To badanie bada związek między ekspresją genu MLH1 we krwi obwodowej a rakiem jelita grubego, wykorzystując podejście case-control do porównania poziomów ekspresji u pacjentów i dopasowanych zdrowych osób kontrolnych.
Artykuł metodologiczny
To badanie bada związek między ekspresją genu MLH1 we krwi obwodowej a rakiem jelita grubego, wykorzystując podejście case-control do porównania poziomów ekspresji u pacjentów i dopasowanych zdrowych osób kontrolnych.
MutL homolog 1 (MLH1) jest składnikiem heterodimerycznego kompleksu MutLα, który wykrywa i naprawia niedopasowania zasada-zasada oraz pętle insercji/delecji spowodowane nieprawidłowym włączeniem nukleotydów. W przypadku braku białka MLH1 zwiększa się częstość nienaprawionych niedopasowań, co prowadzi do raka narządów. Obecne badanie miało na celu ilościowe określenie ekspresji genu MLH1 i jej związku z inwazją guza (T) i inwazją węzłów chłonnych (N) w próbkach krwi od pacjentów z rakiem jelita grubego (CRC). Próbki krwi pobrano od 36 pacjentów z rakiem jelita grubego. RNA wyekstrahowano, a cDNA zsyntetyzowano za pomocą zestawu. Startery zbudowano przy użyciu podejścia opartego na połączeniu ekson-ekson, a geny MLH1 i β-aktyny przetestowano 3x przy użyciu reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (Real-Time PCR). Do analizy danych wykorzystano oprogramowanie do analizy ekspresji genów, a test t użyto do zbadania ekspresji MLH1 i jej związku ze zmiennymi T i N. W badaniu wzięło udział 36 pacjentów z rakiem jelita grubego, w tym 15 (41,6%) kobiet i 21 (58,4%) mężczyzn, o średniej wieku 57,35 ± 4,22 lat i w przedziale wiekowym 26-87 lat. Wyniki wykazały, że stosunek ekspresji genu MLH1 u pacjentów zmniejszył się w porównaniu z osobami zdrowymi, a spadek ekspresji genów w różnych stadiach choroby był znaczący. Wyniki tego badania wykazały, że zmniejszenie ekspresji genu MLH1 odgrywa skuteczną rolę w rozwoju CRC.
Rak jelita grubego (CRC) jest jednym z najczęstszych rodzajów raka. Jest to czwarta najczęstsza przyczyna zgonów związanych z rakiem na świecie1. CRC występuje częściej u mężczyzn niż u kobiet i jest trzy do czterech razy częstszy w krajach uprzemysłowionych niż w krajach rozwijających się. Standaryzowany pod względem wieku (globalny) współczynnik zapadalności na 1 x 105 przypadków CRC wynosi 19,7 u obu płci, 23,6 u mężczyzn i 16,3 u kobiet2. Badania epidemiologiczne wykazały silne powiązania środowiskowe i styl życia z CRC. Otyłość, czerwone/przetworzone mięso, tytoń, alkohol, terapia deprywacji androgenów i cholecystektomia są związane z nieznacznie zwiększonym ryzykiem CRC2,3.
Niestabilność chromosomalna, niestabilność mikrosatelitarna i fenotyp metylatora wyspy CpG (CIMP) odgrywają ważną rolę w nowotworzeniu CRC4. Zgodnie z wcześniejszymi badaniami, u pacjentów z CRC zidentyfikowano około 250 różnych mutacji, co odpowiada około 55% znanych mutacji związanych z genami naprawy niedopasowania DNA (MMR). Defekty w białkach naprawczych niedopasowania mogą być spowodowane mutacjami linii zarodkowej w genach MSH6, MLH1, PMS2 i MSH2, a większość tych mutacji znajduje się w genach MLH1 i MSH24,5. Najważniejszym białkiem w układzie MMR, które zwykle bierze udział w CRC, jest MLH1. Ostatnie badania wykazały, że każda zmiana w ekspresji MLH1 może zwiększać ryzyko CRC. Mutacje linii zarodkowej w MLH1 są odpowiedzialne za zespół Lyncha, dziedziczny typ CRC. Ponadto 13%-15% przypadków rozlanego raka jelita grubego jest spowodowanych niedoborem MLH1 w oparciu o hipermetylację promotora somatycznego6,7,8.
