Ten protokół opisuje procedurę badania przesiewowego leków u larw danio pręgowanego 3-7 dni po zapłodnieniu, po której następuje ocena morfologiczna.
Artykuł metodologiczny
Ten protokół opisuje procedurę badania przesiewowego leków u larw danio pręgowanego 3-7 dni po zapłodnieniu, po której następuje ocena morfologiczna.
Danio pręgowany stał się ważnym organizmem modelowym do badań translacyjnych na ludziach, testowania toksyczności małych cząsteczek i zanieczyszczeń środowiska, odkrywania leków terapeutycznych i innych zastosowań badań biomedycznych. Przedstawiony protokół ma na celu zapewnienie jasnego przewodnika do badań przesiewowych leków i badań toksyczności u larw danio pręgowanego we wczesnym stadium (w wieku 3-7 dni po zapłodnieniu, dpf). Opublikowano kilka metodologii opisujących badania toksyczności na larwach danio pręgowanego, choć brakowało w nich znormalizowanego protokołu dotyczącego m.in. czasu ekspozycji, szybkości zmian pożywki i oceny morfologii. Eksperymentalnie określiliśmy idealny wiek larw do przeprowadzenia eksperymentów, rozmiary płytek, które najlepiej sprawdzają się w tym wieku, szybkość zmian pożywki, która zapewnia wiarygodne wyniki przy jednoczesnym ograniczeniu marnotrawstwa badanego związku oraz system oceny morfologii, który jest łatwo mierzalny w sposób statystyczny. Manuskrypt szczegółowo opisuje protokół badania toksyczności u larw zebry danio pręgowanego w wieku od 3 do 7 dpf, mający na celu wypełnienie luki w testach toksyczności leków i podjęcie pierwszego kroku w kierunku znormalizowanej metody podobnej do badania ostrej toksyczności zarodków ryb.
Danio rerio) ostatnio pojawiły się jako potężny organizm modelowy kręgowców, stając się coraz bardziej popularne wśród badań nad rozwojem badań biomedycznych1. Około 70% ludzkich genów kodujących białka ma co najmniej jeden ortolog danio pręgowanego, a ~82% genów powodujących choroby u ludzi ma co najmniej jeden gen ortologiczny u danio pręgowanego2. Ochrona genetyczna w połączeniu z podobnymi podstawowymi wzorcami i morfologią narządów sprawiają, że danio pręgowany jest interesującym modelem do badań nad chorobami człowieka, pozwalającym na porównania międzygatunkowe na poziomie molekularnym1,2,3, co ma kluczowe znaczenie dla rozwoju leków.
Danio pręgowany rozwija się szybko, pączek ogonowy tworzy się po 10 godzinach od zapłodnienia (hpf), a pierwsze somity pojawiają się po 16 hpf. Zarodki wyłaniają się z kosmówki po ~2-3 dniach od zapłodnienia (dpf). Po 4 dpf ich przewód pokarmowy jest w pełni rozwinięty, a po 5 dpf ich pęcherz pławny napompował się, co pozwala im swobodnie pływać i polować na pożywienie. Pomimo zdolności do żerowania przez 5 dpf, larwy, które nie są karmione, mogą przetrwać wyłącznie na składnikach odżywczych pochodzących z żółtka do co najmniej 7 dpf, omijając potrzebę zewnętrznego karmienia, które może powodować zanieczyszczenie i zakłócać badania przesiewowe leków, toksykologię i testy behawioralne4. Do 7 dpf larwy rozwijają również kompletny plan ciała z kilkoma podstawowymi układami narządów, w tym sercem i naczyniami krwionośnymi, mięśniami i kośćmi5,6. Zarodki danio pręgowanego są również zapładniane ex vivo, rozwijają się zewnętrznie i są optycznie przezroczyste we wczesnych stadiach życia, co czyni je wysoce dostępnymi do edycji genów i badań przesiewowych małych cząsteczek3. Dodatkowo, ich mały rozmiar i wysoki wskaźnik płodności pozwalają na włączenie większej liczby powtórzeń, co zwiększa moc statystyczną, a także na zastosowanie płytek wielodołkowych, co pozwala zaoszczędzić na objętości leku i zwiększa przepustowość.
