Ten protokół opisuje podejście do badania przyczynowych efektów przewlekłych cech metabolicznych na udar drobnych naczyń oraz ocenę pośredniczącej roli depresji za pomocą analizy randomizacji mendelowskiej.
Subskrypcja JoVE jest wymagana do oglądania tego materiału. Zaloguj się lub rozpocznij bezpłatny okres próbny.
Artykuł badawczy
* These authors contributed equally
Ten protokół opisuje podejście do badania przyczynowych efektów przewlekłych cech metabolicznych na udar drobnych naczyń oraz ocenę pośredniczącej roli depresji za pomocą analizy randomizacji mendelowskiej.
Przewlekłe cechy metaboliczne, takie jak wskaźnik masy ciała (WZ), otyłość i cukrzyca typu 2 (CZ-2) są znanymi czynnikami ryzyka chorób naczyń mózgowych. Depresja, często współistniejąca z zaburzeniami metabolicznymi, może wpływać na te powiązania. Przeprowadzono analizę randomizacji mendelowskiej (MR) z dwoma próbkami, aby zbadać przyczynowe wpływy genetycznie przewidzianego WZ, otyłości i CZ-2 na udar małego naczynia (UMN) i zaburzenie depresyjne (ZD). Dodatkowo oceniano związek między depresją a UMN oraz zastosowano dwustopniową analizę mediacji MR, aby zbadać, czy depresja pośrednicząco wpływa na powiązania między przewlekłymi cechami metabolicznymi a ryzykiem UMN. Wyższy WZ, otyłość i CZ-2 były istotnie związane ze zwiększonym ryzykiem UMN (WZ: OR = 1,25, p = 1,27 × 10-3; Otyłość: OR = 1,09, p = 0,032; CZ-2: OR = 1,17, p = 1,14 × 10-7). Wszystkie trzy cechy również zwiększały ryzyko ZD (WZ: OR = 1,20, p = 3,31 × 10-10; Otyłość: OR = 1,06, p = 0,006; CZ-2: OR = 1,03, p = 0,035). Z kolei ZD zwiększało ryzyko UMN (OR = 1,11, p = 0,035). Analizy mediacyjne wskazały, że depresja wykazuje potencjalny częściowy efekt mediacyjny w powiązaniu WZ-UMN (efekt pośredni = 0,019, p = 0,046), podczas gdy mediacja poprzez otyłość lub CZ-2 była nieistotna statystycznie. Wyniki te podkreślają znaczenie uwzględniania współistniejącej depresji u osób z zaburzeniami metabolicznymi w celu zmniejszenia ryzyka chorób naczyń mózgowych.
Udar jest jedną z głównych przyczyn zgonów i niepełnosprawności na świecie, z szacowaną liczbą 12 milionów nowych przypadków rocznie i ponad 100 milionów ludzi żyjących z jego długoterminowymi konsekwencjami1,2. Wraz ze starzeniem się populacji globalnej i rosnącą częstością chorób związanych z trybem życia, obciążenie związane z udarem spodziewa się wzrostu, prowadząc do znacznych skutków dla zdrowia i społeczno-ekonomicznych1,2. Oprócz dobrze ustanowionych czynników ryzyka, takich jak nadciśnienie, cukrzyca, dyslipidemia, palenie i otyłość, nowe dowody sugerują, że zaburzenia psychiczne, szczególnie zaburzenie depresyjne (MDD), mogą również przyczyniać się do ryzyka udaru3,4,5. Jednak skomplikowana współpraca między chorobami metabolicznymi, depresją i udarem pozostaje słabo zrozumiana.
Randomizacja mendelowska (MR) wykorzystuje warianty genetyczne jako zmienne instrumentalne (IV) w celu zmniejszenia efektu zamieszania i odwrócenia przyczynowości, zapewniając tym samym bardziej solidne ramy dla wniosków przyczynowych w porównaniu z konwencjonalnymi badaniami obserwacyjnymi6. W przeciwieństwie do projektów obserwacyjnych, które są podatne na pozostałe zamieszczenie, błędy pomiaru i odwróconą przyczynowość, MR wykorzystuje losowe przypisanie wariantów genetycznych w momencie poczęcia, aby przybliżyć naturalny eksperyment. Ponadto, w porównaniu z innymi podejściami do wniosków przyczynowych, takimi jak modele mediacji oparte na regresji, MR oferuje większą odporność na niezmierowane zamieszanie, szczególnie podczas badania złożonych, wzajemnie powiązanych cech. Duże skala badań skojarzeń genomowych (GWAS) umożliwiła zastosowanie MR dwupróbkowego do badania przyczynowych łączy między złożonymi cechami i chorobami na poziomie genetycznym. Wcześniejsze badania MR wykazały przyczynowe efekty chorób metabolicznych – takich jak wskaźnik masy ciała (BMI), otyłość i cukrzyca typu 2 (T2D) – na udar7,8,9. Podobnie, dowody genetyczne potwierdzają dwukierunkową relację między depresją i udarem10. Jednakże, czy depresja pośredniczy w wpływie chorób metabolicznych na udar, nie zostało jeszcze systematycznie ocenione.
