Name: Metoda zestawu replik: wysokoprzepustowe podejście do ilościowego pomiaru długości życia Caenorhabditis elegans (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-06-29T14:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 58 s
Description: Poznaj metodę zestawu replik do ilościowego pomiaru długości życia i zdrowia Caenorhabditis elegans. To wysokoprzepustowe podejście umożliwia badanie genetycznych zależności wpływających na starzenie.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Finansowanie tej pracy opisanej w tym manuskrypcie zostało zapewnione przez: Biuro Rektora Uniwersytetu w Rochester oraz Dziekanat Szkoły Medycyny i Stomatologii za pośrednictwem Centrum Nauk o Zdrowiu dla Innowacji Obliczeniowych (HSCCI); Stypendium Ellison Medical Foundation New Scholars in Aging (AG-NS-0681-10) Fundatorzy nie odgrywali żadnej roli w projektowaniu badań, gromadzenie i analiza danych, decyzja o publikacji lub przygotowanie manuskryptu.

<ol><li>Timmons, L., Fire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Specific+interference+by+ingested+dsRNA+%5B10%5D%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Specific interference by ingested dsRNA [10].</a> Nature. 395 (6705), 854(1998).</li>
<li>Kamath, R. S., Martinez-Campos, M., Zipperlen, P., Fraser, A. G., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effectiveness+of+specific+RNA-mediated+interference+through+ingested+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Effectiveness of specific RNA-mediated interference through ingested double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Genome Biology. 2 (1), (2000).</li>
<li>Winston, W. M., Sutherlin, M., Wright, A. J., Feinberg, E. H., Hunter, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+SID-2+is+required+for+environmental+RNA+interference%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans SID-2 is required for environmental RNA interference.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 104 (25), 10565-10570 (2007).</li>
<li>Winston, W. M., Molodowitch, C., Hunter, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systemic+RNAi+in+C.+elegans+requires+the+putative+transmembrane+protein+SID-1%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Systemic RNAi in C. elegans requires the putative transmembrane protein SID-1.</a> Science. 295 (5564), 2456-2459 (2002).</li>
<li>Grishok, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAi+mechanisms+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+letters%22%5BJournal%5D)">RNAi mechanisms in Caenorhabditis elegans.</a> FEBS letters. 579 (26), 5932-5939 (2005).</li>
<li>Ceron, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+Improving+Caenorhabditis+elegans+Phenome+Mapping+With+an+ORFeome-Based+RNAi+Library%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Toward Improving Caenorhabditis elegans Phenome Mapping With an ORFeome-Based RNAi Library.</a> Genome Research. 14 (14), 2162-2168 (2004).</li>
<li>Kamath, R. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+functional+analysis+of+the+Caenorhabditis+elegans+genome+using+RNAi%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Systematic functional analysis of the Caenorhabditis elegans genome using RNAi.</a> Nature. 421 (6920), 231-237 (2003).</li>
<li>Samuelson, A. V., Carr, C. E., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+activities+that+mediate+increased+life+span+of+C.+elegans+insulin-like+signaling+mutants%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Gene activities that mediate increased life span of C. elegans insulin-like signaling mutants.</a> Genes & Development. 21 (22), 2976-2994 (2007).</li>
<li>Petrascheck, M., Miller, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+Analysis+of+Lifespan+Experiment+Reproducibility%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">Computational Analysis of Lifespan Experiment Reproducibility.</a> Frontiers in Genetics. 8 (June), (2017).</li>
<li>Samuelson, A. V., Klimczak, R. R., Thompson, D. B., Carr, C. E., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+Caenorhabditis+elegans+Genes+Regulating+Longevity+Using+Enhanced+RNAi-sensitive+Strains%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harbor+Symposia+on+Quantitative+Biology%22%5BJournal%5D)">Identification of Caenorhabditis elegans Genes Regulating Longevity Using Enhanced RNAi-sensitive Strains.</a> Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. LXXII, 489-497 (2007).</li>
<li>R Core Team. R: A Language and Environment for Statistical Computing. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://www.r-project.org/">https://www.r-project.org/</a> (2018).</li>
<li>Byerly, L., Cassada, R. C., Russell, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+life+cycle+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Developmental+Biology%22%5BJournal%5D)">The life cycle of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Developmental Biology. 51 (1), 23-33 (1976).</li>
<li>Shi, C., Murphy, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mating+Induces+Shrinking+and+Death+in+Caenorhabditis+Mothers%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Mating Induces Shrinking and Death in Caenorhabditis Mothers.</a> Science. 343 (6170), 536-540 (2014).</li>
