Obecny protokół opisuje metodę analizy flory jelitowej za pomocą sekwencjonowania genu 16S rRNA opartego na Illumina i dostarcza ram do oceny skuteczności ziołowych wywarów.
Artykuł metodologiczny
* These authors contributed equally
Obecny protokół opisuje metodę analizy flory jelitowej za pomocą sekwencjonowania genu 16S rRNA opartego na Illumina i dostarcza ram do oceny skuteczności ziołowych wywarów.
W celu wstępnego zbadania wpływu Desmodium caudatum na zapalenie żołądka i florę jelitową u szczurów, stworzono model szczura przewlekłego zapalenia żołądka przy użyciu klasycznej metody salicylanu sodu. Osiemnaście szczurów SPF podzielono na trzy grupy: grupę kontrolną (grupa C), grupę modelową (grupa M) i grupę leczoną (grupa T). Patologiczne odcinki ściany żołądka pobrano od szczurów w każdej grupie. Ponadto stężenia gastryny i dialdehydu malonowego w surowicy szczurów w każdej grupie oznaczono metodą ELISA. Ponadto zbadano wpływ D. caudatum na florę jelitową szczurów z zapaleniem żołądka poprzez szczegółowe porównanie społeczności bakterii jelitowych w trzech grupach, wykorzystując sekwencjonowanie genu 16S rRNA oparte na Illumina. Wyniki wskazują, że wywar z D. caudatum może zmniejszyć zawartość dialdehydu malonowego i zwiększyć zawartość gastryny. Ponadto stwierdzono, że wywar z D. caudatum zwiększa różnorodność i liczebność flory jelitowej, wywierając pozytywny wpływ na leczenie zapalenia żołądka poprzez regulację i odbudowę flory jelitowej.
Przewlekłe zapalenie błony śluzowej żołądka (CG), jedna z najczęstszych chorób klinicznych, charakteryzuje się przewlekłymi i uporczywymi zmianami zapalnymi w nabłonku błony śluzowej żołądka, który jest często i wielokrotnie atakowany przez różne czynniki chorobotwórcze1. Częstość występowania CG zajmuje pierwsze miejsce wśród wszystkich rodzajów chorób żołądka, stanowiąc od 40% do 60% wskaźnika usług ambulatoryjnych na Oddziale Gastroenterologii2. Co więcej, częstość występowania na ogół wzrasta wraz z wiekiem, szczególnie u osób w średnim i starszym wieku3. Niewątpliwie CG znacznie obniża jakość życia ludzi, podkreślając krytyczną potrzebę odkrywania nowych środków terapeutycznych.
Liczne badania wykazały, że występowanie i rozwój CG są związane z wydzielaniem hormonów żołądkowo-jelitowych, takich jak gastryna (GAS)4,5. GAS, powszechny hormon peptydowy przewodu pokarmowego w przewodzie pokarmowym, stymuluje komórki do wydzielania kwasu żołądkowego, promując uwalnianie histaminy z eozynofili. Dodatkowo poprawia odżywienie i ukrwienie błony śluzowej żołądka, sprzyjając proliferacji błony śluzowej żołądka i komórek okładzinowych6. Dlatego gastryna może być wykorzystana jako wskaźnik do oceny poziomu rozwoju CG. Ponadto produkty peroksydacji lipidów wyzwalane przez reaktywne tlenki mogą aktywować komórki zapalne, prowadząc do CG. Dialdehyd malonowy (MDA), marker peroksydacji lipidów, jest powszechnie stosowanym wskaźnikiem do pomiaru stopnia stresu oksydacyjnego. W pewnym stopniu odzwierciedla poziom wolnych rodników w błonie śluzowej żołądka. Poziom MDA może wskazywać na atak nienasyconych kwasów tłuszczowych w lokalnej błonie śluzowej żołądka spowodowany przez wolne rodniki7,8.
