UWAGA: Niniejszy protokół opiera się na kilku założeniach dotyczących wiedzy użytkownika oraz dostępnej aparatury. Po pierwsze, użytkownicy powinni mieć dostęp do pomieszczenia czystego (cleanroom) i znać procedury fotolitografii w celu wykonania formy mikrofluidycznej lub nabyć gotową formę komercyjną. Następnie, użytkownicy powinni być zaznajomieni z podstawowymi metodami mikrobiologicznymi, takimi jak stosowanie technik aseptycznych, przygotowywanie roztworów stokowych oraz wysiewanie na płytki. Użytkownicy muszą mieć również dostęp do autoklawu, mikrowirówki, inkubatora z wytrząsaniem oraz spektrometru mas. Na koniec, użytkownicy powinni biegle posługiwać się mikroskopią optyczną i analizą obrazu.
1. Wytwarzanie i montaż reaktora mikroprzepływowego
UWAGA: Reaktory mikrofluidyczne użyte w tym protokole zostały zaprojektowane w programie AutoCAD z geometrią ziaren piasku zaadaptowaną z pracy Wang i wsp.55. Każda forma pozwala na wytworzenie sześciu powtarzalnych kanałów z przestrzenią porów 15 mm × 10 mm, porowatością 0,41 i objętością porów 2,3 µL. Z wyjątkiem obróbki plazmowej, reaktory są wytwarzane w komorze z laminarnym przepływem powietrza w celu utrzymania środowiska o niskim zapyleniu.
- Odlej kanały mikrofluidyczne z polidimetylosiloksanu (PDMS) metodą miękkiej litografii.
- W plastikowym kubku odważ bazę elastomeru i utwardzacz w stosunku 10:1 (tutaj odpowiednio 25 g i 2,5 g).
- Za pomocą plastikowego noża dokładnie wymieszaj bazę elastomeru i utwardzacz przez 10 min.
- Odgazuj PDMS w kubku w desykatorze próżniowym przez 1 h, aby usunąć pęcherzyki powietrza.
- Wlej PDMS do formy i odgazuj przez 30 min, aby usunąć pozostałe powietrze.
- Umieść formę na płycie grzewczej i utwardzaj przez 3 h w temperaturze 95 °C.
- Po utwardzeniu i ochłodzeniu wytnij PDMS skalpelem i odklej go od formy.
- Na macie do cięcia rozdziel sześć kanałów mikrofluidycznych za pomocą żyletki, pozostawiając 2–3 mm marginesu wokół każdego kanału. W każdym kanale wykonaj otwory wlotowe i wylotowe za pomocą wycinaka do biopsji.
- Przykryj obie strony każdego kanału mikrofluidycznego paskiem przezroczystej taśmy, aby zapobiec osadzaniu się kurzu, i przechowuj w szalce Petriego o średnicy 100 mm.
- Na jeden dzień przed eksperymentem zmontuj końcowy reaktor mikrofluidyczny przy użyciu plazmy powietrznej.
- Usuń przezroczystą taśmę z jednego kanału mikrofluidycznego, a następnie opłucz PDMS oraz szklaną lamellkę 70% etanolem i wysusz sprężonym azotem.
UWAGA: Etanol jest łatwopalny. Należy go używać i przechowywać zgodnie z kartą charakterystyki bezpieczeństwa.
- Umieść kanał mikrofluidyczny i lamellkę stroną górną do góry w oczyszczaczu plazmowym. Opróżnij komorę z powietrza przez 1 min, a następnie zastosuj plazmę przez 1 min (18 W i ~0,5 torr).
- Wyjmij kanał mikrofluidyczny i lamellkę z oczyszczacza plazmowego, a następnie nałóż lamellkę na PDMS, delikatnie opukując, aby zapewnić wiązanie. Przechowuj zmontowany reaktor w szalce Petriego o średnicy 100 mm przez noc.
2. Mikrofluidyczny system kontroli przepływu
UWAGA: W celu ułatwienia sekwencyjnego wstrzykiwania płynów przy minimalnych zakłóceniach ciśnienia i szybkości przepływu zastosowano modułowy system firmy Elveflow. Komponenty systemu obejmują kompresor powietrza, kontroler przepływu, zawór rozdzielczy, czujnik przepływu, stojak na zbiorniki z płynami (dla probówek stożkowych 15-mL) oraz oprogramowanie Elveflow Smart Interface (ESI) (Rysunek 1). Można stosować inne systemy kontroli przepływu, takie jak pompy strzykawkowe, działające w trybie infuzji lub wycofywania, z dedykowanymi strzykawkami lub zbiornikami dla każdego roztworu wejściowego oraz zaworem rozdzielczym o małej objętości martwej, aby umożliwić sekwencyjne wstrzykiwanie płynów przez jedną linię prowadzącą. Należy jednak zachować ostrożność podczas korzystania z pomp strzykawkowych, aby zminimalizować wahania ciśnienia, które mogą spowodować oderwanie biofilmu.

