Name: Sekwencjonowanie półprzewodników do preimplantacyjnych badań genetycznych w kierunku aneuploidii (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-08-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 s
Description: Poznaj metodę sekwencjonowania półprzewodnikowego do preimplantacyjnych badań genetycznych w kierunku aneuploidii. Technika ta oferuje krótki czas realizacji, niskie koszty i wysoką przepustowość w badaniach embriologicznych.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

To badanie było wspierane przez General Research Fund (Ref No. 14162417) z Hong Kongu, National Natural Science Foundation of China (Ref No. 81860272), Major Research Plan of the Provincial Science and Technology Foundation of Guangxi (Ref No. AB16380219) oraz grant Chińskiej Fundacji Nauk Podoktoranckich (nr ref. 2018M630993) z Chin.

<ol><li>Balaban, B., Urman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+oocyte+morphology+on+embryo+development+and+implantation%5BTitle%5D)+AND+%22Reproductive+BioMedicine+Online%22%5BJournal%5D)">Effect of oocyte morphology on embryo development and implantation.</a> Reproductive BioMedicine Online. 12 (5), 608-615 (2006).</li>
<li>Capalbo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correlation+between+standard+blastocyst+morphology%2C+euploidy+and+implantation%3A+An+observational+study+in+two+centers+involving+956+screened+blastocysts%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Correlation between standard blastocyst morphology, euploidy and implantation: An observational study in two centers involving 956 screened blastocysts.</a> Human Reproduction. 29 (6), 1173-1181 (2014).</li>
<li>Magli, M. C., Gianaroli, L., Ferraretti, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromosomal+abnormalities+in+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Endocrinology%22%5BJournal%5D)">Chromosomal abnormalities in embryos.</a> Molecular and Cellular Endocrinology. 183, 29-34 (2001).</li>
<li>Trussler, J. L., Pickering, S. J., Ogilvie, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigation+of+chromosomal+imbalance+in+human+embryos+using+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Reproductive+BioMedicine+Online%22%5BJournal%5D)">Investigation of chromosomal imbalance in human embryos using comparative genomic hybridization.</a> Reproductive BioMedicine Online. 8 (6), 701-711 (2004).</li>
<li>Fragouli, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytogenetic+analysis+of+human+blastocysts+with+the+use+of+FISH%2C+CGH+and+aCGH%3A+Scientific+data+and+technical+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Cytogenetic analysis of human blastocysts with the use of FISH, CGH and aCGH: Scientific data and technical evaluation.</a> Human Reproduction. 26 (2), 480-490 (2011).</li>
<li>Calhaz-Jorge, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assisted+reproductive+technology+in+Europe%2C+2013%3A+Results+generated+from+European+registers+by+ESHRE%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Assisted reproductive technology in Europe, 2013: Results generated from European registers by ESHRE.</a> Human Reproduction. 32 (10), 1957-1973 (2017).</li>
<li>Dyer, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((International+committee+for+monitoring+assisted+reproductive+technologies+world+report%3A+Assisted+reproductive+technology+2008%2C+2009+and+2010%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">International committee for monitoring assisted reproductive technologies world report: Assisted reproductive technology 2008, 2009 and 2010.</a> Human Reproduction. 31 (7), 1588-1609 (2008).</li>
<li>Dahdouh, E. M., Balayla, J., García-Velasco, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+chromosome+screening+improves+embryo+selection%3A+A+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Comprehensive chromosome screening improves embryo selection: A meta-analysis.</a> Fertility and Sterility. 104 (6), 1503-1512 (2015).</li>
<li>Chen, M., Wei, S., Hu, J., Quan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+Comprehensive+Chromosome+Screening+Technology+Improve+IVF%2FICSI+Outcomes%3F+A+Meta-Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Can Comprehensive Chromosome Screening Technology Improve IVF/ICSI Outcomes? A Meta-Analysis.</a> PloS One. 10 (10), e0140779(2015).</li>
<li>Northrop, L. E., Treff, N. R., Levy, B., Scott, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+microarray-based+24+chromosome+aneuploidy+screening+demonstrates+that+cleavage-stage+FISH+poorly+predicts+aneuploidy+in+embryos+that+develop+to+morphologically+normal+blastocysts%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">SNP microarray-based 24 chromosome aneuploidy screening demonstrates that cleavage-stage FISH poorly predicts aneuploidy in embryos that develop to morphologically normal blastocysts.</a> Molecular Human Reproduction. 16 (8), 590-600 (2010).</li>
<li>Barbash-Hazan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preimplantation+aneuploid+embryos+undergo+self-correction+in+correlation+with+their+developmental+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Preimplantation aneuploid embryos undergo self-correction in correlation with their developmental potential.</a> Fertility and Sterility. 92 (3), 890-896 (2009).</li>
<li>Fragouli, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+cytogenetic+analysis+of+the+human+blastocyst+stage%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Comprehensive cytogenetic analysis of the human blastocyst stage.</a> Fertility and Sterility. 90 (11), S36(2008).</li>
<li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+validation+of+a+next-generation+sequencing-based+protocol+for+24-chromosome+aneuploidy+screening+of+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Development and validation of a next-generation sequencing-based protocol for 24-chromosome aneuploidy screening of embryos.</a> Fertility and Sterility. 101 (5), 1375-1382 (2014).</li>
