Wszystkie procedury były zgodne z przepisami instytucjonalnymi i krajowymi i zostały zatwierdzone przez Komisję Etyki Szpitala Ludowego w Xingtai (nr 2024-124). Wymóg pisemnej świadomej zgody został zniesiony, ponieważ rutynowo zbierano dane kliniczne i próbki resztkowe. Wszystkie dane zostały zanonimizowane przed analizą.
Projekt studia, otoczenie i ogólny schemat
Badanie to zostało przeprowadzone jako jednocentrowa kohorta obserwacja, zaprojektowana w celu oceny klinicznych implikacji serwowego MMP-12 i guza CDH13, indywidualnie i w połączeniu, dla molekularnego podtypowania raka płuca oraz terapii spersonalizowanej. Badanie przeprowadzono w Szpitalu Ludowym w Xingtai. Zidentyfikowano kwalifikujących się pacjentów leczonych między styczniem 2021 a czerwcem 2022 roku, a do programu włączono 262 kolejnych pacjentów spełniających określone kryteria włączenia i wykluczenia.
Cały proces badania przedstawiony jest na Rysunku 1. Schemat przedstawia cały proces od identyfikacji pacjentów do analizy, w tym przesiewowe badania i zapis pacjenta, bazową charakteryzację klinicznopatologiczną oraz profilowanie molekularne uzyskane na podstawie rutynowych badań klinicznych, pobieranie i przetwarzanie surowicy przed leczeniem, przygotowanie tkanek nowotworowych do immunohistochemii CDH13, ilościowe określenie MMP-12 w surowicy, ocenę immunoreaktywną CDH13, klasyfikację terapii pierwszego wyboru i kolejnych ścieżek leczenia oraz wyniki podłużne Ustalanie, w tym reakcja na leczenie, przeżycie bez progresji oraz ogólne przeżycie. Schemat odróżnia analizy diagnostyczne i podtypowania molekularnego od analiz leczenia i wyników oraz wskazuje punkty czasowe, w których pobrano próbki biologiczne, uzyskano wyniki molekularne, rozpoczęto terapię oraz przeprowadzono oceny kontrolne.
Badanie przesiewowe uczestników, kryteria kwalifikacyjne i abstrakce danych klinicznych
Potencjalnie kwalifikujący się pacjenci zostali wybrani z systemu informacyjnego szpitala oraz rejestru patologii w określonym z góry okresie zapisu (styczeń 2021–czerwiec 2022). Pierwotny rak płuc został potwierdzony za pomocą histopatologii, uzupełnionej interdyscyplinarnym przeglądem klinicznym w razie potrzeby. Do programu włączono kolejnych dorosłych pacjentów spełniających wszystkie kryteria kwalifikacyjne. Kryteria włączenia obejmowały histologicznie potwierdzony pierwotny rakiem płuc, dostępność próbki surowicy przed leczeniem pobranej przed rozpoczęciem jakiejkolwiek terapii przeciwnowotworowej (oraz przed operacją u pacjentów poddawanych resekcji przedniej), dostępność tkanki nowotworowej wystarczającej do immunohistochemii CDH13 oraz dostępność informacji o podtypach molekularnych generowanych w ramach rutynowej opieki klinicznej. Pacjenci z udokumentowaną historią innego złośliwego guza przed wstąpieniem do programu, pacjenci z niewystarczającą objętością surowicy lub osłabioną integralnością próbki, pacjenci bez ewalecyjnej tkanki nowotworowej do oceny CDH13 oraz pacjenci, którzy otrzymali ogólnoustrojową terapię przeciwnowotworową przed pobraniem krwi na bazie, zostali wykluczeni.