Rysunek 1: System kontroli przepływu i geometria reaktora mikroprzepływowego. System eksperymentalny składa się z kontrolera przepływu (1) połączonego za pomocą przewodów pneumatycznych (2) ze stojakiem z rezerwuarem cieczy (3), zaworu rozdzielającego służącego do sekwencyjnego wstrzykiwania pożywki wzrostowej (GMMn) i roztworu soli (SSMn) (4), czujnika przepływu (5) połączonego z kontrolerem przepływu w celu zapewnienia informacji zwrotnej w czasie rzeczywistym i regulacji przepływu (6), rurki PEEK o małej średnicy wewnętrznej w celu zapewnienia oporu hydraulicznego (7) oraz pułapki na pęcherzyki powietrza (8) przed reaktorem mikroprzepływowym (9). Schemat systemu nie zachowuje proporcji. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
- Przygotować i skalibrować cały sprzęt zgodnie z instrukcjami producenta.
UWAGA: Statyw z rezerwuarem cieczy, zawór rozdzielający i czujnik przepływu są zainstalowane wewnątrz specjalnie zbudowanego inkubatora mikroskopowego, aby utrzymać temperaturę eksperymentu na poziomie 30 °C.
- Ustawić regulator ciśnienia kompresora powietrza na 3 bar i połączyć wylot kompresora z wlotem kontrolera przepływu za pomocą pneumatycznego przewodu poliuretanowego.
- Do wylotu kontrolera przepływu przyłączyć filtr hydrofobowy w celu zapobiegania cofaniu się cieczy, a następnie połączyć kontroler przepływu z dwoma portami wlotowymi statywu z rezerwuarem cieczy za pomocą pneumatycznego przewodu z polieteru poliuretanowego, wykorzystując kolektor i adaptery z kolcami.
- Połączyć statyw z rezerwuarem cieczy, zawór rozdzielający i czujnik przepływu za pomocą przewodów w następujący sposób, stosując złączki bezkołnierzowe dla przewodów o średnicy zewnętrznej 1/16-in, chyba że zaznaczono inaczej.
- Połączyć dwa porty wylotowe statywu z rezerwuarem cieczy z dwoma pierwszymi portami wlotowymi zaworu rozdzielającego za pomocą 80 cm przewodu z politetrafluoroetylenu (PTFE) o średnicy wewnętrznej (ID) 1/32-in.
- Połączyć port wylotowy zaworu rozdzielającego z portem wlotowym czujnika przepływu za pomocą 15 cm przewodu PTFE o średnicy wewnętrznej 500-µm i złączki adapterowej.
- Do portu wylotowego czujnika przepływu przyłączyć 60 cm przewodu z polieteroeteroketonu (PEEK) o średnicy wewnętrznej 63,5-µm, używając złączki adapterowej.
UWAGA: W przypadku eksperymentów wymagających innych szybkości przepływu należy dostosować długość przewodu PEEK tak, aby zapewnić wystarczający opór hydrauliczny dla stabilności przepływu.
- Połączyć przewód PEEK z 10 cm przewodu PTFE o średnicy wewnętrznej 500-µm za pomocą złączki łączącej.
- Przyłączyć przewód PTFE do portu wlotowego mikroprzepływowej pułapki na pęcherzyki wyposażonej w membranowy filtr PTFE (rozmiar porów ~10 µm).
- Do portu wylotowego pułapki na pęcherzyki przyłączyć 75 cm przewodu PTFE o średnicy wewnętrznej 200-µm w celu wytworzenia ciśnienia wstecznego dla skutecznego usuwania pęcherzyków. Przewód ten zostanie podłączony do otworu wlotowego reaktora mikroprzepływowego.
- Przed każdym eksperymentem wysterylizować system kontroli przepływu wraz ze wszystkimi podłączonymi przewodami i sprzętem, przepłukując go 1% roztworem wybielacza w ilości odpowiadającej trzykrotnej objętości systemu (~4 h na linię przewodów przy 7,0 µL·min-1), a następnie sterylną wodą ultrapure przez ten sam czas.
- Pomiędzy eksperymentami czyścić system kontroli przepływu w następujący sposób.
- Przepłukać zawór rozdzielający i czujnik przepływu, stosując 100% izopropanol i sterylną wodę ultrapure, aby zapobiec gromadzeniu się osadów lub precypitatów.
