$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Przed pobraniem tkanek uzyskano świadomą zgodę wszystkich uczestników. Badanie to zostało zatwierdzone przez Komisję Etyczną Pierwszego Afiliowanego Szpitala Chińskiego Uniwersytetu Medycznego (Nr Zatwierdzenia: [2018]2018-110-2). Przed pobraniem tkanek uzyskano pisemną świadomą zgodę wszystkich uczestników
Izolacja i kultura hADSC
Pobieranie tkanek: Podczas rutynowych zabiegów planowej liposukcji wykonywanej w Katedrze Chirurgii Plastycznej Pierwszego Afiliowanego Szpitala Chińskiego Uniwersytetu Medycznego pobrano próbki tkanki tłuszczowej z ciała brzusznego. Wszystkie dawczynie były zdrowymi wolontariuszkami poddawanymi plastycznej liposukcji jamy brzusznej i nie przeprowadzono dodatkowych zabiegów chirurgicznych w celach badawczych. Próbki tkanek były pobierane przez chirurga operacyjnego w warunkach sterylnych bezpośrednio po aspiracji i przekazywane do laboratorium w sterylnych pojemnikach na lodzie w ciągu 30 minut.
Wielkość próby: W tym badaniu wzięło udział łącznie 6 dawców, w tym 3 młodszych dawców (wiek: 27,00 ± 4,58 lat) oraz 3 starszych dawców (wiek: 62,33 ± 4,04 roku).
Przetwarzanie tkanek: Przełóż fragmenty tkanki tłuszczowej do stożkowej rurki o pojemności 50 mL, wiruj w 1800 x g przez 3 minuty w 4 °C i ostrożnie zasysaj górną fazę oleju (aby usunąć nadmiar lipidów). Dodaj 0,2% kolagenazy typu IV (końcowa objętość: 5-10 mL na 1 g tkanki tłuszczowej) do granulki tkankowej, a następnie umieść tubkę w kąpieli wodnej lub inkubatorze o temperaturze 37 °C na 45 minut. Delikatnie mieszaj rurkę co 10-15 minut podczas trawienia, aby zapewnić równomierny kontakt kolagenazy z tkanką. Po trawieniu zakończ reakcję, dodając niskoglukozowy DMEM wzbogacony o 10% FBS oraz 1% penicyliny/streptomycyny (stosunek objętości medium neutralizującego do roztworu kolagenazy = 1:1).
UWAGA: Podczas obsługi kolagenazy należy nosić jednorazowe rękawiczki, fartuch laboratoryjny oraz okulary ochronne, aby uniknąć kontaktu ze skórą i wzrokami, przygotować i użyć odczynnika w szafce bezpieczeństwa biologicznego (BSC), aby zapobiec zanieczyszczeniu aerozolem, a w przypadku wycieku natychmiast przetrzyj 75% etanolem i utylizuj zanieczyszczone materiały jako odpady biologiczne.
Izolacja komórek: Wiruj zneutralizowaną mieszaninę trawienną w 1 200 x g przez 10 minut w 4 °C, aby rozpylić komórki. Usuń supernatant, następnie ponownie zawiesij pellet w buforze lizy erytrocytów (155 mM NH₄Cl, 10 mM KHCO₃, 0,1 mM EDTA; pH 7,4; objętość: 2-3 mL na pellet) i inkubuj w temperaturze pokojowej (22-25 °C) przez 5 minut w celu lizy pozostałości czerwonych krwinek. Filtruj zawiesinę komórkową sekwencyjnie przez sita o średnicy 200 μm, aby usunąć niestrawione resztki tkanki i uzyskać zawiesinę pojedynczą.
Liczenie komórek: Przed zasiewem liczbę komórek mierzono za pomocą hemocytometru. Krótko mówiąc, hADSC zostały odłączone z 0,25% trypsyną-EDTA, ponownie zawieszone w podłożu wzrostu i wymieszane w stosunku 1:1 z 0,4% roztworem trypan-blue. Żywotne komórki (niebarwione) były liczone ręcznie za pomocą hemocytometru Neubauera pod mikroskopem świetlnym, a całkowita liczba żywotnych komórek obliczono jako: liczba komórek/mL = (średnia liczba policzonych komórek x współczynnik rozcieńczenia x 104).
