Subskrypcja JoVE jest wymagana do oglądania tego materiału. Zaloguj się lub rozpocznij bezpłatny okres próbny.

Artykuł metodologiczny

Nowe funkcje w programie Visual Dynamics 3.0

2.3K wyświetleń

⸱

DOI:

10.3791/66964

⸱

9 sierpnia 2024

 ,  ,  ,  , 
1Bioinformatics and Medicinal Chemistry Laboratory (LABIOQUIM), Oswaldo Cruz Rondônia Foundation, 2National Institute of Epidemiology in the Western Amazon - EPIAMO, 3Postgraduate Program in Experimental Biology, Federal University of Rondônia (UNIR), 4Doctoral Program in Sciences - IOC/Fiocruz Rondônia Cooperation: Computational Biology and Systems (BCS)

W tym artykule

Podsumowanie

Visual Dynamics to narzędzie open-source, które przyspiesza implementacje i naukę w symulacji dynamiki molekularnej za pomocą Gromacs. Prezentowany protokół przeprowadzi Cię przez kolejne etapy umożliwiające łatwe wykonanie symulacji białko-ligand przygotowanej w ACPYPE oraz ogólne kroki do innych modeli symulacyjnych.

Streszczenie

Visual Dynamics (VD) to narzędzie internetowe, które ma na celu ułatwienie korzystania i zastosowania dynamiki molekularnej (MD) wykonywanej w Gromacs, umożliwiając użytkownikom bez znajomości obliczeń przeprowadzanie krótkich symulacji w celach walidacyjnych, demonstracyjnych i dydaktycznych. Prawdą jest, że metody kwantowe są najdokładniejsze. Jednak obecnie nie ma obliczeniowej wykonalności przeprowadzenia eksperymentów wykonywanych przez MD. Opisane tutaj narzędzie było stale ulepszane w ciągu ostatnich kilku lat. Protokół ten opisuje, co jest potrzebne do przeprowadzenia symulacji w VD z kompleksem białko-ligand przygotowanym wcześniej w ACPYPE oraz kilka ogólnych wskazówek dotyczących innych dostępnych modeli symulacyjnych. Do szczegółowej symulacji zostanie użyte białko wiążące FK506 z Plasmodium vivax skompleksowane z inhibitorem D5 (PDB ID: 4mgv) i dostarczone zostaną wszystkie użyte pliki. Należy pamiętać, że ten protokół powie każdą opcję, która ma być użyta, aby osiągnąć te same przedstawione wyniki, ale te opcje niekoniecznie są jedynymi dostępnymi.

Wprowadzenie

Zgodnie z definicją IUPAC, MD to procedura symulacji, która polega na obliczaniu ruchu atomów w cząsteczce lub pojedynczych atomów lub cząsteczek w ciałach stałych, cieczach i gazach, zgodnie z prawami dynamiki Newtona. Siły działające na atomy, niezbędne do symulacji ich ruchu, są zwykle obliczane za pomocą pól siłowych z mechaniki molekularnej1. Można go zastosować do dowolnego zjawiska, które ma na celu wydobycie informacji na poziomie molekularnym, a często atomowym2.

MD jest jedną z technik włączonych do bioinformatyki, a konkretnie do bioinformatyki strukturalnej. Dzięki niemu możliwe jest uzyskanie charakterystyk kinetycznych i termodynamicznych struktur biomolekularnych. Na przykład stabilność makromolekularna, identyfikacja miejsc allosterycznych, wyjaśnienie mechanizmów aktywności enzymatycznej, rozpoznawanie molekularne i właściwości kompleksów z małymi cząsteczkami, związek między białkami, fałdowanie białek i ich uwodnienie3. Co więcej, MD umożliwia szeroki zakres badań, w tym projektowanie molekularne (szeroko stosowane w projektowaniu leków), w określaniu struktury i jej udoskonalaniu (promieniowanie rentgenowskie, NMR i modelowanie białek)3. Wyniki uzyskane na końcu MD są najbogatsze i najbardziej kompletne pod względem symulacji niekwantowej4. Klasyczna MD jest znacznie bardziej wydajna, niż można by się spodziewać po pełnym uwzględnieniu fizyki układów biomolekularnych ze względu na liczbę znacznych przybliżeń. Warto zauważyć, że efekty kwantowo-dynamiczne są zwykle ignorowane3. Jednak implementacja eksperymentu MD nie jest trywialna5. Wymaga znajomości informatyki, zwłaszcza terminala Linux, ponieważ większość oprogramowania do bioinformatyki strukturalnej jest do tego przeznaczona. Nawet z tą wiedzą nauka poleceń i parametryzacji Gromacs to kolejna stroma krzywa uczenia się.