OSTRZEŻENIE: Izopropanol jest łatwopalny. Należy go obchodzić i przechowywać zgodnie z kartą charakterystyki bezpieczeństwa.
- Zautoklawować pułapkę na pęcherzyki.
- Wymieniać membranowy filtr pułapki na pęcherzyki oraz przewód PTFE o średnicy wewnętrznej 200-µm po każdym eksperymencie, aby zapobiec zapchaniu (filtr membranowy) lub kolonizacji bakteryjnej (przewody).
3. Pożywki i roztwory eksperymentalne
- Przygotować płynną pożywkę Luria Broth (LB, formulacja Millera), autoklawując 2,5% proszku LB w wodzie ultrapurej w temperaturze 121 °C przez 20 min. W przypadku płytek z agarem LB, autoklawować 2,5% proszku LB i 1,5% agaru w wodzie ultrapurej w temperaturze 121 °C przez 20 min, następnie wlać do 100-mm szalek Petriego (~20 mL na szalkę) i pozostawić do ostygnięcia i stężenia.
- Z roztworów zapasowych sterylizowanych filtracyjnie, przygotowanych z odczynników klasy American Chemical Society (ACS) lub klasy bakteriologicznej w wodzie ultrapurej, przygotować po 30 mL każdego z poniższych roztworów. Skład roztworu soli oraz pożywki wzrostowej opracowano na podstawie Gehin et al.59.
- Przygotować roztwór soli bez Mn(II) (SS0): 0,4 mM CaCl2·2H2O, 0,25 mM MgSO4·7H2O, 0,25 mM Na2HPO4·2H2O, 0,15 mM KH2PO4, 1:2 Fe(III)-EDTA (20 µM FeCl3·6H2O i 40 µM EDTA z pH dostosowanym do 6,5 za pomocą 1M NaOH), bufor HEPES 10 mM (z pH dostosowanym do 7,0 za pomocą 1M NaOH), 5 mM (NH4)2SO4 oraz śladowe ilości metali (40 nM CuSO4·5H2O, 273 nM ZnSO4·7H2O, 84 nM CoCl2·6H2O, 53,7 nM Na2MoO4·2H2O) w sterylnej wodzie ultrapurej.
- Przygotować roztwór soli z Mn(II) (SSMn): Taki sam jak SS0 z dodatkiem 50 µM MnCl2·4H2O.
- Przygotować pożywkę wzrostową bez Mn(II) (GM0): Taka sama jak SS0 z dodatkiem 1,5 g·L-1 ekstraktu z drożdży i 1,5 g·L-1 kwasów kasamino.
- Przygotować pożywkę wzrostową z Mn(II) (GMMn): Taka sama jak GM0 z dodatkiem 50 µM MnCl2·4H2O.
OSTRZEŻENIE: Roztwory soli i pożywki wzrostowe zawierają metale stwarzające zagrożenie dla zdrowia i środowiska. Należy obchodzić się z nimi i przechowywać zgodnie z kartami charakterystyki substancji.
- Przygotować roztwór kwasowy zawierający 40 mM dwuwodnian kwasu szczawiowego i 2% kwasu azotowego w wodzie ultrapurej do trawienia tlenków Mn wewnątrz reaktora mikroprzepływowego.
OSTRZEŻENIE: Dwuwodnian kwasu szczawiowego i kwas azotowy są substancjami żrącymi, a kwas azotowy jest silnym utleniaczem. Należy obchodzić się z nimi i przechowywać zgodnie z kartami charakterystyki substancji.
- Przygotować 1% roztwór kwasu azotowego w wodzie ultrapurej do rozcieńczania próbek do analizy ICP-MS.
4. Hodowla bakterii
UWAGA: Hodowla bakterii jest prowadzona z zachowaniem zasad aseptyki na blacie laboratoryjnym przy użyciu palnika Bunsena. Materiały są sterylne, chyba że zaznaczono inaczej. Czasy inkubacji są określone dla P. putida GB-1 i mogą wymagać dostosowania w przypadku innych mikroorganizmów.
- Z zapasu przechowywanego w -80 °C wysiać P. putida GB-1 na płytkę z agarem LB. Inkubować płytkę przez około 20 h w temperaturze 30 °C, aby umożliwić wzrost kolonii bakteryjnych.
- Wieczorem przed eksperymentem dodać 10 mL pożywki LB do probówki stożkowej o pojemności 50 mL i zaszczepić jedną kolonię z płytki. Inkubować prekulturę LB w inkubatorze z wytrząsaniem w temperaturze 30 °C przy 180 rpm przez 16 h, aż do osiągnięcia fazy stacjonarnej.
