Artykuł metodologiczny

Analiza genów różnicowych i walidacja dwusiarczkowej w modelu uszkodzenia niedokrwienno-reperfuzyjnego mięśnia sercowego u szczurów

630 wyświetleń

⸱

DOI:

10.3791/68019

⸱

18 kwietnia 2025

 , 
1Department of Cardiovascular Medicine, The Affiliated Hospital of Guizhou Medical University

W tym artykule

Podsumowanie

Protokół opisuje identyfikację kilku nowych genów różnicowych związanych z disulfideptozą, związanych z uszkodzeniem niedokrwienno-reperfuzyjnym mięśnia sercowego, poprzez analizę bioinformatyczną i walidację eksperymentalną.

Streszczenie

Uszkodzenie niedokrwienno-reperfuzyjne mięśnia sercowego (MIRI) to dodatkowe uszkodzenie, które występuje podczas procesu przywracania przepływu krwi w tkance serca po urazie spowodowanym niedokrwieniem. MIRI ma poważny wpływ na skuteczność oraz krótko- i długoterminowe rokowanie reperfuzji po zawale mięśnia sercowego. Obecnie mechanizm działania MIRI nie jest do końca jasny. Dwusiarczkoza jest nowym sposobem śmierci komórki, a związek między MIRI a ekspresją genów związanych z dwusiarczkiem (DRG) jest nadal niejasny. Po pierwsze, w badaniu tym zbadano geny o zróżnicowanej ekspresji związane z dwusiarczkowcem w MIRI poprzez analizę bioinformatyczną. Po drugie, dzięki skonstruowaniu szczurzego modelu MIRI, DRG zostały dodatkowo wykryte. W badaniu tym zidentyfikowano 12 powiązanych genów, w tym Myh9, SLC7A11, SLC3A2, Myh7b, ACTB, FLNB, Actn1, Actn4, Flnc, Dbn1 i Pdlim1. Tkanka mięśnia sercowego szczurów z MIRI wykazuje oczywiste uszkodzenia patologiczne i zdarzenia apoptozy. Wyniki immunohistochemii wykazały, że stymulacja MIRI zwiększała ekspresję białka GLUT1 w tkance mięśnia sercowego, ale ograniczała ekspresję białka F-aktyny. Ponadto znaczące różnice w ekspresji trzech białek zweryfikowano przy użyciu zewnętrznych zestawów danych i szczurzych modeli MIRI. Badanie to wykazało, że DRG mają znaczącą wartość predykcyjną w MIRI, zapewniając nowe perspektywy badania biomarkerów i potencjalnych celów terapeutycznych MIRI.

Wprowadzenie

Ostra choroba mięśnia sercowego (AMI) jest ciężką chorobą sercowo-naczyniową i pozostaje główną przyczyną śmiertelności na świecie. Przezskórna interwencja wieńcowa znacznie zmniejszyła śmiertelność u pacjentów z AMI1. Jednak terapii reperfuzyjnej mającej na celu przywrócenie ukrwienia mięśnia sercowego towarzyszy szereg niekorzystnych reakcji patologicznych i fizjologicznych. Procesy te mogą prowadzić do zwiększenia rozmiaru zawału, śmierci komórek mięśnia sercowego, utrzymujących się arytmii komorowych i nagłej śmierci2. Uszkodzenie niedokrwienno-reperfuzyjne mięśnia sercowego (MIRI) to złożona choroba sercowo-naczyniowa, na którą wpływają takie czynniki, jak cytokiny, chemokiny, czynniki wzrostu, stres oksydacyjny i przeciążenie wapniem3. Łagodzenie skutków wystąpienia objawów MIRI pozostaje poważnym wyzwaniem.