Mikroekologia jelitowa składa się z milionów mikroorganizmów rezydujących w jelicie gospodarza, odgrywających istotną rolę w utrzymaniu zdrowia gospodarza i regulacji odporności gospodarza. Zdrowa flora jelitowa, charakteryzująca się dużym bogactwem, różnorodnością i stabilnym funkcjonowaniem mikrobioty, działa jako bariera ochronna przed inwazją mikroorganizmów chorobotwórczych, uczestnicząc w metabolizmie. Zaburzenia flory jelitowej sprawiają, że osoby są bardziej podatne na ostre i przewlekłe choroby przewodu pokarmowego9,10. W ostatnich latach terapia mikrobioty w chorobach przewodu pokarmowego szybko się rozwinęła i wykazała znaczącą skuteczność11. Podsumowując, uwzględnienie flory jelitowej ma kluczowe znaczenie dla zrozumienia i rozwiązania problemów związanych z chorobami przewodu pokarmowego.
Jako nieodzowny składnik skarbnicy tradycyjnej medycyny chińskiej, ludowe materiały lecznicze mają ogromne znaczenie dla praktyki klinicznej i modernizacji medycyny narodowej. Korzenie i całe części Desmodium caudatum (Thunb.) DC. jest szeroko stosowany do łagodzenia dyskomfortu żołądkowego w rejonie Beichuan Qiang w mieście Mianyang przez dłuższy czas. Niektóre artykuły wskazują na naukowe podstawy leczenia chorób przewodu pokarmowego za pomocą D. caudatum, powołując się na jego działanie, takie jak hemostaza, antyoksydacja i ochrona przewodu pokarmowego12,13,14. Jednak ze względu na brak pogłębionych badań nie ustalono klinicznego mechanizmu farmakodynamicznego. Niniejszy artykuł ma na celu zbadanie wpływu D. caudatum w leczeniu zapalenia żołądka w oparciu o hormony żołądkowo-jelitowe i florę jelitową, dając podstawy do jego racjonalnego zastosowania klinicznego.
Procedury dotyczące opieki i użytkowania zwierząt zostały zatwierdzone przez Komitet Etyki Uniwersytetu Normalnego Mianyang, a wszystkie odpowiednie przepisy instytucjonalne i rządowe dotyczące etycznego użytkowania zwierząt były ściśle przestrzegane. Do badań wykorzystano szczury z filtrem SPF (gatunki Kunming, zarówno samce, jak i samice, o wadze 180-220 g). Zwierzęta zostały pozyskane ze źródła komercyjnego (patrz tabela materiałów). Wszystkie zwierzęta były trzymane w środowisku wolnym od patogenów i miały zapewniony dostęp do pożywienia ad libitum.
1. Przygotowanie odczynników
2. Grupowanie i administracja
3. Patologiczny przekrój ściany żołądka
4. Oznaczanie hormonów żołądkowo-jelitowych w surowicy
5. Ekstrakcja całkowitego DNA z kału oraz amplifikacja i oczyszczanie PCR
6. Sekwencjonowanie
UWAGA: Krok 6 i Krok 7 są wykonywane zgodnie z wcześniej opublikowanymi metodami20,21.
7. Przetwarzanie danych sekwencjonowania
8. Analiza statystyczna
Wyniki badania histopatologicznego ściany żołądka przedstawiono na Rysunku 1. W porównaniu z grupą C, w grupie M stwierdzono łagodny zanik ściany żołądka oraz łagodny stan zapalny. Jednakże w porównaniu z grupą M, w grupie T nie zaobserwowano wyraźnego stanu zapalnego, metaplazji jelitowej ani zaniku. Sugeruje to, że odwar z D. caudatum może skutecznie łagodzić zapalenie żołądka.
Wyniki oznaczeń hormonów żołądkowo-jelitowych w surowicy przedstawiono na Rysunku 2. Zawartość malondialdehydu (MDA) była znacznie wyższa w grupie M niż w grupie C. Po zastosowaniu odwaru z D. caudatum uległa ona znacznemu zmniejszeniu. W odniesieniu do zawartości gastryny (GAS), grupa M wykazała znacznie niższe poziomy niż grupa C, natomiast w grupie T odnotowano istotny wzrost. Wyniki te wskazują, że odwar z D. caudatum może regulować poziom hormonów żołądkowo-jelitowych w leczeniu zapalenia żołądka.
