Projekt badania i populacja pacjentów
W niniejszym badaniu retrospektywnym przeanalizowano badania USG tarczycy wykonane w okresie od 13 czerwca 2024 do 13 stycznia 2025 roku. Protokół badania został zatwierdzony przez Komisję Etyczną Szpitala Przyjaźni w Pekinie, Capital Medical University (numer zatwierdzenia BFHHZS20240300) i przeprowadzono go zgodnie z zasadami etycznymi określonymi w Deklaracji Helsińskiej; z uwagi na retrospektywny charakter badania zrezygnowano z wymogu uzyskania świadomej zgody. Zestaw danych obejmował 68 guzków tarczycy u 63 pacjentów (30 łagodnych i 38 złośliwych), przyjmując guzek jako jednostkę analityczną. Diagnozy referencyjne oparto na wynikach cienkoigłowej aspiracji biopsji (FNAC) pod kontrolą USG. Grupa złośliwa składała się z 38 guzków, w których badaniu FNAC stwierdzono raka brodawczatego tarczycy.
Kryteria włączenia
Kwalifikowani pacjenci musieli spełniać wszystkie następujące kryteria: (1) poddanie konwencjonalnej ultrasonografii w skali szarości oraz badaniu Dopplerowskiemu, a następnie CEUS z satysfakcjonującą jakością obrazu umożliwiającą późniejszą analizę obrazowania przepływu mikronaczyniowego; (2) rozpoznanie cytopatologiczne PTC potwierdzone biopsją aspiracyjną cienkoigłową, z towarzyszącym pozytywnym wynikiem badania mutacji BRAFV600E lub bez niego; lub wynik cytologiczny w kategorii III według klasyfikacji Bethesda (atypia o nieokreślonym znaczeniu) przy jednoczesnym pozytywnym wyniku badania mutacji BRAFV600E; (3) rozpoznanie cytopatologiczne łagodnych guzków proliferacyjnych, guzków gruczolakowatych lub łagodnych guzków pęcherzykowych w kategorii II według klasyfikacji Bethesda bez towarzyszącego pozytywnego wyniku badania mutacji BRAFV600E.
Kryteria wykluczenia
Pacjentów wykluczono z badania, jeśli wystąpił którykolwiek z następujących warunków: (1) słaba jakość obrazów CEUS lub niewystarczający sygnał mikropęcherzykowy uniemożliwiający wiarygodną ocenę przepływu mikronaczyniowego; (2) brak wyników cytologicznych lub patomorfologicznych; (3) diagnoza histopatologiczna rzadkiego lub specjalnego podtypu raka tarczycy (np. warianty anaplastyczne); (4) znaleziska cytologiczne sugerujące nowotwór pęcherzykowy (kategoria IV według klasyfikacji Bethesda) lub każda zmiana o nieokreślonym pochodzeniu pęcherzykowym, niezależnie od statusu mutacyjnego; (5) zapalenie tarczycy Hashimoto
Pozyskiwanie obrazów USG, CEUS i SRUS
Wszystkie badania przeprowadzono przy użyciu referencyjnego systemu ultrasonograficznego i przetwornika liniowego. Pacjenci zostali ułożeni w pozycji tyłem z wyprośtem szyi. Guz docelowy zlokalizowano i zmierzono w trybie B-mode ultrasonografii; odnotowano obecność mikrozwapnień, a tę samą płaszczyznę obrazowania z centrowaniem na zmianie wykorzystano do oceny unaczynienia wewnątrzguźlowego za pomocą kolorowego Dopplera.
Po zapewnieniu dostępu dożylnego system przełączono w tryb CEUS/URM o niskim indeksie mechanicznym (URM oznacza obrazowanie mikroskopowe o ultrawysokiej rozdzielczości). Badanie CEUS przeprowadzono poprzez dożylny wtrysk bolusa SonoVue w ilości 1,2 mL, po którym natychmiast podano 5 ml soli fizjologicznej; w momencie podania bolusa uruchomiono licznik ekranowy oraz ciągłą akwizycję obrazów cine. Głowicę utrzymywano w stałej płaszczyźnie przy minimalnym nacisku, a pacjenta poproszono o unikanie połykania podczas fazy wlewania i wypłukiwania kontrastu.
W przypadku ilościowego CEUS, w celu wyznaczenia parametrów czasowo-intensywnościowych wykorzystano ograniczony do zmiany obszar zainteresowania. W przypadku SRUS, proces URM zlokalizował i śledził sygnały mikropęcherzyków po kontroli ruchu, a następnie wygenerował pomiary stosunku naczyń, złożoności, gęstości mikronaczyniowej, indeksu perfuzji oraz prędkości przepływu. Reprezentatywne eksporty obrazów wykazały ustawienia VSP 4, RES 2, CTR 3, SM 2, VEN 3 oraz CPT 10 s; odpowiednie ustawienia dla pozostałych badań były niedostępne.
25 zmiennych wejściowych modelu wymieniono w Tabeli 1 i pogrupowano według modalności pozyskania danych: wiek i płeć; mikrozwapnienia w trybie B; unaczynienie wewnątrzguźlaste w badaniu Color Doppler; jakościowe CEUS; ilościowe CEUS oraz 11 pomiarów mikrokrążenia w SRUS.
Wybór cech
W modelach uczenia maszynowego zachowano wszystkie 25 cech ilościowych. Wykorzystano wyłącznie cechy numeryczne; wykluczono imiona i nazwiska pacjentów, numery rejestracyjne oraz pola dotyczące wielkości zmian. Nie przeprowadzono selekcji cech w oparciu o dane, a do każdego klasyfikatora wprowadzono te same, wcześniej określone predyktory.
Standaryzacja cech
Przed walidacją krzyżową nie zastosowano żadnej transformacji, imputacji ani globalnego skalowania. Standaryzację zastosowano wyłącznie w przypadku SVM z funkcją bazową radialną (RBF) za pomocą potoku StandardScaler. Skaler był dopasowywany do węzłów treningowych w każdym folderze, a następnie stosowany do węzłów walidacyjnych w tym samym folderze. Klasyfikatory oparte na drzewach otrzymały oryginalne skale numeryczne:

