1. Przygotowanie eksperymentalne
UWAGA: Szczegóły dotyczące wszystkich odczynników i sprzętu wymienionych w tym kroku znajdują się w Tabeli Materiałów.
- Nabyć rekombinowany ludzki PD-1 (rhPD-1; z tagiem polihistydynowym). Przed użyciem zrekonstytuować liofilizowany rhPD-1 w sterylnie filtrowanym roztworze soli fosforanowo-buforowej (PBS), pH 7,4.
- Nabyć biotynilowany rekombinowany ludzki PD-L1 (rhPD-L1). Przed użyciem zrekonstytuować liofilizowany rhPD-L1 w sterylnej wodzie dejonizowanej.
- Nabyć odczynnik detekcyjny w postaci R-fizykoerytryny sprzężonej ze streptawidyną (SAPE). Wszystkie roztwory SAPE należy przechowywać w temperaturze chłodziarki (tj. 2-8 °C), chroniąc przed światłem.
- Nabyć fluorescencyjnie znakowane mikrosfery magnetyczne (średnica 6,5 µm, polistyren z zatopionym magnetytem) oraz zestaw do sprzęgania kulek (Bead Coupling Kit15 – w przypadku użycia patrz Tabela materiałów). Sprzęganie kowalencyjne z mikrosferami wymaga użycia sulfo-NHS (sulfo-N-hydroksysuccynimidu) i EDC (chlorowodorku N-[3-dimetyloaminopropylo]-N′-etylo-karbodiimidu).
UWAGA: Zestawy kulek magnetycznych są dostępne z dowolnym z 500 unikalnych znaczników fluorescencyjnych, co pozwala na ich identyfikację i odróżnienie poszczególnych zestawów16. Kulki są oferowane w stężeniach zapasowych 2,5 × 106 beads/mL oraz 12,5 × 106 beads/mL. Kulki należy przechowywać w temperaturze chłodziarki (tj. 2-8 °C), chroniąc przed światłem. Nie zamrażać zawiesin kulek.
- Nabyć przeciwciała kontrolne dodatnie i ujemne oraz wtórne przeciwciała detekcyjne znakowane Brilliant Violet 421 (BV421). Wszystkie cząsteczki sprzężone z fluorochromami należy przechowywać w ciemności.
- Wszystkie reakcje sprzęgania przeprowadzać w probówkach o niskim wiązaniu białek, a wszystkie reakcje analityczne w 96-dołkowych płytkach mikrotytrujących o dnie okrągłym i niskim wiązaniu białek. Podczas etapów inkubacji testu płytki należy szczelnie zamykać jednorazową folią samoprzylepną lub plastikowymi pokrywkami do płytek 96-dołkowych. Do unieruchamiania kulek podczas etapów przemywania testu należy używać magnetycznego separatora płytek.
UWAGA: System analizy przepływowej z podwójnym reporterem posiada trzy lasery: (1) jeden, który identyfikuje i kwantyfikuje fluorescencję specyficzną dla zestawu kulek (kanał klasyfikacji); (2) jeden, który wykrywa i kwantyfikuje fluorescencję fizykoerytryny (PE) specyficzną dla celu (kanał reporterowy 1; wzbudzenie 532 nm, emisja „pomarańczowa” 565-585 nm); oraz (3) jeden, który wykrywa i kwantyfikuje fluorescencję BV421 specyficzną dla drugiego analizowanego celu (kanał reporterowy 2; wzbudzenie 405 nm, emisja „niebieska” 421-441 nm).
2. Sprzęganie rhPD-1 z kuleczkami magnetycznymi
UWAGA: Białko przeznaczone do sprzęgania nie może zawierać albuminy surowicy bydlęcej (BSA), azotku sodu, glicyny, glicerolu, tris(hydroksymetylo)aminometanu (Tris) ani dodatków zawierających grupy aminowe i powinno być zawieszone w PBS o pH 7,4. Dostępny jest komercyjny zestaw do sprzęgania, który zawiera wszystkie niezbędne odczynniki i bufory opisane w niniejszym dokumencie (patrz Tabela materiałów).
- Wyjmij wszystkie odczynniki sprzęgające z lodówki i pozwól im wyrównać temperaturę do temperatury pokojowej (RT, 18-22 °C) przez 20–30 min.
- Resuspender mikrosfery macierzyste poprzez krótkie mieszanie w wstrząsarku vortex, sonikację lub rotację (15 min przy 15–30 obr./min), zgodnie z kartą informacyjną produktu.
- Przenieś 1 × 106 kuleczki magnetyczne do probówki do mikrowirówki o pojemności 1,5 ml z niskim wiązaniem białek (patrz na Tabela materiałów).
