Zatwierdzenie etyczne i zgoda na udział
Protokoły eksperymentalne dotyczące zwierząt zostały zatwierdzone przez Komitet Etyczny firmy Scientist Biotechnology Co., Ltd. (Numer pozwolenia etycznego: SYST-2024-014), zgodnie z wytycznymi ARRIVE 2.0 oraz NIH Guide for the Care and Use of Laboratory Animals. Oraz przez Komitet Etyczny Syczuańskiego Komitetu Ludowego’szpital wydał zgodę na etyczne wykorzystanie ludzkich próbek klinicznych do in vitro eksperymenty (Numer pozwolenia etycznego: 2024103). Od wszystkich dawców tkanek uzyskano świadomą zgodę. Wszystkie handlowe informacje dotyczące odczynników i sprzętu użytych w tym badaniu podano w sekcji Spis materiałów.
Budowa modelu AA u myszy C3H/HeJ oraz podawanie AMG
Na podstawie wcześniejszych doniesień literaturowych wywołano model AA u myszy C3H/HeJ i leczono go za pomocą AMG38,39. Krótko mówiąc, trzydzieści samic myszy linii C3H/HeJ (6–8 tygodni) poddano jednotygodniowemu okresowi aklimatyzacji przed losowym przydziałem do pięciu różnych grup: kontrolnej, AA, AMG-L, AMG-M oraz AMG-H. Z wyjątkiem grupy kontrolnej, model AA w pozostałych czterech grupach został wywołany poprzez naniesienie 0,05 g kremu z imikwimodem na skórę grzbietową myszy. Nakładanie to przeprowadzano trzy razy w tygodniu, łącznie dziewięć dawek. Obszar skóry, na który nanoszono lek, wynosił 1,5 cm × 1,5 cm. Myszom z obu grup, kontrolnej i z indukowanym AA, podawano codziennie 0,02 mL/g izotonicznego roztworu chlorku sodu przez żołądek. Myszom z grup AMG podawano natomiast dożołądkowo 60, 90 i 120 mg/kg na dobę. Okres podawania trwał 21 dni. W celu ogólnej obserwacji i oceny modelu AA stwierdzono dobrze zdefiniowane okrągłe plamy łysienia ≥ średnicy 1 cm, bez blizn i ciężkiego stanu zapalnego oraz z pękniętymi trzonami włosów. Myszom wykazującym rozlanych utratę włosów na całym ciele, ciężkie owrzodzenie skóry lub samoistny szybki przyrost włosów nie poddaje się dalszych badań.
HPEM-y
Zgodnie z poprzednią metodą40, wyselekcjonowano zdrowe tkanki skórne od pacjentów, którzy przeszli okcyzję w szpitalu, i zanurzono je w 75% alkoholu przez 5 min. Następnie tkanki skórne przemywano wielokrotnie roztworem PBS zawierającym ampicylinę (100 U/mL) oraz siarczan streptomycyny (100 mg/mL) i inkubowano w roztworze dispazy II w temperaturze 4°C na noc w celu trawienia. Oddzielone i wyizolowane warstwy naskórka zostały pokrojone i przefiltrowane przez membranę sterylną w celu uzyskania zawiesiny komórkowej. Po wirowaniu zebrano komórki osadu z dolnej warstwy, a następnie zawieszono je ponownie w pożywce do melanocytów 254 bez surowicy i ponownie posiano w gęstości około 5 × 105 w fiolkach do hodowli i hodowane w CO2 inkubator. Po trzech przesiewach czyste melanocyty zostały wykorzystane do kolejnych eksperymentów.
Ustanowienie H2O2- wywołany model uszkodzenia oksydacyjnego melanocytów ludzkich i interwencja AMG
Melanocyty ludzkie o stopniu zjednoczenia od 60% do 80% podzielono na grupę kontrolną oraz grupy z różnymi stężeniami H2O2 (200, 400, 600, 800 i 1000 µM). Po 24-godzinnym hodowaniu żywotność komórek była oceniono metodą CCK-8. Następnie optymalne stężenie H2O2 zastosowano do stworzenia modelu stresu oksydacyjnego melanocytów, a następnie dodano różne stężenia AMG (0,1; 0,25; 0,5; 1; 2,5; 5 i 10 mg/mL) i hodowano przez 24 godziny. Żywotność komórek wybrano następnie do oceny i doboru stężenia AMG.
