Podejście ChroP łączy ChIP i spektrometrię mas w celu zbadania specyficznych dla locus krajobrazów proteomicznych chromatyny

Ogólnym celem tej procedury jest scharakteryzowanie składu proteomicznego funkcjonalnie odrębnych domen chromatyny, aby zrozumieć, w jaki sposób różne elementy synergizują się w celu określenia stanu transkrypcji. Osiem. Osiąga się to poprzez najpierw przygotowanie jąder z hodowanych komórek i trawienie chromatyny na fragmenty o optymalnej długości za pomocą środków enzymatycznych lub mechanicznych. Drugim krokiem jest oczyszczenie odrębnej domeny funkcjonalnej z chromatyny masowej poprzez immunoprecypitację przy użyciu przeciwciał przynęty przeciwko modyfikacji potranslacyjnej histonów lub białku, o którym wiadomo, że specyficznie oznacza obszar zainteresowania.

Następnie oczyszczone immunologicznie białka chromatyny są rozdzielane przez stronę SDS i trawione ingelem przed spektrometrią mas. Kolejnym krokiem jest analiza spektrometrii mas metodą chromatografii cieczowej na instrumencie o wysokiej rozdzielczości. Ostatecznie, surowe dane spektrometrii mas są analizowane przez oprogramowanie ad hoc, a następnie ręczna inspekcja widm w celu identyfikacji i ilościowego określenia modyfikacji histonów i białek wzbogacających koen w oparciu odpowiednio o obliczenie względnej obfitości w materiale wytrąconym immunologicznie w stosunku do danych wejściowych lub na stosunku SLAC oraz eksperymenty konkurencyjne z użyciem rozpuszczalnego peptydu jako konkurenta dla przynęty Przez uprawę, Możemy uzyskać wgląd w wzajemne zależności między wzorcem modyfikacji histo a wariancją i dotrzeć do określonych regionów chromatyny i zrekrutowanej przez nią interakcji jądrowej, które działają w skoordynowany sposób.