<li>Hodgkin, J. Male Phenotypes and Mating Efficiency in CAENORHABDITIS ELEGANS. Genetics. 103 (1), Available from:
 <a target="_blank" href="http://europepmc.org/articles/PMC1202023/?report=abstract">http://europepmc.org/articles/PMC1202023/?report=abstract</a> 43-64 (1983).</li>
<li>Kaplan, E. L., Meier, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonparametric+Estimation+from+Incomplete+Observations%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Statistical+Association%22%5BJournal%5D)">Nonparametric Estimation from Incomplete Observations.</a> Journal of the American Statistical Association. 5318910 (282), 457-481 (1958).</li>
<li>Mantel, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+survival+data+and+two+new+rank+order+statistics+arising+in+its+consideration%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Chemotherapy+Reports%22%5BJournal%5D)">Evaluation of survival data and two new rank order statistics arising in its consideration.</a> Cancer Chemotherapy Reports. 50 (3), 163-170 (1966).</li>
<li>Rechavi, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Starvation-induced+transgenerational+inheritance+of+small+RNAs+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Starvation-induced transgenerational inheritance of small RNAs in C. elegans.</a> Cell. , (2014).</li>
<li>Larance, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+Proteomics+Analysis+of+the+Response+to+Starvation+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+%26+Cellular+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Global Proteomics Analysis of the Response to Starvation in C. elegans.</a> Molecular & Cellular Proteomics. 14 (7), 1989-2001 (2015).</li>
<li>Vanfleteren, J. R., De Vreese, A., Braeckman, B. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-Parameter+Logistic+and+Weibull+Equations+Provide+Better+Fits+to+Survival+Data+From+Isogenic+Populations+of+Caenorhabditis+elegans+in+Axenic+Culture+Than+Does+the+Gompertz+Model%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journals+of+Gerontology+Series+A%3A+Biological+Sciences+and+Medical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Two-Parameter Logistic and Weibull Equations Provide Better Fits to Survival Data From Isogenic Populations of Caenorhabditis elegans in Axenic Culture Than Does the Gompertz Model.</a> The Journals of Gerontology Series A: Biological Sciences and Medical Sciences. 53A (6), B393-B403 (1998).</li>
<li>Johnson, D. W., Llop, J. R., Farrell, S. F., Yuan, J., Stolzenburg, L. R., Samuelson, A. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Caenorhabditis+elegans+Myc-Mondo%2FMad+Complexes+Integrate+Diverse+Longevity+Signals%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genetics%22%5BJournal%5D)">The Caenorhabditis elegans Myc-Mondo/Mad Complexes Integrate Diverse Longevity Signals.</a> PLoS Genetics. 10 (4), e1004278(2014).</li>
<li>Ogg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+fork+head+transcription+factor+DAF-16+transduces+insulin-like+metabolic+and+longevity+signals+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The fork head transcription factor DAF-16 transduces insulin-like metabolic and longevity signals in C. elegans.</a> Nature. 389 (6654), 994-999 (1997).</li>
<li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cerón, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Basic+Caenorhabditis+elegans+Methods%3A+Synchronization+and+Observation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation.</a> Journal of Visualized Experiments. (64), 1-9 (2012).</li>
<li>Hansen, M., Hsu, A. L., Dillin, A., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+genes+tied+to+endocrine%2C+metabolic%2C+and+dietary+regulation+of+lifespan+from+a+Caenorhabditis+elegans+genomic+RNAi+screen%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genetics%22%5BJournal%5D)">New genes tied to endocrine, metabolic, and dietary regulation of lifespan from a Caenorhabditis elegans genomic RNAi screen.</a> PLoS Genetics. 1 (1), 0119-0128 (2005).</li>
<li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FUdR+causes+a+twofold+increase+in+the+lifespan+of+the+mitochondrial+mutant+gas-1%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+ageing+and+development%22%5BJournal%5D)">FUdR causes a twofold increase in the lifespan of the mitochondrial mutant gas-1.</a> Mechanisms of ageing and development. 132 (10), 519-521 (2011).</li>
<li>Feldman, N., Kosolapov, L., Ben-Zvi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorodeoxyuridine+improves+Caenorhabditis+elegans+proteostasis+independent+of+reproduction+onset%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+one%22%5BJournal%5D)">Fluorodeoxyuridine improves Caenorhabditis elegans proteostasis independent of reproduction onset.</a> PloS one. 9 (1), e85964(2014).</li>
<li>Aitlhadj, L., Stürzenbaum, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+FUdR+can+cause+prolonged+longevity+in+mutant+nematodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+ageing+and+development%22%5BJournal%5D)">The use of FUdR can cause prolonged longevity in mutant nematodes.</a> Mechanisms of ageing and development. 131 (5), 364-365 (2010).</li>