Analiza różnorodności alfa, przedstawiona w Tabeli 1 i na Ryc. 3, wykazuje istotną różnicę między społecznościami Grupy M i Grupy T. Liczba bakterii w Grupie C i Grupie T jest wyższa niż w Grupie M, co sugeruje, że liczba i rodzaje bakterii jelitowych u szczurów stopniowo dążą do poziomu prawidłowego po zastosowaniu leczenia.
Analiza składu gatunkowego
Zgodnie z Rysunkiem 4A, wykres słupkowy społeczności ilustruje, że Lactobacillus oraz norank_f__Muribaculaceae stanowią największą proporcję w Grupie C. Grupa M charakteryzuje się wyższą liczebnością Clostridium_sensu_stricto_1 oraz obecnością niektórych Helicobacter. Skład społeczności Grupy T jest bardziej zbliżony do składu Grupy C, a jej istotnymi składnikami są Lactobacillus i Romboutsia. Dodatkowo, mapa ciepła korelacji Spearmana (Rysunek 4B) w połączeniu z diagramem circos (Rysunek 4C) ujawnia znaczące różnice w składzie flory między Grupą C a Grupą M, z wyraźnymi wariacjami w florze dominującej. Po leczeniu Grupa T wykazuje tendencję do powrotu do normalnego stanu flory. Ponadto Rysunek 5 wskazuje na skrajne różnice w składzie społeczności między Grupą M a Grupą C, przy czym w strukturze i składzie flory jelitowej szczurów z zapaleniem żołądka zachodzą istotne zmiany. Po leczeniu występują podobieństwa w składzie flory między Grupą C a Grupą T, a także pewne podobieństwa między Grupą T a Grupą M. Wyniki te wskazują, że odwar z D. caudatum może przywrócić florę jelitową szczurów z zapaleniem żołądka do stanu normalnego lub zbliżonego do normalnego.
Analiza różnic międzygatunkowych
Z wykresu słupkowego porównania wielu gatunków na Rysunku 6A można zaobserwować, że Norank_f_Muribaculaceae występuje obficie w Grupie C i znacząco różni się od Grupy M i Grupy T. Po zastosowaniu leczenia liczba Norank_f_Muribaculaceae w Grupie T wykazuje tendencję wzrostową. Dodatkowo Clostridium_sensu_stricto_1, obficie występujący w Grupie M, wykazuje odporność w trudnych warunkach środowiskowych. Po leczeniu jego liczba znacząco spada, co sugeruje, że odwar z D. caudatum w pewnym stopniu poprawia środowisko bytowania flory jelitowej. Z drugiej strony, analiza wielopoziomowego drzewa hierarchii gatunków LEfSe na Rysunku 6B wskazuje na 44 gatunki wykazujące istotne różnice między grupami. Stwierdzono, że Norank_f_muribaculaceae, Clostridium_sensu_stricto_1 oraz Romboutsia występują obficie odpowiednio w Grupie C, Grupie M i Grupie T.

