Tutaj opisujemy szczegółowy protokół edycji genomu poprzez mikroiniekcję embrionalną u komara A. aegypti przy użyciu technologii CRISPR-Cas9.
Subskrypcja JoVE jest wymagana do oglądania tego materiału. Zaloguj się lub rozpocznij bezpłatny okres próbny.
Artykuł metodologiczny
* These authors contributed equally
Tutaj opisujemy szczegółowy protokół edycji genomu poprzez mikroiniekcję embrionalną u komara A. aegypti przy użyciu technologii CRISPR-Cas9.
Pojawienie się technologii CRISPR-Cas9 (ang. clustered, regularly interpersed, short palindromic repeats)-Cas9 zrewolucjonizowało dziedzinę inżynierii genetycznej i otworzyło drzwi do precyzyjnej edycji genomu u wielu gatunków, w tym organizmów niemodelowych. U komara Aedes aegypti za pomocą tej technologii osiągnięto mutacje powodujące utratę funkcji i insercje DNA. W tym miejscu opisujemy szczegółowy protokół edycji genomu poprzez mikroiniekcję embrionalną u komara A. aegypti przy użyciu technologii CRISPR-Cas9, koncentrując się zarówno na generowaniu linii nokautu genu, jak i knockin. W tym protokole igły kwarcowe są wypełnione mieszaniną przewodnika RNA, rekombinowanego Cas9 i plazmidu zawierającego kasetę DNA kodującą gen dla markera fluorescencyjnego, jeśli pożądana jest pukanie genu. Zarodki w stadium preblastodermy są ustawiane w rzędzie na pasku dwustronnej taśmy klejącej umieszczonym na szkiełku nakrywkowym, które następnie jest mocowane na szkiełku podstawowym. Za pomocą mikrowstrzykiwacza igły są delikatnie wprowadzane do tylnego końca zarodków i dozowana jest niewielka objętość mieszaniny CRISPR. Po wykluciu się zarodków larwy są sprawdzane pod kątem fluorescencyjnym, a poczwarki są sortowane według płci i rozdzielane w różnych klatkach. Po pojawieniu się dorosłych osobników są one wzajemnie krzyżowane z osobnikami typu dzikiego, karmione krwią i umieszczane w celu złożenia jaj. Po wykluciu się tych jaj zebrane fluorescencyjne larwy reprezentują osoby ze stabilną insercją kasety DNA do ich genomu. Larwy te są następnie hodowane do stadium dorosłego, krzyżowane z osobnikami typu dzikiego, a następnie oceniane za pomocą technik molekularnych w celu potwierdzenia, że dokładna sekwencja kasety DNA jest obecna w pożądanym miejscu genomu komara. Linie homozygotyczne można również uzyskać, postępując zgodnie z dostarczonym procesem schematu krzyżowania i molekularnych badań przesiewowych mutacji.
Precyzyjna edycja genomu stała się prawdopodobnie łatwiejsza, ale możliwa, dzięki wprowadzeniu technologii CRISPR-Cas molekularnych nożyczek1. Technologie te wykorzystują mechanizm, który prokariotyczny układ odpornościowy wykorzystuje do walki z infekcjami fagowymi2. Wśród tych systemów, zgrupowane, regularnie przeplatane, krótkie powtórzenia palindromiczne (CRISPR) wraz z nukleazą Cas9 zwykle opierają się na 20 parach zasad RNA, przewodnikowych RNA (gRNA), z sekwencjami homologicznymi do docelowego DNA, po których następuje sekwencja NGG protospacer sąsiedniego motywu (PAM)3. GRNA załadowane do Cas9 kierują te nukleazy precyzyjnie do określonych miejsc docelowych w genomie, wywołując pęknięcia dwuniciowego DNA3.
Pęknięcia podwójnej nici DNA indukują mechanizmy naprawcze, które łatają podwójną helisę4. Podczas gdy oczekuje się, że każda naprawa DNA będzie precyzyjna, istnieją mniej dokładne mechanizmy naprawy DNA, które mogą pozostawić blizny po sekwencji, a co za tym idzie, mutacje powodujące utratę funkcji4. Wśród podatnych na błędy mechanizmów naprawy DNA, niehomologiczne łączenie końców (NHEJ) może powodować mutacje przesunięcia ramki, w tym małe delecje, insercje i zmiany nukleotydowe (SNP), które mogą powodować mutację powodującą utratę funkcji. Z drugiej strony, mechanizm Homology Directed Repair (HDR) opiera się na chromosomie homologicznym jako matrycy do kopiowania dokładnej sekwencji nieuszkodzonego allelu i dokonywania doskonałej naprawy docelowej sekwencji DNA4.
