$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
To badanie zostało zatwierdzone przez Komitet ds. Opieki i Użytkowania Zwierząt Uniwersytetu Stanowego Pensylwanii.
1. Przygotowanie tkanek
- W tym celu należy pobrać ścięgna Achillesa od 2-4 miesięcznych samców myszy C57BL/6.
UWAGA: Można również użyć różnych ścięgien lub więzadeł myszy lub innych małych zwierząt.
- Wykonaj nacięcie skóry powierzchownie do ścięgna Achillesa, aby odsłonić ścięgno podeszwowe i otaczającą tkankę łączną. Następnie usuń je za pomocą ostrza chirurgicznego.
- Oddziel odsłonięte mięśnie płaszczkowate i brzuchate łydki od kończyny tylnej i ostrożnie zeskrob je ze ścięgna Achillesa ostrzem chirurgicznym
- Oddziel kość piętową od reszty stopy za pomocą nasadki do cięcia na narzędziu obrotowym.
- Wybarwić tkankę w 1,5 ml roztworu 5-(4,6-dichlorotriazynylo)aminofluoresceiny (DTAF) o stężeniu 5,6 μg/ml i 0,1 M buforu wodorowęglanu sodu przez 20 minut na mieszalniku obrotowym w temperaturze pokojowej. Roztwór ten barwi białka (np. macierz zewnątrzkomórkową) w tkance.
UWAGA: W ciągu tych 20 minut należy wykonać krok 1.3.
- Przygotować roztwór DRAQ5 w sile 1:1 000 w roztworze soli fizjologicznej buforowanej fosforanami (PBS) w celu zabarwienia jąder. Użyj mieszalnika wirowego, aby homogenizować roztwór.
- Po 20-minutowym okresie inkubacji opisanym w kroku 1.2 przenieść tkankę z roztworu DTAF do roztworu DRAQ5 i inkubować w ciemnym pomieszczeniu przez 10 minut w temperaturze pokojowej.
2. Wczytywanie ścięgien i akwizycja obrazu
UWAGA: Ten protokół wymaga urządzenia do rozciągania, które można zamontować na szczycie mikroskopu konfokalnego. W tym badaniu użyto urządzenia do mikrorozciągania opisanego przez Petersona i Szczęsnego13.
- Umieść ścięgno w uchwytach urządzenia do obciążania rozciągającego. Przed zamontowaniem uchwytów w urządzeniu ładującym należy użyć suwmiarki cyfrowej, aby zmierzyć odległość między mocowaniem kości piętowej a przeciwległym uchwytem. Ta odległość jest długością miernika ścięgien.
- Alternatywnie, zamontuj uchwyty w urządzeniu ładującym przed włożeniem ścięgna i dociśnij do kontaktu, aby określić pozycję silnika o zerowym przemieszczeniu. Przemieszczenie silników po włożeniu ścięgna może zapewnić potencjalnie dokładniejszą długość miernika uchwytu do uchwytu.
- Zamontuj uchwyty w urządzeniu ładującym, które zawiera PBS, aby utrzymać nawodnienie tkanek. Wyrównaj ścięgno tak dobrze, jak to możliwe, z osią x lub y obrazów mikroskopowych, tak aby wyjścia odkształcenia x i y algorytmu odpowiadały osiom ścięgna.
UWAGA: W tym badaniu ścięgna były wyrównane z osią x. Jeśli nie jest możliwe idealne wyrównanie ścięgna z osiami obrazu, wówczas wyjścia odkształcenia x i y-odkształcenia algorytmu można przekształcić tak, aby wyrównały się z osiami podłużnymi/prostopadłymi ścięgna przy użyciu standardowych równań transformacji odkształcenia14.
- Wstępnie obciążyć ścięgno napięciem 1 g i, w razie potrzeby, zastosować obciążenie cykliczne w celu wstępnego kondycjonowania próbki. W tym protokole nie zastosowano kondycjonowania wstępnego, ponieważ celem badania była walidacja zmierzonych miejscowych szczepów tkanek, a nie pomiar właściwości materiału tkankowego. Jeśli istnieje zainteresowanie pomiarem właściwości materiału w makroskali, które są zależne od historii obciążenia, zaleca się kondycjonowanie wstępne. Po wstępnym kondycjonowaniu i rekonwalescencji ponownie nałożyć napięcie wstępne o wadze 1 g.
- W razie potrzeby należy fotowybielać zestaw czterech linii oddalonych od siebie o 80 μm w środkowej części tkanki (więcej szczegółów można znaleźć w Peterson and Szczęsny13).
