Rozwój ssaków, rozpoczynający się od pojedynczej totipotentnej komórki macierzystej, to złożony proces, który obejmuje indukcję tworzenia wzorców i morfogenezę 1,2. Ten rozwój wymaga ściśle regulowanych programów komórkowych do zarządzania dynamicznymi interakcjami między komórkami a ich środowiskiem. Komórki macierzyste mają wrodzoną zdolność do wykrywania, integrowania i reagowania na sygnały systemowe i lokalne, w tym gradienty morfogenów3, granice mechaniczne4, proliferację komórkową oraz przebudowę środowiska5. Zewnętrzne sygnały czasoprzestrzenne również wywołują odpowiedzi wielokomórkowe, początkowo w tkankach jednorodnych, aby zapewnić precyzyjne tworzenie złożonych struktur. Komórki macierzyste, wyróżniające się zdolnościami samoodnawiania 6,7 i różnicowania, odgrywają kluczową rolę w rozwoju embrionalnym i naprawie tkanek dorosłych, a główne typy to embrionalne komórki macierzyste (ESC), dorosłe komórki macierzyste (ASC) oraz indukowane pluripotentne komórki macierzyste (iPSC).
ESC są ekstrahowane z wewnętrznej masy komórki (ICM) blastocysty i zazwyczaj hodowane w dwuwymiarowym (2D) środowisku na komórkach zażywczych lub macierzy zewnątrzkomórkowej, przy użyciu specjalistycznego pośrodku hodowlanego, aby utrzymać ich pluripotencję8. W ostatnich latach zapotrzebowanie na bardziej realistyczne warunki hodowli komórkowej i technologie znacznie wzrosło, dlatego powstały trójwymiarowe (3D) modele komórkowe i tkankowe do badania podstawowych procesów biomedycznych9. Szczególnie w biologii rozwojowej, te modele 3D, takie jak organoidy, oferują solidną metodę modelowania morfogenezy i organogenezy tkanek ex vivo9. Organoidy powstają poprzez samoorganizację proliferujących się komórek macierzystych, które spontanicznie rozwijają się w złożone struktury 3D poprzez łamanie symetrii i formowanie wzorców. Proces ten jest podobny, choć nie identyczny z tym, co obserwuje się in vivo, i zazwyczaj zachodzi bez zewnętrznego przewodnictwa, lecz jest napędzany wewnętrzną dynamiką i interakcjami10. Ponieważ organoidy ściśle naśladują strukturę i funkcję rzeczywistych organów, mogą dostarczać dokładniejszego obrazu biologii ssaków w porównaniu do tradycyjnych dwuwymiarowych hodowli komórkowych11. Ponadto jedną z głównych korzyści jest przewaga etyczna, ponieważ organoidy zmniejszają potrzebę stosowania modeli zwierzęcych, co odpowiada na obawy związane z testami na zwierzętach12,13. Ponadto organoidy stanowią platformę do wysokoprzepustowego badania przesiewowego leków, poprawiając przewidywanie skuteczności i toksyczności leków. Jednak istnieje także kilka wyzwań związanych z używaniem organoidów. Chociaż są bardziej realistyczne niż kultury dwuwymiarowe, nie oddają w pełni złożoności i interakcji całych organów w organizmie żywym. Dodatkowo, może występować znaczna zmienność między organoidami, nawet jeśli pochodzą z tego samego typu komórek, co prowadzi do niespójności w wynikach eksperymentalnych15. Dlatego hodowla organoidów w sposób odporny i powtarzalny jest niezbędna i wymaga zaawansowanych umiejętności technicznych, specjalistycznego sprzętu oraz szczegółowych protokołów.
