Profilowanie ekspresji genów w pojedynczej komórce za pomocą FACS i qPCR z wewnętrznymi standardami

Ogólnym celem tej procedury jest ilościowe określenie poziomów mRNA w poszczególnych komórkach za pomocą mikroprzepływowego qPCR z wewnętrznymi wzorcami. Metoda ta może pomóc odpowiedzieć na kluczowe pytania w dziedzinie biologii pojedynczej komórki, takie jak to, czy populacje komórkowe komórek reagują na bodziec w charakterystyczny dla siebie sposób. Główną zaletą tej techniki jest to, że może ona mierzyć ekspresję większej liczby genów niż RNA FISH przy niższych kosztach niż RNA-Seq w pojedynczych komórkach.

Po raz pierwszy wpadliśmy na pomysł tej metody, gdy badaliśmy protokoły pomiaru ekspresji genów w pojedynczych komórkach za pomocą mikroprzepływowego qPCR. Chcieliśmy zmodyfikować istniejące metody, aby dokładniej oszacować bezwzględną liczbę różnych transkryptów w pojedynczych komórkach. Procedurę sortowania komórek zademonstruje William Telford, kierownik zakładu cytometrii przepływowej używanego przez moje laboratorium.