Name: Integracja podejść bioinformatycznych i walidacji eksperymentalnych w celu zrozumienia roli sygnalizacji Notch w raku jajnika (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-01-12T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 8 s
Description: Poznaj integrację analizy bioinformatycznej z walidacją eksperymentalną w badaniu sygnalizacji Notch w raku jajnika. To podejście pozwala identyfikować potencjalne cele terapeutyczne i biomarkery.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Ta praca była wspierana przez Start-Up Funding, College of Science and Mathematics Research Grant, Summer Research Session Award oraz Research Seed Funding Award od Georgia Southern University.

1. Przewidywanie wyników klinicznych na podstawie profili genomowych (PRECOG)
UWAGA: Portal PRECOG (precog.stanford.edu) uzyskuje dostęp do publicznie dostępnych danych ze 165 zestawów danych dotyczących ekspresji raka, w tym poziomów ekspresji genów i wyników klinicznych pacjentów17. W szczególności zapewnia analizę Meta\u2012Z, która obejmuje duże zestawy danych, aby zapewnić wyniki Z różnych genów w 39 typach raka, aby wskazać całkowite przeżycie pacjenta. Słabe i dobre wskaźniki przeżycia są wskazywane odpowiednio przez dodatnie i ujemne wartości Z\u2012score.
<ol>
	<li>Utwórz konto z adresem e-mail powiązanym z nauczycielem akademickim, aby uzyskać dostęp do tej bazy danych. Wprowadź adres e-mail i hasło powiązane z kontem.</li>
	<li>Kliknij przycisk Wyświetl szczegóły znajdujący się pod nagłówkiem analizy Meta-Z.</li>
	<li>Wprowadź interesujący Cię gen w pasku wyszukiwania.</li>
	<li>Użyj paska przewijania znajdującego się u dołu ekranu, aby uzyskać wskaźnik Z-score przeżycia dla określonego rodzaju nowotworu, który Cię interesuje.</li>
</ol>
2. CSIOVDB
UWAGA: CSIOVDB (<a href="http://csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html" target="_blank">csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html</a>) to mikromacierzowa baza danych opracowana przez Cancer Science Institute of Singapore do badania raka jajnika18. Ta baza danych zawiera dane dotyczące raków z różnych lokalizacji guza, a także dane dotyczące prawidłowej tkanki jajnika. Ponadto CSIOVDB dostarcza wykresy przeżycia Kaplana-Meiera do oceny przeżycia pacjentów z różnymi poziomami ekspresji genów. CSIOVDB może być stosowany do badania związku między poziomami ekspresji genów a stadiami/stopniami zaawansowania raka jajnika.
<ol>
	<li>Wprowadź interesujący Cię gen, a następnie kliknij przycisk Szukaj.</li>
	<li>Kliknij zakładkę Stan choroby. 
	UWAGA: Ta zakładka zawiera statystyki podsumowujące ekspresję genu docelowego genu będącego przedmiotem zainteresowania w stanach chorobowych raka jajnika.</li>
	<li>Kliknij na zakładkę Histologia. 
	UWAGA: Ta zakładka zawiera statystyki podsumowujące ekspresję genu docelowego genu będącego przedmiotem zainteresowania w histologiach głównych nowotworów jajnika.</li>
	<li>Kliknij na zakładkę Parametry kliniczno-patologiczne. 
	UWAGA: Ta zakładka zawiera porównanie poziomów ekspresji genów w różnych stadiach raka jajnika, stopniach zaawansowania i odpowiedziach klinicznych za pomocą testów Manna-Whitneya.</li>
	<li>Kliknij na zakładkę Przetrwanie. 
	UWAGA: Ta zakładka zawiera wykresy Kaplana-Meiera związane z przeżyciem całkowitym i przeżyciem wolnym od choroby. W tej bazie danych czas przeżycia wolny od choroby jest uważany za czas przeżycia wolny od progresji i nawrotu18. W tej zakładce znajdują się również analizy wieloczynnikowe dotyczące przeżycia całkowitego i przeżycia wolnego od choroby. Analizy wieloczynnikowe porównują cechy związane z rokowaniami dotyczącymi raka jajnika (stadium, stopień zaawansowania, chirurgiczne odciążenie, histologia, wiek) oraz gen będący przedmiotem zainteresowania.</li>
	<li>Kliknij zakładkę Podtyp. 
	UWAGA: Ta zakładka zawiera statystyki podsumowujące i testy Manna-Whitneya dotyczące poziomu ekspresji genu będącego przedmiotem zainteresowania w podtypach molekularnych raka jajnika. Ta zakładka zawiera również wykresy Kaplana-Meiera związane z całkowitym przeżyciem i przeżyciem wolnym od choroby dla genu będącego przedmiotem zainteresowania w podtypach molekularnych raka jajnika.</li>
</ol>
3. Ekspresja genów w tkance prawidłowej i nowotworowej (GENT)
UWAGA: Portal GENT (medyczny\u2012genome.kribb.re.kr/GENT) jest rozwijany i utrzymywany przez Koreański Instytut Badawczy Bionauki i Biotechnologii (KRIBB)19. Zbiera 16 400 (U133A; 241 zestawów danych) i 24 300 (U133plus2; 306 zestawów danych) publicznie dostępnych próbek. Po standaryzacji GENT oferuje dane dotyczące ekspresji genów w różnych tkankach, które są dalej dzielone na tkanki nowotworowe i normalne.
<ol>
	<li>Kliknij kartę Szukaj u góry ekranu.</li>
	<li>W sekcji oznaczonej 1. Słowo kluczowe, wybierz Symbol genu dla Terminów z menu rozwijanego, wprowadź symbol genu interesującego Cię genu w pustym obszarze sekcji Słowo kluczowe i wybierz Tkanka dla opcji Typ.</li>
	<li>Kliknij przycisk Szukaj u dołu okna 1. Sekcja słów kluczowych. Przedstawiono w nim wykresy podsumowujące ekspresję genów w tkankach prawidłowych i nowotworowych różnych typów nowotworów w oparciu o platformy U133A i U122Plus2. 
	UWAGA: Opcjonalnie można wybrać opcję Filtrowanie danych w górnej części wykresu podsumowania, aby wyodrębnić konkretną bazę danych do zbadania.</li>
	<li>Kliknij łącze obok opcji Pobieranie danych wynikowych, aby uzyskać dostęp do szczegółowych informacji o wartościach ekspresji genów, typach tkanek i źródłach danych.</li>
</ol>
4. Encyklopedia Linii Komórkowych Raka Broad Institute (CCLE)
UWAGA: CCLE (portals.broadinstitute.org/ccle) został stworzony przez Broad Institute i dostarcza profile genomiczne i mutacje 947 ludzkich linii komórkowych raka20.
<ol>
	<li>Wprowadź żądane geny w pasku wyszukiwania, a następnie kliknij przycisk Szukaj.</li>
	<li>W sekcji oznaczonej Wybierz zestaw danych kliknij opcję wyrażenia mRNA (RNAseq) z menu rozwijanego. 
	UWAGA: Inne opcje obejmują ekspresję mRNA (Affy), knockdown Achilles shRNA i liczbę kopii.</li>
	<li>Kliknij przycisk Przełącz wszystkie ślady. Wybierz interesujący Cię typ tkanki z szarego pola po prawej stronie. Przewiń w dół ekranu i kliknij przycisk Pobierz wyrażenie mRNA.</li>
	<li>Otwórz pobrany dokument tekstowy. Skopiuj i wklej cały tekst do arkusza 1. Skopiuj cały tekst z arkusza 1.</li>