Gen MLH1 znajduje się na krótkim ramieniu chromosomu 3 na pozycji 22.2 i zawiera 21 eksonów9. Białko kodowane przez gen MLH1 może współpracować z endonukleazą zaangażowaną w naprawę niedopasowania, PMS2, w celu wytworzenia MutLα, który jest częścią systemu MMR. MutLα bierze udział głównie w naprawie niedopasowań zasada-zasada oraz pętli delecji i addycji w wyniku niepełnej replikacji DNA. Ponadto kodowane białko bierze udział w sygnalizacji uszkodzeń DNA i może zostać przekształcone do formy ɣMutL z białkiem MLH3, które bierze udział w naprawie niedopasowania DNA obserwowanej w mejozie10,11,12. Badania wykazały, że MLH1 bierze udział w innych głównych aktywnościach komórkowych, w tym w regulacji punktów kontrolnych cyklu komórkowego, apoptozie, rekombinacji krzyżowej i niezgodności mitotycznej13.
Gen MLH1 odgrywa kluczową rolę w systemie naprawy niedopasowania DNA (MMR). Defekt funkcji tego genu może prowadzić do akumulacji mutacji genetycznych, a w efekcie do rozwoju raka jelita grubego14. Wcześniejsze badania wykazały, że około 55% mutacji związanych z genami MMR u pacjentów z CRC jest związanych z mutacjami genu MLH1. Ponadto zmniejszona ekspresja genu MLH1 może prowadzić do zespołu Lyncha, który jest dziedziczną postacią raka jelita grubego15,16. Również defekt genu MLH1 oparty na hipermetylacji promotora somatycznego zaobserwowano w 13%-15% sporadycznych przypadków raka jelita grubego17. Te dowody naukowe pokazują, że gen MLH1 działa jako ważny biomarker w raku jelita grubego, a analiza jego ekspresji może dostarczyć cennych informacji na temat funkcji szlaku MMR i genetycznego ryzyka CRC18. Pomiar poziomu ekspresji MLH1 we krwi obwodowej pacjentów z rakiem jelita grubego może dostarczyć cennych informacji na temat funkcjonalności szlaku MMR, który często jest zaburzony w raku jelita grubego. Metoda ta może być wykorzystana do celów prognostycznych, a także do zrozumienia genetycznej podatności na raka jelita grubego19,20. Badanie dotyczące związku między mutacją MLH1 415 locus G do C a sporadycznym rakiem jelita grubego u chińskich pacjentów wykazało, że częstość występowania genotypu MLH1 C/C była znacznie wyższa u sporadycznych pacjentów z CRC niż w grupie kontrolnej, co sugeruje genetyczną podatność na sporadyczne CRC u chińskich pacjentów21. W innym badaniu porównano ekspresję genów biomarkerów genetycznych CRC w próbkach krwi obwodowej i biopsji pacjentów z nieswoistym zapaleniem jelit (IBD), podkreślając potencjał analizy ekspresji genów krwi obwodowej dla zrozumienia biomarkerów związanych z rakiem jelita grubego22.
Biorąc pod uwagę ważną rolę genu MLH1 i badania przeprowadzone w ostatnich dziesięcioleciach z analizą molekularną poprzez profilowanie ekspresji mRNA, nowotwory zostały sklasyfikowane z większą dokładnością. Celem tego badania było ilościowe zbadanie ekspresji MLH1 w próbkach krwi obwodowej pacjentów z CRC za pomocą PCR w czasie rzeczywistym oraz zbadanie jego związku z czynnikami patologicznymi, etapami progresji guza do warstw ściany jelita (T) oraz etapami inwazji węzłów chłonnych (N). Badanie to przeprowadzono u 36 pacjentów z CRC w celu potencjalnego ustalenia ilościowych zmian w ekspresji genów jako biomarkerów do badań przesiewowych CRC, rokowania i diagnozy przy użyciu próbek krwi obwodowej.