Ostatnio, disulfideptoza pojawiła się jako nowa forma śmierci komórki, charakteryzująca się szybkim załamaniem się sieci aktynowej cytoszkieletu z powodu nadmiernego nagromadzenia dwusiarczków, w tym cysteiny, w komórkach, co wynika z wyczerpania NADPH+. Nadmierna akumulacja dwusiarczku zaburza wiązania dwusiarczkowe między białkami cytoszkieletu, prowadząc do migracji aktyny i śmierci komórki4,5. W przeciwieństwie do wcześniej opisanych form śmierci komórki, takich jak apoptoza, martwica, piroptoza i ferroptoza, dwusiarczkowość jest inicjowana przez nadmierną agregację wewnątrzkomórkowych dwusiarczków i nie jest antagonizowana przez specyficzne inhibitory innych szlaków śmierci komórki. Jako charakterystyczna śmierć komórki, dowody wskazują, że nadekspresja SLC7A11 wywołana niedoborem glukozy w komórkach może wywołać disilekdozę4. Po MIRI, niewystarczające wydzielanie insuliny może wywołać hipoglikemię, a następnie disiłkowidzę, co może powodować dalsze uszkodzenia komórek mięśnia sercowego i może być jednym z nowych mechanizmów MIRI5.

W tym badaniu, głównym celem było wykorzystanie obszernych baz danych ekspresji genów, takich jak Gene Expression Omnibus (GEO), do analizy różnicowej ekspresji genów między próbkami normalnymi i MIRI. Przeprowadziliśmy analizę krzyżową między genami o zróżnicowanej ekspresji a genami związanymi z dwusiarczkozą, w celu zidentyfikowania genów związanych z dwusiarczkiem (DRG), które wykazują zróżnicowaną ekspresję w MIRI. Algorytmy uczenia maszynowego zostały wykorzystane do identyfikacji kluczowych genów, a my zweryfikowaliśmy wzorce ekspresji wybranych genów różnicowych będących przedmiotem zainteresowania za pomocą modelu zwierzęcego. Takie podejście zapewnia świeżą perspektywę w kierunku głębszego zrozumienia potencjalnych mechanizmów leżących u podstaw wystąpienia i progresji MIRI. Głównym celem tych badań było zbadanie nowego mechanizmu śmierci komórki w MIRI, odkrycie powiązanych genów różnicowych i przeprowadzenie wstępnych eksperymentów w celu potwierdzenia tych ustaleń. Ostatecznym celem było zidentyfikowanie nowych celów terapeutycznych w celu złagodzenia MIRI w oparciu o ten pojawiający się mechanizm śmierci komórki.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Protokół

Do tego badania wybrano dziewięć samców szczurów Sprague-Dawley (SD) w wieku 6-8 tygodni i wadze 180-220 g z Hubei Experimental Animal Research Center [SCXK (Hubei) 20200018]. Szczury trzymano w kurnikach wolnych od patogenów w celu aklimatyzacji przez 1 tydzień, z cyklem światła i ciemności trwającym 12 godzin/12 godzin, swobodnym piciem i jedzeniem. Obecne badanie zostało przeprowadzone za zgodą Komisji Etyki Zwierząt Trzeciego Szpitala Stowarzyszonego Uniwersytetu Medycznego Zunyi (numer zgody: (2016)-1-56). Wszystkie zabiegi zostały wykonane zgodnie z zaleceniami zawartymi w Przewodniku po opiece i użytkowaniu zwierząt laboratoryjnych wydanym przez amerykańskie National Institutes of Health. Wdrożono rygorystyczne środki w celu zminimalizowania liczby wykorzystywanych zwierząt i złagodzenia ich cierpienia.

1. Różnicowa analiza ekspresji genów związanych z MIRI i dwusiarczkowcem

UWAGA: Dane sekwencjonowania RNA z MIRI o nazwie GSE214122 zostały wybrane do badań przesiewowych genów związanych z dwusiarczkiem zgodnie z raportem literaturowym6.