	<li>Kliknij arkusz w oprogramowaniu do arkuszy kalkulacyjnych zakładka Arkusz 2 u dołu arkusza kalkulacyjnego. Kliknij prawym przyciskiem myszy kolumnę A, wybierz opcję Wklej specjalnie, a następnie wybierz opcję Transponuj w arkuszu 2.</li>
	<li>Po przetransponowaniu tekstu do dwóch kolumn w arkuszu 2 kliknij strzałkę listy rozwijanej dla nagłówka opcji Sortuj i filtruj, a następnie wybierz opcję Filtruj. W obszarze nagłówka pojawi się strzałka oznaczona jako Gene. Kliknij strzałkę i wpisz interesujący Cię typ tkanki. 
	UWAGA: Ten krok przefiltruje wszystkie dane i wyświetli tylko poziomy ekspresji genów dla danego typu tkanki.</li>
</ol>
5. cBioPortal
UWAGA: cBioPortal (www.cioportal.org) został opracowany w Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK) i uzyskuje dostęp, analizuje i wizualizuje dane genomiczne raka na dużą skalę21,22. W szczególności portal ten umożliwia naukowcom poszukiwanie zmian genetycznych i sieci sygnalizacyjnych.
<ol>
	<li>Korzystając z zapytania na stronie docelowej, kliknij interesujące Cię narządy/tkanki w sekcji Wybierz badania. Wybierz konkretne badanie, które Cię interesuje, a następnie naciśnij przycisk Zapytanie według genu.</li>
	<li>W sekcji oznaczonej Wybierz profile genomowe wybierz jedną z trzech opcji: Mutacje, Przypuszczalne zmiany liczby kopii z GISTIC lub Ekspresja mRNA. Następnie wybierz odpowiednie dane z menu rozwijanego Wybierz pacjenta/zestaw przypadków.</li>
	<li>Wprowadź symbole genów docelowych w polu zapytania Wprowadź geny. Kliknij przycisk Prześlij zapytanie.</li>
	<li>Kliknij zakładkę Sieć u góry strony, aby pobrać żądaną sieć genów. 
	UWAGA: Sieć sygnalizacyjna jest oznaczona kolorami. Wprowadzone geny są oznaczone węzłami nasiennymi z grubą obwódką. Każdy gen jest reprezentowany przez czerwone kółko, a intensywność koloru czerwonego koła odzwierciedla jego częstotliwość mutacji. Geny są połączone różnokolorowymi liniami. Brązowe linie oznaczają "W tym samym komponencie", wskazując na udział w tym samym komponencie biologicznym. Niebieskie linie oznaczają "Reaguje z", wskazując na reakcje genów. Zielone linie oznaczają "zmianę stanu", co sugeruje, że jeden gen może powodować zmianę stanu innego genu.</li>
	<li>Kliknij kartę Plik u góry obrazu, aby wybrać opcję Zapisz jako obraz (PNG) w celu pobrania obrazu sieciowego.</li>
</ol>
6. Sekcja Drosophila z pożądanymi genotypami i barwieniem DAPI
UWAGA: Zbierz samice Drosophila o pożądanych genotypach, a następnie wypreparuj jajniki much, aby poddać je procedurom barwienia DAPI do obrazowania.
<ol>
	<li>Przygotuj zapasy muchowe tj-Gal4, Gal80ts/CyO; UAS-NICD-GFP/TM6B, w*; UAS-mam.A; i w[1118] do tworzenia much z nadekspresją NICD (tj-Gal4, Gal80ts/+; UAS-NICD-GFP/+) oraz NICD i nadekspresja mam (tj-Gal4, Gal80ts/UAS-mam.A; UAS-NICD-GFP/+).</li>
	<li>Zastosuj technikę czasowego i regionalnego kierowania ekspresją genów (TARGET) do kontrolowania czasoprzestrzennej ekspresji genów23. Hodować muchy w temperaturze 18 °C do osiągnięcia dorosłości, a następnie przestawić na 29 °C na 48 godzin z drożdżami przed preparacją. 
	UWAGA: tj-Gal4 może napędzać ekspresję UAS tylko w wyższych temperaturach, gdy hamowanie przez Gal80ts jest złagodzone. Dodanie drożdży przed preparacją powiększa jajniki do zbioru.</li>
	<li>Umieścić 3 ml 1x soli fizjologicznej buforowanej fosforanami (PBS) (137 mM NaCl, 2,7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1,8 mM KH2PO4) w naczyniu do pobierania zarodków. Użyj podkładki CO2 do znieczulenia much.</li>
	<li>Wybierz samicę muchy, a następnie ostrożnie chwyć dolną część klatki piersiowej muchy za pomocą kleszczy preparacyjnych i zanurz ją w roztworze 1x PBS w naczyniu do pobierania zarodków. Użyj drugiej pary kleszczy, aby uszczypnąć dolną część brzucha i delikatnie pociągnij, aby uwolnić narządy wewnętrzne.</li>
	<li>Zidentyfikuj i odłącz parę jajników od ciała muchy. Przerwij osłonkę mięśniową znajdującą się na tylnym końcu jajników i oddziel jajniki. 
	UWAGA: Oddzielenie jajników i przerwanie pochewki mięśniowej jest wymagane w celu uzyskania wyższej jakości wyników barwienia.</li>
	<li>Umieść jajniki w probówce wirówkowej o pojemności 1,5 ml, która zawiera 500 μl 1x PBS. Rurka powinna pozostać na lodzie do momentu zebrania wszystkich jajników.</li>
	<li>Usuń 1x PBS i umieść 0,5 ml roztworu utrwalającego (4% formaldehydu) w probówce. Umieść rurkę na nutatorze na 10 minut.</li>
	<li>Wyjąć roztwór fix z probówki i wyrzucić go do odpowiedniego pojemnika na odpady. Użyj 1 ml 1x PBT (1x PBS uzupełniony 0,4% Triton™ X-100) do przemywania jajników 3x przez 15 min.</li>
	<li>Odrzuć końcowe płukanie PBT i dodaj 1 ml PBTG (0,2% albuminy surowicy bydlęcej, 5% normalnej surowicy koziej w 1x PBT), aby zapobiec niespecyficznemu wiązaniu. 
	UWAGA: Ten krok można pominąć w przypadku barwienia DAPI, ale jest on niezbędny do barwienia przeciwciał. Szczegółowe barwienie immunohistochemiczne można znaleźć w Jia et al.24.</li>
	<li>Umieść 150 μl DAPI (10 μg/ml) w probówce na 10-15 minut nutacji. Wyrzuć DAPI i umyj jajniki 1x przez 10 minut przy użyciu 1 ml 1x PBT. Usuń PBT i myj 2x przez 10 minut przy użyciu 1x PBS.</li>
	<li>Usuń nadmiar PBS, aż około 300 μl PBS pozostanie w probówce z jajnikami. Kilkakrotnie odpipetować jajniki w górę i w dół za pomocą pipety o pojemności 200 μl, aby uwolnić komory na jaja.</li>
	<li>Delikatnie odkręć rurkę i ostrożnie usuń jak najwięcej 1x roztworu PBS bez usuwania jajników. Umieścić 120 μl roztworu montażowego (1 g galusanu n-propylu, 5 ml 10X PBS, 40 ml glicerolu i 5 mldH2O) do probówki. 
	UWAGA: Roztwór montażowy jest lepki, więc trudno jest przenieść dokładnie 120 μL roztworu montażowego do probówki. Aby złagodzić ten problem, można użyć końcówki do pipety o pojemności 1 000 μl, aby dodać trzy krople roztworu montażowego do probówki.</li>
	<li>Usuń około 0,33 mm z końcówki pipety o pojemności 200 μl i użyj nowo odciętej końcówki pipety, aby umieścić roztwór mocujący na szkiełku mikroskopowym.</li>
	<li>Delikatnie umieść szkiełko nakrywkowe na roztworze montażowym i uszczelnij krawędzie szkiełka nakrywkowego przezroczystym lakierem do paznokci. 
	UWAGA: Uszczelnienie krawędzi szkła nakrywkowego jest konieczne, aby zapobiec przepływaniu komór jaj do wnętrza roztworu montażowego podczas wykonywania zdjęć konfokalnych.</li>
	<li>Uzyskuj obrazy za pomocą mikroskopu konfokalnego przy użyciu następujących ustawień: soczewka obiektywu = powiększenie 10x; apertura numeryczna = 0,8; Długość fali emisji DAPI = 410−513 nm.</li>
</ol>

