Name: Zapalenie jelita grubego (Caenorhabditis) Sito: niezaawansowany technologicznie instrument i metodologia sortowania małych organizmów wielokomórkowych (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-07-04T15:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 39 s
Description: Poznaj metodę sortowania Caenorhabditis elegans według wielkości ciała przy użyciu niestandardowego sita. Technika ta umożliwia szybkie i ekonomiczne przygotowanie dużych populacji do badań biologii molekularnej.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Autorzy chcieliby podziękować Heather Currey za jej początkowy wkład w projekt badania, oraz dr Swarupowi Mitrze za krytyczną recenzję manuskryptu. Chcielibyśmy również podziękować dr Michaelowi B. Harrisowi za komentarze, udoskonalenia i pomoc w przygotowaniu demonstracji tej metodologii. Szczepy zostały dostarczone przez Caenorhabditis Genetics Center, które jest finansowane przez Biuro Programów Infrastruktury Badawczej NIH (P40 OD010440). Badania opisane w tej publikacji były wspierane przez Narodowy Instytut Ogólnych Nauk Medycznych Narodowych Instytutów Zdrowia w ramach numerów nagród UL1GM118991, TL4GM118992 lub RL5GM118990 oraz przez Nagrodę Rozwoju Instytucjonalnego (IDeA) przyznaną przez Narodowy Instytut Ogólnych Nauk Medycznych Narodowych Instytutów Zdrowia w ramach grantu o numerze 5P20GM103395-15. Wyłączną odpowiedzialność za treść ponoszą autorzy i nie muszą one reprezentować oficjalnych poglądów National Institutes of Health. UA jest pracodawcą i instytucją edukacyjną AA/EO i zakazuje nielegalnej dyskryminacji jakiejkolwiek osoby: www.alaska.edu/titleIXcompliance/nondiscrimination.

