$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Wszystkie niebezpieczne substancje (np. glutaraldehyd, bufor sodu kakodylatany, heksametylodylazana [HMDS] oraz etanol) były traktowane zgodnie z instytucjonalnymi politykami Ochrony Środowiska i Bezpieczeństwa (EHS). Przygotowanie i stosowanie lotnych/toksycznych odczynników odbywało się w certyfikowanym okapie chemicznym z odpowiednim sprzętem ochronnym (fartuch laboratoryjny, ochrona oczu i rękawice chemiczne), a łatwopalne rozpuszczalniki trzymano z dala od źródeł zapłonu. Odpady chemiczne były segregowane i zbierane w odpowiednio oznakowanych pojemnikach (w tym dedykowane odpady zawierające arsen dla kakodylatów oraz rozpuszczalniki dla HMDS/etanolu) w celu utylizacji w ramach instytucjonalnego programu odpadów niebezpiecznych. Materiały biologicznie niebezpieczne (kultury bakteryjne, zanieczyszczone płytki i jednorazowe materiały) były dekontaminowane zgodnie z procedurami biobezpieczeństwa (np. autoklawowanie lub zatwierdzone środki dezynfekcyjne) przed utylizacją, a wszelka sterylizacja tlenkiem etylenu przeprowadzana zgodnie z protokołami i wymaganymi praktykami napowietrzania.
Modele drukowane w 3D
Modele zaprojektowano przy użyciu darmowego oprogramowania wspomaganego komputerowo i wydrukowano na drukarce 3D wyposażonej w technologię modelowania osadzania fuzyjnego, z włóknami o średnicy 1,75 mm (PLA) i glikolu z polietylen-tereftalianu (PETG) (Tabela materiałów). Parametry druku użyte do wytwarzania próbek były następujące: prędkość ruchu dyszy (0,4 mm) 1800 mm/min; prędkość pierwszej warstwy 300 mm/min; temperatura dyszy przy wytłaczaniu 220 °C (PLA) i 255 °C (PETG); temperatura warstwy 60 °C; wysokość warstwy 0,08 mm; szerokość wytłaczania 0,48 mm i; gęstość wypełnienia 100% dla wszystkich próbek. Żadna z próbek nie wymagała stosowania konstrukcji nośnych. Modele 3D składały się z dysków, płyt płaskich, urządzenia biofilmowego Calgary (CBD) oraz zmodyfikowanego urządzenia Robbinsa (MRD). Dyski zaprojektowano jako cylinder o średnicy 6 mm x 6 mm wysokości.
Dla CBD stworzono model (Tabela materiałów). CBD składało się z dwóch części: płyty bazowej, standardowej mikromiareczki z 96 dołkami (format ANSI/SLAS) oraz pokrywy (płytka kołkowa): pokrywki polimerowej (PLA lub PETG) z 96 cylindrycznymi kołkami o średnicach 2 mm i wysokości 5 mm. MRD został opracowany z pinami o średnicy i wysokości 4 mm zamocowanymi w modelu gwintowanym (Tabela materiałów). Po zakończeniu procesu druku modele były ostrożnie usuwane z płyty roboczej, wizualnie sprawdzane pod kątem odkształceń, a następnie sterylizowane tlenkiem etylenu.
Model dysku statycznego biofilmu
Metoda ta została użyta do indukowania powstawania biofilmu na PLA przy użyciu wcześniej opisanych cylindrycznych dysków 6 mm × 6 mm23 (Rysunek 1).

Rysunek 1: Dyski PLA i PETG oraz płytka z 24 dołkami do tworzenia biofilmu na modelach tych dysków. (A) Reprezentatywne dyski PLA i PETG drukowane w 3D przed szczepieniem bakteryjnym i tworzeniem biofilmu. (B) Dyski PLA i PETG umieszczone w 24-dołkowej płycie podczas indukcji biofilmu w warunkach hodowli in vitro . Skróty; PLA = kwas polimlekowy; PETG = glikol z polietylentereftalianu zmodyfikowany. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.
