Artykuł metodologiczny

In Situ Izolacja i hodowla opornych bakterii glebowych za pomocą chipa izolacyjnego (iChip)

3.3K wyświetleń

⸱

DOI:

10.3791/67692

⸱

6 sierpnia 2025

 ,  , ADSB-2024 Participant Cohort,  , 
1Department of Bioscience and Bioengineering, Indian Institute of Technology-Jodhpur, 2Department of Microbiology, Molecular Genetics, and Immunology, University of Kansas Medical Center

* These authors contributed equally

W tym artykule

Podsumowanie

Ten protokół opisuje projekt i użycie chipa izolacyjnego (iChip) do hodowli in situ opornych mikrobów glebowych w ich naturalnym środowisku. Opisano w nim również hodowlę in situ bakterii glebowych wytwarzających środki przeciwdrobnoustrojowe. Protokół można dostosować do odzyskiwania bakterii z różnych nisz o innych pożądanych właściwościach.

Streszczenie

Ekosystemy są schronieniem dla milionów mikrobów środowiskowych, niektóre z nich są zdolne do wytwarzania produktów biotechnologicznych, takich jak enzymy, witaminy, aminokwasy, kwasy organiczne, środki przeciwpasożytnicze i przeciwbakteryjne. Większość z tych bakterii środowiskowych jest uważana za "nienadającą się do hodowli", ponieważ metody hodowli laboratoryjnej nie spełniają ich wymagań żywieniowych/środowiskowych. Ponadto, ponieważ współistnieją one w przyrodzie, mogą być również zależne od składnika odżywczego/metabolitu wytwarzanego przez innego członka społeczności drobnoustrojów. Wprowadzenie do hodowli "niehodowlanej" różnorodności mikrobiologicznej będzie okazją do zbadania szerokiej gamy produktów bioaktywnych, które mogą one kodować. W artykule opisano implementację technologii iChip, wielokanałowej komory dyfuzyjnej opracowanej z myślą o wysokowydajnej hodowli in situ "niehodowlanych" bakterii. Biorąc pod uwagę globalne zagrożenie związane z opornością na środki przeciwdrobnoustrojowe, w artykule przedstawiono szczegółowy protokół hodowli in situ i odzyskiwania izolatów z mikrobiologicznej "ciemnej materii" zdolnej do wytwarzania środków przeciwdrobnoustrojowych. Protokół ten opisuje związane z tym kroki, począwszy od etapu pobierania próbek gleby, a skończywszy na odzyskiwaniu izolatów, i podkreśla prawdopodobne czynniki, które mogą mieć wpływ na powodzenie izolacji. Zastosowanie tej technologii nie tylko ułatwia izolację bakterii, które w przeciwnym razie nie nadają się do hodowli, w celu odkrycia antybiotyków, ale także umożliwia naukowcom zagłębienie się w złożoną ekologię gleby, którą można następnie wykorzystać do niezliczonych innych zastosowań.

Wprowadzenie

Bogate repozytoria wcześniej niezbadanych mikroorganizmów istnieją w naturalnych środowiskach, takich jak gleba, zbiorniki wodne i ekstremalne środowiska. Wykorzystanie tej ogromnej różnorodności biologicznej mikroorganizmów jest jednak wyzwaniem, ponieważ większości z nich nie można łatwo hodować przy użyciu tradycyjnych pożywek i metod laboratoryjnych. Anomalia wielkiej liczby płytek opisuje to zjawisko, podkreślając niezgodną liczbę mikroorganizmów, które można obserwować wizualnie, w porównaniu z tymi, które obserwuje się w pożywkach hodowlanych1. Ominięcie tej bariery i umożliwienie dostępu do niepowtarzalnej różnorodności mikroorganizmów i ich produktów mogłoby zaspokoić różne potrzeby biotechnologiczne.