<li>Kenyon, C., Chang, J., Gensch, E., Rudner, A., Tabtiang, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+C.+elegans+mutant+that+lives+twice+as+long+as+wild+type%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A C. elegans mutant that lives twice as long as wild type.</a> Nature. 366 (6454), 461-464 (1993).</li>
<li>Larsen, P. L., Albert, P. S., Riddle, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genes+that+regulate+both+development+and+longevity+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Genes that regulate both development and longevity in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 139 (4), 1567-1583 (1995).</li>
<li>Shaw, W. M., Luo, S., Landis, J., Ashraf, J., Murphy, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+C.+elegans+TGF-beta+Dauer+pathway+regulates+longevity+via+insulin+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Current+biology%22%5BJournal%5D)">The C. elegans TGF-beta Dauer pathway regulates longevity via insulin signaling.</a> Current biology. 17 (19), 1635-1645 (2007).</li>
<li>Mukhopadhyay, A., Oh, S. W., Tissenbaum, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Worming+pathways+to+and+from+DAF-16%2FFOXO%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Gerontology%22%5BJournal%5D)">Worming pathways to and from DAF-16/FOXO.</a> Experimental Gerontology. 41 (10), 928-934 (2006).</li>
<li>Lin, K., Dorman, J. B., Rodan, A., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((daf-16%3A+An+HNF-3%2Fforkhead+family+member+that+can+function+to+double+the+life-span+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">daf-16: An HNF-3/forkhead family member that can function to double the life-span of Caenorhabditis elegans.</a> Science. 278 (5341), 1319-1322 (1997).</li>
<li>Gandhi, S., Santelli, J., Mitchell, D. H., Stiles, J. W., Sanadi, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+for+maintaining+large%2C+aging+populations+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+ageing+and+development%22%5BJournal%5D)">A simple method for maintaining large, aging populations of Caenorhabditis elegans.</a> Mechanisms of ageing and development. 12 (2), 137-150 (1980).</li>
<li>Hosono, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sterilization+and+growth+inhibition+of+Caenorhabditis+elegans+by+5-fluorodeoxyuridine%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+gerontology%22%5BJournal%5D)">Sterilization and growth inhibition of Caenorhabditis elegans by 5-fluorodeoxyuridine.</a> Experimental gerontology. 13 (5), 369-373 (1978).</li>
<li>Mitchell, D. H., Stiles, J. W., Santelli, J., Sanadi, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synchronous+growth+and+aging+of+Caenorhabditis+elegans+in+the+presence+of+fluorodeoxyuridine%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+gerontology%22%5BJournal%5D)">Synchronous growth and aging of Caenorhabditis elegans in the presence of fluorodeoxyuridine.</a> Journal of gerontology. 34 (1), 28-36 (1979).</li>
<li>Anderson, E. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((C.+elegans+lifespan+extension+by+osmotic+stress+requires+FUdR%2C+base+excision+repair%2C+FOXO%2C+and+sirtuins%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+ageing+and+development%22%5BJournal%5D)">C. elegans lifespan extension by osmotic stress requires FUdR, base excision repair, FOXO, and sirtuins.</a> Mechanisms of ageing and development. , 30-42 (2016).</li>
<li>Garigan, D., Hsu, A. L., Fraser, A. G., Kamath, R. S., Abringet, J., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+analysis+of+tissue+aging+in+Caenorhabditis+elegans%3A+A+role+for+heat-shock+factor+and+bacterial+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Genetic analysis of tissue aging in Caenorhabditis elegans: A role for heat-shock factor and bacterial proliferation.</a> Genetics. 161 (3), 1101-1112 (2002).</li>
<li>Yu, S., Driscoll, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EGF+signaling+comes+of+age%3A+Promotion+of+healthy+aging+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Gerontology%22%5BJournal%5D)">EGF signaling comes of age: Promotion of healthy aging in C. elegans.</a> Experimental Gerontology. 46 (2-3), 129-134 (2011).</li>
<li>Mathew, M. D., Mathew, N. D., Ebert, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((WormScan%3A+A+technique+for+high-throughput+phenotypic+analysis+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">WormScan: A technique for high-throughput phenotypic analysis of Caenorhabditis elegans.</a> PLoS ONE. , (2012).</li>
<li>Stroustrup, N., Ulmschneider, B. E., Nash, Z. M., López-Moyado, I. F., Apfeld, J., Fontana, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+caenorhabditis+elegans+lifespan+machine%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">The caenorhabditis elegans lifespan machine.</a> Nature Methods. 10 (7), 665-670 (2013).</li>
<li>Xian, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((WormFarm%3A+A+quantitative+control+and+measurement+device+toward+automated+Caenorhabditis+elegans+aging+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">WormFarm: A quantitative control and measurement device toward automated Caenorhabditis elegans aging analysis.</a> Aging Cell. 12 (3), 398-409 (2013).</li>
</ol>

