Większość energii komórki jest uzyskiwana poprzez degradację glukozy, kwasów tłuszczowych i aminokwasów różnymi szlakami, które zbiegają się w mitochondrialnym systemie fosforylacji oksydacyjnej (OXPHOS), który jest regulowany w odpowiedzi na zapotrzebowanie komórki. Cząsteczka lipidu Koenzym Q (CoQ) jest niezbędna w tym procesie, przenosząc elektrony do kompleksu III w łańcuchu transportu elektronów (ETC) poprzez ciągłe cykle utleniania/redukcji. Stan mitochondriów i ostatecznie zdrowie komórek można ocenić, mierząc zużycie tlenu przez ETC za pomocą testów respirometrycznych. Badania te są zwykle wykonywane w ustalonych lub pierwotnych liniach komórkowych, które były hodowane przez kilka dni. W obu przypadkach uzyskane parametry oddychania mogły odbiegać od normalnych warunków fizjologicznych w danym narządzie lub tkance.
Dodatkowo, wewnętrzne cechy hodowanych pojedynczych włókien izolowanych z mięśni szkieletowych utrudniają tego typu analizę. W pracy przedstawiono zaktualizowany i szczegółowy protokół analizy oddychania w świeżo wyizolowanych mitochondriach z mięśni szkieletowych myszy. Dostarczamy również rozwiązania potencjalnych problemów, które mogą pojawić się na każdym etapie procesu. Przedstawiona tutaj metoda może być zastosowana do porównania wskaźników zużycia tlenu w różnych transgenicznych modelach myszy i zbadania odpowiedzi mitochondriów na leczenie farmakologiczne lub inne czynniki, takie jak starzenie się lub płeć. Jest to realna metoda odpowiedzi na kluczowe pytania dotyczące bioenergetyki mitochondrialnej, metabolizmu i regulacji.