- Po 16 h inkubacji przenieść 1 mL prekultury LB do probówki do mikrocentryfugi o pojemności 1,5 mL i wirować przez 1 min przy 8,000 x g, aby uzyskać pellet bakterii.
- Przemyć alikwot trzy razy w celu usunięcia zużytej pożywki LB poprzez odlanie supernatantu, resuspensję pelletu komórkowego w 1 mL SS0 i wirowanie przez 1 min przy 8,000 x g. Resuspender końcowy pellet w 1 mL SS0.
- Zmierzyć gęstość optyczną (OD600) przemytej zawiesiny komórkowej w niesterylnej kuwecie za pomocą spektrofotometru. Oczekiwana wartość OD600 dla P. putida GB-1 na tym etapie wynosi 3,6–3,8, zatem wymagane jest co najmniej 5-krotne rozcieńczenie w SS0.
- Zaszczepić 20 mL GM0 przemywaną zawiesiną komórkową do początkowej wartości OD600 wynoszącej 0,01 w kolbie Erlenmeyera o pojemności 50 mL. Inkubować w temperaturze 30 °C przy 180 rpm przez 6 h, aż do osiągnięcia środkowej fazy wykładniczej.
5. Eksperyment biomineralizacji
- W dniu eksperymentu przygotuj system kontroli przepływu.
- Rozgrzej inkubator mikroskopowy do 30 °C.
- Wlej 10 mL GMMn i SSMn do dwóch probówek stożkowych o pojemności 15 mL i podłącz probówki do statywu z rezerwuarem cieczy. Przepłucz układ SSMn przez około trzy objętości systemu (~4 h przy 7,0 µL·min-1), a następnie GMMn przez ten sam czas.
- Nasyć przygotowany reaktor mikroprzepływowy 5 h po zaszczepieniu kultury w fazie średnio-eksponencjalnej.
UWAGA: Nasycanie reaktora i szczepienie wykonuje się techniką aseptyczną na blacie laboratoryjnym przy użyciu palnika Bunsena. Materiały są sterylne, chyba że zaznaczono inaczej.
- Odgazuj reaktor w deskrykatorze próżniowym przez 20 min.
- Podczas odgazowywania reaktora pobierz 1–2 mL SS0 do plastikowej strzykawki o pojemności 3 mL, następnie podłącz igłę z tępym zakończeniem i 20 cm rurki Tygon o średnicy wewnętrznej (ID) 0,02 cala. Naciskaj tłok strzykawki, aż rurka zostanie całkowicie nasycona.
- Wyjmij reaktor z deskrykatora, a następnie podłącz rurkę do otworu wylotowego reaktora za pomocą pęsety kątowej i ręcznie nasyć reaktor za pomocą strzykawki, aż w otworze wlotowym reaktora utworzy się kropla.
- Podłącz 20 cm rurki Tygon o średnicy wewnętrznej 0,02 cala do otworu wlotowego reaktora. Kontynuuj podawanie SSMn do reaktora, aż wszystkie pęcherzyki powietrza zostaną usunięte (200–300 µL).
- Przygotuj inokulum do reaktora i zaszczep reaktor mikroprzepływowy.
- Wyjmij kulturę w fazie średnio-eksponencjalnej z inkubatora z wytrząsarką 6 h po zaszczepieniu i zmierz OD600. Oczekiwana wartość OD600 na tym etapie wynosi 1,6–1,8, dlatego zaleca się czterokrotne rozcieńczenie w SS0.
- Rozcieńcz kulturę w fazie średnio-eksponencjalnej w 2 mL SSMn do początkowej wartości OD600 wynoszącej 0,005 w probówce do mikrocentryfugi o pojemności 2 mL. Obróć probówkę kilka razy, aby wymieszać zawartość.
- Umieść rurkę wlotową reaktora w probówce do mikrocentryfugi, upewniając się, że kropla cieczy styka się z inokulum, aby zapobiec wprowadzeniu powietrza do rurki. Częściowo zamknij probówkę do mikrocentryfugi i zabezpiecz pokrywkę taśmą, aby zapobiec kontaminacji.
- Pobierz 4–5 mL SSMn do szklanej strzykawki gazoszczelnej o pojemności 5 mL, aby zwilżyć cylinder, a następnie wypuść ciecz, aż w strzykawce pozostanie 0,5 mL. Umieść strzykawkę w pompie strzykawkowej.
- Zdejmij igłę z plastikowej strzykawki i podłącz ją do strzykawki szklanej, dbając o to, aby nie uwięznąć powietrza w gnieździe igły.