gdzie x jest pierwotną wartością cechy, µ to średnia z folderu treningowego, a σ to odchylenie standardowe z folderu treningowego. Przetwarzanie wstępne w obrębie folderów zapobiegło wpływowi obserwacji walidacyjnych na parametry skalowania SVM.
Partycjonowanie danych
Podstawowa ocena wydajności została przeprowadzona z wykorzystaniem pięciokrotnej walidacji krzyżowej StratifiedGroupKFold z parametrami shuffle = True oraz random_state = 42. Identyfikator pacjenta zdefiniował 63 grupy, a wszystkie guzki od tego samego pacjenta zostały przypisane do tego samego folda. Żaden pacjent nie dostarczył guzków jednocześnie do podzbioru treningowego i walidacyjnego w obrębie jednego folda.
Trenowanie i walidacja modelu
Protokół szkoleniowy
Oceniono pięć klasyfikatorów: las losowy (random forest; 100 drzew; random_state = 42), maszynę wektorów wspierających z funkcją jądra RBF (radial-basis-function SVM; C = 1.0; gamma = scale; probability = True; potok StandardScaler; random_state = 42), drzewo decyzyjne (decision tree; kryterium Gini; nieograniczona głębokość; random_state = 42), XGBoost (100 estymatorów; learning_rate = 0.3; max_depth = 6; subsample = 1.0; colsample_bytree = 1.0; random_state = 42) oraz gradient boosting (100 estymatorów; learning_rate = 0.1; max_depth = 3; random_state = 42). Nie przeprowadzono przeszukiwania siatki (grid search), optymalizacji bayesowskiej, dostrajania progu ani zagnieżdżonej selekcji modelu.
Walidacja krzyżowa
W ramach każdego z pięciu podziałów grup pacjentów, modele były trenowane na pozostałych grupach pacjentów i ewaluowane na grupach wyłączonych. Dla każdego podziału obliczono dokładność, czułość, swoistość, precyzję, wynik F1 oraz ROC-AUC, a wyniki przedstawiono jako średnią ± SD. Przewidywania OOF z wszystkich 68 guzków zostały połączone, aby wygenerować jedną krzywą ROC z walidacją krzyżową oraz jedną macierz pomyłek dla każdego modelu.
Ocena wydajności
Metryki oceny
Wydajność modelu oceniano w obrębie każdego folderu walidacyjnego zgrupowanego pacjentów oraz na podstawie zbiorczych predykcji OOF, stosując następujące metryki:
Dokładność: Całkowita proporcja poprawnych przewidywań

