Schematyczny przegląd procesu wstępnego przetwarzania EEG, ekstrakcji cech i klasyfikacji przedstawiono na Rysunku 1. Materiały oraz oprogramowanie wykorzystane w badaniu wymieniono w Tabeli materiałów.

Rycina 1: Schemat procesu wstępnego przetwarzania EEG, ekstrakcji cech i potoku klasyfikacji. Schematyczny przegląd przebiegu badania, obejmujący weryfikację danych EEG, filtrowanie pasmowo-przepustowe i ponowne referencjonowanie, ekstrakcję cech takich jak wartość efektywna (RMS), gęstość widmowa mocy (PSD) oraz entropia, dodanie wieku, podział na zbiór treningowy i testowy, opracowanie modelu Random Forest, analizę stabilności cech, analizę SHAP, analizę wielkości efektu d Cohena, zintegrowany wybór cech, ablację cech entropii, ponowne trenowanie modelu oraz ocenę wydajności. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
1. Pozyskiwanie danych
Publicznie dostępny zbiór danych EEG w stanie spoczynku pobrano z repozytorium OpenNeuro (zbiór danych ds004504, wersja 1.0.9)33. Zweryfikowano etykiety uczestników oraz informacje demograficzne. Zbiór danych obejmował 88 uczestników, w tym 36 osób z chorobą Alzheimera (AD), 23 z otępieniem czołowo-skroniowym (FTD) oraz 29 zdrowych kontroli (HC).
2. Import zapisów EEG
W przypadku każdego uczestnika zapis EEG został załadowany przy użyciu biblioteki MNE-Python. Każdy plik EEG został sprawdzony pod kątem dostępności, poprawnego importu oraz obecności prawidłowego identyfikatora uczestnika. Nagrania z brakującymi lub uszkodzonymi plikami zostały wykluczone. Na tym etapie zachowano oryginalną częstotliwość próbkowania EEG wynoszącą 500 Hz. Następnie dokonano downsamplingu sygnałów w celu zmniejszenia obciążenia obliczeniowego przy jednoczesnym zachowaniu wszystkich klinicznie istotnych informacji EEG dla niniejszego badania.
3. Filtrowanie pasmowo-przepustowe
Ciągłe zapisy EEG zostały przefiltrowane przy użyciu czwartorzędowego filtra pasmowo-przepustowego z dolną częstotliwością odcięcia 0.5 Hz i górną częstotliwością odcięcia 40 Hz.
4. Wspólne referencjonowanie średnie i epochowanie
Do przefiltrowanych zapisów EEG zastosowano wspólne referencjonowanie średnie (CAR). Dla każdej próbki czasowej obliczono średni sygnał ze wszystkich dostępnych kanałów EEG, a następnie odjęto go od każdego z kanałów. Zreferencjonowane sygnały EEG zachowano do dalszej analizy. Każdy zreferencjonowany zapis EEG podzielono na epoki o stałej długości przy użyciu funkcji make_fixed_length_epochs() w bibliotece MNE-Python. Zastosowano czas trwania epoki wynoszący 10 s bez nakładania się (0 s overlap).
5. Walidacja epok
W przypadku każdego uczestnika zachowano jedynie pełne 10s epoki. Wszelkie pozostałe segmenty EEG krótsze niż 10 s na końcu nagrania zostały odrzucone. Każda zachowana epoka została następnie wykorzystana jako oddzielna próbka do ekstrakcji cech.
6. Przygotowanie cech
Mimo że w zbiorze źródłowym dostępne były dane z Mini-Mental State Examination (MMSE), zostały one wykluczone z niniejszej analizy. Wyekstrahowane cechy EEG połączono z danymi demograficznymi uczestników, w tym z wiekiem i etykietami diagnostycznymi, pobranymi z pliku metadanych participants.csv. Jako wspólny klucz wykorzystano identyfikator uczestnika, a do dalszej analizy zakwalifikowano wyłącznie osoby, dla których dostępne były zarówno rekordy cech EEG, jak i odpowiadające im informacje demograficzne.
Wielodomenowa macierz cech obejmowała pięć cech pierwiastka średniokwadratowego (RMS) (delta_rms, theta_rms, alpha_rms, beta_rms oraz gamma_rms), pięć cech gęstości widmowej mocy (PSD) (delta_psd, theta_psd, alpha_psd, beta_psd oraz gamma_psd) i pięć cech entropii (delta_entropy, theta_entropy, alpha_entropy, beta_entropy oraz gamma_entropy). Wiek został uwzględniony jako uzupełniająca zmienna demograficzna. Ponieważ rozkłady wieku mogą się różnić pomiędzy grupami diagnostycznymi, nie można było całkowicie wykluczyć wpływu czynników demograficznych. Grupę diagnostyczną, zdefiniowaną jako AD, HC lub FTD, przypisano jako etykietę docelową.
7. Przetwarzanie wstępne danych i podział na zbiór treningowy i testowy
Podczas przetwarzania wstępnego częstotliwość próbkowania nagrań została zmniejszona z 500 Hz do 250 Hz w celu ograniczenia wymagań obliczeniowych przy jednoczesnym zachowaniu istotnych informacji o częstotliwościach EEG.