Badanie przesiewowe nowych małych cząsteczek w modelu zwierzęcym jest ważne dla określenia zdolności leków do wywoływania zarówno korzystnych, jak i niekorzystnych efektów, a tym samym określenia, które związki są zdolne do dalszych testów, a inne, które mogą wymagać modyfikacji w celu zmiany ich aktywności. W ramach procesu badań przesiewowych leków należy określić stężenie śmiertelne 50 (LC50) docelowego związku/ów. Zapewnia to stężenie robocze, które powoduje śmierć u 50% badanych zwierząt w ramach wstępnych badań toksyczności.
Istnieje standardowy protokół do badania toksyczności na zarodkach danio pręgowanego do 96 godzin po zapłodnieniu (hpf), a mianowicie test ostrej toksyczności zarodków ryb (FET) (TG236)7. W teście FET nowo zapłodnione jaja są wystawione na działanie pięciu stężeń substancji chemicznej przez okres do 96 godzin i obserwowane pod kątem oznak śmiertelności, a mianowicie (i) krzepnięcia jaj, (ii) braku tworzenia somitów, (iii) braku oderwania się pąka ogonowego od woreczka żółtkowego oraz (iv) braku bicia serca. Badanie pozwala na określenie toksyczności ostrej i LC50. Ponadto zaleca również między innymi rozmiary komór testowych do wykorzystania do badań przesiewowych (płytki 24-dołkowe), rozmieszczenie jaj w komorze testowej oraz warunki przetrzymywania, zapewniając ważne i powtarzalne wyniki7.
Chociaż test FET nadaje się do testowania toksyczności w stadium embrionalnym, nie przekracza 4 dpf. W przypadku fenotypów, które zaczynają się rozwijać mniej więcej w tym momencie (np. mineralizacja klasy notochord6), badania przesiewowe leków muszą być prowadzone dalej niż 4 dpf, aby umożliwić ocenę morfologiczną takiej tkanki. Ponadto zalecamy, aby ekspozycja na lek rozpoczęła się co najmniej dzień przed rozwojem fenotypu będącego przedmiotem zainteresowania. O ile nam wiadomo, nie istnieje żaden znormalizowany protokół podobny do FET do badań przesiewowych leków u larw danio pręgowanego we wczesnym stadium, szczególnie u danio pręgowanego w wieku od 3 do 7 dpf. Chociaż opublikowano kilka badań opisujących testowanie narkotyków na larwach danio pręgowanego powyżej 4 dpf, brakuje spójności w zastosowanej metodologii, w tym wielkości komór testowych, liczbie biologicznych i technicznych powtórzeń, szybkości zmian pożywki, czasie ekspozycji i ocenianych wadach morfologicznych8,9,10,11,12,13. Z tego powodu opracowaliśmy zatwierdzony protokół standaryzowanych testów toksyczności, a następnie obserwację wizualną zmian morfologicznych larw danio pręgowanego przy 3-7 dpf. Proponowany protokół może być następnie wykorzystany do innych dalszych testów fenotypowania, takich jak analiza behawioralna, profilowanie ekspresji genów i histomorfometria.
Danio pręgowany był traktowany zgodnie z dyrektywą UE 2010/63/UE. Wszystkie eksperymenty zostały zatwierdzone przez Wydziałową Komisję Etyki Badań Naukowych (FREC) oraz Wspólny Podkomitet Sektorowy ds. Badań nad Zwierzętami FREC (JFARSS) Uniwersytetu Maltańskiego. Schemat blokowy proponowanego protokołu można znaleźć w Rysunek 1.
1. Produkcja, zbieranie i utrzymanie jaj
2. Przygotowanie płytki testowej
3. Ocena morfologiczna
4. Wyznaczanie LC50
5. Repliki techniczne
Nieprawidłowości mogą być obserwowane indywidualnie lub kumulatywnie na osi czasu eksperymentu do godziny 7 dpf. Maksymalny wynik morfologii dla danej nieprawidłowości można wykorzystać do obliczenia nieprawidłowości morfologicznych jako procentu liczby wykorzystanych larw. Na przykład, jeśli w dniu 7 wyniki morfologii obrzęku osierdzia wynoszą 19 i 20 odpowiednio dla osób z punktacją 1 i 2 z możliwego wyniku 24, co oznacza, że 19 lub 20 larw z 24 wykazuje obrzęk osierdzia, wynik procentowy można obliczyć jako:

Tabela uzupełniająca S1 pokazuje wyniki oceny morfologii (obu oceniających) przy 4 dpf po testach toksyczności dla związku Bosutinib, inhibitora kinazy tyrozynowej wskazanego w leczeniu przewlekłej białaczki szpikowej15. Ta sama ocena morfologiczna jest powtarzana dla narażonych ryb w wieku od 5 dpf do 7 dpf. Związek badano w zakresie stężeń od 100 μM do 6,25 μM. Przeprowadzono trzy powtórzenia techniczne w różnych punktach czasowych, a średni skumulowany wskaźnik śmiertelności przy 7 dpf wykorzystano do określenia LC50, stężenia, przy którym przeżywa 50% larw. LC50 można określić w dowolnym punkcie czasowym ekspozycji. Zalecamy jednak obliczenie tego przy 7 dpf.