Od pierwszego zastosowania w biologii w 1977 roku6, wiele się zmieniło dzięki zwiększonemu przetwarzaniu obliczeniowemu i lepszemu kodowaniu. Ponad dwie dekady temu wprowadzono na rynek pierwsze oprogramowanie MD przeznaczone do rozwiązywania problemów biologicznych, a mianowicie Gromacs7, AMBER8 i NAMD9.

Od czasu swoich pierwszych wersji, te programy nadal są najczęściej używane i cytowane. Jednak nadal występują te same typowe trudności z implementacją, które nękają badaczy, którzy nie są specjalistami od komputerów5. Niektóre z nich mają złożone kroki instalacji i konfiguracji, czasami wymagające rozległej wiedzy na temat sprzętu, na którym będą działać, aby jak najlepiej je wykorzystać, oraz wysoce komputerowej dokumentacji technicznej. Potrzebny jest łatwiejszy sposób na interakcję z nimi, oprócz wiersza poleceń i nieskończonych parametrów.

Interfejs pełni rolę pośrednika między procesem logicznym, który ma być wykonany, a human10. Paradygmat działania oprogramowania ewoluował wraz z poprawą zasobów obliczeniowych. Pierwszym cyfrowym paradygmatem były interfejsy wiersza poleceń (CLI), po których nastąpiła ewolucja do znanych graficznych interfejsów użytkownika (GUI)11. Zgodnie z cyklem ewolucyjnym, interfejs stworzony przez sieć World Wide Web (lub po prostu WEB) jest uważany za ewolucję GUIs11. Te trzy paradygmaty współistnieją obecnie w zależności od programistów. Aplikacje interfejsu wiersza polecenia używają poleceń tekstowych w konsoli systemu operacyjnego. Aplikacje z graficznym interfejsem użytkownika, zwane również pulpitami graficznymi, wykorzystują interfejs graficzny składający się z okien, przycisków i innych komponentów. Jest specyficzny i wstępnie zaprogramowany dla systemu operacyjnego. Główną różnicą w stosunku do CLI jest użycie myszy jako dodatkowego elementu w interakcji człowiek-maszyna12. Aplikacje WEB, mimo że mylone z GUI, są bardziej złożone w rozwoju, ale są bardziej wszechstronne i zdecydowanie najbardziej zwinne w działaniu. Co więcej, są one zależne tylko od oprogramowania interpretującego zwanego przeglądarką, które umożliwia aplikacji klienckiej komunikowanie się z serwerem za pośrednictwem sieci niezależnej od systemu operacyjnego13.

Oprogramowanie do bioinformatyki strukturalnej najczęściej korzysta z paradygmatów CLI i GUI. Niektóre przykłady klasycznego oprogramowania korzystającego z CLI to Modeller14 do modelowania podobieństwa, Autodock15 do dokowania molekularnego i Gromacs16 do dynamiki molekularnej. Przykładami oprogramowania, które przyjmują typ GUI, są między innymi SwissPDBviewer17, Pymol18, VMD19, UCSF Chimera20, Autodock tools15, PyRx21, Biovia22, Maestro23 i Moe24.

Wraz z pojawieniem się technologii Hypertext Markup Language version 5 (HTML5)25, Cascading Style Sheets (CSS)26, oraz Javascript27, między innymi, wiele zastosowań bioinformatyki strukturalnej mogło zostać wprowadzonych do WEB, stając się w ten sposób bardziej dostępnymi. Przykładami serwerów WEB do modelowania podobieństwa są MODWEB28, który używa Modeller14 jako back-end i Swissmodel29. Przykładami serwerów aplikacji internetowych do dokowania molekularnego są Haddock30, Swissdock31, Cluspro32, Dockthor33 i inne.