Rysunek 1: Wyniki badania histopatologicznego ściany żołądka. (A) Przekrój histopatologiczny żołądka w grupie C. (B) Przekrój histopatologiczny żołądka w grupie M. (C) Przekrój histopatologiczny żołądka w grupie T. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 2: Zawartość hormonów żołądkowo-jelitowych w surowicy. (A) Wykres słupkowy z wynikami oznaczania MDA (malondialdehydu). (B) Wykres słupkowy z wynikami oznaczania GAS. *P < 0.05, **P < 0.01. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 3: Wykres słupkowy indeksu różnorodności T. Czerwony słupek reprezentuje grupę C, niebieski reprezentuje grupę T, a zielony reprezentuje grupę M.*P < 0.05, **P < 0.01. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 4: Analiza składu społeczności. (A) Analiza histogramu społeczności. (B) Analiza mapy ciepła społeczności na poziomie rodzaju. (C) Analiza diagramu Circos przedstawiająca relacje między próbkami a gatunkami. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 5: Analiza PLS-DA na poziomie rodzaju. Kolor czerwony reprezentuje grupę C, niebieski reprezentuje grupę T, a zielony reprezentuje grupę M. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 6: Analiza różnic między gatunkami. (A) Wykres słupkowy testu H Kruskala-Wallisa. (B) Mapa drzewiasta wielopoziomowych gatunków LefSe. Kolor czerwony reprezentuje grupę C, niebieski grupę T, a zielony grupę M. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
| Grupa | Wartość średnia | Odchylenie standardowe |
| C | 3.5201 | 0.63641 |
| M | 3.2755 | 0.28494 |
| T | 3.5388 | 0.29945 |
Tabela 1: Wyniki indeksu różnorodności alfa.
D. caudatum, powszechnie stosowana medycyna ludowa przez narodowość Qiang12, wykazała znaczną skuteczność w leczeniu chorób przewodu pokarmowego. Wraz z postępem nowoczesnych badań farmakologicznych brak równowagi flory wynikający z zaburzenia równowagi mikroekologii przewodu pokarmowego jest identyfikowany jako kluczowy czynnik w ostrych i przewlekłych chorobach przewodu pokarmowego22,23. Niektóre mikroorganizmy w przewodzie pokarmowym odgrywają kluczową rolę w utrzymaniu dynamicznej równowagi w organizmie, a hormony w surowicy odzwierciedlają fizjologiczny i patologiczny stan organizmu. Dlatego badanie koncentruje się na florze jelitowej i hormonach żołądkowo-jelitowych.
Wysokoprzepustowe sekwencjonowanie genów 16S rRNA jest podstawową metodą wykrywania mikroorganizmów jelitowych. Umożliwia wykrywanie typów i funkcji mikroorganizmów w pobranych próbkach, pozwalając na dokładną i ilościową analizę każdego gatunku mikroorganizmów jelitowych. W ostatnich latach wysokoprzepustowe sekwencjonowanie genów 16S rRNA szybko się rozwinęło i jest szeroko stosowane do analizy różnorodności mikrobiologicznej w różnych środowiskach ekologicznych 24,25,26.
Wpływ D. caudatum na florę jelitową szczurów z zapaleniem żołądka badano poprzez szczegółowe porównanie społeczności bakterii jelitowych w trzech grupach opartych na sekwencjonowaniu genu 16S rRNA opartym na Illumina. Współczesne badania naukowe wskazują, że Lactobacillus, norank_f__Muribaculaceae, Romboutsia i Bifidobacterium są probiotykami, z których każdy ma określone korzyści zdrowotne, takie jak zmniejszenie ryzyka wystąpienia wielu nowotworów złośliwych, wytwarzanie witaminy K o potencjale przeciwzapalnym, promowanie metabolizmu polisacharydów oraz poprawa biegunki i zaparć 27,28,29. Clostridium_sensu_stricto_1, bakteria chorobotwórczy w uszkodzeniu jelit, może powodować stan zapalny i bakteriemię oraz jest ściśle związana z nowotworami krwi i przewodu pokarmowego30. Przewlekłe zapalenie błony śluzowej żołądka i zanikowe zapalenie błony śluzowej żołądka znacząco przyczyniają się do powstawania nowotworów żołądka31.
Analiza beta wskazuje na istotne zmiany w zawartości Lactobacillus, norank_f__Muribaculaceae, Romboutsia, Bifidobacterium i Clostridium_sensu_stricto_1 po leczeniu. Zawartość Lactobacillus, norank_f__Muribaculaceae i Romboutsia znacznie wzrosła, podczas gdy Bifidobacterium i Clostridium_sensu_stricto_1 znacznie zmniejszyły się po leczeniu D. caudatum . Ponadto wykres słupkowy społeczności sugeruje, że skład społeczności grupy T jest bardziej podobny do składu grupy C. Wyniki te wskazują, że D. caudatum może poprawić częstość występowania zapalenia błony śluzowej żołądka u szczurów. Jednak specyficzne mechanizmy stojące za zmniejszeniem zawartości probiotyku Bifidobacterium przez D. caudatum wymagają dalszych badań.
