Tropomodulina 3 (TMOD3) jest coraz częściej badana w nowotworach w ostatnich latach. To badanie jest pierwszym, które donosi, że TMOD3 ulega silnej ekspresji w raku jajnika i jest ściśle związany z opornością na platynę i infiltracją immunologiczną. Wyniki te mogą pomóc w poprawie wyników leczenia raka jajnika.
Subskrypcja JoVE jest wymagana do oglądania tego materiału. Zaloguj się lub rozpocznij bezpłatny okres próbny.
Artykuł metodologiczny
Nadekspresja tropomoduliny 3 jako marker oporności na platynę i infiltracji immunologicznej w raku jajnika
* These authors contributed equally
W tym artykule
Podsumowanie
Streszczenie
Cytoszkielet odgrywa ważną rolę w odporności na platynę w raku jajnika. Tropomodulina 3 (TMOD3) ma kluczowe znaczenie w rozwoju wielu nowotworów, ale jej rola w lekooporności raka jajnika pozostaje niezbadana. Analizując dane z baz danych Gene Expression Omnibus (GEO), The Cancer Genome Atlas (TCGA) i Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC), w badaniu tym porównano ekspresję TMOD3 w raku jajnika i prawidłowych tkankach oraz zbadano ekspresję TMOD3 po leczeniu platyną w raku jajnika wrażliwym na platynę i opornym na platynę. Metodę Kaplana-Meiera zastosowano do oceny wpływu TMOD3 na przeżycie całkowite (OS) i przeżycie wolne od progresji choroby (PFS) u pacjentek z rakiem jajnika. MikroRNA (miRNA) ukierunkowane na TMOD3 przewidywano za pomocą TargetScan i analizowano przy użyciu bazy danych TCGA. Tumor Immune Estimation Resource (TIMER) oraz zintegrowany portal repozytorium interakcji między nowotworem a układem immunologicznym (TISIDB) wykorzystano do określenia związku między ekspresją TMOD3 a infiltracją immunologiczną. Sieci koekspresji TMOD3 w raku jajnika zbadano za pomocą LinkedOmics, narzędzia Search Tool for the Retrieval of Interacting Gens/Proteins (STRING) oraz bioinformatyki The Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (DAVID). Wyniki wykazały, że TMOD3 wykazywał wysoką ekspresję w raku jajnika i był związany z gradacją, stopniem zaawansowania i przerzutami raka jajnika. Ekspresja TMOD3 była znacznie zmniejszona w komórkach raka jajnika leczonych platyną i u pacjentek. Jednak ekspresja TMOD3 była wyższa w komórkach i tkankach raka jajnika opornych na platynę w porównaniu z komórkami i tkankami wrażliwymi na platynę. Wyższa ekspresja TMOD3 była istotnie związana z niższym OS i PFS u pacjentek z rakiem jajnika leczonych chemioterapią opartą na platynie. Regulacja potranskrypcyjna za pośrednictwem miRNA jest prawdopodobnie odpowiedzialna za wysoką ekspresję TMOD3 w raku jajnika i tkankach jajnika opornych na platynę. Ekspresja mRNA TMOD3 była związana z infiltracją immunologiczną w raku jajnika. Wyniki te wskazują, że TMOD3 ulega silnej ekspresji w raku jajnika i jest ściśle związany z opornością na platynę i infiltracją immunologiczną.
Wprowadzenie
Rak jajnika jest drugim co do wielkości wskaźnikiem śmiertelności nowotworów ginekologicznych na świecie1. Na podstawie histopatologii można go podzielić na trzy typy: nowotwory rozrodcze, mezenchymalne gonad i nabłonkowe, z których 90% pacjentek to nabłonkowy rak jajnika. Czynniki ryzyka związane z rakiem jajnika obejmują utrzymującą się owulację, zwiększoną ekspozycję na gonadotropiny i cytokiny zapalne2. Ponad 75% przypadków raka jajnika jest wykrywanych dopiero w zaawansowanym stadium, co skutkuje brakiem skutecznego leczenia. Pacjentki z zaawansowanym rakiem jajnika mają złe rokowanie, z mniej niż 20% 5-letniego wsk....
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Protokół
1. Omnibus ekspresji genów (GEO)
UWAGA: Ekspresja TMOD3 w raku jajnika, w raku jajnika leczonym platynowymi lekami oraz w lekoopornym raku jajnika została wyprowadzona z zestawów danych GEO. Typem badania wszystkich zbiorów danych było profilowanie ekspresji według tablicy, a organizmy to Homo sapiens.