Na podstawie tej wiedzy, technologia CRISPR-Cas9 została opracowana do precyzyjnej edycji genomów, prawdopodobnie w dowolnej sekwencji zawierającej miejsce PAM3. U komarów technologia CRISPR-Cas9 została wykorzystana do wyeliminowania różnych genów poprzez embrionalną mikroiniekcję mieszaniny Cas9 i gRNA, wykorzystując mechanizm naprawy NHEJ5,6. Podobną mutagenezę linii zarodkowej uzyskuje się przez wstrzyknięcie mieszaniny gRNA + Cas9 do hemolimfy dorosłych samic komarów7. Technologia ta została ukuta jako kontrola ReMOT i opiera się na zmodyfikowanej wersji Cas9 oznaczonej peptydem, który jest pobierany przez jajniki przez endocytozę podczas procesu rozwoju jaja (witellogeneza)7. Wbicie określonych kaset genowych do genomu jest możliwe tylko poprzez embrionalną mikroiniekcję mieszaniny gRNA i Cas9 (lub plazmidu wyrażającego te cząsteczki) wraz z plazmidem kodującym pożądaną kasetę DNA8. Wykorzystując mechanizm HDR, plazmid zawierający interesującą nas kasetę DNA otoczoną sekwencjami homologicznymi (500-1,000bp)9,10 przed i za miejscem docelowym jest używany jako matryca do ponownego napisania pęknięcia dwuniciowego, kopiując również kasetę DNA do sekwencji docelowej9.
Technologia CRISPR-Cas9 została użyta do wyeliminowania wielu genów związanych głównie z systemami sensorycznymi komara Aedes aegypti11, ale także genów związanych z płodnością samców i żywotnością samic (PgSIT) do kontroli populacji12. Wyeliminowanie docelowych genów zostało również osiągnięte poprzez wbicie genów kodujących markery fluorescencyjne do sekwencji kodujących określone geny13,14. Strategia ta ma tę zaletę, że nie tylko indukuje mutacje z przesunięciem ramki ramki, ale także pozwala na użycie światła fluorescencyjnego do sortowania osobników nowej linii nokautu13,14. Genom A. aegypti został również zmodyfikowany za pomocą sekwencji binarnych systemów ekspresji, takich jak Q-system (QF-QUAS)11. Wpukanie genu kodującego transaktywator QF do promotora określonego genu zapewnia zdefiniowaną czasoprzestrzenną ekspresję transaktywatora15,16. Gdy linia komara wykazująca ekspresję QF zostanie skrzyżowana z inną linią komara zawierającą miejsca wiązania (QUAS) dla QF, ta ostatnia wiąże się z nią i wyzwala ekspresję genów poniżej sekwencji QUAS15,16. Ogólnie rzecz biorąc, system ten umożliwia specyficzną dla tkanek i czasu ekspresję takich genów efektorowych, które mogą być markerami fluorescencyjnymi używanymi do lokalizacji komórek lub wykrywania aktywności neuronalnej, a nawet nukleazami Cas9 do zakłócania genów w określonych tkankach (tj. nokaut somatyczny)11.
Biorąc pod uwagę wszystkie dostępne informacje na temat transformacji genetycznej A. aegypti, przedstawiamy tutaj szczegółowy protokół z instrukcjami krok po kroku do przeprowadzenia edycji genomu za pomocą systemu CRISPR-Cas9 poprzez mikroiniekcję embrionalną. Omówiono strategie generowania zarówno nokautu, poprzez mutacje i delecje z przesunięciem ramki, w których pośredniczy NHEJ, jak i linii knockin, przez insercje kaset genowych za pośrednictwem HDR.
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Szczegóły związane z sprzętem i odczynnikami używanymi w tym protokole są wymienione w Tabeli Materiałów. Wszystkie zwierzęta były traktowane zgodnie z Przewodnikiem dotyczącym opieki i użytkowania zwierząt laboratoryjnych, zgodnie z zaleceniami National Institutes of Health. Procedury zostały zatwierdzone przez UCSD Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC, Animal Use Protocol #S17187) oraz UCSD Biological Use Authorization (BUA #R2401).
1. Projekt gRNA i plazmidu dawcy
2. Przygotowanie mieszanki iniekcyjnej
3. Montaż plazmidu dawcy
4. Mieszanie konstrukcji iniekcyjnej
UWAGA: Sugerowane końcowe zakresy stężeń dla każdego konstruktu są podane w Tabeli 1. Zacznij od stosunku 2:1:2 (ng Cas9: ng sgRNA: plazmid dawcy ng) i dostosuj w razie potrzeby, aby zoptymalizować wydajność HDR. Monitorowanie wyników pomoże zidentyfikować najskuteczniejszą kombinację.
5. Wyciąganie i ładowanie igieł do mikroiniekcji
6. Pobieranie zarodków
7. Ustawienie zarodka
8. Mikroiniekcja zarodka
UWAGA: Wtryskiwanie odbywa się w temperaturze pokojowej lub w temperaturze 18 °C. Temperatura 18°C jest zalecana ze względów praktycznych, ponieważ opóźnia rozwój zarodka.