<ol><li>Bocchicchio, S., Tesone, M., Irusta, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Convergence+of+Wnt+and+Notch+signaling+controls+ovarian+cancer+cell+survival%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cellular+Physiology%22%5BJournal%5D)">Convergence of Wnt and Notch signaling controls ovarian cancer cell survival.</a> Journal of Cellular Physiology. , (2019).</li>
<li>Hibdon, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Notch+and+mTOR+Signaling+Pathways+Promote+Human+Gastric+Cancer+Cell+Proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Neoplasia%22%5BJournal%5D)">Notch and mTOR Signaling Pathways Promote Human Gastric Cancer Cell Proliferation.</a> Neoplasia. 21 (7), 702-712 (2019).</li>
<li>Kucukkose, C., Yalcin Ozuysal, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+Notch+signalling+on+the+expression+of+SEMA3C%2C+HMGA2%2C+CXCL14%2C+CXCR7%2C+and+CCL20+in+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Turkish+Journal+of+Biology%22%5BJournal%5D)">Effects of Notch signalling on the expression of SEMA3C, HMGA2, CXCL14, CXCR7, and CCL20 in breast cancer.</a> Turkish Journal of Biology. 43 (1), 70-76 (2019).</li>
<li>Lan, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Notch+pathway+is+involved+in+the+suppression+of+colorectal+cancer+by+embryonic+stem+cell+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22OncoTargets+and+Therapy%22%5BJournal%5D)">Notch pathway is involved in the suppression of colorectal cancer by embryonic stem cell microenvironment.</a> OncoTargets and Therapy. 12, 2869-2878 (2019).</li>
<li>Lian, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Notch+signaling+promotes+serrated+neoplasia+pathway+in+colorectal+cancer+through+epigenetic+modification+of+EPHB2+and+EPHB4%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Management+and+Research%22%5BJournal%5D)">Notch signaling promotes serrated neoplasia pathway in colorectal cancer through epigenetic modification of EPHB2 and EPHB4.</a> Cancer Management and Research. 10, 6129-6141 (2018).</li>
<li>Salazar, J. L., Yamamoto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+Drosophila+and+Human+Genetics+to+Understand+Notch+Signaling+Related+Diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Advances+in+Experimental+Medicine+and+Biology%22%5BJournal%5D)">Integration of Drosophila and Human Genetics to Understand Notch Signaling Related Diseases.</a> Advances in Experimental Medicine and Biology. 1066, 141-185 (2018).</li>
<li>Bray, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Notch+signalling+in+context%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Molecular+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Notch signalling in context.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 17 (11), 722-735 (2016).</li>
<li>Andersson, E. R., Sandberg, R., Lendahl, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Notch+signaling%3A+simplicity+in+design%2C+versatility+in+function%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Notch signaling: simplicity in design, versatility in function.</a> Development. 138 (17), 3593-3612 (2011).</li>
<li>Brou, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+proteolytic+cleavage+involved+in+Notch+signaling%3A+the+role+of+the+disintegrin-metalloprotease+TACE%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">A novel proteolytic cleavage involved in Notch signaling: the role of the disintegrin-metalloprotease TACE.</a> Molecular Cell. 5 (2), 207-216 (2000).</li>
<li>Oswald, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((p300+acts+as+a+transcriptional+coactivator+for+mammalian+Notch-1%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Biology%22%5BJournal%5D)">p300 acts as a transcriptional coactivator for mammalian Notch-1.</a> Molecular and Cellular Biology. 21 (22), 7761-7774 (2001).</li>
<li>Xiu, M. X., Liu, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+oncogenic+Notch2+signaling+in+cancer%3A+a+novel+therapeutic+target%5BTitle%5D)+AND+%22American+Journal+of+Cancer+Research%22%5BJournal%5D)">The role of oncogenic Notch2 signaling in cancer: a novel therapeutic target.</a> American Journal of Cancer Research. 9 (5), 837-854 (2019).</li>
<li>Allenspach, E. J., Maillard, I., Aster, J. C., Pear, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Notch+signaling+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Biololgy+%26+Therapy%22%5BJournal%5D)">Notch signaling in cancer.</a> Cancer Biololgy & Therapy. 1 (5), 466-476 (2002).</li>
<li>Jia, D., Underwood, J., Xu, Q., Xie, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NOTCH2%2FNOTCH3%2FDLL3%2FMAML1%2FADAM17+signaling+network+is+associated+with+ovarian+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncology+Letters%22%5BJournal%5D)">NOTCH2/NOTCH3/DLL3/MAML1/ADAM17 signaling network is associated with ovarian cancer.</a> Oncology Letters. 17 (6), 4914-4920 (2019).</li>
<li>Weng, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+bioinformatics+approaches+for+analysis+of+high-throughput+biological+data%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Research+International%22%5BJournal%5D)">Novel bioinformatics approaches for analysis of high-throughput biological data.</a> Biomed Research International. 2014, 814092(2014).</li>
<li>Readhead, B., Dudley, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translational+Bioinformatics+Approaches+to+Drug+Development%5BTitle%5D)+AND+%22Advances+in+Wound+Care+%28New+Rochelle%29%22%5BJournal%5D)">Translational Bioinformatics Approaches to Drug Development.</a> Advances in Wound Care (New Rochelle). 2 (9), 470-489 (2013).</li>