- Przemyć kuleczki za pomocą 100 µL buforu aktywacyjnego150,1 M NaH2PO4 (jednobazowy), pH 6,2.
UWAGA: Sprzęganie można również przeprowadzić przy użyciu gotowego zestawu do sprzęgania (Coupling Kit), który zawiera 0,1 M kwas 2-morfolinoetanosulfonowy (MES), pH 6,0, jako alternatywny bufor aktywacyjny i sprzęgający (patrz) Tabela materiałów).
- Umieść probówkę z kuleczkami w separatorze magnetycznym na 1–2 min.
UWAGA: Alternatywnie kulki można oddzielić poprzez mikrowirowanie przy prędkości ≥8 000 × g przez 1–2 min.
- Odssać nadsącz za pomocą pipety z kulek unieruchomionych magnetycznie lub sformowanych w pelet, gdy probówka wciąż znajduje się w separatorze magnetycznym.
- Wyjmij probówkę do mikrocentryfugi z magnesu i dodaj 80 µL buforu do sprzęgania (patrz w sekcji) Tabela materiałów).
- Delikatnie wymieszaj probówkę z reakcją na wortexie, a następnie poddaj ją sonikacji przez 20 s w celu rozproszenia kulek.
- Aktywuj kulki za pomocą sulfo-NHS i EDC.
UWAGA: Roztwór zapasowy sulfo-NHS ma stężenie 50 mg/mL i jest rozpuszczony w buforze aktywacyjnym. Roztwór zapasowy EDC ma również stężenie 50 mg/mL i jest rozpuszczony w buforze aktywacyjnym. Zarówno bufor aktywacyjny, jak i wilgoć w atmosferze powodują degradację EDC. Nie zaleca się stosowania przechowywanego roztworu EDC. Przed wykonaniem tego kroku należy przygotować świeży roztwór EDC w ilości wystarczającej do przeprowadzenia procedury i użyć go natychmiast po przygotowaniu. Nadmiar roztworu EDC należy zutylizować.
OSTRZEŻENIE: EDC powoduje silne podrażnienie oczu oraz podrażnia drogi oddechowe i skórę.
- Dodaj 10 µL sulfo-NHS do probówki do mikrocentryfugi zawierającej wypłukane i aktywowane kuleczki.
- Dodaj 10 µL roztworu stokowego EDC do probówki do wirówki zawierającej kuleczki i sulfo-NHS.
- Chronić światłoczułe mikrosfery przed światłem i inkubować na rotatorze przez 20 min przy prędkości 15-30 obr./min w temperaturze pokojowej (18-22 °CAlternatywnie probówka może pozostać w spoczynku podczas etapu aktywacji, pod warunkiem łagodnego mieszania na wortexie w odstępach 10-minutowych w celu redystrybucji kulek.
- Wypłucz nadmiar odczynników sprzęgających z kulek.
- Umieść probówkę zawierającą aktywowane kuleczki w separatorze magnetycznym na 1-2 min.
- Odssać supernatant pipetą z kulek unieruchomionych magnetycznie lub sfałdowanych w granulacie, podczas gdy probówka wciąż znajduje się w separatorze magnetycznym.
- Zdejmij probówkę do mikrowirówki z magnesu i dodaj 100 µL buforu aktywacyjnego.
- Delikatnie wymieszaj zawartość probówki z reakcją za pomocą wstrząsarki vortex, aby rozproszyć kuleczki.
- Powtórz kroki 2.6.1–2.6.4 jeszcze dwa razy, aby w sumie uzyskać trzy przemycia. Po zakończeniu przemywania kuleczki będą zawieszone w 100 µL buforu aktywacyjnego o przybliżonym stężeniu 10 × 106 kulek/ml
- Sprzęgnij peptyd rhPD-1 z aktywowanymi kuleczkami.
- Dodaj 390 µL buforu aktywacyjnego do probówki zawierającej aktywowane kuleczki, tak aby całkowita objętość zawiesiny kuleczek wyniosła 490 µL.
- Dodaj 1 µg peptydu PD-1 do zawiesiny aktywowanych kulek poprzez dodanie 10 µL roztworu peptydu PD-1 (1 mg/ml rozpuszczonego w PBS) do probówki zawierającej aktywowane kulki.
- Krótko wymieszaj probówkę do mikrocentryfugi w wirówce typu vortex, aby równomiernie rozprzestrzenić PD-1 i aktywowane kuleczki.
- Inkubować kuleczki z PD-1 przez 2 h w ciemności w temperaturze pokojowej (18-22 °C) z rotacją (15–30 obr./min).