S. aureus przechowywano w temperaturze −80 °C w tryptycznym bulionie sojowym (TSB) z dodatkiem 15% glicerolu, a przed każdym eksperymentem hodowano na agarze krwi i inkubowano przez 24 godziny w 37 °C. Izolowana kolonia została ponownie zawieszona w 10 mL TSB uzupełnionym 50 mM glukozą, dodana do stożkowej probówki o pojemności 50 ml i inkubowana przez 24 godziny w 37 °C w orbitalnym shakerze przy 120 obr./min. Powstała hodowla była wirowana przez 5 minut przy 200 x g, a supernatant odrzucano. Pellet był myty trzykrotnie 10 mL sterylnego NaCl o stężeniu 0,9%. W ostatnim etapie płukania pellet został ponownie zawieszony w 10 mL świeżego TSB, aby uzyskać bakteryjną zawiesinę o mętności równoważnej standardowi McFarlanda 0,5 (około 1,5 ×10 8 CFU/mL), określonym przez nefelometrię. Następnie zawieszenie zostało rozcieńczone w stosunku 1:10 na 10 mL TSB w stożkowej probówce o pojemności 15 mL, aby uzyskać końcowe stężenie bakteryjne 107 CFU/mL. W eksperymentach z dyskami do każdej jamki sterylnych płytek 24-dołkowych dodano 2 mL poprzedniej zawiesiny bakteryjnej, aby pokryć każdą grupę dysków (PLA i PETG) na 2 godziny i umożliwić przyczepność komórek. Dyski były następnie aseptycznie przenoszone za pomocą sterylnych pęset na nową sterylną płytkę 24-dołkową zawierającą 2 mL 0,9% NaCl, aby usunąć komórki planktonowe. Do dołków dodano świeże 10 mL TSB, a płytki inkubowano w temperaturze 37 °C przez 24 godziny. Podczas tego etapu komórki przylegające do powierzchni dysków tworzyły biofilm. Po inkubacji podłoże hodowlane było zasysane, a dyski myto 2 mL 0,9% NaCl, aby usunąć pozostałe medium i komórki nieprzylegające. Przygotowano płytkę 24-dołkową z 1 mL roztworu wankomycyny przy rozcieńczeniach seryjnym (2–4 096 mg/L), a dyski zanurzano przez 24 godziny. Włączono grupę kontrolną bez wankomycyny (NaCl 0,9%). Po 24 godzinach dyski były myte 2 mL NaCl 0,9%.
Aby ilościowo określić obecność przyklejonych bakterii na dyskach, każdy dysk był przenoszony za pomocą sterylnej pęsety do mikrorurki zawierającej 1 mL sterylnego NaCl o stężeniu 0,9% i sonifikowany w kąpieli ultradźwiękowej przez 15 minut w temperaturze 40 kHz i 37 °C, aby odłączyć przyklejone komórki. Mikrorurki były wirowane przez 60 sekund, aby zapewnić całkowite rozbicie skupisk komórek. Alikwoty 100 μL nierozcieńczonej próbki (10°) oraz rozcieńczeń 10⁻2 i 10⁻4 w sterylnym 0,9% NaCl zostały posypane na TSA i inkubowane przez 24 godziny w temperaturze 37 °C. Wzrost bakterii ilościowo określono przez zliczenie CFU na płytce i wyrażono jako CFU/mL.
24-dołkowe płytki płaskie dla minimalnego stężenia erozykacji biofilmu
W eksperymentach na płytkach 24-dołkowych do każdej studni dodano 3 mL zawiesiny bakteryjnej (przygotowanej jak opisano powyżej) na 2 godziny, aby zapewnić odpowiednią przyczepność komórek. Następnie zasysto bakteryjną zawiesinę, a następnie dodano 3 mL sterylnego NaCl 0,9% w celu usunięcia komórek planktonowych. Następnie dodano świeże 3 mL TSB, a płytki inkubowano w temperaturze 37 °C przez 24 godziny. W tym etapie komórki przylegające do powierzchni studni tworzyły biofilm. Po inkubacji TSB został aspirowany, a doły były myte 3 mL 0,9% NaCl, aby usunąć pozostałe medium i komórki nieprzylegające. Do każdego dołku dodano 3 mL roztworu wankomycyny przy seryjnych rozcieńczeniach (2–4 096 mg/L). Włączono grupę kontrolną bez wankomycyny (NaCl 0,9%).