<li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+next-generation+sequencing+technology+for+comprehensive+aneuploidy+screening+of+blastocysts+in+clinical+preimplantation+genetic+screening+cycles%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Application of next-generation sequencing technology for comprehensive aneuploidy screening of blastocysts in clinical preimplantation genetic screening cycles.</a> Human Reproduction. 29 (12), 2802-2813 (2014).</li>
<li>Wells, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+utilisation+of+a+rapid+low-pass+whole+genome+sequencing+technique+for+the+diagnosis+of+aneuploidy+in+human+embryos+prior+to+implantation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Medical+Genetics%22%5BJournal%5D)">Clinical utilisation of a rapid low-pass whole genome sequencing technique for the diagnosis of aneuploidy in human embryos prior to implantation.</a> Journal of Medical Genetics. 51 (8), 553-562 (2014).</li>
<li>Quail, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+tale+of+three+next+generation+sequencingplatforms%3A+comparison+of+Ion+Torrent%2C+PacificBiosciences+and+Illumina+MiSeq+sequencers%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">A tale of three next generation sequencingplatforms: comparison of Ion Torrent, PacificBiosciences and Illumina MiSeq sequencers.</a> BMC Genomics. 13 (1), 1-13 (2012).</li>
<li>Goodwin, S., McPherson, J. D., McCombie, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coming+of+age%3A+ten+years+of+next-generation+sequencing+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies.</a> Nature Reviews Genetics. 17 (6), 333-351 (2016).</li>
<li>Bono, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+a+semiconductor+next-generation+sequencing-based+protocol+for+preimplantation+genetic+diagnosis+of+reciprocal+translocations%5BTitle%5D)+AND+%22Prenatal+Diagnosis%22%5BJournal%5D)">Validation of a semiconductor next-generation sequencing-based protocol for preimplantation genetic diagnosis of reciprocal translocations.</a> Prenatal Diagnosis. 35 (10), 938-944 (2015).</li>
<li>Harton, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ESHRE+PGD+Consortium%2FEmbryology+Special+Interest+Groupbest+practice+guidelines+for+polar+body+and+embryo+biopsy+for+preimplantation+genetic+diagnosis%2Fscreening+%28PGD%2FPGS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">ESHRE PGD Consortium/Embryology Special Interest Groupbest practice guidelines for polar body and embryo biopsy for preimplantation genetic diagnosis/screening (PGD/PGS).</a> Human Reproduction. 26 (1), 41-46 (2011).</li>
<li>Liu, W. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+performance+of+MALBAC+and+MDA+methods+in+the+identification+of+concurrent+mutations+and+aneuploidy+screening+to+diagnose+beta-thalassaemia+disorders+at+the+single-+and+multiple-cell+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Laboratory+Analysis%22%5BJournal%5D)">The performance of MALBAC and MDA methods in the identification of concurrent mutations and aneuploidy screening to diagnose beta-thalassaemia disorders at the single- and multiple-cell levels.</a> Journal of Clinical Laboratory Analysis. 32 (2), 1-8 (2018).</li>
<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+comparison+of+the+performance+of+four+whole+genome+amplification+kits+on+ion+proton+platform+in+copy+number+variation+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Bioscience+Reports%22%5BJournal%5D)">The comparison of the performance of four whole genome amplification kits on ion proton platform in copy number variation detection.</a> Bioscience Reports. 37 (4), BSR20170252(2017).</li>
<li>Munné, S., Grifo, J., Wells, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mosaicism%3A+%E2%80%9Csurvival+of+the+fittest%E2%80%9D+versus+%E2%80%9Cno+embryo+left+behind%E2%80%9D%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Mosaicism: “survival of the fittest” versus “no embryo left behind”.</a> Fertility and Sterility. 105 (5), 1146-1149 (2016).</li>
<li>Del Carmen Nogales, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Type+of+chromosome+abnormality+affects+embryo+morphology+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Type of chromosome abnormality affects embryo morphology dynamics.</a> Fertility and Sterility. 107 (1), 229-235 (2017).</li>
<li>Harton, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ESHRE+PGD+consortium+best+practice+guidelines+for+amplification-based+PGD%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">ESHRE PGD consortium best practice guidelines for amplification-based PGD.</a> Human Reproduction. 26 (1), 33-40 (2011).</li>
<li>Deleye, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shallow+whole+genome+sequencing+is+well+suited+for+the+detection+of+chromosomal+aberrations+in+human+blastocysts%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Shallow whole genome sequencing is well suited for the detection of chromosomal aberrations in human blastocysts.</a> Fertility and Sterility. 104 (5), 1276-1285 (2015).</li>
<li>Bielanska, M., Tan, S. L., Ao, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromosomal+mosaicism+throughout+human+preimplantation+development+in+vitro%3A+incidence%2C+type%2C+and+relevance+to+embryo+outcome%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Chromosomal mosaicism throughout human preimplantation development in vitro: incidence, type, and relevance to embryo outcome.</a> Human Reproduction. 17 (2), Oxford, England. 413-419 (2002).</li>
<li>Treff, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+targeted+next-generation+sequencing-based+preimplantation+genetic+diagnosis+of+monogenic+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Evaluation of targeted next-generation sequencing-based preimplantation genetic diagnosis of monogenic disease.</a> Fertility and Sterility. 99 (5), 1377-1384 (2013).</li>
</ol>

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

W odróżnieniu od innych chemii sekwencjonowania, opisany tutaj sekwencer wykorzystuje półprzewodnik do wykrywania nukleotydów. Sam chip jest urządzeniem elektronicznym, które wykrywa jony wodoru poprzez inkorporację zasady17 sterowanej polimerazą, co umożliwia czas sekwencjonowania programu Proton w ciągu 2-4 godzin. Poza tym chip jest chipem mikrodołkowym, który umożliwia lokalizację jednej cząsteczki docelowej, co różni się od chemii sekwencjonowania komórek przepływowych przez innych dostawców ...