- Przemyć kuleczki dwukrotnie (2x), używając Buforu do Prób/Przemywania (PBS-TBN: 1x PBS, pH 7,4 + 0,1% BSA + 0,05% Tween-20 + 0,05% NaN3)315).
- Umieść probówkę zawierającą aktywowane kuleczki w separatorze magnetycznym na 1–2 min.
- Odssać supernatant pipetą z kulek unieruchomionych magnetycznie lub osadzonych w formie pelletu, nie wyjmując probówki z separatora magnetycznego.
- Wyjmij probówkę do mikrocentryfugi z magnesu i dodaj 100 µL buforu aktywacyjnego.
- Delikatnie wymieszaj zawartość probówki reakcyjnej w wstrząsarce typu vortex, aby rozproszyć kuleczki.
- Powtórzyć kroki 2.8.1-2.8.4 jeszcze raz, aby w sumie przeprowadzić dwa przemycia. Po zakończeniu płukania kuleczki będą zawieszone w 100 µL buforu aktywacyjnego w stężeniu 10 × 106 kulek/ml
UWAGA: Bufor do analizy/płukania może zostać przygotowany bez dodatku azotku sodu (konserwantu), jeżeli bufor nie jest jednocześnie wykorzystywany jako medium do przechowywania.
- Przechowywać kulki sprzężone z rhPD-1 w ciemności w lodówce w temperaturze 2-8 °C jeśli nie zostaną użyte natychmiast. Kulki sprzężone z białkiem są stabilne do 18 miesięcy.
3. Ocena skuteczności sprzęgania rhPD-1 z kuleczkami
UWAGA: Mikrosfery sprzężone z rhPD-1 poddaje się reakcji z biotynilowanym rhPD-L1, który jest wykrywany poprzez inkubację z SAPE, a następnie analizowany za pomocą cytometru przepływowego. Pozwala to zweryfikować zarówno pomyślne sprzężenie PD-1 z kuleczkami magnetycznymi, jak i funkcjonalną interakcję pomiędzy białkami rhPD-1 i rhPD-L1.
- Przygotuj dwukrotne rozcieńczenia seryjne biotynilowanego rhPD-L1 w buforze PBS-TBN (roztwór zapasowy rhPD-L1 ma stężenie 1 mg/mL). Zakres końcowych stężeń rhPD-L1 do przetestowania wynosi od 8 µg/mL do 313 pg/mL. Przygotuj objętości 150 µL dla każdego rozcieńczenia rhPD-L1: 50 µL na każdą reakcję i dwie reakcje na każdą warunek, plus odpowiedni nadmiar w celu zrekompensowania strat podczas pipetowania.
- Oznacz probówki do mikrowirówki z rozcieńczeniami rhPD-L1 jako: 8 µg/mL, 4 µg/mL, 2 µg/mL, 1 µg/mL, 0,5 µg/mL, 0,25 µg/mL, 0,125 µg/mL, 0,063 µg/mL oraz 0,031 µg/mL. Probówka 0 µg/mL (sam PBS-TBN) służy jako kontrola bez PD-L1.
- Wlej 150 µL PBS-TBN do wszystkich oznakowanych probówek z rozcieńczeniami rhPD-L1.
UWAGA: Najwyższe końcowe stężenie rhPD-L1 do przetestowania wynosi 8 µg/mL, a rhPD-L1 zostanie rozcieńczony 1:1 po dodaniu do mieszaniny reakcyjnej, zatem probówka oznakowana jako „8 µg/mL” odnosi się do stężenia końcowego i w rzeczywistości zawiera 16 µg/mL rhPD-L1. Etykiety na wszystkich probówkach z rozcieńczeniami wskazują końcowe stężenie rhPD-L1 po dodaniu do reakcji.
- Przygotuj rozcieńczenie rhPD-L1 o najwyższym stężeniu (rzeczywiście 16 µg/mL). Jest to dwuetapowe, 62,5-krotne rozcieńczenie roztworu zapasowego rhPD-L1 o stężeniu 1 mg/mL (1 000 µg/16 µg = 62,5).
- W probówce do mikrowirówki połącz 84 µL PBS-TBN z 16 µL roztworu zapasowego rhPD-L1 (1 mg/mL, tj. 1 000 µg). Jest to rozcieńczenie 6,25-krotne, a otrzymane stężenie wynosi 160 µg/mL rhPD-L1.
- W probówce oznakowanej jako „8 µg/mL” połącz 270 µL PBS-TBN z 30 µL rozcieńczenia rhPD-L1 przygotowanego w poprzednim kroku (160 µg/mL). Jest to rozcieńczenie 10-krotne, a otrzymane stężenie wynosi w rzeczywistości 16 µg/mL. Etykieta probówki „8 µg/mL” odnosi się do stężenia końcowego po dodaniu do reakcji.