Po 24 godzinach roztwór został usunięty, a każdą studnię delikatnie dwukrotnie myto 3 mL 0,9% NaCl. Do każdej studni dodano trzy mililitry 0,9% NaCl, płytę zakręcono i uszczelniono parafilmem, a następnie sonifikowano w kąpieli ultradźwiękowej przez 15 minut przy 40 kHz i 37 °C, aby odłączyć przyklejony biofilm. Z odwiertów pobrano alikwoty o pojemności 100 μL, a nierozcieńczone próbki (10°) oraz rozcieńczenia 10⁻2 i 10⁻4 przygotowane w sterylnym 0,9% NaCl zostały pokryte na TSA i inkubowane przez 24 godziny w temperaturze 37 °C. Wzrost bakterii następnie zmierzono przez liczenie CFU/mL. Wszystkie eksperymenty przeprowadzono w trzech egzemplarzach. Minimalne stężenie eradykacji biofilmu (MBEC) zostało zdefiniowane jako redukcja co najmniej 3 log10 w porównaniu z grupą kontrolną (Rysunek 2).

Rysunek 2: Drukowane płytki z 24 dołkami. (A) Płytki z 24 dołkami drukowane z PLA. (B) Płytki z 24 dołkami drukowane z PETG. Skróty; PLA = kwas polimlekowy; PETG = glikol z polietylentereftalanianu. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.
Urządzenie biofilmowe z Calgary
CBD składa się z mikromiatnicy z 96 dołkami oraz pokrywki z 96 kołkami, z których każdy jest zaprojektowany tak, aby precyzyjnie pasować do dołka po umieszczeniu pokrywki na płytce. Aby wywołać tworzenie biofilmu, każdy dołek sterylnej płytki z 96 dołkami wypełniano 200 μL zawiesiny bakteryjnej, a następnie na płytę umieszczano sterylne pokrywki kołków. Złożone płytki inkubowano w temperaturze 37 °C przez 24 godziny w warunkach statycznych, aby umożliwić wywoływanie biofilmu na kołkach. Po inkubacji pokrywki były delikatnie płukane na 96-dołkowej płycie zawierającej 200 μL 0,9% NaCl, aby usunąć komórki planktonowe. Płytka z kołkami została zanurzona w innej 96-dołowej płytce zawierającej wankomycynę w progresywnych stężeniach (2–4 096 mg/L) i inkubowana w temperaturze 37 °C przez 24 godziny w warunkach statycznych.
Płytkę z kołkami płukano w 96-dołkowej płycie zawierającej 200 μL 0,9% NaCl, a kołki starannie wytłoczono na 15 cm płycie TSA i inkubowano w 37 °C przez 24 godziny. Zaobserwowano wzrost bakterii, a MBEC zdefiniowano jako najniższe stężenie, przy którym nie występuje wzrost. Wszystkie eksperymenty przeprowadzono w trzech egzemplarzach (Rysunek 3).

Rysunek 3: Urządzenie Calgary i płytki płaskie z 96 dołkami drukowane PLA i PETG. (A) Urządzenie Calgary drukowane PLA. (B) Płytki płaskie z 96 dołkami drukowane PLA. (C) Urządzenie Calgary drukowane PETG. (D) Płytki płaskie z 96 dołkami drukowane PETG. Skróty; PLA = kwas polimlekowy; PETG = glikol tereftalianu polietylenu. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tej figurki.
Układ dynamiczny działający w ciągłych warunkach przepływu
Każdy MRD zawiera pięć indywidualnych kołków zamocowanych w modelu gwintu śrubowego i ułożonych liniowo wzdłuż kanału o prostokątnym przekroju. System dynamiczny składał się z kolby zawierającej 1 L roztworu, z antybiotykiem do testu podłączonym do pompy perystaltycznej za pomocą silikonowej rurki sprzężonej z MRD. Montaż odbywał się w laminarnej szafie przepływu powietrza, aby zapobiec zanieczyszczeniu. Średni przepływ utrzymywano na poziomie 1 mL/min i był cyrkulowany przez system przez 24 godziny. Płyn przechodzący przez MRD jest wyrzucany do innej szklanej kolby (bez recyrkulacji).
