$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
W niektórych zaburzeniach neurodegeneracyjnych białko związane z chorobą składa się ze spienionego poliglutaminy, polyQ, tract – ciągu kolejnych reszt glutaminy – i jest nieprawidłowo dopasowane. Upośledzona konformacja destabilizuje homeostazę białek, powodując akumulację białek i tworzenie toksycznych agregatów, co prowadzi do dysfunkcji neuronów i śmierci.
W celu zbadania zdolności ochronnej badanego związku w łagodzeniu proteotoksyczności związanej z agregacją poliQ, należy uzyskać zawiesinę transgenicznych larw Caenorhabditis elegans wykazujących ekspresję fluorescencyjnie znakowanych białek polyQ w komórkach mięśniowych ściany ciała.
Weź płytkę wielodołkową zawierającą pożywkę uzupełnioną pokarmem bakteryjnym. Dodać badany związek do jednego zestawu studzienek. Przenieś larwy na płytkę wielodołkową. Uszczelnij płytkę, aby zapobiec odwodnieniu podłoża i zanieczyszczeniu mikrobiologicznemu. Wysiaduj, pozwalając larwom wyrosnąć na dorosłe osobniki.
Podczas rozwoju, gdy nicienie się starzeją, białka polyQ stopniowo gromadzą się w komórkach mięśniowych i tworzą agregaty.
Jeśli badany związek jest obecny w pożywce, dostaje się do komórek mięśniowych i, w zależności od jego zdolności ochronnej, może wywierać efekt agregacji anty-polyQ, hamując i opóźniając agregację polyQ.
Zbierz dorosłe nicienie i odwiruj. Ponownie zawiesić granulowane nicienie. Przenieść na płytkę wielodołkową. Unieruchomić nicienie za pomocą azydku sodu.
Używając urządzenia fluorescencyjnego o wysokiej rozdzielczości, policz punkty fluorescencyjne, reprezentujące agregaty polyQ, na nicienie.
Niższa średnia liczba agregatów polyQ w oczyszczaniu niż w studzienkach kontrolnych sugeruje wyższą zdolność ochronną badanego związku w łagodzeniu proteotoksyczności związanej z agregacją polyQ.
Zacznij od przeniesienia 300 do 500 zsynchronizowanych larw L1 nicieni AM141 do każdej studzienki 48-dołkowej płytki z 500 mikrolitrami pożywki S zawierającej szczep OP50 E. coli i pięcioma miligramami na mililitr astragalanu. Uszczelnij płytkę parafilmem i inkubuj ją w temperaturze 20 stopni Celsjusza i 120 obrotów na minutę w żądanych odstępach czasu.
Przenieś nicienie do sterylnej 1,5-mililitrowej probówki do mikrowirówek i przemyj buforem M9 trzykrotnie przez odwirowanie, aby usunąć pozostałe komórki OP50. Następnie ponownie zawiesić nicienie AM141 w buforze M9.
Teraz przenieś 10 do 15 nicieni do każdej studzienki na 384-dołkowej płytce, ustawiając 10 powtórzonych dołków dla każdego zabiegu i dodaj 10 mikrolitrów 200-milimolowego azydku sodu do każdej studzienki, aby sparaliżować nicienie, pozwalając im osiąść na dnie.
Umieść płytkę w systemie obrazowania o wysokiej zawartości, aby uzyskać obrazy fluorescencyjne. Otwórz oprogramowanie do akwizycji obrazu i skonfiguruj parametry wymienione w manuskrypcie tekstowym. Przeanalizuj dane obrazu, otwierając okno "Review Plate Data" i wybierając "Test Plate" do analizy obrazu.
Kliknij dwukrotnie studzienkę testową, aby wyświetlić jej obraz. Następnie wybierz "Zlicz jądra" jako metodę analizy i kliknij przycisk "Konfiguruj ustawienia". Zdefiniuj obraz źródłowy z kanału FITC i wybierz "Algorytm standardowy".
Ustaw parametry analizy obrazu zgodnie z opisem w manuskrypcie tekstowym i przetestuj je, aby zoptymalizować metodę analizy. Zapisz ustawienia i uruchom analizę na wszystkich odwiertach. Eksportuj "Całkowite jądra" jako całkowitą liczbę agregatów Q40::YFP w każdym odwiercie.
Policz liczbę nicieni w każdym dołku i oblicz średnią liczbę agregatów Q40::YFP na nicienie w każdej grupie. Następnie oblicz wskaźnik inhibicji.