Zbiór danych został podzielony na podzbiory treningowy (80%) i testowy (20%) na poziomie podmiotu, przy zastosowaniu strategii podziału grupowanego. Przewidywania na poziomie podmiotu uzyskano następnie w drodze głosowania większościowego spośród przewidzianych epok należących do każdego uczestnika. Główna ewaluacja wykorzystała grupowany podział na zbiór treningowy i testowy na poziomie podmiotu, aby zapobiec wystąpieniu epok tego samego uczestnika w obu podzbiorach. Przewidywania na poziomie podmiotu uzyskano poprzez głosowanie większościowe w obrębie przewidzianych epok przypisanych do każdego uczestnika. Zbiór danych sprawdzono pod kątem brakujących wartości, a brakujące obserwacje usunięto lub uzupełniono (imputowano) w zależności od potrzeb. Etykiety diagnostyczne zostały zakodowane. Na danych treningowych dopasowano StandardScaler, a następnie zastosowano go zarówno do zbioru treningowego, jak i testowego.
8. Opracowanie modelu Random Forest
Klasyfikator Random Forest zainicjowano, wykorzystując 80 drzew, maksymalną głębokość drzewa wynoszącą 10, maksymalnie cztery cechy, minimum pięć próbek na liść oraz stan losowy (random state) 42. Klasyfikator został przeszkolony przy użyciu zestandaryzowanego zbioru treningowego.
9. Ocena modelu
Przewidziano etykiety klas dla zestawów danych treningowych oraz testowych. Sporządzono macierz pomyłek, a następnie obliczono dokładność, precyzję, czułość oraz wynik F1 wraz z raportem klasyfikacji. Odnotowano dokładność treningową oraz testową.
W przypadku ewaluacji w ujęciu poszczególnych uczestników należy upewnić się, że wszystkie epoki danego uczestnika zostały przypisane wyłącznie do zbioru treningowego lub testowego. Klasyfikator Random Forest został wytrenowany przy użyciu tych samych hiperparametrów, co w analizie głównej.
10. Walidacja krzyżowa
Jako dodatkową procedurę oceny modelu przeprowadzono pięciokrotną stratyfikowaną walidację krzyżową przy użyciu shuffle = True oraz random_state = 30. Obliczono średnią dokładność oraz odchylenie standardowe dla pięciu podzbiorów. Analizę tę przeprowadzono oddzielnie od głównej oceny z wykorzystaniem zbioru testowego na poziomie podmiotu.
11. Analiza stabilności cech
Stabilność cech oceniono poprzez dziesięciokrotne powtórzenie treningu modelu Random Forest z wykorzystaniem losowych ziarn (seeds) od 0 do 9. Dla każdego uruchomienia zarejestrowano dokładność testową oraz wyniki istotności cech. Obliczono średnią i odchylenie standardowe wyniku istotności cech dla każdego predyktora z 10 uruchomień, a następnie uszeregowano predyktory zgodnie z ich stabilnością. Analizę tę wykorzystano do oceny spójności rankingów cech, a nie do zastąpienia podstawowej ewaluacji na poziomie podmiotów.
12. Analiza z wykorzystaniem wyjaśnialnej sztucznej inteligencji
Do wytrenowanego modelu Random Forest zastosowano narzędzie SHAP TreeExplainer. Obliczono wartości SHAP, aby oszacować wkład każdej cechy w prognozy modelu. Dla każdej cechy wyznaczono średnią bezwzględną wartość SHAP, a następnie uszeregowano cechy zgodnie z ich wkładem SHAP. Zidentyfikowano cechy o konsekwentnie niskich wartościach SHAP i porównano je z wynikami analiz stabilności cech oraz analiz Cohen’s d. Cechy wykazujące stale niski wkład wybrano do późniejszej ablacji i ponownego trenowania modelu.
13. Statystyczna analiza wielkości efektu
Dla każdego biomarkera EEG obliczono współczynnik d Cohena dla porównań AD versus HC, AD versus FTD oraz FTD versus HC. Wielkość efektu interpretowano, przyjmując progi 0,20 dla efektu małego, 0,50 dla efektu średniego i 0,80 dla efektu dużego.
14. Zintegrowany wybór cech
Porównano wyniki analizy istotności cech Random Forest, analizy SHAP oraz analizy d Cohena. Predyktory, które konsekwentnie wykazywały niską istotność cech, niski wkład SHAP oraz niewielką wielkość efektu, zostały zidentyfikowane jako kandydaci do usunięcia.
15. Ablacja cech
Cechy entropii oceniono w eksploracyjnej analizie ablacyjnej, a następnie skonstruowano zredukowaną macierz cech zawierającą RMS, PSD oraz wiek. Klasyfikator Random Forest został ponownie przeszkolony przy użyciu tych samych hiperparametrów. Trening modelu, testowanie, walidacja krzyżowa oraz analiza charakterystyki operacyjnej odbiornika (ROC) zostały powtórzone z wykorzystaniem zredukowanego zestawu cech.
16. Analiza ROC
Prawdopodobieństwa klas uzyskano z zoptymalizowanego klasyfikatora Random Forest. Wieloklasowe krzywe ROC wygenerowano przy użyciu podejścia one-kontra-strategii odpoczynku. Obliczono wartości pola pod krzywą (AUC) dla poszczególnych klas oraz średnią wartość AUC.
17. Porównanie wydajności
Wydajność pełnego modelu cech porównano z wydajnością zredukowanego modelu cech uzyskanego po ablacji cech entropijnych.