1. Budowa i zastosowanie sita Caenorhabditis
<ol>
	<li>Protokół budowy
	<ol>
		<li>Zdobądź 2 pokrywki ze stożkowych probówek o pojemności 50 ml (<silna klasa="xfig">Rysunek 1A).</li>
		<li>Usuń środkowy obszar wewnątrz wewnętrznej krawędzi pokryw (patrząc od dołu, <silna klasa="xfig">Rysunek 1B) za pomocą palnika Bunsena i gorącej metalowej sondy lub lutownicy lub wiertła stopniowego. 
		UWAGA: Używanie ciepła do cięcia plastikowej pokrywy jest lepsze niż ostrze, ponieważ istnieje mniejsze ryzyko obrażeń.</li>
		<li>Oczyść i przeszlifuj przycięte krawędzie i przykryj powierzchnię zakrzywionym pilnikiem lub obrotowym narzędziem szlifierskim (np. Dremel). Zobacz Rysunek 1C.</li>
		<li>Przytnij okrąg siatki monofilamentowej do odpowiedniej średnicy (<silna klasa="xfig">Rysunek 1D). W tym celu narysuj pokrywkę na arkuszu nylonowej siatki z monofilamentu i przetnij tuż wewnątrz narysowanej linii.</li>
		<li>Wytnij rowki/nacięcia na górnej powierzchni pokrywek, aby zwiększyć przyczepność dwóch pokrywek, gdy klej jest nakładany na plastik (<silna klasa = "xfig">Rysunek 1E).</li>
		<li>Wyczyść pokrywki etanolem i pozostaw do wyschnięcia.</li>
		<li>Nałóż klej cyjanoakrylowy na górną powierzchnię obu pokryw, trzymając się zewnętrznej krawędzi. 
		UWAGA: Odrobina kleju to długa droga.</li>
		<li>Ułóż siatkę monofilamentową, zgodnie z tabelą 1, na jednej klejonej pokrywie (<silna klasa="xfig">Rysunek 1F). Umieść drugą pokrywkę odwróconą na wierzchu siatki; Obie pokrywki muszą mieć wierzchołki razem. Dociśnij mocno do siebie (<silna klasa="xfig">Rysunek 1G). Upewnij się, że siatka jest napięta. 
		UWAGA: Ze względów bezpieczeństwa użyj pęsety, aby umieścić siatkę na pokrywkach.</li>
		<li>Po wyschnięciu początkowej warstwy kleju nałóż pierścień kleju cyjanoakrylowego wokół zewnętrznej szczeliny między pokrywkami. Bądź hojny, ponieważ zwiększa to integralność i zapobiega łuszczeniu się lub wyciekom.</li>
		<li>Oznacz filtr rozmiarem oczek siatki monofilamentowej. 
		UWAGA: Tutaj używamy dwóch rozmiarów porów siatki - 20 μm i 50 μm.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Użyj protokołu
	<ol>
		<li>Wstępnie zwilż sito.
		<ol>
			<li>Odpipetować roztwór soli fizjologicznej, taki jak M9 [5 g NaCl, 6 g Na2HPO4, 3 g KH2PO4, 1 l ultraczystegoH2Oi 1 mlMgSO4 (1 M)]17, przez środek sita, aż utworzy się kropla, skondensuje się i kapie ze środka dna filtra (<silna klasa = "xfig">Rysunek 2A). Opcjonalnie nałóż niestrzępiącą się chusteczkę (np. Kimwipe) na spód, aby ukształtować lub rozprowadzić kroplę wilgoci na siatce.</li>
			<li>Umieść sito na stożkowej probówce o pojemności 50 ml. Oznacz rurkę jako "Rura odpływowa" (<silna klasa="xfig">Rysunek 2B).</li>
		</ol>
		</li>
		<li>Zmyj populację C. elegans z płytki agarowej.
		<ol>
			<li>Umyj płytkę buforem M9 i umieść pożywkę zawierającą robaki na górnej stronie siatki monofilamentowej po 1 ml na raz (<silna klasa = "xfig" >Rysunek 2C). Upewnij się, że działasz na środku siatki. Umyj wszystkie robaki z talerza. 
			UWAGA: Zazwyczaj wystarczają 3 ml M9 na płytkę 60 mm.</li>
			<li>Aby zminimalizować liczbę robaków traconych podczas pipetowania, użyj szklanej pipety Pasteura, aby przesunąć robaki z płytki na środek siatki (powtórz w razie potrzeby).</li>
			<li>Przepłucz filtr buforem M9 od góry. Ponownie upewnij się, że działasz na środku siatki i spłucz wszystkie robaki w tym obszarze. Umyj tyle razy, ile to konieczne, aby upewnić się, że wszystkie bakterie i mniejsze robaki przeszły przez siatkę.</li>
		</ol>
		</li>
		<li>Zbierz z sita zwierzęta o dopasowanej wielkości.
		<ol>
			<li>Przymocuj nową stożkową probówkę o pojemności 50 ml do górnej części sita, tak aby dorosłe robaki z kroku 1.2.2.3 były skierowane do wnętrza nowej probówki zbiorczej (<silna klasa = "xfig">Rysunek 2D).</li>
			<li>Wyjmij pierwszą rurkę (rurkę odpływową) i szybko przewróć sito i nową rurkę, aby zapobiec migracji kropli (<silna klasa="xfig">Rysunek 2E). 
			UWAGA: Jeśli sterylność nie jest wymagana, użyj niestrzępiącej się chusteczki (np. Kimwipe), aby usunąć płyn z dolnej części siatki przed odwróceniem.</li>
			<li>Opłucz siatkę za pomocą M9 do nowej probówki o pojemności 50 ml z nowej górnej strony (<silna klasa="xfig">Rysunek 2F). Ponownie działaj w środku siatki i utrzymuj kroplę na spodniej stronie siatki.</li>
