Artykuł metodologiczny

Ilościowa analiza reakcji łańcuchowej polimerazy błony śluzowej żołądka w celu wykrycia Helicobacter pylori i oporności na antybiotyki

1.1K wyświetleń

⸱

DOI:

10.3791/67704

⸱

7 marca 2025

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Laboratory Medicine, Guangdong Provincial People's Hospital (Guangdong Academy of Medical Sciences), Southern Medical University

* These authors contributed equally

W tym artykule

Podsumowanie

Szybka i dokładna metoda wykrywania H. pylori i testowania oporności na leki jest bardzo ważna dla skutecznego zwalczania H. pylori w praktyce klinicznej. Protokół ten ma na celu przedstawienie specyficznej metodologii obejmującej ilościową reakcję łańcuchową polimerazy błony śluzowej żołądka (qPCR) w celu szybkiego wykrywania H. pylori i oporności na antybiotyki.

Streszczenie

Helicobacter pylori jest głównym patogenem, który infekuje prawie połowę światowej populacji i zagraża zdrowiu publicznemu ze względu na rosnącą oporność na antybiotyki. Poza tym Helicobacter pylori jest również odpowiedzialny za przewlekłe zapalenie błony śluzowej żołądka, wrzody żołądka i dwunastnicy, raka żołądka i chłoniaka z tkanki limfatycznej związanej z błoną śluzową żołądka (MALT). Dlatego tak ważne jest terminowe i dokładne zdiagnozowanie H. pylori oraz określenie jego oporności na antybiotyki. Obecnie istniejące metody diagnozowania H. pylori obejmują głównie szybki test ureazowy (RUT), mocznikowy test oddechowy (UBT), test przeciwciał w surowicy, test antygenowy, gastroskopię i hodowlę bakterii. Jednak bakterie nie mogły być hodowane za pomocą pierwszych pięciu metod wykrywania, nie wspominając o wykrywaniu oporności na leki. Posiew bakteryjny jest czasochłonny, a testy wrażliwości na antybiotyki nie mogą być przeprowadzane szybko i rutynowo. W warunkach klinicznych szybka i precyzyjna identyfikacja H. pylori i jej podatności na antybiotyki ma kluczowe znaczenie dla jego skutecznej eliminacji. Celem tego protokołu jest nakreślenie ukierunkowanego podejścia wykorzystującego ilościową reakcję łańcuchową polimerazy (qPCR) na próbkach błony śluzowej żołądka w celu przyspieszenia diagnozy H. pylori i oceny jej oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe. qPCR wykorzystano do wykrycia genu mocznika A odpowiedzialnego za zakażenie H. pylori i mutacje w genach 23S rRNA i gyrA związane z opornością odpowiednio na klarytromycynę i chinolony. Obecnie nadal istnieją wyzwania związane z qPCR błony śluzowej żołądka ze względu na brak standardowych procedur operacyjnych. W związku z tym konieczne jest dzielenie się metodologiami ze szczegółami eksperymentalnymi, aby zapewnić dokładne przekazywanie procedur eksperymentalnych, przyczyniając się do tworzenia protokołów o złotym standardzie, które zapewniają większą przejrzystość. Ogólnie rzecz biorąc, protokół ten stanowi ekonomiczną i szybką alternatywę dla konwencjonalnych metod oceny zakażenia H. pylori i jego oporności na antybiotyki poprzez zastosowanie technologii ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (qPCR).

