Projekt badania
W niniejszym badaniu zastosowano bibliometryczny projekt z wykorzystaniem grafu wiedzy, skupiający się na dowodach klinicznych oraz badaniach mechanistycznych nad TXYF w leczeniu UC. Schemat postępowania przedstawiono na Rysunku 1; obejmuje on sześć powiązanych etapów: przeszukiwanie baz danych, usuwanie duplikatów, przesiewanie tytułów i abstraktów, ocenę kwalifikowalności pełnych tekstów, ustrukturyzowaną ekstrakcję danych oraz wizualizację i syntezę. Końcowa próba analityczna składała się ze 133 artykułów i przeglądów w języku angielskim. Tabela 1 podsumowuje strategię wyszukiwania oraz kryteria kwalifikowalności, a Tabela materiałów wymienia platformę bibliograficzną, typ eksportowanych danych, narzędzia programistyczne oraz uwagi dotyczące powtarzalności.
Projekt integruje metadane bibliograficzne, informacje o autorach i instytucjach, kraje/regiony, czasopisma źródłowe, cytowane referencje, słowa kluczowe, streszczenia oraz ręcznie zakodowane atrybuty tematyczne. Takie podejście pozwala na opisanie wzrostu liczby publikacji i wzorców współpracy, a jednocześnie na zbadanie, czy dowody kliniczne i badania mechanistyczne rozwijają się jako powiązane strumienie translacyjne, czy jako równoległe, słabo powiązane ze sobą obszary prac.
Źródło danych i strategia wyszukiwania
Źródłem danych była baza Web of Science Core Collection (WoSCC), wybrana ze względu na dostarczanie standaryzowanych rekordów cytowań, słów kluczowych autorów, afiliacji instytucjonalnych, pól kraju/regionu, cytowanych referencji oraz formatów eksportu kompatybilnych z programami VOSviewer i CiteSpace. Przeszukiwanie objęło rekordy dostępne do 31 grudnia 2025 roku. Zarówno pobieranie danych, jak i ich eksport przeprowadzono w jednym punkcie czasowym, aby zminimalizować niestabilność wynikającą z aktualizacji bazy danych.
Dokładne zapytanie użyte do wyszukiwania tematycznego w WoSCC brzmiało:
TS=(("Tongxie Yaofang" LUB "Tong Xie Yao Fang" LUB "Tongxie-Yaofang" LUB "Formuła Tongxie" lub "TXYF") I ("wrzodziejące zapalenie jelita grubego" LUB "UC"))
Wyniki wyszukiwania ograniczono do artykułów i przeglądów w języku angielskim. Wykluczono streszczenia konferencyjne, artykuły redakcyjne, listy, korekty, recenzje książek oraz rekordy bez wystarczających informacji bibliograficznych. Ograniczenia te zastosowano w celu zachowania spójności metadanych niezbędnych do konstrukcji sieci; niemniej jednak, w sekcji Dyskusja przyjęty model WoSCC oparty wyłącznie na języku angielskim uznano za istotne ograniczenie procesu wyszukiwania, a nie za dowód braku prac klinicznych w języku chińskim.
W celu zapewnienia powtarzalności wszystkie kwalifikujące się rekordy z bazy WoSCC zostały wyeksportowane jako pełne rekordy wraz z cytowanymi referencjami. Do wstępnego zapytania nie dodano ograniczających deskryptorów, takich jak clinical, mechanism, network pharmacology, signaling pathway, microbiota czy trial. Po pobraniu rekordy zostały poddane ręcznej weryfikacji i kodowaniu na podstawie tytułu, streszczenia, a w razie potrzeby pełnego tekstu. Pola geograficzne zostały ustandaryzowane przed wizualizacją: rekordy afiliacji z Tajwanu, Hongkongu i Makau potraktowano jako regionalne rekordy Chin w celu obliczeń na poziomie krajów i nie interpretowano ich jako oddzielnych suwerennych państw.
Kryteria kwalifikowalności i przegląd literatury
Aby zapewnić wysoką relewantność między uwzględnioną literaturą a tematem badawczym oraz zwiększyć dokładność i interpretowalność wyników późniejszej analizy grafu wiedzy, w niniejszym badaniu przed formalną analizą ustalono jasne kryteria włączenia i wykluczenia, a następnie przeprowadzono etapowe przesiewanie odnalezionych publikacji przy użyciu ustandaryzowanych procedur. Całościowy proces selekcji składał się z czterech kroków: usuwania duplikatów dokumentów, wstępnego przesiewania tytułów i abstraktów, ponownego przesiewania pełnych tekstów oraz ostatecznego określenia kryteriów włączenia (szczegółowy schemat postępowania przedstawiono na Rysunku 1). W wyniku systematycznego wyszukiwania i progresywnej selekcji do analizy bibliometrycznej w niniejszym badaniu ostatecznie włączono łącznie 133 artykuły.