			<li>Pozwól robakom się uspokoić lub delikatnie je zawiruj (np. <16 x g) przez około 1 minutę (<silna klasa="xfig">Rysunek 2G).</li>
			<li>Odessać roztwór buforowy z osadu robaków, najlepiej do >0,5 ml, lub usunąć jak najwięcej płynu, nie naruszając osadu.</li>
			<li>Odpipetować robaki szklaną pipetą Pasteura na płytkę NGM i pozostawić do wyschnięcia. Rozmieść wiele kropel na nowej płytce, aby szybciej wyschły (<silna klasa="xfig">Rysunek 2H).</li>
		</ol>
		</li>
		<li>Wyczyść sito.
		<ol>
			<li>Delikatnie i dokładnie wypłucz sito etanolem i wodą z odwróconej osmozy. Pozostaw do wyschnięcia.</li>
			<li>Przechowuj go w czystym pojemniku do użytku na czas nieokreślony w przyszłości.</li>
			<li>Wyrzuć go, gdy siatka zacznie wyglądać jak "zwisa".</li>
		</ol>
		</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
2. Walidacja metody sortowania sitowego Caenorhabditis 
<ol>
	<li>Ogólne utrzymanie
	<ol>
		<li>Dla wszystkich eksperymentów, hodowla robaków na standardowym pożywce do wzrostu nicieni17 (1 l NGM składa się z 2,5 g peptonu, 17 g agaru, 3 g NaCl, 975 ml podwójnie destylowanej wody, 1 ml 5 mg/ml cholesterolu, 1 ml 1 M CaCl2, 1 ml 1 M MgSO4, 25 ml 1 M KHPO4 i 0,5 ml 100 mg/ml streptomycyny) w temperaturze 25 °C.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Eksperymentalne podawanie leczenia
	<ol>
		<li>Porównaj trzy grupy leczenia: pick, fluorodeoksyurydyna (FUDR) i sito Caenorhabditis.
		<ol>
			<li>W przypadku grupy leczonej FUDR dodać 100 mg/ml FUDR do pożywki NGM do końcowego stężenia 100 μM, aby zapobiec produkcji potomstwa, i przenosić robaki co drugi dzień na świeżą płytkę NGM, aby uniknąć wyczerpania pokarmu.</li>
			<li>W przypadku grupy wyboru wybierz i przenieś robaki ręcznie za pomocą platynowej pętli.</li>
			<li>W przypadku grupy leczonej sitem Caenorhabditis należy postępować zgodnie z krokiem 1.2 i pipetować robaki na płytkę NGM.</li>
		</ol>
		</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Caenorhabditis Procentowa wydajność sita
	<ol>
		<li>Aby określić ilościowo, jak skuteczne jest sito w sortowaniu C. elegans, należy hodować zwierzęta N2 synchroniczne pod względem wieku do 1. dnia dorosłości w temperaturze 25 °C (tj. 48 godzin po złożeniu jaj), a następnie przenieść je poprzez zebranie na świeże płytki NGM (łącznie N = 50 lub N = 100 zwierząt na grupę poddawaną działaniu substancji).</li>
		<li>Po 24 godzinach od wyzdrowienia przenieść populację na nowe płytki NGM z sitem Caenorhabditis zgodnie z powyższym protokołem (patrz krok 1.2) i policzyć liczbę pomyślnie przeniesionych zwierząt.</li>
		<li>Oblicza się procentowy plon jako stosunek liczby przenoszonych zwierząt do liczby wyjściowej na początku transferu pomnożony przez 100 (%).</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Testy zdrowotności 
	UWAGA: Oceń parametry zdrowotności klasy ruchliwości, szybkość pompy gardłowej oraz zarówno przednią, jak i tylną reakcję delikatnego dotyku w 2, 4, 6 i 8 dniu dorosłości dla zwierząt N2 zsynchronizowanych z wiekiem utrzymywanych w temperaturze 25 °C.
	<ol>
		<li>Śledzenie ruchliwości
		<ol>
			<li>Przypisz wyniki motoryki w oparciu o system oparty na klasach (klasy A, B i C) zgodnie z metodami Herndona i wsp.18. Porównaj efekty trzech grup eksperymentalnych, korzystając z porządkowego modelu statystyki logistycznej w oprogramowaniu do analizy statystycznej. 
			UWAGA: Osoby klasy A poruszają się spontanicznie w normalnym, sinusoidalnym wzorcu. Osoby klasy B poruszają się w wyraźnie niesinusoidalnych ruchach i mogą wymagać szturchania, aby zachęcić do ruchu. Osobniki klasy C poruszają głową i/lub ogonem w odpowiedzi na szturchanie, ale nie są w stanie poruszać się po agarze.</li>
		</ol>
		</li>
		<li>Szybkość pompy gardłowej
		<ol>
			<li>Policz ruch młynka końcowej opuszki gardłowej zwierzęcia wizualnie pod mikroskopem stereoskopowym przy 600-krotnym powiększeniu końcowym przez 1 minutę.</li>
			<li>Przeprowadź analizę statystyczną z jednoczynnikową ANOVA z α = 0,05 i testami końcowymi Bonferroni z α = 0,05.</li>
		</ol>
		</li>
		<li>Reakcja na dotyk
		<ol>
			<li>Nagraj delikatną reakcję na dotyk i porównaj trzy grupy leczenia. Wykonaj testy w oparciu o metody opisane przez Calixto i wsp.19.</li>