Dane kliniczno-patologiczne i terapeutyczne zostały pobrane z elektronicznej dokumentacji medycznej za pomocą ustandaryzowanego formularza raportu przypadku z predefiniowanymi definicjami zmiennych i zasadami kodowania. Zarejestrowano zmienne obejmujące dane demograficzne (wiek i płeć), narażenie na palenie, status wydajności Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG), choroby współwystępujące, wyniki badań obrazowych, podtyp histologiczny, stadium przerzutów guz-węzłów (TNM) (zgodnie z systemem zaawansowania stosowanym w rutynowej praktyce klinicznej w okresie badania), parametry laboratoryjne na poziomie wyjściowym oraz szczegółowe informacje o leczeniu (w tym schemat pierwszego wyboru, daty rozpoczęcia, modyfikacje dawki i przejścia między leczeniem). Ekspozycja na palenie była mierzona w latach paczki następująco: Lata paczki = (papierosy dziennie ÷ 20) × lat palenia. Gdy historia palenia jest niepełna lub niespójna w różnych rejestrach, zmienna palenia była klasyfikowana jako nieznana, a źródło udokumentowano jako rozbieżność w dzienniku abstrakcii; Braki były rozpatrywane zgodnie z wcześniej określonym planem analizy statystycznej.
Zbieranie, przetwarzanie i przechowywanie próbek
Krew żyłna obwodowa była pobierana na początku przed rozpoczęciem jakiejkolwiek terapii przeciwnowotworowej. Serum było rozdzielane przez wirowanie w 1500 × g przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Supernatant surowicy został przeniesiony do niskowiążących krioviali bez zakłócania warstwy komórkowej. Serum było alicytatowane na 200–500 μL, aby zminimalizować cykle zamrożenia i rozmrażania, a alikwoty przechowywano w temperaturze −80 °C do czasu analizy wsadowej. Odstęp od pobrania krwi do zamrażenia dla każdej próbki był rejestrowany, a próbki z czasem pobrania do zamrożenia przekraczającym 2 godziny były wyłączane.
Stosowano wcześniej określone procedury kontroli jakości przedanalitycznej poprzez dokumentowanie hemolizy i lipemii podczas przetwarzania. Widocznie hemolizowane próbki zostały wykluczone z ilościowej analizy ELISA. Aliquoty surowicy były rozmrażane na lodzie tuż przed badaniem, mieszane przez delikatną inwersję i wirowane w dawce 2 000 × g przez 5 minut, aby usunąć cząstki w razie potrzeby. Unikano intensywnego mieszania i wirowania, aby zapobiec powstawaniu pęcherzyków i artefaktom optycznym podczas pomiarów absorpcji.
Pozyskanie i przygotowanie tkanki nowotworowej
Pobrano tkankę nowotworową z rutynowych procedur diagnostycznych (biopsja, bronchoskopia, biopsja igłą rdzeniową lub resekcja chirurgiczna). Tkanka była utrwalona w neutralnej formalinie buforowanej zgodnie ze standardową praktyką patologiczną i osadzona w parafinie. Preparaty (3–4 μm) przygotowywano na naładowanych szkiełkach do immunohistochemii. Niebarwione preparaty przechowywano w suchym środowisku w temperaturze pokojowej i barwiano w określonym czasie, aby zminimalizować degradację antygenów. Prowadzono dziennik łańcucha dowodów, łączący identyfikatory próbek z nieidentyfikowanymi kodami badań. Patolog oceniający CDH13 był zaślepiony na wartości MMP-12 w surowicy, podtyp molekularny, leczenie oraz wyniki.