Wprowadzenie

H. pylori to bakteria Gram-ujemna, która może przetrwać w obecności niskiego poziomu tlenu. Organizm należy do kilku odrębnych populacji genetycznych i wykazuje dużą różnorodność genetyczną. Chociaż organizm ma zwykle spiralny kształt, można go zmienić w rod1. Jest to główny patogen, który infekuje prawie 50% światowej populacji2. Do zakażenia dochodzi przeważnie, gdy pacjenci pozostają zdrowymi nosicielami w dzieciństwie, a objawy pojawiają się później w wieku dorosłym. Doniesiono, że jest on związany z przewlekłym zapaleniem błony śluzowej żołądka, wrzodami żołądka i dwunastnicy, rakiem żołądka i chłoniakiem tkanki limfatycznej związanej z błoną śluzową żołądka (MALT) 3. Różnice w objawach zakażenia H. pylori mogą wynikać z elementów chorobotwórczości różnych szczepów bakterii, a także cech gospodarza i jego wzorców żywieniowych4. Badania wskazują, że mężczyźni, którzy angażują się w palenie tytoniu i spożywanie alkoholu, są bardziej narażeni na zakażenie H. pylori5. Skuteczność eliminacji H. pylori w zapobieganiu rakowi żołądka i zmianom przedrakowym została potwierdzona w kilku badaniach6,7. W związku z tym Międzynarodowa Agencja Badań nad Rakiem Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) zaleciła zwalczanie H. pylori jako środek zapobiegawczy przez Międzynarodową Agencję Badań nad Rakiem8.

Szybka i dokładna diagnoza zakażenia H. pylori jest kluczowym elementem leczenia dla większości osób cierpiących na bezobjawową niestrawność. Rozpoznanie H. pylori obejmuje połączenie metod zarówno inwazyjnych, jak i nieinwazyjnych. Techniki inwazyjne zazwyczaj obejmują endoskopię do bezpośredniej wizualizacji, analizę histologiczną próbek tkanek, szybki test ureazy (RUT) w celu wykrycia aktywności bakteryjnej oraz hodowlę bakterii. Z drugiej strony, strategie nieinwazyjne obejmują mocznikowy test oddechowy (UBT), który mierzy metabolizm bakterii; test antygenu kału (SAT), który wykrywa białka bakteryjne w kale; testy serologiczne, które szukają przeciwciał we krwi; oraz diagnostyka molekularna, która wykorzystuje materiał genetyczny do wykrywania. Chociaż każda z tych metod diagnostycznych ma swój własny zestaw zalet i wad, w sferze praktyki klinicznej nie ma jednej metody, która byłaby powszechnie uznawana za ostateczny punkt odniesienia9.

Obecnie, głównym sposobem leczenia infekcji H. pylori są antybiotyki. Jednak wskaźniki powodzenia terapii przeciwdrobnoustrojowych mających na celu wyeliminowanie H. pylori spadają, co można przypisać różnym czynnikom. Podejrzewa się, że głównymi przyczynami nieskuteczności leczenia jest oporność bakterii na środki przeciwdrobnoustrojowe oraz przestrzeganie przez pacjentów przepisanego schematu10. W szczególności szczepy H. pylori, które są oporne na klarytromycynę, były przedmiotem szeroko zakrojonych badań11. Częstość występowania takiego oporu wzrasta w wielu krajach. Oporność na H. pylori wynika głównie z mutacji w genie zmiennego regionu 23S rRNA, który powoduje zmiany konformacyjne w rybosomie. W związku z tym zmienia się miejsce wiązania klarytromycyny, co prowadzi do osłabienia powinowactwa między H. pylori a klarytromycyną, zapobiegając hamowaniu syntezy białek bakteryjnych12. Wiadomo, że mutacje w pozycjach A2143G, A2142G i A2142C w segmencie 2,9 kb genu 23S rRNA nadają oporność na klarytromycynę. Rozprzestrzenianie się oporności na fluorochinolony było również przedmiotem licznych badań. Badania udokumentowały wskaźniki oporności na lewofloksacynę na poziomie 34,5% w Chinach i 22,1% we Włoszech13. Leki chinolonowe działają głównie na topoizomerazę II H. pylori poprzez hamowanie aktywności enzymu, wpływając na syntezę i replikację DNA oraz strukturę drugorzędową, osiągając w ten sposób cele przeciwbakteryjne. Jeśli dojdzie do mutacji w genach kodujących podjednostki topoizomerazy, gyrA i gyrB, zapobiegnie to wiązaniu antybiotyków, takich jak lewofloksacyna i enzym, co spowoduje niezdolność do zahamowania replikacji genomu H. pylori, powodując w ten sposób oporność. Wśród nich punkty zapalne mutacji w genie gyrA są skoncentrowane na aminokwasach 87 i 91, podczas gdy mutacje w genie gyrB występują rzadziej i często towarzyszą im mutacje w gyrA14. Loci mutacji genu oporności na lewofloksacynę obejmują głównie sześć miejsc mutacji (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) zlokalizowanych w genie zakrętuA. Identyfikacja mechanizmów oporności wynikających ze zmian genetycznych doprowadziła do stopniowego przejścia w wykrywaniu H. pylori, odchodząc od metod opartych na hodowlach na rzecz molekularnych technik diagnostycznych.