Między kwietniem 2021 a majem 2023 przeprowadzono badanie kliniczno-kontrolne w Szpitalu Stowarzyszonym 2 Uniwersytetu Nantong. Nawiąż kontakt z działem administracyjnym szpitala w celu ustalenia ram badania. Zgodę etyczną uzyskano poprzez przedłożenie propozycji badania Komitetowi Etyki Uniwersytetu Nantong. Przestrzegano wytycznych etycznych w celu zapewnienia poufności i świadomej zgody.
1. Rekrutacja pacjentów i projektowanie badań
2. Ekstrakcja i oczyszczanie RNA
3. Projekt startera do PCR w czasie rzeczywistym
4. PCR w czasie rzeczywistym
5. Immunohistochemia i analizy genetyczne
6. Analiza statystyczna
W niniejszym badaniu u 36 pacjentów z rakiem jelita grubego zbadano ekspresję genu MLH1 we krwi obwodowej oraz jej związek z rakiem jelita grubego. Analiza zmiennych demograficznych wykazała, że 15 pacjentów (41,6%) było kobietami, a 21 pacjentów (58,4%) mężczyznami. Średni wiek pacjentów wynosił 57,35 ± 4,22 lat, a zakres wieku od 26 do 87 lat. Status wskaźnika masy ciała (BMI) pacjentów wykazał, że 14 pacjentów (38,8%) miało BMI w normie (18,5 i 24,9 kg/m2), a 22 pacjentów (61,2%) miało BMI poza zakresem normy (poniżej 18,5 lub powyżej 24,9 kg/m2). Charakterystyka histopatologiczna przypadków raka jelita grubego przedstawiała się następująco: stopień złośliwości guza sklasyfikowano zgodnie z systemem stopniowania WHO26, przy czym 12 przypadków (33,3%) było dobrze zróżnicowanych, 18 przypadków (50%) umiarkowanie zróżnicowanych, a 6 przypadków (16,7%) słabo zróżnicowanych. Inwazja naczyniowo-limfatyczna wystąpiła w 14 przypadkach (38,9%), a inwazja okołonerwowa zaobserwowano w 9 przypadkach (25%). U wszystkich pacjentów marginesy resekcyjne były wolne od nowotworu. Wyniki badania zmiennej lokalizacji guza wykazały, że 20 guzów (55,5%) znajdowało się w okrężnicy, a 16 (45,5%) w odbytnicy. Spośród wszystkich guzów 4 guzy (11,1%) były mniejsze niż 10 mm, a 32 guzy (88,9%) były większe niż 10 mm (Tabela 4).
Przeprowadziliśmy analizę warstwową hipermetylacji promotora MLH1 oraz zespołu Lyncha. Spośród 36 pacjentów z rakiem jelita grubego u 10 (27,8%) stwierdzono hipermetylację promotora MLH1, natomiast sekwencjonowanie genetyczne zidentyfikowało 5 pacjentów (13,9%) z mutacjami w linii zarodkowej zgodnymi z zespołem Lyncha. Pozostali 21 pacjentów (58,3%) nie wykazywał hipermetylacji MLH1 ani zespołu Lyncha, co sugeruje sporadyczny przebieg CRC (Tabela 5).
W niniejszym badaniu do odróżnienia przypadków dziedzicznego niedoboru MLH1 od somatycznego niedoboru MLH1 wykorzystano badania genetyczne oraz wywiad rodzinny. Spośród 36 pacjentów u 12 stwierdzono wywiad rodzinny w kierunku zespołu Lyncha, a sekwencjonowanie genetyczne potwierdziło mutacje germinalne MLH1 u 5 z tych pacjentów (13,9%). Pozostałych 7 pacjentów z wywiadem rodzinnym nie wykazywało mutacji germinalnych, lecz posiadało somatyczne niedobory MLH1, prawdopodobnie w wyniku nabytych mutacji lub zmian epigenetycznych, takich jak hipermetylacja. Spośród 24 pacjentów bez wywiadu rodzinnego w kierunku zespołu Lyncha, 15 (41,7%) miało somatyczny niedobór MLH1 spowodowany hipermetylacją lub mutacjami somatycznymi. Pozostałych 9 pacjentów bez wywiadu rodzinnego wykazywało prawidłowe poziomy ekspresji MLH1, co sugeruje istnienie innych mechanizmów napędzających rozwój CRC.