Autorzy oświadczają, że nie mają konkurencyjnych interesów finansowych.

Zarówno metoda tradycyjna, jak i metoda replik wymagają synchronizacji zwierząt w wieku chronologicznym. Uwzględniamy metodę, która synchronizuje zwierzęta za pomocą leczenia podchlorynem grawitacyjnych osobników dorosłych, gdzie tylko zapłodnione jaja z grawicznym dorosłym osobnikiem przeżywają leczenie. Zarodki te wylęgają się w płynnej zawiesinie i zatrzymują rozwój w pierwszym stadium larwalnym (L1). Po wysianiu zwierząt L1 do pożywienia (np. E. coli wykazującej ekspresję dsRNA do genu będącego prze...

Jednym z najbardziej przełomowych osiągnięć technologicznych w kierunku zrozumienia genetycznych podstaw starzenia się był rozwój RNAi opartego na żywieniu u C. elegans1; przed eksperymentalnym zastosowaniem RNAi, wiele fenotypów starzenia się nie było genetycznie podatnych. RNAi oparte na żywieniu uzyskuje się poprzez produkcję dsRNA w E. coli, który pasuje do endogennego mRNA C. elegans: IPTG indukuje dwukierunkową transkrypcję przez wstawkę cDNA C. elegans lub część otwartej ramki odczytu w plazmidzie2. Kiedy C. elegans żywi się nienaruszonym E. coli, dsRNA wytwarzane przez bakterie jest transportowane ze światła do komórek jelitowych przez białko transbłonowe SID-23, a następnie rozprowadzane przez resztę zwierzęcia za pośrednictwem SID-14. W każdej komórce egzogenne dsRNA jest przetwarzane przez kompleks Dicer w siRNA, które oddziałuje z dojrzałym mRNA poprzez komplementarne parowanie zasad, tworząc nowy dupleks siRNA-mRNA. Ten duplex jest rozpoznawany przez kompleks RISC i rozszczepiany, degradując w ten sposób endogenne mRNA5. W ten sposób, po prostu zmieniając wstawkę plazmidu, można dezaktywować funkcję prawie każdego genu w genomie C. elegans. Odkrycie to doprowadziło do stworzenia kilku dużych bibliotek RNAi opartych na żywieniu - kolekcji przekształconych stad E. coli, które można połączyć w celu uzyskania pokrycia około 86% znanych genów C. elegans6,7.
Od czasu rozwoju RNAi opartego na żywieniu, kompleksowe badania przesiewowe u C. elegans doprowadziły do odkrycia ponad 900 genów, które zmieniają długość życia podczas inaktywacji (czego dowodem są powiązania RNAi-fenotyp wyselekcjonowane w WormBase), które nazywamy gerogenami. Rola większości gerogenów w kontroli długowieczności została odkryta poprzez RNAi oparte na żywieniu w zaledwie kilku przełomowych raportach (zobacz <silna klasa="xfig">Rysunek 1A i Plik Uzupełniający 1, aby uzyskać szczegółowe informacje). W niektórych przypadkach te gerogeny zostały zidentyfikowane na podstawie pomiaru żywotności w jednym lub kilku punktach czasowych, co nie zapewnia wymiernej miary zmiany długości życia po leczeniu RNAi. W innych przypadkach geny te zostały ocenione ilościowo pod kątem zmian w długości życia, a także dodatkowych fenotypów związanych z wiekiem. Na przykład wcześniej zidentyfikowaliśmy 159 genów, które były niezbędne zarówno dla normalnej, jak i zwiększonej długości życia zwierząt ze zmniejszoną sygnalizacją insuliny/IGF-1 i określiliśmy ilościowo zmiany w długości zdrowia. Spośród nich 103 inaktywacje genów skutkują fenotypem progerycznym, ponieważ utrata spowodowała jedną lub więcej oznak przedwczesnego starzenia się8.
Podczas gdy niektóre gerogeny zostały powiązane ze 100 lub więcej badaniami (np. daf-16, daf-2, sir-2.1), ponad 400 gerogenów ma 10 lub mniej cytowań (<silna klasa="xfig">Rysunek 1B i plik uzupełniający 2). Tak więc, podczas gdy kompleksowe badania przesiewowe RNAi oparte na żywieniu odkryły i pobieżnie scharakteryzowały setki domniemanych gerogenów, sposób, w jaki te geny funkcjonują w kontroli długowieczności i genetyczne powiązania między tymi produktami genów, pozostają słabo zbadane. Pełna analiza podłużna fenotypów związanych z wiekiem jest warunkiem wstępnym identyfikacji interakcji genetycznych między gerogenami (np. interakcji epistatycznych, interakcji asyntetycznych itp.). Uzyskanie głębszego wglądu w genetyczne powiązania między gerogenami wymaga wysokoprzepustowej metody ilościowej, która wykorzystuje również zalety RNAi opartego na karmieniu.
Najczęstszą zastępczą miarą starzenia się jest długość życia. Tradycyjne podejście do pomiaru śmiertelności C. elegans śledzi śmierć poszczególnych zwierząt w czasie w małej próbie populacji. Stosunkowo niewielka liczba zwierząt jest obserwowana z biegiem czasu i okresowo delikatnie szturchana platynowym drutem lub rzęsą, z ruchem jako wskaźnikiem żywotności (<silna klasa = "xfig">Rysunek 2A). Metoda ta jest szeroko stosowana, ponieważ zapewnia proste, bezpośrednie pomiary średniej i maksymalnej długości życia. Jednak ta tradycyjna metoda jest czasochłonna i stosunkowo mało przepustowa, co ogranicza liczbę zwierząt i warunki, które można jednocześnie mierzyć w kontrolowany sposób. Niedawne badanie symulacyjne wykazało, że wiele badań nad długością życia C. elegans nie bada wystarczająco dużej liczby zwierząt, aby móc wiarygodnie wykryć niewielkie zmiany między warunkami9. Co więcej, ta tradycyjna metoda polega na wielokrotnym obchodzeniu się z tą samą kohortą zwierząt w czasie, co z kolei może wprowadzić zanieczyszczenie i uszkodzić lub zabić coraz bardziej delikatne, starzejące się zwierzęta.
Opracowaliśmy alternatywną metodologię pomiaru długości życia C. elegans w "Replica Set". W tym celu duża populacja zsynchronizowanych pod względem wieku, izogenicznych zwierząt jest dzielona na szereg małych populacji (lub replik). Generowana jest wystarczająca liczba próbek replik, aby pokryć każdy punkt czasowy w planowanym eksperymencie. W każdym punkcie obserwacyjnym jedna z replik jest oceniana za liczbę żywych, martwych i ocenzurowanych zwierząt, a następnie zwierzęta w tej replikacji są odrzucane. W związku z tym, w oczekiwanej długości życia populacji jako całości, okresowo próbkowana jest seria niezależnych subpopulacji (<silna klasa="xfig">Rysunek 2B). W przypadku korzystania z zestawów replik nie dochodzi do wielokrotnego poganiania zwierząt i wielokrotnego narażenia na potencjalne skażenie środowiska. Żywotność zaobserwowana w jednym punkcie czasowym jest całkowicie niezależna od każdej innej obserwacji, co minimalizuje obsługę i zwiększa przepustowość o co najmniej rząd wielkości. Pozwoliło nam to na ilościowe określenie zmian w długości życia setek klonów RNAi jednocześnie8,10.
Tutaj prezentujemy szczegółowe protokoły do badania długości życia C. elegans zarówno za pomocą Zestawu Replik, jak i tradycyjnych metod oceny długowieczności C. elegans. Pokazujemy, że podobne wyniki uzyskuje się między metodami. Opracowaliśmy oprogramowanie wspomagające graficzną analizę danych dotyczących długości życia generowanych za pomocą obu podejść, które bezpłatnie udostępniamy na licencji GPL V3 (patrz tabela materiałów). "WormLife" jest napisany w R11 i zawiera graficzny interfejs użytkownika (GUI) do wykreślania danych, który został przetestowany w systemach Mac OS i Linux. Na koniec porównujemy i kontrastujemy ograniczenia każdej metody i podkreślamy inne kwestie brane pod uwagę przy wyborze między podejściami do pomiaru ilościowych zmian w długości życia C. elegans.