- Zaszczep reaktor za pomocą pompy strzykawkowej, wprowadzając inokulum do reaktora przez 20 min przy szybkości przepływu 8,33 µL·min-1 (~70 objętości porów).
- Po zaszczepieniu wyłącz pompę strzykawkową i pozostaw bakterie do osadzenia i przytwierdzenia na 1 h bez przepływu.
- Po 1 h wyjmij strzykawkę z pompy strzykawkowej, ale pozostaw ją podłączoną do rurki wylotowej.
- Podłącz zaszczepiony reaktor mikroprzepływowy do systemu kontroli przepływu.
- Przenieś reaktor i strzykawkę z blatu do inkubatora mikroskopowego.
- Na stoliku mikroskopu odłącz rurkę wlotową od reaktora.
- Delikatnie naciśnij tłok strzykawki, aby utworzyć kroplę w otworze wlotowym reaktora.
- Ręcznie zegnij rurkę PTFE z systemu kontroli przepływu pod kątem prostym (~1 cm od końca rurki), tak aby stykała się prostopadle z powierzchnią PDMS, minimalizując siły boczne i wnikanie powietrza do otworu wlotowego reaktora.
- Zanurz koniec rurki PTFE w 1% roztworze diakrylanu glikolu polietylenowego (PEG-DA), aby zwilżyć hydrofobową zewnętrzną stronę rurki. Upewnij się, że na końcu rurki PTFE znajduje się kropla GMMn, i podłącz rurkę do otworu wlotowego reaktora.
- Odłącz strzykawkę i umieść rurkę wylotową w niesterylnej probówce do mikrocentryfugi o pojemności 5 mL, aby zbierać effluent z reaktora.
- Ustaw szybkość przepływu na 1,33 µL·min-1 w oprogramowaniu systemu kontroli przepływu. Skonfiguruj program tak, aby dostarczać GMMn przez 15 h (~500 objętości porów) w celu promowania tworzenia biofilmu, a następnie SSMn przez 28,5 h (~1000 objętości porów), aby indukować biomineralizację Mn.
- Zamontuj reaktor mikroprzepływowy w wkładzie stolika mikroskopowego.
UWAGA: Do ograniczenia niepożądanego wzrostu bakterii i precypitacji minerałów poza przestrzenią porów mikroprzepływowych stosowany jest specjalnie zbudowany system naświetlania ultrafioletem C (UVC) przymocowany do wkładu stolika mikroskopowego (Rysunek 2). Konstrukcja ta została zaadaptowana z pracy Ramos et al.60 i może być sterowana za pomocą programu automatycznego. Szczegóły znajdują się w pracy Fadely et al.61.
- Umieść ramkę próbki pod reaktorem dla stabilności, a następnie sztywno zamocuj ramkę i reaktor w wkładzie stolika, upewniając się, że są w pełni unieruchomione.
- Przymocuj rurkę PTFE do wkładu stolika kawałkiem taśmy, aby zapobiec odłączeniu rurki od otworu wlotowego reaktora.
- Ustaw ramiona UVC w odległości 3 mm od krawędzi przestrzeni porów po stronie wlotowej i 2 mm po stronie wylotowej, aby zminimalizować rozpraszanie światła ultrafioletowego i uszkodzenia biofilmu wewnątrz przestrzeni porów.
UWAGA: Prawidłowe ustawienie UVC zaowocuje niewielką lub żadną akumulacją biomasy w obszarze wlotowym reaktora (Rysunek 3A). Ustawienie ramion UVC zbyt daleko od krawędzi wlotowej przestrzeni porów (Rysunek 3B) lub brak naświetlania (Rysunek 3C) prowadzi do precypitacji minerałów przed przestrzenią porów.
- Skonfiguruj program naświetlania reaktora. Naświetlaj obszary wlotowy i wylotowy reaktora przez 5 min w czasie t = 0 h, aby unaktywnić bakterie zdeponowane podczas szczepienia, a następnie naświetlaj tylko obszar wylotowy przez 5 min w czasie t = 17,5 h, aby unaktywnić pozostałe biofilmy.

