Wydzielanie wysięków z korzeni jest zazwyczaj zewnętrzną strategią detoksykacji roślin w warunkach stresu. Protokół ten opisuje, w jaki sposób można ocenić wpływ ksenobiotyków na lucernę za pomocą niecelowanej analizy metabolomicznej.
Subskrypcja JoVE jest wymagana do oglądania tego materiału. Zaloguj się lub rozpocznij bezpłatny okres próbny.
Artykuł metodologiczny
Wydzielanie wysięków z korzeni jest zazwyczaj zewnętrzną strategią detoksykacji roślin w warunkach stresu. Protokół ten opisuje, w jaki sposób można ocenić wpływ ksenobiotyków na lucernę za pomocą niecelowanej analizy metabolomicznej.
Wysięki korzeniowe są głównym medium komunikacji, komunikacji i transferu energii między korzeniami roślin a otaczającym środowiskiem. Zmiana wydzielania wysięków korzeniowych jest zwykle zewnętrzną strategią detoksykacji roślin w warunkach stresowych. Protokół ten ma na celu wprowadzenie ogólnych wytycznych dotyczących zbierania wysięków z korzenia lucerny w celu zbadania wpływu ftalanu di(2-etyloheksylu) (DEHP) na produkcję metabolitów. Po pierwsze, sadzonki lucerny są uprawiane pod wpływem stresu DEHP w eksperymencie z kulturą hydroponiczną. Po drugie, rośliny przenosi się do probówek wirówkowych zawierających 50 ml wysterylizowanej ultraczystej wody przez 6 godzin w celu zebrania wysięków z korzeni. Roztwory są następnie liofilizowane w liofilizatorze próżniowym. Zamrożone próbki ekstrahuje się i derywatyzuje odczynnikiem bis(trimetylosilili)) trifluoroacetamidu (BSTFA). Następnie derywatyzowane ekstrakty są mierzone za pomocą systemu chromatografu gazowego sprzężonego ze spektrometrem mas czasu przelotu (GC-TOF-MS). Pozyskane dane metabolitowe są następnie analizowane w oparciu o metody bioinformatyczne. Zróżnicowane metabolity i znacząco zmienione szlaki metaboliczne powinny być dogłębnie zbadane, aby ujawnić wpływ DEHP na lucernę w świetle wysięków korzeniowych.
ftalan Di(2-etyloheksylu) (DEHP) to syntetyczny związek chemiczny, który jest szeroko stosowany w różnych tworzywach sztucznych i polimerach jako plastyfikator poprawiający ich plastyczność i wytrzymałość. W ciągu ostatnich kilku lat coraz więcej badań sugerowało, że DEHP jest substancją zaburzającą funkcjonowanie układu hormonalnego i ma niekorzystny wpływ na układ oddechowy, nerwowy i rozrodczy ludzi i innych zwierząt1,2,3. Biorąc pod uwagę ryzyko dla zdrowia, Agencja Ochrony Środowiska Stanów Zjednoczonych, Unia Europejska i Chińskie Centrum Monitorowania Środowiska sklasyfikowały DEHP na liście priorytetowych zanieczyszczeń. Gleba została uznana za ważny pochłaniacz DEHP w środowisku, ze względu na stosowanie ściółkowania z tworzyw sztucznych i nawozów organicznych, nawadnianie ściekami i stosowanie osadów w gospodarstwach rolnych4. Zgodnie z oczekiwaniami, DEHP został powszechnie wykryty w glebach rolnych, których zawartość sięga nawet miligramów na kilogram wysuszonej gleby w niektórych regionach Chin5,6. DEHP może wnikać do roślin głównie przez korzenie i ulegać biomagnifikacji na różnych poziomach troficznych w ekosystemach glebowych7. W związku z tym w ostatnich dziesięcioleciach pojawiły się poważne obawy dotyczące stresu wywołanego przez DEHP w roślinach.
