Szyszynka jest małą strukturą neuroendokrynną położoną w linii środkowej grzbietowej mózgu kręgowców i odgrywa centralną rolę w regulacji fizjologii okołodobowej poprzez rytmiczne wydzielanie melatoniny1,2. Podczas embriogenezy ssaków szyszynka powstaje z linii środkowej grzbietowej rozwijającego się przedmózgu. U myszy rozwój szyszynki rozpoczyna się, gdy wyspecjalizowany obszar grzbietowego neuroepithelium wzdółgłowia tworzy zrąb szyszynki/recessus pinealis, który następnie wyewaginuje, tworząc dywertikulum szyszynki w 14,5 dniu embrionalnym (E)3,4,5. Dywertikulum to jest przytwierdzone do dachu wzdółgłowia i widoczne między sparowanymi pęcherzykami końcowomózgu. W miarę postępu rozwoju dywertikulum to ściśle wiąże się z nadkładającymi go strukturami w linii środkowej grzbietowej mózgu, w szczególności z zatoką sagitalną górną (SSS) oraz zatoką poprzeczną (TS), czyli kanałami żylnymi biegnącymi wzdłuż powierzchni grzbietowej przedmózgu6. Rozwijająca się szyszynka znajduje się bezpośrednio pod przecięciem SSS i TS, a jej delikatne przytwierdzenie do grzbietowego wzdółgłowia jest szczególnie narażone na uszkodzenie podczas usuwania nadkładających struktur naczyniowo-oponowych w celu wydobycia mózgu z kopuły czaszki7. Sprawia to, że szyszynka jest szczególnie podatna na urazy, gdyż może zostać oderwana podczas otwierania kopuły czaszki w celu ekstrakcji mózgu. W rezultacie szyszynka jest często tracona podczas rutynowych sekcji, co ogranicza analizę jej struktury i składu molekularnego w preparatach nienaruszonych.
W niniejszym opracowaniu przedstawiamy szczegółowy protokół sekcji mózgu myszy z zachowaniem szyszynki oraz jej połączenia z dachem diencefalonu. Metoda ta znajduje zastosowanie w etapach embrionalnych od E16.5 aż do wczesnych etapów postnatalnych (P7) i jest odpowiednia do badań rozwoju szyszynki z wykorzystaniem hybrydyzacji in situ, immunohistochemii oraz transkryptomiki przestrzennej. Jako przykład zastosowań następczych zaprezentowano hybrydyzację in situ oraz immunohistochemię dla markeru CRX, który wykazuje wysoką ekspresję w szyszynce.
Kluczową innowacją w tej metodzie jest zminimalizowanie naprężeń struktur linii środkowej poprzez staranne usunięcie fizycznych połączeń, które w przeciwnym razie spowodowałyby oderwanie szyszynki podczas wyjmowania mózgu z czaszki. Stanowi to ulepszenie w stosunku do standardowej procedury.
Ta metoda sekcji jest ograniczona do etapów do P7, ponieważ postępująca kostnienie sklepienia czaszki podczas wczesnego rozwoju ponatalnego zwiększa sztywność czaszki i wzmacnia jej połączenie ze strukturami oponowymi i naczyniowymi. Chociaż w kilku badaniach opisano procedury sekcji szyszynki u dorosłych gryzoni8, bardzo niewiele z nich skupiało się na zachowaniu szyszynki podczas etapów embrionalnych i wczesnych etapów ponatalnych, kiedy gruczoł ten jest szczególnie kruchy i podatny na uszkodzenia podczas izolacji mózgu.