W odniesieniu do kryteriów włączenia, w niniejszym badaniu wyselekcjonowano przede wszystkim literaturę spełniającą następujące wymagania: Po pierwsze, temat badawczy musiał w sposób jawny obejmować Tongxie Yaofang oraz wrzodziejące zapalenie jelita grubego, co oznacza, że zarówno Tongxie Yaofang, jak i wrzodziejące zapalenie jelita grubego stanowią główny przedmiot badań, a nie są jedynie wspomniane w sekcjach dotyczących tła lub dyskusji. Po drugie, typ literatury musiał być ściśle ograniczony do formalnie opublikowanych artykułów lub przeglądów, aby zapewnić kompletność informacji bibliograficznych i danych o cytowaniach. Po trzecie, język literatury musiał być ograniczony do języka angielskiego w celu zwiększenia spójności źródeł danych oraz spełnienia podstawowych wymagań międzynarodowej analizy bibliometrycznej. Po czwarte, rekordy literaturowe powinny zawierać stosunkowo kompletne informacje w metadanych, w tym tytuł, autora, czasopismo źródłowe, streszczenie, słowa kluczowe oraz szczegóły cytowań, co umożliwia przeprowadzenie późniejszej analizy sieci współpracy, analizy współwystępowania słów kluczowych oraz analizy współcytowań.
Kryteria wykluczenia obejmują przede wszystkim następujące kategorie: po pierwsze, zdublowane rekordy literaturowe; po drugie, badania niezwiązane bezpośrednio z tematyką Tongxie Yaofang (receptury przeciwbólowej) lub wrzodziejącego zapalenia jelita grubego, takie jak publikacje omawiające wyłącznie inne receptury tradycyjnej medycyny chińskiej lub skupiające się na ogólnych nieswoistych zapaleniach jelit bez wyraźnego odniesienia do Tongxie Yaofang; po trzecie, abstrakty konferencyjne, artykuły redakcyjne, listy czytelników, erraty, recenzje książek oraz inne nieformalne dokumenty akademickie pozbawione pełnej struktury badawczej; po czwarte, rekordy z niepełnymi informacjami bibliograficznymi lub brakiem dostępnych prawidłowych abstraktów i podstawowych danych cytowania; po piąte, literatura, w której Tongxie Yaofang nie jest głównym przedmiotem badań mimo dopasowania terminów wyszukiwania lub w której głównym punktem zainteresowania nie jest wrzodziejące zapalenie jelita grubego. Poprzez zastosowanie tych kryteriów badanie ma na celu zminimalizowanie wpływu literatury nietarczowej oraz materiałów o niskiej zawartości informacji na wyniki badań.
Proces przeglądu literatury przeprowadzono w ustrukturyzowany, progresywny sposób. W pierwszej kolejności wszystkie oryginalne rekordy zaimportowane z baz danych przeniesiono do oprogramowania do zarządzania literaturą oraz arkuszy kalkulacyjnych, gdzie zweryfikowano tytuły, autorów, rok i nazwę czasopisma, a następnie usunięto duplikaty. Następnie rozpoczęto wstępną fazę analizy tytułów i abstraktów, podczas której tytuł i abstrakt każdego rekordu były niezależnie sprawdzane pod kątem wcześniej zdefiniowanych kryteriów włączenia i wykluczenia, aby wstępnie odrzucić dokumenty, które ewidentnie nie spełniały wymagań tematycznych. Po tym etapie wybrane dokumenty poddano ponownej analizie pełnych tekstów w celu oceny, czy przedmiot badań, zawartość i główne wątki rzeczywiście koncentrowały się na "Pain Relief Formula for Treating Ulcerative Colitis," weryfikując jednocześnie zgodność z klasyfikacją rodzaju literatury oraz wymaganiami dotyczącymi kompletności metadanych.
Przed przystąpieniem do kodowania zastosowano definicje operacyjne. Badania dowodów klinicznych zdefiniowano jako rekordy, których głównym celem była ocena skuteczności na poziomie pacjenta, bezpieczeństwa, nawrotów, zmian objawów, aktywności choroby, jakości życia, wyników zespołów TCM, markerów zapalnych, wyników endoskopowych, wyników histologicznych lub innych punktów końcowych o charakterze klinicznym. Badania mechanistyczne zdefiniowano jako rekordy, których głównym celem było wyjaśnienie działania TXYF poprzez farmakologię sieciową, dokowanie molekularne, dynamikę molekularną, przewidywanie celów, modele zwierzęce, walidację komórkową, analizę mikrobioty, multiomikę, sygnalizację zapalną, regulację odpornościową, naprawę bariery nabłonkowej, stres oksydacyjny, apoptozę, mitofagię lub powiązane szlaki sygnałowe. Badania translacyjne lub pomostowe zdefiniowano jako rekordy łączące ocenę kliniczną z pomiarem mechanistycznym, syntezą dowodów, mapowaniem biomarkerów lub walidacją eksperymentalną w sposób, który mógłby dostarczyć informacji do projektu badań klinicznych.