  1. Otwórz bazę danych GEO, wpisz GSE214122 w polu wyszukiwania i kliknij Enter. Pobierz wygenerowane pliki macierzy serii w formacie TXT w sekcji Pobieranie.
    UWAGA: Przed przeprowadzeniem analizy danych zazwyczaj konieczne jest wstępne przetworzenie pobranych danych. Obejmuje to sprawdzanie brakujących wartości, usuwanie próbek i genów niskiej jakości oraz przeprowadzanie normalizacji lub standaryzacji danych. Pobrany GSE214122 zestaw danych zawierał próbki z grup pozorowanych i MIRI.
  2. Wykonaj różnicową analizę ekspresji genów w próbkach przy użyciu pakietu DESeq27. Rozważ geny z |log2FC|>1 (krotna zmiana większa niż 2) i FDR<0,05 jako statystycznie istotne, co skutkuje identyfikacją genów o zróżnicowanej ekspresji związanych z MIRI. Wygeneruj mapę cieplną różnicowej ekspresji genów w kroku 1.2 za pomocą pakietu pheatmap R7.
  3. Skonstruuj diagram Venna, używając pakietu VennDiagram R7 (patrz Tabela materiałów). Wygeneruj wykresy wulkanów, aby zwizualizować geny związane z dwusiarczkową za pomocą pakietu EnhancedVolcano w R7.
  4. Zbuduj sieć PPI łączącą geny o zróżnicowanej ekspresji MIRI z genami disulfideptozy, korzystając z bazy danych STRING7 (patrz Tabela materiałów).

2. Budowa modelu szczura MIRI

  1. Pościć szczury przez noc przed wykonaniem znieczulenia. Znieczulić szczury przez dootrzewnowe wstrzyknięcie 2% pentobarbitalu sodu (40 mg/kg) i przymocować kończyny do deski dla szczurów w pozycji leżącej. Potwierdź głębokość znieczulenia poprzez brak reakcji na szczypanie palców u stóp, utratę odruchu prostowania i odruch mrugnięcia okiem. Użyj maści weterynaryjnej, aby zapobiec wysuszeniu podczas znieczulenia.
  2. Zdezynfekuj skórę szyi i klatki piersiowej jodoforem i dejodynianem 75% alkoholem. Ogolić sierść szyi i lewej klatki piersiowej maszynką do golenia elektrycznego i wykonać skalpelem środkowe nacięcie szyi o długości około 2,5 cm (patrz tabela materiałów).
  3. Oddzielić tchawicę za pomocą kleszczy i wykonać intubację dotchawiczą z podłączeniem do respiratora dla małych zwierząt3 (patrz Tabela materiałów).
  4. Przeciąć 4 cm wzdłużnie wzdłuż lewej strony mostka nożyczkami okulistycznymi i tępo oddzielić mięśnie podskórne kleszczami, aby odsłonić opłucną między trzecim a czwartym żebrem.
  5. Wykonaj 4-5 cm nacięcie od wyrostka mieczykowatego do środka lewej drugiej przestrzeni międzyżebrowej, trzymając skalpel pod kątem 45°. Delikatnie i powoli oddziel mięśnie piersiowe większe i przednie zębate za pomocą kleszczy okulistycznych, aby uzyskać dostęp do przestrzeni międzyżebrowej.
  6. Wykonaj 1,5 cm poprzeczne nacięcie między lewym trzecim i czwartym żebrem za pomocą nożyczek okulistycznych. Po wycięciu osierdzia za pomocą kleszczy okulistycznych podnieś uszek lewego przedsionka za pomocą kleszczy, aby zidentyfikować ujście wieńcowe u nasady aortalnej.
  7. Podwiązać lewą przednią zstępującą tętnicę wieńcową między stożkiem płucnym a uszkiem lewego przedsionka za pomocą szwu 6-0 (patrz tabela materiałów).
  8. Po 30 minutach poluzuj szew, aby umożliwić reperfuzję przez 120 minut, a następnie zamknij warstwy mięśni i skóry za pomocą szwu 6-0. Zastosować penicylinę (patrz tabela materiałów) przez dootrzewnowe wstrzyknięcie 80 000-100 000 jednostek.
  9. W grupie pozorowanej należy wykonać wszystkie zabiegi tak, jak w grupie modelowej, ale nawlec tylko lewą przednią zstępującą tętnicę wieńcową bez podwiązania lub reperfuzji.
  10. Gdy szczury odzyskają przytomność, usuń rurki dotchawicze. Zwróć szczury do ośrodka dla zwierząt w celu odzyskania zdrowia, gdzie będą miały swobodny dostęp do jedzenia i wody. Szczura poddanego operacji należy umieścić w pojedynczej klatce z niezależnym systemem wentylacji w sterylnym laboratorium.
  11. Podczas 30 min niedokrwienia i 120 min reperfuzji należy wykonać echokardiografię. Modelowanie uznano za udane, jeśli frakcja wyrzutowa lewej komory miała mniej niż 50%1,6.