Wybór dobrej jakości żywotnych embrionów z normalną liczbą kopii chromosomów (euploid) do transferu w procesie wspomaganego rozrodu pomaga poprawić wyniki ciąży. Tradycyjnie, dobrze ugruntowany system klasyfikacji morfologicznej jest szeroko stosowany do oceny zarodków ze względu na jego łatwą dostępność i nieinwazyjny charakter. Wykazano jednak, że ocena morfologiczna może dostarczyć jedynie ograniczonych informacji na temat jakości zarodka1 i potencjału implantacyjnego2. Jednym z podstawowych powodów jest jego niezdolność do oceny składu chromosomalnego zarodków.
Aneuploidia chromosomowa (nieprawidłowa liczba kopii chromosomów) jest jedną z głównych przyczyn prowadzących do zahamowania rozwoju embrionalnego, niepowodzenia implantacji lub utraty ciąży. Występowanie aneuploidii zostało dobrze udokumentowane w ludzkich zarodkach, stanowiąc 60%−70% w zarodkach w fazie rozszczepienia3,4 i 50%−60% w blastocystach5. To, w pewnym stopniu, przyczyniło się do wąskiego gardła w poprawie wskaźnika ciąż w leczeniu zapłodnieniem in vitro (IVF), który utrzymuje się na poziomie około 35%−40%6,7. Dlatego uważa się, że wybór zarodków euploidalnych do transferu jest korzystny dla poprawy wyników ciąży. W tym celu opracowano preimplantacyjne testy genetyczne w kierunku aneuploidii (PGT-A) w celu zbadania żywotności zarodków przy użyciu metod genetycznych. Rośnie liczba randomizowanych badań kontrolowanych i badań kohortowych potwierdzających kluczową rolę PGT-A. Udowodniono, że zastosowanie PGT-A zmniejsza częstość poronień oraz zwiększa odsetek ciąż klinicznych i wskaźnik implantacji8, wskaźnik ciąż bieżących i wskaźnik żywych urodzeń9.
Historycznie rzecz biorąc, różne metody były stosowane w PGT-A, takie jak fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH), porównawcza hybrydyzacja genomowa (CGH), macierz-CGH i polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP)-mikromacierz. Wcześniejsze badania wykazały, że PGT-A dla zarodków w fazie rozszczepienia przez FISH daje wyniki, które są słabo zgodne z wynikami uzyskanymi przez kompleksowe badanie przesiewowe chromosomów (CCS) odpowiednich blastocyst przy użyciu 59273array-CGH lub SNP-microarray5927310. Rozbieżności te można przypisać mozaicyzmowi chromosomalnemu, artefaktom technicznym FISH lub embrionalnej autokorekcji błędów segregacji chromosomów podczas rozwoju11. Powszechnie uznano, że stosowanie biopsji trofektodermy blastocysty (TE) dla PGT-A opartych na macierzy, takich jak macierz-CGH lub mikromacierz SNP, jest skuteczne w identyfikacji nierównowagi chromosomalnej w zarodkach10,12. Ostatnio sekwencjonowanie pojedynczej komórki nowej generacji (NGS) zapewnia wysokowydajne i opłacalne podejście do analizy genetycznej i wykazało kliniczne zastosowanie w PGT-A13,14,15, co czyni go obiecującą alternatywą dla obecnie dostępnych metod.
Tutaj prezentujemy szybką, solidną i tanią metodę NGS opartą na sekwencjonowaniu półprzewodników do badań przesiewowych aneuploidii u ludzkich embrionów. Pierwszym etapem przepływu pracy jest amplifikacja całego genomu (WGA) próbki zarodka poddanej biopsji przy użyciu jednokomórkowego zestawu WGA, następnie budowa biblioteki sekwencjonowania, a następnie sekwencjonowanie w systemie sekwencjonowania półprzewodników.
Poprzez wykrywanie jonów H+, które są uwalniane z każdej inkorporacji trifosforanu deoksyrybonukleozydu podczas syntezy nici DNA, system przekazuje sygnały chemiczne (zmiana pH) przechwycone przez elementy półprzewodnikowe do bezpośrednich danych cyfrowych, które są dalej interpretowane jako informacje o sekwencji DNA. Eliminując konieczność kosztownej detekcji optycznej i złożonych reakcji sekwencjonowania, ta prosta chemia sekwencjonowania zmniejsza całkowity koszt odczynnika i skraca czas sekwencjonowania do 2−4 godzin16. Co ważniejsze, w oparciu o specyfikacje wydajności producenta, platforma sekwencjonowania półprzewodników może generować do 15 GB danych sekwencjonowania (w zależności od jakości biblioteki) na przebieg, co jest znacznie wyższe niż niektóre inne sekwencery produkujące tylko około 3−4 GB danych (przy długości odczytu 2 x 75 bp)17. W zastosowaniach klinicznych PGT-A platforma ta może osiągnąć 24 próbki na chip, generując do 80 milionów odczytów17 i co najmniej milion unikalnych odczytów każdej próbki. Głębokość odczytu może zapewnić, że każda próbka ma co najmniej 0,05 raza pokrycie całego genomu. Powyższe zalety tej platformy sprawiają, że jest to idealna metoda przesiewowa, a co za tym idzie, ułatwia jej szerokie zastosowanie w PGT-A18.

