Nabłonek jelitowy odgrywa istotną rolę w zdrowiu człowieka, stanowiąc barierę między gospodarzem a środowiskiem zewnętrznym. Ta wysoce dynamiczna warstwa komórkowa stanowi pierwszą linię obrony między populacjami drobnoustrojów i odporności oraz pomaga modulować jelitową odpowiedź immunologiczną. Przerwanie bariery nabłonkowej jest cechą charakterystyczną nieswoistego zapalenia jelit (IBD) i jest interesujące dla celów terapeutycznych. Trójwymiarowy system hodowli okrężnicy jest niezwykle przydatnym modelem in vitro do badania dynamiki jelitowych komórek macierzystych i fizjologii komórek nabłonkowych w patogenezie IBD. Idealnie byłoby, gdyby ustalenie kolonoidów z tkanki nabłonkowej zwierząt objętych stanem zapalnym było najbardziej korzystne w ocenie genetycznych i molekularnych wpływów na chorobę. Wykazaliśmy jednak, że zmiany nabłonkowe in vivo niekoniecznie są zatrzymywane w kolonoidach utworzonych od myszy z ostrym stanem zapalnym. Aby rozwiązać ten problem, opracowaliśmy protokół leczenia kolonoidów za pomocą koktajlu mediatorów stanu zapalnego, które zwykle są podwyższone podczas IBD. Chociaż system ten może być stosowany powszechnie w różnych warunkach hodowli, protokół ten kładzie nacisk na leczenie zarówno zróżnicowanych kolonoidów, jak i dwuwymiarowych monowarstw pochodzących z ustalonych kolonoidów. W tradycyjnym środowisku hodowlanym kolonoidy są wzbogacane jelitowymi komórkami macierzystymi, co stanowi idealne środowisko do badania niszy komórek macierzystych. System ten nie pozwala jednak na analizę cech fizjologii jelit, takich jak funkcja bariery. Co więcej, tradycyjne kolonoidy nie dają możliwości badania odpowiedzi komórkowej terminalnie zróżnicowanych komórek nabłonka na bodźce prozapalne. Przedstawione tutaj metody stanowią alternatywne ramy eksperymentalne w celu rozwiązania tych ograniczeń. 2-wymiarowy system hodowli jednowarstwowej daje również możliwość terapeutycznych badań przesiewowych leków ex vivo. Ta spolaryzowana warstwa komórek może być leczona mediatorami stanu zapalnego po podstawowej stronie komórki i jednocześnie przypuszczalnymi terapiami wierzchołkowo w celu określenia ich przydatności w leczeniu IBD.