Ilościowa analiza MMP-12 w surowicy za pomocą enzymatycznego immunosorbentnego testu (ELISA)
Krew żyłna obwodowa pobierano przed jakąkolwiek terapią przeciwnowotworową, najlepiej w ciągu 7 dni przed biopsją lub rozpoczęciem leczenia. Serum MMP-12 zostało zmierzone za pomocą komercyjnego zestawu ELISA MMP-12 dla ludzi. Każda ilość serum była rozmrażana na lodzie, delikatnie wymieszana i testowana w duplikatach zgodnie z instrukcją zestawu. Na każdej płycie generowano standardową krzywą przy użyciu szeregowych rozcieńczeń dostarczonego standardu rekombinowanego, a absorpcja była odczytywana na 450 nm z korekcją referencyjną za pomocą czytnika mikropłyt. Stężenia obliczono poprzez dopasowanie czteroparametrowej standardowej krzywej regresji logistycznej. Aby zapewnić odporność analityczną, na każdej płytce umieszczono surowicę z wewnętrzną kontrolą jakości (QC) i monitorowano pod kątem precyzji intra-testowej i między-testowej (współczynniki zmienności docelowej zgodne z walidacją testu). Jeśli wyniki spadały poniżej dolnej granicy ilościowości, połowa tej granicy była przypisywana do analizy statystycznej; jeśli wyniki przekraczały górną granicę, pomiar powtarzano po odpowiednim rozcieńczeniu. Aby zminimalizować efekt partii, próbki były losowo przydzielane na płyty, a na każdej płytce umieszczono identyczny zestaw surowicy QC, aby śledzić zmienność między płytami. Personel laboratoryjny wykonujący ELISA był nieświadomy klasyfikacji klinicznej i wyników.
Immunohistochemia guza CDH13 i ocena immunoreaktywna
Immunohistochemia CDH13 została przeprowadzona na fragmentach guzów utrwalonych formaliną i osadzonych w parafinie, przy użyciu zweryfikowanego pierwotnego przeciwciała przeciw CDH13. Kompleksy antygen–przeciwciała wykrywano za pomocą systemu detekcji opartego na polimerach, a barwienie zobrazowano za pomocą 3,3′-diaminobenzydyny (DAB). Identyczny sposób barwienia zastosowano do wszystkich próbek badawczych; Preparaty były przetwarzane partiami, a odpowiednie kontrolki były dołączane.
Bloki parafiny były dzielone na 3–4 μm, deparafinizowane w ksylenie i nawodniane przez etanol do wody destylowanej. Pobieranie epitopów indukowane przez ciepło przeprowadzono w buforze cytrynianowym (10 mM, pH 6,0) w mikrofalówce w temperaturze 95–100 °C przez 15 minut, po czym przez 20 minut schłodzono do temperatury pokojowej. Endogenna aktywność nadoksydazy została schłodzona 3% nadtlenkiem wodoru przez 10 minut w temperaturze pokojowej, a blokowanie białek przeprowadzono za pomocą normalnego roztworu blokującego surowicę przez 20 minut w temperaturze pokojowej. Sekcje były inkubowane z głównym przeciwciałem przeciw CDH13 przez noc w temperaturze 4 °C. Po myciu zastosowano polimerowy odczynnik do detekcji wtórnej przez 20–30 minut w temperaturze pokojowej, a następnie wizualizowano chromogenem 3,3′-DAB przez 3–5 minut pod mikroskopowym monitoringiem. Sekcje były impregnowane hematoksyliną, odwodnione przez oczyszczony etanol, oczyszczone ksylenem i montowane za pomocą stałego nośnika montażowego.
W każdym cyklu bejcowania uwzględniano wewnętrzne kontrole jakości. Znany przekrój tkanki z CDH13 dodatnim był przetwarzany równolegle jako kontrolę pozytywną, a przeciwciało pierwotne zostało pominięte w kontroli ujemnej. Przeprowadzenie było akceptowane tylko wtedy, gdy dodatnia kontrola wykazała oczekiwany wzór barwienia z odpowiednią intensywnością, a negatywna nie wykazała specyficznego przebarwienia. Barwienie powtarzano dla przebiegów z nadmiernym tłem, niepowodzeniem sterowania lub przy niespecyficznym sygnale utrudniającym interpretację.