Kilka potencjalnych biologicznych mechanizmów wspiera rolę pośredniczącą depresji. Przewlekłe zaburzenia metaboliczne są znane z promowania ogólnoustrojowego zapalenia, dysfunkcji śródbłonka i dysregulacji osi podwzgórze-przysadka-kora nadnerczy, co może zwiększać podatność na depresję11. Z kolei depresja wiąże się z czynnikami ryzyka behawioralnego (np. palenie, brak aktywności fizycznej, niezdrowe odżywianie), nierównowagą układu autonomicznego, nadczynności płytek krwi i zwiększoną sekrecją kortyzolu, co wszystko może podnieść ryzyko udaru12,13. Badania obserwacyjne próbowały zająć się tymi ścieżkami, ale wyniki pozostają niejednoznaczne ze względu na zamieszanie, krótki okres obserwacji i błędy pomiaru14. W konsekwencji, przyczynowa natura ścieżki choroby metabolicznej-depresja-udar pozostaje niejasna. Chociaż MR może wzmocnić wnioski przyczynowe, nie może w pełni wyjaśnić szczegółowych mechanizmów biologicznych ani bezpośrednio informować o interwencjach klinicznych, a jego ważność zależy od kluczowych założeń, takich jak brak poziomej pleiotropii.
W niniejszym badaniu dwie hipotezy zostały zbadane przy użyciu analiz uniwariantowych, multiwariantowych i dwuetapowych MR dwupróbkowych. Po pierwsze, przyczynowe stosunki między cechami metabolicznymi (BMI, otyłość i T2D) a ryzykiem małego udar mózgu (SVS) zostały zbadane. Po drugie, potencjalna rola pośrednicząca depresji w tych stosunkach została oceniona, a proporcja pośrednictwa została zmierzona. Ta rama analityczna jest szczególnie odpowiednia do rozdzielania efektów mediacji wśród skorelowanych cech metabolicznych i psychiatrycznych, ponieważ rozkłada całkowite efekty na bezpośrednie i pośrednie komponenty, minimalizując jednocześnie zamieszanie. Wykorzystując duże skalę danych z podsumowania GWAS, to badanie dostarcza nowych dowodów genetycznych w celu wyjaśnienia interakcji między zaburzeniami metabolicznymi, depresją i SVS. Te wyniki mogą pomóc w identyfikacji biologicznych ścieżek leżących u podstaw ryzyka udaru i informować zintegrowane strategie zapobiegania, skierowane zarówno na zdrowie metaboliczne jak i psychiczne.
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Przeprowadzono analizy uniwariantowe, multiwariantowe i dwuetapowe z dwoma próbami MR, aby zbadać, czy genetycznie przewidywane przewlekłe choroby metaboliczne były przyczynowo związane z ryzykiem SVS i ocenić udział pośredniczenia przez MDD. Schemat przepływu analiz MR w niniejszym badaniu przedstawiono na Rysunku 1. Szczegółowe charakterystyki wszystkich zestawów danych GWAS wykorzystanych w niniejszym badaniu zostały podsumowane w Tabeli uzupełniającej 1. Statystyki podsumowujące GWAS uzyskano z publicznie dostępnej bazy danych (IEU OpenGWAS: https://gwas.mrcieu.ac.uk/) za pomocą platformy oprogramowania do analizy randomizacji mendelijskiej (patrz Tabela materiałów) poprzez funkcje extract_instruments() i extract_outcome_data(). Ekspozycje obejmowały BMI15 (ebi-a-GCST90013974), otyłość16 (ieu-a-90) i cukrzycę typu 2 (T2D; ebi-a-GCST006867). Mediatorem było zaburzenie depresyjne w formie ciężkiej (MDD; ieu-a-1188)18, a wynikiem SVS (ebi-a-GCST006909). Wszystkie zestawy danych GWAS obejmowały osoby o głównie europejskiej pochodzeniu, aby zminimalizować stronniczość związaną z stratyfikacją populacji.
Dane GWAS cech przewlekłych metabolicznych
Przewlekłe choroby metaboliczne badano jako ekspozycje, w tym BMI, otyłość i cukrzyca typu 2. Statystyki podsumowujące GWAS dla BMI15 (ebi-a-GCST90013974) i otyłości16 (ieu-a-90) uzyskano z konsorcjum MRC-IEU i GIANT (pochodzenie europejskie, do 407 609 osób w przypadku BMI i 32 858 przypadków/65 839 kontroli w przypadku otyłości). Dane dotyczące cukrzycy typu 217 (ebi-a-GCST006867) pochodzą z konsorcjum DIAGRAM (pochodzenie europejskie, 62 892 przypadki/596 424 kontroli). Te zestawy danych GWAS są publicznie dostępne i oparte głównie na UK Biobank i innych dużych kohortach.