- Przenieś 150 µL rozcieńczenia rhPD-L1 przygotowanego w kroku 3.1.3 („8 µg/mL”) do probówki „4 µg/mL”, zamknij zakrętkę probówki do mikrowirówki i krótko wymieszaj na wirówce typu vortex.
- Powtarzaj krok 3.1.4 sekwencyjnie, aż do przygotowania całej serii rozcieńczeń rhPD-L1. Po przygotowaniu wszystkie probówki od „8 µg/mL” do „0,063 µg/mL” oraz kontrola 0 µg/mL powinny zawierać 150 µL roztworu, a ostatnia probówka „0,031 µg/mL” powinna zawierać 300 µL roztworu. Pozwala to na uzyskanie wystarczającej objętości każdego rozcieńczenia, aby przetestować 50 µL każdego rozcieńczenia biotynilowanego rhPD-L1 w reakcjach powtórzonych, z zachowaniem odpowiedniego nadmiaru na straty podczas pipetowania.
- Policz kuleczki sprzężone z rhPD-1 za pomocą hemocytometru17.
- Rozcieńcz zapas kuleczek sprzężonych z rhPD-1 do stężenia 5 × 104 kuleczek/mL, w objętości wystarczającej do uzyskania 2 500 kuleczek/50 µL na reakcję.
- Wymieszaj na wirówce typu vortex zawiesinę kuleczek sprzężonych z rhPD-1 o stężeniu 5 × 104 kuleczek/mL i pipetuj 50 µL zawiesiny do każdej oznakowanej/wyznaczonej studni płyty mikrotytrującej z dołkami okrągłymi, tak aby dla każdego testowanego rozcieńczenia rhPD-L1 utworzono studnie dubletowe.
- Dodaj 50 µL z każdej probówki z rozcieńczeniem biotynilowanego rhPD-L1 przygotowanej w kroku 3.1 do odpowiednich studni na płycie mikrotytrującej.
- Przykryj płytę mikrotytrującą jednorazową folią lub plastikowym przylepnym uszczelnieniem do płyt i inkubuj płytę przez 1 h w ciemności w temperaturze pokojowej (RT 18-22 °C) na wstrząsarce orbitalnej (600 rpm).
- Wypłucz nadmiar biotynilowanego rhPD-L1 z kuleczek.
- Przenieś uszczelnioną płytę z wstrząsarki orbitalnej na magnetyczny separator płyt na 2 min w celu unieruchomienia kuleczek.
- Ostrożnie zdejmij przylepne uszczelnienie płyty, upewnij się, że magnes i płyta mikrotytrująca są stabilnie połączone, a następnie odwróć płytę i wylej nadsącz do zlewu lub odpowiedniego pojemnika na ciekłe odpady biologiczne. Delikatnie, ale energicznie uderz odwróconą płytą o warstwę chłonnego papierowego ręcznika, aby usunąć pozostały nadsącz.
- Zdejmij płytę mikrotytrującą z magnetycznego separatora płyt i pipetuj 150 µL PBS-TBN do każdej studni.
- Umieść nieuszczelnioną płytę na separatorze magnetycznym na 2 min, aby unieruchomić kuleczki.
- Upewnij się, że magnes i płyta mikrotytrująca są stabilnie połączone, a następnie odwróć płytę i wylej nadsącz do zlewu lub odpowiedniego pojemnika na ciekłe odpady biologiczne. Delikatnie, ale energicznie uderz odwróconą płytą o warstwę chłonnego papierowego ręcznika, aby usunąć pozostały nadsącz.
- Powtórz etapy płukania płyty 3.7.3-3.7.5 dwa razy, aby łącznie przeprowadzić trzy płukania, za każdym razem używając 150 µL PBS-TBN. Upewnij się, że po ostatnim etapie płukania w studniach nie pozostał nadsącz. Pracuj sprawnie, aby zapobiec wysychaniu unieruchomionych kuleczek na dnie studni.
- Dodaj reagent detekcyjny SAPE.
- Rozcieńcz roztwór zapasowy SAPE w PBS-TBN do stężenia roboczego 6 µg/mL. Przygotuj wystarczającą objętość roboczego roztworu SAPE, aby każda studnia reakcyjna mogła otrzymać 100 µL/studnię, z odpowiednim nadmiarem na straty podczas pipetowania.
- Zdejmij płytę mikrotytrującą z magnetycznego separatora płyt.
- Dodaj 100 µL roboczego roztworu SAPE do każdej studni reakcyjnej i resuspenduj wypłukane kuleczki poprzez pipetowanie.
