Name: Śledzenie separacji fragmentów DNA w czasie rzeczywistym za pomocą smartfona (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-06-01T15:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 58 s
Description: Poznaj metodę SNAP gel electrophoresis do szybkiej separacji fragmentów DNA z wykorzystaniem smartfona do śledzenia w czasie rzeczywistym. Technika zmniejsza zużycie chemikaliów i skraca czas eksperymentu w analizie biochemicznej.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Z wdzięcznością dziękujemy za wsparcie ze strony Narodowej Fundacji Nauk Przyrodniczych Chin (nr 21205078) oraz Funduszu Badawczego dla Programu Doktorskiego Szkolnictwa Wyższego Chin (nr 20123120110002). Prace te były częściowo wspierane przez Narodowy Kluczowy Program Badawczo-Rozwojowy Chin (2016YFB1102303), Narodowy Program Badań Podstawowych Chin (973Program; 2015CB352001) oraz Narodową Fundację Nauk Przyrodniczych Chin (61378060).

1. Podstawowy projekt układu SGE
<ol>
	<li>Użyj dowolnego przezroczystego tworzywa sztucznego, takiego jak polimetakrylan metylu (PMMA) lub poliwęglan. 
	Uwaga: Układ SGE jest pokazany w <silna klasa="xfig">Rysunek 1B. Chip SGE składa się z cylindrycznych otworów na bufor TBE, kanałów do separacji DNA oraz dwóch linii osadzonych wzdłuż otworów na elektrodę.</li>
	<li>Wytwarzanie układów kanałów SGE w bloku PMMA za pomocą maszyny do grawerowania laserowego. 
	Uwaga: Parametry geometryczne chipa zależą od wielkości DNA, które ma zostać oddzielone. Na przykład optymalne parametry kanału dla chipa SGE to 2,5 mm x 4,0 mm x 90 mm (szerokość x głębokość x długość), jeśli fragment DNA jest mniejszy niż 1 000 pz.</li>
	<li>W oparciu o projekt SGE wyprodukuj grzebienie, aby stworzyć dołki w chipie do ładowania próbki DNA.</li>
</ol>
2. Przygotowanie żelu agarozowego
<ol>
	<li>Przygotować 0,5× TBE, mieszając 10× TBE (1× TBE = 89 mM Tris, 89 mM kwasu borowego i 2 mM EDTA; pH 8,4) i wody destylowanej w stosunku 1:19.</li>
	<li>Przygotuj 1,0% żel agarozowy do separacji drabinek DNA 100-pz. 
	Uwaga: Stężenie agarozy w 0,5-krotnym buforze TBE zależy od wielkości fragmentów DNA, które mają zostać oddzielone.</li>
	<li>Umieścić 0,1 g agarozy w kolbie i dodać 10 ml 0,5 x buforu TBE. 
	Uwaga: Objętość przygotowanego roztworu powinna być mniejsza niż 1/3 pojemności kolby.</li>
	<li>Uszczelnić kolbę folią konserwującą, a następnie podgrzać mieszaninę agarozy i buforu w kuchence mikrofalowej (pożywka, 1,0 min). Przed włożeniem kolby do kuchenki mikrofalowej należy zrobić kilka otworów w folii konserwującej na wypadek wybuchu.</li>
	<li>Wlej 2,7 ml stopionego roztworu agarozy do 4 kanałów chipa SGE. Umieść grzebień w roztworze agarozy, aby utworzyć dołki. 
	Uwaga: Stopiony roztwór agarozy ostygnie do stanu żelu w temperaturze pokojowej 3 minuty później.</li>
	<li>Wyjmij grzebień z żeli i dodaj 0,9 ml 0,5x buforu TBE, aby pokryć żel.</li>
</ol>
3. Uruchamianie elektroforezy w chipie SGE
<ol>
	<li>Włącz źródło światła LED i umieść filtr pasmowoprzepustowy od 425 do 505 nm nad źródłem światła.</li>
	<li>Wymieszaj 14,4 μl drabinki DNA o stężeniu 100 pz i 1,6 μl SYBR Green za pomocą wirownika.</li>
	<li>Załaduj 4 μl mieszaniny do każdego dołka żelu agarozowego w chipie SGE (<silna klasa="xfig">Rysunek 2).</li>
	<li>Umieść elektrodę na dwóch torach chipa SGE.</li>
	<li>Umieść filtr pasmowoprzepustowy od 550 do 700 nm nad chipem SGE.</li>
	<li>Włącz źródło zasilania. Ustaw napięcie elektryczne na 180 V (20 V/cm). Włącz smartfon, aby nagrać proces separacji fragmentów DNA (Rysunek 3).</li>
	<li>Gdy elektroforeza zostanie zakończona 10 minut później, wyłącz źródło zasilania i światło LED.</li>
	<li>Wyczyść chip SGE.</li>
</ol>