Podczas gdy metodologie analizy strukturalnej, modelowania i dokowania ewoluowały od paradygmatów CLI do GUI i w końcu do WEB, MD nadal jest głównie wspierany przez wykonywanie z wiersza poleceń (typ CLI). Pojawiło się kilka dobrych inicjatyw mających na celu poprawę tej panoramy. Przykładami takich inicjatyw są implementacja wtyczek w istniejącym oprogramowaniu, takich jak wtyczka QwikMD do VMD34, wtyczka GROMACS do PyMOL oraz opcja Molecular Dynamics Simulation w UCSF Chimera20, kilka nowych i łatwiejszych aplikacji CLI, takich jak ASGARD35, Gmx_qk36 i CHAPERONg37, a także solidna platforma internetowa, BioBB-Wfs38. Chociaż korzystanie z tych wtyczek i aplikacji jest postępem, ich wdrożenie nadal stanowi wyzwanie dla większości niewykwalifikowanych badaczy. Typowe trudności obejmują problemy z instalacją i konfiguracją oprogramowania MD, które często zagrażają pełnemu wykonaniu simulation5.

W 2022 roku oprogramowanie Visual Dynamics do symulacji obliczeniowej opartej na sieci zostało udostępnione przez Laboratório de Bioinformática e Química Medicinal w Fiocruz Rondônia39. Jego pierwotna wersja została zbudowana w językach Python i Flask, co pozwoliło na symulacje układów z wolnymi białkami (apoenzymami) tylko dla 2 ns. Następnie został on rozszerzony o zautomatyzowaną wersję symulacyjną z ligandami przygotowanymi przy użyciu PRODRG40.

VD został zbudowany, aby pomóc wszystkim badaczom w dziedzinie biofizyki strukturalnej, biotechnologii i pokrewnych dziedzin, którzy mają ograniczenia w wiedzy obliczeniowej; narzędzie pozwala tym badaczom testować swoje hipotezy obejmujące symulacje MD z dowolnego systemu operacyjnego i bez dostępu do wysokowydajnego komputera (HPC). Celem niniejszej pracy jest przedstawienie nowych funkcji programu Visual Dynamics w wersji 3.0. Ponadto ma na celu wprowadzenie zaktualizowanego protokołu użytkowania narzędzia i podkreślenie ograniczeń, które należy rozwiązać w przyszłości, wraz ze statystykami użytkowania do chwili obecnej (Rysunek 1).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Protokół

1. Dostęp do oprogramowania i rejestracja nowego użytkownika

  1. Odwiedź stronę internetową Visual Dynamics (VD). Kliknij ikonę +Zarejestruj się w prawym górnym rogu, aby utworzyć konto. Zarejestruj się, aby korzystać z oprogramowania.
    UWAGA: Dozwolone są tylko instytucjonalne adresy e-mail. Użytkownik otrzyma powiadomienie e-mail, gdy jego rejestracja zostanie zatwierdzona.
  2. Kliknij Zaloguj się w prawym górnym rogu, aby uzyskać dostęp do ekranu logowania do systemu. Wypełnij pola nazwy użytkownika/adresu e-mail i hasła, a następnie kliknij Zaloguj się. Po zalogowaniu użytkownik będzie miał dostęp do swojego obszaru przesyłania symulacji. Mogą również przeglądać samouczki i statystyki użytkowania dla VD.

2. Zgłoszenie symulacji apoenzymu

  1. Kliknij Nowa symulacja na lewym pasku bocznym. Na wyświetlonym ekranie kliknij przycisk APO, który odnosi się do apoenzymu.
  2. Prześlij darmowy plik białkowy 4mvg.pdb. Wybierz pole siłowe AMBER94 (lub inną odpowiednią opcję).
    UWAGA: 4mvg.pdb można pobrać z pliku uzupełniającego 1 lub pobrać bezpośrednio z Banku Danych o Białkach (PDB).
  3. Wybierz model wody TIP3P. Zaznacz pole sześcienne. Wybierz odległość 0,5 nm między białkiem a krawędzią pudełka.
    UWAGA: Wybrane opcje są tylko sugestiami. Wszystkie inne opcje działają w VD.
  4. Zaznacz opcję Uruchom na naszych serwerach, aby wykonać symulację z przesłanymi plikami i parametrami. Po kliknięciu przycisku Uruchom symulację, użytkownik zobaczy ewolucję kroków symulacji na ekranie i otrzyma powiadomienie e-mail o statusie symulacji po jej zakończeniu.

