Rysunek 6 przedstawia przegląd przepływu pracy DIO1-SK oraz kluczowe kroki standaryzacyjne niezbędne do skutecznego wdrożenia metody w laboratorium. Workflow (Rysunek 6A) podsumowuje kolejne fazy testu, w tym użycie ludzkich mikrosomów wątroby, inkubację z testami i kontrolami, ekstrakcję jodku za pomocą separacji wymiany jonowej oraz kolorymetryczną ilościową ilościową metodą reakcji Sandell–Kolthoff (SK). Rysunek 6B podkreśla strategię standaryzacji, która stanowi solidne wyniki i wiarygodne wyniki, w tym (i) standaryzację reakcji SK, (ii) testy aktywności mikrosomów specyficzne dla partii, (iii) ocenę rozpuszczalności i testy interferencyjne, (iv) badanie zakresu oraz (v) dostosowanie stężeń w testach na podstawie pierwszego prawidłowego testu.
Kluczowym elementem tej strategii jest specyficzne dla partii testy aktywności mikrosomowej, ponieważ partie mikrosomów ludzkich wątroby mogą się znacznie różnić w aktywności dejodykacji rT3, co wymaga ustalenia odpowiedniego stężenia enzymu dla każdej nowej partii przed rutynowym testowaniem substancji.
Ta strategia testowania etapowego jest kluczowa dla wdrożenia: dopiero po zweryfikowaniu wyników testu bazowego (kontrola, zachowanie reakcji SK i aktywność mikrosomów) oraz standaryzacji warunków testu można oczekiwać, że testy substancji dadzą prawidłowe, interpretowalne profile hamowania.

Rysunek 6: Etapy pracy i standaryzacji testu DIO1 SK. (A) Workflow ilustruje zastosowanie ludzkich mikrosomów wątrobowych, ustawienie płytki 96-dołkowej, inkubację z elementami testowymi i kontrolą, ekstrakcję jodkową oraz ilościową ilościową metodę kolorymetryczną za pomocą reakcji SK. Każdy krok jest przedstawiony kolejno, aby podkreślić główne etapy testu. (B) Etapy standaryzacji obejmują standaryzację reakcji Sandell-Kolthoffa, testy aktywności mikrosomów specyficzne dla partii, ocenę rozpuszczalności i testy interferencyjne, badanie zakresu oraz dostosowanie stężeń testowych na podstawie pierwszego prawidłowego testu. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tej figurki.
Opierając się na ramach pracy i standaryzacji pokazanych na Rysunku 6, Rysunek 7 pokazuje, jak laboratoria określają odpowiednie stężenie białka mikrosomalnego (oraz rozcieńczenie po wymianie jonów), aby osiągnąć wystarczający zakres dynamiczny, jednocześnie utrzymując odpowiedź hamującą sigmoidalną dla referencyjnego inhibitora. Na Rysunku 7A poziom ΔOD21min-BG rośnie wraz ze wzrostem białka mikrosomalnego i zależy od rozcieńczenia po wymianie jonów (nierozcieńczone, 1:2, 1:4). Rozcieńczenie, które daje najwyższy ΔOD21min-BG przy zachowaniu odpowiedzi sigmoidalnej, jest wybierane do kolejnych eksperymentów (przykład: rozcieńczenie 1:2). Na Rysunku 7B porównano krzywe hamowania 6-PTU w różnych ilościach białek mikrosomalnych, aby zidentyfikować najniższe stężenie białka, które nadal daje krzywą sigmoidalną (przykład: 5 μg białka/studnię), co równoważy wrażliwość z tłem.
Co ważne, ten etap optymalizacji musi być przeprowadzony przez każde laboratorium podczas wdrażania metody, ponieważ wymagane stężenie białka zależy od aktywności użytej partii mikrosomów, co wymaga specyficznej dla partii standaryzacji stężenia enzymu.