Na przykład, rozwój oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe stał się zagrożeniem dla globalnego zdrowia publicznego. Duże korporacje farmaceutyczne niechętnie dążą do odkrywania nowych środków przeciwdrobnoustrojowych, co powoduje, że tempo odkrywania maleje w porównaniu z tempem pojawiania się oporności na istniejące antybiotyki2,3. W związku z tym istnieje pilna potrzeba odkrycia nowych środków przeciwdrobnoustrojowych4. Ponieważ zbiorowiska mikroorganizmów ewoluowały razem równocześnie lub konkurująco5, rozwinęły one potencjał do produkcji nowych związków chemicznych, które zwiększają ich szanse na przeżycie. Ogromna różnorodność mikroorganizmów środowiskowych i ich produktów nie została w pełni zbadana, ponieważ tradycyjne metody oparte na kulturach laboratoryjnych często prowadzą do izolacji podobnych, znanych drobnoustrojów. Dzieje się tak, ponieważ konwencjonalne pożywki i metody hodowlane są ukierunkowane na hodowlę drobnoustrojów istotnych dla człowieka i nie naśladują środowiska naturalnego. Projektowanie pożywek hodowlanych do hodowli mikroorganizmów środowiskowych jest trudne, ponieważ wzrost niektórych gatunków może wymagać różnych składników odżywczych, często wytwarzanych przez inne drobnoustroje w pobliżu, oraz określonych warunków środowiskowych.

Aby rozwiązać ten problem i hodować mikroorganizmy środowiskowe in situ, najpierw stworzono komory dyfuzyjne6. Komora dyfuzyjna to O-ring ze stali nierdzewnej. Przestrzeń w pierścieniu wypełnia się agarem nasiennym odpowiednim rozcieńczeniem próbki. Górna i dolna część pierścienia są następnie uszczelniane membranami poliwęglanowymi, które umożliwiają dyfuzję składników odżywczych i metabolitów pochodzących z gleby, jednocześnie zapobiegając infiltracji innych drobnoustrojów do komory6. Po wysianiu płytkę umieszcza się w środowisku, z którego pobierana jest próbka, aby umożliwić hodowlę in situ. Komora dyfuzyjna była bardzo wydajna i doprowadziła do wyhodowania wielu wcześniej nienadających się do hodowli mikroorganizmów. Jednak konstrukcja O-ringu z agarem stała się pracochłonna i niskoprzepustowa, pozostawiając otwartą przestrzeń problemową dla dalszych innowacji6. Wkrótce potem zaprojektowano chip izolacyjny (iChip), który był zdolny do hodowli in situ i jednoczesnego wysokowydajnego odzyskiwania czystych kultur7. Ten projekt jest koncepcyjnie taki sam jak komora dyfuzyjna, ale składa się z wielu kanałów, z których każdy działa jako niezależna komora dyfuzyjna, umożliwiając potencjalne odzyskanie pojedynczej mikrokolonii z każdej komory8. Ponowne wyobrażenie sobie projektu komory dyfuzyjnej znacznie zwiększyło wydajność technologii i umożliwiło izolację i hodowlę większej różnorodności biologicznej taksonów z gleby, wody morskiej9, hot springs10, itd. Tejksobaktyna, niedawno opisany antybiotyk, została odkryta zgodnie z technologią opisaną powyżej11. Wykazano nowy mechanizm działania przeciwdrobnoustrojowego i stwierdzono, że jest on śmiertelny wobec patogenów powodujących infekcje inwazyjne, co pokazuje, że wysokowydajna izolacja mikroorganizmów z mikrobiologicznej "ciemnej materii" może być skutecznie usprawniona w celu odkrywania biotechnologicznie istotnych produktów naturalnych przy użyciu tej technologii12.

Ten artykuł służy jako przewodnik proceduralny do skutecznego wdrożenia tej wysokoprzepustowej technologii do hodowli in situ i odzyskiwania opornych bakterii wytwarzających środki przeciwdrobnoustrojowe z glebowej mikrobiologicznej "ciemnej materii". Protokół określa projekt chipa izolacyjnego, pobieranie próbek, przygotowanie próbek, wysiew, inkubację i odzysk. Chociaż przedstawiony protokół demonstruje hodowlę in situ mikroorganizmów z gleby, to samo można łatwo zaadaptować do hodowli in situ mikroorganizmów z dowolnego środowiska. Wysoka przepustowość tej technologii może zwiększyć prawdopodobieństwo odkrycia nowych mikroorganizmów i wykorzystania ich potencjału biosyntetycznego do różnych zastosowań biotechnologicznych.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Protokół