Czułość (Recall): Odsetek rzeczywistych guzków złośliwych, które zostały prawidłowo zidentyfikowane

Swoistość: Odsetek łagodnych guzków prawidłowo zidentyfikowanych

Precyzja (dodatnia wartość predykcyjna): Proporcja przewidzianych przypadków złośliwych, które rzeczywiście okazały się złośliwe

F1-Score: Średnia harmoniczna precyzji i pełności

Pole pod krzywą charakterystyki operacyjnej odbiornika (ROC-AUC): Miara zdolności modelu do rozróżniania guzków łagodnych od złośliwych dla wszystkich progów klasyfikacji
gdzie TP = prawdziwie dodatnie (poprawnie zidentyfikowane guzki złośliwe), TN = prawdziwie ujemne (poprawnie zidentyfikowane guzki łagodne), FP = fałszywie dodatnie (guzki łagodne błędnie sklasyfikowane jako złośliwe) oraz FN = fałszywie ujemne (guzki złośliwe błędnie sklasyfikowane jako łagodne).
Analiza macierzy pomyłek
Macierze błędów OOF zostały wygenerowane poprzez agregację predykcji dokonanych dla każdego guzka wyłącznie w tej części zbioru (fold), w której pacjent ten został wykluczony. W ten sposób dla każdego guzka uzyskano predykcję z modelu wytrenowanego na guzkach innych pacjentów.
Analiza istotności cech
Dla modelu Random Forest obliczono wskaźniki istotności cech na podstawie średniego spadku zanieczyszczenia Gini we wszystkich drzewach decyzyjnych. Zidentyfikowano i uszeregowano 15 najważniejszych cech, aby określić, które parametry mikronaczyniowe miały najistotniejszy wpływ na skuteczność klasyfikacji.
Eksploracyjna analiza SHAP
Dla modelu SVM przeprowadzono ukierunkowaną analizę OOF SHAP z wykorzystaniem wyjaśniającego opartego na permutacji. Dla każdego pominiętego guzka w ramach walidacji krzyżowej jako rozkład tła wykorzystano wyłącznie odpowiadające mu obserwacje z folderu treningowego (128 permutacji antytetycznych; ziarno losowe = 20260716). Średnie bezwzględne wartości SHAP podsumowały wielkość wkładu, a wartości ze znakiem wskazały jego kierunek. Analiza miała charakter eksploracyjny i nie była wykorzystywana do wnioskowania o przyczynowości, identyfikacji niezależnych biomarkerów ani definiowania progów klinicznych.
Analiza statystyczna
Analiza porównawcza
Wydajność modelu została podsumowana opisowo w pięciu grupach walidacyjnych z podziałem na pacjentów oraz w zbiorczych predykcjach OOF. Nie przeprowadzono formalnych testów hipotez między modelami ani rankingu opartego na wartościach P, ponieważ grupy są ze sobą powiązane, a kohorta jest niewielka.
W celu porównania grup wyjściowych oceniano normalność rozkładu zmiennych ciągłych w każdej grupie wyników za pomocą testu Shapiro-Wilka. Stosowano test t Welcha, gdy obie grupy wykazywały rozkład zgodny z normalnym; w przeciwnym razie stosowano dwustronny test U Manna-Whitneya. Zmienne kategoryczne analizowano za pomocą testu chi-kwadrat Pearsona, a w przypadku rzadkich tabel 2 x 2 stosowano dokładny test Fishera. Wartości P były dwustronne, eksploracyjne i niekorygowane (alfa = 0,05).
Powtarzalność
Powtarzalność zapewniono poprzez określenie definicji grupy pacjentów, ustalenie stałego ziarna generatora liczb losowych (42), stałe konfiguracje klasyfikatorów oraz przetwarzanie wstępne w obrębie poszczególnych fałd. Identyfikatory służyły wyłącznie do grupowania i nie były wprowadzane jako predyktory ani eksportowane wraz z wynikami modelu.