<ol><li>Carle, G. F., Olson, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+of+chromosomal+DNA+molecules+from+yeast+by+orthogonal-field-alternation+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic.+Acids.+Res%22%5BJournal%5D)">Separation of chromosomal DNA molecules from yeast by orthogonal-field-alternation gel electrophoresis.</a> Nucleic. Acids. Res. 12 (14), 5647-5664 (1984).</li>
<li>McDonell, M. W., Simon, M. N., Studier, F. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+restriction+fragments+of+T7+DNA+and+determination+of+molecular+weights+by+electrophoresis+in+neutral+and+alkaline+gels%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Analysis of restriction fragments of T7 DNA and determination of molecular weights by electrophoresis in neutral and alkaline gels.</a> J. Mol. Biol. 110 (1), 119-146 (1977).</li>
<li>Fangman, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+of+very+large+DNA+molecules+by+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic.+Acids.+Res%22%5BJournal%5D)">Separation of very large DNA molecules by gel electrophoresis.</a> Nucleic. Acids. Res. 5 (3), 653-665 (1978).</li>
<li>Blum, H., Beier, H., Gross, H. J. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/elps.1150080203/abstract">Improved silver staining of plant proteins, RNA and DNA in polyacrylamide gels.</a> Electrophoresis. 8 (2), 93-99 (1987).</li>
<li>Gödde, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophoresis+of+DNA+in+human+genetic+diagnostics-state-of-the-art%2C+alternatives+and+future+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Electrophoresis of DNA in human genetic diagnostics-state-of-the-art, alternatives and future prospects.</a> Electrophoresis. 27 (5-6), 939-946 (2006).</li>
<li>Studier, F. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+bacteriophage+T7+early+RNAs+and+proteins+on+slab+gels%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Analysis of bacteriophage T7 early RNAs and proteins on slab gels.</a> J. Mol. Biol. 79 (2), 237-248 (1973).</li>
<li>Sugden, B., De Troy, B., Roberts, R. J., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+slab-gel+electrophoresis+equipment%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Agarose slab-gel electrophoresis equipment.</a> Anal. Biochem. 68 (1), 36-46 (1975).</li>
<li>Rabilloud, T., Chevallet, M., Luche, S., Lelong, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+gel+electrophoresis+in+proteomics%3A+Past%2C+present+and+future%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional gel electrophoresis in proteomics: Past, present and future.</a> J. Proteomics. 73 (11), 2064-2077 (2010).</li>
<li>Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+gel+electrophoresis+for+the+separation+of+DNA+fragments%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments.</a> J. Vis. Exp. (62), e3923(2012).</li>
<li>Gasser, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-strand+conformation+polymorphism+%28SSCP%29+for+the+analysis+of+genetic+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Single-strand conformation polymorphism (SSCP) for the analysis of genetic variation.</a> Nat. Protoc. 1 (6), 3121-3128 (2006).</li>
<li>Matselyukh, B. P., Yarmoluk, S. M., Matselyukh, A. B., Kovalska, V. B., Kocheshev, I. O., Kryvorotenko, D. V., Lukashov, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interaction+of+cyanine+dyes+with+nucleic+acids%3A+XXXI.+Using+of+polymethine+cyanine+dyes+for+the+visualization+of+DNA+in+agarose+gels%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biochem.+Biophys.+Methods%22%5BJournal%5D)">Interaction of cyanine dyes with nucleic acids: XXXI. Using of polymethine cyanine dyes for the visualization of DNA in agarose gels.</a> J. Biochem. Biophys. Methods. 57 (1), 35-43 (2003).</li>
<li>Lunn, G., Sansone, E. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ethidium+bromide%3A+destruction+and+decontamination+of+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Ethidium bromide: destruction and decontamination of solutions.</a> Anal. Biochem. 162 (2), 453-458 (1987).</li>
<li>Li, Z., Liu, C., Zhang, D., Luo, S., Yamaguchi, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Capillary+electrophoresis+of+RNA+in+hydroxyethylcellulose+polymer+with+various+molecular+weights%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chormatogr.+B%22%5BJournal%5D)">Capillary electrophoresis of RNA in hydroxyethylcellulose polymer with various molecular weights.</a> J. Chormatogr. B. 1011, 114-120 (2016).</li>
<li>Li, Z., Liu, C., Ma, S., Zhang, D., Yamaguchi, Y. <a target="_blank" href="http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2016/AY/C5AY02705E#!divAbstract">Analysis of the inhibition of nucleic acid dyes on polymerase chain reaction by capillary electrophoresis.</a> Anal. Methods-UK. 8 (11), 2330-2334 (2016).</li>
<li>Liu, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developing+a+fluorescence-coupled+capillary+electrophoresis+based+method+to+probe+interactions+between+QDs+and+colorectal+cancer+targeting+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Developing a fluorescence-coupled capillary electrophoresis based method to probe interactions between QDs and colorectal cancer targeting peptides.</a> Electrophoresis. 37 (15-16), 2170-2174 (2016).</li>
<li>Wang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+capillary+electrophoresis+method+to+explore+the+self-assembly+of+a+novel+polypeptide+ligand+with+quantum+dots%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">A capillary electrophoresis method to explore the self-assembly of a novel polypeptide ligand with quantum dots.</a> Electrophoresis. 37 (15-16), 2156-2162 (2016).</li>
<li>Miao, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0013468616300342">Nuclease assisted target recycling and spherical nucleic acids gold nanoparticles recruitment for ultrasensitive detection of microRNA.</a> Electrochim. Acta. 190, 396-401 (2016).</li>
<li>Heller, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principles+of+DNA+separation+with+capillary+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Principles of DNA separation with capillary electrophoresis.</a> Electrophoresis. 22 (4), 629-643 (2001).</li>
</ol>