<table><tbody><tr><td>IPTG (beta-digalaktopiranozyd izopropylowy-D-1-tigalaktopiranozyd)</td><td>Gold Bio</td><td>12481C100</td><td></td></tr><tr><td>FuDR (5-fluoro-2'-deoksyurydyna)</td><td>Alfa Aesar</td><td>L16497</td><td></td></tr><tr><td>24-dołkowe płytki hodowlane</td><td>Greiner Bio-One</td><td>#662102</td><td></td></tr><tr><td>Trójkątna, nieobrobiona płytka jednodołkowa, 128x86mm</td><td>Thermo-Fisher</td><td>242811</td><td></td></tr><tr><td>600 &micro; L Płytki 96-dołkowe</td><td>Greiner Bio-One</td><td>#786261</td><td></td></tr><tr><td>2mL Płytki 96-dołkowe</td><td>Greiner Bio-One</td><td>#780286</td><td></td></tr><tr><td>Uszczelka płytkowa przepuszczająca powietrze</td><td>VWR</td><td>60941-086</td><td></td></tr><tr><td>96-pinowy replikator płytek</td><td>Nunc</td><td>250520</td><td></td></tr><tr><td>baktopepton</td><td>VWR</td><td>90000-368</td><td></td></tr><tr><td>agar bakteriologiczny</td><td>Affymetrix/USB</td><td>10906</td><td></td></tr><tr><td>Biblioteka klonów RNAi C. elegans w bakteriach HT115 - Ahringer</td><td>Source Bioscience</td><td>C. elegans RNAi Collection (Ahringer)</td><td>Zobacz także Kamath i in., Nature 2003.</td></tr><tr><td>Biblioteka klonów RNAi C. elegans w bakteriach HT115 - Vidal</td><td>Source Bioscience</td><td>C. elegans ORF-RNAi Resource (Vidal)</td> <td>Zobacz także Rual i in., Badania nad genomem 2004. Ta biblioteka jest również dostępna w Dharmacon.</td></tr><tr><td>WormLife- Oprogramowanie do analizy przeżycia zestawu replik</td><td>Samuelson Lab</td><td>N/A</td><td>https://github.com/samuelsonlab-urmc/wormlife</td></tr><tr><td>L4440 Pusty plazmid wektorowy</td><td>Addgene</td><td>1654</td><td>https://www.addgene.org/1654/</td></tr> <tr><td>Wormbase</td><td></td><td></td><td>http://www.wormbase.org/&nbsp;</td></tr><tr><td>OAZA</td><td></td><td></td><td>https://sbi.postech.ac.kr/oasis2/&nbsp;</td></tr><tr><td>Grafpad Pryzmat</td><td></td><td></td><td>https://www.graphpad.com/scientific-software/prism/&nbsp;</td></tr></tbody></table>

metoda zestawu replik: wysokoprzepustowe podejście do ilościowego pomiaru długości życia caenorhabditis elegans

The Replica Set Method: A High-throughput Approach to Quantitatively Measure Caenorhabditis elegans Lifespan

Metoda Replica Set to podejście do ilościowego pomiaru długości życia lub przeżywalności nicieni Caenorhabditis elegans w sposób wysokoprzepustowy, co pozwala pojedynczemu badaczowi na badanie większej liczby zabiegów lub schorzeń w tym samym czasie bez utraty jakości danych. Metoda wymaga powszechnego sprzętu, który można znaleźć w większości laboratoriów pracujących z C. elegans, a zatem jest prosta do przyjęcia. Podejście to koncentruje się na oznaczaniu niezależnych próbek populacji w każdym punkcie obserwacyjnym, a nie pojedynczej próbki w czasie, jak w przypadku tradycyjnych metod podłużnych. Punktacja polega na dodaniu cieczy do studzienek płytki wielodołkowej, co stymuluje C. elegans do poruszania się i ułatwia ilościowe określenie zmian w długości zdrowia. Inne główne zalety metody Replica Set to zmniejszone narażenie powierzchni agaru na zanieczyszczenia unoszące się w powietrzu (np. pleśń lub grzyby), minimalne obchodzenie się ze zwierzętami oraz odporność na sporadyczne błędne oceny (takie jak nazywanie zwierzęcia martwym, gdy jest jeszcze żywe). Aby odpowiednio przeanalizować i zwizualizować dane z eksperymentu w stylu zestawu replik, opracowano również niestandardowe narzędzie programowe. Obecne możliwości oprogramowania obejmują wykreślanie krzywych przeżycia zarówno dla zestawu replik, jak i tradycyjnych eksperymentów (Kaplana-Meiera), a także analizę statystyczną dla zestawu replik. Przedstawione tutaj protokoły opisują tradycyjne podejście eksperymentalne i metodę zestawu replik, a także przegląd odpowiedniej analizy danych.

W procesie opracowywania każdej nowej metodologii niezbędne jest, aby nowa metoda odtwarzała uznane wyniki uzyskane za pomocą wcześniejszych podejść i spełniała standardy obowiązujące w danej dziedzinie. Wykazaliśmy wcześniej empirycznie, że Replica Set oraz tradycyjne metody oceny długości życia C. elegans dają podobne wyniki20. Nicznicie C. elegans typu dzikiego (N2) utrzymywane w temperaturze 20 °C żyją zazwyczaj od 20 do 25 dni, co zaobserwo...