Ekspresja CDH13 została zmierzona ilościowo za pomocą wyniku immunoreaktywnego (IRS) wyprowadzonego na podstawie intensywności barwienia oraz udziału komórek nowotworowych z dodatnim wynikiem (NSD). Dwóch wykwalifikowanych patologów oceniło wszystkie slajdy niezależnie, nie dostrzegając pomiarów biomarkerów surowicy, podtypu molekularnego, leczenia i wyników. Rozbieżne wyniki były rozstrzygane przez wspólną ocenę pod mikroskopem wielogłowym, a rozstrzygnięty IRS był rejestrowany. Intensywność barwienia przypisano jako 0 (brak barwienia), 1 (słaba), 2 (umiarkowana) lub 3 (silna). Odsetek komórek nowotworowych z dodatnim wynikiem przypisano jako 0 (0%), 1 (1–10%), 2 (11–50%), 3 (51–80%) lub 4 (81–100%). IRS był obliczany następująco: IRS = wynik intensywności × wynik proporcji. Wartości IRS wahały się od 0 do 12. Niska ekspresja CDH13 została zdefiniowana jako IRS ≤ 3, na podstawie powszechnie stosowanego progu oceny immunoreaktywnej. IRS został zachowany zarówno jako zmienna ciągła, jak i kategoria dychotomizowana do analiz dalszych, w tym porównań podgrup i modelowania biomarkerów łączonych. Uzgodnienie między obserwatorami oceniano w uprecyzowanej losowej próbie obejmującej 30% przypadków przy użyciu ważonej statystyki kappa, a procedura próbkowania, szacunkowa zgoda i decyzje o rozstrzygnięciu zostały udokumentowane w ścieżce audytu.
Podtypowanie molekularne i klasyfikacja leczenia
Informacje o podtypach molekularnych zostały uzyskane z rutynowych badań klinicznych na diagnostycznych tkankach nowotworowych. Wyniki uzyskano na podstawie klinicznie zwalidowanych testów stosowanych w standardowej opiece, w tym ukierunkowanych testów opartych na PCR, paneli sekwencjonowania nowej generacji, immunohistochemii oraz hybrydyzacji in situ fluorescencją. Dla każdego pacjenta rejestrowano typ testu, źródło próbki, oświadczenie o adekwatności próbki oraz datę raportu. Pacjenci byli klasyfikowani według statusu zmiany napędu działającego, w tym mutacji aktywujących EGFR, przemieszczeń ALK, przemianów ROS1, mutacji KRAS, mutacji BRAF, zmian pomijania eksonu MET 14, przemijania RET, zmian ERBB2 oraz fuzji NTRK. W miejscu wykonania odnotowano ocenę proporcji guza PD-L1, a ekspresja PD-L1 została sklasyfikowana według warstw stosowanych w rutynowej praktyce w okresie badania. Wszystkie kategorie podtypowania cząsteczek zostały określone przed analizą. Gdy zgłaszano więcej niż jedną zmianę umożliwiającą działanie, pacjenci byli przydzielani zgodnie z wcześniej zdefiniowaną hierarchiczną regułą klasyfikacji, która priorytetowo traktowała zmiany o ustalonych implikacjach terapeutycznych ukierunkowanych na genotyp, w następującej kolejności: mutacje EGFR, przemianowania ALK, przemiany ROS1, mutacje BRAF, pomijanie MET exonu 14, przemijania RET, zmiany ERBB2, fuzje NTRK oraz mutacje KRAS.
Informacje o leczeniu zostały wyodrębnione z dokumentacji medycznej, w tym z pierwszego planu leczenia, dat rozpoczęcia i zakończenia oraz kolejnych linii leczenia. Początkowe leczenie zostało sklasyfikowane na wzajemnie wykluczające się kategorie leczenia zdefiniowane a priori: terapia ukierunkowana na genotyp, terapia oparta na inhibitorach punktów kontrolnych immunologicznych, terapia chemioterapia oraz zarządzanie multimodalne z chirurgią i ogólnoustrojowym leczeniem okołooperacyjnym, w miarę stosowności. Data indeksowa została zdefiniowana jako data rozpoczęcia terapii pierwszego rzutu ogólnoustrojowego; Dla pacjentów leczonych resekcją przednią datą indeksową była data operacji, a kolejna terapia ogólnoustrojowa była klasyfikowana jako adiuwantna według dokumentacji klinicznej. W analizach dotyczących terapii spersonalizowanej pacjenci byli podzieleni wspólnie według podtypu molekularnego i kategorii leczenia, a stężenia MMP-12 w surowicy i ekspresja CDH13 w nowotworze porównywano między chorobami z wpływem na czynniki kierowcy i negatywnymi oraz między grupami leczoną terapią celowaną a inhibitorami punktów kontrolnych odporności.