Skumulowana średnia śmiertelność na poziomie 7 dpf została wykorzystana do wygenerowania krzywej LC50, którą można zobaczyć w Rysunek 3. W przypadku bosutynibu stężenie LC50 oszacowano na 37,95 μM.
UWAGA: To szacowane stężenie LC50 ściśle odnosi się do tego systemu modelowego i może być następnie wykorzystane do dalszych testów fenotypowania.

Rysunek 1: Schemat proponowanego badania przesiewowego na obecność narkotyków u larw przy 3-7 dpf. 96-dołkowe płytki testowe są przeznaczone do badania pięciu stężeń w zakresie od 100 μM do 6,25 μM dla związku Bosutinib. Skrót: dpf = dni po zapłodnieniu. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 2: Reprezentatywne defekty morfologiczne obserwowane u larw danio pręgowanego przy 5 dpf wystawionych na działanie różnych stężeń chemicznych (po 2 dniach od ekspozycji). (A) Zegmunty (niedotknięty chorobą), B) larwy danio pręgowanego wykazujące łagodny obrzęk osierdzia, C) danio pręgowany z ciężkim obrzękiem osierdzia i krwotokiem żółtkowym, (D) danio pręgowany z opóźnieniem rozwoju, zmniejszoną pigmentacją, małym pęcherzem pławnym, (E) danio pręgowany z opuchniętym żółtkiem i załamaną płetwą ogonową, (F) danio pręgowany bez płetwy ogonowej, G) danio pręgowany z zakrzywioną struną grzbietową, ( H) Danio pręgowany ze ściętym ogonem i (I) Martwy danio pręgowany z martwicą. Wady są oznaczone czerwonymi grotami strzałek. Podziałka = 1 mm. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 3: Krzywa LC50 pokazująca stężenie w stosunku do % śmiertelności. Pięć badanych stężeń wynosiło 100 μM, 50 μM, 25 μM, 12,5 μM i 6,25 μM, przy czym % śmiertelności wynosiło odpowiednio 100%, 100%, 29,2%, 12,5% i 12,5%. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.
| Wady morfologiczne | opis |
| Obrzęk osierdzia | Nagromadzenie płynu wokół serca z rozciągniętym sercem i nieprawidłowym krążeniem krwi |
| Bicie serca (na minutę) | Zmniejszona liczba uderzeń na minutę |
| żółtko | Obecność lub brak obrzęku żółtka lub krwotoku, które mogą wystąpić jednocześnie z wadami serca |
| Przedłużenie żółtka | Żółtko, które jest spuchnięte, cienkie lub nie ma |
| Zakrzywiona struna grzbietowa | Obecność załamanej lub pofałdowanej struny grzbietowej i/lub zakrzywionego ogona |
| pęcherz pławny | Obecność, brak lub częściowy rozwój pęcherza pławnego |
| pigmentacja | Mniej melanocytów lub ich brak w porównaniu z nieleczonymi rybami w tym samym wieku |
| martwica | Obecność (łagodnej lub ciężkiej) lub brak martwicy w jakiejkolwiek części ciała |
| Opóźniony rozwój | Opóźniony rozwój lub zatrzymany w porównaniu z kontrolami typu dzikiego w tym samym wieku. |
| Reakcja na dotyk | Opóźniona reakcja lub brak reakcji po zaskoczeniu (np. przy użyciu końcówki do pipety) |
| Obcinania | Brak tylnego ciała danio pręgowanego (tj. uformowanie ogona) |
| Płetwy | Obecność lub brak płetwy ogonowej, której może towarzyszyć cienkie przedłużenie żółtka |
| Zredukowana oś nadwozia | Ryby, które wyglądają normalnie, ale po zmierzeniu są krótsze |
Tabela 1: Lista wizualnych wad morfologicznych, które można zaobserwować po badaniach ekspozycji na leki.