			<li>Rejestruj reakcję na dotyk w przedniej i tylnej części ciała, delikatnie głaszcząc szpikulcem do rzęs prostopadle po ogonie lub głowie (5 razy każdy, naprzemiennie głowa i ogon) zwierząt.</li>
			<li>Oceń każdy ruch w kierunku przeciwnym do skoku jako 1 punkt w skali od 0 do 5 zarówno dla odpowiedzi przedniej, jak i tylnej.</li>
			<li>Przeprowadź analizę statystyczną za pomocą jednoczynnikowej ANOVA z α = 0,05 i testów końcowych Bonferroni z α = 0,05.</li>
		</ol>
		</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Test płodności
	<ol>
		<li>Aby określić wpływ sita Caenorhabditis na rozrodczość, należy hodować zwierzęta N2 synchroniczne z wiekiem do 2 dnia dorosłości w temperaturze 25 °C.</li>
		<li>Po 60 godzinach od złożenia jaj przenieś zwierzęta na nowe płytki NGM za pomocą platynowego kilofa lub sita Caenorhabditis i daj im 4 godziny na dojście do siebie (suszyć przesiane płytki przez 20–30 minut).</li>
		<li>Po wyzdrowieniu należy pojedynczo przyłożyć zwierzęta za pomocą szpikulca do rzęs do płytek NGM, dać im 24 godziny na złożenie jaj i usunąć zwierzęta. Pozwolić potomstwu na każdej szalce rozwinąć się w normalnych warunkach w temperaturze 25 °C przez kolejne 24 godziny 
		UWAGA: Szpikulec do rzęs to ludzka rzęsa przymocowana do końca pipety Pasteura lakierem do paznokci i wysterylizowana etanolem.</li>
		<li>Policz liczbę zdolnych do życia osobników z pokolenia F1. Wykonaj analizę statystyczną przy użyciu testu T, w którym α = 0,05, 
		Uwaga: Za żywotne potomstwo uważa się jaja, które pomyślnie się wykluwają i rozpoczynają swój rozwój w regularnych cyklach larwalnych.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Fluorescencyjne testy reporterowej odpowiedzi na stres
	<ol>
		<li>Wykonaj trzy powszechnie stosowane fluorescencyjne testy reporterowe w celu wykrycia potencjalnych markerów stresu: translokacji DAF-16::GFP do jąder komórek w szczepie [TJ356- zIs356 (pDAF-16::D AF-16-GFP; rol-6)]<klasa sup="odnośnik">20; wyrażenie hsp-16.2 [TJ375- gpIs1 (hsp-16.2p::GFP)]21; oraz wyrażenie sod-3 [CF1553-muIs84([pAD76]sod-3p::GFP+rol-6[su1006])]22.</li>
		<li>Dla każdego testu należy wyhodować zwierzęta synchroniczne pod względem wieku z trzech grup poddanych działaniu substancji w temperaturze 20 °C i zbadać je w 3. dniu dorosłości: stosować kontrolę ujemną (codziennie ręcznie przenieść grupę zwierząt za pomocą platynowego kilofa), kontrolę pozytywną (codziennie należy ręcznie przenieść grupę zwierząt za pomocą platynowego kilofa plus ustalonego czynnika stresogennego), oraz sito Caenorhabditis (przepuść zwierzęta przez sito i pozwól im dojść do siebie przez 30 minut na NGM tuż przed obrazowaniem).</li>
		<li>W teście DAF-16::GFP należy przeprowadzić szok cieplny u zwierząt kontrolnych w temperaturze 37 °C przez 30 minut przed obrazowaniem20. W przypadku testu hsp-16.2 należy przeprowadzić szok termiczny u zwierząt z kontrolą pozytywną przez 90 minut, 20 godzin przed obrazowaniem21. W przypadku testu sod-3 należy traktować zwierzęta kontrolne dodatnie parakwatem 100 mM przez 4 godziny przed obrazowaniem22.</li>
		<li>Robaki należy natychmiast zebrać za pomocą szpikulca do rzęs i przymocować je do szkiełka nakrywkowego z 1 μl 36% roztworu środka powierzchniowo czynnego poloxamer 407 w celu unieruchomienia robaków.</li>
		<li>Umieść zamontowane robaki na kanapie z kolejnym szkiełkiem nakrywkowym. Zamontuj dwa szkiełka nakrywkowe na standardowym szkiełku mikroskopowym i zobrazuj robaki przy użyciu 8-krotnego powiększenia na odwróconym mikroskopie fluorescencyjnym (dla całkowitego powiększenia 80x) i stałej ekspozycji z filtrem FITC.</li>
		<li>Aby wykryć jakiekolwiek różnice między trzema grupami w teście DAF-16::GFP, skategoryzuj zwierzęta na podstawie lokalizacji reportera DAF-16::GFP (jądrowy, jeśli reporter translokował się do jąder, cytozolowy, jeśli reporter znajdował się w cytozolu, i pośredni, jeśli reporter znajdował się zarówno w jądrze, jak i cytozolu).</li>
		<li>Porównaj wyniki przy użyciu porządkowego modelu statystycznego logistyki w oprogramowaniu do analizy statystycznej. W przypadku testów ekspresji hsp-16.2 i sod-3 należy użyć jednoczynnikowej ANOVA z α = 0,05 i testów post hoc Tukeya z α = 0,05, aby porównać całkowitą fluorescencję obszaru głowy.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>

