 | 1 |
| Glukoza | 2.5 | 5 | 0.2 |
Tabela 2: Skład buforu do obrazowania. Wskazane objętości są wykorzystywane do przygotowania 100 mL buforu do obrazowania.
- Roztwory do stymulacji i kalibracji
UWAGA: Świeże roztwory stymulujące należy zawsze przygotowywać bezpośrednio przed eksperymentem, dodając roztwory zapasowe wskazanych leków do buforu obrazującego. Roztwory do stymulacji i kalibracji będą dodawane do komory obrazującej sekwencyjnie podczas eksperymentu (patrz sekcje 3-5). W zależności od rodzaju eksperymentu wymagane są różne roztwory, aby osiągnąć to samo stężenie końcowe w odpowiedniej objętości końcowej w komorze obrazującej.
- Przygotuj 3-krotny roztwór NMDA (90 µM; stężenie końcowe w komorze: 30 µM), dodając 63 µL zapasu NMDA o stężeniu 10 mM do 6,937 mL buforu obrazującego. Dodaj 500 µL otrzymanego roztworu do komory (objętość końcowa: 1,5 mL).
- Przygotuj 2-krotny roztwór DA do kroków 3 i 4 (1 mM; stężenie końcowe w komorze: 0,5 mM), dodając 14 µL zapasu DA o stężeniu 0,5 M do 6,986 mL buforu obrazującego. Dodaj 1 mL do komory (objętość końcowa: 2 mL).
- Przygotuj 4-krotny roztwór DA do kroku 5 (2 mM; stężenie końcowe w komorze: 0,5 mM), dodając 28 µL zapasu DA o stężeniu 0,5 M do 6,972 mL buforu obrazującego. Dodaj 500 µL do komory (objętość końcowa: 2 mL).
- Przygotuj 1-krotny roztwór DTT (5 mM; stężenie końcowe w komorze: 5 mM), dodając 45 µL zapasu DTT o stężeniu 1 M do 8955 µL buforu obrazującego. Po odessaniu buforu obrazującego dodaj 1 mL tego roztworu do komory (objętość końcowa: 1 mL).
2. Obciążanie komórek TMRE
UWAGA: W niniejszym protokole TMRE jest stosowany w trybie bez gaszenia (non-quench mode)15 w końcowym stężeniu 20 nM. Generalnie należy stosować najniższe możliwe stężenie TMRE, które nadal zapewnia wystarczającą intensywność sygnału na wybranym mikroskopie. Ze względu na nierównomierne odparowywanie, objętość medium w różnych studzienkach może się różnić w długoterminowych kulturach pierwotnych. Aby zapewnić spójne stężenie TMRE we wszystkich studzienkach, nie należy dodawać TMRE bezpośrednio do studzienek. Zamiast tego należy zastąpić medium w każdej studzience taką samą ilością medium zawierającego TMRE. Poniższy protokół jest przeznaczony dla neuronów pierwotnych w płytkach 24-dołkowych zawierających ~1 mL medium na studzienkę.
- Pracując w komorze z laminarnym przepływem powietrza do hodowli tkanek, pobierz 500 µL pożywki z każdej studzienki do jednej probówki stożkowej.
- Do probówki stożkowej dodaj 0,5 µL roztworu stokowego TMRE o stężeniu 20 µM na każdą studzienkę (np. 12 µL dla 24 studni).
- Ostrożnie odessaj pozostałą pożywkę z pierwszej studzienki i zastąp ją 500 µL pożywki zawierającej TMRE. Powtórz tę czynność dla pozostałych studzienek, kolejno jedna po drugiej.
UWAGA: Należy uważać, aby nie dopuścić do wyschnięcia komórek i nie zakłócać ich stanu.
- Umieść komórki z powrotem w inkubatorze i odczekaj co najmniej 60 min w celu równowagi barwnika.
UWAGA: Czas inkubacji z barwnikiem może zostać wydłużony do kilku godzin bez negatywnych skutków.