UBT i SAT są najczęściej wybieranymi testami nieinwazyjnymi, ale nie mogą dostarczyć informacji o wrażliwości na leki. W związku z tym opracowanie szybkiej i kompleksowej techniki wykrywania H. pylori i oceny jej oporności na leki ma kluczowe znaczenie dla jego skutecznej eliminacji w warunkach klinicznych15. Wśród technik wykrywania molekularnego nastąpił znaczny postęp w ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (qPCR). W przeciwieństwie do standardowego PCR, qPCR eliminuje potrzebę elektroforezy żelowej i umożliwia precyzyjną ocenę ilościową DNA lub RNA poprzez włączenie określonych starterów i sond podczas fazy wyżarzania. Dostępne na rynku zestawy qPCR oferują teraz możliwość identyfikacji zakażeń H. pylori i oporności na leki16.

Zasadniczo, istnieje natychmiastowa kliniczna potrzeba podejścia diagnostycznego, które jest zarówno skuteczne, jak i wszechstronne, zdolne do jednoczesnego wykrywania infekcji H. pylori i oceny oporności na leki. Przyjęliśmy analizę qPCR błony śluzowej żołądka do wykrywania H. pylori i oporności na antybiotyki przy użyciu różnych sond starterowych.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Protokół

Istniejące badanie zostało przeprowadzone zgodnie z zasadami etycznymi ustalonymi przez komisję etyczną Szpitala Ludowego Prowincji Guangdong, Południowego Uniwersytetu Medycznego, Guangzhou, Chiny (Numer zatwierdzenia: KY2024-1115-01). Do badania włączono pacjentów w wieku od 18 do 60 lat. Z tego badania wykluczono uczestników, którzy niedawno przyjmowali antybiotyki, przeciwbakteryjne leki ziołowe, inhibitory pompy protonowej (IPP) lub antagonistów receptoraH2 w ciągu 2 tygodni przed testem. Ponadto osoby, które przeszły terapię anty-H. pylori w ciągu ostatnich 3 miesięcy lub osoby z poważnymi problemami z sercem, wątrobą lub nerkami, ciężką neuropatią lub zaburzeniami psychicznymi, nie kwalifikowały się do udziału. Wykluczone zostały osoby z przeciwwskazaniami do badania gastroskopiowego, takimi jak perforacja przewodu pokarmowego, zaawansowany wiek, niestabilne parametry życiowe itp. W badaniu nie uwzględniono również kobiet w ciąży i karmiących piersią. Formularz świadomej zgody uczestników obejmuje głównie następujące treści: (1) tło i cel badań; (2) Kto nie nadaje się do udziału w tym projekcie badawczym? (3) Jakie wymagania należy spełnić, aby wziąć udział w badaniu? (4) Możliwe korzyści z udziału w badaniach; (5) Możliwe działania niepożądane, ryzyko i dyskomfort; (6) Ochrona prywatności; (7) Prawa podmiotowe; (8) Deklaracja przedmiotowa; (9) Oświadczenie badacza, itp.

