Wszystkie eksperymenty na zwierzętach przeprowadzone w niniejszym badaniu zostały zatwierdzone przez Komitet Etyki Nauki i Technologii Uniwersytetu Nauki i Technologii w Anhui (numer zatwierdzenia GZ2025-048) i były ściśle zgodne z krajowymi normami dotyczącymi dobrostanu zwierząt laboratoryjnych (GB/T 35892-2018) w Chinach. Rysunek 1 przedstawia schemat badania.
Przygotowanie roztworów
Przygotowanie zawiesiny krzemionki:
Krzemionkę krystaliczną (SiO₂, 80%, wielkość cząstek 1–5 µm) wysterylizowano w autoklawie. Sterylny proszek krzemionkowy rozproszono następnie w sterylnym roztworze soli fizjologicznej, aby uzyskać stężenie końcowe 10 mg/mL, a zawiesinę dokładnie zhomogenizowano za pomocą homogenizatora ultradźwiękowego bezpośrednio przed podaniem, aby zapewnić jednorodność zawiesiny cząstek.
Przygotowanie roztworu DMSO:
W warunkach aseptycznych DMSO (≥99,9%) rozcieńczono sterylną solą fizjologiczną w celu przygotowania około 10% (v/v) roztworu DMSO, który następnie zhomogenizowano za pomocą sonikacji. Każdej myszy wstrzyknięto roztwór DMSO w dawce 0,9 g/kg, zgodnie z wcześniej opisaną procedurą14,15.
Zwierzęta doświadczalne
W badaniu wykorzystano trzydzieści dwie zdrowe samce myszy C57BL/6J w wieku 8–12 tygodni, które przed rozpoczęciem eksperymentów poddano aklimatyzacji przez 1 tydzień. Myszy zostały losowo przydzielone do czterech grup eksperymentalnych (n = 8 na grupę) przy użyciu metody randomizacji generowanej komputerowo: grupy kontrolnej, grupy DMSO, grupy krzemionki oraz grupy krzemionka+DMSO. Wielkość próby określono na podstawie wcześniejszych badań z wykorzystaniem tego samego mysiego modelu pylicy krzemowej oraz naszego wstępnego doświadczenia eksperymentalnego, które wykazało, że 8 zwierząt na grupę jest wystarczających do wykrycia różnic histopatologicznych i molekularnych między grupami. Zwierzęta przebywały w standardowych warunkach laboratoryjnych przy kontrolowanej temperaturze, 12-godzinnym cyklu światła/ciemności oraz z wolnym dostępem do pożywienia i wody. Przed rozpoczęciem badania ustalono humanitarne punkty końcowe; żadne z zwierząt nie spełniło zdefiniowanych wcześniej kryteriów wczesnej eutanazji.
Ustanowienie modelu pylicy krzemowej i interwencja lekowa
Krzemicę wywołano poprzez pojedynczą instylację donosową 60 µL sterylnej zawiesiny krystalicznej krzemionki (10 mg/mL). Po wprowadzeniu znieczulenia myszy ułożono w pozycji grzbietnej. Po zaobserwowaniu głębokiego i spowolnionego oddechu, 60 µL zawiesiny krzemionki ostrożnie wprowadzano kroplowo do nozdrzy, umożliwiając spontaniczne wdechnięcie zawiesiny do płuc16. Myszy w grupie podającej DMSO otrzymywały dootrzewnowe iniekcje roztworu DMSO w stałej dawce dwa razy w tygodniu, w odstępach 3–4 dni między iniekcjami, przez jeden miesiąc z rzędu. Myszy w pozostałych grupach traktowano analogicznie, podając zamiast tego taką samą objętość sterylnego roztworu soli fizjologicznej. Przez cały okres eksperymentu prowadzono codzienny monitoring masy ciała. W 30. dniu po wywołaniu modelu wszystkie myszy poddano eutanazji, a tkanki płuc pobrano w warunkach sterylnych. Eutanazję przeprowadzono poprzez zwichnięcie stawów szyjnych po dootrzewnowym podaniu tribromoetanolu (0,2 mL/10 g) w celu wprowadzenia znieczulenia. Część tkanek płuc zakonserwowano w ciekłym azocie do sekwencjonowania transkryptomu. Część tkanek utrwalono w 4% paraformaldehydzie przez 48 h przed barwieniem patologicznym, a pozostałe tkanki przechowywano w temperaturze -80 °C do późniejszych eksperymentów molekularnych. Wszystkie procedury z udziałem zwierząt były zgodne z instytucjonalnymi wytycznymi dotyczącymi etyki badań na zwierzętach.
Ocena histopatologiczna, w tym ocena włóknienia według skali Ashcrofta, została przeprowadzona niezależnie przez dwóch badaczy, którzy nie znali przydziału grup eksperymentalnych.
Badanie patomorfologiczne płuc
Utrwalone tkanki płuc odwodniono, przejrzystowano i zatopiono w blokach parafiny, a następnie pocięto na skrawki o grubości 5 µm.
barwienie hematoksyliną i eozyną (HE): Przekroje barwiono hematoksyliną przez 3–5 min, różnicowano w roztworze kwasowym, niebiescono pod bieżącą wodą, a następnie barwiono kontrastowo eozyną przez 5 min. Po odwodnieniu w szeregu stężeń etanolu przekroje przejrzystowano w ksylenie i zamykano neutralną żywicą17.