<table><tbody><tr><td>Probówki do PCR, 0,2 ml</td><td>Axygen</td><td>PCR-02D-C</td><td></td></tr><tr><td>UltraPure 0,5 M EDTA, pH 8,0</td><td>ThermoFisher</td><td>15575020</td><td></td></tr><tr><td>PBS, pH 7,4, Ca2+ i Mg2+</td><td>ThermoFisher</td><td>10010023</td><td></td></tr><tr><td>1,0 M roztwór NaOH (1,0N)</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>S2567</td><td>Do roztworu do stopienia. Probówki</td></tr><tr><td>Eppendorf LoBind klasy molekularnej, 1,5 ml</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-698-791</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw biblioteki fragmentów Ion Plus</td> System oczyszczania wody <td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>ELGA PURELAB Flex 3 lub Odpowiednik 18 M&Omega; system wodny</td><td>ThermoFisher</td><td>4474524</td><td></td></tr><tr><td>Ion Plus Zestaw biblioteki fragmentów</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>Bufor do amplifikacji PicoPLEX WGA</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA Amplifikacja enzymu</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>Płytka wzmacniająca</td><td></td><td></td> Ion <td>OneTouch W zestawie: Materiały eksploatacyjne Ion OneTouch 2 (nr części A26367). Rozszerzony element zestawu w arkuszu 5</td></tr><tr>Bufor <td></td><td></td><td></td>do<td>wyżarzania jonów PI</td></tr><tr><td>MyOne Beads Capture Solution Agilent</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>2100 Bioanalyzer Agilent 2100</td><td>Agilent</td><td>G2939AA</td><td></td></tr><tr><td>Ion OneTouch Breaking Solution (nasadka)</td><td></td><td></td><td>W zestawie: Ion PI Hi? Q OT2 Solutions 200 (nr części A26429). Rozszerzony element zestawu w arkuszu 5</td></tr><tr><td>Dynabeads MyOne Streptavidin C1</td><td>ThermoFisher</td><td>65001</td><td></td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA Bufor do ekstrakcji komórek</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-00.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA Enzym do ekstrakcji komórek</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>Zestaw chipów Ion PI v3</td><td>ThermoFisher</td><td>A26771</td><td></td></tr><tr><td>Mini chip jonowy, 230 V</td><td>ThermoFisher</td><td>4479673</td><td></td></tr><tr><td>Ion PI dATP</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Ion PI dCTP</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Ion PI dGTP</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw biblioteki fragmentów Ion Plus</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw biblioteki fragmentów Ion Plus</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>ThermoQ&ndash; Temperatura Sucha kąpiel</td><td>TAMAR</td><td>HB-T2-A</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext dsDNA Fragmentaza</td><td>New England Biolabs</td><td>M0348L</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext dsDNA Fragmentaza</td><td>New England Biolabs</td><td>M0348L</td><td></td></tr><tr><td>Ion PI dTTP</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Ion OneTouch 2 Instrument</td><td>ThermoFisher</td><td>INS1005527</td><td>ThermoFisher Numer katalogowy: 4474778.</td></tr><tr><td>Zestaw biblioteki fragmentów Ion Plus</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>Ion One Touch ES</td><td>ThermoFisher</td><td>8441-22</td><td>ThermoFisher Numer katalogowy: 4469495. Rozszerzony element zestawu w arkuszu 5</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>51976</td><td>Można go zastąpić absolutnym etanolem molekularnym dowolnej marki.</td></tr><tr><td>Bufor do rozcieńczania enzymów ekstrakcyjnych PicoPLEX WGA</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-01.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA Bufor do rozcieńczania enzymów ekstrakcyjnych</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-02.</td></tr><tr><td>Fluorometr Qubit 3.0</td><td>ThermoFisher</td><td>Q33216</td><td>Ten model został zastąpiony przez Fluorometr Qubit 4, numer katalogowy: Q33226.</td></tr><tr><td>Zestaw testowy Qubit ds DNA HS</td><td>ThermoFisher</td><td>M2002-02</td><td></td></tr><tr><td>Probówki do testów kubitowych</td><td>ThermoFisher</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>Roztwór spieniający Ion PI</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Indeks do kodów kreskowych bibliotek</td><td>BaseCare</td><td></td><td>jest to indeks przygotowany przez nas. Użytkownicy mogą kupić produkt komercyjny od ThermoFisher Ion Xpress Zestawy adapterów kodów kreskowych (Kat. Nr 4474517)</td></tr> <tr><td>Bufor ładujący Ion PI</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Solid(TM) Buffer Kit-1X Low TE Buffer</td><td>ThermoFisher</td><td>4389764</td><td></td></tr><tr><td>Agencour AMPure XP Kit</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63880</td><td></td></tr><tr><td>Magnes DynaMag-2 (stojak magnetyczny)</td><td>Bufor</td><td></td> PCR ThermoFisher 12321D <td></td></tr><tr><td>Ion PI Master Mix</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sorvall Legend Micro 17 Mikrowirówka</td><td>Micro 17</td><td>75002430</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw biblioteki fragmentów Ion Plus</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>Woda wolna od nukleaz</td><td>ThermoFisher</td><td>AM9922</td><td>Można go zastąpić inną marką.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA Woda wolna od nukleaz</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>Butelka</td><td></td><td></td> oleju Ion <td>OneTouch Ion PI Cześć? Q OT2 Solutions 200 (nr części A26429). Rozszerzony komponent zestawu w arkuszu 5</td></tr><tr><td>Zestaw biblioteki fragmentów jonów plus</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td>Rozszerzony składnik zestawu w arkuszu 3</td></tr><tr><td>dwuniciowy standard</td><td></td><td></td> DNA <td>Jest to opracowany przez nas wzorzec DNA do kalibracji kubitu przed kwantyfikacją biblioteki.</td></tr><tr><td>Bufor do preamplifikacji PicoPLEX WGA</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>Enzym do preamplifikacji PicoPLEX WGA</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>Można go zastąpić systemem amplifikacji DNA SurePlex, numer katalogowy: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>Biblioteka Amplification Primer Mix</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td>Rozszerzony składnik zestawu w arkuszu 3</td></tr><tr><td>Ion OneTouch Reaction Filter</td><td></td><td></td><td>Rozszerzony składnik zestawu w arkuszu 5</td></tr><tr><td>Recovery Router</td><td></td><td></td><td>Rozszerzony składnik zestawu w arkuszu 5</td></tr><tr><td>Probówki regeneracyjne</td><td>Rozszerzony składnik zestawu w arkuszu</td><td></td><td></td> 5</tr><tr><td>Ponowne zawieszenie ISP Rozwiązanie</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Jon Proton</td><td>ThermoFisher</td><td>DA8600</td><td>Ten model jest importowany przez Da An Gene Co., LTD. z Uniwersytetu Sun Yat-Sen z ThermoFisher i został certyfikowany przez Chińską Agencję ds. Żywności i Leków do zastosowań klinicznych. Numer katalogowy w ThermoFisher to 4476610.</td></tr><tr><td>Ion PI: Cześć? Q Sekwencjonowanie Polimeraza</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Jonowy PI Sekwencjonowanie</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Starter Serwer do sekwencjonowania</td><td>Lenovo</td><td>T260</td><td></td></tr><tr><td>Ion PI Sphere Particles</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Platinum PCR SuperMix High Fidelity</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>Nalgene 25mm Filtry strzykawkowe</td><td>ThermoFisher</td><td>724-2045</td><td>Wielkość porów: 0,45 μm. Specjalnie dla płynów wodnych.</td></tr><tr><td>Ion PI: Cześć? Q W2 Roztwór</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Ion PI 1X W3 Roztwór</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Ion OneTouch Wash Solution C1</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ion PGM Cześć? Q View Zestaw sekwencjonowania</td><td>ThermoFisher</td><td>A30044</td><td>Rozszerzony składnik zestawu w arkuszu 2</td></tr><tr><td>Zestaw biblioteki fragmentów Ion Plus</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td>Rozszerzony składnik zestawu w arkuszu 3</td></tr><tr><td>Zestaw sekwencjonowania Ion PI Hi-Q 200 (1 przebieg sekwencjonowania na inicjalizację)</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td>Rozszerzony składnik zestawu w arkuszu 4</td></tr><tr><td>Ion PI Cześć? Q OT2 200 Kit</td><td>ThermoFisher</td><td>A26434</td><td>Rozszerzony element zestawu w arkuszu 5</td></tr></tbody></table>