9. Pielęgnacja po wstrzyknięciu zarodków
10. Wylęganie się zarodków i badania przesiewowe larw G0
11. Sortowanie poczwarek według płci i krzyżowanie z dzikim typem
12. Badanie przesiewowe G1
13. Potwierdzenie miejsca wstawienia G1
14. Rozbudowa nowych linii CRISPR
15. Twórz linie homozygotyczne
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Projektowanie i walidacja ukierunkowanego celowania genów za pomocą gRNA dla rekombinacji homologicznej HDR
Aby zapewnić precyzyjne celowanie w pożądany gen, zalecamy wybór kilku gRNA oraz umieszczenie ramion homologii 5' i 3' blisko miejsca cięcia w celu przeprowadzenia rekombinacji homologicznej za pośrednictwem HDR (Rycina 1A). Na przykład zaprojektowaliśmy dwa gRNA celujące w obie strony kodonu startowego badanego genu i wykorzystaliś...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Technologia CRISPR-Cas zmieniła krajobraz edycji genomu, promując specyficzne dla celu zmiany w chromosomie1. Mimo że elementy transpozycyjne były niezbędne do powstania pierwszych transgenicznych komarów, ich miejsca insercji są nieco losowe, a ekspresja konstruktu ładunku (promotor + gen) może nie odpowiadać profilowi ekspresji rzeczywistego genu ze względu na efekt położenia genomu (tj. miejsce insercji), który zwykle prowadzi do ekspresji ektopowej21. Przed pojawieniem ...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
O.S.A. jest założycielem Agragene, Inc. i Synvect, Inc. z udziałem w kapitale własnym. Warunki tej umowy zostały zweryfikowane i zatwierdzone przez Uniwersytet Kalifornijski w San Diego zgodnie z jego zasadami dotyczącymi konfliktu interesów. Pozostali autorzy deklarują brak sprzecznych interesów.
Autorzy dziękują Judy Ishikawie i Avie Stevenson za pomoc w hodowli komarów. Praca ta została wsparta dofinansowaniem z nagród NIH (R01AI151004, RO1AI148300, RO1AI175152) przyznanych O.S.A. i K22AI166268 N.H.R. Figurki zostały stworzone przy użyciu BioRender.
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| 10x Cas9 bufor reakcyjny | PNA Bio | CB01 | |
| Benchling Software Benchling | N/A | www.benchling.com | |
| Cas9 bufor rozcieńczający | PNA Bio | CB03 | |
| Cas9 białko | PNA Bio | CP01-50 | |
| DH5α E. coli Kompetentne komórki | New England Biolabs | C2987 | |
| Dwustronna taśma klejąca | Scotch Permanent | 3136 | |
| Fiolki Drosophila | Genesee Scientific | 32-109 | |
| Bibuły filtracyjne | GE Healthcare Nauki przyrodnicze | 1450-042 | |
| Pokarm dla ryb | Płatki | złotej rybki Tetra B00025Z6YI | |
| Flugs | Genesee Scientific | AS273 | |
| Leica Microsystems | Fragment genu M165 FC | ||
| Zintegrowane technologie DNA Nie | dotyczy | ||
| gRNA | Synthego | N/A | |
| Olej halowęglowy 700 | Sigma-Aldrich | H8898 | |
| Mikroskop iniekcyjny | Leica Microsystems | DM2000 | |
| JM109 E. coli Kompetentne komórki | Zymo Research | T3005 | |
| Mikrowtryskiwacz | Eppendorf | FemtoJet 4x | |
| Końcówki do mikroładowarek do napełniania femtotipów | Mikromanipulator Eppendorf | E5242956003 | |
| Eppendorf | TransferMan 4r | ||
| Ściągacze do mikropipet | Instrument Suttera | P-2000 | |
| Marka rybacka | 12-542-B | ||
| Szkiełko mikroskopowe | Eisco | 12-550-A3 | |
| Krew myszy (żywe myszy używane do karmienia) | Uniwersytet Kalifornijski | IACUC, Protokół wykorzystania zwierząt #S17187 | Używany do karmienia krwią komarów; Szczegóły są zgodne z protokołami etyki zwierząt |
| NEB Q5 Polimeraza DNA High-Fidelity | New England Biolabs | M0491S | |
| Zestaw do oczyszczania PCR | Qiagen | 28004 | |
| Zestaw do miniprzygotowania plazmidu | Zymo Research | D4036 | |
| Filament kwarcowy | Sutter Instruments | QF100-70-10 | |
| Zestaw do czyszczenia transkrypcji | Fisher Scientific | AM1908 | |
| Ultraczysta woda | Technologie życiowe | 10977-023 |
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.