Wybrano SNP istotne w całym genomie z P < 5 × 10⁻6. Następnie usunięto SNP w nierównowadze sprzężeń (r2 < 0,001 w oknie o rozmiarze 10 000 kb) oraz nieuzgodnione SNP palindromiczne, co pozostawiło 59 SNP dla poziomów przeciwciał przeciwko H. pylori: IgG, CagA, VacA, UREA, CAT, OMP i GroEL (Tabela 2). Kolejna analiza MR-PRESSO potwierdziła brak wartości odstających wśród tych SNP. Po usunięciu SNP palindromicznych zastosowano pięć podejść analitycznych MR w celu oceny związku przyczynowego między markerami przeciwciał przeciwko H. pylori a anemią z niedoboru żelaza (IDA). Wyniki analiz wykazały, że przeciwciała OMP przeciwko H. pylori były istotnie powiązane z podatnością na IDA przy zastosowaniu metody IVW (OR = 1,077, 95% CI: 1,010 – 1,148, P = 0,02194) (Tabela 2). Wykres rozrzutu przedstawia szacowane wielkości efektów poszczególnych SNP na poziomy przeciwciał przeciwko białku błony zewnętrznej (OMP) H. pylori oraz anemię z niedoboru żelaza (IDA) (Rycina 2). Aby dalej potwierdzić odporność i ważność wyników MR, systematycznie przeprowadzono szereg kompleksowych analiz kontrolnych i walidacyjnych (testy odporności), w tym testy heterogeniczności, ocenę plejotropii poziomej oraz analizę wrażliwości leave-one-out, zgodnie z poniższym opisem. Po pierwsze, w celu oceny heterogeniczności między zmiennymi instrumentalnymi (IV) zastosowano metody MR-Egger oraz ważenia odwrotnością wariancji (IVW) (Tabela 3). Test Q Cochrana nie wykazał istotnej heterogeniczności między IV (MR-Egger Q = 8,78, P = 0,27; IVW Q = 8,72, P = 0,19), co wskazuje, że wpływ heterogeniczności na szacunkowy efekt przyczynowy był pomijalny. W związku z tym do obliczenia wielkości efektu w niniejszej badaniu zastosowano model IVW z efektami stałymi. Ponadto plejotropię poziomą zmiennych instrumentalnych oceniono za pomocą testu przechwytu MR-Egger oraz globalnego testu MR-PRESSO (Tabela 3). Test przechwytu MR-Egger nie wykazał dowodów na plejotropię poziomą wśród IV (P > 0,05). Podobnie, globalny test MR-PRESSO nie wykrył SNP odstających ani plejotropii poziomej (P > 0,05). Na koniec przeprowadzono analizę leave-one-out, a wyniki nie wykazały istotnych zmian w całkowitej szacowanej wielkości efektu przyczynowego (Rycina 3), co sugeruje, że efekt przyczynowy poziomu przeciwciał OMP przeciwko H. pylori na anemię z niedoboru żelaza był wynikiem zbiorowego wkładu tych ośmiu SNP, a nie wpływu pojedynczego SNP. Aby wykluczyć możliwość odwrotnej przyczynowości, w badaniu przeprowadzono analizę odwrotnego MR, która nie wykazała istotnego efektu przyczynowego IDA na poziomy przeciwciał OMP przeciwko H. pylori (Tabela 4). Podsumowując, kluczowe wnioski z niniejszego badania są następujące: (1) Wśród siedmiu przeciwciał przeciwko H. pylori (IgG, CagA, VacA, UREA, CAT, OMP, GroEL) tylko poziomy przeciwciał OMP były istotnie powiązane ze zwiększonym ryzykiem IDA (IVW OR = 1,077, 95% CI 1,010–1,148, P = 0,02194). (2) Analiza odwrotnego MR wykluczyła możliwość odwrotnej przyczynowości, potwierdzając, że IDA nie wpływa na poziomy przeciwciał OMP przeciwko H. pylori. (3) Kompleksowe testy odporności (testy heterogeniczności, ocena plejotropii poziomej, analiza leave-one-out i wykrywanie wartości odstających) potwierdziły ważność i wiarygodność tego związku przyczynowego, bez dowodów na heterogeniczność, plejotropię poziomą lub błąd pojedynczego SNP. Wyniki te mają istotne znaczenie dla zrozumienia związku etiologicznego między zakażeniem H. pylori a IDA: sugerują one, że zakażenie H. pylori, a konkretnie poprzez podwyższony poziom przeciwciał OMP, może być przyczynowym czynnikiem ryzyka IDA. Stanowi to potencjalne ogniwo mechanistyczne między H. pylori a zaburzeniami metabolizmu żelaza i podkreśla potrzebę dalszych badań nad biologicznymi szlakami (np. sekwestracja żelaza za pośrednictwem OMP lub uszkodzenie błony śluzowej), które mogą przyczyniać się do rozwoju IDA. Ponadto wyniki te mogą mieć znaczenie kliniczne, ponieważ ukierunkowana interwencja w zakażeniu H. pylori (zwłaszcza w populacjach z podwyższonym poziomem przeciwciał OMP) mogłaby potencjalnie zmniejszyć ryzyko wystąpienia IDA.
DOSTĘPNOŚĆ DANYCH:
Niniejsze badanie opiera się na swobodnie dostępnych statystykach podsumowujących z badań asocjacyjnych całego genomu. Dane dotyczące przeciwciał przeciwko H. pylori oraz IDA pochodzą z IEU Open GWAS (projekt IEU Open GWAS (mrcieu.ac.uk)). Surowe dane zostały zamieszczone w dodatku uzupełniającym.