Rysunek 2: Niestandardowy system naświetlania promieniowaniem ultrafioletowym C (UVC) dla reaktorów mikroprzepływowych. (A). Widok z góry systemu zamontowanego na wkładzie stolika mikroskopu, przedstawiający ruchome ramiona (niebieskie) z przymocowanymi macierzami diod emitujących światło UVC (LED) (żółte prostokąty) oraz reaktor mikroprzepływowy zamontowany w ramce na próbkę (mały szary prostokąt). (B). Widok z dołu systemu przedstawiający diody UVC LED (beżowe kwadraty) osadzone w ruchomych ramionach. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 3: Wpływ promieniowania UVC na obszar wlotowy reaktora mikroprzepływowego. (A). Obszar wlotowy reaktora po 5-minutowej obróbce UVC w czasie t = 0 h, wykazujący prawidłowe ustawienie, co zapewniło całkowite usunięcie niepożądanych biofilmów. (B). Obszar wlotowy reaktora z niewłaściwie ustawioną macierzą UVC, co pozostawiło resztkowe biofilmy w otworze wlotowym i poza przestrzenią porów, umożliwiając wytrącanie się tlenków Mn powyżej strumienia. (C). Obszar wlotowy reaktora bez obróbki UVC, co doprowadziło do intensywnego wzrostu biofilmu i wytrącania minerałów. Szare cieniowanie wyznacza przestrzeń porów. Pasek skali wynosi 2 mm. Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tego rysunku.
6. Optyczna mikroskopia poklatkowa (time-lapse)
UWAGA: Do kolorowego obrazowania w jasnym polu wykorzystano odwrócony mikroskop epifluorescencyjny Nikon Ti2 Eclipse wyposażony w kamerę cyfrową (2304 x 2304 pikseli na pole widzenia), źródło białego światła, obiektyw 4x (1,62 µm·pixel-1) oraz oprogramowanie NIS Elements. Odpowiednie będą również inne mikroskopy optyczne z możliwością obrazowania w kolorze. Zastosowanie obrazowania kolorowego zwiększa czułość na niską masę tlenków Mn. Jeśli automatyzacja time-lapse nie jest dostępna, użytkownicy mogą pozyskiwać obrazy ręcznie, a następnie przetwarzać je jako serię czasową.
- Aby uzyskać wysokiej jakości obrazy, przeprowadź następujące kroki wyrównania i korekcji:
- W celu zapewnienia równomiernego oświetlenia ręcznie dostosuj ustawienie Köhlera zgodnie z instrukcjami producenta.
- Zoptymalizuj oświetlenie w polu jasnym, aby zapobiec niedo- lub prześwietleniu obrazu (Fusion Pad > Color > Auto Brightness oraz Fusion Pad > Color > Auto White).
UWAGA: Najlepiej zoptymalizować oświetlenie w polu jasnym tylko raz na reaktorze, który zawiera już biofilmy i tlenki Mn, a następnie zastosować ten sam czas ekspozycji i balans kolorów we wszystkich kolejnych eksperymentach dla zachowania spójności oświetlenia. W tym przypadku zastosowano oświetlenie 5 ms z parametrami: czerwień 97,58%, zieleń 44,76% i niebieski 100%.
- Aby zapobiec artefaktom szycia podczas akwizycji mozaikowych obrazów przestrzeni porów mikroprzepływowych, zastosuj korekcję cieniowania (Acquire > Shading Correction Panel).
- Ustaw współrzędne środka obrazu mozaikowego (ND Acquisition > XY).
- Skonfiguruj obszar skanowania obrazu mozaikowego (tutaj 5 x 4 pola widzenia) i zastosuj 1% zakładki (ND Acquisition > Large Image).
- Skonfiguruj akwizycję kolorowych obrazów w polu jasnym z użyciem obiektywu 4x (ND Acquisition > λ).
- Ustaw częstotliwość obrazowania z odstępami 1 h przez 15 h (faza wzrostu) i 0,5 h przez 28,5 h (faza mineralizacji) (ND Acquisition > Time), a następnie uruchom program time-lapse.
UWAGA: Czas trwania fazy wzrostu i mineralizacji jest specyficzny dla P. putida GB-1 i może być dostosowany w zależności od potrzeb dla innych mikroorganizmów.
- Po zakończeniu eksperymentu wyeksportuj obrazy w formacie Tagged Image File Format (TIFF) (Macro Panel > Export Images to TIFF).
7. Trawienie kwasowe i pomiar masy Mn
UWAGA: Do pomiaru masy Mn zatrzymanej w reaktorze mikroprzepływowym wykorzystuje się ICP-MS, jednak dopuszczalne jest użycie innych instrumentów, takich jak spektrometry emisji optycznej (ICP-OES). W przypadku braku dostępności aparatury analitycznej, próbki po trawieniu kwasowym można wysłać do laboratorium komercyjnego.
- Po zakończeniu eksperymentu wyjmij reaktor z wkładki stolika mikroskopowego i odłącz przewody wlotowe i wylotowe.