Nie zgłasza się konfliktu interesów.

Elektroforeza w żelu agarozowym jest szeroko stosowana do oddzielania DNA, RNA i białka. W niniejszej pracy zaproponowano nową metodę, która zastąpi tradycyjny protokół elektroforezy żelowej. Wyniki pokazują, że drabinki DNA o długości 50, 100 i 1000 pz mogą być dobrze oddzielone w tak małym zmontowanym urządzeniu. Ogromną zaletą tej metody jest to, że nie tylko może ona oddzielić kwasy nukleinowe przy niewielkim zużyciu środków chemicznych, ale może również rejestrować proces separacji. Chociaż na r...

Elektroforeza żelowa (SGE) jest najskuteczniejszą metodą separacji fragmentów DNA1,2,3,4,5 i dlatego jest uważana za wszechstronne narzędzie w analizach biochemicznych i biologicznych6,7,8. Jednak wiele eksperymentów wskazuje, że SGE jest ograniczony przez następujące cztery problemy: (1) separacje trwają wiele godzin, a nawet dni; (2) zużycie chemikaliów jest bardzo wysokie; (3) wymaga skomplikowanej aparatury (np. ogniwa do elektroforezy 2D, zasilacza do elektroforezy i systemu obrazowania żelowego); (4) system obrazowania żelowego może obserwować oddzielone fragmenty DNA dopiero po zakończeniu eksperymentu. Ponadto bromek etydyny (EtBr), który jest powszechnie stosowany w SGE9,10, jest mutagenny i rakotwórczy11,12. Dlatego podczas wręczania żeli zawierających EtBr należy zawsze nosić rękawiczki.
Elektroforeza kapilarna (CE) ma wiele zalet13,14,15,16,17 w porównaniu do SGE, takich jak automatyczna praca, krótki czas separacji i niższe zużycie. Jednak instrument CE jest dość drogi. Dlatego, aby przezwyciężyć te ograniczenia, opracowano system (ryc. 1) do separacji DNA. Taki system może nie tylko znacznie zmniejszyć zużycie chemikaliów i zaoszczędzić czas eksperymentu SGE (<8 min), ale może również śledzić w czasie rzeczywistym proces separacji DNA w żelu agarozowym za pomocą smartfona. Postępując zgodnie z procedurami opisanymi w tym protokole, studenci powinni być w stanie zaprojektować i wyprodukować chip SGE, przygotować żel agarozowy w chipie, skonfigurować prosty system SGE za pomocą smartfona i zarejestrować proces migracji DNA w żelu agarozowym.