1. Projektowanie i druk 3D

  1. Wybierz konstrukcję i rozmiar w zależności od rodzaju próbki, objętości w komorze dyfuzyjnej, wymiarów membrany, która ma być użyta, oraz wymaganej przepustowości (liczby komór dyfuzyjnych).
    UWAGA: Grubość środkowej płyty i średnica każdego kanału określają objętość każdej cylindrycznej komory dyfuzyjnej. Rozmiar zależy od liczby poszczególnych komór dyfuzyjnych, które mają być umieszczone, a wymiary membrany zależą bezpośrednio od liczby komór dyfuzyjnych objętych (Rysunek 1).
  2. Użyj opcji wstawiania kształtów w dowolnym programie do prezentacji, aby wstawić okręgi o niezbędnych wymiarach, aby służyły jako iChip. Wstaw mniejsze okręgi w środku, aby reprezentować kanały. Ułóż mniejsze kółka w żądany wzór, aby przygotować wstępny projekt płyty górnej/dolnej i środkowej. Wybierz projekt i użyj menu prawego przycisku myszy, aby zapisać wstępny projekt jako obraz.
  3. Korzystając ze wstępnego projektu jako szablonu, rozpocznij tworzenie projektu dwuwymiarowego (2D) za pomocą oprogramowania do projektowania wspomaganego komputerowo (CAD).
    1. Z menu szkicu wstaw predefiniowane kształty, głównie okręgi, aby utworzyć podstawowy projekt blach i układu kanałów.
    2. Użyj opcji wymiarowania, aby ustawić rzeczywiste wymiary blach i ceowników. Kliknij OK, aby sfinalizować projekt, a następnie użyj funkcji wyciągnięcia, aby przekształcić projekt 2D w model 3D o żądanej grubości.
    3. Na koniec użyj menu pliku Zapisz, aby zapisać kopię modelu 3D w formacie pliku stereolitografii (STL), kompatybilnym z drukiem 3D.
  4. Wybierz materiał do druku w oparciu o pożądane zastosowanie, biorąc pod uwagę takie czynniki, jak preferowana metoda sterylizacji i miejsce sadzenia. Na przykład wybierz materiał odporny na temperaturę, jeśli autoklawowanie będzie używane do sterylizacji lub jeśli będą sadzone w miejscu, w którym temperatura jest wysoka.
    UWAGA: Druk 3D w tym eksperymencie został wykonany przy użyciu materiału ceramicznego, który może wytrzymać wysokie temperatury do 268 °C i dlatego można go sterylizować w autoklawie.
  5. Wybierz odpowiednią metodę druku 3D, w zależności od wymiarów (szczegółu i rozdzielczości) oraz użytego materiału.
    UWAGA: Druk 3D przy użyciu stereolitografii, metody wytwarzania przyrostowego, może tworzyć skomplikowane struktury poprzez utwardzanie żywicy termoutwardzalnej za pomocą lasera ultrafioletowego (UV). Stereolitografia może być używana z kilkoma materiałami i pozwala na doskonałe wykończenie powierzchni i wysoką rozdzielczość szczegółów.