Posiew komórkowy: Nasiaj przefiltrowane komórki o gęstości 5 x 103 komórek/cm 2 w podłożu wzrostu (niskoglukozowy DMEM + 10% FBS + 1% penicylina/streptomycyna) i inkubuj w temperaturze 37 °C z 5%CO2. Wymieniaj podłoże co 2-3 dni, aby usunąć nieprzywierające komórki i utrzymać optymalne warunki hodowla. Wszystkie hADSC użyte w kolejnych eksperymentach — w tym charakteryzacja komórek (wykrywanie markerów powierzchniowych, testy różnicowania trójliniowego), stymulacja DCEF, analiza migracji i morfologii, testy starzenia/proliferacji oraz sekwencjonowanie RNA — znajdowały się na przejściu 3 do przejścia 5.
Charakterystyka hADSC
Ekspresja markerów powierzchni komórek: Hodować komórki do 70% konfluencji, następnie dysocjować komórki przylegające z 0,25% trypsyną-EDTA (inkubować w 37 °C przez 3 minuty). Wiruj zawiesinę ogniwa w 300 x g przez 5 minut w 4 °C, odrzucaj supernatant i ponownie zawiesij pellet komórkowy w 1x PBS (objętość: 1-2 mL). Zachowaj 1 x 105 komórek na próbkę (zawieszonych w 100 μL 1x PBS) i dodaj fluorescencyjnie sprzężone przeciwciała przy określonych rozcieńczeniach: anty-CD44 (1:50), anty-CD90 (1:100), anty-CD29 (1:50), anty-CD73 (1:50) oraz anty-CD105 (1:20)1,4,7. Inkubuj mieszaninę przeciwciał i komórek w temperaturze 4 °C przez 30 minut w ciemności, aby uniknąć hartowania fluoroforem. Po inkubacji wiruj w 1000 x g przez 5 minut w 4 °C i całkowicie zasysaj supernatant. Ponownie zawiesić granulek w 1-2 mL 1x PBS, ponownie wirować w 1000 x g przez 3 minuty w 4 °C, wyrzucić supernatant i powtórzyć ten proces mycia 2 razy, aby usunąć niezwiązane przeciwciała. Na koniec ponownie zawiesić pellet komórkowy w 200 μL świeżego 1x PBS, pobrać dane fluorescencyjne za pomocą cytometru przepływowego i przeprowadzić analizę ilościową za pomocą oprogramowania FlowJo (v10). Przepływ pracy gatetowania przebiegał według standardowych procedur fenotypowania MSC: bramka FSC-SSC do wykluczenia odpadów oraz wybór głównej populacji komórek na podstawie rozmiaru i granularności, a następnie podwójne wykluczenie przy użyciu wykresów FSC-A vs. FSC-H oraz SSC-A vs. SSC-H, aby zapewnić zdarzenia pojedyncze komórki. Następnie przeprowadzono bramkowanie żywych komórek, aby wykluczyć martwe komórki trypan-niebieskie lub PI-dodatnie. Dla kontrolnych osób z pojedynczym barwieniem wykonano bramkowanie fluorescencyjne, a kontrolne bez barwienia stosowano do ustalania progów dla CD29, CD44, CD73, CD90, CD105 (markery dodatnie) oraz CD34, CD45 (markery ujemne). Reprezentatywne wykresy bramkowe zostały wyeksportowane i przeanalizowane, aby potwierdzić tożsamość hADSC.
Potencjał różniczkowania
Różnicowanie adipogenne: Pobierać hADSC generacji P3 przy 85% konfluencji przy użyciu 0,25% trypsyny-EDTA, następnie zasiewać je na płytkach 24-dołkowych o gęstości 1 x 10⁵ komórek na dołek (używając kompletnego medium DMEM) i inkubować w 37 °C z 5% CO2 , aż komórki ponownie osiągną 85% konfluencję. Do indukcji użyj zestawu różnicującego adipogenezy, który rekonstytuuje komponent A (induktor adipogenny) i składnik B (podtrzymujący adipogen) zgodnie z instrukcją, i przez pierwsze 3 dni używaj składnika A, zanim przez 1 dzień przejdziesz na składnik B. Powtarzaj ten cykl przez 3 tygodnie. Do barwienia aspiruj medium indukcyjne, delikatnie myj komórki 3 mL 1x PBS (unikaj rozbijania warstw komórkowych), utrwalaj komórki 4% paraformaldehydem (PFA) w temperaturze pokojowej przez 20 minut, a następnie inkubuj w roztworze 0,3% Oil Red O (przygotowanym w 60% izopropanolu) w temperaturze pokojowej przez 15 minut. Umyj komórki 3x 1x PBS, aby usunąć nadmiar barw, a następnie obrazuj krople lipidowe za pomocą mikroskopu odwróconego światła (20x).