<table><tbody><tr><td>10 i razy; TBE</td><td>Beijing Solarbio Nauka & Technologia Co., Sp. z o.o.</td><td>T1051</td><td></td></tr><tr><td>50 pz drabinka DNA</td><td>Takara Bio Inc.</td><td>3421A Drabinka</td><td></td></tr><tr><td>DNA 100 pz</td><td>Takara Bio Inc.</td><td>3422A</td><td></td></tr><tr><td>1 kbp Drabinka DNA</td><td>Takara Bio Inc.</td><td>3426A</td><td></td></tr><tr><td>SYBR ZIELONY</td><td>Takara Bio Inc.</td><td>5760A</td><td></td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Sigma-Aldrich V900510</td><td></td><td></td> korporacyjny</tr></tbody></table>

Śledzenie separacji fragmentów dna w czasie rzeczywistym za pomocą smartfona

Real-time Tracking of DNA Fragment Separation by Smartphone

Elektroforeza żelowa (SGE) jest najpowszechniejszą metodą rozdzielania fragmentów DNA, dlatego jest szeroko stosowana w dziedzinie biologii i innych. Jednak tradycyjny protokół SGE jest dość żmudny, a eksperyment zajmuje dużo czasu. Co więcej, zużycie środków chemicznych w eksperymentach SGE jest bardzo wysokie. W niniejszej pracy zaproponowano prostą metodę separacji fragmentów DNA w oparciu o chip SGE. Chip jest wytwarzany przez maszynę do grawerowania. Dwa arkusze z tworzywa sztucznego służą do długości fal wzbudzenia i emisji sygnału optycznego. Sygnał fluorescencyjny prążków DNA jest zbierany przez smartfon. Aby potwierdzić tę metodę, rozdzielono drabinki DNA o długości 50, 100 i 1000 pz. Wyniki pokazują, że drabina DNA mniejsza niż 5000 pz może być rozdzielona w ciągu 12 minut i z wysoką rozdzielczością przy użyciu tej metody, co wskazuje, że jest to idealny substytut tradycyjnej metody SGE.

Rysunek 4, Rysunek 5 oraz Rysunek 6 przedstawiają typowy wynik po elektroforezie żelowej drabin DNA 50, 100 i 1 000 bp. Po zakończeniu eksperymentu fragmenty DNA zostały dobrze rozdzielone. Ponadto te same próbki rozdzielono w 4 kanałach chipa SGE, co wykazało, że fragmenty DNA o tej samej wielkości przebywają taką samą odległość w każdym eksperymencie.
Wydajność rozdzielania drabiny DNA można ocenić popr...

Tradycyjne eksperymenty z elektroforezą żelową (SGE) wymagają skomplikowanej aparatury i dużego zużycia chemikaliów. W niniejszej pracy przedstawiono protokół, który opisuje tanią metodę separacji fragmentów DNA w krótkim czasie.

Śledzenie separacji fragmentów DNA w czasie rzeczywistym za pomocą smartfona

Slab gel electrophoresis (SGE) is the most common method for the separation of DNA fragments; thus, it is broadly applied to the field of biology and ...