Badanie HE
Tkanki wątroby i nerek myszy utrwalano w 4% paraformaldehydzie przez 24 godziny, a następnie wlepiono w parafinę, po czym przeprowadzono proces odwodnienia w następujących etapach: 70% etanol przez 4 godziny, 80% etanol przez 2 godziny, 90% etanol przez 2 godziny, 95% etanol przez 2 godziny, bezwodny etanol – dwa razy po 1 godzinie; ksylen – dwa razy po 30 minut38,39,41. Następnie, 4-µm przekrojach parafinowych przeprowadzono H&E, były odwadniane, klarowane i montowane za pomocą kleju neutralnego. Przekroje tkankowe zescyfrowano za pomocą skanera 3D HISTECH, a obrazy w powiększeniu 20× i 40× przechwycono powiększenia.
Test immunoenzymatyczny (ELISA) i wykrywanie biochemiczne
Tkanki skórne rozdrobniono w roztworze buforowym w stosunku 1:9 (w/v), a następnie poddano wirowaniu przy 1006–1789 × g przez 10 min. Po oznaczeniu stężenia białka w surowicy, ekstraktach tkanki skórnej oraz supernatantach komórkowych metodą BCA, poziomy MDA, IL-6, IL-15 oraz IFN-γ zbadano za pomocą odpowiednich zestawów ELISA. Aktywność enzymatyczną SOD, CAT oraz GPX-4 oznaczono zgodnie z instrukcjami odpowiednich zestawów biochemicznych.
Cytofluorymetria do wykrywania aktywnych form tlenu (ROS)
Środowisko hodowlane pozbawione surowicy zostało użyte do rozcieńczenia 10µM DCFH-DA w stosunku 1:1000. Następnie tkanki skóry myszy lub ludzkie melanocyty przygotowano w postaci zawiesiny komórkowej o stężeniu 1–20×106 komórek/mL, używając 10µM DCFH-DA. Komórki inkubowano w 37°C przez 20 min. W tym czasie komórki były wstrząsane i mieszane co 3–5 min. Po trzykrotnym przemyciu medium pozbawionym surowicy poziomy ROS wewnątrzkomórkowych zostały określone za pomocą cytometrii przepływowej, przy długościach fali wzbudzenia i emisji wynoszących odpowiednio 488 nm i 525 nm42,43.
Pomiar immunofluorescencji
Pierwotne przeciwciało anty-FOXO3a (1:1000) inkubowano z 4-µm przekroje tkanki naskórka lub ustalone HPEM na całą noc w 4°C. Następnie próbki poddano działaniu przeciwciał wtórnych znakowanych fluoroforami Alexa Fluor oraz dodano barwienie kontrastowe roztworem DAPI. Ostatecznie przekroje obserwowano i dokumentowano za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej. W przypadku obrazowania fluorescencyjnego z ROS, 4-µm mrożoną sekcję tkanki skóry lub szkiełka HPEM odgrzewano w temperaturze pokojowej i wysuszono. Wokół tkanki rysowano koło za pomocą pióra histochemicznego. Szkiełka traktowano roztworem wygaszającym autofluorescencję przez 5 min, a następnie przemywano bieżącą wodą przez 10 min. Nakładano roztwór barwiący ROS i inkubowano w ciemności w 37°C przez 30 min. Przecięcia poddano trzem pięciominutowym przemywkom w buforze PBS za pomocą wstrząsarki do odbarwiania. Następnie naniesiono roztwór barwiący DAPI i inkubowano przez 10 minut w warunkach ciemności i w temperaturze pokojowej. Przedmioty zostały zamknięte za pomocą środka wygaszającego fluorescencję. Następnie próbki obserwowano, a obrazy zbierano przy użyciu mikroskopu fluorescencyjnego. Profile wzbudzenia/emisji wynoszą 330–380/420 nm dla DAPI i 510–560/590 nm dla Cy3.