- Aby zapewnić stałe stężenie TMRE i utrzymanie stanu równowagi podczas całego eksperymentu obrazowania, upewnij się, że bufor do obrazowania oraz wszystkie roztwory stymulujące zawierają końcowe stężenie 20 nM TMRE.
3. Optymalizacja ustawień skaningowego mikroskopu konfokalnego
UWAGA: Ten krok ma na celu znalezienie najlepszego kompromisu między jakością obrazu a żywotnością komórek podczas obrazowania na żywo. Ta sekcja opisuje optymalizację ustawień dla obrazowania roGFP. W przypadku obrazowania multiparametrycznego należy przeprowadzić podobną optymalizację dla dodatkowych wskaźników, w tym sprawdzić stabilność linii bazowej pod kątem braku oznak blaknięcia lub fototoksyczności.
- Uruchom mikroskop konfokalny i załaduj standardowe ustawienia dla obrazowania GFP (pobudzenie 488 nm, emisja 505 - 550 nm).
- Ustaw detektor na 12 bitów lub 16 bitów.
UWAGA: Zazwyczaj 8 bitów jest niewystarczające do obrazowania ilościowego.
- Aktywuj tryb skanowania sekwencyjnego i dodaj drugą sekwencję/ścieżkę (pobudzenie 405 nm, emisja 505 - 550 nm).
- Dla obu kanałów wybierz tabelę mapowania pseudokolorów, która wskazuje piksele prześwietlone i niedoświetlone (np. GLOW OU).
- Wybierz obiektyw odpowiedni dla badanego obiektu.
UWAGA: Powiększenia 10x-40x są odpowiednie do analizy pojedynczych komórek, a 63x-100x do analizy pojedynczych mitochondriów.
- Zamocuj szkiełko cover-slip z komórkami w komorze obrazowania, dodaj 1 mL buforu do obrazowania i umieść komorę na mikroskopie.
- Użyj okularu i światła przechodzącego, aby ustawić ostrość na komórkach.
UWAGA: Nie używaj światła epifluorescencyjnego do lokalizacji i ustawiania ostrości komórek. Nawet przy niskiej mocy wpłynie to niekorzystnie na komórki.
- Rejestruj obrazy przy różnych formatach pikseli. Na podstawie tych obrazów wybierz najmniejszą liczbę pikseli, która zapewnia akceptowalną rozdzielczość badanej struktury.
UWAGA: Zazwyczaj 512 x 512 pikseli sprawdza się w obrazowaniu pojedynczych komórek z obiektywami 20x i 40x, a 1024 x 1024 lub 2048 x 2048 pikseli zazwyczaj sprawdza się w obrazowaniu pojedynczych mitochondriów z obiektywem 63x.
- Rejestruj obrazy przy różnych rozmiarach otworu pinhole. Na podstawie tych obrazów wybierz największy rozmiar otworu, który zapewnia akceptowalną rozdzielczość badanej struktury.
UWAGA: Zazwyczaj sprawdza się zakres 3-7 jednostek Airy.
- Rejestruj obrazy przy różnych intensywnościach lasera.
- Odpowiednio dostosuj wzmocnienie i próg detektora. Na podstawie tych obrazów wybierz najniższą intensywność lasera, która zapewnia akceptowalną intensywność sygnału oraz stosunek sygnału do tła.
- Aby wyznaczyć stosunek sygnału do tła, zmierz intensywność sygnału w obszarze zainteresowania (ROI) zawierającym komórki lub mitochondria (ROI1) oraz w ROI bez komórek lub mitochondriów (ROI2). Następnie podziel intensywność ROI1 przez intensywność ROI2.
UWAGA: Dąż do uzyskania stosunku sygnału do tła >3 i intensywności sygnału dla poszczególnych ROI na poziomie 200-1 000 dla pobudzenia 405 nm przy mocy lasera 1-3% oraz intensywności ROI na poziomie 300-1 500 dla pobudzenia 488 nm przy mocy lasera 1%.