2. Pobieranie próbek gleby

  1. Pobierz i zainstaluj aplikację mobilną do geokodowania, która umożliwia identyfikację witryn o wymiarach 3 m x 3 m na całym świecie poprzez podanie unikalnego adresu witryny składającego się z 3 słów z dowolnego sklepu z aplikacjami mobilnymi. Zidentyfikuj miejsce do pobrania próbki gleby. Następnie otwórz aplikację mobilną geokodowania, aby zidentyfikować interesującą Cię witrynę i jej unikalny adres składający się z trzech słów.
  2. Zapisz niepowtarzalny trzywyrazowy adres, datę, godzinę, głębokość, na której ma zostać pobrana próbka, warunki pogodowe, życie roślin i zwierząt w pobliżu, ekspozycję miejsca oraz temperaturę miejsca (powierzchnia i podpowierzchnia na żądanej głębokości).
    UWAGA: Gleba może zawierać bakterie chorobotwórcze. Dlatego należy stosować odpowiednie środki ochrony osobistej (rękawice, fartuchy laboratoryjne itp.) i postępować zgodnie z protokołami odpowiednimi dla poziomu bezpieczeństwa biologicznego 2. Zminimalizuj kontakt, aby zapobiec zanieczyszczeniu i narażeniu próbki. Zdezynfekuj powierzchnię roboczą przed i po kontakcie z próbkami gleby.
  3. Odkadź łopatę, spryskując ją 70% etanolem i wycierając do czysta. Odkaż pudełko styropianowe, w którym ma zostać zebrana ziemia, spryskując je 70% etanolem i wycierając do czysta. Poczekaj, aż resztki etanolu całkowicie wyschną, zanim przejdziesz dalej.
    UWAGA: Chociaż w protokole tym do pobrania próbki i przeprowadzenia inkubacji wykorzystuje się pudełko z polistyrenu, w razie potrzeby można również zastosować alternatywy, takie jak szklane i metalowe pojemniki.
  4. Usuń materiał roślinny, ściółkę z liści i/lub kamienie z powierzchni, aby odsłonić wierzchnią warstwę gleby. Ponownie odkaż łopatę, jak poprzednio, usuń wierzchnią warstwę gleby i oceń glebę na głębokości 3-6 cali pod powierzchnią. Użyj linijki, aby zmierzyć głębokość od powierzchni. Za pomocą łopaty wysterylizowanej powierzchniowo zbierz 4-5 kg gleby z żądanej głębokości do styropianowego pudełka.
  5. Zamknij pudełko pokrywką. Jeżeli ma zostać pobrana więcej niż jedna próbka, należy odkazić łopatę między dwoma miejscami pobierania próbek, aby uniknąć zanieczyszczenia krzyżowego. Po pobraniu wszystkich próbek należy je natychmiast przetransportować z powrotem do laboratorium.

3. Przygotowanie próbki do siewu

  1. Z pobranej próbki gleby odważyć 1 g gleby wolnej od gruzu, kamieni i ściółki z liści do sterylnej probówki wirówkowej o pojemności 50 ml zawierającej 10 ml sterylnego roztworu soli fizjologicznej.
    UWAGA: Zachowaj część próbki gleby jako zapasy glicerolu13,14 w temperaturze -80 °C, aby zachować rodzimą populację drobnoustrojów na przyszłe wymagania.
  2. Wymieszaj glebę z solą fizjologiczną, wirując przez około 10 sekund, aby uzyskać zawiesinę glebową. Pozostaw probówkę wirówkową w spokoju przez 5 minut, aby duże cząstki gleby w probówce mogły się uspokoić. Następnie ostrożnie przenieść zawiesinę gleby sklarowanej nad osadem do świeżej probówki oznaczonej jako "S".
  3. Używając zawiesiny glebowej jako nierozcieńczonej próbki, przeprowadzić seryjne rozcieńczanie, przenosząc 1 ml próbki do 9 ml sterylnego roztworu soli fizjologicznej w świeżej probówce. Przygotować roztwory od 10-1 do 10-5,
    UWAGA: Liczba płytek rozcieńczonych zawiesin glebowych na pożywkach nieselektywnych może dostarczyć pewnych informacji na temat gęstości bakterii w próbce, które można wykorzystać do wyboru odpowiedniego rozcieńczenia do siewu. Należy jednak pamiętać, że jest to tylko oszacowanie bakterii zdolnych do hodowli obecnych w próbce.

