Znakowanie metaboliczne i frakcjonowanie błonowe do porównawczej analizy proteomicznej hodowli zawiesinowych komórek Arabidopsis thaliana

Ogólnym celem poniższego eksperymentu jest oddzielenie różnych podprzedziałów błonowych i zbadanie ich zróżnicowanego składu białkowego. Osiąga się to poprzez znakowanie komórek stabilnymi izotopami w różnych warunkach, aby umożliwić różnicowanie zabiegów. W analizie spektrometrii mas jako drugim etapie materiał komórkowy z dwóch zabiegów jest mieszany, co zapewnia wspólne przetwarzanie i zmniejsza zmienność między próbkami.

Następnie podprzedziały błony plazmatycznej są oczyszczane i rozdzielane na sterylne, bogate i sterylnie zubożone podprzedziały za pomocą sacharozy. Uzyskuje się wyniki wirowania gradientowego, które pokazują zróżnicowaną obfitość białek w podkompartmentach pod różnymi zabiegami w oparciu o dane z ilościowej spektrometrii mas. Główną przewagą tego protokołu nad istniejącymi metodami, takimi jak Western blotting, jest to, że możemy ilościowo rejestrować rozkład podkompartmentów tysięcy białek, a tym samym odkrywać nowych kandydatów do procesów sygnalizacyjnych.