UWAGA: Fotobielone linie zostały użyte do walidacji pomiarów algorytmu ALDIC i nie są niezbędne do wykonania samego ALDIC. Liczbę i odstępy między liniami można dostosować, a położenie linii powinno być tak dobrane, aby uniknąć jakichkolwiek artefaktów w próbce, które zmniejszyłyby przejrzystość linii.
- Powtórz procedurę fotowybielania na lewym i prawym krańcu tkanki w pobliżu uchwytów.
- Za pomocą mikroskopu konfokalnego uzyskaj obrazy wolumetryczne (x,y: 1,25 μm/piksel, z: 2,5 μm/piksel) fluorescencji DTAF i DRAQ5 przy 1 g obciążenia wstępnego.
- Wykonaj rampę naprężenia przy naprężeniu od 0,5%/s do 2%. Należy pamiętać, że szybkość odkształcania i wielkość odkształcenia przyrostowego można regulować.
- Pozwól tkance na stres zrelaksować się przez 10 min.
UWAGA: Czas trwania relaksacji naprężeń powinien być tak dobrany, aby próbka znajdowała się pod obciążeniem w przybliżeniu quasistatycznym podczas akwizycji obrazu. Aby określić, czy czas trwania relaksacji naprężenia jest akceptowalny, należy określić nachylenie krzywej siła-czas w ostatniej minucie relaksacji naprężeń (rysunek uzupełniający 1) i pomnożyć to nachylenie przez całkowity czas trwania obrazowania. W tym badaniu siła przyłożona przy największym wzroście odkształcenia nigdy nie zmieniła się o więcej niż 5%.
- Wykonaj kolejny obraz wolumetryczny tkanki po deformacji.
- Powtarzaj kroki 2.7-2.9, aż do osiągnięcia pożądanego końcowego odkształcenia. W tym artykule wybrano końcową wartość odkształcenia wynoszącą 12%.
3. Przetwarzanie obrazu
- Użyj ImageJ lub Fiji, aby utworzyć maksymalne projekcje z każdego wolumetrycznego obrazu kanału DRAQ5 (jądrowego). Będą one służyć jako nakrapiane obrazy 2D dla ALDIC.
- Zapisz projekcje z o maksymalnej intensywności jako pliki .tiff i nazwij je zgodnie z następującą konwencją nazewnictwa.
- Użyj cyfry jako pierwszego znaku nazwy obrazu.
- Niech liczba odpowiada kolejności, w jakiej obrazy będą brane pod uwagę podczas analizy odkształcenia. Na przykład pierwszy obraz powinien zaczynać się od jednego, a drugi obraz powinien zaczynać się od dwóch. Można wybrać różne liczby, ale muszą one sekwencyjnie zwiększać. Przykładowa konwencja nazewnictwa jest następująca: "0_Experiment1_MaxZProjection".
- Zapisz wszystkie projekcje z o zmienionej nazwie o maksymalnej intensywności w folderze.
4. Instalacja i zastosowanie kodu do analizy linii fotobielonej
UWAGA: Te kroki są konieczne tylko wtedy, gdy pożądane jest potwierdzenie dokładności algorytmu ALDIC za pomocą linii fotobielonych. Kod oblicza lokalne odkształcenie tkanki jako średnią znormalizowaną zmianę odległości między każdą linią fotobieloną w zestawie linii fotobielonej. W tym badaniu średnie wartości lokalne zostały następnie uśrednione we wszystkich zestawach linii fotowybielanych (tj. w środku i na lewym/prawym końcu) w celu określenia jednej średniej wartości lokalnego odkształcenia tkanki dla każdej próbki. Wartość ta została następnie wykorzystana do oszacowania dokładności algorytmu ALDIC.
- Pobierz folder "PBL Code" z GitHub (https://github.com/Szczesnytendon/TendonStrainCalc) i przenieś całą zawartość do katalogu roboczego w MATLAB.
- Otwórz skrypt MATLAB "Micro_Mech_Template.m".
- Naciśnij przycisk Uruchom i wybierz jeden z plików graficznych zawierających obrazy wolumetryczne. Obrazy wolumetryczne mogą być dowolnym z następujących typów plików: .lsm, .tiff, .nd2.