Western blot
Dla tkanki naskórka myszy lub ludzkich melanocytów, 50 mg tkanki naskórka lub 2 × 105 komórki i 1 mL buforu lizy RIPA wzbogaconego inhibitorami proteaz zostały przeniesione do probówki mikrocentryfugowej o pojemności 1,5 mL. Po 30-minutowym wytrzymaniu na lodzie przeprowadzono 5-minutową centrifugację przy 12 000 g w celu zebrania frakcji nadosadowej. Po wyznaczeniu stężenia białka metodą BCA roztwór białka i 5× Bufor ładujący SDS został zmieszany w stosunku objętościowym 4:1, a następnie gotowany w łaźni metalowej w temperaturze 95°C °C przez 5 min. Po przeprowadzeniu elektroforezy w 10% żelu SDS-PAGE przy 80 V lub 120 V białka zostały przeniesione elektrycznie na membranę 0,22-µm błonie PVDF przy stałym prądzie 200 mA przez 1 h44,45Membrany były następnie blokowane w temperaturze pokojowej na wstrząsarce wirnikowej przez 1 godzinę za pomocą 5% odtłuszczonego mleka (przygotowanego w buforze TBST). Następnie membrany inkubowano z przeciwciałami pierwotnymi specyficznymi dla główny zespół zgodności tkankowej klasy I (MHC I) (1:1000), IFN-γ (1:1000), IL-6 (1:1000), IL-15 (1:1000), β– aktyna (1:1000), SOD (1:1000), CAT (1:1000), glutation peroksydaza 4 (GPX-4) (1:1000) i FOXO3a (1:1000) w 4 °C °w nocy. Następnie membrany inkubowano z przeciwciałem wtórnym (1:10000) przez 1 h w temperaturze pokojowej. Do wywołania i zarejestrowania obrazów zastosowano chemiluminescencyjny odczynnik ECL przy użyciu urządzenia ChemiScope 6100.
Ilościowa reakcja transkrypcji odwrotnej w kaskadzie polimerazy (qRT-PCR)
Po pierwsze, RNA z próbki tkanki skóry myszy lub ludzkich melanocytów uzyskano zgodnie z zaleceniami producenta’zgodnie z instrukcją zestawu do izolacji całkowitego RNA. Zgodnie z instrukcją zestawu do transkrypcji odwrotnej, parametry instrumentu PCR ustawiono na 25°C przez 10 min, 42°C przez 15 min i 85°C przez 5 min, aby uzyskać próbki cDNA. Podobnie, parametry ustawienia instrumentu do PCR były następujące, aby uzyskać wystarczającą liczbę kopii DNA: wstępną denaturację: 95°C przez 5 min, 1 cykl; Denaturacja: 95°C przez 10 s, 40 cykli; Renaturacja i elongacja: 60°C przez 30 s, 40 cykli. Znormalizowane wyrażenie genu badanego jest obliczane za pomocą następującego wzoru: 2‑ΔΔCq (ΔΔCq = Cqcel‑Cqβ‑Aktyna)46,47. Informacja dotycząca sekwencji starterów genów do qRT-PCR jest przedstawiona w Tabela 1.
Analiza ChIP-PCR
Analizę ChIP-PCR przeprowadzono zgodnie z wcześniejszym protokołem48Najpierw komórki utwardzono 1% roztworem formaldehydu przez 10 minut, a następnie dodano roztwór glicyny w celu zakończenia reakcji utwardzania. Po przemywce zimnym roztworem PBS zawierającym PMSF, komórki lizowano buforem lizującym SDS zawierającym PMSF. Następnie chromatynę DNA rozdrobniono za pomocą ultradźwiękowego rozdrabniacza komórek na fragmenty o długości głównie od 200 do 1000 par zasad, a wielkość fragmentów zweryfikowano metodą elektroforezy w żelu agarozowym. Próby rozdrobnionej chromatyny zawieszono ponownie w buforze rozcieńczającym do ChIP zawierającym PMSF, a następnie pobrano 20µL próbki został użyt jako grupa kontrolna „input”. Pozostałe próbki zostały wstępnie przetworzone za pomocą białka A+G agarose/łososiowego DNA plemnika. Następnie 0,5µg pierwotnego przeciwciała zostało nałożone, po czym nastąpiła inkubacja w ciągu nocy w temperaturze 4°C z powolnym mieszaniem. Grupę kontrolną ujemną poddano działaniu równych ilości IgG królika. Następnego dnia dodano kulki agarozowe białka A+G w celu wychwycenia kompleksów antygen–przeciwciało, a następnie kompleksy przemywano kolejno buforem do przemywania kompleksów immunoprecypitacyjnych o niskim stężeniu soli, buforem o wysokim stężeniu soli, buforem LiCl oraz buforem TE. Kompleksy uzyskane w immunoprecypitacji eluowano buforem elucyjnym, a następnie produkty elucji oraz próbki z grupy kontrolnej „input” poddano inkubacji w 65°inkubować przez 4 h w celu rozbicia wiązań poprzecznych. Po trawieniu białek za pomocą proteinazy K, DNA wyizolowano metodą fenolowo-chloroformową, a następnie wytrącono etanolem. Oczyszczone DNA rozpuszczono w buforze TE i poddano dalszej analizie metodą qRT-PCR. Informacje dotyczące sekwencji genów stosowanych w analizie ChIP-PCR przedstawiono w Tabela 2.