3. Zbieranie tkanek serca3

  1. Po 120 minutach reperfuzji umieść szczury w pojemniku do eutanazji, aby przeprowadzić eutanazję przez wdychanie dwutlenku węgla. Natychmiast zbierz tkanki serca szczura.
  2. Usuń włosy na brzuchu szczurów za pomocą urządzenia do golenia i wysterylizuj przednią część klatki piersiowej jodem i 75% alkoholem. Wypreparuj jamę brzuszną szczura wzdłuż linii środkowej brzucha za pomocą skalpela.
  3. Przeciąć skórę od wyrostka mieczykowatego w górę do przestrzeni podżuchwowej nożyczkami chirurgicznymi i tępo oderwać skórę i tkankę podskórną kleszczami po obu stronach, aby odsłonić klatkę piersiową i powierzchowną warstwę mięśni szyjnych (patrz tabela materiałów).
  4. Otwórz klatkę piersiową i opłucną wzdłuż linii środkowej nożyczkami chirurgicznymi, aby odsłonić serce, zaciśnij aortę za pomocą klipsa naczyniowego i przetnij tętnicę nożyczkami okulistycznymi. Wyjmij serce i rozkrój na blok tkanki o wielkości 1 mm3 w zimnej soli fizjologicznej na łaźni lodowej i utrwal 4% paraformaldehydem przez 48 godzin (patrz tabela materiałów).

4. Barwienie hematoksyliną-eozyną (H&E)

  1. Odwadnianie i zatapianie: Odwodnić blok tkanki serca, mocząc kolejno w 75% alkoholu, 85% alkoholu, 95% alkoholu (I), 95% alkoholu (II), 100% alkoholu (I) i 100% alkoholu (II) przez 1 godzinę w każdym roztworze. Przezroczyścić ksylenem (I) i ksylenem (II), zanurzając na 15 minut w każdym roztworze. Umieść blok tkanki serca w ciekłej parafinie (I), parafinie (II) i parafinie (III) na 20-30 minut po kolei. Pozwól blokowi parafiny ostygnąć w naturalny sposób, aż do zestalenia.
  2. Pokrój blok tkanki serca zatopiony w parafinie na sekcje o wielkości 4 μm za pomocą maszyny do krojenia parafiny (patrz tabela materiałów). Ułożyć sekcje płasko miękką szczotką w łaźni wodnej o temperaturze 45 °C, a następnie zebrać całkowicie rozwinięte sekcje za pomocą szkiełka.
  3. Odparafinowanie: Plastry pieczemy w piekarniku przez 30-60 min w temperaturze 55 °C, a następnie odparafinujemy ksylenem (I) przez 5-10 min i ksylenem (II) przez 5-10 minut. Następnie myj ksylen etanolem absolutnym przez 1-5 min, 95% etanolem przez 1-5 min i 75% etanolem przez 1-5 min i spłukuj wodą z kranu przez 1-5 min.
  4. Barwienie: Plamić roztworem hematoksyliny przez 5-20 min, płukać wodą z kranu przez 5-10 s, plamić roztworem eozyny przez 15-30 s i myć 75%-85% etanolem przez 30 s.
  5. Odwadniające, przezroczyste i uszczelniające: Odwodnić 95% etanolem (I) przez 0,5-2 min i 95% etanolem (II) przez 2-5 minut, a następnie etanolem absolutnym (I) przez 2-5 minut i etanolem absolutnym (II) przez 2-5 minut. Przezroczystą ksylenem (I) przez 1 minutę i ksylenem (II) przez 1 minutę, a następnie uszczelnij plasterek, dodając dwie krople neutralnej żywicy na plasterek i umieść szkło nakrywkowe. Lekko dociśnij szklankę nakrywkową, aby wypełnić plasterek neutralną żywicą (patrz Tabela materiałów).
  6. Obserwuj każdy plasterek pod mikroskopem optycznym w 200-krotnym powiększeniu w sposób podwójnie ślepy przez dwóch niezależnych techników.
    1. Wybierz trzy losowe pola widzenia, aby ocenić przekrwienie mięśnia sercowego, krwotok, zwłóknienie, martwicę i zwyrodnienie. Stosuj następujące kryteria punktacji: 0 oznacza brak zmiany; 0-1 wskazane zmiany występowały mniej niż 1/4 wyznaczonego obszaru; 1-2 wskazane zmiany mieściły się w zakresie około 1/4−1/2 wyznaczonego obszaru; 2-3 wskazane zmiany mieściły się w zakresie około 1/2−3/4 wyznaczonego obszaru; a 3-4 wskazane zmiany były większe niż 3/4 wyznaczonej powierzchni.