3. Zgłoszenie symulacji enzymu skompleksowanego z ligandem przygotowanym w ACPYPE

  1. Korzystając z UCSF Chimera20, otwórz kompleks białko-ligand 4mgv.pdb41, w obszarze Wybierz kliknij pozycję Reszta i ustaw kod na D5I. Następnie w obszarze Plik kliknij przycisk Zapisz plik PDB, wybierz opcję Zapisz tylko wybrane atomy, ustaw nazwę pliku na ligand.pdb i kliknij przycisk Zapisz.
  2. Prześlij plik ligand.pdb wygenerowany w poprzednim kroku do serwera Bio2Byte ACPYPE server42, z plików wyjściowych ligand_NEW.itp i ligand_NEW.pdb będą używane i dostarczane w tym eksperymencie.
    UWAGA: Pliki ligand_NEW.itp i ligand_NEW.pdb można pobrać z Pliku Uzupełniającego 2 i Pliku Uzupełniającego 3.
  3. Kliknij Nowa symulacja na lewym pasku bocznym. Kliknij na przycisk Białko + Ligand (przygotowany w ACPYPE).
  4. Prześlij darmowy plik białkowy 4mvg.pdb. Wybieramy pliki ligandów przygotowane w ACPYPE: ligand_NEW.itp i ligand_NEW.pdb. Wybierz pole siły AMBER94.
  5. Wybierz model wody TIP3P. Zaznacz pole sześcienne. Wybierz odległość 0,5 nm między białkiem a krawędzią pudełka. Wybrane opcje to tylko sugestie. Wszystkie inne opcje działają w VD.
  6. Zaznacz opcję Uruchom na naszych serwerach, aby wykonać symulację z przesłanymi plikami i parametrami. Po kliknięciu przycisku Uruchom symulację, użytkownik zobaczy ewolucję kroków symulacji na ekranie i otrzyma powiadomienie e-mail o statusie symulacji po jej zakończeniu.

4. Dostęp do wyników symulacji

  1. Kliknij Moje symulacje na lewym pasku bocznym.
  2. Kliknij Pobierz pliki MDP, aby pobrać pliki konfiguracyjne symulacji używane przez platformę na komputer użytkownika.
  3. Pobierz elementy symulacji zgodnie z poniższym opisem.
    1. Kliknij przycisk Polecenia, aby pobrać listę poleceń wykonywanych przez platformę na komputer użytkownika.
    2. Kliknij GROMACS Log (Dziennik GROMACS), aby pobrać plik dziennika zawierający dane wyjściowe poleceń .gmx w kolejności na komputer użytkownika.
    3. Kliknij przycisk Wyniki, aby pobrać na komputer użytkownika pliki wygenerowane za pomocą poleceń .gmx, takich jak _npt.gro, _pr.edr, _pr.tpr, _pr_PBC.gro i pr_PBC.xtc.
    4. Kliknij opcję Grafika figurowa, aby pobrać wykresy do analizy każdego kroku symulacji w formacie obrazu i .xvg na komputer użytkownika.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

VD zapewnia w pełni autonomiczną realizację symulacji, która nie wymaga interwencji użytkownika ani zasobów obliczeniowych dostarczonych przez użytkownika. Po przekazaniu symulacji do wykonania użytkownik może ją opuścić i wyłączyć swoje urządzenia, a symulacja będzie nadal działać. Pozwala to również użytkownikom na dostęp do wyników z dowolnego urządzenia, niezależnie od tego, czy jest to laptop, czy urządzenie mobilne.

Jako przykład zastosowania VD w trybie automatycznym poprzez przeglądark...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Dyskusja

Automatyzacja procesów nie jest łatwa, ale jest też mniej trudna niż przeprogramowanie systemu od podstaw. Gromacs jest obecnie najpopularniejszym oprogramowaniem do symulacji molekularnych i jest stale aktualizowane. Początkowo opracował go Wydział Chemii Biofizycznej Uniwersytetu w Groningen, a obecnie jest on utrzymywany przez Laboratorium Nauk Przyrodniczych na Uniwersytecie w Sztokholmie43.