W grupie z dziedzicznym niedoborem MLH1 odnotowano najistotniejszy spadek ekspresji MLH1, ze średnią krotnością zmiany wynoszącą 0,4, co było statystycznie istotne (p <0,01). Grupa z somatycznym niedoborem MLH1 również wykazała istotny spadek ekspresji, przy średniej krotności zmiany wynoszącej 0,6 (p <0,001). W grupie z normalnym poziomem ekspresji MLH1 nie stwierdzono statystycznie istotnej różnicy w porównaniu z grupą kontrolną osób zdrowych (Tabela 6).
Rysunek 1 przedstawia porównanie poziomów ekspresji genu MLH1 w dwóch grupach. W szczególności u pacjentów z CRC odnotowano znacznie niższe poziomy ekspresji genu MLH1 w porównaniu z osobami zdrowymi (p ≤ 0,001; Rysunek 1).
Poziom ekspresji genu na każdym etapie choroby w porównaniu z poziomem u osób zdrowych przedstawiono w Tabeli 7. Poziom ekspresji genu MLH1 był istotny w stopniu II (p ≤ 0,02), stopniu III (p ≤ 0,01) oraz stopniu IV (p ≤ 0,03). Wskazuje to na spadek ekspresji genu w tych stadiach choroby u osób chorych w porównaniu z osobami zdrowymi.

Rycina 1: Ekspresja genu MLH1. Porównanie ekspresji genu MLH1 w próbkach krwi dwóch grup: pacjentów z rakiem jelita grubego oraz osób zdrowych. Różnica jest istotna (p ≤ 0.001). Zastosowano test t dla prób niezależnych. Słupki błędów oznaczają błąd standardowy średniej (SEM). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
| Starter | Sekwencja primera | Długość | Ta (°C) | |
| MLH1 Starter forward | TCAGGTCATCGGAGCAAGCAC | 23 | 60 | |
| MLH1 Starter odwrotny | CGATCTTCCTCTGTCAAGCCAC | 20 | 58 | |
Tabela 1: Startery użyte w badaniu. Sekwencje zaprojektowanych starterów oraz długość produktu PCR dla genu docelowego MLH1. Podano również temperaturę przyłączania (Ta).
| Odczynnik | Objętość (µL) | Stężenie końcowe |
| 2x PCR Master Mix | 10 | 1x (zgodnie z instrukcją zestawu) |
| Startery Forward (10 µM) | 1 | 0.5 µM |
| Startery Reverse (10 µM) | 1 | 0.5 µM |
| Matryca cDNA | 2 | przyjęte 100 ng/µL |
| Woda wolna od nukleaz | 6 | do wyrównania objętości |
Tabela 2: Parametry reakcji.
| 45 cykli | ||
| Faza | Temperatura | Czas trwania |
| Denaturacja | 95 °C | 20 min |
| Przyłączanie | 54 °C | 30 s |
| Elongacja | 72 °C | 30 s |
Tabela 3: Cykl temperaturowy i czas trwania poszczególnych etapów w technice real-time PCR.
