Oświadczenie etyczne:
Wszyscy uczestnicy zostali w pełni poinformowani o celu naszego eksperymentu i podpisali formularz świadomej zgody. Badanie to zostało zatwierdzone przez komisję etyki Pierwszego Szpitala Afiliowanego w Longyan Uniwersytetu Medycznego w Fujian (numer zatwierdzenia LYREC2023-k07-01). Wszystkie procedury zostały przeprowadzone zgodnie z odpowiednimi wytycznymi, przepisami oraz Deklaracją Helsińską.
Rekrutacja uczestników, kryteria kwalifikacji i pobieranie próbek
W okresie od stycznia 2023 do maja 2025 roku z poradni otolaryngologicznej Pierwszego Szpitala Filiacyjnego w Longyan Uniwersytetu Medycznego w Fujian zrekrutowano łącznie 211 osób z rozpoznaniem AR oraz 180 zdrowych uczestników (bez AR). Kryteria diagnostyczne AR przyjęto z wytycznych Chińskiego Towarzystwa Alergologicznego dotyczących diagnozowania i leczenia alergicznego nieżytu nosa17. Od pacjentów wymagano występowania co najmniej dwóch objawów klinicznych AR, takich jak świąd nosa, kichanie, zatkanie nosa lub wyciek z nosa. Dodatkowo badanie błony śluzowej nosa musiało wykazać bladość i obrzęk, a wynik testu punktowego (SPT) lub wynik badania poziomu IgE w surowicy musiał być dodatni. Test SPT był wykonywany przez wykwalifikowany personel w gabinecie testowania alergenów w trybie ambulatoryjnym, aby zapewnić dokładność i spójność wyników. Wszyscy pacjenci z AR zostali poddani ocenie za pomocą kwestionariusza jakości życia w alergicznym nieżycie nosa i zapaleniu spojówek (RQLQ) oraz całkowitej oceny objawów nosa (TNSS) z pomocą personelu medycznego, a uzyskane wyniki zapisano do dalszej analizy.
Zdrowych ochotników poddawanych rutynowym badaniom fizykalnym w szpitalu zrekrutowano do grupy kontrolnej (bez AR). Kryteria kwalifikacji obejmowały brak osobistej lub rodzinnej historii AR, brak astmy lub innych chorób alergicznych, brak przewlekłego zapalenia zatok lub innych chorób zapalnych jamy nosowej oraz brak infekcji dróg oddechowych w ciągu ostatniego miesiąca. Dodatkowo z badania wykluczono osoby z historią poważnych chorób serca, wątroby, płuc lub nerek, a także z obecnością jakichkolwiek nowotworów złośliwych.
Pobrano próbki krwi żylnej obwodowej od dwóch grup ochotników. Część krwi żylnej z antykoagulantem wykorzystano do ekstrakcji DNA oraz izolacji RNA z osocza. Inna część krwi żylnej została odwirowana w celu uzyskania surowicy, która posłużyła do oznaczania czynników związanych z surowicą (immunoglobuliny E (IgE), interleukiny-4 (IL-4), IL-6 oraz IL-10).
Ekstrakcja DNA:
DNA z 20 µL próbek krwi żylnej obwodowej wyekstrahowano przy użyciu zestawu do ekstrakcji genomowego DNA z krwi pełnej (patrz Tabela materiałów). Próbki krwi pobrano do probówek z heparyną litową, a następnie podzielono na aliquoty i zamrożono w temperaturze -20 °C do przechowywania. Szczegółowe procedury operacyjne powinny być ściśle zgodne z instrukcją dołączoną do zestawu. Na koniec do elucji DNA wykorzystano 10 µL buforu elucyjnego. Czystość wyekstrahowanego DNA określono za pomocą analizatora kwasów nukleinowych/białek (spektrofotometru) (stosunek OD₂₆₀/OD₂₈₀ wynosił od 1,8 do 2,0). Próbki DNA po analizie przechowywano w temperaturze -20 °C do późniejszego wykorzystania w kolejnych badaniach genotypowania.
Wykrywanie genotypu
Do wykrywania rozkładu genotypów miR-146a rs2910164 wykorzystano zestaw do genotypowania SNP TaqMan. Informacje o zestawie zostały wprowadzone do listy materiałów zużywalnych. Całkowita objętość reakcji PCR wynosiła 10 µL i zawierała 5 µL Master Mix, 0,5 µL mieszaniny starterów i sondy typującej, 10 ng matrycowego DNA oraz wodę wolną od RNaz. Amplifikację DNA przeprowadzono za pomocą instrumentu do ilościowej fluorescencyjnej PCR w czasie rzeczywistym Roche LightCycler 480 II. Warunki reakcji: przeddenaturacja w 95 °C przez 10 min; 40 cykli (95 °C przez 15 sekund, 60 °C przez 1 min), a odczyt fluorescencji FAM/VIC odbywał się w 60 °C. Po zakończeniu amplifikacji zebrane sygnały podwójnej fluorescencji FAM/VIC przeanalizowano za pomocą oprogramowania LightCycler 480, a dane genotypowe poddano obróbce statystycznej. Pojedynczy sygnał FAM oznacza genotyp homozygotyczny, pojedynczy sygnał VIC oznacza drugi genotyp homozygotyczny, a obecność obu sygnałów wskazuje na genotyp heterozygotyczny. Próbki z nieprawidłowymi sygnałami lub niespójnymi wynikami po powtórzeniu zostaną przebadane ponownie. Każdy eksperyment przeprowadzono z kontrolą bez matrycy oraz kontrolą dodatnią w celu kontroli jakości. Wszystkie próbki poddano trzem powtórzeniom technicznym.