Tutaj opisujemy metodę Replica Set, podejście do ilościowego pomiaru długości życia/przeżycia i zdrowia C. elegans w sposób wysoce wydajny i solidny, umożliwiając w ten sposób badanie wielu schorzeń bez poświęcania jakości danych. Protokół ten szczegółowo opisuje strategię i udostępnia narzędzie programowe do analizy danych zestawu replik.

Metoda zestawu replik: wysokoprzepustowe podejście do ilościowego pomiaru długości życia Caenorhabditis elegans

The Replica Set method is an approach to quantitatively measure lifespan or survival of Caenorhabditis elegans nematodes in a high-throughput manner, thus ...

Zidentyfikowano setki genów, których funkcja wpływa na starzenie się organizmu. Ale wiele z ich relacji jest słabo zrozumianych. Ta metoda może pomóc odpowiedzieć na kluczowe pytanie w dziedzinie starzenia.Mianowicie, jakie są genetyczne zależności między genami gerA? Główną zaletą tej techniki jest zwiększenie przepustowości, liczba genetycznych uprzedzeń, które można jednocześnie zmierzyć ilościowo, zwiększa się co najmniej o rząd wielkości. Dane dotyczące długości życia zebrane za pomocą tej procedury można wykreślić i przeanalizować za pomocą oprogramowania, które dostarczamy wraz z tą publikacją.Oprócz zapewnienia wglądu w długość życia, metoda ta może być również stosowana do innych fenotypów związanych z wiekiem, takich jak odporność na stres i zmiany w planie zdrowotnym. Na potrzeby tej procedury utwórz nową sygnaturę podbiblioteki RNAi. Najpierw podwielokrotnić każdą studzienkę z 96-dołkowej płytki z 200 mikrolitrami LB z ampicyliną, używając 12-kanałowej pipetry.Wysterylizuj 96-pinowy replikator płytek, zanurzając kolejno szpilki w 50% wybielaczu, a następnie w ultra czystej wodzie. Następnie zanurz końcówki w etanolu i ostrożnie podpal końcówki. Następnie ostrożnie zdejmij samoprzylepną foliową osłonę z zamrożonej, 96-dołkowej płytki biblioteki glicerolu i delikatnie, ale stanowczo zmiel końcówki wysterylizowanego replikatora płytek do dołków nadal zamrożonych zapasów glicerolu.Następnie zaszczepić kultury i uszczelnić zaszczepioną płytkę przepuszczalną membraną. Pozwól kulturom rosnąć przez noc na blacie ławki. Następnego dnia wysterylizuj replikator płytki i ostrożnie usuń uszczelkę z nocnej hodowli i zanurz końcówki kołków replikatora.Następnie zaszczepij szpilkami prostokątną płytkę agarową LB z ampicyliną i tetracykliną. Wywieraj równomierny nacisk i używaj małych, okrężnych ruchów, aby przenieść bakterie, nie dopuszczając do zbytniego zatłoczenia miejsc. Następnie inkubuj płytki przez noc w temperaturze 37 stopni Celsjusza.Następnego dnia, na każde potrzebne 10 replik płytek, załaduj każdą studzienkę z głębokiej płytki 96-dołkowej 1,5 mililitra LB z ampicyliną. Następnie zaszczep studzienki wyhodowanymi bakteriami. Następnie uszczelnij płytkę oddychającą membraną, hoduj ją przez 20 godzin, wstrząsając.Studnie kontrolne powinny być rozrzucone po 96 studzienkach, tak aby gdy tablica podbiblioteki 96-dołkowej została podzielona na grupy po 24, każda sekcja 24 studni ma po jednej z każdej z kontrolek. Następnego dnia załadować 120 mikrolitrów podwielokrotności kultury do płytek 24-dołkowych, używając sześciodołkowej pipety wielokanałowej, z regulowanymi odstępami między końcówkami. Następnie wysusz płytki odkryte w okapie z przepływem laminarnym, aż cała ciecz zostanie wchłonięta.Nie pozwól im wyschnąć. Pamiętaj, aby zachować koncentrację podczas porcjowania płynnych kultur, aby upewnić się, że właściwa kultura bakteryjna zostanie umieszczona w odpowiednim dołku na 24-dołkowej płytce. Eksperymenty z zestawem replik rozpoczynają się od zestawu niezależnych, 24-dołkowych płytek replikowanych, z których każda jest zasiana tymi samymi klonami RNAi bakterii.W przypadku eksperymentów dotyczących długości życia dodaje się od 15 do 20 zwierząt L1 do każdej płytki i pozostawia się do wzrostu do stadium L4. W L4 FUdR jest dodawany do wszystkich studzienek w powtórzeniach. Później tego samego dnia można pobrać z zestawu powtórzoną płytkę i ocenić ją jako pierwszy punkt czasowy.Aby ocenić żywotność, do dołków płytki dodaje się płyn, aby wywołać ruch zwierząt. Zwierzęta, które nie zaczynają się ruszać, są delikatnie szturchane wykałaczką do robaków. Następnie rejestruje się łączną liczbę zwierząt oraz liczbę martwych zwierząt.Płytka z pierwszej obserwacji jest następnie odrzucana. W następnym punkcie obserwacyjnym pobierana jest kolejna powtórzona płytka z zestawu i oceniana w podobny sposób. Powtarza się to w ustalonym interwale punktacji.Za każdym razem z nową płytką z zestawu replikatów. Kontynuuj nacinanie zestawu talerzy, aż żadne zwierzę nie pozostanie przy życiu. Po pierwsze, zsynchronizuj populację zwierząt za pomocą tej samej metody przygotowania na bazie wybielacza, która jest używana w tradycyjnym teście długości życia.Następnie, za pomocą pipety z sześcioma dołkami o regulowanych odstępach i zbiornika na odczynniki, wysiewaj od 15 do 20 zwierząt L1 do każdego dołka z przygotowanych 24-dołkowych płytek. Podczas wysiewania płytek należy okresowo mieszać zwierzęta L1 z roztworem, aby utrzymać równomierne rozprowadzenie. Teraz