Definicje wyników i dalsze działania
Data indeksowa została zdefiniowana jako data rozpoczęcia terapii przeciwnowotworowej pierwszego rzutu. Dla pacjentów leczonych po operacji przedwczesnej data indeksowa była definiowana jako data operacji; Kolejne leczenie systemowe zostało sklasyfikowane jako adiuwantne lub paliatywne według dokumentacji medycznej. Każdy pacjent był obserwowany od daty indeksowej aż do śmierci, daty ostatniego potwierdzonego kontaktu lub daty cenzury administracyjnej, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej. Czas obserwacji był rejestrowany w miesiącach, a dla każdego punktu końcowego zachowywano wskaźnik zdarzenia oraz odpowiadające mu zdarzenie lub datę cenzury. Wyniki ustalano poprzez uporządkowaną abstrakcji elektronicznej dokumentacji medycznej, w tym raporty radiologiczne, dokumentację klinik onkologicznych, dokumentację szpitalną oraz telefoniczną kontrolę w razie potrzeby. Stosowano wcześniej określony formularz raportu przypadku oraz jednolite reguły hierarchii źródeł. Gdy daty lub klasyfikacje różniły się w zależności od rejestrów, rozbieżności rozwiązywano poprzez priorytetyzowanie bieżących raportów radiologicznych i notatek dotyczących decyzji leczenia; Udokumentowano ostateczną wartość ocenioną oraz źródła wspierające. Prowadzono dziennik kontrolny rejestrujący daty obrazowania, przejścia między leczeniami, hospitalizacje oraz próby kontaktu, aby zminimalizować straty w obserwacji i zapewnić śledzenie.
Odpowiedź guza oceniano u pacjentów z mierzalną chorobą zgodnie z wersją RECIST 1.1. Najlepsza ogólna odpowiedź została sklasyfikowana jako całkowita, częściowa odpowiedź, choroba stabilna lub postępująca. Wskaźnik odpowiedzi obiektywnej definiowano jako odpowiedź pełną lub częściową, a wskaźnik kontroli choroby jako pełną odpowiedź, częściową odpowiedź lub chorobę stabilną. Daty odpowiedzi i postępu zostały przypisane na podstawie najwcześniejszych udokumentowanych dowodów.
Przeżycie wolne od progresji (PFS) definiowano jako odstęp od daty indeksowej do pierwszego wystąpienia progresji choroby lub śmierci z dowolnej przyczyny, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej. Postęp był określany głównie na podstawie raportów radiologicznych, które dokumentują postęp zgodnie z RECIST 1.1. Gdy radiologia nie jest dostępna w momencie pogorszenia klinicznego, udokumentowany postęp kliniczny był akceptowany, jeśli był wyraźnie powiązany z pogarszającym się obciążeniem guza i skłaniał do zmiany w leczeniu przeciwnowotworowym. Pacjenci bez zdarzenia w dniu ostatniej obiektywnej oceny byli cenzurowani, co potwierdzało brak postępu. Jeśli nowa linia terapii ogólnoustrojowej została rozpoczęta bez wyraźnej dokumentacji postępu, obrazowanie było przeglądane, a jednocześnie dostarczano dokumentację kliniczną. Jeśli postęp nie mógł zostać potwierdzony, pacjenci byli cenzurowani podczas ostatniej oceny radiograficznej przed zmianą leczenia, a zastosowana zasada decyzyjna była rejestrowana.