RT-qPCR
Przeprowadzono całkowitą ekstrakcję miRNA z osocza z 100 µL osocza przy użyciu dedykowanego zestawu do ekstrakcji miRNA. Informacje o zestawie zostały wprowadzone do listy materiałów zużywalnych. Stężenie RNA określono za pomocą spektrofotometru. OD₂₆₀/OD₂₈₀ stosunek próbek wyizolowanego, wysokiej jakości miRNA mieścił się w zakresie od 1,8 do 2,0. Do odwrotnej transkrypcji w celu syntezy cDNA wykorzystano 20 ng RNA, a procedurę reakcji przeprowadzono zgodnie ze standardową instrukcją dołączoną do zestawu. Odwrotną transkrypcję przeprowadzono w całkowitej objętości 20 µL, w tym inkubację w temperaturze 42 °C przez 60 min, a następnie inaktywację w temperaturze 85 °C przez 5 min. Reakcję qPCR przygotowano zgodnie z ustalonym protokołem, przy całkowitej objętości wynoszącej 20 µLMieszaninę reakcyjną przygotowano w następujący sposób: 10 µL mieszaniny reakcyjnej do qPCR, 0.4 µL startera forwardowego, 0.4 µL starteru odwrotnego, 1 µL matrycy cDNA oraz 8.2 µL wody wolnej od RNaz. Wykorzystano specyficzne startery dla miR-146a oraz wewnętrznego genu referencyjnego U6. Amplifikację przeprowadzono przy użyciu systemu do ilościowej fluorescencyjnej PCR w czasie rzeczywistym Roche LightCycler 480 II. Warunki cyklicznej obróbki termicznej qPCR były następujące: 95 °C do wstępnej denaturacji przez 30 s, a następnie 40 cykli denaturacji w 95 °C przez 5 s, a następnie przyłączanie i elongację w temperaturze 60 °C przez 30 s. Wszystkie próbki analizowano w trzech powtórzeniach technicznych. Dane eksperymentalne analizowano przy użyciu oprogramowania LightCycler 480. Wykorzystując U6 jako referencję wewnętrzną w celu skorygowania zmienności międzypróbkowej, najpierw obliczono ΔCt (wartość Ct dla miR-146a - wartość Ct dla U6), a następnie obliczyć ΔΔCt (próg ΔWartość Ct grupy doświadczalnej – the ΔCt grupy kontrolnej), a ostateczny względny poziom ekspresji miR-146a uzyskano za pomocą 2⁻ΔΔCt.
ELISA
Poziomy IgE, IL-4, IL-6 i IL-10 w surowicy oznaczono za pomocą zestawów ELISA. Procedury eksperymentalne przeprowadzono zgodnie z instrukcją obsługi. Poszczególne kroki przebiegały następująco: najpierw rozcieńczono stężony roztwór płuczący, a standardy rozcieńczono gradientowo w celu przygotowania roztworów roboczych do krzywej wzorcowej. Następnie dołków dodano 50 µL rozcieńczalnika, roztworu standardu oraz badanej próbki, po czym inkubowano w temperaturze 37 °C przez 60 min. Po inkubacji dołki trzykrotnie przemyto buforem płuczącym. Następnie dodano 50 µL roboczego roztworu przeciwciała sprzężonego z enzymem i inkubowano płytki w temperaturze 37 °C przez 30 min. Po zakończeniu inkubacji odlano ciecz i ponownie przemyto dołki, a następnie dodano roztwór chromogenny i inkubowano przez 15 min w temperaturze 37 °C w ciemności. Po dodaniu roztworu stopującego zmierzono absorbancję przy 450 nm za pomocą czytnika mikropłytek. Stężenia w próbkach obliczono na podstawie krzywej wzorcowej. Każdą próbkę badano trzykrotnie. Za ważne uznano dane z współczynnikiem zmienności mniejszym niż 10%. W celu kontroli jakości podczas eksperymentu wyznaczono dołki ślepe i kontrolne. Zakres detekcji oraz czułość zestawu były zgodne z wytycznymi określonymi w instrukcji producenta.
Statystyka danych
Dane eksperymentalne analizowano przy użyciu oprogramowania SPSS oraz GraphPad Prism 9. Dane przedstawiono jako średnią ± odchylenie standardowe (mean ± SD). Do oceny normalności rozkładu zmiennych ciągłych zastosowano test Shapiro-Wilka, a do oceny jednorodności wariancji – test Levene’a. Porównanie zmiennych ciągłych między dwiema grupami przeprowadzono za pomocą testu t dla prób niezależnych. W przypadku porównań wielu grup zastosowano jednoczynnikową analizę wariancji (One-way ANOVA) z następującym po niej testem post-hoc Tukeya, natomiast dwuczynnikową analizę wariancji (Two-way ANOVA) wykorzystano do oceny głównych efektów dwóch niezależnych czynników oraz ich efektu interakcji. Wartości odstające zidentyfikowano i wykluczono w oparciu o regułę 3 odchyleń standardowych. W badaniu nie stwierdzono brakujących danych. Do analizy skuteczności diagnostycznej miR-146a w przypadku AR wykorzystano krzywą charakterystyki operacyjnej odbiornika (ROC). Odpowiednie parametry ROC oraz 95% przedziały ufności obliczono przy użyciu wbudowanych algorytmów statystycznych. Do pomiaru korelacji liniowej między ekspresją miR-146a a poziomami czynników związanych z surowicą zastosowano analizę korelacji Pearsona. W celu wyłonienia czynników ryzyka AR przeprowadzono jednowymiarową i wielowymiarową analizę regresji logistycznej. Zmienne z p < 0,05 w analizie jednowymiarowej włączono do wielowymiarowego modelu regresji logistycznej. Wartość p < 0,05 uznano za statystycznie istotną.