Metoda zestawu ELISA charakteryzuje się wysoką czułością, dużą specyficznością, prostotą obsługi i przydatnością dla małych rozmiarów próbek32. W tym badaniu wykorzystano go do wykrycia zawartości dialdehydu malonowego (MDA) i gastryny (GAS) w surowicy szczurów. MDA odzwierciedla stopień peroksydacji lipidów, pośrednio wskazując na stopień uszkodzenia komórek. U szczurów z zapaleniem błony śluzowej żołądka poziom MDA był znacznie wyższy niż u normalnych szczurów, co sugeruje uszkodzenie komórek okładzinowych żołądka. Leczenie D. caudatum istotnie obniżyło poziom MDA, co wskazuje na jego potencjał w leczeniu zapalenia błony śluzowej żołądka. I odwrotnie, D. caudatum zwiększał obniżony poziom GAS, przyczyniając się do naprawy lub leczenia zapalenia żołądka.
Istnieją jednak ograniczenia zarówno w wysokoprzepustowym sekwencjonowaniu genów 16S rRNA, jak i w metodzie zestawu ELISA. W wysokoprzepustowym sekwencjonowaniu genów 16S rRNA niska rozdzielczość może utrudnić rozróżnienie szczepów lub rodzajów o bardzo podobnych sekwencjach, co prowadzi do trudności w klasyfikacji na wyższych poziomach taksonomicznych, takich jak rodzaj, rodzina lub gromada33. W przypadku metody zestawu ELISA zwykle wymagane są etapy obróbki wstępnej próbki, takie jak rozcieńczanie i mycie, co wprowadza potencjalne błędy i zmienność34.
Badanie to sugeruje, że D. caudatum może leczyć zapalenie żołądka poprzez regulację hormonów żołądkowo-jelitowych i flory jelitowej, zapewniając wgląd w jego szerokie zastosowania kliniczne. Jednak przyszłe badania powinny zagłębić się w inne hormony żołądkowo-jelitowe, mechanizmy regulacji flory jelitowej i skuteczne substancje chemiczne.
Autorzy nie mają nic do ujawnienia.
Ta praca została sfinansowana przez kluczowe projekty badawczo-rozwojowe Departamentu Nauki i Technologii prowincji Syczuan (2020YFS0539).
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Analiza różnorodności alfa | Mothur 1.30.2 | ||
| Zestaw do ekstrakcji żelem kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA) AxyPrep | Axygen Biosciences | AP-GX-50 | |
| Analiza różnorodności beta | Qiime 1.9.1 | ||
| Lodówka kriogeniczna | Zamrażarka | ||
| Desmodium caudatum | Szpital Tradycyjnej Medycyny Chińskiej w Beichuan Qiang Autonomiczny Okręg | ||
| Autonomiczny Zestaw glebowy E.Z.N.A. Omega | Bio-tek | D5625-01 | |
| Platforma Illumina MiSeq | Illumina Miseq PE300/NovaSeq PE250 | ||
| Multiskan Spectrum | spectraMax i3 | ||
| Grupowanie OTU | Statystyki Uparse 7.0.1090 | ||
| OTU | Usearch 7.0 | ||
| PCR | TransGen AP221-02 | ||
| ABI GeneAmp 9700 | |||
| QuantiFluor-ST dwuniciowy System DNA (dsDNA) | Promega Corp. | ||
| Adnotacja klasyfikacji sekwencji | Klasyfikator RDP 2.11 | ||
| Salicylan sodu | Sichuan Xilong Chemical Co., Ltd | 54-21-7 | |
| Szczury SPF | Chengdu Dashuo Experimental Animal Co., Ltd | ||
| SPSS 18.0 | IBM |