W niniejszym fragmencie przedstawiono nowy system elektroforezy w żelach SNAP. System ten pozwala nie tylko na znaczne skrócenie czasu trwania eksperymentu, ale umożliwia również śledzenie procesu rozdzielania w żelu agarozowym w czasie rzeczywistym za pomocą smartfona. Trzy powyższe zdjęcia przedstawiają typowy wynik elektroforezy żelowej dla markerów o długości 50, 100 i 1 000 par zasad.Każdy fragment DNA został dobrze rozdzielony. Elektroforeza w żelu SNAP jest najbardziej innowacyjną metodą rozdzielania fragmentów DNA, dlatego uznaje się ją za kluczowe narzędzie w analizach biochemicznych i biologicznych. Tym razem zaprezentuję Państwu nową metodę przeprowadzenia eksperymentu z wykorzystaniem elektroforezy w żelu SNAP.Zacznijmy. Najpierw odważamy 0,1 g agarozy i wsypujemy ją do kolby, a następnie do kolby wlewamy bufor TPE. Objętość przygotowanego roztworu nie powinna przekraczać jednej trzeciej pojemności kolby.Zamknąć kolbę folią ochronną, a następnie podgrzać mieszaninę buforu z agarozą w kuchence mikrofalowej. Przed umieszczeniem kolby w kuchence mikrofalowej należy wykonać w folii ochronnej kilka otworów, aby zapobiec wybuchowi. Przenieść przygotowany roztwór agarozy do kanałów w probówce do elektroforezy żelowej SNAP.Umieść grzebień w roztworze. Naniesiony roztwór ochłodzi się i w ciągu kilku minut w temperaturze pokojowej przejdzie w stan żelu. Wyjmij grzebień, aby utworzyć oczka, a następnie dodaj bufor TBE.Zbudowaliśmy prosty system rozdziału fragmentów DNA ze śledzeniem w czasie rzeczywistym, aby obserwować stan ruchu fragmentów DNA za pomocą smartfona. Najpierw wymieszaj marker DNA z SYBR Green One za pomocą wirówki. Nałóż mieszaninę do dołka w żelu agarozowym.Po drugie, włącz źródło światła LED i umieść filtr pasmowy nad diodą LED, a następnie wprowadź elektrodę do dwóch kanałów chipa. Następnie umieść nad nią drugi filtr pasmowy. Poczekaj na podanie zasilania.Ustaw moc elektryczną na 180 watt. Włącz smartfon, aby zarejestrować proces rozdziału fragmentów DNA. W tym przykładzie używamy smartfona do śledzenia rozdziału drabinki DNA 50 bp.Elektroforeza w żelu SNAP jest najskuteczniejszą metodą rozdzielania fragmentów DNA. Jednakże nieudane próby wskazują, że elektroforeza w żelu SNAP była ograniczona ze względu na problemy z pełną długością. Po pierwsze: proces rozdzielania trwa wiele godzin, a nawet dni.Po drugie: wrażliwość chemiczna jest bardzo wysoka. Po trzecie: wymaga to użycia wielu urządzeń. Po czwarte: system obrazowania żeli pozwala na obserwację rozdzielonych fragmentów DNA dopiero po zakończeniu eksperymentu.Ponadto iryd i brom, powszechnie stosowane w elektroforezie w żelu SNAP, wykazują działanie mutagenne i kancerogenne. Po zakończeniu eksperymentu każdy fragment DNA został wyraźnie rozdzielony. Ponadto rozdzieliliśmy te same próbki w czterech kanałach chipa do elektroforezy w żelu SNAP, a problem polegał na tym, że fragmenty DNA o tej samej wielkości przemieściły się na taką samą odległość w każdym eksperymencie.Na zdjęciu widać, że fragmenty DNA zostały dobrze rozdzielone, choć na rysunku B widoczne są wątpliwe, białe fragmenty DNA. Można to poprawić poprzez optymalizację parametrów chipa oraz stężenia żelu agarozowego. Po obejrzeniu tego filmu zachęcamy do zapoznania się z naszym nowym komunikatem na temat elektroforezy żelowej SNAP. Tam również powstałe fragmenty DNA wydają się białe.Można to usprawnić poprzez optymalizację parametrów układu do elektroforezy w żelu SNAP oraz stężenia żelu agarozowego. Ważnym punktem jest to, że należy zachować szczególną ostrożność podczas podawania napięcia, ponieważ wymagane jest wysokie napięcie, które może oddziaływać na odczynniki.

real-time-tracking-of-dna-fragment-separation-by-smartphone

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemia

W tym filmie analizujemy rozkład wielkości bezkomórkowego DNA lub fragmentów cfDNA za pomocą automatycznej elektroforezy kapilarnej. Technika ta pomaga uzyskać wgląd w profil fragmentów DNA uwalnianych przez komórki nowotworowe podczas apoptozy.

Zautomatyzowana analiza rozkładu wielkości fragmentów cfDNA oparta na elektroforezie kapilarnej: metoda oparta na mikroprocesorze DNA do badania rozkładu wielkości fragmentów DNA wyizolowanych z płynów biologicznych

Ten film opisuje technikę mikroprzepływowej elektroforezy kapilarnej do rozdzielania amplikonów PCR na podstawie ich wielkości. Ta technika pomaga w wymiarowaniu fragmentów przy użyciu barwników fluorescencyjnych i standardowych markerów wielkości molekularnej.

Mikroprzepływowa elektroforeza kapilarna do wymiarowania fragmentów produktów PCR: technika separacji elektroforetycznej oparta na mikroprocesorach w celu oddzielenia fragmentów DNA na podstawie wielkości

Tutaj opisujemy zoptymalizowaną i efektywną strategię usuwania bio-cząsteczek obecnych w próbkach 'touch DNA', wraz z ulepszonym protokołem amplifikacji obejmującym jednoetapową 5 μl mikroobjętościową lizę/amplifikację STR, aby umożliwić odzyskanie krótkich profili powtórzeń tandemowych (STR) dawcy (dawców) biocząstek.