Wybrane miejsca genomowe do analizy ChIP-PCR zostały określone drogą predykcji in silico przy użyciu bazy danych JASPAR (https://jaspar.elixir.no/). W szczególności badacze uzyskali sekwencje promotorowe obejmujące 2000 pz w kierunku wstępującym od miejsca startu transkrypcji (TSS) genu CAT, SOD, oraz GPX4 geny. Sekwencje te zostały przeskanowane pod kątem motywów wiązania FOXO3a przy użyciu odpowiedniej macierzy wag pozycyjnych. Aby zrównoważyć czułość i specyficzność, autorzy ustalili próg względnej oceny profilu na poziomie >80%. Spośród wszystkich przewidzianych motywów spełniających ten kryterium autorzy wybrali dwa miejsca o najwyższym wyniku dla każdego genu jako regiony kandydujące do weryfikacji metodą ChIP-PCR. Na przykład, w CAT gen, wybrane miejsca znajdowały się w pozycjach -733 pz i -1259 pz względem miejsca startu transkrypcji (TSS). Przeciwciało anty-FOXO3a użyte w tym badaniu to komercyjnie dostępne przeciwciało o jakości nadającej się do ChIP. W celu zapewnienia swoistości, autorzy zastosowali dwa niezależne kontrole ujemne w każdym teście ChIP-PCR: izotyp IgG oraz negatywny locus genomowy. Kontrolę izotypu IgG przeprowadzono w postaci równoległych immunoprecypitacji z wykorzystaniem niemianego IgG pochodzącego z tego samego gatunku. W przypadku negatywnego locus genomowego autorzy zaprojektowali parę starterów skierowanych przeciwko regionowi niebędącemu miejscem wiązania i pozbawionemu przewidywanego motywu konsensusowego FOXO3a. Ten region kontrolny pozwolił autorom wykluczyć wzbogacenie wynikające z losowego ścinania chromatyny lub nieswoistego wzmacniania w reakcji PCR. Wzbogacenie wyrażone jako wielokrotność (fold enrichment) obliczono przy zastosowaniu strategii trzystopniowej normalizacji.
Krok 1: Wprowadź znormalizowane ΔCt ΔCt [unormowany IP] = Ct[IP]-(Ct[Input]-log₂(DF) (1)
ΔCt [unormowany IgG] = Ct[IgG] - (Ct[Input] - log₂(DF). (2)
DF = czynnik rozcieńczenia próbki wejściowej; w eksperymencie DF = 10, ponieważ zastosowano 10% próbki wejściowej.
Krok 2: ΔΔCt pomiędzy IP a IgG:
ΔΔCt [IP/IgG] =ΔCt [znormalizowane IP]ΔCt [unormowany IgG] (3)
Krok 3: Wzbogacenie w krotności = 2(-ΔΔCt [IP/IgG]. (4)
Analiza statystyczna
Dane podano jako średnia ± odchylenie standardowe na podstawie co najmniej trzech niezależnych eksperymentów. Analizy statystyczne przeprowadzono za pomocą oprogramowania GraphPad Prism (wersja 6.0). Porównanie danych między wieloma grupami, spełniającymi założenia normalności rozkładu i jednorodności wariancji, oceniano za pomocą jednokierunkowej analizy wariancji (ANOVA), a następnie testem Tukeya’s testem potocznym. Istotność statystyczną ustalono na poziomie p < 0.05.