Rysunek 7: Aktywność i hamowanie mikrosomów przez 6-PTU. (A) Wykres pokazuje wzrost aktywności jako sygnał Sandell-Kolthoffa skorygowany tłem (BG) (ΔOD21 min n- BG) przy rosnącej ilości białka mikrosomowego na dołek (log10[μg białko/dołek]), testowany przy rozcieńczonych rozcieńczeniach, 1:2 i 1:4. Najwyższe rozcieńczenie o najwyższej wartości ΔOD21 min– BG oraz o kształcie sigmoidalnym zostanie użyte w przyszłych eksperymentach. W tym przypadku jest to rozcieńczenie 1:2. (B) Krzywa stężenia–odpowiedź referencyjnego inhibitora 6-propyl-2-tioracylu (6-PTU) wykazująca aktywność uwalniania jodku (IRA w %) na wykresie w porównaniu z log10[stężenie (M)] przy różnych ładunkach białkowych mikrosomalnych (5, 7,5 i 10 μg białka/dołek). Wartości IRA są znormalizowane do kontroli rozpuszczalnika. Punkty danych obu wykresów reprezentują średnią ± SD trzech technicznych replikatów (dołków) na każdy stan z jednego reprezentatywnego testu aktywności mikrosomów. Krzywe były dopasowywane przez regresję nieliniową z wykorzystaniem czteroparametrowego modelu logistycznego ("zmiennego nachylenia") (inhibitor kontra reakcja). Najmniejsze stężenie białka o krzywej egicznej będzie używane w przyszłych eksperymentach; w tym przypadku 5 μg na studnię. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tej figurki.
Po zakończeniu etapów przepływu pracy i standaryzacji (Rysunek 6) oraz ustaleniu odpowiedniego stężenia białka mikrosomalnego dla wybranej partii mikrosomów (Rysunek 7), podstawowe parametry testu są gotowe, aby rozpocząć rutynowe testy substancji. Na tym etapie elementy testowe mogą być oceniane równolegle z zestawem kontroli płyt (element referencyjny, kontrola rozpuszczalnika oraz kontrola dodatnia/ujemna) w formacie płyty standaryzacyjnej, co umożliwia solidną normalizację i spójną interpretację profili hamujących.
Rysunek 8 pokazuje dyskryminację w testach na podstawie zachowań koncentracji i reakcji w aktywności uwalniającej jodek (IRA). Referencyjny inhibitor 6-PTU (rysunek 8A) wykazuje zależny od stężenia spadek IRA, dostarczając oczekiwany profil hamowania sigmoidalnego, zgodnie z oczekiwaniami przy weryfikacji wydajności testu. Kwas taninowy (Rysunek 8B) wykazuje profil hamujący porównywalny do inhibitora referencyjnego (maksymalna inhibicja > 90%) w podanych warunkach. Trzy najwyższe stężenia substancji testowej wykazywały ujemne wartości IRA. Wartości IRA <0% nie odzwierciedlają biologicznie istotnego "ujemnego uwalniania jodku", lecz wynikają z procedury obliczeniowej (odejmowanie tła i normalizacja do kontroli rozpuszczalnika), która może propagować niewielkie wahania w kontroli rozpuszczalnika do ujemnych wartości znormalizowanych. W związku z tym wartości IRA poniżej 0% są traktowane jako równoważne 0% (punkt wyjściowy) do interpretacji wyników. Ftalat dibutylony (Rysunek 8C) nie wykazuje hamowania (maks. hamowanie poniżej 25%) w całym badanych zakresie stężeń, co oznacza profil niehamujący. Razem te profile pokazują, że test może odróżnić zachowania hamujące od niehamujących w warunkach standaryzowanych. System testowy może również zidentyfikować częściowe inhibitory, które wykazują maksymalny poziom hamowania między 25% a 90% (dane nie są pokazane). Dalsze szczegóły dotyczące kategoryzacji tych elementów można znaleźć w Tabeli 5.