<ol><li>C elegans Sequencing Consortium. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+sequence+of+the+nematode+C.+elegans%3A+a+platform+for+investigating+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology.</a> Science. 282 (5396), 2012-2018 (1998).</li>
<li>Herman, M. A. <a target="_blank" href="http://www.wormbook.org/chapters/www_hermcellfate/hermcellfate.html">Hermaphrodite cell-fate specification.</a> WormBook. , 1-16 (2006).</li>
<li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maintenance+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , 1-11 (2006).</li>
<li>Chalfie, M., Hart, A. C., Rankin, C. H., Goodman, M. B. <a target="_blank" href="http://www.wormbook.org/chapters/www_amchnosensation/amchnosensation.html">Assaying mechanosensation.</a> WormBook. , (2014).</li>
<li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deletion+of+the+Mitochondrial+Superoxide+Dismutase+sod-2+Extends+Lifespan+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genetics%22%5BJournal%5D)">Deletion of the Mitochondrial Superoxide Dismutase sod-2 Extends Lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> PLoS Genetics. 5 (2), e1000361(2009).</li>
<li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FUdR+causes+a+twofold+increase+in+the+lifespan+of+the+mitochondrial+mutant+gas-1%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+Ageing+Development%22%5BJournal%5D)">FUdR causes a twofold increase in the lifespan of the mitochondrial mutant gas-1.</a> Mechanisms of Ageing Development. 132 (10), 519-521 (2011).</li>
<li>Gandhi, S., Santelli, J., Mitchell, D. H., Stiles, J. W., Sanadi, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+for+maintaining+large%2C+aging+populations+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+Ageing+Development%22%5BJournal%5D)">A simple method for maintaining large, aging populations of Caenorhabditis elegans.</a> Mechanisms of Ageing Development. 12 (2), 137-150 (1980).</li>
<li>Aitlhadj, L., Stürzenbaum, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+FUdR+can+cause+prolonged+longevity+in+mutant+nematodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+Ageing+and+Development%22%5BJournal%5D)">The use of FUdR can cause prolonged longevity in mutant nematodes.</a> Mechanisms of Ageing and Development. 131 (5), 364-365 (2010).</li>
<li>Davies, S. K., Leroi, A. M., Bundy, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorodeoxyuridine+affects+the+identification+of+metabolic+responses+to+daf-2+status+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+Ageing+Development%22%5BJournal%5D)">Fluorodeoxyuridine affects the identification of metabolic responses to daf-2 status in Caenorhabditis elegans.</a> Mechanisms of Ageing Development. 133 (1), 46-49 (2012).</li>
<li>Feldman, N., Kosolapov, L., Ben-Zvi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorodeoxyuridine+improves+Caenorhabditis+elegans+proteostasis+independent+of+reproduction+onset%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Fluorodeoxyuridine improves Caenorhabditis elegans proteostasis independent of reproduction onset.</a> PLoS One. 9 (1), e85964(2014).</li>
<li>Pulak, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Techniques+for+analysis%2C+sorting%2C+and+dispensing+of+C.+elegans+on+the+COPAS+flow-sorting+system%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Techniques for analysis, sorting, and dispensing of C. elegans on the COPAS flow-sorting system.</a> Methods Molecular Biology. 351, 275-286 (2006).</li>
<li>Argon, Y., Ward, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+fertilization-defective+mutants+with+abnormal+sperm%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans fertilization-defective mutants with abnormal sperm.</a> Genetics. 96 (2), 413-433 (1980).</li>
<li>Lee, S. J., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+the+longevity+response+to+temperature+by+thermosensory+neurons+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Regulation of the longevity response to temperature by thermosensory neurons in Caenorhabditis elegans.</a> Current Biology. 19 (9), 715-722 (2009).</li>
<li>Klass, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aging+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+major+biological+and+environmental+factors+influencing+life+span%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+Ageing+Development%22%5BJournal%5D)">Aging in the nematode Caenorhabditis elegans: major biological and environmental factors influencing life span.</a> Mechanisms of Ageing Development. 6 (6), 413-429 (1977).</li>
<li>Zhang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+Temperature+Differentially+Modulates+C.+elegans+Longevity+through+a+Thermosensitive+TRP+Channel%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Environmental Temperature Differentially Modulates C. elegans Longevity through a Thermosensitive TRP Channel.</a> Cell Reports. 11 (9), 1414-1424 (2015).</li>
<li>Michaelson, L. C. <a target="_blank" href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1046/j.1365-2540.2000.0745d.x">C. elegans: A Practical Approach. Ian A. Hope (ed.). Oxford University Press, Oxford. 1999. Pp. 281. ISBN 0 19 963738 5.</a> Heredity. 85 (1), 97-100 (2000).</li>
<li>Brenner, S. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/4366476">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li>
<li>Herndon, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stochastic+and+genetic+factors+influence+tissue-specific+decline+in+ageing+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Stochastic and genetic factors influence tissue-specific decline in ageing C. elegans.</a> Nature. 419 (6909), 808-814 (2002).</li>
<li>Calixto, A., Chelur, D., Topalidou, I., Chen, X., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+neuronal+RNAi+in+C.+elegans+using+SID-1%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Enhanced neuronal RNAi in C. elegans using SID-1.</a> Nature Methods. 7 (7), 554-559 (2010).</li>
<li>Henderson, S. T., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((daf-16+integrates+developmental+and+environmental+inputs+to+mediate+aging+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">daf-16 integrates developmental and environmental inputs to mediate aging in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Current Biology. 11 (24), 1975-1980 (2001).</li>
<li>Rea, S. L., Wu, D., Cypser, J. R., Vaupel, J. W., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+stress-sensitive+reporter+predicts+longevity+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Genetics%22%5BJournal%5D)">A stress-sensitive reporter predicts longevity in isogenic populations of Caenorhabditis elegans.</a> Nature Genetics. 37 (8), 894-898 (2005).</li>
<li>Libina, N., Berman, J. R., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue-specific+activities+of+C.+elegans+DAF-16+in+the+regulation+of+lifespan%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Tissue-specific activities of C. elegans DAF-16 in the regulation of lifespan.</a> Cell. 115 (4), 489-502 (2003).</li>
<li>Keith, S. A., Amrit, F. R., Ratnappan, R., Ghazi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+C.+elegans+healthspan+and+stress-resistance+assay+toolkit%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">The C. elegans healthspan and stress-resistance assay toolkit.</a> Methods. 68 (3), 476-486 (2014).</li>
<li>Scerbak, C., Vayndorf, E. M., Hernandez, A., McGill, C., Taylor, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanosensory+neuron+aging%3A+Differential+trajectories+with+lifespan-extending+alaskan+berry+and+fungal+treatments+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Aging+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Mechanosensory neuron aging: Differential trajectories with lifespan-extending alaskan berry and fungal treatments in Caenorhabditis elegans.</a> Frontiers in Aging Neuroscience. 8, 173(2016).</li>
<li>Vayndorf, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morphological+remodeling+of+C.+elegans+neurons+during+aging+is+modified+by+compromised+protein+homeostasis%5BTitle%5D)+AND+%22npj+Aging+and+Mechanisms+of+Disease%22%5BJournal%5D)">Morphological remodeling of C. elegans neurons during aging is modified by compromised protein homeostasis.</a> npj Aging and Mechanisms of Disease. 2, 16001(2016).</li>
<li>Murakami, S., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genetic+pathway+conferring+life+extension+and+resistance+to+UV+stress+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">A genetic pathway conferring life extension and resistance to UV stress in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 143 (3), 1207-1218 (1996).</li>
<li>Abbas, S., Wink, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Green+Tea+Extract+Induces+the+Resistance+of+Caenorhabditis+elegans+against+Oxidative+Stress%5BTitle%5D)+AND+%22Antioxidants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Green Tea Extract Induces the Resistance of Caenorhabditis elegans against Oxidative Stress.</a> Antioxidants (Basel). 3 (1), 129-143 (2014).</li>
<li>Yanase, S., Hartman, P. S., Ito, A., Ishii, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+stress+pretreatment+increases+the+X-radiation+resistance+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Mutation+Research%22%5BJournal%5D)">Oxidative stress pretreatment increases the X-radiation resistance of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Mutation Research. 426 (1), 31-39 (1999).</li>
<li>Chung, K., Crane, M. M., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+on-chip+rapid+microscopy%2C+phenotyping+and+sorting+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Automated on-chip rapid microscopy, phenotyping and sorting of C. elegans.</a> Nature Methods. 5 (7), 637-643 (2008).</li>
</ol>