4. Siew i montaż

  1. Wewnątrz komory bezpieczeństwa biologicznego powierzchnię odkaż górną płytę, dolną płytę i środkową płytę, mocząc w 70% etanolu przez 10 minut. Spłucz nadmiar etanolu, myjąc płytki sterylną dejonizowaną wodą i pozostaw do wyschnięcia na sterylnej szalce Petriego.
  2. Umieść środkową płytkę na sterylnej szalce Petriego, gotową do wysiewu. Następnie rozpuść pożywkę agarową SMS w kuchence mikrofalowej, pozwól jej ostygnąć i przenieś 22,5 ml agaru SMS w temperaturze 45 °C do probówki wirówkowej o pojemności 50 ml.
  3. Do tego dodać 2,5 ml odpowiedniego rozcieńczenia próbki gleby i dobrze wymieszać przez delikatną inwersję, unikając przy tym wprowadzania pęcherzyków powietrza.
    UWAGA: Wybierz odpowiednie rozcieńczenie do wysiewu. Aby uzyskać końcową gęstość wysiewu, jak w rozcieńczeniu 10-4, należy wybrać zawiesinę 10-3, ponieważ próbka zostanie następnie rozcieńczona 10-krotnie w podłożu używanym do siewu.
    1. Wybierz rozcieńczenie wysiewu, aby unieruchomić 1 komórkę na komorę, która może następnie przekształcić się w kolonię in situ.
      UWAGA: Woda destylowana może być również używana zamiast podłoża SMS, aby naśladować środowisko glebowe i umożliwić rozwój mikroorganizmów, które rozwijają się tylko w takich warunkach. Opcjonalnie do podłoża siewnego można również dodać środki przeciwgrzybicze, takie jak cykloheksymid, aby uniknąć rozwoju grzybów.
  4. Powoli wlej 3-4 ml pożywki agarowej SMS z nasionami na środkową płytkę, pokrywając całą powierzchnię. Następnie pozwól pożywce agarowej SMS zastygnąć przez około 5-10 minut. Sprawdź, czy podłoże agarowe SMS jest ustawione. Następnie za pomocą sterylnej żyletki zeskrob nadmiar agaru SMS z powierzchni płytki, pozostawiając zatyczki agarowe w poszczególnych komorach dyfuzyjnych.
  5. Po wyjęciu arkusza ochronnego z jednego z filtrów membranowych z poliwęglanu 0,03 μm, umieść go ostrożnie po wewnętrznej stronie górnej płyty za pomocą sterylnych kleszczyków. Następnie umieść kolejny filtr membranowy z poliwęglanu 0,03 μm po odsłoniętej stronie środkowej płytki z nasionami za pomocą sterylnych kleszczyków.
  6. Umieść górną i dolną płytę, umieszczając środkową płytę i membrany poliwęglanowe, uważając, aby wyrównać otwory na we wszystkich płytach, aby zakończyć montaż (Rysunek 1B). Dokręć nakrętki i, aby zabezpieczyć zespół.
    UWAGA: Dobrą praktyką jest równoległe zmontowanie iChipa kontrolnego z wyłącznie sterylnym agarem SMS, bez wysiewu, i posadzenie go w glebie wraz z wysiewem w celu sprawdzenia szczelności. Wykluczyłoby to ewentualne przedostawanie się drobnoustrojów ze środowiska i działałoby jako kontrola negatywna.

5. Uprawa in situ i odzysk

  1. Za pomocą sterylnej łopaty należy utworzyć wgłębienie większe niż rozmiar iChipa w glebie zebranej w pudełku styropianowym. Posadź zespół pionowo w zagłębieniu i mocno upakuj ziemią, upewniając się, że wszystkie powierzchnie są całkowicie pokryte. Następnie pozwól na hodowlę in situ przez pożądany czas od 2 do 4 tygodni. Podczas inkubacji należy okresowo nawilżać glebę sterylną wodą destylowaną, aby zapobiec wysychaniu zatyczek agarowych SMS z nasionami w komorach dyfuzyjnych.
    UWAGA: Umieszczenie zestawu w pozycji pionowej zapobiega ciągłemu przesiąkaniu wody przez komory dyfuzyjne podczas regularnego nawilżania gleby, co może mieć miejsce, jeśli jest sadzony poziomo.
  2. Po pożądanej inkubacji delikatnie usuń glebę wokół posadzonego iChipa, aby ją odzyskać. Następnie umyj go sterylnym solą fizjologiczną, aby usunąć przylegające cząstki gleby i przenieś go do komory bezpieczeństwa biologicznego w celu dalszej obróbki.
  3. Odkręć nakrętki i od zespołu. Następnie ostrożnie go zdemontuj. Za pomocą sterylnych kleszczyków usuń membrany poliwęglanowe i przenieś środkową płytkę na przygotowaną szalkę Petriego.
  4. Użyj sterylnych drewnianych aplikatorów, aby odzyskać poszczególne korki agarowe w każdej komorze dyfuzyjnej. Zaszczep zatyczki agarowe w odpowiednich podłożach, takich jak agar SMS lub 0,1x tryptyczny agar sojowy, aby spróbować uprawy laboratoryjnej.
    UWAGA: Hodowane izolaty mogą być następnie badane pod kątem produkcji środków przeciwdrobnoustrojowych za pomocą rutynowych metod, takich jak agar overlay15.
  5. Alternatywnie, wybarwić i zobrazować odzyskane korki agarowe zawierające hodowane in situ, oporne bakterie glebowe, aby potwierdzić wzrost mikrokolonii w warunkach in situ.
    UWAGA: Aby zwiększyć czułość wykrywania, zmiażdżony korek agarowy można również wybarwić za pomocą barwników fluorescencyjnych, które mogą barwić bakterie, a następnie za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