pozwól zwierzętom rozwinąć się do L4. Czas rozwoju L4 musi być znany dla tego protokołu.Okresowo monitoruj rozwój robaków. Gdy zwierzęta osiągną L4, dodaj 24 mikrolitry 50x FUdR do każdej studzienki i włóż płytki z powrotem do inkubatora. Wykorzystanie zwierząt L4 ma kluczowe znaczenie.Jeśli hermafrodyty osiągną dojrzałość reprodukcyjną przed dodaniem FUdR, ich potomstwo przeżyje i zje pokarm. I odwrotnie, zbyt wczesne dodanie FUdR prowadzi do pęknięć u zwierząt. W żądanych punktach czasowych użyj jednej zduplikowanej płytki, aby ocenić żywotność.Aby to zrobić, zalej studnię roztworem M9. Przed codzienną oceną żywotności należy monitorować wszystkie studnie, w których nie ma pożywienia, wydają się być skażone lub znajdują się w nich zwierzęta z wadami morfologicznymi lub rozwojowymi. Dla każdej studzienki zapisz całkowitą liczbę zwierząt w studzience i sprawdź stan nieporuszających się robaków, delikatnie dotykając każdego z nich w głowę wykałaczką do robaków.Po policzeniu wszystkich nieruchomych zmarłych na talerzu, wyrzuć talerz. W tej procedurze rośnie przekształcony e. Coli na noc w LB z ampicyliną.Następnego dnia należy zagęścić bakterie przez odwirowanie w stężeniu 3 000 G przez 15 do 20 minut. Ponownie zawieś bakterie w 1/10 objętości wyjściowej. Następnie podnieś 200 mikrolitrów 10x bakterii na sześciocentymetrowe płytki.Przygotować trzy lub cztery płytki na każdy warunek badania i dołączyć dwie dodatkowe płytki na wypadek zanieczyszczenia. Wysuszyć płytki w partii z przepływem laminarnym, aż cała ciecz zostanie wchłonięta lub odparowana. Po wysuszeniu przechowuj płytki w plastikowym pudełku przez noc w temperaturze pokojowej, aby indukować produkcję dwuniciowego RNA.Następnie przechowuj płytki do dwóch tygodni w temperaturze czterech stopni Celsjusza. Dla zwierząt zbierz ciężarne, dorosłe zwierzęta w M9. Umyj je dwukrotnie za pomocą M9. Powtarzanie wirowania przy aspiracji. Następnie ponownie zawieś C.elegans w czterech mililitrach M9 i dodaj dwa mililitry roztworu podchlorynu.Teraz natychmiast wiruj robaki przez trzy minuty, z okresowym, energicznym potrząsaniem. Następnie, pod mikroskopem preparacyjnym, poszukaj chmury jaj. Jeśli chmura nie jest widoczna, wiruj robaki przez dodatkowe 10 do 20 sekund.Następnie szybko umyj jajka M9, dwa razy, tak jak poprzednio. I ponownie zawieś umyte jajka w trzech mililitrach M9. Następnie przenieś jaja do nowej, 15-mililitrowej probówki i inkubuj probówkę w temperaturze 20 stopni Celsjusza z delikatnym obracaniem i pozwól zarodkom wykluć się przez noc. Następnego dnia określ gęstość przygotowanego roztworu L1, obliczając średnią liczbę L1 na mikrolitr w trzech kroplach po 10 mikrolitrów.Załaduj przygotowane talerze z nasionami bakterii po 50 zwierząt L1 każda. Umieść płytki w inkubatorze Celsuis o temperaturze 20 stopni, aż zarodki rozwiną się do stadium L4. Normalny rozwój od L1 do L4 trwa około 40 godzin.Następnie, aby zapobiec produkcji potomstwa, dodaj 160 mikrolitrów 50x FUdR do każdej płytki. Następnie usuń samce, ponieważ długość życia jest zwykle mierzona tylko za pomocą hermafrodytów. Po zakończeniu przepakuj płytki do inkubatora o temperaturze 20 stopni Celsjusza.Dopóki wszystkie robaki nie umrą, codziennie oceniaj ich żywotność. W tym celu delikatnie dotknij każdego nieruchomego nicienia na głowie platynowym drutem lub rzęsą. Zwierzęta niereagujące są martwe i muszą zostać usunięte z płytki.Zwróć uwagę na wszelkie anomalie podczas tej rutyny. Zestaw replik i tradycyjne metody oznaczania długości życia C.elegans dają podobne wyniki w przypadku zwierząt N2 typu dzikiego. Na przykład knockdown mml-1 lub mxl-2 oparty na karmieniu RNAi znacznie skrócił normalną długość życia.Mierzono to zarówno za pomocą tradycyjnego testu żywotności, jak i testu zestawu replik. Można również wykryć wydłużoną żywotność. Obserwowane tutaj RNAi dla mdl-1 lub mxl-1 znacznie wydłużyło żywotność C.Elegans, gdy mierzono je za pomocą dowolnej metodologii.Korzystając z metody zestawu replik, możliwe jest jednoczesne ilościowe określenie zmian w długości życia w ponad 100 warunkach, co nie byłoby rozsądne przy bardziej tradycyjnym podejściu. Na przykład badanie przesiewowe RNAi oparte na karmieniu całego genomu zidentyfikowało 159 genów niezbędnych do wydłużenia życia wynikającego ze zmniejszenia sygnalizacji insulinopodobnej daf-2. Związek między sygnalizacją insulinopodobną a tymi genami został dodatkowo opisany poprzez pomiar zdrowia zwierząt.O zdrowiu świadczyło miotanie się c. Elegans po zawieszeniu w roztworze. Po obejrzeniu tego filmu powinieneś dobrze zrozumieć, jak używać RNAi opartego na karmieniu do pomiaru długości życia C.Elegans.Ale RNAi jest wszechstronny i może być stosowany do wielu różnych fenotypów. Po opanowaniu, metoda zestawu replik pozwala na ocenę żywotności ponad 100 klonów RNAi każdego dnia, jeśli zostanie wykonana prawidłowo. Punkty we wczesnym i późnym czasie można szybko zdobyć.Wszystkie zwierzęta w studni będą albo żywe i poruszające się, albo martwe. Ocenianie trwa najdłużej, gdy zwierzęta zaczynają umierać. Mając to na uwadze, należy rozłożyć w czasie przeprowadzanie niezależnych badań.