Rośliny są zazwyczaj narażone na działanie DEHP. Zaobserwowano, że stres DEHP wywiera niekorzystny wpływ na kiełkowanie nasion i prawidłowy metabolizm, hamując w ten sposób wzrost i rozwój roślin8,9. Na przykład DEHP może indukować uszkodzenia oksydacyjne komórek mezofilu, zmniejszać zawartość chlorofilu i osmolitów oraz zwiększać aktywność enzymów antyoksydacyjnych, co ostatecznie prowadzi do spadku plonów i jakości roślin jadalnych10,11. Jednak większość wcześniejszych badań nad reakcją roślin na stres DEHP koncentrowała się na stresie oksydacyjnym oraz cechach fizjologicznych i biochemicznych. Odpowiednie mechanizmy związane z metabolizmem roślin są mniej zbadane. Wysięki korzeniowe to ogólny termin opisujący związki, które korzenie roślin wydzielają i uwalniają do środowiska. Zostały one uznane za pożywki interakcji między roślinami a glebą ryzosferową, odgrywając ważną rolę we wspieraniu wzrostu i rozwoju roślin12. Powszechnie wiadomo, że wysięki korzeniowe stanowią około 30%-40% całego węgla fotosyntetycznego13. W zanieczyszczonym środowisku wysięki korzeniowe biorą udział w poprawie tolerancji roślin na stres związany z zanieczyszczeniami poprzez metabolizm lub wykluczenie zewnętrzne14. W związku z tym dogłębne zrozumienie reakcji wysięków korzeni roślin na stres związany z zanieczyszczeniem może pomóc w ujawnieniu podstawowych mechanizmów związanych z biochemią komórki i zjawiskami biologicznymi15.
Technologia metabolomiczna zapewnia skuteczną strategię jednoczesnego pomiaru dużej liczby małych molekułowych metabolitów w komórkach16,17, tissues18, a nawet wysięków organizmów19, w tym cukrów, kwasów organicznych, aminokwasów i lipidów. W porównaniu z tradycyjnymi lub klasycznymi metodami analizy chemicznej, podejście metabolomiczne znacznie zwiększa liczbę metabolitów, które można wykryć20, co może pomóc w identyfikacji metabolitów w sposób bardziej przepustowy i identyfikacji kluczowych szlaków metabolicznych. Metabolomika jest szeroko stosowana w dziedzinie badań nad reakcją biologiczną w środowiskach stresowych, takich jak metale ciężkie21, nowe zanieczyszczenia22 i nanocząstki19. Większość z tych badań na roślinach koncentrowała się na zmianach metabolicznych w wewnętrznych tkankach roślinnych, podczas gdy niewiele z nich dotyczyło reakcji wysięków korzeniowych na stres środowiskowy. W związku z tym celem niniejszej pracy jest przedstawienie ogólnych wytycznych dotyczących pobierania wysięków z korzenia lucerny w celu zbadania wpływu DEHP na produkcję metabolitów. Wyniki posłużą jako wytyczne dotyczące metody dla dalszych badań metabolomiki roślin prowadzonych przez DEHP.
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Celem tego protokołu jest zapewnienie ogólnego procesu, od eksperymentu z hodowlą hydroponiczną do analizy metabolomicznej, kwantyfikując wpływ DEHP na wysięki z korzenia lucerny.
1. Eksperyment z kulturą hydroponiczną
UWAGA: Ten protokół przedstawia przykład eksperymentu z hydroponiczną hodowlą lucerny, mającego na celu uzyskanie sadzonek lucerny (Medicago sativa) pod wpływem różnych stężeń DEHP. Przeprowadzono trzy zabiegi: kontrolę bez żadnych dodatków oraz pożywkę wzbogaconą o 1 mg kg-1 i 10 mg kg-1 di(DEHP. Stężenia DEHP zostały ustalone zgodnie z rzeczywistą zawartością DEHP w soil23. Każda terapia składała się z sześciu powtórzeń.