Rysunek 8: Zachowanie dawka-odpowiedź w testie DIO1–SK odróżnia inhibitory od nieinhibitorów. Krzywe dawka–odpowiedź pokazują aktywność uwalniającą jodek (IRA w %) na wykresie względem stężenia log10 (M) dla (A) inhibitora referencyjnego 6-PTU, (B) inhibitora reprezentatywnego (kwas taninowy) oraz (C) reprezentatywnego nieinhibitora (ftalat dibutylu). Wartości IRA zostały obliczone po odejmowaniu tła i znormalizowane do kontroli rozpuszczalnika. Symbole reprezentują średnią ± SD (n = 3) z jednego niezależnego eksperymentu, każdy przeprowadzony z trzema technicznymi replikacjami (studniami) na stężenie. Krzywe były dopasowywane przez regresję nieliniową z wykorzystaniem czteroparametrowego modelu logistycznego ("zmiennego nachylenia") (inhibitor kontra reakcja). Wartości IRA poniżej 0% są uważane za równoważne 0% (poziom wyjściowy) do interpretacji wyników. Dane te pokazują, że test daje sigmoidalny profil hamowania dla referencyjnego inhibitora i może potwierdzić, czy krzywa stężenia-odpowiedź jest hamująca, czy niehamująca w warunkach standaryzowanych. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tej figurki.
W prawidłowym testie kontrola rozpuszczalnika (SC) wykazuje wyraźne rozdzielenie sygnału ΔOD21 minut od w pełni zahamowanego warunku odniesienia (6-PTU, RI-C8). W przykładowym zbiorze danych (10 niezależnych przebiegów) każda płyta zawierała n = 9 technicznych replikacji dla SC oraz w pełni zahamowanej referencji (6-PTU na 10−3 M). Na wszystkich płytkach wartości SC ΔOD21 minut od płytki-średnia mieściły się od 1,383 do 1,819 (średnia ± SD: 1,565 ± 0,114), podczas gdy średnia ΔOD21-minutowa dla zahamowanego stanu 6-PTU mieściła się od 0,258 do 0,771 (średnia ± SD: 0,473 ± 0,087). Obliczenie ΔOD w tym teście opiera się na różnicy między OD0min a OD21 min, a ważność testu jest zwykle wspierana przez próg czynnika z′ >0,5.
W 10 niezależnych testach 6-PTU wygenerowało sigmoidalną krzywą stężenia-odpowiedzi z wartościami IC50 w zakresie od 1,20E-06 M do 5,02E-06 M (średnia ± SD: 2,74E-06 M ± 1,13E-06 M). Kryteria akceptacji wartości IC50 w zakresie referencyjnym od 1,00E-06 do 1,00E-05 opierają się na danych z wcześniejszych badań walidacyjnych. Jednak wartości IC50 są istotnie zależne od konkretnej partii mikrosomów i mogą wykazywać znaczną zmienność. Niemniej jednak oczekuje się, że te różnice pozostaną w tym samym rzędzie wielkości.
Jakość testu można podsumować za pomocą czynnika z′, który odzwierciedla zarówno okno sygnałowe, jak i zmienność parametrów. W opisanym zbiorze danych sześć krzywych odniesienia było powiązanych z czynnikami z′ w zakresie od 0,544 do 0,774 (średnia ± SD: 0,658 ± 0,062), co jest zgodne z powszechnie stosowanym celem akceptacji z′ > 0,5.
W praktyce nieoptymalne przebiegi można zidentyfikować na podstawie odchyleń w tle testu i/lub niespełnienia wcześniej określonych kryteriów akceptacji. Na przykład wysokie tło w reakcji Sandella-Kolthoffa wskazuje się, gdy czysta pusta diH₂O wykazuje ΔOD > 0,3, co wymaga zbadania (np. zanieczyszczenie reagentami lub problemy z jakością wody). Takie podwyższenia tła mogą zmniejszyć zakres dynamiczny testu i podnieść zmienność kontroli, co przyczynia się do niespełnionych kryteriów akceptacji, w tym czynnika z′ poniżej 0,5. Studnie wykazujące oczywiste artefakty techniczne (np. opady lub nieprawidłowe przebarwienia) są wykluczane z oceny. Wyłączone są również wartości odstające, wyznaczone za pomocą testów odstających na wykresie pudełkowym. Jeśli kryteria akceptacji nie zostaną spełnione po usunięciu wartości odstającej, test jest uznawany za nieważny i musi być powtórzony.