<li>Bayat, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Science%2C+medicine%2C+and+the+future%3A+Bioinformatics%5BTitle%5D)+AND+%22BMJ%22%5BJournal%5D)">Science, medicine, and the future: Bioinformatics.</a> BMJ. 324 (7344), 1018-1022 (2002).</li>
<li>Gentles, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+prognostic+landscape+of+genes+and+infiltrating+immune+cells+across+human+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Medicine%22%5BJournal%5D)">The prognostic landscape of genes and infiltrating immune cells across human cancers.</a> Nature Medicine. 21 (8), 938-945 (2015).</li>
<li>Tan, T. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CSIOVDB%3A+a+microarray+gene+expression+database+of+epithelial+ovarian+cancer+subtype%5BTitle%5D)+AND+%22Oncotarget%22%5BJournal%5D)">CSIOVDB: a microarray gene expression database of epithelial ovarian cancer subtype.</a> Oncotarget. 6 (41), 43843-43852 (2015).</li>
<li>Shin, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GENT%3A+gene+expression+database+of+normal+and+tumor+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Informatics%22%5BJournal%5D)">GENT: gene expression database of normal and tumor tissues.</a> Cancer Informatics. 10, 149-157 (2011).</li>
<li>Barretina, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Cancer+Cell+Line+Encyclopedia+enables+predictive+modelling+of+anticancer+drug+sensitivity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity.</a> Nature. 483 (7391), 603-607 (2012).</li>
<li>Gao, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+Analysis+of+Complex+Cancer+Genomics+and+Clinical+Profiles+Using+the+cBioPortal%5BTitle%5D)+AND+%22Science+Signaling%22%5BJournal%5D)">Integrative Analysis of Complex Cancer Genomics and Clinical Profiles Using the cBioPortal.</a> Science Signaling. 6 (269), (2013).</li>
<li>Cerami, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cBio+Cancer+Genomics+Portal%3A+An+Open+Platform+for+Exploring+Multidimensional+Cancer+Genomics+Data%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discovery%22%5BJournal%5D)">The cBio Cancer Genomics Portal: An Open Platform for Exploring Multidimensional Cancer Genomics Data.</a> Cancer Discovery. 2 (5), 401-404 (2012).</li>
<li>McGuire, S. E., Mao, Z., Davis, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+gene+expression+targeting+with+the+TARGET+and+gene-switch+systems+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Science%27s+STKE%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal gene expression targeting with the TARGET and gene-switch systems in Drosophila.</a> Science's STKE. 2004 (220), 6(2004).</li>
<li>Jia, D., Huang, Y. C., Deng, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+Cell+Cycle+Switches+in+Drosophila+Oogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Analysis of Cell Cycle Switches in Drosophila Oogenesis.</a> Methods in Molecular Biology. 1328, 207-216 (2015).</li>
<li>Lo, P. K., Huang, Y. C., Corcoran, D., Jiao, R., Deng, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+Notch+signaling+by+the+p105+and+p180+subunits+of+Drosophila+chromatin+assembly+factor+1+is+required+for+follicle+cell+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">Inhibition of Notch signaling by the p105 and p180 subunits of Drosophila chromatin assembly factor 1 is required for follicle cell proliferation.</a> Journal of Cell Science. 132 (2), (2019).</li>
<li>Keller Larkin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+Notch+pathway+in+terminal+follicle+cell+differentiation+during+Drosophila+oogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Development+Genes+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">Role of Notch pathway in terminal follicle cell differentiation during Drosophila oogenesis.</a> Development Genes and Evolution. 209 (5), 301-311 (1999).</li>
<li>Sun, J., Deng, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Notch-dependent+downregulation+of+the+homeodomain+gene+cut+is+required+for+the+mitotic+cycle%2Fendocycle+switch+and+cell+differentiation+in+Drosophila+follicle+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Notch-dependent downregulation of the homeodomain gene cut is required for the mitotic cycle/endocycle switch and cell differentiation in Drosophila follicle cells.</a> Development. 132 (19), 4299-4308 (2005).</li>
<li>Jia, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large-scale+in+vivo+RNAi+screen+to+identify+genes+involved+in+Notch-mediated+follicle+cell+differentiation+and+cell+cycle+switches%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">A large-scale in vivo RNAi screen to identify genes involved in Notch-mediated follicle cell differentiation and cell cycle switches.</a> Scientific Reports. 5, 12328(2015).</li>
<li>Shcherbata, H. R., Althauser, C., Findley, S. D., Ruohola-Baker, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mitotic-to-endocycle+switch+in+Drosophila+follicle+cells+is+executed+by+Notch-dependent+regulation+of+G1%2FS%2C+G2%2FM+and+M%2FG1+cell-cycle+transitions%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The mitotic-to-endocycle switch in Drosophila follicle cells is executed by Notch-dependent regulation of G1/S, G2/M and M/G1 cell-cycle transitions.</a> Development. 131 (13), 3169-3181 (2004).</li>
</ol>