Układ nerwowy to złożona sieć odpowiedzialna za koordynację działań i przetwarzanie informacji sensorycznych poprzez wysyłanie i odbiór sygnałów w całym ciele, kontrolując i koordynując wszystkie niezbędne funkcje, w tym ruch, odczuwanie, myślenie oraz funkcje autonomiczne, takie jak bicie serca i trawienie. Prekursorem ośrodkowego układu nerwowego, składającego się z mózgu i rdzenia kręgowego, jest cewę nerwową. Kluczowe jest zrozumienie, jak struktury nerwowe powstają i funkcjonują we wczesnym rozwoju cewy nerwowej, aby uzyskać wgląd w różne zaburzenia neurologiczne i nieprawidłowości rozwojowe. Zaburzenia neurorozwojowe są trudne do badania in vivo, zwłaszcza gdy pochodzą od ludzi ze względów etycznych. Narządy nerwowe, takie jak organoidy mózgowe16,17, znacząco poszerzyły zrozumienie rozwoju układu nerwowego i chorób, dostarczając wszechstronne, dostępne modele wierne naśladowcom ludzkiej tkanki mózgowej. Te trójwymiarowe struktury, pochodzące z pluripotentnych komórek macierzystych (PSC), replikują różne aspekty rozwoju mózgu, w tym tworzenie odrębnych obszarów mózgu, różnorodność komórkową oraz złożone sieci neuronowe 16,18,19. Pozwalając badaczom obserwować etapy rozwoju w czasie rzeczywistym i badać kluczowe mechanizmy regulacyjne, te organoidy oferują głębokie wglądy w prawidłowy rozwój mózgu. Organoidy mózgowe umożliwiają także modelowanie chorób neurorozwojowych19 i neurodegeneracyjnych20, takich jak mikrocefalia16,21, zakażenie wirusem Zika22, zaburzenia ze spektrum autyzmu23 i inne, wyjaśniając mechanizmy choroby i identyfikując potencjalne cele terapeutyczne. Dodatkowo, organoidy mózgowe stanowią cenne platformy do testowania i opracowywania leków, ułatwiając ocenę skuteczności i toksyczności leków w środowisku podobnym do ludzkiego mózgu oraz przyspieszając podejścia do medycyny spersonalizowanej. Ponadto zapewniają kontrolowane środowisko do badania interakcji gen-środowisko, poszerzając zrozumienie złożonych chorób wynikających z oddziaływania czynników genetycznych i środowiskowych. Jednakże, ponieważ organoidy nerwowe, podobnie jak organoidy mózgowe, zazwyczaj powstają z agregatów komórek, często wykazują znaczną heterogeniczność komórek i zmienność wyników eksperymentalnych, co z kolei wpływa na interpretowalność generowanych danych, stanowiąc spore wyzwanie dla badaczy17. Z tego powodu optymalizacja protokołu oraz precyzyjne kryteria kontroli jakości są kluczowe dla osłabienia cennych danych, które odpowiednio odzwierciedlają stan in vivo.
Meinhardt i jego współpracownicy (24 lata) mieli kluczowy wpływ, jako pierwsi przedstawiając protokół klonalno-narządowy naśladujący wczesny rozwój cewy nerwowej, utworzony z pojedynczych embrionalnych komórek macierzystych (ESC), który drastycznie minimalizuje heterogeniczność międzynarządowych. Ta innowacja pozwala badaczom badać procesy i mechanizmy rozwojowe, a także wzorowanie neuronalne, w precyzyjnym i określonym środowisku z wyjątkową rozdzielczością. Do tej pory wiele laboratoriów opracowało organoidy nerwowe, głównie pochodzenia mysiego lub ludzkiego, które naśladują różne części cewy nerwowej i jej rozwój, jak podsumowano wartykule 25. Jednak na podstawie dostępnych informacji, protokół ustanowiony przez Meinhardta i in.24 jest jedyną metodą, w której NTO niezawodnie tworzą się z pojedynczej komórki, samoorganizują się i efektywnie układają w grzbietowe losy po jednym globalnym impulsie kwasu retinonowego (RA) bez dodatku innych czynników wentralizujących, takich jak Sonic Hedgehog Agonist (SAG)26, czyli wykorzystanie komór mikrofluidycznych dostarczających informacji przestrzennych dzięki formowaniu się gradientów. Protokół przedstawiony tutaj został zaadaptowany z Meinhardt i in.24 , jak przedstawiono w Krammer i in.26. W tym protokole pojedyncze mysze ESC są zasiewane w matrycy hodowli komórkowej i wystawiane na określone warunki neuroróżnicowania. W ciągu dwóch dni komórki te klonalnie rozszerzają się i epitelizują, tworząc trójwymiarową strukturę okrągłą do elipsoidalnej z pojedynczym lumenem i komórkami warstwowymi wierzchołkowo-bazalnie wokół niej. Drugiego dnia globalnie stosowany 18-godzinny impuls cząsteczki sygnalizacyjnej RA zwiększa różnicowanie nerwów, posterioryzuje NTO od śródmózgowia do poziomu tylnego mózgu i rdzenia szyjnym oraz indukuje powstanie pojedynczej, funkcjonalnej płyty podłogowej do szóstego dnia, która układa NTO od brzusznego do grzbietowego.