- Uszczelnij 96-dołkową płytę mikrotytrującą folią lub plastikowym przylepnym uszczelnieniem i inkubuj przez 1 h w ciemności w temperaturze pokojowej (RT 18-22 °C) na wstrząsarce orbitalnej przy 600 rpm.
- Wyjmij płytę mikrotytrującą z inkubatora, przenieś ją na magnetyczny separator płyt, aby unieruchomić kuleczki, zdejmij przylepne uszczelnienie i wypłucz kuleczki trzy razy za pomocą 150 µL PBS-TBN, zgodnie z opisem w krokach 3.7.3-3.7.5.
- Po usunięciu ostatniego płukania zdejmij płytę z magnetycznego separatora płyt i resuspenduj kuleczki w 100 µL PBS-TBN na studnię.
- Przeanalizuj wyniki.
- Odczytaj płytę za pomocą analizatora przepływowego (patrz Tabela materiałów), aby wyznaczyć medianę intensywności fluorescencji (MFI) dla każdej reakcji, stosując następujące ustawienia instrumentu: objętość aspiracji = 50 µL; minimalna liczba kuleczek = 100 kuleczek; czas oczekiwania (timeout) = 40 s; bramkowanie (gating) = 7 000-17 000; tryb pracy = Single Reporter. Dla każdego warunku przeprowadzane są pomiary w studniach dubletowych, a dwie otrzymane wartości MFI dla każdego warunku są uśredniane przed dalszymi obliczeniami danych i sporządzeniem wykresów.
UWAGA: Wartość MFI dla każdego rozcieńczenia powinna wykazywać wiązanie zależne od stężenia, co wskazuje na dopuszczalną wydajność sprzęgania rhPD-1 z kuleczkami i potwierdza prawidłową interakcję rekombinowanych białek PD-1/PD-L1.
4. Test blokowania PD-1/PD-L1 z wykorzystaniem kulek magnetycznych PD-L1
UWAGA: Ten test ocenia aktywność blokującą rozpuszczalnych mediatorów (np. przeciwciał przeciwko peptydowi PDL1) w interakcjach rekombinowanych białek PD1/PD-L1. W skrócie, biotynilowany rhPD-L1 jest inkubowany z przeciwciałami wytworzonymi u królików po różnych inokulacjach peptydami PDL1-Vaxx. Mieszanina rhPD-L1 i przeciwciał przeciwko PDL1 jest następnie wychwytywana przy użyciu kulek magnetycznych sprzężonych z rhPD-1, a wiązanie rhPD-L1 z kulek sprzężonych z rhPD-1 jest ilościowo określane poprzez dodanie streptawidyny-PE. Sygnał fluorescencji PE koreluje odwrotnie z aktywnością blokującą testowanych przeciwciał/inhibitorów przeciwko PDL1. Wiązanie przeciwciał przeciwko peptydowi PDL1 jest jednocześnie oceniane poprzez wiązanie wtórnego przeciwciała sprzężonego z BV421 – przeciwciała przeciwko królikom (dla przeciwciał przeciwko peptydowi PDL1) lub przeciwciała przeciwko ludziom (dla przeciwciał kontrolnych) – oraz poprzez ocenę fluorescencji BV421 w drugim kanale urządzenia. Etapy testu zostały szczegółowo przedstawione graficznie na Rysunku 1.
- Przygotuj dwukrotny szereg rozcieńczeń testowych przeciwciał, obejmujący kandydatów na poliklonalne przeciwciała indukowane przez PDL1-Vaxx, przeciwciało kontrolne negatywne (trastuzumab, Herceptin, humanizowane monoklonalne przeciwciało anty-HER2) oraz przeciwciało kontrolne pozytywne (atezolizumab; humanizowane monoklonalne przeciwciało IgG1 anty-PDL1). W każdej reakcji zostanie wykorzystane 25 µL przypisanego rozcieńczenia przeciwciał, zatem podane objętości są wystarczające do przeprowadzenia każdej reakcji w dwóch powtórzonych studzienkach na warunek (tzn. 50 µL na warunek), z pewnym nadmiarem w celu zrekompensowania strat podczas pipetowania.
- Dla każdego przeciwciała anty-peptyd PDL1 indukowanego szczepionką oraz przeciwciała kontrolnego upewnij się, że zakres końcowych stężeń testowanych przeciwciał wynosi od 1 000 µg/mL do 8 µg/mL. Przygotuj roztwory zapasowe wszystkich przeciwciał o stężeniu 2 000 µg/mL.
- Dla każdego przeciwciała oznakuj probówki do rozcieńczeń jako 1 000 µg/mL, 500 µg/mL, 250 µg/mL, 125 µg/mL, 63 µg/mL, 31 µg/mL, 16 µg/mL oraz 8 µg/mL i dopisz nazwę przeciwciała. Dla każdego przeciwciała dodaj również probówkę „0 µg/mL”, która będzie służyć jako kontrola zawierająca sam nośnik (PBS-TBN).
