Macierz pozakomórkowa (ECM) stanowi fundamentalne rusztowanie strukturalne i biochemiczne, które definiuje właściwości mechaniczne tkanek i wspiera ich funkcje biologiczne. Na przykład tkanki elastyczne, takie jak płuca i tętnice, są wzbogacone w ECM opartą na kolagenie i elastynie, co zapewnia odporność mechaniczną niezbędną do powtarzalnych cykli rozciągania i kurczenia się podczas oddychania. W przeciwieństwie do nich, ośrodkowy układ nerwowy zawiera ECM bogatą w glikozaminoglikany, która tworzy wysoce podatne środowisko zoptymalizowane pod kątem różnicowania i sygnalizacji neuronalnej1. W różnych tkankach organizmu sztywność tkanek obejmuje wiele rzędów wielkości, od setek pascali w tkankach miękkich, takich jak mózg i płuca, do poziomów sztywności rzędu megapaskali i gigapaskali w ścięgnach i kościach, odpowiednio2,3. Te różnice mechaniczne nie mają jedynie charakteru strukturalnego, ale odgrywają również krytyczną rolę w regulacji zachowania komórek4,5. Przykładowo, mezenchymalne komórki macierzyste przechodzą zależną od sztywności specyfikację linii komórkowych, przyjmując fenotyp neuronalny na podłożach miękkich, miogenny na podłożach o średniej sztywności i osteogenny na podłożach sztywnych6. Patologiczne zmiany sztywności ECM mogą również prowadzić do nieprawidłowych reakcji komórkowych i przyczyniać się do inicjacji oraz progresji chorób7,8,9. Podobnie, zmiany właściwości ECM wokół komórek wpływają na funkcję organelli oraz różne zachowania komórkowe10,11. Mimo uznanej roli ECM w kierowaniu sygnalizacją, funkcją organelli i patogenezą chorób, mechanizmy, za pomocą których komórki wyczuwają i przekształcają sygnały z ECM w sygnały biochemiczne, pozostają nie do końca poznane.
Postępy w zrozumieniu interakcji między komórkami a macierzą zewnątrzkomórkową (ECM) były częściowo ograniczane przez niską dostępność platform eksperymentalnych, które oferują precyzyjną kontrolę nad właściwościami ECM, pozostając jednocześnie w pełni kompatybilnymi ze standardowymi analizami biochemicznymi i procesami obrazowania. Ponadto badanie oddziaływań komórka-ECM jest często postrzegane jako wyzwanie techniczne, ponieważ wymaga interdyscyplinarnej wiedzy obejmującej inżynierię materiałową, biologię komórki i bioinżynierię. Niniejsza metoda ma na celu rozwiązanie tych problemów poprzez dostarczenie szczegółowych protokołów przygotowania podłoży ECM opartych na poliakrylanie (PA) i silikonie o określonych właściwościach mechanicznych, które mogą być łatwo wykonane w większości laboratoriów biologicznych.
Hydrożele PA o regulowanym stopniu sztywności są podstawowymi narzędziami w mechanobiologii; jednak ich użyteczność jest często ograniczana przez wysokie koszty odczynników do konjugacji ECM, niespójną funkcjonalizację powierzchni oraz słabą kompatybilność z wielkoskalowymi procesami biochemicznymi. Ponadto nie opracowano w pełni praktycznych i ustandaryzowanych metod pobierania próbek oraz obrazowania na podłożach o różnej sztywności. Wąskie gardła te można wyeliminować, stosując opisaną przez nas platformę żeli PA, która charakteryzuje się czterema kluczowymi innowacjami: (i) znaczną redukcją kosztów, (ii) powtarzalną chemią funkcjonalizacji, (iii) skalowalną produkcją dzięki wykorzystaniu sprzętu wielokrotnego użytku oraz (iv) bezproblemową integracją z wieloma konwencjonalnymi analizami z zakresu biologii komórki i biochemii. Podejście to wykorzystuje różne proporcje akrylamidu i bisakrylamidu w celu wytworzenia hydrożeli o odmiennych właściwościach mechanicznych (Tabela 1). Żele PA są obojętne i nie ulegają bezpośredniej konjugacji z białkami ECM. Dlatego w celu przytwierdzenia do powierzchni żeli PA cienkiej, sieciowanej warstwy tetraakrylanu di(trimetylolpropanu), estru N-hydroksysuccynimidu kwasu akrylowego (akrylanu NHS) i bisakrylamidu stosuje się reakcję polimeryzacji rodnikowej inicjowanej promieniami UV (Rysunek 1). Sieć ta tworzy dwudziałającą powierzchnię adhezyjną dla białek ECM: akrylan NHS zapewnia stabilne kotwiczenie kowalencyjne białek ECM, podczas gdy tetraakrylan ułatwia jednorodne adsorbowanie białek ECM12. Dodatkowo przedstawiamy metody wykazujące, jak pobierać białka i kwasy nukeinowe, takie jak RNA, z tych podłoży w sposób kompatybilny z dalszymi analizami biologicznymi, takimi jak western blotting oraz ilościowa polimeraza łańcuchowa z odwrotną transkrypcją (RT-qPCR). Co więcej, uzyskane podatne podłoża PA wspierają również tworzenie sferoidów i utrzymują je w jednorodne płaszczyźnie ogniskowej, co umożliwia systematyczną analizę zachowań komórkowych w 3D13.
W przeciwieństwie do nich, ograniczenia optyczne hydrożeli PA ograniczają ich zastosowanie w zaawansowanych technikach obrazowania, w szczególności w mikroskopii fluorescencyjnej z całkowym wewnętrznym odbiciem (TIRF)14. Aby rozwiązać ten problem, opracowaliśmy mechanicznie regulowane podłoża ECM na bazie silikonu, zoptymalizowane pod kątem obrazowania TIRF. Materiały te wykazują współczynnik załamania światła zbliżony do szkła, zachowując jednocześnie regulowaną sztywność w szerokim zakresie (Rycyna 2A). Cienka warstwa żelu silikonowego o różnych proporcjach składników jest nanoszona metodą spin-coatingu na szkiełko podstawne przed konjugacją ECM (Rycina 2B oraz Tabela 2). Jednakże naturalna hydrofobowość i obojętność chemiczna silikonu uniemożliwiają bezpośrednią konjugację ECM. W związku z tym zastosowaliśmy strategię modyfikacji powierzchni, aby umożliwić kowalencyjne przyłączenie ligandów ECM. Obróbka plazmą tlenową wprowadza grupy hydroksylowe na powierzchnię silikonu (Rycina 2C). Następnie (3-aminopropyl)trietoksysilan (APTES) przekształca te grupy hydroksylowe w reaktywne grupy aminowe. 1-etylo-3-(3-dimetyloaminopropyl)karbodiimid dichlorek (EDC), będący bezogniowym sieciującym karbodiimidem, ułatwia następnie tworzenie kowalencyjnych wiązań amidowych pomiędzy grupami aminowymi na powierzchni żelu a grupami karboksylowymi w białkach ECM.
Łącznie platformy ECM te zapewniają kosztowo efektywne, powtarzalne i skalowalne systemy do badania mechanizmów sygnalizacyjnych zależnych od sztywności ECM. Ich elastyczność pozwala na bezproblemową integrację z analizami biochemicznymi, obrazowaniem o wysokiej rozdzielczości oraz przepływami pracy o wysokiej przepustowości, co umożliwia badanie wpływu sztywności ECM na zachowanie komórek i rozwój chorób.