Różnicowanie osteogenne: Nasiaj hADSC w płytkach 12-dołkowych o gęstości 1 x 10⁵ komórek na dołek, a gdy komórki osiągną 85% konfluencję, użyj zestawu do różnicowania osteogenezy do indukcji — rekonstytuuj składnik zestawu A (induktor osteogenny) i składnik B (suplement osteogenny) w niskoglukozowym DMEM (końcowe stężenia: 10% FBS, 1% penicylina/streptomycyna, 0,1 μM deksametazon, 10 mM β-glicerofosforanu, 0,05 mM kwasu askorbinowego-2-fosforanu) i odnawiać podłoże co 3 dni przez 3 tygodnie. Do barwienia utrwalaj komórki 4% PFA w temperaturze pokojowej przez 15 minut, myj 3x za pomocą 1x PBS, a następnie inkubuj z 2% roztworem Alizarin Red S (pH 4,2, przygotowany w wodzie dejonizowanej) w temperaturze pokojowej przez 30 minut. Przemyj komórki 3x 1x PBS, aby usunąć niezwiązane plamy, następnie obrazuj guzły osadzone w wapniu pod mikroskopem fazowym (20x) i ilościowo określ mineralizację, mierząc powierzchnię guzków Alizarin Red S-dodatnich za pomocą oprogramowania ImageJ.
Różnicowanie chondrogenne: Wiruj 250 000 hADSC przy 500 x g przez 5 minut w stożkowej rurce o pojemności 15 mL, aby uformować granulkę komórkową, dodaj 500 μL kompletnego medium DMEM do probówki i inkubuj przez noc w 37 °C z 5%CO2 , aby ustabilizować granulkę. Następnego dnia użyj zestawu różnicującego chondrogenezę do indukcji – rekonstytuuj składnik zestawu A (indukator chonarogeniczny) w medium niezależnym odCO2 (końcowe stężenia: 1% penicyliny/streptomycyny, 10 ng/mL TGF-β3, 50 μg/mL kwasu askorbinowego-2-fosforanu, 100 μg/mL piropirowianu sodu) i delikatnie odświeżaj podłoże co 3 dni (nie zakłócając granulatu). Po 3 tygodniach od wprowadzenia utrwalić granulat komórkowy 4% PFA w temperaturze pokojowej przez 30 minut, aspirować utrwalający, inkubować roztworem 0,1% (w/v) Toluidine Blue O (przygotowanym w buforze octanowym 0,1 M sodu, pH 4,0) w temperaturze pokojowej przez 15 minut, zasysać barwnikę, przepłuczkę 3 razy wodą dejonizowaną, aby usunąć nadmiar barwnika, następnie obrazuj pod mikroskopem jasnego pola (20x) i ilościowo określam nagromadzenie siarczanowego proteogikanu, mierząc średnią gęstość optyczną (OD) barwienia Toluidynowym Blue O za pomocą oprogramowania ImageJ.
UWAGA: Podczas obsługi 4% PFA (toksycznego i odczynnika) pracuj wyłącznie w okapie spalającym i nosząc jednorazowe rękawice, fartuch laboratoryjny i okulary ochronne, aby uniknąć wdychania pary lub kontaktu ze skórą i oczami – jeśli do kontaktu dojdzie, natychmiast spłuknij wodą przez 15 minut i zgłoś się po pomoc medyczną. Do utylizacji odpadów niebezpiecznych zbieraj zużyte materiały PFA oraz materiały skażone PFA (np. końcówki pipety, talerze) w dedykowanym pojemniku na odpady chemiczne oznaczone jako odpady PFA i utylizuj je zgodnie z procedurami instytucjonalnymi dotyczącymi odpadów niebezpiecznych, dbając o to, by nie mieszać się z odpadami biologicznymi.