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

Ponieważ istnieje niezliczona ilość podejść i metod wykorzystania bioinformatyki, istnieje wiele baz danych dostępnych online dla ogółu społeczeństwa. Z każdej z tych baz danych można wydobyć mnóstwo informacji, ale niektóre najlepiej nadają się do określonych celów, takich jak ocena przeżycia pacjenta na podstawie określonych danych wejściowych. Systematyczne analizy danych pobranych z różnych indywidualnych baz danych mogą przekonująco przynieść ważne odkrycia naukowe.
Obecna analiza koncent...

Szlak sygnałowy Notch jest wysoce konserwatywnym szlakiem, który jest ważny dla wielu procesów rozwojowych w organizmach biologicznych. Wykazano, że sygnalizacja Notch odgrywa znaczącą rolę w proliferacji i samoodnowie komórek, a defekty w szlaku sygnałowym Notch mogą prowadzić do wielu rodzajów nowotworów1,2,3,4,5,6. W niektórych okolicznościach szlak sygnałowy Notch został powiązany zarówno ze wzrostem tkanki, jak i rakiem, a także ze śmiercią komórki i supresją guza7. Wiele receptorów Notch (NOTCH 1−4) i współaktywator Mastermind (MAML 1−3), wszystkie o różnych funkcjach, dodają dodatkowy poziom złożoności. Podczas gdy szlak sygnałowy Notch jest wyrafinowany pod względem funkcji, jego główny szlak jest prosty na podstawie molekularnej8. Receptory Notch działają jak białka transbłonowe złożone z regionów zewnątrzkomórkowych i wewnątrzkomórkowych9. Wiązanie liganda z zewnątrzkomórkowym regionem receptorów Notch ułatwia rozszczepienie proteolityczne, co umożliwia uwolnienie domeny wewnątrzkomórkowej Notch (NICD) do jądra. NICD następnie wiąże się z co\u2012activator Mastermind, aby aktywować dalszą ekspresję genów10.
W ostatnich latach wykazano, że sygnalizacja Notch odgrywa różne role w inicjacji i progresji kilku typów nowotworów u różnych gatunków6,11. Na przykład sygnalizacja Notch została powiązana z nowotworzeniem z udziałem ludzkiego genu NOTCH1 12. Niedawno wykazano, że geny NOTCH2, NOTCH3, Delta-like 3 (DLL3), Mastermind\u2012like protein 1 (MAML1) oraz geny dezintegryny i domeny metaloproteinazy zawierające białko 17 (ADAM17) są silnie związane z rakiem jajnika, zwłaszcza ze słabym całkowitym przeżyciem pacjentek13.
Wraz ze wzrostem ilości danych eksperymentalnych i związanych z pacjentami, rośnie również zapotrzebowanie na analizę dostępnych danych. Dostępne dane są rozproszone w publikacjach i mogą zawierać niespójne lub nawet sprzeczne wyniki. Wraz z rozwojem nowych technologii w ostatnich dziesięcioleciach, takich jak sekwencjonowanie nowej generacji, ilość dostępnych danych wzrosła wykładniczo. Chociaż oznacza to szybki postęp w nauce i możliwości kontynuowania badań biologicznych, ocena znaczenia publicznie dostępnych danych w celu rozwiązania pytań badawczych jest wielkim wyzwaniem14. Uważamy, że bioinformatyka jest użytecznym sposobem wydobywania mniejszych fragmentów informacji z dużych zbiorów danych. Dzięki wdrożeniu różnych podejść bioinformatycznych naukowcy mogą szybko, niezawodnie i skutecznie interpretować te duże zbiory danych, dokonując wnikliwych odkryć. Odkrycia te mogą obejmować zarówno identyfikację potencjalnych nowych celów terapii lekowej lub biomarkerów choroby, jak i spersonalizowane leczenie pacjentów15,16.
Bioinformatyka sama w sobie szybko ewoluuje, a podejścia ciągle się zmieniają, ponieważ postęp technologiczny ogarnia nauki medyczne i biologiczne. Obecnie powszechne podejścia bioinformatyczne obejmują wykorzystanie publicznie dostępnych baz danych i programów do analizy sekwencji DNA lub białek, identyfikacji genów o szczególnym znaczeniu lub znaczeniu oraz określania znaczenia genów i produktów genowych za pomocą genomiki funkcjonalnej16. Chociaż dziedzina bioinformatyki z pewnością nie ogranicza się do tych podejść, są one istotne w pomaganiu klinicystom i badaczom w zarządzaniu danymi biologicznymi z korzyścią dla pacjentów jako całości.
To badanie ma na celu zwrócenie uwagi na kilka ważnych baz danych i ich wykorzystanie do badań nad szlakiem sygnałowym Notch. NOTCH2, NOTCH3 i ich ko\u2012aktywator MAML1 zostały wykorzystane jako przykłady w badaniu bazy danych. Geny te zostały wykorzystane, ponieważ potwierdzono znaczenie szlaku sygnałowego Notch w raku jajnika. Systematyczne analizy uzyskanych danych potwierdziły znaczenie sygnalizacji Notch w raku jajnika. Ponadto, ponieważ sygnalizacja Notch jest dobrze zachowana u różnych gatunków, potwierdzono, że nadekspresja Drosophila melanogaster NICD i Mastermind razem może indukować guzy w jajnikach Drosophila, co potwierdza wyniki bazy danych oraz znaczącą i konserwatywną rolę sygnalizacji Notch w raku jajnika.

