Sztuczne kompleksy elongacyjne polimerazy II RNA do analizy zdarzeń przetwarzania kotranskrypcyjnego RNA

W tym miejscu opracowaliśmy prosty system eksperymentalny, który umożliwia odtworzenie aktywnych kompleksów elongacyjnych Pol II odpowiednich do badania funkcjonalnego sprzężenia transkrypcji Pol II i czapeczki RNA. Dzięki tej metodzie funkcjonalne kompleksy wydłużeniowe można łatwo zmontować za pomocą zaledwie kilku elementów. Kompleksy elongacyjne są unieruchomione na kulkach magnetycznych, dzięki czemu łatwo jest zmienić warunki reakcji.

Aby unieruchomić oligonuligację DNA zawierającą biotynę na kulkach magnetycznych, najpierw dodaj 200 mikrolitrów kulek magnetycznych do niskobiałkowej probówki wiążącej 1,5 mililitra, a następnie umieść probówkę na stojaku magnetycznym na dwie minuty. Gdy probówka znajduje się na stojaku magnetycznym, użyj pipety, aby usunąć płyn z probówki bez naruszania kulek. Aby umyć kulki, wyjmij rurkę ze stojaka i dodaj jeden mililitr buforu płuczącego zawierającego chlorowodorek tris, EDTA i chlorek sodu.