Zespół komory elektrotaksyjnej: Wywierć dwa otwory (0,75 cm średnicy) na przeciwległych końcach linii środkowej na pokrywce z miseczki Petriego o średnicy 10 cm, umieszczonej 1 cm od krawędzi naczynia (aby umożliwić mostki agarowo-solne). Nałóż cienką warstwę smaru próżniowego (≤ 2 cm długości ≤ 1 cm) na dno szalki Petriego wzdłuż linii środkowej, 4 cm od każdej krawędzi (Rysunek 1A). Używając sterylnych kleszczy z drobnym końcówkami, umieść sterylną szklaną pokrywkę o wymiarach 1 cm x 2 cm na każdą plastrę smarową i delikatnie dociśnij, aby zapewnić szczelność (unikaj zerwania pokrywki; Rysunek 1B-C). Nałóż kolejną cienką warstwę smaru próżniowego na każdą przymocowaną pokrywkę, a następnie umieść drugą sterylną szklaną pokrywkę o wymiarach 1 cm x 2 cm bezpośrednio na smarze, tworząc stos podwójnej pokrywki. Delikatnie dociskaj, aby zapewnić szczelność między dwoma pokrywkami (zapobiegać średniemu przeciekowi; Rysunek 1D). Wzdłuż linii ukośnej łączącej lewy górny róg jednego stosu pokrywy z krawędzią naczynia oraz prawy dolny róg przeciwległego stosu z najbliższą krawędzią, nałóż smar próżniowy, tworząc ciągłą ścianę barierową. Ściana powinna być mocno przylegająca do dna naczynia (bez szczelin) i mieć około 2 cm wysokości oraz 0,5 cm szerokości (Rysunek 1E). Sterylizuj złożoną komorę pod światłem UV przez 20 minut (aby wyeliminować zanieczyszczenie mikroorganizmami), a następnie przechowuj w temperaturze pokojowej w warunkach sterylnych do czasu użycia (rysunek 1F).
Stymulacja DCEF: Umieść sterylne szkiełka szklane (do zasiewania komórek) w 10-cm szalce Petriego i inkubuj przez noc w temperaturze 37 °C z 5%CO2 , aby przygotować preparaty wstępnie (wspierać przyczepność komórek). Przygotować roztwór Steinberga, rozcieńczając 10 mL 10x roztworu zapasowego w 90 mL ddH2O (bezpłodne; końcowe stężenia: 58 mM NaCl, 0,67 mM KCl, 0,44 mM Ca(NO3)24H2O, 0,83 mM MgSO47H2O, 10 mM HEPES; pH 7,4). Dodaj 0,3 g agaru do 20 mL przygotowanego roztworu Steinberga, podgrzej w mikrofalówce przez 20 sekund, aż agar się całkowicie rozpuści, a roztwór stanie się przezroczysty, następnie natychmiast wypełnij niestandardowe szklane mostki solne mieszanką gorącego agaru i Steinberga i pozwól jej zastygnąć w temperaturze pokojowej. Po zastygnięciu sterylizuj mostki solne pod światłem UV przez 15 minut, a następnie sterylizuj dwie zlewki (każda zawierająca 30 mL roztworu Steinberga) pod światłem UV przez 15 minut. Seed P3-generation hADSC na wstępnie sterylnych szkiełkach o gęstości 2 x 10⁴ komórek/cm², inkubuj w temperaturze 37 °C z 5% CO2 przez 24 godziny, aby umożliwić przyczepność komórek, następnie przenosi szkiełki z zasiewkami komórkowymi na pas startowy zmontowanej komory elektrotaksji i zabezpiecza je sterylnymi bocznymi suwakami (aby zapobiec ruchowi). Uszczelnij pas startowy, nakładając na smar próżniowy szklany pokrywak o wymiarach 3 cm x 2 cm, delikatnie dociskając, aby zapewnić szczelność i nakładając dodatkowy smar próżniowy wzdłuż krawędzi górnej pokrywy, aby utworzyć barierę (zapobiegając parowaniu medium). Napełnić zbiorniki komory medium niezależnym odCO2 (uzupełnionym 10% FBS i 1% penicyliną/streptomycyną; objętość: 5-8 mL na zbiornik), wprowadzić sterylizowane mosty agarowo-solne przez otwory w pokrywce szalki Petriego (z jednym końcem zanurzonym w medium zbiorniku komory, a drugim w zlewkach wypełnionych roztworem Steinberga), oraz podłączają zlewki do zasilania za pomocą elektrod Ag/AgCl (dostarczając stabilny prąd stały). Należy zastosować pole elektryczne prądu stałego (DCEF) o napięciu 2 V/cm przez 4 godziny, monitorować napięcie co 15 minut za pomocą cyfrowego multimetru (dostosować, jeśli to konieczne, aby utrzymać stałą siłę pola) oraz rejestrować zdjęcia poklatkowe migracji komórek co 5 minut w 4 losowych polach za pomocą oprogramowania (5x obiektyw, tryb jasnego pola).