1. Pobieranie próbek błony śluzowej żołądka

  1. Przygotowanie materiałów eksploatacyjnych do pobierania próbek
    1. Przygotować probówkę do pobierania próbek zawierającą roztwór do przechowywania.
    2. Przygotuj kleszcze do biopsji gastroskopu.
  2. Przygotowanie obiektów do pobierania próbek
    1. Pobieraj próbki od pacjentów z przewlekłym zapaleniem błony śluzowej żołądka, wrzodem żołądka, wrzodem dwunastnicy, rakiem żołądka lub podejrzanymi pacjentami. Pobieraj próbki z zachowaniem procedur aseptycznych.
      UWAGA: Pobrane próbki obejmowały tkankę błony śluzowej żołądka od pacjentów lub pacjentów podejrzanych o zakażenie.
    2. Potwierdź historię zażywania narkotyków.
      1. Upewnij się, że w ciągu 4 tygodni pacjent nie przyjmuje antybiotyków i bizmutu przeciwko H. pylori i że w ciągu 2 tygodni nie przyjmuje żadnych inhibitorów kwasów.
      2. Poproś pacjentów przyjmujących leki przeciwzakrzepowe (warfaryna, aspiryna, klopidogrel itp.) o zaprzestanie przyjmowania leków na 5-7 dni.
  3. Pobieranie próbek
    1. Miejsce pobierania próbek
      1. Zgodnie z wymaganiami nowego systemu Sydney, należy pobrać próbki biopsji z antrum żołądka, dużego i małego zgięcia ciała żołądka oraz kącika żołądka (w sumie 5 punktów). Konkretne strony są pokazane w Rysunek 1. Małe zgięcie zatoki odźwiernikowej 2-3 cm od pierścienia odźwiernika (A1) i duże zgięcie (A2); 4 cm od brzucha (B1) i duże zagięcie 8 cm od wpustu (B2); kącik żołądkowy (IA).
      2. Zgodnie z konsensusem ekspertów w sprawie standaryzacji endoskopowej biopsji przewodu pokarmowego i badania patologicznego w Chinach (projekt), próbki z biopsji należy pobrać z małej strony zatoki żołądkowej 5 cm od odźwiernika (przylegającego do kącika żołądkowego) lub dużej strony kącika żołądka (biopsja 1-2 sztuki).
    2. Opis miejsca pobierania próbek specjalnych
      1. U pacjentów poddawanych jakiemukolwiek leczeniu, po odstawieniu przez 4 tygodnie, należy pobrać jednocześnie próbki antrum żołądka i ciała żołądka.
      2. W przypadku pacjentów z rakiem żołądka należy pobrać tkankę z dużej krzywizny żołądka, ale nie z tkanki nowotworowej.
      3. W przypadku pacjentów z wrzodami żołądka należy pobrać antrum żołądka i tkankę brzegową wrzodu żołądka. Nie zbieraj dna owrzodzenia.
      4. W przypadku pacjentów z zanikowym zapaleniem błony śluzowej żołądka należy pobrać antrum żołądka i ciało żołądka. Nie należy pobierać próbek z obszarów atrofii błony śluzowej żołądka i metaplazji jelitowej.
    3. Etapy pobierania próbek
      1. Otwórz zawór zaciskowy do biopsji i powoli przesuwaj go do ręki dominującej. Gdy głowa kleszczy znajdzie się w polu widzenia, otwórz klapkę zaciskową i manipuluj endoskopem na błonie śluzowej żołądka w miejscu pobrania próbki.
      2. Lekko dociśnij, zamknij kleszcze biopsyjne i zaciśnij tkankę błony śluzowej żołądka (średnica: 0,5-1 mm, około 5-10 mg/blok). Pobrać próbki tkanek za pomocą szczypiec w probówce do pobierania próbek (w tym płynu konserwującego), aby uzupełnić to miejsce.
      3. Kontynuować pobieranie próbek z innych miejsc i umieścić je w tej samej probówce do pobierania próbek (wraz z roztworem konserwującym).
      4. Zakończ pobieranie próbek ze wszystkich miejsc, dokręć pokrywę probówki do pobierania próbek i uszczelnij, aby zapobiec wysuszeniu. Oznacz probówki unikalnym numerem identyfikacyjnym na zewnątrz.
      5. Pobrane próbki należy jak najszybciej przekazać do badań. Nie umieszczaj próbek w temperaturze pokojowej (RT) na dłużej niż 24 godziny. Unikaj wielokrotnego zamrażania i rozmrażania próbek klinicznych podczas transportu na duże odległości. Jeżeli nie można zapewnić temperatury od -20 ± 5 °C, należy je transportować w temperaturze 0-8 °C. Próbki należy przechowywać przez okres pięciu miesięcy w temperaturze od -20 ± 5 °C, a w przypadku długotrwałego przechowywania utrzymywać je w temperaturze poniżej -70 °C.
    4. Środki ostrożności
      1. Podczas pobierania próbek należy wcisnąć kleszczyki biopsyjne tak głęboko, jak to możliwe, aby dotrzeć do całej warstwy błony śluzowej.
      2. Podczas zdejmowania kleszczyków biopsyjnych i otwierania biopsji należy zachować ostrożność, aby zapobiec rozdarciu błony śluzowej.

