Martwicze zapalenie jelit (NEC), ciężka choroba zapalna jelita cienkiego występująca u nawet 10% wcześniaków, jest powszechnie kojarzona z wysoką zachorowalnością i śmiertelnością1,2. Śmiertelność zbliżająca się do 50% u niemowląt o bardzo niskiej masie urodzeniowej (<1500 g), wymagających interwencji chirurgicznej, nie jest rzadkością3. Chociaż dokładna etiologia NEC nie jest obecnie poznana, uważa się, że czynniki ryzyka, takie jak karmienie mlekiem modyfikowanym, łączą się z anomaliami fizjologicznymi, takimi jak dysbioza, niedojrzały nabłonek jelitowy i dysfunkcyjna bariera jelitowa, w rozwoju choroby2,4. Pomimo znacznych wysiłków, w ciągu ostatniej dekady nastąpił niewielki postęp w zapobieganiu lub leczeniu NEC5. Nowatorska metoda in vitro do badania NEC i związanej z nim dysfunkcji bariery nabłonkowej jelit jest niezbędna do lepszego zrozumienia patogenezy choroby, ponieważ wyniki z modeli zwierzęcych jak dotąd słabo przekładały się na łóżko6.
Do zbadania mechanizmów zachodzących podczas NEC wykorzystano wiele modeli in vitro. Ludzka linia komórek nabłonka jelitowego, Caco-2, jest jednym z najczęściej wykorzystywanych modeli in vitro NEC7,8. Komórki Caco-2 naśladują cechy morfologiczne jelita cienkiego na granicy szczoteczki, ale jako linia komórkowa nie różnicują się w szeroką gamę typów komórek in vivo, w tym komórki kubkowe wytwarzające śluz, wymagane dla wysoce translacyjnego modelu. HT-29-MTX, ludzkie komórki gruczolakoraka jelita grubego, zawierają mieszany fenotyp enterocytów i komórek kubkowych, ale nadal brakuje im typów komórek opartych na krypcie nabłonka jelitowego9. IEC-6 i IEC-18 są nieprzekształconymi liniami komórkowymi o niedojrzałej morfologii przypominającej kryptę jelita krętego, ale nie pochodzą z tkanki ludzkiej, co ogranicza ich zdolność translacyjną. Linie komórek jelitowych FHs 74-Int i H4 pochodzą z ludzkich tkanek płodowych i nie tworzą ścisłych połączeń ani spolaryzowanych monowarstw10,11, a zatem są niedojrzałe w porównaniu nawet z najbardziej wcześniakami podatnymi na NEC. Zazwyczaj modele NEC in vitro wykorzystują leczenie lipopolisacharydami (LPS) w celu wywołania receptora toll-podobnego 4 (TLR4), głównego receptora inicjującego zapalenie jelit w NEC12. Uszkodzenia, w których pośredniczy traktowanie reaktywnymi formami tlenu (ROS), zwykle za pomocą nadtlenku wodoru, są często wykorzystywane do indukowania uszkodzeń oksydacyjnych podobnych do NEC i apoptozy13,14. Jako główny czynnik powodujący zapalenie jelit, czynnik martwicy nowotworów alfa (TNF-α), dalszy składnik sygnalizacji zapalnej TLR4, jest również powszechnie stosowany w tych modelach in vitro do naśladowania patogenezy in vivo15.