- Przejdź do bazy danych GEO (patrz Spis materiałów) i wprowadź słowa kluczowe, takie jak TMOD3, rak jajnika i lekooporność lub dostęp do danych w polu wyszukiwania (patrz rysunek uzupełniaj....
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Wyniki
Ekspresja TMOD3 w raku jajnika
Najpierw, baza danych GEO wykazała, że poziomy ekspresji mRNA TMOD3 były podwyższone w zbiorach danych z mikromacierzy GSE51088 i GSE66957 (Ryc. 1A,B). TMOD3 był również wysoce ekspresyjny w raku jajnika w porównaniu z prawidłowymi tkankami jajnika, co wykazano za pomocą narzędzia internetowego TNMplot (Ryc. 1C). Analiza danych CPTAC za pomocą narzędzia internetowego UALCAN wykazała, że poziom .......
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Dyskusja
Cytoszkielet został uznany za niezbędny w rozwoju i progresji, leczeniu i rokowaniu różnych nowotworów52. W porównaniu z TMOD1, który jest ograniczony do erytrocytów i układu sercowo-naczyniowego53, oraz TMOD2, który jest ograniczony do układu nerwowego54, TMOD3 ma wszechobecną dystrybucję, co sprawia, że badanie TMOD3 w nowotworach układowych jest bardziej popularne 14,15,16,17,18,19
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Oświadczenia
Autorzy nie zgłaszają konfliktu interesów.
Podziękowania
Ta praca była wspierana przez granty z Narodowej Fundacji Nauk Przyrodniczych Chin (nr 32171143, 31771280) oraz granty z Fundacji Nauk Przyrodniczych Departamentu Edukacji Prowincji Jiangsu (nr 18KJD360003, 21KJD320004).
....Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Materiały
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| cBioportal | Memorial Sloan Kettering Cancer Center | Analiza korelacji z TMOD3 z ukierunkowanymi miRNA (https://www.cbioportal.org) | |
| Baza danych CTD | Stanowy Karoliny Północnej | Analiza relacji między chemią, genami, fenotypem, chorobą i środowiskiem (https://ctdbase.org/) | |
| Cytoscape | Narodowy Instytut Ogólnych Nauk Medycznych Narodowych Instytutów Zdrowia | Integracja, analiza i wizualizacja danych sieciowych (www.cytoscape.org/) | |
| DAVID | Frederick National Laboratory for Cancer | Kompleksowy zestaw funkcjonalnych narzędzi adnotacyjnych dla badaczy, aby zrozumieć biologiczne znaczenie dużych list genów(https://david.ncifcrf.gov/) | |
| GEO | NCBI | Analiza ekspresji genów (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ) | |
| HPA | Knut & Fundacja Alice Wallenberg | Baza danych Human Protein Atlas (HPA) pomogła przeanalizować rozkład TMOD3 w różnych komórkach odpornościowych (https://www.proteinatlas.org/) | |
| Zakład Bioinformatyki Uniwersytetu Semmelweisa | Analiza prognostyczna (https://kmplot.com/analysis/) | ||
| Aby określić ostateczną strukturę molekularną leku | |||
| ROC Plotter | Zakład Bioinformatyki Uniwersytetu Semmelweisa | Walidacja interesującego genu jako markera predykcyjnego (http://www.rocplot.org/) | |
| Uniwersytet | Systematyczna analiza nacieków immunologicznych w różnych typach nowotworów (https://cistrome.shinyapps.io/timer/) | ||
| TISIDB | Uniwersytet w Hongkongu | Portal internetowy poświęcony interakcji nowotworów i układu odpornościowego(http://cis.hku.hk/TISIDB/) | |
| TNMplot | Zakład Bioinformatyki Uniwersytetu | Analiza ekspresji genów (https://www.tnmplot.com/ ) | |
| UALCAN | Uniwersytet ALabama w Birmingham | Analiza ekspresji genów (http://ualcan.path.uab.edu) |
Bibliografia
- Gaona-Luviano, P., Medina-Gaona, L. A., Magaña-Pérez, K. Epidemiology of ovarian cancer. Chin Clin Oncol. 9 (4), 47(2020).
- Ahmed, N., et al. Ovarian cancer, cancer stem cells and current treatment strategies: A potential role of magmas in the current ....
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Przedruki i uprawnienia