2. Ekstrakcja kwasów nukleinowych

  1. Z góry ustawić temperaturę kąpieli metalowej na 100 °C; jeżeli próbka jest zamrożona, usunąć ją i przywrócić do temperatury regulowanej.
  2. Dobrze wymieszaj lizat, aby zawiesić żywicę kwasu iminodiacenowego. Pobrać 100 μl lizatu do rurki odśrodkowej z wkładem filtrującym lub bezpośrednio dodać tkankę błony śluzowej żołądka do probówki wirówki z 200 μl lizatu i wymieszać z oscylacją wirową.
  3. Umieścić probówkę wirówkową w metalowej łaźni o temperaturze 100 °C na 10 minut, a następnie wyjąć i schłodzić do temperatury pokojowej.
  4. Wirować przy 9500 g przez 5-10 min. Ostrożnie pobrać supernatant do innej wysterylizowanej probówki wirówkowej i oznaczyć ją.
  5. Natychmiast przeprowadzić następujące doświadczenie lub tymczasowo przechowywać go w temperaturze 4 °C do kontroli.

3. qPCR wykrywanie H. pylori i genów oporności na leki (klarytromycyna i chinolony)

  1. Wyjmij sondę startera, zmieszany roztwór enzymu i bufor detekcyjny z zestawu. Rozpuść wszystkie składniki na lodzie lub w temperaturze 2-8 °C i wymieszaj je z lekkim wstrząsaniem i natychmiastowym odwirowaniem przy niskiej prędkości.
  2. Wymieszać 12,5 μl buforu detekcyjnego + 7,0 μl sondy starterowej + 0,5 μl roztworu enzymu. Najpierw oblicz ilość każdego odczynnika, dodaj do odpowiedniej objętości probówki wirówkowej, dobrze wymieszaj i krótko odwiruj.
    UWAGA: Całkowitą ilość roztworu reakcyjnego PCR należy obliczyć, uwzględniając liczbę próbek testowych, jedną silną kontrolę pozytywną, jedną słabą kontrolę pozytywną, jedną kontrolę ujemną i jedną kontrolę ujemną PCR.
  3. Po skonfigurowaniu roztworu reakcyjnego PCR dodaj 20,0 μl roztworu reakcyjnego PCR do każdego dołka reakcji PCR. Następnie dobrze dodać 5,0 μl kwasu nukleinowego do reakcji PCR z roztworem reakcyjnym PCR. Nie dodawać próbki ani kwasu nukleinowego do studzienki kontroli ujemnej PCR.
  4. Umieścić probówkę reakcyjną w termocyklerze fluorescencyjnym PCR i ustawić parametry cyklu w następujący sposób: najpierw podgrzać mieszaninę reakcyjną w temperaturze 42 °C i 95 °C przez 2 minuty; po drugie, denaturować przez 10 s w temperaturze 95 °C, wyżarzać i przedłużać przez 45 s w temperaturze 58 °C, powtarzać przez 40 cykli.
  5. Zbierz sygnały fluorescencyjne jako FAM (mutacja genu 23S rRNA), HEX/VIC (mutacja genu gyrA), ROX (H. pylori) i CY5 (wzorzec wewnętrzny) oraz dane w temperaturze 58 °C.
  6. Po reakcji zapisz dane i przeanalizuj je za pomocą specjalnego oprogramowania qPCR.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

Ocena zakażenia H. pylori i oporności na antybiotyki w tkance żołądka za pomocą qPCR
Analizy qPCR w celu identyfikacji H. pylori przeprowadzono, celując w gen ureA, a oporność na antybiotyki ustalono poprzez badanie specyficznych mutacji w genach 23S rRNA oraz gyrA (Tabela 1). Dane dotyczące zapewnienia jakości, reprezentowane przez wartości CT we wszystkich trzech grupach, mieściły się w dopuszczalnych granicach...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Dyskusja