Ulepszona analiza genetyczna pojedynczych ludzkich biocząstek odzyskanych za pomocą uproszczonej mikromanipulacji z dowodów kryminalistycznych "dotykowego DNA"

Ten protokół demonstruje prosty, solidny i wysokoprzepustowy test rozciągania przepływu pojedynczej cząsteczki do badania jednowymiarowej (1D) dyfuzji cząsteczek wzdłuż DNA.

Prosta, solidna i wysokowydajna implementacja testu rozciągania przepływu pojedynczej cząsteczki do badania transportu cząsteczek wzdłuż DNA

W tym artykule omówiono szczegółowy protokół do ilościowego określania długości telomerów za pomocą zmodyfikowanej analizy fragmentów restrykcyjnych na końcu, który zapewnia szybki i efektywny bezpośredni pomiar długości telomerów. Technika ta może być stosowana do różnych źródeł komórkowych DNA w celu ilościowego określenia długości telomerów.

Zmodyfikowana analiza końcowych fragmentów restrykcyjnych do ilościowego określania długości telomerów za pomocą hybrydyzacji w żelu

Opisujemy technikę łączenia cytometrii przepływowej i sekwencjonowania o wysokiej przepustowości w celu identyfikacji późno replikujących się regionów genomu.

G2-seq: Wysokoprzepustowa technika oparta na sekwencjonowaniu do identyfikacji późno replikujących się regionów genomu

Opracowano systemy obserwacji w czasie rzeczywistym oparte na transferze energii rezonansu fluorescencji reakcji wymiany nici DNA, w której pośredniczy Rad51. Korzystając z przedstawionych tutaj protokołów, jesteśmy w stanie wykryć powstawanie produktów pośrednich reakcji i ich przekształcanie w produkty, jednocześnie analizując kinetykę enzymatyczną reakcji.

Obserwacja w czasie rzeczywistym reakcji wymiany nici DNA, w której pośredniczy Rad51

Tutaj opisujemy prosty protokół do generowania profili odcisków palców DNA poprzez amplifikację locus VNTR D1S80 z DNA komórki nabłonkowej.

Zastosowanie odcisków palców DNA przy użyciu locus D1S80 w klasach laboratoryjnych

Ten artykuł zawiera protokół do oznaczania ilościowego białek przy użyciu testu Bradforda i smartfona jako urządzenia analitycznego. Poziomy białka w próbkach można określić ilościowo za pomocą danych o kolorach uzyskanych ze zdjęcia mikropłytki wykonanego smartfonem.

RGBradford: Kwantyfikacja białka za pomocą aparatu w smartfonie

Protokół ten demonstruje wykonanie testu pojedyncząłego w celu wizualizacji na żywo rozwijania DNA za pomocą helikazy CMG. Opisuje (1) przygotowanie substratu DNA, (2) oczyszczanie fluorescencyjnie znakowanej helikazy Drosophila melanogaster CMG, (3) przygotowanie komórki przepływowej mikrofluidycznej do mikroskopii całkowitej fluorescencji odbicia wewnętrznego (TIRF) oraz (4) test odwijania DNA pojedyncząłą.

Wizualizacja rozwijania DNA w czasie rzeczywistym pojedyncząłą cząsteczką przez helikazę CMG

Niezawodne i dokładne formy analizy DNA w terenie są kluczowe dla wielu branż. Niniejszy artykuł oferuje dwie metody analizy mikroorganizmów środowiskowych w terenie: 1) izolację DNA mikroorganizmów z próbek środowiskowych za pomocą zestawu terenowego do ekstrakcji biologicznej oraz 2) analizę DNA za pomocą jednostki qPCR w terenie.

Analiza DNA mikroorganizmów w terenie z wykorzystaniem zestawu do ekstrakcji biologicznej oraz jednostki qPCR

Poznaj metodę SNAP gel electrophoresis do szybkiej separacji fragmentów DNA z wykorzystaniem smartfona do śledzenia w czasie rzeczywistym. Technika zmniejsza zużycie chemikaliów i skraca czas eksperymentu w analizie biochemicznej.

Śledzenie separacji fragmentów DNA w czasie rzeczywistym za pomocą smartfona

Przeglądaj więcej filmów