| Pacjent | Status | |
| Wiek | 4,22 ± 57,35 (26-86) lat | |
| Płeć | Mężczyzna | (58.4%) 21 |
| Kobieta | (41.6%) 15 | |
| BMI (wskaźnik masy ciała) | normalny | (38.8%) 14 |
| Nieprawidłowy | (61.2%) 22 | |
| Rodzinna historia raka jelita grubego | (33.3%) 12 | |
| Diagnostyka histopatologiczna | Dobrze zróżnicowany | (33.3%) 12 |
| Średniozróżnicowany | (50%) 18 | |
| Słabo zróżnicowany | (16.7%) 6 | |
| Inwazja | Limfovaskularny | (38.9%) 14 |
| Oknołowe | (25%) 9 | |
| Inne | (36.1%) 13 | |
| Marginesy resekcyjne | Przejrzyste | (100) 36 |
| Lokalizacja | Jelito grube | (55.5%) 20 |
| Odbytnica | (45.5%) 16 | |
| Rozmiar | < 10 mm | (11.1%) 4 |
| > 10 mm | (88.9%) 32 | |
Tabela 4: Charakterystyka demograficzna i kliniczna pacjentów.
| Grupa | Liczba pacjentów | Procent |
| Hipermetylacja MLH1 | 10 | 27.80% |
| Zespół Lyncha | 5 | 13.90% |
| Żaden z nich | 21 | 58.30% |
Tabela 5: Dane dotyczące hipermetylacji promotora MLH1 i statusu zespołu Lyncha.
| Grupa | Liczba pacjentów | Procent | Średnia krotność zmiany | wartość p |
| Dziedziczny niedobór MLH1 | 5 | 13.90% | 0.4 | <0.01 |
| Somaticzny niedobór MLH1 | 22 | 61.10% | 0.6 | <0.001 |
| Normalna ekspresja MLH1 | 9 | 25% | 0.9 | >0.05 |
Tabela 6: Poziomy ekspresji genu MLH1 u pacjentów z CRC. Średni poziom zmiany krotności (fold-change) wskazuje poziom ekspresji genu MLH1 w stosunku do grupy kontrolnej. Zmiana krotności mniejsza niż 1 wskazuje na obniżenie ekspresji.
| Etap | Krotność zmiany | Wartość p | |
| Zmniejszenie | Zwiększyć | ||
| Etap 0 | 1.8 | - | 0.33 |
| Etap I | 1.7 | - | 0.12 |
| Etap II | 2.2 | - | 0.02 |
| Stopień III | 5.2 | - | 0.01 |
| Stopień IV | 7.3 | - | 0.03 |
Tabela 7: Ekspresja genów na różnych etapach. Względny poziom ekspresji genów w poszczególnych stadiach choroby w porównaniu z osobami zdrowymi.
Badanie to zostało przeprowadzone w celu zbadania ekspresji genu MLH1 . W badaniu tym wykazano, że poziom ekspresji genu MLH1 był obniżony u osób chorych w porównaniu z osobami zdrowymi. Na podstawie badań zmian fałdowych wykazano, że ekspresja genu MLH1 w stadium II, III i IV u osób chorych w porównaniu z osobami zdrowymi uległa znacznemu zmniejszeniu.
Rak jelita grubego stanowi poważny problem w leczeniu nowotworów na świecie ze względu na jego rozpowszechnienie i przeżywalność 3,27. Biorąc pod uwagę, że oczekiwana długość życia niektórych pacjentów z rakiem jelita grubego nie sięga nawet 5 lat, a także dlatego, że potrzeby pacjentów z rakiem są różne w różnych latach po diagnozie, pełne badanie raka jelita grubego jest niezbędną potrzebą28,29.
Tymczasem uruchomienie całkowicie specyficznych molekularnych testów diagnostycznych wraz z objawami klinicznymi może być skuteczną pomocą w diagnozowaniu osób zagrożonych, a nawet osób bez objawów klinicznych raka jelita grubego30,31. Defekty w białkach naprawiających niedopasowanie mogą wynikać z mutacji w genach, takich jak MLH1. Najważniejszym białkiem naprawy niedopasowania DNA zaangażowanym w raka jelita grubego jest MLH1 32,33.
Według badań gen MLH1 jest związany z wieloma nowotworami, w tym jelita grubego, żołądka, przełyku i szyjki macicy34. Gen MLH1 odgrywa istotną rolę w naprawie DNA, a białko to pomaga korygować błędy występujące podczas replikacji DNA w ramach przygotowań do podziału komórki35. Dlatego lepsza identyfikacja mechanizmu i ekspresji genu MLH1 może określić, w jaki sposób występuje rak jelita grubego, a identyfikując ten mechanizm, można podjąć odpowiednie środki w celu zapobiegania i leczenia raka jelita grubego36.