5. Test TUNEL

  1. Rozcieńczyć proteinazę K roztworem buforu fosforanowego (PBS) do 40 μg/ml i dodać 100 μl proteinazy K do 4 μm skrawków przygotowanych w kroku 4.3 w celu pokrycia całej powierzchni próbki i inkubować przez 10 minut w temperaturze pokojowej><. UWAGA: Proteinaza K znajduje się w zestawie do wykrywania apoptozy TUNEL (patrz Tabela Materiałów).
  2. Umyj sekcję 2x PBS przez 5 minut każda, usuń nadmiar płynu przez odsysanie bibuły filtracyjnej i utrzymuj sekcję wilgotną w wilgotnym pudełku.
    UWAGA: Proteinazę K należy umyć do czysta, aby nie zakłócać późniejszych reakcji znakowania.
  3. Równomiernie dodać 50 μl roztworu reakcyjnego TUNEL zawierającego 2 μl enzymu TdT i 48 μl buforu reakcyjnego TUNEL i umieścić sekcję w wilgotnym pudełku do inkubacji w temperaturze 37 °C w ciemności przez 2 h.
    UWAGA: Enzym TdT i bufor reakcyjny TUNEL znajdują się w zestawie do wykrywania apoptozy TUNEL.
  4. Roztwór reakcyjny TUNEL należy wyrzucić i płukać 2x PBS przez 5 minut każdy. Przemyć sekcję 3x po 5 minut PBS zawierającym 0,1% Triton X-100 i 5 mg/ml BSA.
  5. Równomiernie dodać 50 μl roztworu barwiącego DAPI i inkubować przez 10 minut w temperaturze pokojowej w ciemności. Wyrzuć roztwór barwiący DAPI i namocz sekcję w PBS, 3x, 5 minut za każdym razem.
  6. Uzyskaj sygnały czerwone TUNEL i niebieskie DAPI o długościach fal wzbudzenia i emisji odpowiednio 593/614 nm i 364/454 nm. Rejestruj obrazy pod mikroskopem fluorescencyjnym przy 200-krotnym powiększeniu (patrz tabela materiałów).

6. Barwienie immunohistochemiczne

  1. Dodać 200 μl wzmocnionego buforu blokującego endogenną peroksydazę do sekcji w kroku 4.3 i inkubować przez 10 minut w temperaturze pokojowej w ciemności. Myć sekcję 2x wodą destylowaną przez 5 min każdy.
  2. Dodać 1 ml ulepszonego roztworu do odzyskiwania antygenu cytrynianowego i 49 ml podwójnie destylowanej wody do pudełka do inkubacji przeciwciał i delikatnie wymieszać. Zanurzyć skrawek w roztworze do pobierania antygenu i ogrzewać w temperaturze 95 °C przez 20 minut, a następnie schłodzić do temperatury pokojowej (patrz tabela materiałów).
  3. Umyj sekcję 2x PBS przez 5 minut każdy. Umieścić fragment w pudełku do inkubacji przeciwciał w celu inkubacji ze 100 μl pierwszorzędowych przeciwciał przeciwko F-aktynie (1:100), GLUT1 (1:200), Myh9 (1:200), SLC7A11 (1:200) i SLC3A2 (1:200) przez noc w temperaturze 4 °C.
  4. Umyj sekcję 2x PBS przez 5 minut każdy. Dodać 100 μl przeciwciała drugorzędowego do sekcji i inkubować przez 20 minut w temperaturze pokojowej.
  5. Umyj sekcję 2x PBS przez 5 minut każdy. Barwić 100 μl roztworu roboczego DAB przez 5 minut w temperaturze pokojowej i zatrzymać reakcję barwy przez spłukiwanie oczyszczoną wodą.
    UWAGA: Roztwór roboczy DAB został przygotowany przez zmieszanie roztworu chromogenicznego DAB A i roztworu chromogenicznego B DAB w stosunku 1:1, który jest zawarty w zestawie do wywoływania koloru peroksydazy chrzanowej DAB (patrz tabela materiałów).
  6. Zabarwić skrawek 100 μl roztworu barwiącego hematoksylinę przez 3 minuty i myć pod bieżącą wodą przez 3 minuty (patrz Tabela Materiałów).
    UWAGA: Zestaw do barwienia hematoksyliny i eozyny zawiera roztwór do barwienia hematoksyliny.
  7. Zanurz sekcję w 75% etanolu, 95% etanolu i 100% etanolu na 2 minuty w każdym.
  8. Uszczelnij przekrój żywicą neutralną, przykryj szkiełkiem nakrywkowym i zbadaj przekrój pod mikroskopem optycznym przy 200-krotnym powiększeniu (patrz Tabela materiałów). Tkanki o brązowym kolorze są pozytywnymi reakcjami. Obliczyć dodatni współczynnik ekspresji jako stosunek zabarwionej powierzchni do całkowitej powierzchni pola widzenia. Wykonaj analizę ilościową za pomocą oprogramowania Image J.