Ekstrakcja danych i klasyfikacja tematyczna
Po zakończeniu przeglądu literatury i ostatecznym wyborze 133 publikacji docelowych, w niniejszym badaniu przeprowadzono ustrukturyzowaną ekstrakcję i organizację istotnych informacji bibliograficznych w celu stworzenia podstawy danych do późniejszej analizy grafu wiedzy. Ekstrakcja danych obejmowała przede wszystkim trzy komponenty: podstawowe informacje o literaturze, szczegóły cytowań oraz dane o atrybutach tematycznych. Podstawowe informacje o literaturze obejmowały tytuł, autora, rok publikacji, czasopismo źródłowe, kraj/region, instytucję, typ dokumentu oraz streszczenie. Dane o cytowaniach składały się z częstotliwości cytowań, referencji, słów kluczowych oraz słów kluczowych autora. Informacje o atrybutach tematycznych wykorzystano do stratyfikacji treści badawczych i analizy porównawczej, obejmując przedmioty badań, metodologie, modele oraz główne kierunki tematyczne.
Oprócz standardowych pól bibliometrycznych wyekstrahowano atrybuty tematyczne. Dla każdego rekordu autorzy zakodowali dominujący typ badania, główny model lub metodę, główny aspekt kliniczny lub mechanistyczny oraz to, czy badanie bezpośrednio powiązało wyniki na poziomie mechanizmów z punktami końcowymi badania klinicznego. Rekordy niejednoznaczne klasyfikowano na podstawie głównego celu określonego w tytule, streszczeniu i metodach, a nie na podstawie krótkich, spekulacyjnych stwierdzeń w dyskusji.
Kodowanie punktów końcowych klinicznych podzielono na wyniki raportowane przez pacjentów (PROs) oraz punkty końcowe obiektywne. PROs obejmowały biegunkę, ból brzucha, częstotliwość wypróżnień, ogólną poprawę objawów, jakość życia oraz wyniki w skalach zespołów TCM. Punkty końcowe obiektywne obejmowały wskaźniki aktywności choroby, markery zapalne, parametry gojenia endoskopowego lub błony śluzowej, histologię, nawroty, zdarzenia niepożądane, profile mikrobioty, wskaźniki bariery nabłonkowej, cytokiny, fenotypy komórek odpornościowych oraz biomarkery szlaków sygnałowych.
Badania łączące przewidywania farmakologii sieciowej z walidacją na modelach zwierzęcych, komórkowych, mikrobiotycznych lub molekularnych zakodowano jako badania mechanistyczne, jeśli głównym celem było wyjaśnienie mechanizmu. Badania skoncentrowane na obserwacji skuteczności, w których możliwe mechanizmy wspomniano jedynie w sekcji Dyskusja, zakodowano jako badania nad dowodami klinicznymi. Protokoły lub dokumenty syntezy dowodów, które w sposób wyraźny dążyły do zintegrowania oceny efektów klinicznych z badaniem mechanizmów, zakodowano jako badania translacyjne/pomostowe.
Analiza i wizualizacja bibliometryczna
Analiza bibliometryczna została przeprowadzona przy użyciu oprogramowania arkuszowego, programu VOSviewer oraz CiteSpace; Tabela Materiałów zawiera pola wersji/identyfikatora oraz zaznacza elementy wymagające potwierdzenia przez autorów na podstawie oryginalnych logów analizy. Oprogramowanie arkuszowe posłużyło do weryfikacji duplikatów, obliczenia statystyk opisowych, określenia rocznej liczby publikacji, klasyfikacji typów badań oraz przygotowania tabel źródłowych. Program VOSviewer wykorzystano do budowy sieci współautorstwa, sieci instytucjonalnych, regionalnych i krajowych, sieci czasopism oraz sieci współwystępowania słów kluczowych. Program CiteSpace został użyty do analizy współcytowań, detekcji klastrów, interpretacji osi czasu oraz wykrywania gwałtownych wzrostów częstotliwości występowania słów kluczowych (burst-keyword detection).
Do identyfikacji modułów bazy wiedzy wielokrotnie cytowanych w badaniach nad TXYF-UC wykorzystano analizę współcytowań. Klastry zinterpretowano ręcznie poprzez analizę reprezentatywnych tytułów, streszczeń oraz kontekstów cytowanych referencji, zwracając uwagę na mechanizmy zapalne UC, dowody dotyczące interwencji związków TCM, badania nad mikrobiotą jelitową i barierą śluzową oraz metody farmakologii obliczeniowej.
Wstępne przetwarzanie słów kluczowych obejmowało konsolidację synonimów, standaryzację pisowni, normalizację wielkości liter, usuwanie terminów nieinformacyjnych oraz harmonizację równoważnych pojęć biologicznych. Następnie wykorzystano analizy współwystępowania słów kluczowych oraz analizy temporalne w celu zidentyfikowania głównych obszarów badawczych i wyłaniających się trendów, w tym sygnalizacji zapalnej, dowodów klinicznych TCM, oddziaływań mikrobiota-metabolizm, farmakologii obliczeniowej oraz regulacji bariery odpornościowej.
Mapowanie kliniczne w zestawieniu z mechanicznym połączono z klasyfikacją tematyczną, klastrami słów kluczowych oraz zakodowanymi domenami punktów końcowych. Porównanie objęło sześć domen: kontrolę objawów, odpowiedź zapalną, naprawę bariery jelitowej, mikrobiotę jelitową, regulację odporności oraz progresję choroby.