<table><tbody><tr><td>DAPI (4',6-Diamidino-2-Fenyloindol, Dichlorowodorek)</td><td>Invitrogen</td><td>D1306</td><td>1:1000 Rozcieńczenie</td></tr><tr><td>PBS, sól fizjologiczna buforowana fosforanami, 10X Proszek, pH 7,4</td><td>ThermoFisher</td><td>FLBP6651</td><td>Rozpuszczony w ddH2O, aby uzyskać 1X PBS</td></tr><tr><td>Surowica kozia</td><td>Gibco</td><td>16210064</td><td>Surowica</td></tr><tr><td>Miska zarodkowa</td><td>Mikroskopia elektronowa Nauki</td><td>70543-45</td><td>Naczynie preparacyjne</td></tr><tr><td>Mieszalniki nutacyjne</td><td>Fisherbrand</td><td>88861041</td><td>Nutator</td></tr><tr><td>tj-Gal4, Gal80ts/ CyO; UAS-NICD-GFP/ TM6B</td><td>Dr. Wu-Min Deng na Uniwersytecie Stanowym Florydy</td><td>N/A</td><td>Fly</td></tr><tr><td>stock w*; UAS-mam.A</td><td>Bloomington Drosophila Stock Center</td><td>#27743</td><td>Mucha</td></tr><tr><td>z[1118]</td><td>Bloomington Drosophila Stock Center</td><td>#5905</td><td>Mucha</td></tr><tr><td>Portal PRECOG</td><td>Uniwersytet Stanforda</td><td>precog.stanford.edu</td><td>Publicznie dostępna baza danych zbiorów danych dotyczących ekspresji raka</td></tr><tr><td>CSIOVDB</td><td>Instytut Nauk o Raku w Singapurze</td><td>csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html</td><td>Baza danych mikromacierzy używana do badania raka jajnika</td></tr><tr><td>Ekspresja genów w tkance prawidłowej i nowotworowej (GENT) Portal</td><td>Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)</td><td>medyczny&ndash; genome.kribb.re.kr/GENT</td><td>Publicznie dostępna baza danych o ekspresji genów w różnych tkankach, z podziałem na tkanki nowotworowe i normalne.</td></tr><tr><td>Broad Institute Encyklopedia Linii Nowotworowych (CCLE)</td><td>Broad Institute i The Novartis Institutes for BioMedical</td><td>Research portals.broadinstitute.org/ccle</td><td>Udostępnia profile genomowe i mutacje ludzkich linii komórek nowotworowych</td></tr><tr><td>cBioPortal</td><td>Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK)</td><td>cioportal.org</td><td>Portal, który umożliwia naukowcom wyszukiwanie zmian genetycznych i sieci</td></tr> <tr><td>sygnalizacyjnychOdwrócony mikroskop konfokalny Zeiss 710</td><td>Carl Zeiss</td><td>ID #M 210491</td><td>Badanie i zbieranie obrazów próbek znakowanych fluorescencyjnie</td></tr></tbody></table>

integracja podejść bioinformatycznych i walidacji eksperymentalnych w celu zrozumienia roli sygnalizacji notch w raku jajnika

Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

Sygnalizacja Notch jest wysoce konserwatywną ścieżką regulacyjną zaangażowaną w wiele procesów komórkowych. Rozregulowanie tego szlaku sygnałowego często prowadzi do zakłóceń w prawidłowym rozwoju, a w niektórych przypadkach może nawet prowadzić do zainicjowania lub progresji nowotworów. Ponieważ ścieżka ta pełni złożone i wszechstronne funkcje, może być szeroko badana za pomocą wielu różnych podejść. Spośród nich bioinformatyka zapewnia niezaprzeczalnie opłacalną, przystępną i przyjazną dla użytkownika metodę badań. Bioinformatyka to użyteczny sposób na wyodrębnianie mniejszych fragmentów informacji z dużych zbiorów danych. Dzięki wdrożeniu różnych podejść bioinformatycznych naukowcy mogą szybko, niezawodnie i skutecznie interpretować te duże zbiory danych, dostarczając wnikliwych zastosowań i odkryć naukowych. W tym miejscu przedstawiono protokół integracji podejść bioinformatycznych w celu zbadania roli sygnalizacji Notch w raku jajnika. Co więcej, wyniki badań bioinformatycznych są weryfikowane w drodze eksperymentów.

Stosując procedurę opisaną w kroku 1 przy użyciu portalu PRECOG, wartości Z dla NOTCH2, NOTCH3i MAML1 w raku jajnika uzyskano (odpowiednio 1,3, 2,32, 1,62). Ujemne wartości wskaźnika Z (Z-score) wskazują na słabe przeżycie całkowite pacjentek z wysokim poziomem ekspresji tych trzech genów. Wykorzystując Formatowanie warunkowe oprogramowania arkusza kalkulacyjnego, wartości Z-score przedstawiono na kolorowym wykresie słupkowym w Rycina 1.
<p cla...

Bioinformatyka to użyteczny sposób na przetwarzanie dużych zbiorów danych. Dzięki wdrożeniu podejść bioinformatycznych naukowcy mogą szybko, niezawodnie i skutecznie uzyskiwać wnikliwe aplikacje i odkrycia naukowe. W artykule przedstawiono wykorzystanie bioinformatyki w badaniach nad rakiem jajnika. Z powodzeniem weryfikuje również wyniki badań bioinformatycznych poprzez eksperymenty.