Autorzy nie mają nic do ujawnienia. Autorzy deklarują, że badanie zostało przeprowadzone przy braku jakichkolwiek powiązań handlowych lub finansowych, które mogłyby być interpretowane jako potencjalny konflikt interesów.

W tym artykule przedstawiliśmy projekt i zastosowanie dostępnego, skutecznego sita Caenorhabditis jako narzędzia do sortowania i konserwacji C. elegans. To narzędzie ma kilka zalet w porównaniu z ręcznym wybieraniem pojedynczych zwierząt, myciem populacji, zabiegami chemicznymi (np. FUDR) i droższymi metodami segregacji zwierząt. Po pierwsze, sito Caenorhabditis skutecznie i szybko (mniej niż 20 minut) sortuje potomstwo z dużych mieszanych populacji zwierząt (tabela 2)...

Nicienie, Caenorhabditis elegans, jest głównym organizmem modelowym. Oprócz prostego i kontrolowanego charakteru ich hodowli w laboratorium, cały ich genom jest sekwencjonowany1 i znany jest los rozwojowy każdej komórki2. Ze względu na te cechy C. elegans jest szeroko stosowanym organizmem modelowym do badań genetycznych. Jednak wraz z tymi korzystnymi cechami pojawiają się pewne wyzwania dla badaczy. Ze względu na szybki czas pokoleniowania, populacjom C. elegans może szybko zabraknąć pożywienia i/lub stać się populacjami mieszanymi z wieloma pokoleniami i etapami rozwojowymi obecnymi jednocześnie. W związku z tym eksperymenty przeprowadzane na stałych pożywkach wzrostowych nicieni (NGM) wymagają od naukowców fizycznego przeniesienia zwierząt na świeże talerze, zanim źródło pożywienia bakterii wyczerpie się i rozwiną się nowe larwy. Może to być uciążliwe, ponieważ wymagane jest częste przenoszenie zwierząt, aby zapobiec mieszaniu się populacji doświadczalnych z pokoleniami potomstwa. Mimo to niektóre eksperymenty wymagają zarówno dużej liczby zwierząt, jak i wydłużonych punktów czasowych (np. ekstrakcja DNA lub RNA w wieku dorosłym). Potęguje to wyzwania związane z dokładnym utrzymaniem zsynchronizowanej populacji i przenoszeniem dużej liczby zwierząt.
Obecne metody przenoszenia C. elegans hodowanych na NGM to zbieranie lub mycie zwierząt z talerza na talerz; chemiczne traktowanie zwierząt (np. za pomocą inhibitora replikacji DNA fluorodeoksyurydyny lub FUDR); lub używanie cytometrii przepływowej do sortowania zwierząt na płytkach wielodołkowych. Zbieranie polega na użyciu narzędzia ręcznego, wykonanego z cienkiego drutu platynowego lub rzęsy, do ręcznego przenoszenia pojedynczych lub wielu zwierząt3,4. Ta metoda jest dokładna, ale wymaga zarówno umiejętności, jak i czasu i stanowi ograniczenie w przypadku badań z udziałem dużej liczby zwierząt. Zbieranie może być również fizycznie szkodliwe i stresujące dla zwierząt, potencjalnie narażając osobniki na nienaturalne i niespójne ilości zakłóceń i siły. Mycie polega na przepłukaniu naczynia hodowlanego roztworem buforowym i przeniesieniu roztworu ze zwierzętami za pomocą szklanej pipety Pasteura na nową płytkę hodowlaną. Ta metoda jest szybka i skuteczna, ale nie jest dokładna, ponieważ wiele pokoleń i etapów rozwoju zwierząt jest przenoszonych masowo. Zabiegi chemiczne, takie jak FUDR, mogą być rozpuszczone w pożywce hodowlanej, aby zapobiec produkcji potomstwa poprzez blokowanie replikacji DNA, a tym samym produkcji gamet i rozwoju jaj. Chociaż metoda ta jest skuteczna, musi być stosowana po osiągnięciu dojrzałości rozwojowej, aby nie zakłócać normalnych procesów rozwojowych, a to oznacza, że nadal istnieje wymóg przeniesienia zwierząt przed jej podaniem3. Metoda ta wpływa również na wiele komórkowych szlaków sygnałowych, powodując zauważalne efekty dla zwierząt w miarę starzenia się (np. wydłużenie życia lub zmienioną proteostazę) w zależności od użytego szczepu C. elegans5,6,7,8,9,10. Metody cytometrii przepływowej automatycznie sortują i przenoszą poszczególne C. elegans z jednej płytki wielodołkowej na inną11. Chociaż metoda ta jest bardzo skuteczna i wydajna, sprzęt do cytometrii przepływowej jest zbyt drogi i niedostępny dla wielu badaczy. Alternatywą dla przenoszenia zwierząt jest użycie zmutowanych modeli, które są wrażliwe na temperaturę, takich jak fer-15 i fem-1, które stają się sterylne po dostosowaniu temperatury12. Chociaż używanie zmutowanych zwierząt jest przydatne w niektórych sytuacjach, te specyficzne szczepy rosną wolniej niż zwierzęta typu dzikiego i opierają się na zmienionym genomie, służąc jako słabi przedstawiciele starzejących się lub zdrowych robaków. Ponadto, poleganie na zmianie temperatury w celu wywołania sterylności skutkuje również brakiem statycznego środowiska, a zmiany temperatury łatwo wykazano, że wpływają na ekspresję genów13,14,15. Grupy badawcze wcześniej opublikowały techniki opisujące użycie siatki do filtrowania C. elegans według rozmiaru16. Nie udało nam się jednak znaleźć wcześniejszych testów roboczych pod kątem jakichkolwiek zmian w ogólnych wynikach zdrowotnych, które mogą być związane ze stosowaniem takich filtrów.
W związku z tym społeczność badawcza C. elegans potrzebuje niedrogiej, wydajnej, szybkiej i dokładnej metody przenoszenia dużej liczby zwierząt między płytkami hodowlanymi. Opracowaliśmy ulepszony, łatwo dostępny sprzęt (nazwany sito Caenorhabditis) oraz powiązany protokół jego produkcji i działania, który spełnia potrzeby społeczności badawczej C. elegans. W niniejszym artykule przedstawiamy projekt sita Caenorhabditis i metody jego stosowania oraz wykazujemy, że jego stosowanie nie wpływa na powszechne wskaźniki zdrowia ani na żadne markery stresu w porównaniu ze standardowym ręcznym zbieraniem i leczeniem powszechnie stosowaną, ograniczającą płodność substancją chemiczną FUDR.

<table><tbody><tr><td>Okulary ochronne</td><td>Uline</td><td>S-21076</td><td></td></tr><tr><td>Rękawica ochronna żaroodporna</td><td>Grainger</td><td>Pozycja # 3AT17 Mfr. Model # 3AT17 Strona katalogu # 1703</td><td></td></tr><tr><td>Rurka stożkowa 50 ml</td><td>Falcon</td><td>14-432-22</td><td></td></tr><tr><td>Siatka z nylonu syntetycznego</td><td>Dynamic Aqua-Supply Ltd</td><td>NTX20 i NTX50</td><td></td></tr><tr><td>Klej cyjanoakrylowy</td><td>Scotch Super Glue Liquid</td><td>SAD114</td><td></td></tr><tr><td>Szczypce</td><td>Vampliers</td><td>VMPVT-001-8</td><td></td></tr><tr><td>Narzędzie Dremmel z okrągłym pilnikiem</td><td>Lowe's</td><td>Item # 525945 Model # 100-LG</td><td></td></tr><tr><td>FUDR</td><td>Sigma</td><td>F0503</td><td></td></tr><tr><td>M9 chemikalia (NaCl, Na2HPO4, KH2PO4, MgSO4)&nbsp;</td><td>Sigma&nbsp;</td><td>S7653, RES20908-A7, 1551139, M7506 Chemikalia płytkowe M7506</td><td></td></tr><tr><td>NGM (baktopepton, agar, KH2PO4, K2HPO4, CaCl2, cholesterol, streptomycyna)</td><td>BD Biosciences (baktopepton), Lab express (agar), Sigma (reszta)</td><td>BD bioscience 211677, Lab Express 1001,&nbsp; Sigma 1551139, 1551128, C1016, C8667, S6501</td><td></td></tr><tr><td>Pluronic F-127</td><td>Sigma</td><td>P2443</td><td></td></tr><tr><td>Hydrat dichlorku parakwatu</td><td>Sigma</td><td>36541</td><td></td></tr><tr><td>Mikroskop fluorescencyjny odwrócony</td><td>Olympus</td><td>FSX100</td><td></td></tr></tbody></table>

zapalenie jelita grubego (caenorhabditis) sito: niezaawansowany technologicznie instrument i metodologia sortowania małych organizmów wielokomórkowych

Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms

Caenorhabditis elegans (C. elegans) to dobrze znany organizm modelowy wykorzystywany w wielu badaniach podstawowych i biomedycznych. W społeczności badawczej zajmującej się nicieniami istnieje zapotrzebowanie na niedrogi i skuteczny sposób na utrzymanie dużych, dopasowanych wiekowo populacji C. elegans. W tym miejscu przedstawiamy metodykę mechanicznego sortowania i czyszczenia C. elegans. Naszym celem jest zapewnienie opłacalnego, wydajnego, szybkiego i prostego procesu pozyskiwania zwierząt o jednakowych rozmiarach i etapach życia do wykorzystania w eksperymentach. To narzędzie, sito Caenorhabditis Sieve, wykorzystuje niestandardowy system pokryw, który nawkręca się na zwykłe stożkowe probówki laboratoryjne i sortuje C. elegans na podstawie wielkości ciała. Wykazaliśmy również, że sito Caenorhabditis skutecznie przenosi zwierzęta z jednej płytki hodowlanej na drugą, umożliwiając szybkie sortowanie, synchronizację i czyszczenie bez wpływu na markery zdrowia, w tym ruchliwość i reportery genów indukowane stresem. To dostępne i innowacyjne narzędzie jest szybką, wydajną i bezstresową opcją utrzymania populacji C. elegans.

Sito do Caenorhabditis składa się z 2 nakrętek mocujących obszar tkanej siatki z monofilamentu nylonowego o oczkach mniejszych niż średnica ciała organizmów na pożądanym etapie rozwoju; służy ono do wyodrębniania żywych populacji organizmów za pomocą prostej techniki przemywania. Sito mocuje się do standardowych probówek stożkowych, a zastosowany ekran siatkowy pozwala na mechaniczne sortowanie zwierząt według średnicy ciała, dzięki czemu pożądane osobniki pozostają w probówce, g...

Obecny protokół zawiera metodologię sortowania i czyszczenia populacji Caenorhabditis elegans w zależności od wieku.Wykorzystuje proste, niedrogie i wydajne narzędzie wykonane na zamówienie w celu uzyskania dużej eksperymentalnej populacji nicieni do badań.

Zapalenie jelita grubego (Caenorhabditis) Sito: niezaawansowany technologicznie instrument i metodologia sortowania małych organizmów wielokomórkowych

Caenorhabditis elegans (C. elegans) is a well-established model organism used across a range of basic and biomedical research. Within the nematode ...

Metoda ta może pomóc odpowiedzieć na kluczowe pytania w biologii molekularnej, obejmujące testy, które wymagają określonych etapów rozwojowych C. elegans. Podobnie jak testy poziomów ekspresji genów i białek. Zaletą tej techniki jest to, że pozwala na dokładną i wydajną selekcję dużej liczby C. elegans według wielkości ciała, co ułatwia stosowanie testów, które normalnie byłyby zbyt czasochłonne i kosztowne.Ogólnie rzecz biorąc, osoby, które są nowe w tej metodzie, będą miały trudności, ponieważ nie mogą wykonać kroku obrotu łukowego lub nie utrzymują przepływu roztworu w środku siatki. Wizualna demonstracja tej metody ma kluczowe znaczenie, ponieważ kroki mycia i odwracania są trudne do nauczenia. Niektórzy mogą mieć problemy z interpretacją i wizualizacją określonych ruchów w tekście.Na początek zaopatrz się w dwie stożkowe probówki o pojemności 50 ml z pokrywkami, a następnie użyj wiertła stopniowego, aby usunąć środek z wewnętrznej krawędzi pokrywek. W razie potrzeby użyj pilnika, papieru ściernego lub narzędzia obrotowego, aby wyczyścić i przeszlifować krawędzie i wierzchołki pokrywek. Następnie wytnij krążek z nylonowej siatki tkanej z monofilamentu, nieco mniejszy niż średnica pokrywy.Teksturuj górne powierzchnie pokrywek i wyczyść je etanolem. Po pozostawieniu pokrywek do wyschnięcia, nałóż klej cyjanoakrylowy na górne powierzchnie obu pokrywek. Następnie połóż krążek z siatki monofilamentowej na jednej przyklejonej pokrywie.Odwróć drugą pokrywkę na wierzchu siatki i mocno dociśnij pokrywki do siebie. Po wyschnięciu pierwszej warstwy kleju nałóż obfity pierścień kleju cyjanoakrylowego wokół zewnętrznej szczeliny między pokrywkami. Następnie oznacz filtr odpowiednim rozmiarem porów siatki.Najpierw umieść sitko na oznaczonej stożkowej probówce o pojemności 50 ml. Następnie pipetować roztwór soli fizjologicznej przez środek sita, aż utworzy się kropla, która połączy się i zacznie kapać ze środka filtra. Używając bufora M9, zmyj populację C.elegans z płytki ślimaka, a następnie użyj szklanej pipety Pasteura, aby przenieść bufor zawierający robaki na górną stronę siatki monofilamentowej.Działając w środku siatki, przepłucz filtr buforem M9, powtórz ten krok płukania w razie potrzeby, aby wszystkie bakterie i mniejsze robaki przeszły przez siatkę. Następnie przymocuj nową stożkową rurkę o pojemności 50 ml do górnej części sita, wcześniej zebrane robaki większe niż pory w siatce będą skierowane do wnętrza nowej probówki. Wyjmij rurkę odpływową i szybko odwróć sitko.Następnie przepłukać siatkę za pomocą buforu M9 do nowej probówki zbiorczej. Pozwól zebranym robakom osiąść przez około minutę, a następnie ostrożnie odessać roztwór buforowy od osadu robaków. Za pomocą szklanej pipety Pasteura utwórz kropelki robaków na płytce NGM i pozwól im wyschnąć.Na koniec przepłucz sito wodą z odwróconej osmozy i etanolem. Po wyschnięciu sita przechowuj je w czystym pojemniku do wykorzystania w przyszłości. Wyrzuć sitko, gdy zacznie wyglądać na obwisłe.W tym protokole skonstruowano sito do sortowania i czyszczenia populacji C.elegans dopasowanych do wieku. Zwierzęta w grupie poddanej działaniu sita wykazywały normalny i spontaniczny wzorzec ruchowy przez całe dorosłe życie. Ponadto grupy kilofów i sit nie wykazały istotnych różnic w szybkości pompowania gardła.Zwierzęta w grupie sitowej również reagowały normalnie na bodziec mechaniczny ze strony przedniej lub tylnej w porównaniu ze wszystkimi grupami badanymi w którymkolwiek z dni testów. Na koniec porównano płodność badanych grup; Zastosowanie sita nie wpłynęło istotnie na liczbę potomstwa w porównaniu z grupą badaną przez Pick. Po opanowaniu tej techniki można ją wykonać w mniej niż dziesięć minut.Próbując wykonać tę procedurę, należy pamiętać, aby działać w środku obszaru siatki. Po obejrzeniu tego filmu powinieneś dobrze zrozumieć, jak złożyć i prawidłowo używać sita Caenorhabditis do sortowania robaków według wielkości ciała.