- Pobierz 1,5 mL roztworu kwasu do szklanej strzykawki gazoszczelnej o pojemności 5 mL (osobnej od strzykawki użytej do inokulacji). Do strzykawki przymocuj igłę tępą oraz 20 cm przewodu PTFE o średnicy wewnętrznej 1/32 cala i ręcznie dozuj kwas, aż na końcu przewodu utworzy się kropla.
- Na blacie laboratoryjnym umieść strzykawkę w pompie strzykawkowej i podłącz przewód do otworu wlotowego reaktora, dbając o to, aby nie uwięzić pęcherzyków powietrza, które mogą uniemożliwić przenikanie roztworu kwasu do wszystkich porów. Do otworu wylotowego reaktora podłącz 30 cm przewodu PTFE o średnicy wewnętrznej 1/32 cala i umieść koniec przewodu wylotowego w probówce do mikrowirówki o pojemności 2 mL.
- Wprowadzaj roztwór kwasu do reaktora przez 10 min z szybkością przepływu 100 µL·min-1.
- Po wstrzyknięciu roztworu kwasu odłącz igłę tępą od szklanej strzykawki. Napełnij plastikową strzykawkę o pojemności 10 mL powietrzem i podłącz ją do igły tępej, a następnie ręcznie wypchnij całe powietrze ze strzykawki, aby usunąć pozostały kwas z reaktora i przewodów do probówki do mikrowirówki o pojemności 2 mL.
UWAGA: Chociaż po przedmuchaniu powietrzem w przestrzeniach porowych może pozostać niewielka objętość roztworu kwasu, jest ona pomijalna w stosunku do całkowitej objętości wstrzykniętej. Użytkownicy pracujący z geometriami o mniejszej porowatości mogą rozważyć przedmuchiwanie dodatkowych objętości powietrza w celu usunięcia filmów cieczowych i resztek kwasu z słabo połączonych porów.
- Rozcieńcz strawioną próbkę w 1% kwasie azotowym zgodnie z zakresem kalibracji ICP-MS. W tym przypadku przygotuj 100-krotne rozcieńczenie (całkowita objętość 5 mL) w stożkowej probówce o pojemności 15 mL.
- Zmierz stężenie Mn w rozcieńczonej próbce za pomocą ICP-MS. Skoryguj zmierzone stężenie o czynnik rozcieńczenia i całkowitą objętość próbki, aby wyznaczyć masę Mn zatrzymaną w reaktorze.
8. Analiza obrazu
UWAGA: Zaleca się stosowanie oprogramowania MATLAB ze względu na wbudowane funkcje analizy obrazu, które zostały opisane w tekście. Można jednak wykorzystać inne narzędzia, takie jak ImageJ lub biblioteki analizy obrazu w języku Python, aby przeprowadzić porównywalne analizy. Kluczowe etapy analizy obrazu przedstawiono na Rysunku 4. Wszystkie skrypty do analizy obrazu zostały udostępnione jako pliki uzupełniające (Plik uzupełniający 1, Plik uzupełniający 2 oraz Plik uzupełniający 3).

Rycina 4: Schemat odejmowania obrazów w celu wyizolowania precypitatów tlenków Mn. Z kolorowych obrazów w polu jasnym wykonanych w trybie time-lapse zidentyfikowano obraz referencyjny (tref) (1), aby usunąć intensywność tła stacjonarnych biofilmów z wszystkich kolejnych obrazów w danych punktach czasowych (tn) (2). Wygenerowano maski binarne dla wszystkich tn (3), a następnie pomnożono je przez tref (4) oraz odpowiadające im tn (5), aby uchwycić zasięg biofilmu i biominerałów. Na koniec zamaskowane obrazy tn odjęto od zamaskowanych obrazów tref (6). Wynikowe macierze z korekcją intensywności określają spadek intensywności (a.u.) wynikający z akumulacji tlenków Mn w każdym pikselu. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
- Wczytaj do obszaru roboczego obraz TIFF wysokiej rozdzielczości przedstawiający geometrię przestrzeni porów mikrofluidycznych (wyeksportowany z programu AutoCAD), aby użyć go jako maski ziaren (imread).
- Wyprostuj i zarejestruj kolorowe obrazy w jasnym polu, aby skutecznie zastosować maskę ziaren.
- Wygeneruj binarną mapę rejestracyjną obrazu z pierwszego punktu czasowego (t = 0 h).
- Wczytaj kolorowy obraz TIFF w jasnym polu do obszaru roboczego (imread).
- Wytnij obraz tak, aby był nieco większy niż rozmiar przestrzeni porów (imcrop).
- Wzmocnij ostrość obrazu, aby poprawić rozdzielczość granic ziaren (imsharpen).