UWAGA: Podczas korzystania ze sprzętu elektrycznego upewnij się, że zasilacz i elektrody są suche i umieszczone na powierzchni nieprzewodzącej, aby uniknąć porażenia prądem. Noś izolowane rękawice podczas podłączania lub odłączania elektrod, wyłącz zasilanie przed regulacją konfiguracji, a w przypadku przecieku medium na elementy elektryczne natychmiast wyłącz zasilanie i wytrzyj chłonnym papierem nasączonym 75% etanolem. W tym badaniu, poprzez minimalizację grubości komory elektroforezy i utrzymanie jej na poziomie około 1 mm, a także przeprowadzenie wielopunktowych pomiarów napięcia na obu końcach komory, zmiana natężenia pola była kontrolowana w zakresie 10%. W tych warunkach uważa się, że rozkład pola elektrycznego w obrębie obszaru hodowli jest zasadniczo jednolity26.
Migracja i analiza morfologii
Obrazowanie na żywo: Dla hADSC pod stymulacją DCEF zaimportuj sekwencje obrazów poklatkowych (5-minutowe interwały) do oprogramowania ImageJ, ręcznie śledz 100 komórek w 4 niezależnych polach od początku (t=0) do końca stymulacji (t=4 h) za pomocą wtyczki Manual Tracking oraz obliczaj średnią prędkość migracji (μm/min) i kierunkowość (stosunek D/T, gdzie D = odległość prosta od początku do końca, T = całkowita długość ścieżki) za pomocą wtyczki Chemotaxis Tool (ImageJ).
Śledzenie: Oblicz następujące parametry migracji, aby ilościowo określić zachowanie elektrotaktyczne: Kierunkowość (Σcosθi/n, gdzie θi to kąt między wektorem przemieszczenia komórki a kierunkiem pola elektrycznego (EF), a n to całkowita liczba śledzonych komórek, w zakresie od -1 do 1, z wartościami bliższymi 1 wskazującymi na silniejszą migrację skierowaną na anody), Odległość skumulowana (całkowita długość ścieżki pokonanej przez każdą komórkę podczas okresu stymulacji, w μm), prędkość toru (skumulowana odległość podzielona przez czas stymulacji, w μm/h) oraz odległość euklidesowa (przemieszczenie każdej komórki w linii prostej w μm, odzwierciedlające migrację netto).
Morfometria: Po stymulacji DCEF utrwal komórki 4% PFA w temperaturze pokojowej przez 20 minut, przemyj 3x 1x PBS, barw cytoszkielet falloidyną-TRITC (rozcieńczenie 1:500 w 1x PBS; objętość: 200 μL na dołek dla płytek 24-dołkowych) w temperaturze pokojowej przez 30 minut (do oznakowania F-aktyny) i zabarw jądra przeciwbarwione DAPI (1 μg/mL w 1x PBS; objętość: 100 μL na dołek) przez 5 minut. Komórki były obrazowane mikroskopem fluorescencyjnym z powiększeniem 20x (reprezentatywne obrazy o wysokiej rozdzielczości uzyskano z prędkością 40x). Falloidyna-TRITC została zwizualizowana przy użyciu długości fali wzbudzenia 540-555 nm oraz długości fali emisyjnej 565-580 nm, natomiast DAPI była obrazowana przy użyciu długości fali wzbudzenia 358-405 nm oraz długości fali emisyjnej 420-480 nm. Następnie zmierz następujące parametry morfologiczne w Obrazie J: Oś Długa (maksymalna średnica Fereta, największa odległość między dowolnymi dwoma punktami na obwodzie komórki), Długość pionowa (szerokość komórki prostopadła do osi długiej) oraz Pionowość (sinα, gdzie α to kąt między długą osią komórki a kierunkiem EF, gdzie wyższe wartości wskazują na większe dopasowanie do EF).