Tabela uzupełniająca S1: Reprezentatywne wyniki morfologiczne dla Bosutinibu po 4 dpf (1 dzień po ekspozycji). Kliknij tutaj, aby pobrać tę tabelę.
Danio pręgowany stał się ważnym modelem badań przesiewowych leków. Próbując określić metodologię przeprowadzania badań toksyczności, znaleźliśmy kilka kontrastujących ze sobą metod z różnych laboratoriów 8,9,10,11,12,13. Opisane metody wykorzystują larwy w różnym wieku, zmienne ramy czasowe eksperymentów, różne tempo zmian pożywki i różne systemy punktacji morfologicznej. Metodą prób i błędów ustaliliśmy opisaną metodologię, która zapewniła wiarygodne i powtarzalne wyniki.
Wybór rozmiaru talerza
Początkowo eksperymenty przeprowadzono na 24-dołkowej płytce, aby upewnić się, że larwy mają wystarczająco dużo miejsca do poruszania się i wzrostu. Płytki umieszczono z 10 larwami na studzienkę, dwoma dołkami na stężenie i 1 ml roztworu leku na studzienkę. Taki układ nie zapewniał powtarzalnych wyników, co prowadziło do wniosku, że larwy nie wchłaniały równych ilości leku ze studni. Następnie przeprowadzono próby na 96-dołkowej i 48-dołkowej płytce z jedną larwą na studzienkę, co wykazało, że larwy w 96-dołkowych płytkach nie wykazywały żadnych problemów ze wzrostem. W związku z tym eksperymenty kontynuowano na 96-dołkowej płytce, wykorzystując mniej miejsca i objętości leku.
Dzienna zmiana podłoża
Ponieważ danio pręgowany wchłania lek z pożywki, ustaliliśmy, że do utrzymania stałego stężenia leku w pożywce potrzebny jest pewien stopień zmiany podłoża. Co więcej, zmiana podłoża usuwa potencjalne odpady nagromadzone w studni, które mogą stanowić toksyczne środowisko i prowadzić do stronniczych wyników. Przeprowadzono badanie z bosutynibem, w którym ustawiono trzy płytki dla tego samego leku, jedną bez codziennej zmiany pożywki, jedną z codzienną połową zmiany pożywki i jedną z pełną dzienną zmianą pożywki. Podczas gdy płytka bez zmiany pożywki wykazywała zwiększoną śmiertelność, płytki z połową i pełną zmianą pożywki dały ten sam wynik o 7 dpf. W związku z tym zdecydowano się na dzienną zmianę o połowę średniej. Taki wybór zapewnia mniejsze zużycie drogiego i ograniczonego materiału testowego, który może być wymagany do dalszych eksperymentów.
Czas ekspozycji
Wiek użytych larw testowych i czas ekspozycji na lek wybrany w tym protokole był zależny od fenotypu będącego przedmiotem naszego zainteresowania, jakim jest mineralizacja kości. Ponieważ tworzenie kości rozpoczyna się przy ~4 dpf, zdecydowaliśmy się rozpocząć od danio pręgowanego przy 3 dpf, aby ustalić, czy badane substancje chemiczne wpłynęły na początek rozwoju kości. Następnie zakończyliśmy badania ekspozycji na leki na poziomie 7 dpf, ponieważ wysoki stopień śmiertelności obserwowano od 8 dpf w związku z brakiem karmienia, które mogłoby zniekształcić wyniki. Niemniej jednak ramy czasowe mogą być dostosowywane w zależności od charakteru badania i fenotypu będącego przedmiotem zainteresowania.