Barwienie trichromem Massona: Przekroje barwiono sekwencyjnie hematoksyliną, czerwoną barwą Lichuna (fuksyną kwasową), kwasem fosfomolibdowym oraz Bright Green. Po dyferencjacji w środowisku kwasowym preparaty odwodniono, prześwietlono w ksylenie i zamontowano w żywicy neutralnej18,19.
Sekwencjonowanie transkryptomu
Tkanki płuc myszy z czterech grup doświadczalnych pobrano bezpośrednio po uśmierceniu zwierząt i zamrożono gwałtownie w ciekłym azocie. Całkowite RNA wyekstrahowano przy użyciu odczynnika TRIzol zgodnie z instrukcjami producenta. Oceniono stężenie i czystość RNA, a integralność RNA sprawdzono za pomocą Bioanalizatora z wbudowanym oprogramowaniem. Za akceptowalne uznano próbki o wartościach RIN powyżej 8,0. Przygotowanie bibliotek obejmowało wzbogacenie mRNA poly(A) przy użyciu kulek Oligo(dT), fragmentację RNA, syntezę cDNA, ligację adapterów oraz amplifikację PCR. Sekwencjonowanie przeprowadzono na platformie Illumina, uzyskując około 6,2–6,4 Gb czystych danych na próbkę. Wszystkie surowe dane z sekwencjonowania wygenerowane w niniejszym badaniu zostały zdeponowane w bazie danych Gene Expression Omnibus (GEO) pod numerem dostępu GSE311671.
Oczyszczone odczyty dopasowano do genomu referencyjnego Mus musculus (mm8) przy użyciu algorytmu STAR. Poziomy ekspresji genów określono jako surowe liczby odczytów. Analizę ekspresji różnicowej przeprowadzono za pomocą pakietu limma w środowisku R. Przed modelowaniem liniowym surowe dane liczbowe przekształcono za pomocą funkcji voom w celu oszacowania zależności między średnią a wariancją i wygenerowania wag precyzji. Surowe wartości P skorygowano pod kątem wielokrotnego testowania metodą Benjamini-Hochberga (BH), a geny z |log₂FoldChange| > 1,5 oraz wskaźnikiem fałszywych odkryć (FDR) < 0,05 uznano za różnicowo wyrażone. Analizy wzbogacenia funkcjonalnego przeprowadzono za pomocą pakietu clusterProfiler w środowisku R. Analizę wzbogacenia ontologii genów (GO) przeprowadzono w celu zidentyfikowania istotnie wzbogaconych kategorii procesów biologicznych (BP), komponentów komórkowych (CC) i funkcji molekularnych (MF), natomiast analizę wzbogacenia ścieżek Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) wykonano w celu zidentyfikowania istotnie wzbogaconych szlaków sygnalizacyjnych. Istotność wzbogacenia oceniono za pomocą testu hipergeometrycznego, a wartości P skorygowano dla wielokrotnych porównań metodą Benjamini-Hochberga. Terminy GO oraz ścieżki KEGG ze skorygowaną wartością P (padj) < 0,05 uznano za istotnie wzbogacone20,21,22,23.
Detekcja metodą Western blot
Świeżą tkankę płuc myszy pobrano i zhomogenizowano z odpowiednią objętością buforu do lizy RIPA (radioimmunoprecipitation assay). Po wirowaniu zebrano nadsącz, a stężenie białek oznaczono za pomocą zestawu do oznaczania białek BCA. Następnie próbki zmieszano z buforem do nakładania i podgrzano w temperaturze 100 °C przez 10 min. Rozdział białek przeprowadzono w 10% żelach do elektroforezy w poliakryloamidzie z dodecylosiarczanem sodu (SDS-PAGE) przy napięciu 200 V przez 30 min. Następnie białka przeniesiono elektroforetycznie na membrany z polifluorku winylidenu (PVDF) przy stałym natężeniu prądu 300 mA przez 30 min. Membranę zablokowano 5% mlekiem odtłuszczonym, a następnie inkubowano przez noc w temperaturze 4 °C z przeciwciałami pierwszorzędowymi przeciwko β-Actin (1:1500), IL-6 (1:1000), STAT3 (1:800), p-STAT3 (1:1500) oraz MMP12 (1:800). Następnego dnia membranę przemyto buforem TBST i inkubowano z przeciwciałem drugorzędowym w temperaturze pokojowej przez 1 h, po czym wykonano dodatkowe przemycia buforem TBST. Prążki białkowe zwizualizowano przy użyciu substratu chemiluminescencyjnego, a kwantyfikację białek przeprowadzono za pomocą oprogramowania ImageJ.
Analizę Western blot przeprowadzono z wykorzystaniem trzech niezależnych powtórzeń biologicznych z każdej grupy eksperymentalnej. Próbki białek przygotowano z tkanek płuc poszczególnych myszy, przy czym każde powtórzenie biologiczne reprezentowało jedno niezależne zwierzę.
Analiza statystyczna
Wszystkie dane eksperymentalne przeanalizowano przy użyciu programu GraphPad Prism 9.5. Wcześniej przeprowadzono testy normalności rozkładu i homogeniczności wariancji. Do porównania dwóch grup zastosowano test t Studenta, natomiast w przypadku porównań wielogrupowych wykorzystano jednoczynnikową analizę wariancji (ANOVA) wraz z testem post-hoc Tukeya. Wartość P ≤ 0.05 uznano za statystycznie istotną.