UWAGA: Po dodaniu do mieszaniny reakcyjnej stężenie przeciwciał zostanie rozcieńczone 1:1. Probówki do rozcieńczeń przeciwciał są oznakowane jako końcowe stężenie przeciwciał po dodaniu do reakcji i w rzeczywistości zawierają dwukrotnie większą ilość przeciwciał niż wskazano w oznaczeniu.
- Dodaj 75 µL PBS-TBN do wszystkich probówek do rozcieńczeń przeciwciał oznakowanych jako „500 µg/mL” i poniżej, w tym do probówek kontrolnych z samym nośnikiem „0 µg/mL”.
- Dla każdego przeciwciała pipetuj 150 µL roztworu zapasowego 2 000 µg/mL do odpowiedniej probówki oznakowanej jako „1 000 µg/mL”. Posłuży ona do przygotowania wszystkich kolejnych rozcieńczeń dla każdego przeciwciała.
- Dla każdego przeciwciała stwórz pełny szereg rozcieńczeń, przenosząc pipetą 75 µL z probówki „1 000 µg/mL” do probówki z kolejnym, niższym rozcieńczeniem w serii (tzn. „500 µg/mL”). Zamknij nowo przygotowaną probówkę z rozcieńczeniem, krótko wymieszaj ją w wortexie i kontynuuj tworzenie serii rozcieńczeń, przenosząc 75 µL z probówki „500 µg/mL” do probówki „250 µg/mL”. Powtarzaj ten schemat, aż zostanie przygotowane ostatnie rozcieńczenie „8 µg/mL” dla wszystkich przeciwciał.
UWAGA: W ukończonej serii rozcieńczeń dla każdego przeciwciała we wszystkich probówkach powinna znajdować się objętość 75 µL, z wyjątkiem najniższego rozcieńczenia 8 µg/mL, które powinno zawierać objętość 150 µL. Każda reakcja wykorzystuje 25 µL rozcieńczenia przeciwciał, zatem objętości te są wystarczające do przeprowadzenia każdej reakcji w dwóch powtórzonych studzienkach na warunek (tzn. 50 µL na warunek), z zapasem na straty podczas pipetowania.
- Nanieś 25 µL rozcieńczonych przeciwciał do wyznaczonych studzienek płytki mikrotitracyjnej 96-dołkowej.
- Rozcieńcz biotynylizowany rhPD-L1 do stężenia roboczego 4 µg/mL w PBS-TBN w objętości wystarczającej do naniesienia 25 µL w dwóch powtórzonych studzienkach na warunek (tzn. 50 µL na warunek), z zapasem na straty podczas pipetowania.
UWAGA: W tej pracy biotynylizowany rhPD-L1 w stężeniu 4 µg/mL dał sygnał MFI wynoszący około 50% maksymalnego sygnału zmierzonego we wcześniejszej ocenie sprzęgania i został wykorzystany do analizy blokowania PD-1/PD-L1.
- Dodaj 25 µL biotynylizowanego rhPD-L1 (4 µg/mL) do każdej studzienki reakcyjnej, przykryj płytkę mikrotitracyjną folią lub plastikową uszczelką samoprzylepną i inkubuj w RT (18-22 °C) przez 1 h przy wstrząsaniu na orbitalnym wstrząsarzu do płytek z prędkością 600 rpm.
- Rozcieńcz kulek sprzęganych z rhPD-1 do stężenia 50 000 kulek/mL, przygotowując objętość wystarczającą do naniesienia 50 µL/studzienka (2 500 kulek/studzienka) plus zapas na straty podczas pipetowania.
- Zdejmij 96-dołkową płytkę reakcyjną z wstrząsarki i usuń samoprzylepną uszczelkę płytki.
- Dodaj 50 µL mieszaniny kulek sprzęganych z rhPD-1 do każdej studzienki.
- Zamknij płytkę i inkubuj przez 1 h w ciemności w RT (18-22 °C) na wstrząsarce orbitalnej z prędkością 600 rpm.
- Przenieś zamkniętą płytkę z wstrząsarki orbitalnej do magnetycznego separatora płytek na 2 min w celu unieruchomienia kulek.
- Ostrożnie usuń samoprzylepną uszczelkę płytki, upewnij się, że magnes i płytka mikrotitracyjna są stabilnie połączone, odwróć płytkę i wylej nadymające ciecze. Delikatnie stuknij odwróconą płytkę o warstwę chłonnego papierowego ręcznika, aby usunąć nadmiar supernatantu.