sekwencjonowanie półprzewodników do preimplantacyjnych badań genetycznych w kierunku aneuploidii

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

Aneuploidia chromosomalna, jedna z głównych przyczyn prowadzących do zahamowania rozwoju embrionalnego, niepowodzenia implantacji lub utraty ciąży, została dobrze udokumentowana w ludzkich embrionach. Preimplantacyjne badania genetyczne w kierunku aneuploidii (PGT-A) to badanie genetyczne, które znacznie poprawia wyniki reprodukcyjne poprzez wykrywanie nieprawidłowości chromosomalnych zarodków. Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) zapewnia wysokowydajne i opłacalne podejście do analizy genetycznej i wykazało kliniczne zastosowanie w PGT-A. W tym artykule przedstawiamy szybką i tanią metodę NGS opartą na sekwencjonowaniu półprzewodników do badań przesiewowych aneuploidii u zarodków. Pierwszym krokiem przepływu pracy jest amplifikacja całego genomu (WGA) próbki zarodka poddanej biopsji, następnie budowa biblioteki sekwencjonowania, a następnie sekwencjonowanie w systemie sekwencjonowania półprzewodnikowego. Ogólnie rzecz biorąc, w przypadku aplikacji PGT-A można załadować i zsekwencjonować 24 próbki na każdym chipie, generując 60-80 milionów odczytów przy średniej długości odczytu 150 par zasad. Metoda zapewnia wyrafinowany protokół do amplifikacji matrycy i wzbogacania biblioteki sekwencjonowania, dzięki czemu detekcja PGT-A jest odtwarzalna, wysokoprzepustowa, opłacalna i oszczędza czas. Czas pracy tego sekwenatora półprzewodnikowego wynosi tylko 2-4 godziny, co skraca czas od otrzymania próbek do wydania raportów do 5 dni. Wszystkie te zalety sprawiają, że test ten jest idealną metodą wykrywania aneuploidii chromosomowych z zarodków, a tym samym ułatwia jego szerokie zastosowanie w PGT-A.