Integracja podejść bioinformatycznych i walidacji eksperymentalnych w celu zrozumienia roli sygnalizacji Notch w raku jajnika

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

Bioinformatyka to użyteczny sposób wydobywania informacji ze zbiorów danych. Eksperymentowanie jest równie ważne dla walidacji. Łączymy oba podejścia, aby zbadać rolę sygnalizacji notch w raku jajnika.Główną zaletą tej techniki jest to, że naukowcy mogą wykorzystać informacje z bioinformatycznych baz danych do zaplanowania kierunku badań przed przeprowadzeniem eksperymentu. Dzięki zgromadzonym danym bioinformatycznym dotyczącym chorób człowieka, naukowcy nie mają już zawiązanych oczu. Można przeprowadzić eksperymenty w celu zweryfikowania konkretnych wyników, co może prowadzić do lepszych terapii lub diagnozowania chorób.W celu analizy meta-A związku interesującego genu z określonym typem nowotworu, utwórz konto z adresem e-mail powiązanym z nauką, aby uzyskać dostęp do bazy danych PRECOG i wprowadź adres e-mail i hasło powiązane z kontem do terminala logowania. Kliknij Wyświetl szczegóły i wprowadź interesujący Cię gen w pasku wyszukiwania. Następnie użyj paska przewijania, aby uzyskać wskaźnik Z-score przeżycia dla określonego rodzaju nowotworu.Aby zbadać związek między poziomem ekspresji genów a stopniami zaawansowania raka jajnika, przejdź do strony internetowej CSIOVDB i wprowadź nazwę interesującego genu w pasku wyszukiwania. Następnie proszę kliknąć na zakładkę Przetrwanie. Aby ocenić dane dotyczące ekspresji genów w tkankach różnorodnych, prawidłowych i nowotworowych, przejdź do portalu GENT i kliknij kartę Szukaj.W sekcji słowa kluczowego wybierz symbol genu dla terminów z menu rozwijanego, wprowadź symbol genu interesującego Cię genu i wybierz opcję Tkanka jako opcję typu. Kliknij przycisk Szukaj. Zostaną wyświetlone wykresy podsumowujące ekspresję genów w tkankach prawidłowych i nowotworowych różnych typów nowotworów, w oparciu o platformy U133A i U122 Plus 2.Następnie kliknij łącze Pobierz dane wynikowe, aby uzyskać dostęp do szczegółowych informacji o wartościach ekspresji genów, typach tkanek i źródłach danych. Aby wyszukać zmiany genetyczne i sieci sygnalizacyjne, otwórz stronę internetową portalu CBIO i korzystając z zapytania na stronie docelowej, kliknij interesujące narządy lub tkanki w sekcji Wybierz badania, wybierz konkretne badanie, które Cię interesuje, a następnie kliknij Zapytanie według genu. W sekcji Wybierz profile genomowe wybierz mutacje, przypuszczalne zmiany liczby kopii z GISTIC lub opcję ekspresji mRNA.Wybierz odpowiednie dane z menu Wybierz pacjenta/zestaw przypadków i wprowadź symbole genów docelowych w polu zapytania Wprowadź geny. Kliknij przycisk Prześlij zapytanie i otwórz kartę Sieć, aby pobrać żądaną sieć genów. Następnie kliknij kartę Plik i wybierz opcję Zapisz jako obraz PNG w celu pobrania obrazu sieciowego.Aby stworzyć muchy z nadekspresją NICD lub NICD i mam, przygotuj odpowiednie stada much i zastosuj technikę celowania w czasową i regionalną ekspresję genów w celu kontrolowania czasoprzestrzennej ekspresji genów, zgodnie ze standardowymi protokołami. Wyhoduj muchy w temperaturze 18 stopni Celsjusza do osiągnięcia dorosłości, a następnie przełącz się na 29 stopni Celsjusza z drożdżami na 48 godzin. Pod koniec inkubacji w temperaturze 29 stopni Celsjusza dodaj trzy mililitry PBS do naczynia do pobierania zarodków i znieczul kulturę much za pomocą podkładki z dwutlenkiem węgla.Użyj mikroskopu preparacyjnego, aby zidentyfikować znieczuloną samicę muchy i użyj pary kleszczy preparacyjnych, aby ostrożnie chwycić dolną część klatki piersiowej muchy. Zanurz muchę w PBS w naczyniu do pobierania zarodków i użyj drugiej pary kleszczy, aby uszczypnąć dolną część brzucha, delikatnie pociągając, aby uwolnić narządy wewnętrzne. Zlokalizuj i odłącz parę jajników od ciała muchy i przerwij osłonkę mięśniową, znajdującą się na tylnym końcu jajników, aby oddzielić jajniki.Następnie umieść izolowane jajniki w 1,5-mililitrowej probówce wirówkowej, zawierającej 500 mikrolitrów PBS na lodzie. Po pobraniu wszystkich jajników zastąp PBS 500 mikrolitrami 4% formaldehydu i umieść probówkę na nutatorze na 10 minut. Pod koniec inkubacji wyrzuć utrwalacz i umyj jajniki trzema 15-minutowymi płukaniami w jednym mililitrze PBT na przemycie.Po ostatnim płukaniu oznacz jajniki 150 mikrolitrami po 10 mikrogramów na mililitr DAPI przez 10-15 minut na nutatorze. Pod koniec inkubacji przemyć jajniki jeden raz przez 10 minut jednym mililitrem PBT, a następnie dwa 10-minutowe płukania w PBS. Po drugim płukaniu usuń wszystkie oprócz ostatnich 300 mikrolitrów PBS i użyj końcówki pipety o pojemności 200 mikrolitrów, aby kilkakrotnie strytekować jajniki, aby uwolnić komory jajowe.Następnie delikatnie osadź tkankę jajnika poprzez szybkie wirowanie w mikrowirówce i usuń jak najwięcej PBS, nie naruszając osadu jajnika. Używając końcówki do pipety o pojemności 1 000 mikrolitrów, przenieś około trzech kropli roztworu montażowego do probówki i użyj końcówki do pipety o pojemności 200 mikrolitrów z około 0,33 milimetra przyciętym od końca, aby przenieść całe 120 mikrolitrów roztworu mocującego zawierającego jajnik na szklane szkiełko mikroskopowe. Delikatnie umieść szkło nakrywkowe na roztworze montażowym i uszczelnij krawędzie przezroczystym lakierem do paznokci.Następnie użyj mikroskopu konfokalnego przy 10-krotnym powiększeniu z aperturą 0,8, aby uzyskać obrazy barwionych i zamontowanych jajników. Korzystając z portalu PRECOG, jak pokazano, można uzyskać Z-score NOTCH2, NOTCH3 i MAML1 w raku jajnika. Ujemne wartości Z-score wskazują na słabe całkowite przeżycie pacjentów z wysokim poziomem ekspresji trzech genów.Wykorzystanie bazy danych CSIOVD do potwierdzenia tych ustaleń wskazuje ponadto, że wysoka ekspresja NOTCH2, NOTCH3 i MAML1 koreluje ze słabym ogólnym i wolnym od choroby przeżyciem. Dalsze testy permutacji sugerują, że NOTCH2, NOTCH3 i MAML1 są silnie eksprymowane w tkankach nowotworowych. Na podstawie tych trzech podstawowych genów można stworzyć sieć sygnalizacyjną, aby zapewnić 50 najczęściej zmienianych sąsiednich genów, które również znajdują się w tym samym szlaku o najwyższych wskaźnikach mutacji.Co ciekawe, nadekspresja genu NOTCH równoważnego z Drosophila, NICD, sama w sobie nie indukuje nowotworów u Drosophila. Natomiast nadekspresja NICD i mam razem indukuje nowotwory u muszek owocowych, o czym świadczy obecność wielu warstw nabłonka i nagromadzonych komórek. Dalsza walidacja eksperymentów może utorować drogę do identyfikacji potencjalnych nowych celów terapii lekowej, biomarkerów choroby i spersonalizowanych metod leczenia.