- Rejestruj obrazy przy różnych prędkościach skanowania i różnej liczbie uśrednianych klatek. Nagraj 4-5 obrazów dla każdej kombinacji ustawień. Na podstawie tych serii obrazów wybierz najwyższą prędkość i najniższe ustawienia uśredniania, które zapewniają akceptowalny poziom szumu i zmienność między obrazami.
UWAGA: W większości przypadków dobrze sprawdza się prędkość skanowania 600 Hz i uśrednianie 1-2 klatek.
- Używając nowego szkiełka cover-slip, nagraj serię time-lapse z zoptymalizowanymi ustawieniami.
UWAGA: Czas trwania i odstępy między obrazami w serii powinny odpowiadać tym z planowanych eksperymentów.
- Na koniec serii time-lapse dodaj do komory pomiarowej 1 mL 2x roztworu DA. Obrazuj przez dodatkowe 2 min.
- Odsuń bufor do obrazowania za pomocą pompy perystaltycznej lub pipety ręcznej. Dodaj 1 mL 1x roztworu DTT. Obrazuj przez dodatkowe 5 min.
- Przeanalizuj eksperyment time-lapse (patrz sekcja 5).
- Upewnij się, że przy zoptymalizowanych ustawieniach żaden z dwóch kanałów nie jest prześwietlony ani niedoświetlony podczas traktowania DA i DTT.
- Upewnij się, że w żadnym z dwóch kanałów nie występuje znaczny bleaching podczas rejestracji time-lapse; dąż do spadku intensywności <2% między pierwszym a ostatnim obrazem.
- Zweryfikuj, czy stosunek 405:488 nie zmienia się znacząco podczas obrazowania.
- Powtórz całą procedurę iteracyjnie, używając kilku szkiełek cover-slip, aż zostaną określone ustawienia, które konsekwentnie zapewniają akceptowalne wyniki.
4. Ocena podstawowego stanu redoks
- Uruchom mikroskop i wczytaj zoptymalizowane ustawienia z sekcji 3.
- Ustaw uśrednianie klatek (frame average) na 3-5.
- Zamocuj szkiełko nakrywkowe z komórkami w komorze obrazowania, dodaj 1 mL buforu do obrazowania i umieść komorę na mikroskopie.
- Użyj okularu i światła przechodzącego, aby ustawić ostrość na komórkach.
UWAGA: Nie używaj światła epifluorescencyjnego do lokalizacji i ustawiania ostrości komórek. Nawet przy małej mocy wpłynie to niekorzystnie na komórki.
- Przełącz na tryb skanowania (scanning) i użyj kanału 488 nm w trybie podglądu na żywo (live view), aby ustawić ostrość i zlokalizować komórki do obrazowania.
- Użyj funkcji wielopunktowej (multipoint function), aby wybrać 3-5 pól widzenia na szkiełku nakrywowym.
- Zarejestruj obraz bazowy.
- Dodaj do komory 1 mL 2x roztworu DA.
- Po 1, 2 i 3 min użyj trybu podglądu na żywo (live view), aby potwierdzić/skorygować ostrość, a następnie zarejestruj obraz.
UWAGA: Komórki są zazwyczaj w pełni utlenione po 2 min.
- Zastąp bufor w komorze obrazowania 1 mL 1x roztworu DTT.
- Po 3 i 5 min użyj trybu podglądu na żywo (live view), aby potwierdzić/skorygować ostrość, a następnie zarejestruj obraz.
UWAGA: Komórki są zazwyczaj w pełni zredukowane po 4-5 min.
5. Obrazowanie na żywo w warunkach ostrego traktowania
UWAGA: Poniższy protokół opisuje obrazowanie odpowiedzi redoks mitochondriów na traktowanie NMDA. Interwały obrazowania i czas trwania eksperymentu mogą wymagać dostosowania w przypadku innych metod traktowania.
- Uruchom mikroskop i wczytaj zoptymalizowane ustawienia z sekcji 3.