Biofilmy S. aureus były indukowane na kołkach MRD, które upuszczano na płytki z 24 dołkami z TSB o stężeniu 107 CFU/mL. Kołki były delikatnie płukane przez zanurzenie w 24-dołkowej płycie wypełnionej 3 mL roztworu 0,9% NaCl. Kołki były starannie wkręcane do MRD (n = 5). Roztwór wankomycyny (40 mg/L) rozcieńczony w 0,9% NaCl był infuzowany przez MDR za pomocą pompy, jak opisano powyżej, przez 24 godziny. Włączono grupę kontrolną bez antybiotyków (0,9% NaCl). Stężenie to wybrano na podstawie stężenia surowicy uzyskanego podczas wysokich dawek dożylnej wankomycyny, jak opisano wcześniej24. Sworznie zostały aseptycznie wyjęte z MRD za pomocą sterylnych pęset, umieszczone w mikrorurkach zawierających 1 mL sterylnego NaCl 0,9% po umyciu 0,9% NaCl i sonifikowane w kąpieli ultradźwiękowej przez 15 minut w temperaturze 40 kHz i 37 °C, aby zapewnić całkowite odłączenie biofilmu. Mikrorurki były wirowane przez 60 sekund, a procedurę powtarzano trzy razy, aby rozbić pozostałości biofilmu. Aliquoty o pojemności 100 μL były nakładane na TSA, a płytki inkubowano przez 24 godziny w temperaturze 37 °C. Wzrost bakterii został zmierzony i wyrażony jako CFU/mL (Rysunek 4).

Rysunek 4: Zmodyfikowane urządzenie Robbinsa z PETG i PLA oraz zdjęcie systemu dynamicznego. (A) zmodyfikowane urządzenie Robbinsa drukowane za pomocą PETG lub PLA. (B) Zdjęcie systemu dynamicznego. Skróty; PLA = kwas polimlekowy; PETG = glikol polietylentereftalanowy. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.
Skaningowa mikroskopia elektronowa
Aby zobrazować morfologię i strukturę biofilmów, wykonano na dyskach skaningową mikroskopię elektronową (SEM). Biofilm został indukowany na dyskach, zgodnie z protokołami. Dyski zostały ostrożnie usunięte z płyty za pomocą sterylnych pęset i utrwalone roztworem (0,68 g sacharozy, 0,42 g kakodylatu sodu, 0,6 mL 30% glutaraldehydu) z 19,4 mL wody dejonizowanej, przez 45 minut. Następnie próbki zostały przelane do roztworu buforowego (0,68 g sacharozy i 0,42 g kakodylatu sodu) na 10 minut. Następnie próbki były odwodnione w serii stopniowego etanolu (35%, 50%, 70% i 100%) przez 10 minut każda. Następnie próbki zostały przeniesione do kolejnej szalki Petriego i pokryte 100% heksametyldisilazanem na 10 minut. Na koniec dyski zostały powlekione złotem za pomocą pompy obrotowej i zamontowane na metalowym odcinku do obserwacji pod różnymi powiększeniami na skaningowym mikroskopie elektronowym (Rysunek 5).

Rysunek 5: Skaningowa mikroskopia elektronowa modeli drukowanych 3D PLA i PETG z indukcją biofilmu i bez. (A) Zdjęcie elektronowe PLA bez biofilmu mikroskopii skaningowej. (B) Zdjęcie elektronowe PETG bez biofilmu. (C) Zdjęcie elektronowe bakterii tworzących biofilm na dyskach PLA mikroskopią skaningową. (D) Zdjęcie elektronowe bakterii tworzących biofilm na dyskach PETG z mikroskopią skaningową. C i D pokazują typowe cechy biofilmów: organizację bakterii w strukturę 3D, przyleganie do powierzchni oraz obecność macierzy zewnątrzkomórkowej. Biały pasek skali oznacza 10 μm. Skróty; PLA = kwas polimlekowy; PETG = glikol polietylen-tereftalan. Prosimy kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.
Analiza statystyczna
Niektóre analizy były opisowe. W przypadku danych ilościowych wielkość próby uzasadniała zastosowanie mediany z zakresem interkwartylowym, a do porównania statystycznego zastosowano test Manna-Whitneya. Wartość p < 0,05 uznano za istotną statystycznie.