Chip używany w tym protokole został zaprojektowany, wydrukowany w 3D i zmontowany, jak pokazano w Rysunek 1. Przegląd opisanego protokołu jest pokazany w Rysunek 2. Próbka gleby użyta w eksperymencie została pobrana z kampusu IIT Jodhpur w Radżastanie w Indiach. Unikalny trzywyrazowy adres lokalizacji brzmiał: "communicate.supervising.recurrence". Wybrano lokalizację w strefie półpustynnej o temperaturze 40 °C w dniu pobierania próbek. Próbkę gleby pobrano w śro...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Dyskusja

Liczne unikalne siedliska na Ziemi są domem dla odrębnych zbiorowisk drobnoustrojów, które reprezentują ogromną różnorodność. Pozostaje to niezbadane ze względu na ograniczenia w zapewnieniu odpowiednich warunków wzrostu wymaganych do ich uprawy. Niektóre bakterie są zależne od metabolitów uwalnianych przez inne, aby przetrwać, a zatem nie są w stanie samodzielnie przetrwać w warunkach laboratoryjnych. Ponadto bakterie odgrywają również kluczową rolę w orkiestracji cykli biogeochemicznych, których nie można naśladować w ...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Oświadczenia

Autorzy nie ujawniają konfliktu interesów.

Podziękowania

A.V. był wspierany przez program Stypendium Badawczego Premiera (PMRF), Rządu Indii. V.V. był wspierany przez program Innovation in Science Pursuit for Inspired Research Fellowship (INSPIRE) przez Departament Nauki i Technologii Rządu Indii. Wizyta I.B. została częściowo sfinansowana ze stypendium Fulbrighta APE z USIEF. Autorzy dziękują Wydziałowi Nauk Biologicznych i Bioinżynierii oraz Indyjskiemu Instytutowi Technologii Jodhpur za wsparcie logistyczne i zapewnienie infrastruktury dla tych prac. Z wdzięcznością dziękujemy za pomoc techniczną ze strony dr Sudarshny Negi, pani Aastha Kapoor, pana Tamal Dey, pana Bharata Pareeka, pana Ajeet Singha i innych członków Laboratorium Fizjologii Drobnoustrojów, IIT Jodhpur.

ADSB-2024 Kohorta uczestników

Kohorta uczestników krótkiego kursu na temat odkrywania antybiotyków w bakteriach glebowych (ADSB) 2024, zorganizowanego na Wydziale Nauk Biologicznych i Bioinżynierii, Indyjskiego Instytutu Technologii Jodhpur (nazwiska wymienione alfabetycznie):

Abinash Kumar Jena, Banishree Jali, Bharat Gurnani, Bharat Pareek, Dipro Mukherjee, Garima Kanwar Shekhawat, GT Vishnu, Jayita Sarkar, Krishna Saharan, Kriti Singhal, Lekh Raj, Mitta Bindusree, Phulen Sarma, Priyanka Kumari, Rachana Dinesh, Satyendra Singh i Swathi Sujith