integration-bioinformatics-approaches-experimental-validations-to

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Badania nad rakiem

Opisujemy metodologie tworzenia heterotypowych trójwymiarowych modeli in vitro, składających się z fibroblastów jajnika oraz prawidłowych komórek nabłonkowych powierzchni jajnika lub komórek nabłonkowych raka jajnika. Omówiono zastosowanie tych modeli do badania oddziaływań stroma-nabłonek, które zachodzą podczas rozwoju raka jajnika.

Heterotypowe trójwymiarowe modelowanie in vitro oddziaływań stropowo-nabłonkowych podczas inicjacji i progresji raka jajnika

Ten protokół opisuje technikę przygotowania próbki poprzez kokulturację eksplantatów jajników z komórkami raka jajowodu. Próbki te są wizualizowane za pomocą obrazowej spektroskopii mas lub IMS w celu wykrycia wymiany małych cząsteczek między komórkami i tkankami, co prowadzi do rozwoju guza.

Modelowanie komunikacji raka jajnika do obrazowania analizy spektrometrii mas: metoda identyfikacji małocząsteczkowych komunikatorów chemicznych w rozwoju przerzutowego guza jajnika

Opisujemy nieinwazyjną platformę obrazowania zwierząt, która pozwala na wykrywanie, kwantyfikację i monitorowanie wzrostu i nawrotów raka jajnika. Ten model ksenoprzeszczepu dootrzewnowego naśladuje profil kliniczny pacjentek z rakiem jajnika.

Mysi model do nieinwazyjnego obrazowania w celu wykrywania i monitorowania nawrotu raka jajnika

Opisujemy test do przeszczepu jajników, odpowiedni do badań nad normalnym i przekształconym nabłonkiem żeńskiego układu rozrodczego. Mysia poduszka tłuszczowa umożliwia przeszczep dużych fragmentów tkanki, jest łatwo dostępna do zabiegu chirurgicznego i obrazowania oraz zapewnia najkorzystniejsze środowisko natywne dla tkanek pochodzenia Müllerowskiego.

Przeszczep do poduszeczki tłuszczowej jajnika myszy

Sygnalizacja Notch to forma komunikacji komórkowej, która opiera się na bezpośrednim kontakcie między komórkami. Aby prawidłowo indukować sygnalizację Notch in vitro, ligandy Notch muszą być prezentowane komórkom w stanie unieruchomionym. Protokół ten opisuje metody stymulacji in vitro sygnalizacji Notch w prekursorach osteoklastów myszy.

Stymulacja sygnalizacji Notch w prekursorach osteoklastów myszy

Komórki macierzyste raka jajnika (OCSC) są odpowiedzialne za inicjację, nawrót, oporność terapeutyczną i przerzuty. Uważa się, że nisza naczyniowa OCSC sprzyja samoodnowie OCSC, co prowadzi do chemooporności. Protokół ten stanowi podstawę do ustanowienia odtwarzalnego modelu niszy naczyniowej OCSC in vitro.

Ocena właściwości angiogenetycznych komórek macierzystych podobnych do raka jajnika przy użyciu trójwymiarowego systemu kohodowli, NICO-1

Tropomodulina 3 (TMOD3) jest coraz częściej badana w nowotworach w ostatnich latach. To badanie jest pierwszym, które donosi, że TMOD3 ulega silnej ekspresji w raku jajnika i jest ściśle związany z opornością na platynę i infiltracją immunologiczną. Wyniki te mogą pomóc w poprawie wyników leczenia raka jajnika.

Nadekspresja tropomoduliny 3 jako marker oporności na platynę i infiltracji immunologicznej w raku jajnika

Ten protokół opisuje ustanowienie trójwymiarowego (3D) modelu ex vivo interakcji komórka rakowa - sieć komórkowa. Model ten stanowi platformę do wyjaśnienia mechanizmów pronowotworowych w niszy tkanki tłuszczowej oraz do testowania nowych terapii.

Model ex vivo przerzutów do otrzewnej raka jajnika z wykorzystaniem ludzkiej sieci

Aby wyjaśnić wieloetapowy proces rozprzestrzeniania się raka jajnika w otrzewnej, obecne badanie przedstawia mysi eksperymentalny model pierwotnego rozwoju guza i przerzutów do otrzewnej poprzez ortotopową inokulację tymi komórkami nowotworowymi.<br...

Mysi eksperymentalny model pierwotnego rozwoju guza i przerzutów do otrzewnej za pomocą ortotopowej inokulacji komórkami raka jajnika

Ten manuskrypt opisuje użycie genetycznie kodowanych reporterów fluorogenicznych w zastosowaniu obrazowania żywych komórek do badania stresu oksydacyjnego wywołanego ksenobiotykami. To eksperymentalne podejście oferuje niezrównaną rozdzielczość czasoprzestrzenną, czułość i swoistość, unikając jednocześnie wielu niedociągnięć konwencjonalnych metod stosowanych do wykrywania toksykologicznego stresu oksydacyjnego.

Obrazowe podejścia do oceny toksykologicznego stresu oksydacyjnego przy użyciu genetycznie kodowanych czujników fluorogennych

Poznaj integrację analizy bioinformatycznej z walidacją eksperymentalną w badaniu sygnalizacji Notch w raku jajnika. To podejście pozwala identyfikować potencjalne cele terapeutyczne i biomarkery.

Integracja podejść bioinformatycznych i walidacji eksperymentalnych w celu zrozumienia roli sygnalizacji Notch w raku jajnika

Przeglądaj więcej filmów