Rycina 1: Schemat badania randomizacji mendlowskiej (MR). Skróty: SNP = polimorfizm pojedynczego nukleotydu; IDA = niedokrwistość z niedoboru żelaza. Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 2: Wykres punktowy. Oś pozioma przedstawia wpływ SNP na poziom przeciwciał przeciwko OMP H. pylori (ekspozycja), a oś pionowa przedstawia wpływ SNP na IDA (wynik). Prostopadłe słupki przy każdym punkcie reprezentują 95% CI. Linie w różnych kolorach wskazują szacunki przyczynowe z różnych metod MR. Skróty; SNP = polimorfizm pojedynczego nukleotydu; CI = przedział ufności; MR = randomizacja mendlowska. Każdy punkt na wykresie oznacza locus SNP. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.

Rysunek 3: Wykres analizy z pominięciem jednego wariantu (leave-one-out). Każda czarna kropka przedstawia szacunek efektu przyczynowego IVW z pominięciem każdego z pozostałych SNP, a poziome czarne linie wskazują odpowiadające im 95% CI. Czerwona kropka reprezentuje ogólny połączony szacunek efektu przyczynowego IVW dla wszystkich SNP, a pozioma czerwona linia oznacza jego 95% CI. Skróty; SNP = polimorfizm pojedynczego nukleotydu; MR = randomizacja mendlowska; IVW = metoda odważonej wariancji (inverse variance weighted). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
| Ekspozycja i wynik | Wielkość próby | Pochodzenie | Rok | Liczba SNP | ID GWAS |
| Przeciwciała IgG przeciwko H. pylori | 8735 | Europejski | 2020 | 9,170,312 | ebi-a-GCST90006910, https://opengwas.io/datasets/ebi-a-GCST90006910 |
| Przeciwciała przeciwko CagA H. pylori | 985 | Europejski | 2020 | 9,165,056 | ebi-a-GCST90006911,https://opengwas.io/datasets/ebi-a-GCST90006911 |
| przeciwciało przeciwko CAT H. pylori | 1558 | europejski | 2020 | 9,167,570 | ebi-a-GCST90006912,https://opengwas.io/datasets/ebi-a-GCST90006912 |
| przeciwciało przeciwko GroEL H. pylori | 2716 | Europejski | 2020 | 9,172,299 | ebi-a-GCST90006913,https://opengwas.io/datasets/ebi-a-GCST90006913 |
| przeciwciała przeciwko OMP H. pylori | 2640 | Europejski | 2020 | 9,167,440 | ebi-a-GCST90006914,https://opengwas.io/datasets/ebi-a-GCST90006914 |
| przeciwciała przeciwko ureazie H. pylori | 2251 | Europejski | 2020 | 9,170,248 | ebi-a-GCST90006915,https://opengwas.io/datasets/ebi-a-GCST90006915 |
| przeciwciała przeciwko VacA H. pylori | 1571 | Europejski | 2020 | 9,178,635 | ebi-a-GCST90006916,https://opengwas.io/datasets/ebi-a-GCST90006916 |
| IDA | 480941 | Europejski | 2021 | 24180477 | ebi-a-GCST90018872,https://opengwas.io/datasets/ebi-a-GCST90018872 |
Tabela 1: Charakterystyka ekspozycji i wyników. Skróty; SNP: polimorfizmy pojedynczego nukleotydu; IDA: niedokrwistość z niedoboru żelaza
Tabela 2: Wynik analizy MR. Skróty; SNP = polimorfizmy pojedynczego nukleotydu; CI = przedział ufności; IDA = anemia z niedoboru żelaza. Kliknij tutaj, aby pobrać tabelę 2.
| Ekspozycja | Wynik | Heterogeniczność | | Plejotropia | |
| | Statystyka Q (IVW) | p | Przecięcie MR-Egger | p |
| Przeciwciała przeciwko OMP H. pylori | IDA | 8.78 | 0.27 | 8.72 | 0.19 |
Tabela 3: Wyniki analizy wrażliwości. Skróty; IVW = metoda ważona odwrotnością wariancji; IDA = anemia z niedoboru żelaza.
| Ekspozycja | wynik | Liczba SNP | Metody | OR (95% CI) | p |
| IDA | anty-H. pylori IgG | 2 | Z ważeniem odwrotnością wariancji | 1.03 (0.92–1.18) | 0.54 |
| IDA | przeciwciało przeciwko białku CagA H. pylori | 2 | Odważona odwrotnością wariancji | 1.94(0.89–4.20) | 0.09 |
| IDA | przeciwciało CAT przeciwko H. pylori | 2 | Ważona odwrotnością wariancji | 0.82 (0.43–1.56) | 0.54 |
| IDA | przeciwciało przeciwko GroEL H. pylori | 2 | Ważenie odwrotnością wariancji | 0.74 (0.46–1.17) | 0.2 |
| IDA | przeciwciała przeciwko OMP H. pylori | 2 | Odwrócona wariancja ważona | 1.55 (0.96–2.51) | 0.07 |
| IDA | przeciwciała przeciwko ureazie H. pylori | 2 | Odwrócona wariancja ważona | 1.18 (0.54–2.61) | 0.67 |
| IDA | przeciwciało przeciwko VacA H. pylori | 2 | Metoda odwrotności wariancji (Inverse variance weighted) | 0.74 (0.40–1.37) | 0.34 |
Tabela 4: Wynik walidacji odwrotnej MR. Skróty; SNP = polimorfizm pojedynczego nukleotydu; CI = przedział ufności; IDA = niedokrwistość z niedoboru żelaza.