7. Wykrywanie Western blot

UWAGA: Bufor do lizy i inhibitor proteazy zostały włączone do zestawu do kwantyfikacji białka BCA (patrz Tabela materiałów).

  1. Odważyć 0,1 g świeżych próbek mięśnia sercowego z kroku 3.5 i wymieszać z 1 ml buforu do lizy i 10 μl inhibitora proteazy, a następnie zmielić w szklanym pojemniku do mielenia i odwirować w temperaturze 10,304 x g przez 10 minut w temperaturze 4 °C.
  2. Zebrać supernatant i przeprowadzić kwantyfikację białka metodą BCA zgodnie z instrukcjami producenta8. Gotować supernatant w temperaturze 95 °C przez 5 minut.
  3. Oddzielić białka o różnej masie cząsteczkowej za pomocą 10% żelu rozdzielającego, ładując 10 μl próbki do elektroforezy białek pod napięciem 80/120 V.
  4. Przenieś białka z żelu do membrany PVDF9. Następnie zablokować błonę 5% odtłuszczonym mlekiem w proszku przez 1 godzinę i inkubować przez noc w temperaturze 4 °C z przeciwciałami pierwszorzędowymi Myh9, SLC7A11, SLC3A2 i β-tubuliny w rozcieńczeniu 1:1000 (patrz tabela materiałów).
  5. Po przemyciu PBS 3x przez 5 minut każde, inkubować błonę z przeciwciałem drugorzędowym (1:5000; patrz Tabela Materiałów) w temperaturze pokojowej przez 2 godziny, a następnie przemywać PBS 3x przez 5 minut każdy przed wizualizacją za pomocą przyrządu do wizualizacji białek (patrz Tabela Materiałów).
  6. Oblicz stosunek skali szarości pasm do tubuliny β za pomocą oprogramowania Image J8,9.

8. Analiza statystyczna

  1. Wyraź dane jako średnią ± odchylenie standardowe. Analizuj dane za pomocą jednoczynnikowej analizy wariancji, po której następuje test post hoc najmniej istotnej różnicy. Przeprowadzić analizę statystyczną przy użyciu komercyjnego narzędzia do analizy statystycznej (patrz Spis materiałów) i uznać p < 0,05 za statystycznie istotne.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

Przesiewowe badanie DRG w MIRI
Zbiór danych GSE214122 z Gene Expression Omnibus zawierał dane z trzech próbek kontrolnych (sham) i trzech próbek MIRI. Przy użyciu pakietu DESeq2 w języku R zidentyfikowano 1233 geny różnicowo wyrażone (DEG) pomiędzy próbkami MIRI a kontrolnymi. Na podstawie kryteriów |log2FC|>2 oraz FDR<0.05, przy użyciu pakietu pheatmap w R, wyselekcjonowano 417 genów o istotnych różnicach w ekspresji (Rysunek 1A). Następnie, na