Dla każdego nowego użytkownika nauka technik symulacji to długa podróż. VD ...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Oświadczenia

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

Podziękowania

Ta praca była wspierana przez Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), Fundação para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico em Saúde (Fiotec), Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Epidemiologia da Amazônia Ocidental - INCT-EpiAmO, Fundação Rondônia de Amparo ao Desenvolvimento das Ações Científicas e Tecnoló gicas e à Pesquisa do Estado de Rondônia (FAPERO), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) oraz Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
Serwer ACPYPEBio2ByteDostępny w oprogramowaniu https://www.bio2byte.be/acpype/
GRACELaboratorium plazmowe w Instytucie NaukowymDostępne w oprogramowaniu https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
GROMACSZespółInstrukcja instalacji pod adresem https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html
Struktura białka wiążącego FK506
z Plasmodium vivax skompleksowanego z inhibitorem
D5		RCSB Bankdostępny pod adresem https://www.rcsb.org/structure/4mgv
Zawiera już ligand skompleksowany z makrocząsteczką.
Weizmanna GROMACS danych białkowych

Bibliografia

  1. International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC). The IUPAC Compendium of Chemical Terminology: The Gold Book. , International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC). Research Triangle Park, NC. (2019).
  2. Karplus, M., McCammon, J. A. Molecular dynamics simulations of biomolecules. Nat Str Biol. 9 (9), 646-652 (2002).
  3. Adcock, S. A., McCammon, J. A. Molecular dynamics: Survey of methods for simulating the activity of proteins. Chem Rev. 106 (5), 1589-1615 (2006).
  4. Stillinger, F. H., Rahman, A. Improved simulation of liquid water by molecular dynamics. J Chem Phys. 60 (4), 1545-1557 (1974).
  5. Zinovjev, K., Van Der Kamp, M. W. Enlighten2: molecular dynamics simulations of protein-ligand systems made accessible. Bioinformatics. 36 (20), 5104-5106 (2020).
  6. McCammon, J. A., Gelin, B. R., Karplus, M. Dynamics of folded proteins. Nature. 267 (5612), 585-590 (1977).
  7. Berendsen, H. J. C., Van Der Spoel, D., Van Drunen, R. GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation. Comp Phys Comm. 91 (1-3), 43-56 (1995).
  8. Pearlman, D. A., et al. a package of computer programs for applying molecular mechanics, normal mode analysis, molecular dynamics and free energy calculations to simulate the structural and energetic properties of molecules. Comp Phys Comm. 91 (1-3), 1-41 (1995).
  9. Nelson, M. T., et al. NAMD: A parallel, object-oriented molecular dynamics program. Int J Supercomp Appl High Performance Comp. 10 (4), 251-268 (1996).
  10. Addison-Wesley Pub. Co. The Art of human-computer interface design. , Addison-Wesley Pub. Co. Reading, Mass. (1990).
  11. Wigdor, D., Wixon, D. Brave NUI World: Designing Natural User Interfaces for Touch and Gesture. , Elsevier Science. Saint Louis. (2014).
  12. Unwin, A., Heike, H. GUI and Command-line - Conflict or Synergy. , (2000).
  13. Clark, D. Developing Web Applications. Beginning C# Object-Oriented Programming. , 243-263 (2011).
  14. Eswar, N., et al. Comparative protein structure modeling using Modeller. Curr Protoc Bioinformatics. 5, 10(2006).
  15. Morris, G. M., et al. AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility. J Comp Chem. 30 (16), 2785-2791 (2009).
  16. Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A. E., Berendsen, H. J. C. GROMACS: Fast, flexible, and free. J Comp Chem. 26 (16), 1701-1718 (2005).
  17. Guex, N., Peitsch, M. C. SWISS-MODEL and the Swiss-Pdb Viewer: An environment for comparative protein modeling. Electrophoresis. 18 (15), 2714-2723 (1997).
  18. The PyMOL molecular graphics system. , Available from: https://pymol.org/ (2023).
  19. Humphrey, W., Dalke, A., Schulten, K. VMD: Visual molecular dynamics. J Mol Graph. 14 (1), 33-38 (1996).
  20. Pettersen, E. F., et al. UCSF Chimera-A visualization system for exploratory research and analysis. J Comp Chem. 25 (13), 1605-1612 (2004).
  21. PyRx-python prescription v. 0.8. , Available from: https://pyrx.sourceforge.io/ (2023).