caenorhabditis-sieve-low-tech-instrument-methodology-for-sorting

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Biologia rozwojowa

Ten film opisuje metodę dysocjacji całych robaków do jednokomórkowej zawiesiny odpowiedniej dla FACS lub immunoprecypitacji nienaruszonych komórek.

Dysocjacja pojedynczych komórek Caenorhabditis elegans: metoda izolowania żywych komórek

Źródło: Morgan, E. i in. Selektywne oczyszczanie dzikich nicieni Caenorhabditis w celu wzbogacenia bakterii mikrobiomu jelitowego. J. Vis. Exp. (2021)Ten film pokazuje protokół izolowania interesujących bakterii jelitowych od dzikich robaków Caenorhabditis . Robaki są najpierw głodzone i myte, aby wyeliminować pozostałości bakterii żerujących z ich powierzchni i światła jelit, jednocześnie zachowując docelowe mikroorganizmy. Po oczyszczeniu powierzchni i kilku etapach pełzania robaki są...

Selektywne oczyszczanie robaków wywołanych chorobą piersiową w celu wzbogacenia mikrobioty jelitowej

Sorter robaków ułatwia badania genetyczne u Caenorhabditis elegans, sortując robaki według ekspresji fluorescencyjnych reporterów. W tym miejscu opisujemy nowe zastosowanie: sortowanie według kolonizacji przez patogen wykazujący ekspresję GFP i wykorzystujemy je do zbadania słabo poznanej roli rozpoznawania patogenu w inicjowaniu odpowiedzi immunologicznej.

Automatyczna separacja C. elegans skolonizowanych przez patogen bakteryjny

Tutaj prezentujemy nicienia Caenorhabditis elegans jako wszechstronny model gospodarza do badania interakcji mikrobiologicznych.

Nicienie Caenorhabditis elegans - wszechstronny model in vivo do badania interakcji gospodarz-mikroorganizm

Dzikie nicienie Caenorhabditis są związane z wieloma drobnoustrojami, często w świetle jelit lub infekującymi jelita. Protokół ten szczegółowo opisuje metodę wzbogacania niekulturowych drobnoustrojów kolonizujących jelito, wykorzystując odporność naskórka dauer.

Selektywne czyszczenie dzikich nicieni Caenorhabditis w celu wzbogacenia o bakterie mikrobiomu jelitowego

Ten protokół przedstawia metodę efektywnego wydobywania żywych nicieni z naturalnych substratów w terenie.

Szybka izolacja dzikich nicieni za pomocą lejka Baermanna

Ten protokół może być używany do przeprowadzania badań ekologicznych na dużą skalę nicieni Caenorhabditis. Podstawową zaletą tej metody jest sprawna organizacja i analiza danych ekologicznych i molekularnych związanych z nicieniami zebranymi z natury.

Wysoce skalowalne podejście do przeprowadzania badań ekologicznych nicieni Caenorhabditis

Ten protokół opisuje 96-dołkowe zakłócenie pojedynczych bakteriologicznie skolonizowanych Caenorhabditis elegans po zimnym paraliżu i bieleniu powierzchni w celu usunięcia zewnętrznych bakterii. Otrzymaną zawiesinę umieszcza się na płytkach agarowych, aby umożliwić dokładne, średnioprzepustowe określenie ilościowe obciążenia bakteryjnego w dużej liczbie pojedynczych robaków.

Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności w interakcjach Caenorhabditis elegans z bakteriami

Caenorhabditis elegans służy jako doskonały system modelowy z solidnymi i tanimi metodami badania zdrowia, długości życia i odporności na stres.

Badanie tanich metod pomiaru długości życia i długości zdrowia u Caenorhabditis elegans

Obecny protokół opisuje procedurę ręcznego izolowania jelit od dorosłych nicieni Caenorhabditis elegans w celu wprowadzenia ich do genomiki, proteomiki, mikrobiomu lub innych testów.

Ręczna sekcja jelit Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans jest jednym z głównych gatunków modelowych w biologii, jednak prawie wszystkie badania są prowadzone pod nieobecność naturalnie związanych z nim mikrobów. Opisane tutaj metody pomogą lepiej zrozumieć różnorodność powiązanych mikroorganizmów jako podstawę przyszłych badań funkcjonalnych nad C. elegans.

Izolacja i charakterystyka naturalnej mikrobioty nicienia modelowego Caenorhabditis elegans

Poznaj metodę sortowania Caenorhabditis elegans według wielkości ciała przy użyciu niestandardowego sita. Technika ta umożliwia szybkie i ekonomiczne przygotowanie dużych populacji do badań biologii molekularnej.

Zapalenie jelita grubego (Caenorhabditis) Sito: niezaawansowany technologicznie instrument i metodologia sortowania małych organizmów wielokomórkowych (Wideo) | JoVE Journal

Zapalenie jelita grubego (Caenorhabditis) Sito: niezaawansowany technologicznie instrument i metodologia sortowania małych organizmów wielokomórkowych

Przeglądaj więcej filmów