Przeżywalność ogólna (OS) została zdefiniowana jako odstęp czasu od daty indeksowej do śmierci z dowolnej przyczyny. Stan życiowy był określany na podstawie dokumentacji szpitalnej i notatek z badań ambulatoryjnych, uzupełnianych w razie potrzeby ustrukturyzowanym potwierdzeniem telefonicznym. Data śmierci została zapisana jako udokumentowana w dokumentacji medycznej lub, jeśli nie była dostępna, jako data potwierdzona przez rodzinę podczas kontaktu kontrolnego, z dokumentacją wspierającą w dzienniku kontrolnym. Pacjenci, którzy żyli w dniu ostatniego potwierdzonego kontaktu, byli cenzurowani.
Wprowadzono ustandaryzowany proces obserwacji dostosowany do rutynowej opieki. Podczas aktywnej terapii ogólnoustrojowej dokumentowano oceny kliniczne w każdym cyklu leczenia, a także rejestrowano ponowne oceny rentgenologiczne w regularnych odstępach czasu określonych na podstawie protokołu klinicznego, z rejestrowaną metodą obrazowania i datą dla każdej oceny. Po zakończeniu terapii pierwszego rzutu lub podczas obserwacji pooperacyjnej odnotowano wizyty kontrolne i oceny obrazowe zgodnie z harmonogramem instytucji. Gdy nie można było przeprowadzić osobistej kontroli, przeprowadzono ustrukturyzowaną telefoniczną kontrolę w celu potwierdzenia kontynuacji leczenia, dokumentowania hospitalizacji interwałowych, potwierdzenia stanu choroby zgodnie z zewnętrznym obrazowaniem, jeśli to dotyczy, oraz potwierdzenia przeżycia. Wszystkie opuszczone wizyty, nieosiągalne próby oraz powody przerwania dalszej wizyty zostały udokumentowane. Przed klasyfikacją pacjenta jako zagubionego na dalszą kontrolę, próbowano kontakt co najmniej dwa razy w różne dni, a każda próba była rejestrowana.
Zachowano proceduralne rozdzielenie oceny biomarkerów od ustalania wyniku. Personel wykonujący pomiar surowicy MMP-12 oraz ocenę CDH13 był nieświadomy wyników klinicznych. Abstrakcji wyników przeprowadzano bez dostępu do wyników biomarkerów, gdy tylko było to możliwe. Zastosowano dwuetapowy proces oceniania dla punktów końcowych progresji i reakcji. Wyszkolony abstraktor przypisywał klasyfikację zdarzeń i daty według wcześniej określonych reguł, po czym starszy klinicysta niezależnie przeglądał zadania. Rozbieżności zostały rozwiązane poprzez wspólny przegląd oryginalnego raportu radiologicznego, notatek onkologicznych oraz harmonogramu leczenia, a także prowadzono ścieżkę audytową wszystkich decyzji dotyczących rozstrzygania postępowania.
Przeprowadzono kontrole spójności w celu identyfikacji nieprawdopodobnych sekwencji, w tym zdarzeń datowanych przed datą indeksową, przejść między leczeniami bez odpowiednich ocen lub dat śmierci bez dokumentacji wspierającej. Oznaczone przypadki były uzgadniane poprzez powrót do dokumentów źródłowych i aktualizację zbioru danych datowaną notatką korektą, która określa powód zmiany oraz dowody wspierające.
Analiza statystyczna
Analizy statystyczne przeprowadzano przy użyciu SPSS (wersja 26.0) oraz R (wersja 4.3.0). Zmienne ciągłe przedstawiono jako średnią ± odchyleniu standardowym lub medianie (zakres interkwartylowy), w zależności od stosowności, a zmienne kategoryczne jako liczby i procenty. Porównania grupowe wykorzystywały testy parametryczne lub nieparametryczne, a chi-kwadrat lub testy Fishera dokładne dla danych kategorycznych. Wszystkie testy były dwustronne, przy czym P < 0,05 uznano za istotne statystycznie.