  22. BIOVIA Discovery Studio 2017 R2: A comprehensive predictive science application for the Life Sciences. , Available from: https://www.3ds.com/products/biovia/discovery-studio (2023).
  23. Maestro. , Available from: https://www.schrodinger.com/platform/products/maestro/ (2024).
  24. Molecular operating environment (MOE). , Available from: https://www.chemcomp.com/en/Products.htm (2023).
  25. The Syntax, Vocabulary and APIs of HTML5. , Available from: https://dev.w3.org/html5/html-author/ (2023).
  26. Cascading Style Sheets. , Available from: https://www.w3.org/Style/CSS/ (2023).
  27. ECMAScript 2020 language specification, 11th edition. , Available from: https://www.ecma-international.org/publications-and-standards/standards/ecma-262/ (2023).
  28. Pieper, U., et al. ModBase, a database of annotated comparative protein structure models, and associated resources. Nucleic Acids Res. 39, Database D465-D474 (2011).
  29. Kiefer, F., Arnold, K., Kunzli, M., Bordoli, L., Schwede, T. The SWISS-MODEL Repository and associated resources. Nucleic Acids Res. 37, Database D387-D392 (2009).
  30. De Vries, S. J., Van Dijk, M., Bonvin, A. M. J. J. The HADDOCK web server for data-driven biomolecular docking. Nat Prot. 5 (5), 883-897 (2010).
  31. Grosdidier, A., Zoete, V., Michielin, O. SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS. Nucleic Acids Res. 39, suppl W270-W277 (2011).
  32. Kozakov, D., et al. The ClusPro web server for protein-protein docking. Nat Prot. 12 (2), 255-278 (2017).
  33. Santos, K. B., Guedes, I. A., Karl, A. L. M., Dardenne, L. E. Highly flexible ligand docking: Benchmarking of the DockThor program on the LEADS-PEP protein-peptide data set. J Chem Info Modeling. 60 (2), 667-683 (2020).
  34. Ribeiro, J. V., et al. QwikMD - Integrative molecular dynamics toolkit for novices and experts. Sci Rep. 6 (1), 26536(2016).
  35. Rodríguez Martínez, A., et al. ASGARD. A simple and automatic GROMACS tool to analyze Molecular Dynamic simulations. , (2023).
  36. Singh, H., Raja, A., Prakash, A., Medhi, B. Gmx_qk: An automated protein/protein-ligand complex simulation workflow bridged to MM/PBSA, based on Gromacs and Zenity-Dependent GUI for beginners in MD simulation study. J Chem Info Modeling. 63 (9), 2603-2608 (2023).
  37. Yekeen, A. A., Durojaye, O. A., Idris, M. O., Muritala, H. F., Arise, R. O. CHAPERONg: A tool for automated GROMACS-based molecular dynamics simulations and trajectory analyses. Comp Str Biotechnol J. 21, 4849-4858 (2023).
  38. Bayarri, G., Andrio, P., Hospital, A., Orozco, M., Gelpí, J. L. BioExcel building blocks workflows (BioBB-Wfs), an integrated web-based platform for biomolecular simulations. Nucleic Acids Res. 50 (W1), W99-W107 (2022).
  39. Vieira, I. H. P., et al. Visual dynamics: a WEB application for molecular dynamics simulation using GROMACS. BMC Bioinfo. 24 (1), 107(2023).
  40. Schüttelkopf, A. W., Van Aalten, D. M. F. PRODRG a tool for high-throughput crystallography of protein-ligand complexes. Acta Crystallographica Sect D Biol Crystallography. 60 (8), 1355-1363 (2004).
  41. Harikishore, A., et al. Adamantyl derivative as a potent inhibitor of Plasmodium FK506 binding protein 35. ACS Med Chem Lett. 4 (11), 1097-1101 (2013).
  42. Sousa Da Silva, A. W., Vranken, W. F. ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE. BMC Res Notes. 5 (1), 367(2012).
  43. Gromacs developmet and developers. , Available from: https://www.gromacs.org/development.html (2023).
  44. Andrio, P., et al. BioExcel building blocks, a software library for interoperable biomolecular simulation workflows. Sci Data. 6 (1), 169(2019).
  45. Páll, S., et al. Heterogeneous parallelization and acceleration of molecular dynamics simulations in GROMACS. J Chem Phys. 153 (13), 134110(2020).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Przedruki i uprawnienia

Przeglądaj więcej artykułów

Dynamika molekularnasymulacja Gromacskompleks białko-ligandpotok symulacyjnywybór pola siłowegoprzygotowanie ACPYPEmodel wody TIP3Pśredniokwadratowe odchylenieminimalizacja energii
Nowe funkcje w programie Visual Dynamics 3.0
Skontaktuj się z nami
Poleć bibliotece

Prywatność

Warunki korzystania z usługi

Zasady

Prawa autorskie © 2026 MyJoVE Corporation. Wszelkie prawa zastrzeżone.