W oparciu o ten zmodyfikowany protokół, platforma sekwencjonowania półprzewodnikowego została po raz pierwszy zastosowana w PGT-A. Przeprowadziliśmy testy na biopsjach zarówno z blastomerów w stadium podziału, jak i z embrionów w stadium blastocysty. Sugeruje się, aby pobrane komórki poddać WGA tak szybko, jak to możliwe, aby zapobiec degradacji DNA. Wcześniejsze badanie porównujące skuteczność różnych metod WGA wykazało, że opisana tutaj metoda charakteryzowała się najlepszą jednorodnośc...

Tutaj wprowadzamy metodę sekwencjonowania półprzewodników do preimplantacyjnych testów genetycznych na aneuploidię (PGT-A) z zaletami krótkiego czasu realizacji, niskich kosztów i wysokiej przepustowości.

Sekwencjonowanie półprzewodników do preimplantacyjnych badań genetycznych w kierunku aneuploidii

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

Protokół, który tutaj prezentujemy, to szybka i tania półprzewodnikowa, oparta na sekwencjonowaniu metoda badań przesiewowych aneuploidii u zarodków. Udoskonalony protokół do wykonywania amplifikacji szablonów oraz układ biblioteki sekwencjonowania sprawiają, że detekcja PGTA jest powtarzalna, wysoka przepustowość, opłacalna i oszczędza czas. Czas pracy tego sekwencera półprzewodnikowego wynosi tylko dwie do czterech godzin.Skrócenie czasu od otrzymania próbek do wydania raportów do pięciu dni. Ta metoda zapewnia sekwencjonowanie genomu w celu badania przesiewowego aneuploidii, zmienności liczby kopii i wywołań polimorfizmu pojedynczego nukleotydu. Ze względu na różną chemię sekwencjonowania, biblioteka przygotowana przez ten protokół nie może być sekwencjonowana bezpośrednio w innych systemach sekwencjonowania.Ale ten sam sekwencer, ale inne przygotowanie biblioteki, jest w stanie przeprowadzić nieinwazyjne badania prenatalne. Procedurę zademonstruje Xiangchun Guo, technik z naszego laboratorium. Aby rozpocząć sekwencjonowanie, należy zawirować każdą rozcieńczoną bibliotekę i krótko obrócić cztery razy na mini wirówce przez trzy sekundy za każdym razem.Następnie weź pięć mikrolitrów z każdej biblioteki, aby zebrać je w wolnej od jądra, jednopunktowej pięciomililitrowej probówce. Wiruj wymieszaną bibliotekę i krótko obracaj na mini wirówce przez trzy sekundy. Dodać 150 mikrolitrów roztworu do łamania do dwóch nowych probówek regeneracyjnych.Zainstaluj nowe rurki regeneracyjne, router do odzyskiwania i płytkę wzmacniającą. Wymieszaj, trzykrotnie odwracając butelkę z olejem. Upewnij się, że zarówno olej, jak i roztwór do odzyskiwania są wypełnione w co najmniej dwóch trzecich.Wirować bufor PCR master mix przez 30 sekund i krótko wirować na mini wirówce przez trzy sekundy. Wiruj cząstki kuli i wymieszaną bibliotekę przez jedną minutę i krótko obracaj na mini wirówce przez trzy sekundy. Następnie przygotuj mieszaninę ligacyjną o pojemności 2400 mikrolitrów, dodając 172 mikrolitry wody bez nukleaz, osiem mikrolitrów biblioteki mieszanej, 120 mikrolitrów mieszanki enzymatycznej i 100 mikrolitrów cząstek kuli do probówki zawierającej 2000 mikrolitrów buforu PCR z mieszanką główną.Ustawić pipetę na 800 mikrolitrów i załadować mieszaninę ligacyjną do filtra reakcyjnego przez port próbki. Odwróć butelkę z olejem trzy razy i za pomocą pipety P1000 dodaj 200 mikrolitrów oleju reakcyjnego do filtra reakcyjnego. Wybierz program Proton, a następnie wybierz przycisk wspomagany, aby upewnić się, że urządzenie zostało poprawnie skonfigurowane, postępując zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi na monitorze.Następnie kliknij przycisk Dalej, aby uruchomić program. Załaduj 100 mikrolitrów próbki produktu emulsyjnego PCR, 130 mikrolitrów przemytych kulek, 300 mikrolitrów roztworu płuczącego ES i 300 mikrolitrów roztworu topniejącego do paska z ośmioma probówkami. Umieść ośmiorurowy pasek na systemie wzbogacania.Zainstaluj końcówkę do pipety i nową rurkę o pojemności dwóch mililitrów w punkcie zerowym i uruchom program. Odwirować dwumililitrową probówkę w punkcie zerowym o temperaturze 15 500 razy G przez pięć minut. Odrzucić sklarowany osad i zachować dziesięć mikrolitrów produktu wzbogacającego.Dodaj 200 mikrolitrów wody wolnej od nukleaz do probówki i wymieszaj przez