- Zbinaryzuj obraz, korzystając z adaptacyjnego progu priorytetyzującego ciemne elementy (rgb2gray, adaptthresh z ustawieniem foreground polarity = "dark" i czułości dostosowaną według potrzeb, imbinarize, imcomplement).
- Wypełnij ziarna w otrzymanej binarnej mapie rejestracyjnej, aby utworzyć lite elementy (imfill z określeniem "holes"). Należy pamiętać, że nie wszystkie ziarna mogą zostać wypełnione.
- Eroduj binarną mapę rejestracyjną w razie potrzeby, aby usunąć szum w tle, a następnie przeprowadź dylatację, aby przywrócić utracone piksele na krawędziach ziaren (imerode, imdilate).
- Użyj algorytmu rejestracji opartego na transformacji cech niezmienniczych skalowo (SIFT), aby obliczyć macierz transformacji niezbędną do dopasowania binarnej mapy rejestracyjnej do maski ziaren (detectSIFTFeatures, extractFeatures, matchFeatures, estgeotform2d z ustawieniem transform type = "affine").
- Zastosuj tę macierz transformacji do binarnej mapy rejestracyjnej oraz obrazu z pierwszego punktu czasowego, a następnie nałóż je na maskę ziaren, aby ocenić dopasowanie (imwarp, imshowpair).
- Jeśli po rejestracji SIFT nadal występuje słabe dopasowanie, zastosuj w razie potrzeby rejestrację lokalną (cpselect, fitgeotform2d z ustawieniem transform type = "lwm", imwarp).
- Wytnij zarejestrowany obraz i maskę ziaren w razie potrzeby, aby usunąć artefakty rejestracji na krawędziach macierzy, a następnie zmień ich rozmiar do wymiarów przestrzeni porów (15 mm x 10 mm) (imcrop, imresize).
- Przetwórz wszystkie kolorowe obrazy w jasnym polu w pętli, aby zastosować tę samą rejestrację (imwarp).
- Zidentyfikuj wizualnie obraz referencyjny (tref, Panel 1 na Rysunku 4) z momentu, w którym biofilmy po raz pierwszy wchodzą w fazę stacjonarną, co określa się jako brak dalszego ruchu lub wzrostu (tutaj t = 18,5 h).
- Zbinaryzuj każdy obraz z punktu czasowego (tn, Panel 2 na Rysunku 4) (rgb2gray, adaptthresh z ustawieniem foreground polarity = "dark" i czułością dostosowaną według potrzeb, imbinarize, imcomplement) w taki sposób, aby kompleksy biofilmu i biominerałów miały wartość 1, a ziarna i puste pory wartość 0. Pomnóż każdą maskę punktu czasowego przez odwróconą maskę ziaren (imcomplement), aby usunąć pozostałe granice ziaren.
- Pomnóż tn przez odpowiadającą mu maskę punktu czasowego (Panel 3 na Rysunku 4), aby wyizolować obszar zainteresowania biofilmu i biominerałów (Panel 5 na Rysunku 4), a następnie pomnóż tref przez każdą maskę punktu czasowego, aby wyizolować ten sam obszar (Panel 4 na Rysunku 4).
- Odejmij wszystkie zamaskowane obrazy tn od zamaskowanego obrazu tref, aby ilościowo określić spadek intensywności pikseli związany z akumulacją tlenku Mn w każdym punkcie czasowym (imsubtract), a następnie przekształć je w złożone macierze z korekcją intensywności (rgb2gray, Panel 6 na Rysunku 4).
- Aby ocenić przestrzenną dystrybucję minerałów w przestrzeni porów (a.u.), zsumuj wartości w kolumnach (sum z ustawieniem dimension = 1) każdej macierzy z korekcją intensywności.
- Aby oszacować szybkość precypitacji tlenku Mn w czasie (µg·h-1):
- Zsumuj każdą macierz z korekcją intensywności (sum z ustawieniem dimension = "all"), aby określić całkowitą skorygowaną intensywność w każdym punkcie czasowym.
- Podziel całkowitą skorygowaną intensywność w każdym punkcie czasowym przez całkowitą skorygowaną intensywność w ostatnim punkcie czasowym, tak aby ostatni punkt czasowy miał wartość 1, a wszystkie poprzednie wartości były ułamkowe. Przeskaluj do µg, mnożąc przez masę Mn zmierzoną metodą ICP-MS.
- Oblicz pochodną względem czasu, dzieląc przyrost masy (µg) między następującymi po sobie punktami czasowymi (diff) przez odstęp czasu między obrazami (0,5 h).