the-replica-set-method-high-throughput-approach-to-quantitatively

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetyka

W niniejszym artykule przedstawiamy ogólny protokół pomiaru długości życia nicieni utrzymywanych na pożywkach stałych z bakteriami zneutralizowanymi za pomocą promieniowania UV.

Pomiar długości życia Caenorhabditis elegans na podłożach stałych

W niniejszym protokole przedstawiamy metodę pomiaru długości życia Caenorhabditis elegans w 96-dołkowych płytkach mikrotitracyjnych.

Pomiar długości życia Caenorhabditis elegans w 96-dołkowych płytkach mikrotitracyjnych

Ten film opisuje tradycyjną, opartą na płytkach metodę pomiaru długości życia C. elegans. Przykładowy protokół mierzy długość życia robaków poddanych działaniu RNAi.

Analiza długości życia: pomiar długowieczności C. elegans

Tutaj prezentujemy ramy do powiązania szeroko pojętych ograniczeń dietetycznych z ekspresją genów i długością życia. Opisujemy protokoły dotyczące szeroko zakrojonych ograniczeń dietetycznych i ilościowego obrazowania ekspresji genów w ramach tego paradygmatu. Następnie przedstawiamy analizy obliczeniowe, aby ujawnić podstawowe cechy przetwarzania informacji w obwodach genetycznych zaangażowanych w wykrywanie żywności.

Kwantyfikacja informacji kodowanych przez poziomy ekspresji genów podczas modulacji długości życia w warunkach szerokiego zakresu ograniczeń dietetycznych u C. elegans

Tutaj opisujemy prosty protokół szybkiego wytwarzania setek pożywek hodowlanych dla nicieni, 96-dołkowych płytek hodowlanych ze stałą liczbą Caenorhhabditis elegans na studzienkę. Kultury te są przydatne do fenotypowych badań przesiewowych całych organizmów. Skupiamy się tutaj na wykorzystaniu tych kultur do badań przesiewowych substancji chemicznych pod kątem efektów sprzyjających długowieczności.

Prosta metoda wysokoprzepustowych badań przesiewowych w kierunku Caenorhabditis elegans

Spadek proteostazy jest cechą charakterystyczną starzenia się, ułatwiając wystąpienie chorób neurodegeneracyjnych. Przedstawiamy protokół do ilościowego pomiaru proteostazy w dwóch różnych tkankach Caenorhabditis elegans poprzez heterologiczną ekspresję powtórzeń poliglutaminy połączonych z fluorescencyjnym reporterem. Model ten umożliwia szybką analizę genetyczną proteostazy in vivo.

Kwantyfikacja swoistego dla tkanki spadku proteostazy u Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans służy jako doskonały system modelowy z solidnymi i tanimi metodami badania zdrowia, długości życia i odporności na stres.

Badanie tanich metod pomiaru długości życia i długości zdrowia u Caenorhabditis elegans

Platforma obrazowania "The Lifespan Machine" automatyzuje obserwację dużych populacji przez całe życie. Pokazujemy kroki wymagane do wykonania testów długości życia, odporności na stres, patogenezy i behawioralnego starzenia się. Jakość i zakres danych pozwalają naukowcom badać interwencje w procesie starzenia się pomimo obecności zmienności biologicznej i środowiskowej.

Wysokoprzepustowe testy behawioralnego starzenia się i długości życia przy użyciu maszyny Lifespan Machine

W protokole tym opisano test do ilościowego określenia szybkości karmienia Caenorhabditis elegans w oparciu o pomiar klirensu bakterii w płynnej kulturze.

Kwantyfikacja spożycia pokarmu w Caenorhabditis elegans poprzez pomiar klirensu bakteryjnego

Opisana jest wysokoprzepustowa, zautomatyzowana metodologia produkcji i przetwarzania protoplastów tytoniu. Zrobotyzowany system umożliwia masowo równoległą ekspresję i odkrywanie genów w modelowym systemie BY-2, które powinno być możliwe do przełożenia na uprawy niemodelowe.

Zrobotyzowana platforma do wysokowydajnej izolacji i transformacji protoplastów

Poznaj metodę zestawu replik do ilościowego pomiaru długości życia i zdrowia Caenorhabditis elegans. To wysokoprzepustowe podejście umożliwia badanie genetycznych zależności wpływających na starzenie.

Metoda zestawu replik: wysokoprzepustowe podejście do ilościowego pomiaru długości życia Caenorhabditis elegans

Przeglądaj więcej filmów