- Oprogramowanie automatycznie załaduje wszystkie obrazy do folderu i wyświetli wyświetlany obraz referencyjnego obrazu wolumetrycznego. Po wyświetleniu monitu kliknij lewym przyciskiem myszy, aby utworzyć linie wielopunktowe, które śledzą lewy i prawy koniec próbki. Kliknij prawym przyciskiem myszy, aby zakończyć linię. Po przetworzeniu danych wejściowych, jeśli krawędzie są poprawne, naciśnij przycisk OK, aby zaakceptować wynik.
- Narysuj losową ukośną linię w poprzek próbki jako linię odniesienia, gdy zostaniesz o to poproszony.
- Wprowadź liczbę utworzonych linii fotobielonych i obrysuj linie fotobielone liniami wielopunktowymi.
- Jeśli wynik jest akceptowalny, zaakceptuj go. Jeśli wynik jest błędny, dostosuj go i ponownie przetwórz.
- Powtórz krok 4.2 dla wszystkich obrazów i przenieś wszystkie obrazy obrysowanych linii do jednego folderu.
- Otwórz skrypt "Micro_Mech_Strain.m".
- Naciśnij przycisk Uruchom, aby wykonać kod, a następnie wybierz jeden z zapisanych obrazów, na którym śledzone są linie wybielone foto.
- Upewnij się, że wybrane obrazy towarzyszące są poprawne po wybraniu obrazu, naciskając przycisk OK.
5. Tworzenie cyfrowo przekształconych obrazów
UWAGA: Te kroki są konieczne tylko wtedy, gdy pożądane jest potwierdzenie dokładności algorytmu ALDIC za pomocą cyfrowo przekształconych obrazów. Obrazy te symulują jednorodne pola odkształceń 2D o znanej wielkości poprzez sztuczne przekształcenie obrazu referencyjnego.
- Pobierz kod "Digital_strain.m" z GitHub (https://github.com/Szczesnytendon/TendonStrainCalc).
- Otwórz i uruchom kod.
- Po wyświetleniu monitu wprowadź żądane wartości maksymalnego zastosowanego odkształcenia, zastosowanego przyrostu odkształcenia i współczynnika Poissona. Naciśnij przycisk Ok.
UWAGA: W tym eksperymencie maksymalne zastosowane odkształcenie wynosiło 0,1 (10%), zastosowany przyrost odkształcenia wynosił 0,02 (2%) i zastosowano współczynnik Poissona równy 1, co jest zgodne z danymi eksperymentalnymi dotyczącymi prób rozciągania ścięgien15,16. Kod wykorzystuje wbudowaną funkcję MATLAB imwarp i wartości wejściowe (np. przyrosty odkształceń, współczynnik Poissona) do tworzenia cyfrowo przekształconych obrazów.
- Po wyświetleniu monitu wybierz niezdeformowany obraz referencyjny.
- Dla każdego przyrostu odkształcenia wyświetlana jest nakładka obrazu referencyjnego i przekształconego obrazu. Przekształcony obraz zostanie zapisany w katalogu pod tytułem "DigitallyTransformedX%Strain", gdzie X jest przyrostem odkształcenia.
6. Instalacja i zastosowanie kodu obliczeniowego i walidacyjnego
szczepu
- Pobierz folder "Strain Calculation and Validation Code" z GitHub (https://github.com/Szczesnytendon/TendonStrainCalc) i przenieś całą zawartość do katalogu roboczego MATLAB
- Zainstaluj kompilator mex C/C++ zgodnie z Yang i Bhattacharya12. Kroki zostały podsumowane poniżej.
- Sprawdź MATLAB, aby zobaczyć, czy został zainstalowany kompilator mex C/C++, wpisując "mex -setup" w oknie poleceń MATLAB i naciskając Enter.
- Jeśli pojawi się błąd wskazujący, że kompilator nie jest obsługiwany lub obecny, przejdź do kroku 6.3 i kroku 6.4.
- Jeśli nie ma żadnego błędu, przejdź do kroku 6.5
- Aby pobrać kompilator mex C/C++, przejdź do "https:/tdm-gcc.tdragon.net/" i wybierz kompilator TDM-gcc.
- Zainstaluj pobrany kompilator w znanej lokalizacji.
- Wróć do okna poleceń MATLAB i wpisz: "setenv("MW_MINGW64_LOC","[Wpisz tutaj ścieżkę instalacji]")". Na przykład może to być "setenv("MW_MINGW64_LOC","C:\TDM-GCC-64")". Jeśli to polecenie zostanie wykonane pomyślnie, kompilator mex jest poprawnie zainstalowany.
- Wprowadź skrypt funkcji "main_aldic.m" i zmień wiersz 22 tak, aby odpowiadał poleceniu wykonanemu w kroku 6.5.