Testy starzenia i proliferacji
Barwienie SA-β-Gal: Użyj zestawu do wykrywania starzenia do identyfikacji komórek starzenia (komórek barwionych na niebiesko) pod mikroskopem jasnego pola (20x obiektyw). Nasiać hADSC generacji P3 na płytkach 6-dołkowych o gęstości 2 x 105 komórek na odwór, hodować do 80% konfluencji, aspirować medium, delikatnie myć komórki 3x 1x PBS, dodać 1 ml roztworu utrwalacza (dostarczonego w zestawie) na dołek i inkubować w temperaturze pokojowej przez 15 minut, przemyć komórki 3x PBS, aby usunąć pozostałości utrwalacza po fiksacji, dodaj 0,5 mL roztworu roboczego do barwienia SA-β-galon (przygotowanego przez wymieszanie 50 μL podłoża SA-β-galon z 450 μL buforu barwiącego zgodnie z instrukcją zestawu) na dołek, uszczelnij płytę przezroczystą taśmą (aby zapobiec parowaniu), inkubuj przez noc (16-18 godzin) w 37 °C (unikaj ekspozycji naCO2 , ponieważ zmienia on pH i hamuje aktywność enzymów), Następnego dnia wykonaj zdjęcia jasnego pola ≥10 losowych pól na studnię (10x cel), policz liczbę komórek zabarwionych na niebiesko (SA-β-gal+) oraz całkowitą liczbę komórek, a procent komórek senescentnych obliczaj jako (Liczba komórek SA-β-gal+ / Całkowita liczba komórek) x 100.
Immunobarwienie Ki67
Po barwieniu SA-β-gal aspiruj roztwór barwiący, płucz komórki 2x PBS, przepuszczaj błony komórkowe 0,1% Triton X-100 (przygotowany w 1x PBS; 1 mL na dołek) w temperaturze pokojowej przez 10 minut oraz blokuj wiązanie przeciwciał niespecyficznych 5% BSA (w 1x PBS; 1 mL na dołek) w temperaturze pokojowej przez 1 godzinę. Następnie komórki inkubowano z pierwotnym przeciwciałem przeciw Ki67 (rozcieńczenie 1:200 w 1% BSA/PBS; 500 μL na dołek) w temperaturze 4 °C przez noc. Następnego dnia komórki były myte 3 razy 1x PBS (po 5 minut każda), usuwając niezwiązane przeciwciało pierwotne i inkubowane przeciwciałem wtórnym Alexa Fluor 488 488 (rozcieńczenie 1:500 w 1% BSA/PBS; 500 μL na dołek) w temperaturze pokojowej przez 1 godzinę w ciemności. Komórki były ponownie myte 3 razy 1x PBS i barwione DAPI (1 μg/mL w 1x PBS; 200 μL na dołek) przez 5 minut. Obrazy fluorescencyjne wykonywano za pomocą mikroskopu fluorescencyjnego z powiększeniem 20x (reprezentatywne obrazy o wysokiej rozdzielczości uzyskano przy 40x). Komórki Ki67+ oznaczone Alexa Fluor 488 zostały zwizualizowane przy użyciu długości fali wzbudzenia 485-495 nm oraz długości fali emisyjnej 515-545 nm, natomiast jądra barwione DAPI obrazowano przy użyciu długości fali wzbudzenia 358-405 nm oraz długości fali emisyjnej 420-480 nm. Procent komórek proliferacyjnych obliczono jako: (Liczba komórek Ki67+ / Liczba jąder DAPI+ ) x 100.
UWAGA: Podczas obsługi przeciwciał pierwotnych i wtórnych należy pracować w BSC, aby zapobiec zanieczyszczeniu, aliquotować przeciwciała do jednorazowych objętości, aby uniknąć powtarzających się cykli zamarzania i rozmrażania, oraz zbierać materiały zanieczyszczone przeciwciałami (np. końcówki pipet, płytki) w dedykowanym woreczku na odpady biologiczne do autoklawu do sterylizacji przez autoklaw przed utylizacją.
