Schematyczny przegląd procesu przetwarzania wstępnego EEG, ekstrakcji cech i klasyfikacji przedstawiono na Rysunku 1. Materiały i oprogramowanie wykorzystane w badaniu wymieniono w Tabeli materiałów.

Rycina 1: Schemat procesu wstępnego przetwarzania EEG, ekstrakcji cech i klasyfikacji. Schematyczny przegląd przebiegu badania, obejmujący weryfikację danych EEG, filtrowanie pasmowo-przepustowe i ponowną referencję, ekstrakcję cech takich jak pierwiastka z średniej kwadratów (RMS), gęstość widmowa mocy (PSD) oraz entropia, dodanie wieku, podział na zbiór treningowy i testowy, opracowanie modelu Random Forest, analizę stabilności cech, analizę SHAP, analizę wielkości efektu d Cohena, zintegrowaną selekcję cech, ablację cech entropii, ponowne trenowanie modelu oraz ewaluację wydajności. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
1. Pozyskiwanie danych
Publicznie dostępny zestaw danych EEG w stanie spoczynku pobrano z repozytorium OpenNeuro (zbiór danych ds004504, wersja 1.0.9)33. Zweryfikowano etykiety uczestników oraz informacje demograficzne. Zbiór danych obejmował 88 uczestników, w tym 36 osób z chorobą Alzheimera (AD), 23 z otępieniem czołowo-skroniowym (FTD) oraz 29 zdrowych kontroli (HC).
2. Import nagrań EEG
Dla każdego uczestnika nagranie EEG zostało załadowane przy użyciu biblioteki MNE-Python. Sprawdzono każdy plik EEG, aby potwierdzić, że jest on dostępny, może zostać pomyślnie zaimportowany i zawiera poprawny identyfikator uczestnika. Nagrania z brakującymi lub uszkodzonymi plikami zostały wykluczone. Na tym etapie zachowano oryginalną częstotliwość próbkowania EEG wynoszącą 500 Hz. Sygnały poddano downsamplingowi w celu zmniejszenia obciążenia obliczeniowego, przy jednoczesnym zachowaniu wszystkich istotnych klinicznie informacji EEG dla niniejszego badania.
3. Filtrowanie pasmowo-przepustowe
Ciągłe zapisy EEG zostały przefiltrowane przy użyciu czwartorzędowego filtra pasmowo-przepustowego z dolną częstotliwością odcięcia 0.5 Hz i górną częstotliwością odcięcia 40 Hz.
4. Referencja do wspólnej średniej i epokowanie
Do przefiltrowanych zapisów EEG zastosowano referencję do wspólnej średniej (CAR). Dla każdej próbki czasu obliczano średni sygnał ze wszystkich dostępnych kanałów EEG, a następnie odejmowano go od każdego kanału. Zreferencjonowane sygnały EEG zachowano do dalszej analizy. Każdy zreferencjonowany zapis EEG podzielono na epoki o stałej długości przy użyciu funkcji make_fixed_length_epochs() w bibliotece MNE-Python. Zastosowano czas trwania epoki wynoszący 10 s z nakładaniem 0 s.
5. Walidacja epok
W przypadku każdego uczestnika zachowano jedynie pełne 10s epoki. Wszelkie pozostałe segmenty EEG krótsze niż 10 s na końcu nagrania zostały odrzucone. Każda zachowana epoka została następnie wykorzystana jako oddzielna próbka do ekstrakcji cech.
6. Przygotowanie cech
Mimo że w zbiorze źródłowym dostępne były dane z Mini-Mental State Examination (MMSE), wykluczono je z niniejszej analizy. Wyekstrahowane cechy EEG połączono z danymi demograficznymi uczestników, w tym wiekiem i etykietami diagnostycznymi, pobranymi z pliku metadanych participants.csv. Jako wspólny klucz wykorzystano identyfikator uczestnika, a zachowano jedynie tych uczestników, dla których dostępne były zarówno rekordy cech EEG, jak i odpowiadające im informacje demograficzne.
Wielodomenowa macierz cech obejmowała pięć cech pierwiastka średniokwadratowego (RMS) (delta_rms, theta_rms, alpha_rms, beta_rms i gamma_rms), pięć cech gęstości widmowej mocy (PSD) (delta_psd, theta_psd, alpha_psd, beta_psd i gamma_psd) oraz pięć cech entropii (delta_entropy, theta_entropy, alpha_entropy, beta_entropy i gamma_entropy). Wiek włączono jako uzupełniającą zmienną demograficzną. Ponieważ rozkłady wieku mogą różnić się pomiędzy grupami diagnostycznymi, nie można było całkowicie wykluczyć zakłóceń demograficznych. Grupa diagnostyczna, zdefiniowana jako AD, HC lub FTD, została przypisana jako etykieta docelowa.
7. Przetwarzanie wstępne danych i podział na zbiór treningowy i testowy
Podczas przetwarzania wstępnego częstotliwość próbkowania zapisów została zmniejszona z 500 Hz do 250 Hz w celu ograniczenia wymagań obliczeniowych przy jednoczesnym zachowaniu istotnych informacji o częstotliwościach EEG.