Guo i wsp. przeprowadzili badanie w Chinach w celu zbadania ekspresji genów MLH1 i MSH2 z cechami kliniczno-patologicznymi w raku jelita grubego. W badaniu tym zebrano dane kliniczne i patologiczne 88 pacjentów poddawanych leczeniu onkologicznemu. Zmianę krotności MLH1 i MSH2 w tkankach mierzono za pomocą qRT-PCR, a związek między MLH1 i MSH2 analizowano przy użyciu danych patologicznych pacjentów. Wyniki tego badania potwierdziły wyniki naszego badania i wykazały, że ekspresja genów MLH1 i MSH2 jest niższa w tkankach nowotworowych niż w innych tkankach37.
W innym badaniu przeprowadzonym przez Liu i wsp. zbadano analizę ekspresji genów MLH1 i PMS2 u starszych pacjentów z rakiem jelita grubego i jej związek z klinicznymi cechami patologicznymi. W tym retrospektywnym badaniu kohortowym pacjenci w podeszłym wieku z rakiem jelita grubego od stycznia 2014 r. do grudnia 2018 r., którzy zostali przyjęci do szpitala w Pekinie, zostali podzieleni na dwie grupy, MLH1 i PMS. Charakterystyki patologiczne i ekspresję genów porównano w dwóch grupach. Wyniki wykazały, że ekspresja genu MLH1 jest zmniejszona u pacjentów, a ten spadek ekspresji genu jest również widoczny w różnych stadiach raka, a spadek ekspresji genów u pacjentów jest związany z wiekiem zachorowania, szybką progresją guza, słabym różnicowaniem i patologicznym stopniowaniemzaawansowania 38.
Ten spadek ekspresji genów wykazano w innych badaniach przeprowadzonych w innych krajach. W badaniach przeprowadzonych w Stanach Zjednoczonych39, Iranie40 i Irlandii41 wykazano zmniejszenie ekspresji genu MLH1 u pacjentów z rakiem jelita grubego.
Obecny standard obejmuje uniwersalną analizę guzów wyciętych próbek CRC przy użyciu IHC i technik molekularnych. Pacjenci z nieprawidłowymi wynikami IHC są następnie kierowani na ostateczne badania mutacyjne. Jednak ostatnie osiągnięcia w naszym rozumieniu genetyki molekularnej zmieniły praktyki badań przesiewowych i diagnostycznych w kierunku zespołu Lyncha42. W badaniu Alipoora i wsp. przeanalizowano ilościowo ekspresję genu MLH1 i jej związek z głębokością inwazji guza (T) i czynnikami inwazji węzłów chłonnych (N) w próbkach krwi irańskich pacjentów z CRC. Badanie wykazało, że ekspresja genu MLH1 była istotnie związana ze stadiami T i N, co sugeruje, że analiza ekspresji genu MLH1 może dostarczyć dodatkowych informacji poza technikami IHC43. Co więcej, w badaniu przeprowadzonym przez Halil i wsp. przeanalizowano wpływ każdej specyficznej utraty genu MMR i charakterystyki klinicznej pacjentów z dMMR CRC, którzy otrzymywali inhibitory immunologicznych punktów kontrolnych (ICI). Badanie wykazało, że ogólne wskaźniki odpowiedzi (ORR) w grupach MLH1 ± PMS2 i MSH2 ±MSH6 wynosiły odpowiednio 68% i 57,1%, bez różnicy statystycznej. Sugeruje to, że analiza ekspresji genu MLH1 może być cennym narzędziem do przewidywania odpowiedzi na terapię ICI u pacjentów z dMMR CRC44. Potrzebne są dalsze badania, aby potwierdzić rolę analizy ekspresji genu MLH1 w leczeniu raka jelita grubego i włączyć ją do praktyki klinicznej.