Tradycyjne testy, takie jak RUT, UBT, histologia, hodowla i serologia, są wykorzystywane do wykrywania H. pylori. Każde podejście diagnostyczne oferuje wyraźne korzyści i stawia czoła specyficznym wyzwaniom w zależności od kontekstu klinicznego17. Hodowla H. pylori z biopsji błony śluzowej żołądka jest często uważana za punkt odniesienia dla diagnozy. Niemniej jednak metoda ta jest pracochłonna, a jej dokładność jest ograniczona wyzwaniami technicznymi, warunkami wymaganymi do in...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Podziękowania

Ta praca była wspierana przez granty z Programu Inkubacji NSFC GDPH (8220080645) oraz Projektu Funduszu Badań nad Naukami i Technologią Medyczną Prowincji Guangdong (A2024108).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
Inkubator kąpielowyALLSHENGMK2000-2Zapewnij środowisko o stałej temperaturze
Szafa bezpieczeństwa biologicznegoHaierHR1500-figure-materials-1B2
WirówkaThermo Fisher ScientificTHERMO ST16ROdwiruj pozostałą ciecz ze ścianki probówki.
Chelex-100 sigmaC7901Żywiczne
kleszcze do biopsji gastroskopówBoston Scientific CorporationPobieranie próbek błony śluzowej żołądka
Zestaw do wykrywania genu rRNA 23S i genu gyrAJiangsu Mole BioscienceCFDA 20223400137do wykrywania qPCR dla H. pylori i genów oporności na leki (klarytromycyna i chinolony)
Odczynnik do ekstrakcji kwasów nukleinowychJiangsu Mole BioscienceSEDA 20150076Do ekstrakcji DNA
SDS SoftwareApplied Biosystems7300/7500Analiza danych
ThermocylcerThermo Fisher ScientificABI 7500Do wykrywania qPCR H. pylori i genów oporności na leki (klarytromycyna i chinolony)
Mieszalnik wirowyJOANLABVM-5005Do mieszania odczynnika
zestaw