Dane GWAS na depresję
W przypadku wyników dotyczących depresji zastosowano najnowsze statystyki podsumowujące GWAS z Konsorcjum Genomiki Psychiatrycznej (PGC) (ieu-a-1188)18, w tym 59 851 przypadków i 113 154 kontroli pochodzenia europejskiego. Rozpoznanie MDD w uwzględnionych kohortach opierała się na strukturalnych wywiadach klinicznych lub zweryfikowanych samoopisach zgodnie z kryteriami diagnostycznymi DSM-III/IV lub ICD-9/10. Osoby z historią zaburzeń dwubiegunowych lub schizofrenii zostały wykluczone.
Dane GWAS na SVS
Statystyki podsumowujące dotyczące udaru uzyskanych z konsorcjum MRC-IEU (ebi-a-GCST006909)19, które obejmowały do 5 386 przypadków i 192 662 kontroli o głównie europejskim pochodzeniu. SVS określono na podstawie diagnozy lekarza i/lub dokumentacji klinicznej. Zestaw danych ten był szeroko stosowany w badaniach MR dotyczących czynników ryzyka naczyniowego i jest publicznie dostępny.
Analiza statystyczna
Wszystkie analizy przeprowadzono w R (wersja 4.1.2) za pomocą platformy oprogramowania do analizy randomizacji mendelijskiej (patrz Tabela materiałów). MR z dwoma próbami przeprowadzono za pomocą polimorfizmów jednonukleotydowych (SNP) jako zmiennych instrumentalnych (IV), które muszą spełniać trzy podstawowe założenia: istotność (skorelowane z ekspozycją), niezależność (nieskorelowane z czynnikami mylącymi) i ograniczenie wyłączające (wpływające na wynik tylko poprzez ekspozycję)20,21,22. SNP wybierano na podstawie znaczenia w całym genomie (p < 5 × 10-5), usuwania disequilibrium wiązań (r2 < 0.001 w oknie 10 000 kB) i statystyk F >10, aby uniknąć słabego efektu instrumentu20,22. Grupowanie LD przeprowadzono za pomocą europejskiego panelu referencyjnego z projektu 1000 Genomes23. Podczas ekstrakcji danych i harmonizacji wykluczono SNP palindromiczne i niejednoznaczne. Podczas ekstrakcji danych wynikowych za pomocą funkcji extract_outcome_data(), SNP palindromiczne początkowo były zachowywane przy użyciu standardowych funkcji ekstrakcji, a informacje o częstości alleli używano do wnioskowania o wyrównaniu nić w miarę możliwości. SNP o częstości alleli małej (MAF) poniżej ustalonego progu (np. MAF < 0.3) były zachowywane, ponieważ orientację nić można było wiarygodnie wywnioskować, podczas gdy te o pośrednich częstościach alleli były uważane za niejednoznaczne. Podczas etapu harmonizacji za pomocą funkcji harmonise_data(), SNP palindromiczne o niejedno
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Przyczynowe wpływy przewlekłych cech metabolicznych na SVS
W jednowarstwowych analizach MR, genetycznie przewidziane wyższe BMI, otyłość i cukrzyca typu 2 były wszystkie pozytywnie związane ze zwiększonym ryzykiem SVS. Korelacje były spójne w analizie wrażliwości, bez dowodów na znaczącą poziomą pleotropię według testu przechwytującego MR-Egger. Genetycznie przewidziane wyższe BMI było znacząco związane ze zwiększonym ryzykiem SVS, pokazując o 25,0% wyższe szanse (OR = 1,250, ...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
W niniejszym badaniu MR systematycznie zbadano przyczynowe powiązania między głównymi przewlekłymi cechami metabolicznymi (BMI, otyłość i cukrzyca typu 2), depresją i SVS. Badanie podkreśla trzy kluczowe odkrycia. Po pierwsze, genetycznie przewidywana wyższa wartość BMI, otyłość i cukrzyca typu 2 były przyczynowo związane ze zwiększonym ryzykiem SVS. Po drugie, te cechy metaboliczne były również związane ze zwiększonym ryzykiem depresji, podczas gdy sama depresja wykazywała przyczynowy związek z SVS. Po trzecie, analizy ...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Autorzy deklarują, że nie mają żadnych konfliktów interesów.
Praca ta była wspierana przez Program Nauki i Technologii Jiaxing (2023AD11020, 2023AD11019, 2022AY30029, 2023AD31033) oraz Program Medycyny i Nauki o Zdrowiu i Technologii Zhejiang (2024KY1689).
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Oprogramowanie R (wersja 4.1.2) | The R Foundation | https://www.r-project.org/ | Środowisko do komputerowych obliczeń statystycznych |
| Pakiet TwoSampleMR (wersja 0.6.22) | IEU OpenGWAS | https://mrcieu.github.io/TwoSampleMR/index.html | Oprogramowanie do analizy randomizacji mendelowskiej |
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.