Ograniczenia
Metodologia ta ma pewne ograniczenia. Przenoszenie danio pręgowanego o wartości 3 dpf na wielodołkowe płytki testowe jest czasochłonne. Usuwanie pożywki ze studzienek bez zbierania larw jest równie pracochłonne. Pożywkę należy powoli usuwać z każdej studzienki za pomocą pipety jednokanałowej, upewniając się, że larwy nie zostaną uszkodzone w tym procesie. Ponadto, podczas gdy codzienna wymiana połowy pożywki uzupełnia badany związek i zapewnia usunięcie odpadów z odwiertu, nie gwarantuje to utrzymania stabilnego stężenia leku w studni przez 5 dni ekspozycji. Podczas gdy analiza wysokosprawnej chromatografii cieczowej może dostarczyć dalszych informacji na temat rzeczywistej ilości leku wchłanianego przez każdą larwę, test nie kwalifikuje się już jako wysokoprzepustowa metoda przesiewowa.
Podsumowując, metodologia ta ma na celu wypełnienie luki w testach toksyczności przy użyciu danio pręgowanego powyżej 4 dpf, podejmując kroki w kierunku znormalizowanego protokołu mającego zastosowanie do linii do danio pręgowanego typu dzikiego, zmutowanego i transgenicznego, który jest na równi z FET na etapie embrionalnym. Otwiera to możliwości dla innych dalszych testów fenotypowania, które mogą nie być możliwe na wcześniejszych etapach.
Autorzy deklarują brak konfliktu interesów.
Autorzy są wspierani przez projekty ZeEBRA (R&I-2019-018), fundusz Programu Rozwoju Technologii (TDP), STRONG (R&I-2024-007L), fundusz TDPLite, NASDAC (SINO-MALTA-2022-08), grant Współpracy Naukowej i Technologicznej oraz DEMONSTROWAĆ (R&I-2018-007A), grant Go2Market, wszystkie finansowane przez XjenzaMalta dla i w imieniu Fundacji na rzecz Nauki i Technologii. Rysunek 1 został stworzony przy użyciu BioRender.
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Probówka do mikrowirówek 1,5 ml | Starlab | E1415-1510 | |
| 10 µ Mikropipeta L (P10) | Gilson | F144802 | |
| 10/20 i mikro; L końcówki do pipet | Starlab | S1110-3810 | |
| 1000 µ Mikropipeta L (P1000) | Gilson | F123602 | |
| 1000 &mikro; L końcówki do pipet | Starlab | S1111-6001 | |
| 12-dołkowa płytka | Starlab | CC7672-7512 | Sterylna, pojedynczo owinięta, niepoddana obróbce, z pokrywką |
| 20 i mikro; L mikropipeta (P20) | Gilson | F123600 | |
| 200 i mikro; Mikropipeta L (P200) | Gilson | F123601 | |
| 200 i mikro; Pipeta wielokanałowa L | Gilson | F81024 | |
| 200 & mikro; L końcówki do pipet | Starlab | S1113-1006 | |
| 96-dołkowa płytka | Starlab | CC7672-7596 | Sterylne, pojedynczo owinięte, z płaskim dnem, bez obróbki, z pokrywką |
| Zbiorniki hodowlane z wewnętrznym pochyłym dnem, przegrodami i pokrywami | Tecniplast | ZB17BTISLOP, ZB17BTE, ZB17BTL, ZB17BTD | Nachylony zbiornik wewnętrzny |
| Sitko siatkowe | / | / | |
| Rękawice nitrylowe | Mercator | / | / |
| szalka Petriego | Starlab | CC7672-3394/CC7672-3359 | 100 x 20 mm lub 60 x 15 mm |
| Leica M205 FCA Stereoskopowy mikroskop fluorescencyjny | Leica | 10450826 | |
| Inkubator chłodzony Peltierem z 2 półkami z modułem świetlnym zimny biały | Memmert | IPP110ecoplus, T8 | Wyposażony w cykl |
| Dimetylosulfotlenek | Biochem Chemopharma | 504341000 | Aby przygotować 1% roztwór w E3 |
| Dwuwodny chlorek wapnia | Biochem Chemopharma | 303080500 | Aby przygotować E3 |
| Siarczan magnezu siedmiowodny | Biochem Chemopharma | 313060500 | przygotować E3 |
| Chlorek potasu | Biochem Chemopharma | 316030500 | Aby przygotować E3 |
| SCREEN-WELL Biblioteka Wnt Pathway (Bosutinib) | Enzo | BML-2838-0500 | |
| Chlorek sodu | Fisher Scientific | S/3161/53 | Do przygotowania E3 |
Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE
Poproś o pozwolenie