Organoidy, generowane z indukowalnych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSC), zyskały na popularności jako model jelita in vitro ze względu na ich zdolność do rekapitulacji złożonej architektury in vivo i składu typu komórki tkanki, z której pochodzą16,17. Pokrewny system in vitro, enteroidy, to organoidy pochodzące z wyciętych krypt jelitowych, które są łatwiejsze do założenia i utrzymania niż organoidy pochodzące z iPSC. Enteroidy są zwykle hodowane w trójwymiarowej (3D) macierzy zewnątrzkomórkowej (ECM) z dostępem eksperymentalnym ograniczonym do powierzchni komórki podstawno-bocznej. Metody, takie jak mikroiniekcja18,19, zostały opracowane w celu pokonania tej bariery na powierzchni wierzchołkowej, ale nagromadzenie złuszczonych resztek komórkowych i śluzu w świetle sprawia, że mikroiniekcja jest zarówno technicznie trudna, jak i niespójna. Ponieważ niestandardowe platformy mikroiniekcji robotycznych nie są powszechnie dostępne20, różnice między laboratoriami w zakresie zdolności technicznych i ogólnej techniki stają się istotnymi zmiennymi, które należy przezwyciężyć za pomocą protokołów mikroiniekcji. Dwuwymiarowe (2D) monowarstwy pochodzące ze zdysocjowanych enteroidów 3D, nadal zawierające wszystkie główne typy komórek nabłonka jelitowego, umożliwiają dostęp do powierzchni wierzchołkowej, ale tradycyjnie były trudne do utrzymania bez warstwy zasilającej mezenchymalne miofibroblasty21. Podczas gdy przepuszczalne dla hodowli komórkowych nośniki mogą być używane do uzyskiwania dostępu zarówno do wierzchołkowej, jak i podstawno-bocznej strony monowarstw enteroidalnych bez użycia leżących poniżej miofibroblastów, wstawki te wymagają wycięcia i zamontowania błony przed użyciem z modalnościami takimi jak mikroskopia konfokalna, co skutkuje bardziej wymagającym technicznie i trudnym procesem przy użyciu tradycyjnych metod mikroskopowych22. NEC został zamodelowany in vitro przy użyciu tradycyjnych enteroidów 3D23,24,25 i przepuszczalne podpory26,27, a zapalenie jelit zostało niedawno zreplikowane za pomocą modeli jelit na chipie28,29. Podczas gdy modele typu gut-on-a-chip zawierające mikrofluidykę są zdecydowanie najbardziej zaawansowanymi i możliwymi do przetłumaczenia modelami, technologia ta jest droga, złożona i niedostępna dla większości badaczy30.
Ostatnie postępy w technikach enteroidów wierzchołkowych umożliwiły łatwiejszy dostęp do powierzchni wierzchołkowej enteroidów 3D bez ryzyka uszkodzenia integralności strukturalnej nabłonka in vitro31,32,33. Enteroidy wierzchołkowe mają taki sam skład komórek i funkcję barierową nabłonka jelitowego in vivo, ale w przeciwieństwie do typowych enteroidów 3D, powierzchnie wierzchołkowe tych komórek są skierowane w stronę pożywki hodowlanej, co pozwala na bardziej fizjologicznie istotne badania nad wchłanianiem składników odżywczych, infekcją mikrobiologiczną i wydzielaniem światła31. Dodatkową zaletą enteroidów wierzchołkowych jest możliwość jednorodnego rozprowadzania czynników doświadczalnych do enteroidów. Różnicowanie objętości leczenia w zależności od wielkości enteroidu nie jest wymagane, jak ma to miejsce w przypadku mikroiniekcji, a zdolność do utrzymania tych enteroidów w hodowli zawiesinowej neguje wszelkie zakłócenia ECM w dyfuzji czynnika eksperymentalnego32.
Martwicze zapalenie jelit jest chorobą wieloczynnikową, obejmującą wiele typów komórek nabłonka jelitowego oraz różne czynniki środowiskowe i patofizjologiczne34. Zróżnicowany skład komórkowy enteroidów jelitowych stanowi wyraźną poprawę w porównaniu z monokulturami w modelowaniu złożonej choroby, takiej jak NEC. Co ciekawe, podczas gdy pojedyncza ekspozycja na stan zapalny jest często wystarczająca do wywołania uszkodzeń w monokulturach in vitro, enteroidy, podobnie jak w przypadku modeli mysich23, wydają się wymagać co najmniej dwóch składników zapalnych, aby wywołać uszkodzenia podobne do NEC6. W tym miejscu przedstawiamy model NEC-in-a-dish z wierzchołkowym wyjściem, wykorzystujący enteroidy wierzchołkowe w połączeniu z niedotlenieniem (ważna cecha kliniczna NEC6) oraz LPS lub TNF-α, jako ulepszony i bardziej fizjologicznie istotny model in vitro do badania odpowiedzi nabłonka na zapalenie podobne do NEC i, potencjalnie, identyfikacji celów terapeutycznych. Opisujemy protokół odwracania polarności enteroidów 3D jelita cienkiego, a także protokół barwienia immunofluorescencyjnego w celu identyfikacji przerwania bariery nabłonkowej i zmian ekspresji białek połączeniowych. Na koniec demonstrujemy prosty test żywotności enteroidów, aby określić wpływ naszego modelu NEC-in-a-dish z podwójnym uderzeniem, wierzchołkiem.