wirowanie. Ponownie odwirować dwumililitrową probówkę w punkcie zerowym. Odrzucić sklarowany osad i zachować 10 mikrolitrów produktu wzbogacającego.Dodaj 90 mikrolitrów wody wolnej od nukleaz do probówki i wymieszaj przez wirowanie. Aby przygotować szablon, odwiruj kontrolę pozytywną i krótko zakręć. Dodać pięć mikrolitrów kontroli pozytywnej do 100 mikrolitrów produktu wzbogacającego.Wirować i odwirowywać przy 15 500 razy G przez pięć minut. Odrzucić supernatant i zachować 10 mikrolitrów matrycy. Następnie dodaj 20 mikrolitrów startera sekwencjonującego i 15 mikrolitrów buforu do wyżarzania do probówki z matrycą.Zwiruj probówkę i krótko obracaj na mini wirówce przez trzy sekundy. Inkubować probówkę w termocyklerze z podgrzewaną pokrywką. Następnie dodaj 10 mikrolitrów bufora ładującego do probówki.Mieszać, pipetując w górę i w dół. Wymieszaj 55 mikrolitrów próbki, pipetując w górę iw dół, a następnie załaduj próbkę do dołka załadowczego chipa. Zachowaj zużytą końcówkę pipety i dwumililitrową probówkę do PCR w punkcie zerowym.Umieść chip na mini wirówce do chipów, gdy jakaś próbka dostanie się do chipa. Sprawdź pozycję i odwiruj chip przez 10 minut. Przygotuj 50% bufor do wyżarzania, dodając 500 mikrolitrów buforu do wyżarzania i 500 mikrolitrów wody wolnej od nukleaz do jednopunktowej pięciomililitrowej probówki.Przygotuj roztwór do płukania, dodając 500 mikrolitrów buforu do wyżarzania i 500 mikrolitrów 100%2-propanolu do jednopunktowej pięciomililitrowej probówki. Następnie przygotuj mieszaninę pieniącą, dodając 49 mikrolitrów 50% buforu do wyżarzania i jeden mikrolitr roztworu pianotwórczego do dwóch nowych jednopunktowych pięciomililitrowych probówek. Odpipetować powietrze do jednej z mieszanin pieniących i załadować 120 mikrolitrów pęcherzyków do studzienki załadowczej.Przenieś nadmiar wyrzuconej cieczy ze studzienki wyjściowej do studzienki załadowczej i odwiruj wiór przez 30 sekund na mini wirówce do wiórów. Powtórz proces dla drugiej mieszaniny pieniącej. Dodaj 55 mikrolitrów 50% buforu do dwumililitrowej probówki utrzymywanej w punkcie zerowym.Użyj zachowanej końcówki pipety, aby pipetować w górę i w dół. Załaduj wszystkie 55 mikrolitrów bufora do wyżarzania do studzienki załadowczej. Odwiruj wiór przez 30 sekund na wyznaczonej mini wirówce do chipów.Załaduj 100 mikrolitrów roztworu płuczącego do studzienki ładującej wióry i wyrzuć wyrzuconą ciecz ze studzienki wyjściowej. Powtórz ten krok ładowania raz. Załaduj 100 mikrolitrów 50% bufora wyżarzającego do studni ładującej wióry.Powtórz ten krok ładowania w sumie trzy razy. Dodaj 60 mikrolitrów 50% buforu do wyżarzania i sześć mikrolitrów enzymu sekwencjonującego do nowej jednopunktowej pięciomililitrowej probówki. Mieszać, pipetując w górę i w dół.Powoli pipetować 65 mikrolitrów tego zmieszanego roztworu do studni ładującej wióry, unikając pęcherzyków. Trzymaj chip z dala od światła i inkubuj w temperaturze pokojowej przez pięć minut. Na koniec, po inkubacji, natychmiast załaduj chip do sekwencera i kliknij Start The Sequencing Run na ekranie, aby rozpocząć sekwencjonowanie.Retrospektywna analiza statystyczna 186 zarodków w stadium rozszczepienia i 1135 zarodków w stadium blastocysty wykazała ponad 95% skuteczność WGA w obu typach próbek. Wskaźniki niepowodzeń kontroli jakości sekwencjonowania wynosiły 3,4% w grupie w stadium rozszczepienia i tylko 1,9% w grupie w stadium blastocysty. Oprócz aneuploidii, dane sekwencjonowania mogą być wykorzystane do innych analiz.Na przykład skopiuj wariacje liczbowe o rozmiarze mniejszym niż pięć megazasad lub analizę DNA mięśniowego, w zależności od głębokości i jakości sekwencjonowania. Dzięki poprawie w wywoływaniu numerów kopii, naukowcy mogą dalej badać przyszłość mozaicyzmu chromosomowego w ludzkich zarodkach we wczesnym stadium rozwoju.

semiconductor-sequencing-for-preimplantation-genetic-testing-for

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetyka

Niniejszy artykuł opisuje dobór odpowiednich sond do techniki single-cell FISH, metody preparowania jąder blastomerów, a także hybrydyzację in situ i ocenę sygnałów w kontekście diagnostyki przedimplantacyjnej (PGD) stosowanej w warunkach klinicznych.