Zoptymalizowany protokół oferuje kilka kluczowych zalet. Umożliwia solidną epitelizację w ciągu pierwszych trzech dni i generuje stosunkowo małe, kuliste tkanki o średnicy około 200 μm, z których każda zawiera pojedynczy lumen. Organoidy powstają klonalnie z pojedynczych komórek i są utrzymywane w pożywce wolnej od surowicy chemicznie zdefiniowanej pożywce. W ciągu sześciu dni osiąga się stopniową różnicację nerwową od hodowli pluripotentnych, co skutkuje powstaniem organoidów wykazujących tożsamość przedniego śródmózgowia do 6. dnia oraz struktur przypominających rdzeń kręgowy tylnego mózgu lub szyjki szyjnej o wzorcach grzbietowych po globalnym impulsie RZS26.
Kilka aspektów zostało zaadaptowanych i różni się od oryginalnego protokołu22,25, aby zwiększyć powtarzalność i przepustowość. Należą do nich zmodyfikowane warunki hodowli ESC, zmniejszona liczba komórek wejściowych, ulepszony podłoże różnicowania oraz dostosowany protokół różnicowania, który pomija suplementację Noggina w dniach 0-2 (już stosowaną w26 dniach). Ponadto gęstość siewu została zoptymalizowana do zastosowania w płytach 96-dołowych, co umożliwia analizę wysokoprzepustowości. Razem te udoskonalenia doprowadziły do 40% wzrostu efektywności formowania NTO i wzorowania, z początkowego ~40%24 do obecnie ~80%26 w zaktualizowanej wersji.
Tutaj (Rysunek 1) podano szczegółowy opis zoptymalizowanego protokołu, który pozwala na solidne i powtarzalne generowanie NTO w macierzy hodowli komórkowej. Protokół obejmuje wszystkie etapy obsługi NTO, od początkowego zasiewania ESC do testów różnicujących po późniejsze utrzymanie, utrwalanie i analizę. Zawiera także wytyczne dotyczące kontroli jakości poprzez codzienną wizualną ocenę morfologii NTO oraz krytyczną charakterystykę tożsamości organoidów za pomocą barwienia przeciwciał w celu weryfikacji poprawności wzorowania i różnicowania nerwowego. Ponadto oferowane są kompleksowe podejścia do rozwiązywania problemów, umożliwiające krytyczną ocenę na każdym etapie protokołu, co jest niezbędne do zapewnienia powtarzalności i niezawodności protokołów eksperymentalnych. Te szczegółowe instrukcje pomagają identyfikować i rozwiązywać potencjalne problemy, minimalizować błędy oraz optymalizować rezultaty. Jest to kluczowe dla zachowania integralności eksperymentów naukowych oraz umożliwienia innym naukowcom skutecznego powtórzenia prac i wyciągnięcia kompleksowych wniosków na podstawie uzyskanych danych, co przyczynia się do rozwoju dziedziny.

Rysunek 1: Przegląd protokołu. (A) Przekazywanie ESC (patrz krok 1.1). (B) Alicytowanie matrycy hodowli komórkowej i zasiewanie pojedynczych ESC do różnicowania w NTO (patrz krok 1.2). (C) Alicytowanie RZS i leczenie RZS (patrz krok 2). (D) Usuwanie RZS i rutyna codziennej wymiany medium (patrz krok 3). Ta figurka została stworzona z BioRender.com. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tej figurki.