Bibliografia

  1. Sharndama, H. C., Mba, I. E. Helicobacter pylori: an up-to-date overview on the virulence and pathogenesis mechanisms. Braz J Microbiol. 53 (1), 33-50 (2022).
  2. Ravikumara, M. Helicobacter pylori in children: think before you kill the bug. Therap Adv Gastroenterol. 16 (6), 1-10 (2023).
  3. Reshetnyak, V. I., Burmistrov, A. I., Maev, I. V. Helicobacter pylori: Commensal, symbiont or pathogen. World J Gastroenterol. 27 (7), 545-560 (2021).
  4. Al-Ouqaili, M. T. S., et al. Study of vacuolating cytotoxin A (vacA) genotypes of ulcerogenic and non-ulcerogenic strains of Helicobacter pylori and its association with gastric disease. Saudi J Biol Sci. 30 (12), 103867(2023).
  5. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Association between alcohol consumption, cigarette smoking, and Helicobacter pylori infection in Iraqi patients submitted to gastrointestinal endoscopy. J Emerg Med Trauma Acute Care. 6, 12(2022).
  6. Thrift, A. P., Wenker, T. N., El-Serag, H. B. Global burden of gastric cancer: Epidemiological trends, risk factors, screening and prevention. Nat Rev Clin Oncol. 20 (5), 338-349 (2023).
  7. Liou, J. M., et al. Screening and eradication of Helicobacter pylori for gastric cancer prevention: The Taipei global consensus. Gut. 69 (12), 2093-2112 (2020).
  8. Gao, T. Y., et al. Cancer burden and risk in the Chinese population aged 55 years and above: A systematic analysis and comparison with the USA and Western Europe. J Glob Health. 14, 04014(2024).
  9. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of Helicobacter pylori infection by invasive and non-invasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 16 (8), e0256393(2021).
  10. Thung, I., et al. Review article: The global emergence of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Aliment Pharmacol Ther. 43 (4), 514-533 (2016).
  11. Zhang, Y., et al. Mutations in the antibiotic target genes related to clarithromycin, metronidazole and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori strains from children in China. Infect Drug Resist. 13 (1), 311-322 (2020).
  12. Saranathan, R., et al. Helicobacter pylori Infections in the Bronx, New York: Surveying antibiotic susceptibility and strain lineage by whole-genome sequencing. J Clin Microbiol. 58 (3), e01591-e01619 (2020).
  13. Malfertheiner, P., et al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/ Florence consensus report. Gut. 61 (5), 646-664 (2012).
  14. Palma, G. Z. D., et al. Occurrence of mutations in the antimicrobial target genes related to levofloxacin, clarithromycin, and amoxicillin resistance in Helicobacter pylori isolates from Buenos Aires city. Microb Drug Resist. 23 (3), 351-358 (2017).
  15. Zhang, L., Zhao, M., Fu, X. S. Gastric microbiota dysbiosis and Helicobacter pylori infection. Front Microbiol. 14, 1153269(2023).
  16. Peng, X., et al. Gastric juice-based real-time PCR for tailored Helicobacter Pylori treatment: A practical approach. Int J Med Sci. 14 (6), 595-601 (2017).
  17. Weingart, V., et al. Sensitivity of a novel stool antigen test for detection of Helicobacter pylori in adult outpatients before and after eradication therapy. J Clin Microbiol. 42 (3), 1319-1321 (2004).
  18. Chi, W. J., et al. A rapid and high-throughput multiplex genetic detection assay for detection, semi-quantification and virulence genotyping of Helicobacter pylori in non-invasive oral samples. Front Cell Infect Microbiol. 13, 1267288(2023).
  19. Zhang, Y. M., et al. Validation of a high-throughput multiplex genetic detection system for Helicobacter pylori identification, quantification, virulence, and resistance analysis. Front Microbiol. 7, 1401(2016).
  20. Gisbert, J. P. Empirical or susceptibility-guided treatment for Helicobacter pylori infection? A comprehensive review. Therap Adv Gastroenterol. 13, 1756284820968736(2020).
  21. Bénéjat, L., et al. Real-time PCR for Helicobacter pylori diagnosis. The best tools available. Helicobacter. 23 (5), e12512(2018).
  22. Vasapolli, R., et al. Real-time assessment of H. pylori infection to guide molecular antibiotic resistance testing: A combined endoscopy-gastric juice analysis approach. Aliment Pharmacol Ther. 61 (3), 465-471 (2025).
  23. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of clarithromycin resistance and 23SrRNA point mutations in clinical isolates of Helicobacter pylori isolates: Phenotypic and molecular methods. Saudi J Biol Sci. 29 (1), 513-520 (2022).
  24. Wang, Y. H., et al. A systematic review and meta-analysis of genotypic methods for detecting antibiotic resistance in Helicobacter pylori. Helicobacter. 23 (2), e12467(2018).
  25. Egli, K., et al. Comparison of the diagnostic performance of qPCR, Sanger sequencing, and whole-genome sequencing in determining clarithromycin and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori. Front Cell Infect Microbiol. 10, 596371(2020).
  26. Liu, Y., et al. Relationship between Helicobacter pylori infection and colorectal polyp/colorectal cancer. World J Gastrointest Surg. 16 (4), 1008-1016 (2024).
  27. Oliver, A. S., Wu, F., Chen, Y. The role of gastric microbiota in gastric cancer. Gut Microbes. 11 (5), 1220-1230 (2020).
  28. Hulten, K. G., et al. Comparison of culture with antibiogram to next-generation sequencing using bacterial isolates and formalin-fixed, paraffin embedded gastric biopsies. Gastroenterology. 161 (5), 1433-1442 (2021).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Przedruki i uprawnienia

Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE

Poproś o pozwolenie

Tagi

Wykrywanie Helicobacter pyloriqPCR b ony luzowej o dkailo ciowy PCRbiopsja o dkaoporno na klarytromycynoporno na lewofloksacynmutacja 23S rRNAmutacja genu gyrAfluorescencyjny termocykler do PCR

Powiązane artykuły