FISH w diagnostyce preimplantacyjnej

Mutageneza z użyciem pirosiarczynu jest złotym standardem analizy metylacji DNA. Nasz zmodyfikowany protokół umożliwia analizę metylacji DNA na poziomie pojedynczych komórek i został zaprojektowany specjalnie dla poszczególnych oocytów. Może być on również stosowany w przypadku embrionów w stadium przedziałowym.

Mutageneza z użyciem pirosiarczynu w pojedynczych oocytach

Okołokomorowa heterotopia guzkowa (PNH) jest najczęstszą formą wady rozwojowej kory mózgowej (MCD) w wieku dorosłym, ale jej podłoże genetyczne pozostaje nieznane w większości sporadycznych przypadków. Niedawno opracowaliśmy strategię identyfikacji nowych genów kandydujących do MCD i bezpośredniego potwierdzenia ich przyczynowej roli in vivo.

Nowatorska strategia łącząca macierz CGH, sekwencjonowanie całego eksomu i elektroporację in utero u gryzoni w celu identyfikacji genów odpowiedzialnych za wady rozwojowe mózgu

Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) to potężne narzędzie do charakterystyki genomu, które jest ograniczone przez wysoki poziom błędów platformy (~0,5–2,0%). Opisujemy nasze metody sekwencjonowania z korekcją błędów, które pozwalają nam wyeliminować wskaźnik błędów NGS i wykryć mutacje przy frakcjach alleli wariantów tak rzadkich, jak 0,0001.

Wykrywanie rzadkich zdarzeń za pomocą sekwencjonowania DNA i RNA z korekcją błędów

Celem tego protokołu jest genotyp ukwiału Nematostella vectensis podczas gastrulacji bez poświęcania zarodka.

Genotypowanie ukwiałów morskich we wczesnym okresie rozwoju

Niniejsze badanie przedstawia protokół badań przesiewowych chromosomów ludzkich embrionów, który wykorzystuje zużytą pożywkę hodowlaną, co pozwala uniknąć biopsji zarodka i umożliwia identyfikację ploidalności chromosomów za pomocą NGS. W niniejszym artykule przedstawiono szczegółową procedurę, w tym przygotowanie pożywki hodowlanej, amplifikację całego genomu (WGA), przygotowanie biblioteki sekwencjonowania nowej generacji (NGS) oraz analizę danych.

Badania przesiewowe chromosomów ludzkich zarodków przedimplantacyjnych przy użyciu zużytej pożywki hodowlanej: pobieranie próbek i analiza ploidalności chromosomów

Protokół przedstawia ogólne procedury laboratoryjne wymagane w preimplantacyjnych testach genetycznych na aneuploidię na platformie sekwencjonowania nowej generacji opartej na półprzewodnikach. W tym miejscu przedstawiamy szczegółowe etapy amplifikacji całego genomu, selekcji fragmentów DNA, budowy biblioteki, przygotowania szablonów i przepływu roboczego sekwencjonowania z reprezentatywnymi wynikami.

Preimplantacyjne badania genetyczne w kierunku aneuploidii na półprzewodnikowej platformie sekwencjonowania nowej generacji

Ten protokół proponuje całościowe procedury laboratoryjne wymagane do wykrywania polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w próbkach raka żołądka w oparciu o platformę sekwencjonowania półprzewodników jonowych. Szczegółowo opisano również sekwencje docelowe, adaptery ligaturujące, wzmacnianie i oczyszczanie biblioteki oraz kryteria kontroli jakości.

Wykrywanie wielogenowego polimorfizmu pojedynczego nukleotydu w raku żołądka w oparciu o platformę sekwencjonowania półprzewodników jonowych

W tym miejscu przedstawiamy protokół badania metylacji DNA w całym genomie w klinicznych badaniach przesiewowych pacjentów na dużą skalę przy użyciu technologii sekwencjonowania Methyl-Binding DNA Capture (MBDCap-seq lub MBD-seq) i późniejszej analizy bioinformatycznej.

Wychwytywanie DNA wiążącego metyl Sekwencjonowanie tkanek pacjenta

Niniejszym opisujemy metody molekularnej manipulacji genetycznej szczepu Yarrowia lipolytica Po1g w celu poprawy efektywności delecji genów. Powstałe w ten sposób zmodyfikowane szczepy Y. lipolytica mają potencjalne zastosowania w produkcji biopaliw i biochemii.

Inżynieria genetyczna niekonwencjonalnych drożdży do produkcji biopaliw odnawialnych i biochemicznych

Poznaj metodę sekwencjonowania półprzewodnikowego do preimplantacyjnych badań genetycznych w kierunku aneuploidii. Technika ta oferuje krótki czas realizacji, niskie koszty i wysoką przepustowość w badaniach embriologicznych.

Sekwencjonowanie półprzewodników do preimplantacyjnych badań genetycznych w kierunku aneuploidii

Przeglądaj więcej filmów