Kowarianty zostały wybrane a priori na podstawie istotności klinicznej i wcześniejszych dowodów, a ten sam zestaw kowariantów zastosowano w powiązanych modelach, aby wspierać porównywalność. Podstawowe zmienne adaptacyjne obejmowały wiek, płeć, narażenie na palenie, stadium TNM, stan wydajności ECOG oraz podtyp histologiczny, z dodatkową korektą dla grupy leczonej, gdy celem analizy jest podtyp molekularny w populacjach leczonych. Wielokolinierowność oceniano za pomocą czynników wariancji, a problematyczną kolinieariczność rozwiązano za pomocą wcześniej określonych reguł redukcji zmiennych. Zgłoszono skorygowane ilorazy szans z 95% przedziałami ufności oraz dwustronne wartości P. Liczba kowarianów uwzględnionych w wielowymiarowych modelach logistycznych i regresji Coxa była określona i ograniczona względem liczby zdarzeń wynikowych, aby zminimalizować ryzyko nadmiernego dopasowania. Współczynnik zdarzeń na zmienną pozostał akceptowalny (≥10) dla wszystkich modeli. Dla wyników podtypów molekularnych wielokategoriowych dopasowano albo modele regresji logistycznej wielomianowe, albo przeprowadzono zestaw binarnych porównań logistycznych z użyciem wcześniej określonej kategorii referencyjnej, a strategia modelowania była jasno określana.
Przeżycie bez progresji oraz całkowite przeżycie analizowano za pomocą szacunków Kaplan–Meiera, a krzywe przeżycia porównano za pomocą testu log-rank. Powiązania między biomarkerami a wynikami zostały zmierzone za pomocą regresji Coxa proporcjonalnej do zagrożeń, raportując wskaźniki ryzyka z 95% przedziałami ufności. Wielowymiarowe modele Coxa zostały skonstruowane z wykorzystaniem wcześniej określonych klinicznopatologicznych kowarianów, w tym podtypu molekularnego i kategorii leczenia, aby ocenić implikacje dla terapii spersonalizowanej. Założenie o zagrożeniach proporcjonalnych zostało zweryfikowane za pomocą diagnostyki resztek Schoenfelda oraz wykresów przeżycia log-minus-log. Jeśli założenie o zagrożeniach proporcjonalnych zostało naruszone dla kowarianatu, problem był rozwiązywany za pomocą wcześniej określonego podejścia, takiego jak stratyfikacja na tym kowariancie lub uwzględnienie terminu interakcji zależnego od czasu, a ostateczna specyfikacja modelu była przedstawiana.
Brakujące dane były obsługiwane według wcześniej określonej strategii. Gdy braki były minimalne, przeprowadzano analizy pełnych przypadków; w przeciwnym razie stosowano wielokrotną imputację z równaniami łańcuchowymi, obejmującą wszystkie zmienne w modelach analitycznych. Wygenerowano dziesięć imputowanych zbiorów danych, a szacunki połączone zostały obliczone według reguł Rubina. W analizach obejmujących porównania wielu podtypów lub wiele punktów końcowych, wskaźnik fałszywego wykrywania był kontrolowany za pomocą wcześniej określonej procedury lub analizy były wyraźnie określane jako eksploracyjne, aby zapewnić przejrzystość co do wielokrotności.
Zbiór danych analitycznych był blokowany przed dopasowaniem modelu, a utrzymywano kompleksowy słownik danych, który definiował każdą zmienną, jednostkę, schemat kodowania i dopuszczalny zakres. Do analizy uwzględniono duplikaty próbek kontroli jakości na płytach pomiarowych, aby ilościowo określić zmienność między płytami i monitorować dryf. Do punktacji immunohistochemii dokumentowano kryteria punktacji, procedury zaślepiania oraz ocenę zgodności między obserwatorami, a także prowadzono dzienniki oceny w przypadku rozbieżnych przypadków. Implementowano zaprogramowane kontrole zakresu oraz logiczne kontrole spójności dla kluczowych zmiennych, w tym daty indeksu, daty pobrania próbki, daty rozpoczęcia leczenia oraz dat wyników. Wszystkie skrypty statystyczne i logi wyjściowe sterowane wersjami zostały zachowane, aby umożliwić pełną replikację przepływu pracy analitycznego.