- Otwórz skrypt "Strain_calc_and_validate.m".
- Naciśnij przycisk Uruchom, aby rozpocząć analizę obrazu.
- Po wyświetleniu monitu zmień wartości parametrów ALDIC zgodnie z potrzebami.
UWAGA: Rozmiar okna powinien być od 0,25 do 1 razy większy od rozmiaru podzbioru. Więcej informacji na temat wyboru parametrów można znaleźć w instrukcji obsługi online: (https://www.researchgate.net/publication/344796296_Augmented_Lagrangian_Digital
_Image_Correlation_AL-DIC_Code_Manual).
- W badaniu wykorzystano następujące wartości:
Rozmiar podzbioru (piksele): 20
Rozmiar okna (piksele): 10
Metoda rozwiązywania ALDIC: Różnica skończona (1)
Nie stosowano obliczeń równoległych (1)
Metoda obliczania początkowego przypuszczenia: Wyszukiwanie w wielu siatkach na podstawie piramidy obrazów (0)
- Po wyświetleniu monitu zaznacz pole wyboru "Tak", aby algorytm automatycznie zapisał wartość średnią, odchylenie standardowe i mapy 2D dla żądanej kolekcji zmiennych (np. odkształcenia x, odkształcenia y, odkształcenia ścinającego, uszkodzonych regionów itp.). Wybierz, które zmienne mają zostać zapisane, a następnie naciśnij przycisk OK.
- Po wyświetleniu monitu zmień parametry zgodnie z potrzebami.
- W tym eksperymencie użyto następujących wartości:
Punkty otaczające do obliczenia odkształcenia (numP): 12
Współczynnik korelacji dla identyfikacji złego regionu (corr_threshold): 0,5
Rozmiar podregionu (piksele) dla analizy nieprawidłowego regionu (podrozmiar): 32
- Po wyświetleniu monitu wybierz folder, który zawiera projekcje z o zmienionej nazwie. Należy pamiętać, że oprogramowanie automatycznie wykonuje przyrostowy ALDIC w celu określenia pól odkształceń zdeformowanych obrazów. Oznacza to, że każdy zdeformowany obraz służy jako nowy obraz "referencyjny" dla następnego zdeformowanego obrazu. Poprawia to dokładność wyników (rysunek uzupełniający 2) w porównaniu z wykonywaniem skumulowanego ALDIC, w którym każdy zdeformowany obraz jest porównywany z oryginalnym obrazem referencyjnym (0% odkształcenia). Aby przeprowadzić analizę skumulowaną, należy wczytać obrazy, ale wybrać tylko oryginalny obraz referencyjny i zdeformowany obraz będący przedmiotem zainteresowania.
UWAGA: Normalne odkształcenie oblicza się jako λ - 1, gdzie λ jest rozciągnięciem tkanki. Rozciągliwość tkanki jest obliczana zgodnie z
, gdzie N = [1 0]T lub [0 1]T odpowiednio dla kierunku x i y, oraz C = FT F, gdzie F jest gradientem deformacji obliczonym przy użyciu punktów "numP" otaczających każdy punkt danych wyjściowych przez algorytm ALDIC. Odkształcenie ścinające jest obliczane jako
, gdzie
.
- Po wyświetleniu monitu kliknij lewym przyciskiem myszy, aby utworzyć czteropunktowy wielokąt w celu zdefiniowania obszaru zainteresowania do pomiaru odkształceń. Zacznij od punktu w lewym górnym rogu i przypisz kolejne punkty w kierunku zgodnym z ruchem wskazówek zegara.
UWAGA: Zmienna "Storage" zapisana w przestrzeni roboczej MATLAB zawiera wszystkie wartości średniego odkształcenia x, odchylenia standardowego odkształcenia x, średniego odkształcenia y, odchylenia standardowego odkształcenia y, średniego odkształcenia ścinającego, odchylenia standardowego odkształcenia przy ścinaniu i procentu uszkodzonych obszarów. Uszkodzone regiony są definiowane zgodnie z analizą współczynnika korelacji w obszarze zainteresowania wybranym w kroku 6.13. W folderze "NuclearTrackingResults" (którego nazwę można zmienić, dostosowując linie 555 i 556) przechowywane są wszystkie wykresy określone w kroku 6.10. Folder ten zawiera również plik arkusza kalkulacyjnego o nazwie "Wyniki", w którym przechowywane są wszystkie średnie i odchylenia standardowe określone w kroku 6.10.