- Ustaw interwał time-lapse na 30 s oraz czas trwania na 25 min.
- Zamocuj szkiełko nakrywkowe z komórkami w komorze obrazowania, dodaj 1 mL buforu do obrazowania i umieść komorę na mikroskopie.
UWAGA: Aby uniknąć termicznego dryftu ostrości, pozostaw komórki na stoliku mikroskopu na 10-15 min przed rozpoczęciem obrazowania time-lapse.
- Użyj okularu i światła przechodzącego, aby ustawić ostrość na komórkach.
UWAGA: Nie używaj światła epifluorescencyjnego do lokalizacji i ustawiania ostrości komórek. Nawet przy niskiej mocy wpłynie to niekorzystnie na komórki.
- Przełącz do trybu skanowania i użyj kanału 488 nm w podglądzie na żywo (live view), aby ustawić ostrość i zlokalizować komórki do obrazowania.
- Opcjonalnie: Aby zwiększyć liczbę rejestrowanych komórek w jednej serii, użyj funkcji wielopunktowej (multipoint function), aby obrazować 2-3 pola widzenia na szkiełko nakrywkowe.
- Rozpocznij akwizycję time-lapse i zarejestruj 5 obrazów jako 2-minutowy pomiar bazowy.
- Dodaj do komory 500 µL 3x roztworu NMDA (stężenie końcowe 30 µM) i zarejestruj kolejne 20 obrazów jako 10-minutową odpowiedź na NMDA.
UWAGA: Neurony są bardzo wrażliwe na zmiany osmolarity. Dlatego należy zminimalizować parowanie buforu do obrazowania. Przy dłuższych zabiegach komora obrazująca powinna być przykryta pokrywką.
- Dodaj do komory 500 µL 4x roztworu DA i zarejestruj kolejne 6 obrazów (3-minutowa kalibracja maksymalna).
- Odsącz bufor z komory obrazującej i zastąp go 1 mL 1x roztworu DTT. Zarejestruj kolejne 10 obrazów (5-minutowa kalibracja minimalna).
- Zakończ rejestrację i zapisz serię obrazów.
6. Analiza danych
- Import danych i wstępne przetwarzanie obrazów w programie FIJI
- Użyj funkcji Bio-Formats Importer, aby otworzyć grupę obrazów z kroku 4 lub plik obrazu z kroku 5. Kliknij Plugins | Bio-Formats | Bio-Formats Importer. W oknie dialogowym wybierz View stack with: Hyperstack, ustaw Color mode: default, zaznacz Autoscale i nie dziel obrazów na osobne okna.
UWAGA: Funkcja Autoscale optymalizuje wyświetlanie danych na ekranie komputera. Nie zmienia ona intensywności pikseli.
- Jeśli otwarto poszczególne obrazy z kroku 4, kliknij Image | Stacks | Tools | Concatenate, aby połączyć je w jeden stos obrazów.
- Jeśli w serii obrazów występuje dryft XY, kliknij Plugins | StackReg, aby zarejestrować obrazy. W oknie dialogowym wybierz Rigid Body lub Translation.
- Zmień format obrazu na 32 bity, klikając Image | Type | 32-bit.
- Rozdziel kanały kolorystyczne do osobnych okien, klikając Image | Color | Split Channels.
- Wybierz kanał 1 (405 nm) i dostosuj próg, aby zaznaczyć mitochondria do analizy, klikając Image | Adjust | Threshold. W oknie dialogowym wybierz Default, Red, Dark background oraz Stack histogram i poczekaj, aż zaznaczone piksele staną się czerwone. Kliknij Apply. Zaznacz Set Background Pixels to NaN oraz Process all images.