| Odczynnik/Bufor | Informacje o przygotowaniu |
| Roztwór kwaśnego cerium amonowego (40 mM (NH4)4Ce(SO4)4*2H2O, 0,5 M H2SO4) (250 mL) | Dodaj 6,32 g (NH4)4Ce(SO4)4*2H2O oraz 125 mL diH2O do kolby objętościowej o pojemności 250 mL. Dodaj 125 mL 1 M H2SO4, aby uzyskać końcową objętość 250 mL. Przechowuj w temperaturze pokojowej do 6 miesięcy. |
| DTT (Aliquots of 1 M) | Aliquot przygotowany lub podany 1 M roztworu DTT w H2O jako 0,5 mL aliquotów w rurkach mikrowirówki o pojemności 1,5 mL i przechowywany w -20°C do 6 miesięcy. |
| HEPES (50 mM) / EDTA (2,16 mM) bufor (pH 7,0) | Używając kolby objętościowej o pojemności 250 mL, dodaj 12,5 mL 1 M roztworu HEPES, 201 mg etylendiaminetetraoctowego kwasu octowego (EDTA) i napełnij do 250 mL diH2O. Przechowuj w temperaturze 4°C do 3 miesięcy. |
| Roztwór rT3 ("probówki mieszanki podłoża") | Rozpuszczaj rT3 w DMSO do końcowego stężenia 6 mM, aliquotuj je w porcjach po 10 μL w probówkach wirówek 15 mL i przechowywaj w temperaturze -20°C do 6 miesięcy. |
| Roztwór arsenitu sodu (25 mM NaAsO2, 0,8 M NaCl, 0,5 M H2SO4) (250 ml) | Do kolby objętościowej o pojemności 250 mL należy dodać 0,81 g NaAsO2, 11,7 g NaCl i 125 mL diH2O. Dodaj 125 mL 1 M H2SO4, aby uzyskać końcową objętość 250 mL. Przechowuj w temperaturze pokojowej do 6 miesięcy. |
Tabela 1: Przygotowanie buforów i odczynników. Ta tabela przedstawia etapy przygotowania i instrukcje przechowywania wszystkich buforów i roztworów zapasowych używanych w badaniu DIO1 SK, w tym buforu HEPES/EDTA, roztworu DTT, rT3, roztworu kwaśnego amonu cerium oraz roztworu arsenitu sodu.
| Nazwa rozcieńczenia elementu referencyjnego | Stężenie rozcieńczenia przedmiotu referencyjnego [M] | 10% DMSO [μL] | Pozycja referencyjna | Końcowe stężenie elementu referencyjnego w testie [M] |
| RI-C8 | 1.00E-02 | 450 | 50 μL roztworu referencyjnego towaru 10-1 M | 1.00E-03 |
| RI-C7 | 1.00E-03 | 450 | 50 μL RI-C8 | 1.00E-04 |
| RI-C6 | 1.00E-04 | 450 | 50 μL RI-C7 | 1.00E-05 |
| RI-C5 | 3.16E-05 | 342 | 158 μL RI-C6 | 3.16E-06 |
| RI-C4 | 1.00E-05 | 450 | 50 μL RI-C6 | 1.00E-06 |
| RI-C3 | 3.16E-06 | 450 | 50 μL RI-C5 | 3.16E-07 |
| RI-C2 | 1.00E-06 | 450 | 50 μL RI-C4 | 1.00E-07 |
| RI-C1 | 1.00E-07 | 450 | 50 μL RI-C2 | 1.00E-08 |
Tabela 2: Przygotowanie rozcieńczeń elementów referencyjnych. Ta tabela podsumowuje przygotowanie seryjnych rozcieńczeń dla pozycji referencyjnej (6-PTU), w tym stężenia, objętości DMSO oraz końcowe stężenia użyte w teście.