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Dyskusja

Dwusiarczkoza jest ściśle związana z cytoszkieletem aktyny, krytyczną strukturą komórkową niezbędną do utrzymania kształtu i żywotności komórki. Cytoszkielet aktynowy, składający się z włókien aktynowych, nadaje ogólny kształt i strukturę komórkową. F-aktyna służy jako marker cytoszkieletu komórkowego, a w warunkach głodu glukozy wiązania dwusiarczkowe znacznie wzrastają, co prowadzi do obniżenia poziomu F-aktyny. Zjawisko to dotyczy przede wszystkim procesów i szlaków związanych z cytoszkieletem aktynowym i adhezją komó...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Oświadczenia

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

Podziękowania

To badanie było wspierane przez Biuro Nauki i Technologii Prowincji Guizhou (Qiankehe [2022]-583) oraz Administrację Tradycyjnej Medycyny Chińskiej prowincji Guizhou (QZYY-2016-019).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
75% alkoholuHunan Tongruijian Pharmaceutical Co. Ltd., Hunan, Chiny85026
6-0 nylonowy szewShanghai Pudong Jinhuan Medical Supplies Co. Ltd., Szanghaj, ChinyCS002
Zestaw do oznaczania ilościowego białka BCABeyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyP0011
Albumina surowicy bykaBeyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyST2254
WirówkaHunan Kaida Scientific Instrument Co. Ltd., Hunan, ChinyKH19A
DAB zestaw do rozwoju koloru peroksydazy chrzanowejBeyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyP0203
Roztwór do barwienia DAPIBeyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyPakiet
DESeq2Wersja 4.1
Kelmerpp235376
Wzmocniony endogenny bufor blokujący peroksydazęBeyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyP0100B 
Bibuła filtracyjnaNanjing Keruicai Equipment Co., Ltd., Nanjing, Chiny1.00049E+11
Mikroskop fluorescencyjnyBaza danych NikonECLIPSE Ci
GEOhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
Szlifierka do szkłaShanghai Leigu Instrument Co. Ltd., Szanghaj, ChinyB-013002
GraphPad PryzmatGraphPad OprogramowanieV8.0
Zestaw do barwienia hematoksyliny i eozynyBeyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyC0105M
Oprogramowanie Image JNational Institutes of Health, Bethesda, USAv1.8.0
Ulepszony roztwór do pobierania antygenu cytrynianowego (50X)Beyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyP0083
IodophorFolca, Shenzhen, Chiny1.00077E+11
Mikroskop optycznyNikonECLIPSE Ci
Roztwór buforowy fosforanuBeyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyC0221A
przeciwko GLUT1Proteintech Group, Inc, Wuhan, Chiny21829-1-AP
Pierwszorzędowe przeciwciała przeciwko MYH9Proteintech Group, Inc, Wuhan, Chiny11128-1-AP
Pierwszorzędowe przeciwciała przeciwko SLC3A2Wuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd., Wuhan, ChinyLJS-D-7468
Pierwszorzędowe przeciwciała przeciwko SLC7A11Proteintech Group, Inc, Wuhan, Chiny26864-1-AP
Przyrząd do wizualizacji białekThermo Fisher Scientific Inc.iBright CL750
Tablica szczurówZhengzhou Haopai Biotechnology Co. Ltd., Zhengzhou, ChinySkalpel JPB-E
Shanghai Lianhui Medical Supplies Co., Ltd., Szanghaj, Chiny1.00471E+13
Przeciwciało wtórneWuhan Boster Biological Technology, Ltd., Wuhan, ChinyBA1054 BA1054
STRING Baza danychhttps://cn.string-db.org/wersja 12.0
Triton X-100Beyotime Biotechnology, Szanghaj, ChinyST1722
TUNELProteintech Group, Inc., Wuhan, ChinyPF00009
C1006 Elektryczna maszynka do golenia Pierwszorzędowe przeciwciała Zestaw do wykrywania apoptozy