2. Zbieranie, ekstrakcja i analiza metabolomiczna wysięków korzeniowych
UWAGA: Ten protokół jest podzielony na trzy części: eksperyment z kolekcją, eksperyment z ekstrakcją i analiza metabolomiczna wysięków korzeniowych. Celem eksperymentu polegającego na pobieraniu jest przeniesienie metabolitów wydzielanych w próbkach roślinnych do systemu roztworu w celu późniejszej ekstrakcji.
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
W tym doświadczeniu wysięki korzeni lucerny zostały zebrane, wyekstrahowane i przeanalizowane zgodnie z powyższymi metodami (Rysunek 1). Utworzono trzy grupy badawcze: kontrolną, z niskim stężeniem DEHP (1 mg L−1) oraz z wysokim stężeniem DEHP (10 mg L−1).
W chromatogramie kontrolnym wykryto łącznie 778 pików, z czego na podstawie widm masowych zidentyfikowano 314 metabolitów. Jak pokazano na Rysunku 2, metabolit...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Protokół ten zawiera ogólne wskazówki dotyczące zbierania i pomiaru wysięków korzeniowych lucerny pod wpływem stresu DEHP, a także sposobu analizowania danych metabolomu. Należy zwrócić szczególną uwagę na kilka krytycznych kroków w tym protokole. W eksperymentach z kulturą hydroponiczną sadzonki lucerny hodowano hydroponicznie w szklanych butelkach wypełnionych pożywkami o różnych stężeniach DEHP. Szklane butelki powinny być chronione przed światłem poprzez przykrycie ich folią aluminiową przez cały okres hodowli, w cel...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Autorzy oświadczają, że nie są im znane żadne konkurencyjne interesy finansowe ani powiązania osobiste, które mogłyby mieć wpływ na pracę opisaną w tym artykule.
Ta praca była wspólnie wspierana przez Narodową Fundację Nauk Przyrodniczych Chin (41877139), Główne Projekty Narodowej Fundacji Nauk Przyrodniczych Chin (41991335), Narodowy Kluczowy Program Badawczo-Rozwojowy Chin (2016YFD0800204), Fundację Nauk Przyrodniczych Prowincji Jiangsu (No. BK20161616), Plan "135" oraz Program Granic Chińskiej Akademii Nauk (ISSASIP1615).
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Adonitol | SIGMA | ≥ 99% | |
| Nasiona lucerny | Jiangsu Academy of Agricultural Sciences (Nanjing, Chiny) | ||
| Waga analityczna | Sartorius | BSA124S-CW | |
| BSTFA | REGIS Technologies | z 1% TMCS, v/v | |
| Wirówka | Thermo Fisher Scientific | Heraeus Fresco17 | |
| Kolumna chromatograficzna | Agilent | DB-5MS (30 m i czasy; 250 μ m i razy; 0,25 &m; m) | |
| ftalan di(2-etyloheksylu) | Dr. Ehrenstorfer | ||
| FAMEs | Dr. Ehrenstorfer | ||
| Chromatografia gazowa (GC) | Agilent | 7890A | |
| Przyrząd szlifierski | Shanghai Jingxin Technology Co., Ltd | JXFSTPRP-24 | |
| Spektrometr masowy (MS) | LECO | PEGASUS HT | |
| Metanol | CNW Technologies | HPLC | |
| Chlorowodorek metoksyaminatio | TCI | AR | |
| Probówka do mikrowirówek | Eppendorf | Eppendorf Quality | 1,5 ml |
| Piekarnik | Shanghai Yiheng Scientific Instrument Co., Ltd | DHG-9023A Pirydyna | |
| Adamas | Oprogramowanie | ||
| HPLC ROprogramowanie do analizy statystycznej (wzbogacanie ścieżek, topologia) | |||
| SIMCA16.0.2 | oprogramowanie do analizy statystycznej (OPLS-DA itp.) | ||
| Zamrażarka niskotemperaturowa | Thermo Fisher Scientific | Forma 900 seria | |
| Ultradźwięki | Shenzhen Fangao Microelectronics Co., Ltd | YM-080S Suszarka próżniowa | |
| Taicang Huamei fabryka instrumentów biochemicznych | LNG-T98 |
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.