| Mikrosome na dołek [μg] | diH2O [μL] | Rozcieńczenie mikrosomów [μL] | Końcowe stężenie enzymu w teście [μg/mL] |
| 20 | 780 | 20 μL roztworu zapasowego mikrosomu 20 mg/mL | 200 |
| 10 | 400 | 400 μL mikrosomu 20 μg na rozcieńczenie dołka | 100 |
| 5 | 400 | 400 μL mikrosomu 10 μg na rozcieńczenie dołka | 50 |
| 2.5 | 400 | 400 μL mikrosomu 5 μg na rozcieńczenie dołka | 25 |
| 1.25 | 400 | 400 μL mikrosomu 2,5 μg na rozcieńczenie dołka | 12.5 |
| 0.68 | 400 | 400 μL mikrosomu 1,25 μg na rozcieńczenie dołka | 6.8 |
Tabela 3: Przygotowanie rozcieńczeń mikrosomów. Ta tabela przedstawia schemat rozcieńczania białka mikrosomalnego na dołek, w tym wymagane objętości roztworu diH₂O i mikrosomowego zapasu, aby uzyskać końcowe stężenia białek mikrosomalnych do testu.
| Kryteria akceptacji | Sugerowana wartość progowa |
| Numeryczne | |
| IC50 pozycji referencyjnej [M] | 1*10-05 - 1*10-06 |
| CV log IC50 szacunkowa pozycja referencyjna [%] | < 3 |
| Negatywna kontrola IRA [%] | 80 - 120 |
| Dodatnia kontrola IRA [%] | < 20 |
| Czynnik z'- | > 0.5 |
| Binarność | |
| Kształt elementu referencyjnego (sigmoidalny?) | Tak |
| Końcowa krzywa stężenia-odpowiedź elementu referencyjnego składa się z minimum sześciu stężeń z trzech replikatów | Tak |
| Końcowa krzywa stężenia-odpowiedź testowanego produktu składa się z minimum sześciu stężeń z trzech replikatów | Tak |
Tabela 4: Kryteria akceptacji do testu DIO1 SK. Ta tabela przedstawia kryteria akceptacji dla ważności testu, takie jak zakres IC₅₀, współczynnik zmienności, wartości IRA dla kontroli, czynnik z'-oraz wymagania dla krzywych stężenia-odpowiedzi. Okna akceptacji zostały wyprowadzone z wcześniej zgłoszonych badań walidacyjnych DIO1-SK6, w tym oceny powtarzalności opartej na pięciu niezależnych testach, które wpłynęły na referencyjne okno IC₅₀. W przykładowym zbiorze danych składającym się z 10 niezależnych przebiegów, wydajność czynnika z′ wahała się od 0,544 do 0,774 (średnia ± SD: 0,658 ± 0,062), co wspiera próg akceptacji z′ użyty tutaj.
| Kategoria (według skuteczności) | Podkategoria (według mocy) | Aktywność hamująca | Próg |
| Kategoria 1: pełny inhibitor | O: Silny pełny inhibitor | Całkowicie hamuje aktywność DIO1 w stężeniu porównywalnym z elementem referencyjnym 6-PTU | Maksymalna hamowanie większe 90% oraz IC50 na lub poniżej górnego zakresu IC50 6-PTU |
| B: Słaby pełny inhibitor | Całkowicie hamuje aktywność DIO1 w wyższych stężeniach niż referencyjny element 6-PTU | Maksymalna hamowanie większe o 90% oraz IC50 powyżej górnego zakresu IC50 6-PTU |
| Kategoria 2: częściowy inhibitor | - | Brak pełnej inhibicji, ale większa niż ujemna i kontrola rozpuszczalnika | Maksymalna hamowanie między 25% a 90% |
| Kategoria 3: nie inhibitor | - | Nie hamuje DIO1 (tak samo jak ujemna i rozpuszczalnikowa kontrola) | Maksymalne hamowanie poniżej 25% |
Tabela 5: Klasyfikacja zadań testowych na podstawie mocy i skuteczności hamowania DIO1. Zadania testowe dzieli się na trzy grupy skuteczności (pełne, częściowe lub nieinhibitorowe) na podstawie maksymalnej inhibicji aktywności DIO1. Pełne inhibitory są dodatkowo podkategorizowane według potencji, w zależności od ich IC₅₀ względem referencyjnego elementu 6-PTU.