- Wypłucz nadmiar reagentów reakcyjnych z kulek.
- Zdejmij płytkę mikrotitracyjną z magnetycznego separatora płytek i dodaj 150 µL PBS-TBN do każdej studzienki.
- Umieść płytkę mikrotitracyjną na magnetycznym separatorze płytek na 2 min w celu unieruchomienia kulek.
- Upewnij się, że magnes i płytka mikrotitracyjna są stabilnie połączone, odwróć płytkę i wylej supernatanty. Delikatnie stuknij odwróconą płytkę o warstwę chłonnego papierowego ręcznika, aby usunąć nadmiar supernatantu.
- Powtórz kroki płukania płytki 4.11.1-4.11.3 dwa razy, aby łącznie przeprowadzić trzy płukania za pomocą PBS-TBN. Upewnij się, że reagent SAPE jest przygotowany (poniżej) przed usunięciem końcowego (trzeciego) roztworu płuczącego.
- Dodaj reagent detekcyjny SAPE.
- Rozcieńcz zapasowy roztwór SAPE do stężenia roboczego 6 µg/mL w PBS-TBN; przygotuj objętość wystarczającą do naniesienia 100 µL/studzienka, plus zapas na straty podczas pipetowania.
- Dodaj 100 µL/studzienka roztworu roboczego SAPE do każdej studzienki reakcyjnej i resuspenduj kulki za pomocą pipety.
- Zamknij płytkę i inkubuj przez 1 h w ciemności w RT (18-22 °C) na wstrząsarce orbitalnej z prędkością 600 rpm.
- Odlej nadmiar SAPE z reakcji.
- Przenieś zamkniętą płytkę z wstrząsarki orbitalnej do magnetycznego separatora płytek na 2 min w celu unieruchomienia kulek.
- Ostrożnie usuń samoprzylepną uszczelkę płytki, upewnij się, że magnes i płytka mikrotitracyjna są stabilnie połączone, odwróć płytkę i wylej supernatant. Delikatnie stuknij odwróconą płytkę o warstwę chłonnego papierowego ręcznika, aby usunąć supernatant zawierający nadmiar SAPE.
- Wypłucz nadmiar SAPE z kulek.
- Zdejmij płytkę mikrotitracyjną z magnetycznego uchwytu na płytki.
- Dodaj 150 µL PBS-TBN do każdej studzienki, aby zresuspendować kulki.
- Umieść płytkę mikrotitracyjną na magnetycznym separatorze płytek na 2 min w celu unieruchomienia kulek.
- Upewnij się, że magnes i płytka mikrotitracyjna są stabilnie połączone, odwróć płytkę i wylej supernatant. Delikatnie stuknij odwróconą płytkę o warstwę chłonnego papierowego ręcznika, aby usunąć nadmiar supernatantu.
- Przeprowadź dwa dodatkowe etapy płukania za pomocą PBS-TBN, aby łącznie przeprowadzić trzy płukania, powtarzając kroki 4.15.1-4.15.4. Przygotuj sprzężone z BV421 wtórne przeciwciała detekcyjne (następny krok) przed usunięciem końcowego (trzeciego) roztworu płuczącego.
- Dodaj wtórne przeciwciała sprzężone z BV421.
- Rozcieńcz przeciwciała anty-ludzkie IgG sprzężone z BV421 (do wykrywania humanizowanych przeciwciał kontrolnych) oraz przeciwciała anty-królicze IgG sprzężone z BV421 (do wykrywania poliklonalnych przeciwciał indukowanych przez PDL1-Vaxx) (patrz Tabela Materiałów) w stosunku 1:400 w buforze do płukania/analizy (Wash/Assay Buffer) w objętościach wystarczających do użycia 100 µL/studzienka każdego z nich, z zapasem na straty podczas pipetowania.
- Dodaj 100 µL rozcieńczonych przeciwciał anty-ludzkich IgG sprzężonych z BV421 lub anty-króliczych IgG sprzężonych z BV421 do odpowiednich studzienek.
- Zamknij płytkę i inkubuj przez 1 h w ciemności w RT (18-22 °C) na wstrząsarce orbitalnej z prędkością 600 rpm.
- Odlej nadmiar wtórnych przeciwciał sprzężonych z BV421 z kulek.
- Przenieś zamkniętą płytkę z wstrząsarki orbitalnej do magnetycznego separatora płytek na 2 min w celu unieruchomienia kulek.
- Ostrożnie usuń samoprzylepną uszczelkę płytki, upewnij się, że magnes i płytka mikrotitracyjna są stabilnie połączone, odwróć płytkę i wylej supernatant. Delikatnie stuknij odwróconą płytkę o warstwę chłonnego papierowego ręcznika, aby usunąć supernatant zawierający nadmiar wtórnych przeciwciał sprzężonych z BV421.