Bibliografia

  1. Lu, Z., et al. Tripartite motif 38 attenuates cardiac fibrosis after myocardial infarction by suppressing TAK1 activation via TAB2/3 degradation. iScience. 25 (8), 104780(2022).
  2. Tu, Q., et al. EGCG decreases myocardial infarction in both I/R and MIRI rats through reducing intracellular Ca2+ and increasing TnT levels in cardiomyocytes. Adv Clin Exp Med. 30 (6), 607-616 (2021).
  3. Li, Q., et al. Histone deacetylase HDAC4 participates in the pathological process of myocardial ischemia-reperfusion injury via MEKK1/JNK pathway by binding to miR-206. Cell Death Dis. 7 (1), 240(2021).
  4. Liu, X., et al. Actin cytoskeleton vulnerability to disulfide stress mediates disulfidptosis. Nat Cell Biol. 25 (3), 404-414 (2023).
  5. Yang, L., et al. Analysis of risk genes associated with disulfidptosis-related myocardial ischemia-reperfusion injury. J Chongqing Med Univ. 49 (4), 401-408 (2024).
  6. Xiao, G., et al. CXCR1 and its downstream NF-κB inflammation signaling pathway as a key target of Guanxinning injection for myocardial ischemia/reperfusion injury. Front Immunol. 13, 1007341(2022).
  7. Zhu, E. Y., et al. Screening of immune-related secretory proteins linking chronic kidney disease with calcific aortic valve disease based on comprehensive bioinformatics analysis and machine learning. J Transl Med. 21, 359(2023).
  8. Shi, D. C., et al. Potential of Dendrobium officinale oligosaccharides to alleviate chronic colitis by modulating inflammation and gut microbiota. FoodMedHomo. 2, 9420077(2025).
  9. Ning, E. J., et al. Artemisia argyi polysaccharide alleviates intestinal inflammation and intestinal flora dysbiosis in lipopolysaccharide-treated mice. FoodMedHomo. 1 (1), 9420008(2024).
  10. Zhou, H., Wang, J., Zhu, P., Hu, S., Ren, J. Ripk3 regulates cardiac microvascular reperfusion injury: The role of IP3R-dependent calcium overload, XO-mediated oxidative stress and F-action/filopodia based cellular migration. Cell Signal. 45, 12-22 (2018).
  11. Antonipillai, J., Rigby, S., Bassler, N., Peter, K., Bernard, O. Pharmacological inhibition of LIM kinase pathway impairs platelets functionality and facilitates thrombolysis. Exp Cell Res. 382 (2), 111458(2019).
  12. Kaumeyer, B. A., et al. GLUT1 immunohistochemistry is a highly sensitive and relatively specific marker for erythroid lineage in benign and malignant hematopoietic tissues. Am J Clin Pathol. 158 (2), 228-234 (2022).
  13. Patching, S. G. Glucose transporters at the blood-brain barrier: Function, regulation and gateways for drug delivery. Mol Neurobiol. 54 (2), 1046-1077 (2017).
  14. Zhou, H., et al. 3-iodothyronamine inhibits apoptosis induced by myocardial ischemia reperfusion via the Akt/FoxO1 signaling pathway. Ann Trans Med. 10 (4), 168(2022).
  15. Pecci, A., et al. MYH9: Structure, functions and role of non-muscle myosin IIA in human disease. Gene. 664, 152-167 (2018).
  16. Girolami, A., et al. Occurrence of thrombosis in congenital thrombocytopenic disorders: A critical annotation of the literature. Blood Coagulat Fibrino. 24 (1), 18-22 (2013).
  17. Li, P., et al. SLC7A11-associated ferroptosis in acute injury diseases: Mechanisms and strategies. Eur Rev Med Pharmaco Sci. 27 (10), 4386-4398 (2023).
  18. Wu, X., et al. Dihydrotanshinone I preconditions myocardium against ischemic injury via PKM2 glutathionylation sensitive to ROS. Acta Pharma Sinica B. 13 (1), 113-127 (2023).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Przedruki i uprawnienia

Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE

Poproś o pozwolenie

Tagi

Analiza r nicowej ekspresji gen wmodel szczuraanaliza bioinformatycznageny zwi zane z dysulfidoptozimmunohistochemiaekspresja bia ekposzukiwanie biomarker w
Film wkrótce dostępny

Powiązane artykuły