Analiza elektrotaksji zależnej od wieku hADSC: Użyj zasilania impulsowego DC do generowania DCEF o trzech intensywnościach: 0 mV/mm (sterowanie), 100 mV/mm i 200 mV/mm, użycie stacji roboczej z żywymi komórkami do obserwowania i rejestrowania migracji komórek w czasie rzeczywistym, a dla każdej intensywności EF ilościowo porównanie zdolności migracyjne anodów hADSC od młodych i starszych dawczyń, mierząc skumulowaną odległość, Odległość euklidesowa, prędkość toru i skierowaność, z trzema niezależnymi biologicznymi replikacjami na grupę, aby zapewnić wiarygodność wyników. Parametry migracji elektrotaktycznej zostały zmierzone za pomocą wtyczek Manual Tracking i Chemotaxis Tool w ImageJ (NIH). Poszczególne komórki były ręcznie śledzone przez cały okres 4-godzinnej stymulacji, a według standardowych metod obliczono następujące parametry: Zgromadzona odległość: całkowita długość ścieżki pokonanej przez każdą komórkę w okresie rejestracji. Odległość euklidesowa: prosta odległość między początkową i końcową pozycją komórki. Prędkość toru: skumulowana odległość podzielona przez całkowity czas śledzenia (μm/h). Kierunkowość: obliczana jako średni cosinus kąta (θ) między każdym wektorem przemieszczenia a wektorem pola elektrycznego (wartości wahają się od -1 do 1; wartości bliższe 1 wskazują na silną migrację anodów).
Sekwencjonowanie RNA
Ekstrakcja i przygotowanie RNA: Sterylizuj pojemnik wypełniony lodem pod światłem UV przez 15 minut (aby utrzymać stabilność RNA) i wykonaj wszystkie kolejne etapy na lodzie. Przenieś szkiełka z nasionami hADSC (1 cm x 2 cm) z komory elektrotaksji do sterylnej szalki Petriego, umyj komórki 3 mL lodowatego 1x PBS (delikatnie dodaj PBS, lekko pomieszaj i całkowicie aspiruj, aby usunąć pozostałe medium), następnie dodaj 1 ml odczynnika TRIzol do każdego szkiełka i inkubuj w temperaturze pokojowej przez 20 minut, aby całkowicie lizować komórki (upewnij się, że lizat pokrywa całą warstwę komórkową). Przelej lizat do rurki wirówki o pojemności 1,5 mL wolnej od RNazy, dodaj 0,2 mL chloroformu, intensywnie zawiruj przez 15 sekund, aby wywołać separację fazową, inkubuj probówkę na lodzie przez 15 minut, a następnie wiruj w 12 000 x g przez 15 minut w 4 °C. To rozdziela lizat na trzy warstwy: górną fazę wodną zawierającą RNA, środkową warstwę białkową oraz dolną fazę organiczną. Ostrożnie przelej górną fazę wodną (≈ 0,5 mL) do nowej rurki wolnej od RNazy (unikaj dotykania warstwy środkowej), dodaj 0,5 mL izopropanolu, delikatnie przekaż wir, aby wytrącić RNA, inkubuj na lodzie przez 10 minut, a następnie wiruj w 12 000 x g przez 10 minut w 4 °C; RNA tworzy biały osad na dnie rurki. Usuń supernatant, powtórz wytrącenie izopropanolu raz, aby poprawić czystość RNA, całkowicie aspiruj supernatant, susz na powietrzu pellet RNA w BSC w temperaturze pokojowej przez 5-10 minut (nie przesuszaj, ponieważ zmniejsza to rozpuszczalność), ponownie zawiesij granulat RNA w 30 μL wody poddawanej DEPC, inkubuj w 55 °C przez 10 minut, aby ułatwić rozpuszczanie, ilościowo określić czystość RNA poprzez pomiar stosunku A260/A280 (cel: 1,8-2,0) za pomocą spektrofotometru, ocenić integralność RNA za pomocą chipu RNA Nano Chip; Cel: Numer integralności RNA [RIN] > 8,0 i przechowywać kwalifikowane próbki RNA w temperaturze -80 °C do czasu sekwencjonowania.