Zbiór danych został podzielony na podzbiory treningowy (80%) i testowy (20%) na poziomie pacjenta, stosując strategię podziału grupowanego. Przewidywania na poziomie pacjenta uzyskano następnie poprzez głosowanie większościowe spośród przewidzianych epok należących do każdego uczestnika. W głównej ewaluacji zastosowano grupowany podział na zbiór treningowy i testowy na poziomie pacjenta, aby zapobiec obecności epok tego samego uczestnika w obu podzbiorach. Przewidywania na poziomie pacjenta uzyskano poprzez głosowanie większościowe spośród przewidzianych epok należących do każdego uczestnika. Zbiór danych sprawdzono pod kątem brakujących wartości, a brakujące obserwacje usunięto lub uzupełniono (imputowano) w zależności od potrzeb. Etykiety diagnostyczne zostały zakodowane. Do danych treningowych dopasowano StandardScaler, a następnie zastosowano go zarówno do zbioru treningowego, jak i testowego.
8. Opracowanie modelu lasów losowych
Klasyfikator Random Forest zainicjowano przy użyciu 80 drzew, maksymalnej głębokości drzewa równej 10, maksymalnie czterech cech, minimum pięciu próbek na liść oraz stanu losowego 42. Klasyfikator wytrenowano z wykorzystaniem zestandaryzowanego zbioru treningowego.
9. Ocena modelu
Przewidziano etykiety klas dla zbiorów treningowego i testowego. Stworzono macierz pomyłek, a następnie obliczono dokładność, precyzję, czułość oraz wskaźnik F1 wraz z raportem klasyfikacji. Odnotowano dokładność treningową i testową.
W przypadku ewaluacji w odniesieniu do poszczególnych uczestników należy upewnić się, że wszystkie epoki danego uczestnika zostały przypisane wyłącznie do podzbioru treningowego lub testowego. Klasyfikator Random Forest został wytrenowany przy użyciu tych samych hiperparametrów, co w analizie głównej.
10. Walidacja krzyżowa
Jako dodatkowa procedura oceny modelu przeprowadzono pięciokrotną stratyfikowaną walidację krzyżową z parametrami shuffle = True oraz random_state = 30. Obliczono średnią dokładność oraz odchylenie standardowe dla pięciu podzbiorów. Analizę tę przeprowadzono oddzielnie od głównej oceny z wykorzystaniem zbioru testowego na poziomie podmiotu.
11. Analiza stabilności cech
Stabilność cech oceniono poprzez 10-krotne powtórzenie trenowania modelu Random Forest z wykorzystaniem losowych ziarn (seeds) od 0 do 9. Dla każdego uruchomienia odnotowano dokładność testową oraz wyniki istotności cech. Obliczono średnią i odchylenie standardowe wyniku istotności cech dla każdego predyktora na podstawie 10 uruchomień, a następnie uszeregowano predyktory zgodnie z ich stabilnością. Analizę tę wykorzystano do oceny spójności rankingów cech, a nie do zastąpienia podstawowej oceny na poziomie podmiotów.
12. Analiza wyjaśnialnej sztucznej inteligencji
Do wytrenowanego modelu Random Forest zastosowano SHAP TreeExplainer. Obliczono wartości SHAP w celu oszacowania wkładu każdej cechy w prognozy modelu. Dla każdej cechy obliczono średnią bezwzględną wartość SHAP, a następnie uszeregowano cechy zgodnie z ich wkładem SHAP. Zidentyfikowano cechy o konsekwentnie niskich wartościach SHAP i porównano je z wynikami analiz stabilności cech oraz analizy współczynnika d Cohena. Cechy wykazujące konsekwentnie niski wkład wybrano do późniejszej ablacji i ponownego trenowania modelu.
13. Analiza wielkości efektu statystycznego
Wartość d Cohena została obliczona dla każdego biomarkera EEG dla porównań AD versus HC, AD versus FTD oraz FTD versus HC. Wielkość efektu interpretowano, przyjmując progi 0,20 dla efektu małego, 0,50 dla efektu średniego i 0,80 dla efektu dużego.
14. Zintegrowana selekcja cech
Porównano wyniki analizy istotności cech metodą Random Forest, analizy SHAP oraz analizy współczynnika d Cohena. Predyktory, które konsekwentnie wykazywały niską istotność cechy, niski wkład SHAP oraz niewielką wielkość efektu, zostały zidentyfikowane jako kandydaci do usunięcia.
15. Ablacja cech
Cechy entropii zostały ocenione w eksploracyjnej analizie ablacji, a następnie skonstruowano zredukowaną macierz cech zawierającą RMS, PSD oraz wiek. Klasyfikator Random Forest został ponownie wytrenowany przy użyciu tych samych hiperparametrów. Proces trenowania modelu, testowania, walidacji krzyżowej oraz analiza charakterystyki operacyjnej odbiornika (ROC) zostały powtórzone z wykorzystaniem zredukowanego zestawu cech.
16. Analiza ROC
Prawdopodobieństwa klas uzyskano z zoptymalizowanego klasyfikatora Random Forest. Wieloklasowe krzywe ROC wygenerowano przy użyciu strategii one-versus-rest. Obliczono wartości pola pod krzywą (AUC) dla poszczególnych klas oraz średnią wartość AUC.
17. Porównanie wydajności
Wydajność pełnego modelu cech porównano z wydajnością zredukowanego modelu cech otrzymanego po ablacji cech entropijnych.