UWAGA: Aby uniknąć potencjalnego błędu obserwatora, należy stosować zautomatyzowane wyznaczanie progu. FIJI oferuje kilka zautomatyzowanych metod (takich jak Default, Huang, Intermodes, Otsu), które można wybrać z menu rozwijanego w oknie dialogowym progu. Zazwyczaj metoda Default daje dobre wyniki. Zaleca się porównanie kilku metod podczas pierwszej analizy w celu znalezienia najlepszej metody progowania dla danego zestawu obrazów. Po wybraniu metody należy ją zastosować do wszystkich obrazów.
- Powtórz krok 6.1.6 dla kanału 2 (488 nm).
- Utwórz obraz stosunku (ratio), aby zwizualizować stosunek 405:488 nm, klikając Process | Image calculator. W oknie dialogowym wybierz Image 1: channel 1, Operation: Divide, Image 2: channel 2, Create new window, Process all images.
- Zmień tablicę wyszukiwania (lookup table) obrazu stosunku na pseudokolor. Na przykład, aby zmienić na Fire, kliknij Image | Lookup Tables | Fire.
- Analiza obrazu
- Na obrazie stosunku narysuj ROI wokół poszczególnych komórek lub mitochondriów. Po narysowaniu każdego ROI dodaj go do ROI Manager za pomocą Analyze | Tools | ROI Manager | Add (skrót klawiszowy: 'T'). Zaznacz Show All.
UWAGA: Ponieważ piksele tła zostały ustawione jako „nie liczba” (NaN) w krokach 6.1.6 i 6.1.7, nie będą one wpływać na wynik pomiaru. W związku z tym dopuszczalne jest włączenie niektórych pikseli tła do ROI.
- Zmierz stosunki 405:488 poszczególnych komórek, klikając ROI Manager | ctrl+A, aby zaznaczyć wszystkie ROI | More | Multi Measure. W oknie dialogowym zaznacz Measure all slices oraz One row per slice.
- Eksportuj pomiary do programu arkusza kalkulacyjnego.
- Wybierz obraz 405 nm. Zmierz intensywność wszystkich ROI w sposób opisany w kroku 6.2.2, korzystając z ROI zapisanych w managerze ROI.
- Eksportuj pomiary do programu arkusza kalkulacyjnego.
- Wybierz obraz 488 nm. Zmierz intensywność wszystkich ROI w sposób opisany w kroku 6.2.2, korzystając z ROI zapisanych w managerze ROI.
- Eksportuj pomiary do programu arkusza kalkulacyjnego.
- Zapisz ROI do późniejszego wykorzystania, klikając ROI Manager | ctrl+A, aby zaznaczyć wszystkie ROI | More | Save.
- Zalecane: Wygeneruj wykresy intensywności w czasie dla śladów 405 i 488 nm. Upewnij się, że w żadnym z kanałów nie występuje wyraźny bleaching (intensywność sygnału na końcu serii obrazowania powinna wynosić ≥98% pierwszego obrazu) oraz że dwa ślady poruszają się w przeciwnych kierunkach podczas odpowiedzi sensora (np. ślad 405 nm powinien rosnąć podczas utleniania, podczas gdy ślad 488 nm powinien maleć).
- Normalizacja danych
- Dla każdego ROI z obrazu stosunku wyznacz maksymalną wartość podczas traktowania DA (Rmax) oraz minimalną wartość podczas traktowania DTT (Rmin).
- Oblicz znormalizowany stosunek w następujący sposób:

UWAGA: Pozwoli to ustawić maksymalny stosunek na 1,0, a minimalny na 0.
- Analiza morfologii mitochondriów
- Aby uzyskać pomiary morfologii mitochondriów równolegle do intensywności roGFP w kroku 6.2.6, przejdź do Analyze | Set Measurements i zaznacz Shape descriptors oraz Fit ellipse.
UWAGA: Oprócz średniej intensywności, pomiary w oknie results będą zawierać długość osi głównej (Major), długość osi mniejszej (Minor), współczynnik proporcji (AR; oś główna podzielona przez oś mniejszą; okrągłe mitochondria mają AR ~1, wydłużone mitochondria mają większy AR), a także pomiary kolistości (Circ.) i zaokrąglenia (Round).