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
Drukarka 3DProtolabs, USA1631-833Dostawca usług druku 3D
Agarose Himedia, IndieMB002Składnik podłoża
CasaminokwasySisco, Indie68806Składnik podłoża
Kazeina Digest ASES, IndieC5890Komponent medialny
Membrana poliwęglanowaSterlitech, USAPCT00347100Materiały eksploatacyjne
Skrobia ziemniaczanaHimedia, IndieGM403Komponent multimedialny
PowerPointMicrosoft, USA NiedotyczySłuży do tworzenia komponentów iChip projekt wstępny
PTC CreoPTC, USAN/AUżywany do komputerowego wspomagania 3D modelowanie komponentów iChip
Tryptic Soy BrothHimedia, IndieM011Podłoże laboratoryjne
What3WordsWhat3Words, Wielka BrytaniaNie dotyczySłuży do rejestrowania współrzędnych miejsca pobierania próbek

Bibliografia

  1. Ekkers, D. M., Cretoiu, M. S., Kielak, A. M., Van Elsas, J. D. The great screen anomaly-a new frontier in product discovery through functional metagenomics. Appl Microbiol Biotechnol. 93 (3), 1005-1020 (2012).
  2. da Cunha, B. R., Fonseca, L. P., Calado, C. R. C. Antibiotic discovery: Where have we come from, where do we go. Antibiotics. 8 (2), 8020045(2019).
  3. Rafiq, M., et al. Challenges and approaches of culturing the unculturable archaea. Biology. 12 (12), 1499(2023).
  4. Miethke, M., et al. Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics. Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).
  5. Liu, X., Wang, M., Nie, Y., Wu, X. L. Isolation chip increases culturable bacterial diversity and reduces cultivation bias. Curr Microbiol. 78 (5), 2025-2032 (2021).
  6. Bollmann, A., Lewis, K., Epstein, S. S. Incubation of environmental samples in a diffusion chamber increases the diversity of recovered isolates. Appl Environ Microbiol. 73 (20), 6386-6390 (2007).
  7. Nichols, D., et al. Use of iChip for high-throughput in situ cultivation of "uncultivable" microbial species. Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).
  8. Polrot, A., Kirby, J. R., Olorunniji, F. J., Birkett, J. W., Sharples, G. P. iChip increases the success of cultivation of TBT-resistant and TBT-degrading bacteria from estuarine sediment. World J Microbiol Biotechnol. 38 (10), (2022).
  9. Jung, D., Liu, L., He, S. Application of in situ cultivation in marine microbial resource mining. Mar Life Sci Technol. 3 (2), 148-161 (2021).
  10. Zhao, J., Shakir, Y., Deng, Y., Zhang, Y. Use of modified iChip for the cultivation of thermo-tolerant microorganisms from the hot spring. BMC Microbiol. 23 (1), (2023).
  11. Piddock, L. J. V. Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology. J Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).
  12. Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. Antibiotic discovery: combining isolation chip (iChip) technology and co-culture technique. Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).
  13. Sessitsch, A., Gyamfi, S., Stralis-Pavese, N., Weilharter, A., Pfeifer, U. RNA isolation from soil for bacterial community and functional analysis: evaluation of different extraction and soil conservation protocols. J Microbiol Methods. 51 (2), 171-179 (2002).
  14. Enright, D. J., Quaal, R., Verabeehu, A., Nguyen, A., Maddox, J., Glassman, S. I. Evaluating Best Practices for Isolating Pyrophilous Bacteria and Fungi from Burned Soil. bioRxiv. , (2024).
  15. Nkanga, E. J., Hagedorn, C. Detection of antibiotic-producing Streptomyces inhabiting forest soils. Antimicrob Agents Chemother. 14, 51-59 (1978).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Przedruki i uprawnienia

Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE

Poproś o pozwolenie

Tagi

hodowla in situizolacja bakterii glebowychbakterie trudno hodowalnemikroorganizmy rodowiskoweodkrywanie lek w przeciwdrobnoustrojowychhodowla wysokoprzepustowakomora dyfuzyjnapobieranie pr bek glebymikrobowa ciemna materia

Powiązane artykuły