- Wypłucz nadmiar wtórnych przeciwciał sprzężonych z BV421 z kulek.
- Dodaj 150 µL PBS-TBN do każdej studzienki, aby zresuspendować kulki.
- Umieść płytkę mikrotitracyjną na magnetycznym separatorze płytek na 2 min w celu unieruchomienia kulek.
- Upewnij się, że magnes i płytka mikrotitracyjna są stabilnie połączone, odwróć płytkę i wylej supernatant. Delikatnie stuknij odwróconą płytkę o warstwę chłonnego papierowego ręcznika, aby usunąć nadmiar supernatantu.
- Przeprowadź trzy dodatkowe etapy płukania za pomocą PBS-TBN, aby łącznie przeprowadzić cztery płukania, powtarzając kroki 4.19.1-4.19.3.
- Po usunięciu ostatniego (czwartego) buforu płuczącego zdejmij płytkę mikrotitracyjną z magnetycznego separatora płytek i zresuspenduj kulki w 100 µL PBS-TBN/studzienka za pomocą pipety.
- Przeanalizuj wyniki.
- Odczytaj płytkę w systemie analizy przepływowej z podwójnym raportorem, aby wyznaczyć MFI każdej reakcji, stosując następujące ustawienia instrumentu: objętość aspiracji = 50 µL; minimalna liczba kulek = 100 kulek; czas oczekiwania (timeout) = 40 s; bramkowanie (gating): 7 000-17 000; tryb pracy = Dual Reporter.
- W systemie z podwójnym raportorem upewnij się, że kanał raportujący 1 mierzy pomarańczową fluorescencję PE (ilość rhPD-L1 przyłączonego do kulek sprzęganych z rhPD-1), a kanał raportujący 2 mierzy niebieską fluorescencję BV421 (ilość przyłączonego przeciwciała blokującego związanego z rhPD-L1).
- Wykonaj pomiary w powtórzonych studzienkach dla każdego warunku i oblicz średnią z dwóch uzyskanych wartości MFI dla każdego warunku przed przeprowadzeniem dalszych obliczeń danych i tworzeniem wykresów.
- Znormalizuj wartość MFI każdej próbki względem kontroli negatywnej i oblicz procent inhibicji dla każdej próbki:
Procent inhibicji = (100 × [MFI kontroli negatywnej − MFI próbki]) / MFI kontroli negatywnej
UWAGA: Wartości MFI kontroli negatywnej (brak inhibicji) są wartościami najwyższymi; sygnał MFI związanego PD-L1 stanowi 100%, a inhibicję wiązania rhPD-L1 z rhPD-1 definiuje się jako 0%.

Rysunek 1: Schemat podwójnego testu reporterowego blokady PD-1/PD-L1. Biotynilowany rekombinowany ludzki PD-L1 (rhPD-L1) jest wstępnie inkubowany z wybranymi przeciwciałami anty-PDL1 indukowanymi przez PDL1-Vaxx przed połączeniem z magnetycznymi kulkami sprzężonymi z rhPD-1, aby umożliwić tworzenie kompleksu punktu kontrolnego PD-1/PD-L1. Kompleksowy rhPD-L1 jest następnie wykrywany i znakowany poprzez dodanie fykoerytryny sprzężonej ze streptawidyną (SAPE, fluorofor pomarańczowy). Przeciwciała przeciwko epitopom PDL1-Vaxx celują w rhPD-L1, który utworzył kompleks z rhPD-1 uprzednio sprzężonym z kulkami magnetycznymi, i są one obrazowane przy użyciu przeciwciała wtórnego sprzężonego z Brilliant Violet 421 (BV421, fluorofor niebieski). Zarówno biotynilowany rhPD-L1 tworzący kompleks z PD-1 (sygnał PE), jak i przeciwciała anty-PDL1 rozpoznające i wiążące rhPD-L1 (sygnał BV421) są analizowane jednocześnie przy użyciu podwójnego instrumentu cytometrycznego, który bada próbki pod kątem obu fluoroforów w dwóch oddzielnych kanałach reporterowych. Wartości wyjściowe dla każdej próbki stanowią medianę intensywności fluorescencji każdego fluoroforu. Hamowanie tworzenia kompleksu PD1/PD-L1 przez różne przeciwciała indukowane przez PDL1-Vaxx jest następnie ekstrapolowane poprzez porównanie sygnałów eksperymentalnych z sygnałami generowanymi przy użyciu negatywnego przeciwciała monoklonalnego, które nie wiąże rhPD-L1 (0% hamowania). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.