Biorąc pod uwagę ważną i kluczową rolę genu MLH1 w naprawie niespójności DNA oraz zgodnie z wynikami wcześniejszych badań, można stwierdzić, że rak jelita grubego jest związany ze spadkiem ekspresji genu MLH1 . Dlatego przy zmniejszeniu ekspresji genów nie ma możliwości skorygowania wadliwego cyklu replikacji, a ryzyko powstania mutacji wzrośnie; Dlatego ten spadek ekspresji genów będzie odgrywał ważną rolę w procesie rozwoju choroby, leczenia i końcowego wyniku choroby dla ludzi.
Wyniki wykazały, że zmniejszenie ekspresji genu MLH1 odgrywa skuteczną rolę w rozwoju raka jelita grubego. Ale znaczenie tego genu polega na jego roli w stadiach raka, co zmniejsza ekspresję genów na każdym etapie choroby. Dlatego gen ten może być bardziej rozważany w przyszłych badaniach; Ponieważ istnieje możliwość, że w przyszłości może odegrać skuteczną rolę w poprawie stanu leczenia raka jelita grubego. Konieczne wydaje się również przeprowadzenie większej liczby badań, aby dowiedzieć się o innych aspektach.
Krytyczne kroki w ramach protokołu obejmują ścisłe przestrzeganie procedur ekstrakcji i oczyszczania RNA, ponieważ jakość RNA ma kluczowe znaczenie dla dokładnej analizy ekspresji genów. Ponadto konfiguracja PCR w czasie rzeczywistym i specyficzne warunki cykliczne mają kluczowe znaczenie dla wiarygodnej amplifikacji i kwantyfikacji genu MLH1 . W trakcie badania omówiono modyfikacje i rozwiązywanie problemów związanych z techniką. Na przykład, gdy początkowo stwierdzono nieoptymalną czystość RNA, na co wskazują pomiary spektrofotometrem, protokół ekstrakcji został dopracowany, aby uwzględnić dodatkowe etapy płukania w celu usunięcia potencjalnych zanieczyszczeń. Do ograniczeń tej techniki należy poleganie na krwi obwodowej, która może nie odzwierciedlać w pełni poziomów ekspresji MLH1 w mikrośrodowisku guza.
W tym badaniu przeanalizowaliśmy ekspresję genu MLH1 w próbkach krwi obwodowej od 36 pacjentów z rakiem jelita grubego. Zdajemy sobie sprawę, że ta wielkość próby jest ograniczona, co może wpłynąć na moc statystyczną naszych ustaleń. Przyszłe badania z większymi kohortami są uzasadnione, aby potwierdzić nasze wyniki i lepiej zrozumieć rolę ekspresji MLH1 w raku jelita grubego. Ponadto metoda doboru próby dla wygody może wprowadzać błąd systematyczny selekcji, potencjalnie wpływając na możliwość uogólnienia wyników.
Autorzy deklarują brak konfliktu interesów.
Chcielibyśmy wyrazić naszą wdzięczność i uznanie dla wszystkich, którzy pomogli nam ukończyć to przedsięwzięcie badawcze.
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Sprzęt do elektroforezy w żelu agarozowym Systemy | Bio-Rad | Mini-Sub Cell GT | Służy do sprawdzania jakości RNA |
| Kwas etylenodiaminotetraoctowy (EDTA) | Sigma-Aldrich | E9884 | Stosowany jako antykoagulant do próbek krwi |
| NanoDrop | ThermoFisher Scientific | ND-2000 | używany do określania czystości RNA |
| Zastosowano maszynę do PCR w czasie rzeczywistym | Biosystems | A34322 | Używany do reakcji RT-PCR |
| Zestaw do ekstrakcji RNA | Intron Biotechnology Co | #Cat 17061 | Używany do ekstrakcji RNA z próbek krwi |
| Zestaw SYBR Green PCR | Thermo Fisher Scientific | 4309155 | Odczynniki używane do eksperymentów RT-PCR |
Ten artykuł został opublikowany
Film wkrótce dostępny