UWAGA: Trizol i chloroform są toksyczne, lotne i rakotwórcze, więc obchodz się z nimi wyłącznie w okapu oparowym, nosząc rękawice nitrylowe, fartuch laboratoryjny i okulary ochronne – unikaj wdychania par, wytrzyj ręcznikiem papierowym i płucz wodą mydłem i wodą przez 10 minut, jeśli zostaną rozlane na skórę, i nie mieszaj ich z wybielaczem ani innymi utleniaczami (ponieważ mogą one powodować toksyczne gazy). Do utylizacji odpadów niebezpiecznych związanych z ekstracją RNA zbieraj mieszaniny, supernatanty izopropanolu oraz skażone rurki w szczelnym, chemicznie odpornym pojemniku oznaczonym jako odpady RNA (nie mieszać z odpadami wodnymi ani biologicznymi) i utylizować je zgodnie z instytucjonalnymi protokołami niebezpiecznych odpadów, dbając o to, by nie wylewać do odpływów.
Wstępne przetwarzanie danych i kontrola jakości: Przygotowanie bibliotek sekwencjonowania z wykorzystaniem zestawu VAHTS mRNA-seq Library Prep Kit zgodnie z protokołem producenta – wzbogacaj mRNA za pomocą magnetycznych kulek oligo(dT), fragmentuj mRNA na fragmenty o częstotliwości 200-300 bp za pomocą kationów dwuwartościowych, syntetyzuj cDNA pierwszej nici za pomocą losowych heksamerów, a następnie drugiego łańcucha cDNA, wykonuj naprawę końcowych, dodaj ogony typu A, ligać adaptery sekwencjonowania, wzmacniaj biblioteki za pomocą PCR i oczyszczaj za pomocą kulek. Sekwencjonowanie bibliotek na platformie sekwencjonacyjnej (odczyty parowane na końcu 150 bp), generując około 50 milionów surowych odczytów na próbkę, a następnie użyj oprogramowania do przycinania odczytów niskiej jakości (usuwanie odczytów z bazami >50% o ocenie jakości Phred <20) oraz sekwencji adapterów, zachowując około 48 milionów czystych odczytów na próbkę (Q30 > 90%) do analizy po przycięciu.
Analiza bioinformatyczna: Zrównaj czyste odczyty z ludzkim genomem referencyjnym (GRCh38/hg38) za pomocą oprogramowania Hisat2 v2.2.1 i zapisz wyniki wyrównania jako pliki BAM, użyj oprogramowania htseq-count v0.13.5 do liczenia liczby odczytów przypisanych do każdego genu (na podstawie adnotacji genu Ensembl), normalizuj dane o liczbie genów za pomocą funkcji estimateSizeFactors z pakietu DESeq (2012) R, aby wyeliminować efekty partii i różnice w głębokości sekwencjonowania, oraz przeprowadza analizę różnicowej ekspresji za pomocą funkcji nbinomTest (pakiet DESeq), wybierając geny różnicowo ekspresyjne (DEG) przy użyciu progów zmiany fałdów (FC) > 2 oraz skorygowanej wartości p (padj) < 0,05. Przeprowadz analizę wzbogacenia genów (GO) (proces biologiczny, funkcja molekularna, komponent komórkowy) oraz analizę wzbogacenia szlaków w Encyklopedii Genów i Genomów w Kioto (KEGG) na DEG przy użyciu pakietu clusterProfiler v4.0 R, koncentrując się na wzbogaceniach związanych z migracją komórek (np. adhezja komórek, migracja komórek), transportem jonów (np. transbłonowy transport jonów sodu) oraz szlakami sygnałowymi (np. szlak sygnalizacyjny PI3K-Akt). Wykonaj nienadzorowane hierarchiczne klasteryzowanie DEG za pomocą pakietu pheatmap v1.0.12 R oraz wizualizuj wzorce ekspresji genów na próbkach za pomocą heatmapy (skalowane w wierszach z-scores).
Analiza statystyczna: Wszystkie dane eksperymentalne są prezentowane jako średnia ± błąd standardowy średniej (średnia ± SEM), z co najmniej 3 niezależnymi replikacjami biologicznymi na grupę (n ≥ 3). Użyj testu Student t-test do porównania różnic między dwiema grupami (np. młodzi a starsi dawcy) oraz jednokierunkowej analizy wariancji (ANOVA), a następnie testu post-hoc Tukeya do porównania różnic między trzema lub więcej grupami (np. różne intensywności EF), przeprowadzenia analiz statystycznych za pomocą oprogramowania SPSS 23.0 i zdefiniowania istotności statystycznej następująco: *p < 0,05, **p < 0,01, ***p < 0,001.